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Glossar
Begriff
AQ
Biotin
Bisulfit
Bisulfitbehandlungs-
Kontrolle
CpG
Dispensier-
Reihenfolge
PyroMark Q24 MDx Handbuch 01/2016
Beschreibung
Analysemodus zur Quantifizierung verschiedener
Allele.
Ein Molekül, das sehr stark an Streptavidin binden
kann. PCR-Primer können biotinyliert werden, damit
das resultierende PCR-Produkt an streptavidin-
beschichtete Beads binden kann.
HSO
–
wird als Bisulfit (oder Hydrogensulfit)
3
bezeichnet. Bei der Bisulfit-Reaktion wird DNA mit
Natriumhydrogensulfit behandelt, um Cytosin-Reste in
Uracil umzuwandeln – und zwar unter
Reaktionsbedingungen, bei denen methylierte
Cytosine nicht reaktiv bleiben.
Bei Pyrosequenzierungs-Assays kann eine interne
Kontrolle mitgeführt werden, um festzustellen, ob die
Bisulfitbehandlung erfolgreich war. C-Basen, auf die
in der Sequenz kein G folgt, werden normalerweise
nicht methyliert und sollten daher nach Bisulfit-
behandlung und PCR vollständig in Ts umgewandelt
werden. Als Ergebnis einer erfolgreichen Bisulfit-
behandlung sollten alle Templates nur Ts und keine
Cs in diesen Position aufweisen. Bei reversen Assays
sollten alle Template ausschließlich As und keine Gs
in diesen Positionen haben.
Analysemodus, der bei der Analyse der CpG-
Methylierung verwendet wird.
Legt die Nukleotide und die Reihenfolge fest, in der
sie bei Pyrosequenzierungs-Läufen dispensiert werden.
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