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unspezifischen Nukleotideinbau fungieren. Wenn Sie eine
Dispensier-Reihenfolge manuell eingeben, dann nehmen Sie
eine angemessene Zahl an Leerproben mit auf. Beginnen
Sie, falls möglich, die Dispensier-Reihenfolge mit der
Dispensierung einer Leerprobe und nehmen Sie mindestens
dieselbe Zahl an Leerproben mit auf, wie variable Positionen
vorhanden sind.
Beachten Sie die Tipps und Warnhinweise, die durch ein
rotes Icon ( ) angezeigt werden und nehmen Sie geeignete
Anpassungen vor, wenn das Icon erscheint.
Kontrollen der Bisulfitbehandlung in CpG-Assays
Beim Konfigurieren eines CpG-Assays empfiehlt es sich,
Bisulfitbehandlungs-Kontrollen mit aufzunehmen. Cytosine,
auf die kein Guanin folgt (angezeigt durch orangefarbene Ts
in der PyroMark ADSW), sollten durch die Bisulfitbehandlung
vollständig in Thymin umgewandelt werden und können
daher als Kontrollen für diese Reaktion verwendet werden.
Beim Konfigurieren eines CpG-Assays zeigt die PyroMark
Q24 MDx Software an, welche Dispensierungen bei der
Bisulfitbehandlung als Reaktionskontrollen infrage kommen.
Anhand der im Assay-Setup eingegebenen Originalsequenz
(vor der Bisulfitbehandlung) kann überprüft werden, ob die
als Kontrollen vorgeschlagenen Cs in Ts umgewandelt
wurden (bei einem reversen Assay als Gs und As zu lesen)
und als Kontrollen geeignet sind oder nicht. Bevorzugte
Kontrollen sind solche Dispensierungen, die sich am Anfang
der Sequenz befinden und/oder den Einbau einer einzelnen
Base repräsentieren.
SQA-Assays
Die Erfahrungen, die beim Sequenzieren einer großen
Anzahl von Templates gesammelt wurden, deuten darauf
hin, dass die Dispensier-Reihenfolge n(CTGA) im
Durchschnitt die beste Sequenzierungsqualität ergibt. Bei
einzelnen Templates können jedoch auch mit einer anderen
Dispensier-Reihenfolge bessere Ergebnisse erzielt werden.
PyroMark Q24 MDx Handbuch 01/2016
Anhang B
B-7
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