Herunterladen Inhalt Inhalt
Teilen
Diese Seite drucken
Agilent Technologies G4900DA SureScan Benutzerhandbuch
  1. Anleitungen
  2. Marken
  3. Agilent Technologies Anleitungen
  4. Laborzubehör & Laborgeräte
  5. G4900DA SureScan
  6. Benutzerhandbuch

Agilent Technologies G4900DA SureScan Benutzerhandbuch

Microarray-scannersystem
Vorschau ausblenden
Inhaltsverzeichnis

Werbung

Quicklinks

Diese Anleitung herunterladen
Agilent G4900DA
SureScan-Microarray-S
cannersystem
Microarray-Scan-Steuerungs
software 9.1
Benutzerhandbuch
Januar 2012
Verwendung ausschließlich für
Forschungszwecke. Nicht für Diagnoseverfahren
geeignet.
Agilent Technologies

Werbung

Inhaltsverzeichnis
loading

Verwandte Anleitungen für Agilent Technologies G4900DA SureScan

Inhaltszusammenfassung für Agilent Technologies G4900DA SureScan

  • Seite 1 Agilent G4900DA SureScan-Microarray-S cannersystem Microarray-Scan-Steuerungs software 9.1 Benutzerhandbuch Januar 2012 Verwendung ausschließlich für Forschungszwecke. Nicht für Diagnoseverfahren geeignet. Agilent Technologies...
  • Seite 2 Hinweise Garantie © Agilent Technologies, Inc. 2011-2012 227.7202-3 (Rechte an kommerzieller Computer-Software oder Gemäß der Urheberrechtsgesetzgebung in Das in diesem Dokument enthaltene Computer-Software-Dokumentation) bereit. den USA darf dieses Handbuch, auch nicht Material wird im vorliegenden auszugsweise, ohne vorherige Zustand zur Verfügung gestellt und...
  • Seite 3 In diesem Handbuch… Dieses Handbuch enthält Anweisungen für die ersten Schritte, den Gebrauch, die Behebung von Problemen und die Wartung Ihres Agilent SureScan-Microarray-Scannersystems. Das SureScan-System besteht aus dem Agilent SureScan-Microarray-Scanner und der Computer-Arbeitsstation sowie aus Steuerungs- und Analyseprogrammen. Einführung In diesem Kapitel werden der Microarray-Scanner und die notwendigen Maßnahmen vor seinem Betrieb beschrieben.
  • Seite 4 Referenz In diesem Kapitel werden die Fenster und Dialogfelder des Scan-Steuerungsprogramms beschrieben. Außerdem enthält es Spezifikationen für den Scanner und die Objektträger sowie Informationen zur Einhaltung rechtlicher Bestimmungen. SureScan-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 5: Inhaltsverzeichnis

    Inhalt Einführung Ein leistungsstarkes Gerät für Microarray-Analysen Systembeschreibung Hardware- und Softwarefunktionen Teileliste PC-Systemanforderungen Physische Beschreibung des Scanners Vorbereiten des Gerätestandorts Sicherheitssymbole auf dem Scanner Sicherheitsrichtlinien Arbeitsweise Positionierung der Objektträger Laseranregung Scannen Fluoreszenzdetektion Auf der Computer-Arbeitsstation installierte Software Erste Schritte Lizenzierung Einlösen der Lizenz für hochauflösendes Scannen Installieren Ihrer Lizenz für hochauflösendes Scannen Inbetriebnahme des Scanners...
  • Seite 6 Inhalt Schritt 4. Festlegen oder Ändern von Einstellungen des Scan-Protokolls Schritt 5. Hinzufügen von Objektträgern zur Scan-Warteschlange Schritt 6. Scannen der Objektträger Schritt 7. Entfernen der Objektträger Informationen zu Scan-Protokollen Offline-Modus Ausschalten des SureScan-Scanners Verwenden des Scan-Steuerungsprogramms Verwenden der Steckplatztabelle So ändern Sie eine Objektträger-ID So erstellen oder ändern Sie Scan-Protokolle So ändern Sie den Ausgabeordner für Scan-Vorgänge...
  • Seite 7 Inhalt Verwenden von Scan-Steuerungswerkzeugen Erstellen und Ändern von Scan-Protokollen So erstellen Sie ein Scan-Protokoll So ändern Sie ein vorhandenes Scan-Protokoll So exportieren Sie ein Scan-Protokoll So importieren Sie ein Scan-Protokoll So entfernen Sie ein Scan-Protokoll Erstellen und Ändern von Scan-Bereichen So erstellen Sie einen Scan-Bereich Bearbeiten eines vorhandenen Scan-Bereichs für Nicht-Agilent-Objektträger...
  • Seite 8 Inhalt So legen Sie die Ausführung des Merkmalsextraktionsprogramm nach einem Scan-Vorgang fest Zuordnen von Scan-Protokollen zu Konstruktionen So ordnen Sie einer Objektträgerkonstruktion ein Scan-Protokoll Wartung und Fehlerbehebung im System Wartung Ihres Systems Regelmäßige Softwarewartung Regelmäßige Hardwarewartung Tipps zur Vermeidung von Problemen Fehlerbehebung in Ihrem System Technischer Support Häufig gestellte Fragen (FAQs)
  • Seite 9 Inhalt Steckplatztabelle Funktionstasten Einstellungsbereich Protokollregister Referenz zu den Dialogfeldern des Scan-Steuerungsprogramms Agilent Installationsqualifizierungswerkzeug Dialogfeld „Export Scan Protocol“ Dialogfeld „Export Scan Region“ Dialogfeld „Input Barcode“ Dialogfeld „Scan Protocol Editor“ Dialogfeld „Scan Region Editor“ Dialogfeld „Self Test“ Dialogfeld „Settings“ – „General Settings“ Dialogfeld „Settings“...
  • Seite 10 Inhalt SureScan-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 11: Einführung

    SureScan Microarray Scanner System Microarray-Scan-Steuerungssoftware 9.1 Benutzerhandbuch Einführung Ein leistungsstarkes Gerät für Microarray-Analysen Systembeschreibung Arbeitsweise Auf der Computer-Arbeitsstation installierte Software Dieses Kapitel enthält eine allgemeine Einführung zum SureScan-System. Agilent Technologies...

  • Seite 12: Ein Leistungsstarkes Gerät Für Microarray-Analysen

    Einführung Ein leistungsstarkes Gerät für Microarray-Analysen Der SureScan-Scanner ist eine Komponente der SureScan-Systemlösung von Agilent Technologies. Der SureScan-Scanner ist ein anspruchsvoller Scanner, der mit laserinduziertem Fluoreszenzverfahren arbeitet. Er ermöglicht das Auslesen von Microarrays, die auf Objektträgern der Standardgröße 76 mm x 26 mm gedruckt sind.

  • Seite 13: Systembeschreibung

    Einführung Hardware- und Softwarefunktionen Systembeschreibung Dieser Abschnitt enthält Aufzählungen der Hardware- und Softwarefunktionen, Teile und PC-Anforderungen sowie eine physische Beschreibung des SureScan-Scanners und Informationen zur Standortvorbereitung und Sicherheit. Hardware- und Softwarefunktionen Der SureScan-Scanner hat folgende Funktionen: • Dynamischer Autofokus • Ein- und zweifarbiges Scannen •...

  • Seite 14: Teileliste

    Agilent Merkmalsextraktionssoftware 10.7.3 und höher konzipiert. PC-Systemanforderungen Im Lieferumfang des SureScan-Systems ist ein Computer enthalten, der nachfolgenden Anforderungen entspricht oder diese übertrifft. Agilent Technologies bietet ausschließlich Unterstützung für Computer, die mit dem SureScan-System geliefert werden. Software • Windows 7 Professional 64-Bit-Betriebssystem Hardware •...

  • Seite 15: Physische Beschreibung Des Scanners

    Einführung Physische Beschreibung des Scanners • Festplatte mit mindestens 250 GB. (Eine ordnungsgemäße Festplattenwartung ist notwendig, um sicherzustellen, dass immer genügend Speicherplatz zur Datengenerierung verfügbar ist. In Tabelle 11 auf Seite 117 finden Sie weitere Informationen zur geschätzten Größe von gescannten Bilder.) Physische Beschreibung des Scanners Vorderansicht des Scanners Statusanzeige...

  • Seite 16: Vorbereiten Des Gerätestandorts

    Einführung Vorbereiten des Gerätestandorts Rückansicht des Scanners Luftauslass für Lufteinlass für die die allgemeine Laserkühlung Kühlung Luftauslass für die Laserkühlung Lufteinlass für die allgemeine Kühlung Luftauslass für die LAN-Anschluss Stromversorgung Netzsicherung Netzsteckdose Abbildung 3 Rückansicht des SureScan-Scanners Vorbereiten des Gerätestandorts Stellen Sie sicher, dass in der Umgebung die „SureScan Scanner –...

  • Seite 17: Sicherheitsrichtlinien

    Einführung Sicherheitsrichtlinien Sicherheitsrichtlinien Der SureScan-Scanner ist auf Sicherheit und Benutzerfreundlichkeit ausgerichtet. Lesen und beachten Sie vor der Inbetriebnahme des SureScan-Scanners alle Warnungen und Hinweise. Versuchen Sie nicht, die internen Teile des SureScan-Scanners zu WARNUNG reparieren oder auf diese zuzugreifen. Andernfalls setzen Sie sich selbst Hochspannung und gefährlicher Laserstrahlung aus.

  • Seite 18: Arbeitsweise

    Einführung Positionierung der Objektträger Arbeitsweise In diesem Abschnitt werden die Betriebsfunktionen des SureScan-Scanners beschrieben. Positionierung der Objektträger Der SureScan-Scanner kann in seiner nicht herausnehmbaren Kassette bis zu 24 Objektträger der Größe 76 mm x 26 mm aufnehmen. Während eines Scan-Vorgangs werden die Objektträger nacheinander in die Position zum Scannen gebracht, gescannt und dann zurück in die Kassette befördert.

  • Seite 19: Fluoreszenzdetektion

    Einführung Fluoreszenzdetektion Fluoreszenzdetektion Die Fluoreszenz von den markierten Proben wird durch einen Hochleistungs-PMT in ein elektrisches Signal umgewandelt. Verstärker mit niedrigen Frequenzen und digitale Integratoren verarbeiten das PMT-Signal zu digitalen Messwerten, die in einer TIFF-Datei erfasst werden. SureScan-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 20: Auf Der Computer-Arbeitsstation Installierte Software

    Einführung Fluoreszenzdetektion Auf der Computer-Arbeitsstation installierte Software Auf dem Computer, der mit Ihrem SureScan-System geliefert wird, ist folgende Software bereits installiert. Agilent Microarray-Scan-Steuerungsprogramm – zur Einrichtung und Inbetriebnahme des Scanners. Agilent Merkmalsextraktionsprogramm – automatische Merkmalsextraktion anhand von durch den Scanner erzeugten Dateien von gescannten Bildern.

  • Seite 21: Erste Schritte

    Schritt 7. Entfernen der Objektträger Informationen zu Scan-Protokollen Offline-Modus Ausschalten des SureScan-Scanners Dieses Kapitel enthält Anweisungen für den Betrieb des Scanners sowie für die Einrichtung und das schnelle und einfache Scannen der Objektträger. Informationen zur Behebung von Fehlern siehe Kapitel Agilent Technologies...

  • Seite 22: Lizenzierung

    Erste Schritte Einlösen der Lizenz für hochauflösendes Scannen Lizenzierung Für das SureScan-System werden zwei Konfigurationsoptionen angeboten: • die standardmäßige Konfiguration für hochauflösendes Scannen oder • ohne Hochauflösungsfunktion Ohne die Lizenz für hochauflösendes Scannen stehen die Optionen 10 Mikrometer und 5 Mikrometer sowie 5 Mikrometer für den dualen Scan-Vorgang zur Verfügung.

  • Seite 23: Installieren Ihrer Lizenz Für Hochauflösendes Scannen

    Erste Schritte Installieren Ihrer Lizenz für hochauflösendes Scannen Installieren Ihrer Lizenz für hochauflösendes Scannen Wenn Sie Ihre Lizenz per E-Mail erhalten haben, führen Sie folgende Schritte aus, um die Lizenz zu installieren: 1 Schließen Sie das Scan-Steuerungsprogramm. Suchen Sie die Lizenzdatei und verschieben Sie sie in folgenden Programmordner: C:\Program Files (x86)\Agilent\ ScanControl 2 Starten Sie das Scan-Steuerungsprogramm neu.

  • Seite 24: Inbetriebnahme Des Scanners

    Erste Schritte Schritt 1. Einschalten des SureScan-Scanners und Starten des Scan-Steuerungsprogramms Inbetriebnahme des Scanners In den folgenden Schritten wird die Bedienung des Scanners erläutert. Weitere Informationen zur Verwendung des Scan-Steuerungsprogramms siehe Kapitel 3, „Verwenden des Scan-Steuerungsprogramms“. Schritt 1. Einschalten des SureScan-Scanners und Starten des Scan-Steuerungsprogramms 1 Schalten Sie den SureScan-Scanner über den Ein-/Aus-Schalter an der Vorderseite des Geräts ein.
  • Seite 25 Erste Schritte Schritt 1. Einschalten des SureScan-Scanners und Starten des Scan-Steuerungsprogramms • Das Scan-Steuerungsprogramm kommuniziert über das LAN-Kabel mit dem Scanner, sendet Befehle und Parameter und empfängt Status und Daten. • Die Laser werden eingeschaltet und gehen in die Aufwärmphase. •...
  • Seite 26 Erste Schritte Schritt 1. Einschalten des SureScan-Scanners und Starten des Scan-Steuerungsprogramms Abbildung 5 Fenster des Agilent Microarray-Scan-Steuerungsprogramms – bereit zum Hinzufügen von Objektträgern Der Status des Scanners wird in der unteren rechten Ecke des Scan-Steuerungsfensters in der Statusleiste angezeigt. Initialize Der Scanner wird initialisiert.

  • Seite 27: Schritt 2. Einlegen Der Objektträger In Die Halter

    Erste Schritte Schritt 2. Einlegen der Objektträger in die Halter WarmUp Die Aufwärmphase der Laser dauert bis zu 5 Minuten. Während des Aufwärmens können Sie Objektträger laden, Protokolle einstellen und Objektträger der Warteschlange hinzufügen. Sobald die Laser aufgewärmt sind, können Sie mit dem Scannen beginnen.
  • Seite 28 Erste Schritte Schritt 2. Einlegen der Objektträger in die Halter Objektträgerauflage Abbildung 7 Einlegen des Objektträgers in den Objektträgerhalter 3 Legen Sie den Objektträger wie folgt in den Objektträgerhalter: a Halten Sie den Objektträger am Strichcodeende. b Achten Sie darauf, dass die aktive Microarray-Oberfläche nach oben gerichtet ist, gegen die Objektträgerabdeckung, und der Strichcode sich an der linken Seite befindet.
  • Seite 29 Erste Schritte Schritt 2. Einlegen der Objektträger in die Halter f Drücken Sie das mit der Nase versehene Ende der klaren Kunststoffabdeckung sanft nach unten, ziehen Sie es zum erneuten Öffnen nach oben und überzeugen Sie sich von der richtigen Positionierung des Objektträgers. Nach dem Einsetzen liegt der Objektträger plan und den Ausrichtungspunkten am Objektträgerhalter gemäß...
  • Seite 30 Erste Schritte Schritt 2. Einlegen der Objektträger in die Halter Agilent Objektträger verfügen über zwei Strichcodes, einem auf jeder Seite des Glases. Siehe Abbildung 10. Normalerweise verfügen Nicht-Agilent-Objektträger nur über einen Strichcode. Achten Sie sowohl bei Agilent- als auch Nicht-Agilent-Objektträgern darauf, dass die aktive Microarray-Seite des Objektträgers zur Abdeckung des Halters hin weist.

  • Seite 31: Schritt 3. Laden Des Halters In Die Kassette

    Erste Schritte Schritt 3. Laden des Halters in die Kassette Schritt 3. Laden des Halters in die Kassette Wenn die Objektträger ordnungsgemäß in die Halter eingelegt wurden, können Sie die Halter in die Kassette laden. Kassette und Halter sind so konzipiert, dass das richtige Einsetzen der Halter gewährleistet ist.
  • Seite 32 Erste Schritte Schritt 3. Laden des Halters in die Kassette 2 Greifen Sie den Objektträgerhalter am Griffpunkt. Der Pfeil an der Oberseite des Objektträgerhalters weist nach links, wenn Sie den Objektträgerhalter richtig greifen. Siehe Abbildung Der SureScan-Scanner scannt Setzen Sie einen Objektträgerhalter in einen beliebigen Objektträger in der in der offenen Steckplatz ein.
  • Seite 33 Erste Schritte Schritt 3. Laden des Halters in die Kassette Die Objektträgernummern neben der Kassette und in der Steckplatztabelle des Scan-Steuerungsprogrammfensters wechseln die Farbe, um den Status des Steckplatzes anzuzeigen. Weitere Informationen finden Sie unter Tabelle 8 auf Seite 102. Eine unsachgemäße Platzierung des Halters in der Kassette kann zu VORSICHT schweren Beschädigungen am SureScan-Scanner führen.

  • Seite 34: Schritt 4. Festlegen Oder Ändern Von Einstellungen Des Scan-Protokolls

    Erste Schritte Schritt 4. Festlegen oder Ändern von Einstellungen des Scan-Protokolls Schritt 4. Festlegen oder Ändern von Einstellungen des Scan-Protokolls Die aktuellen Einstellungen des Wenn Sie zum ersten Mal die Einrichtung zum Scannen eines Scan-Protokolls werden für jeden Objektträgers vornehmen, wählen Sie ein zu verwendendes ausgewählten Objektträger im Scan-Protokoll.

  • Seite 35: Schritt 6. Scannen Der Objektträger

    Erste Schritte Schritt 6. Scannen der Objektträger 2 Für jeden zusätzlichen Objektträger, den Sie scannen möchten: • Klicken Sie auf die Zelle State und wählen Sie Add to queue first, um den Objektträger am Anfang der Scan-Warteschlange hinzuzufügen. oder • Klicken Sie auf die Zelle State und wählen Sie Add to queue last, um den Objektträger am Ende der Scan-Warteschlange hinzuzufügen.

  • Seite 36: Schritt 7. Entfernen Der Objektträger

    Erste Schritte Schritt 7. Entfernen der Objektträger Schritt 7. Entfernen der Objektträger Wenn die Schaltfläche „Open Door“ aktiviert ist, können Sie die Objektträgerhalter aus der Kassette nehmen und dann die Objektträger aus den Haltern entfernen. Ist die Schaltfläche Open Door 1 Klicken Sie im Hauptfenster des Scan-Steuerungsprogramms nicht verfügbar, können Sie die Tür auf Open Door, um die Scannertür zu öffnen.

  • Seite 37: Informationen Zu Scan-Protokollen

    Erste Schritte Schritt 7. Entfernen der Objektträger Informationen zu Scan-Protokollen Ein Scan-Protokoll ist eine Zusammenstellung von Scan- und Bildeinstellungen, die bei Auswahl beim Scannen auf den Objektträger angewandt werden. Agilent liefert acht vorkonfigurierte Protokolle, die Ihnen zur Auswahl und Verwendung mit Agilent High-Density (HD)-Microarrays, Agilent G3 Microarrays und Nicht-Agilent-Microarrays zur Verfügung stehen.

  • Seite 38: Offline-Modus

    Erste Schritte Schritt 7. Entfernen der Objektträger Offline-Modus Wenn kein Gerät verfügbar ist, wird das Scan-Steuerungsprogramm im „Offline-Modus“ ausgeführt. In diesem Modus können Sie Scan-Protokolle und Scan-Bereiche erstellen, importieren und exportieren. Sie können auch Log-Dateien öffnen, aktuelle Fehler anzeigen, allgemeine Einstellungen festlegen und Scan-Protokolle Konstruktions-IDs zuordnen.

  • Seite 39: Ausschalten Des Surescan-Scanners

    Erste Schritte Schritt 7. Entfernen der Objektträger Ausschalten des SureScan-Scanners 1 Vergewissern Sie sich im Scan-Steuerungsprogrammfenster, dass der SureScan-Scanner keinen Objektträger scannt, auswirft oder lädt. 2 Klicken Sie auf Open Door, um die Scannertür zu öffnen. 3 Nehmen Sie die Halter aus der Scannerkassette. 4 Nehmen Sie die Objektträger aus den Haltern.
  • Seite 40 Erste Schritte Schritt 7. Entfernen der Objektträger SureScan-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 41: Verwenden Des Scan-Steuerungsprogramms

    In diesem Kapitel wird beschrieben, wie Sie den Scanner mit dem Scan-Steuerungsprogramm einrichten und in Betrieb nehmen. Weitere Informationen zur Verwendung der Scan-Steuerungswerkzeuge zum Ändern von Protokollen und Scan-Bereichen sowie zum Ein- und Ausschalten der Laser erhalten Sie in Kapitel 4, „Verwenden von Scan-Steuerungswerkzeugen“. Agilent Technologies...

  • Seite 42: Verwenden Der Steckplatztabelle

    Verwenden des Scan-Steuerungsprogramms So ändern Sie eine Objektträger-ID Verwenden der Steckplatztabelle Die Steckplatztabelle verfügt über eine Anzeige der Kassette und deren Inhalt. Nachdem Sie Objektträger in die Kassette geladen und die Tür geschlossen haben, liest die Scan-Steuerungssoftware die Strichcodes der einzelnen Objektträger und zeigt diese als Objektträger-ID in der Steckplatztabelle an.

  • Seite 43: So Erstellen Oder Ändern Sie Scan-Protokolle

    Verwenden des Scan-Steuerungsprogramms So erstellen oder ändern Sie Scan-Protokolle So erstellen oder ändern Sie Scan-Protokolle Wenn für einen Objektträger kein Scan-Protokoll ausgewählt ist Bei einem Scan-Protokoll handelt es sich um einen vordefinierten Satz an oder Sie das Scan-Protokoll ändern möchten, gehen Sie wie folgt Scan-Einstellungen.

  • Seite 44: So Fügen Sie Objektträger Zur Scan-Warteschlange Hinzu

    Verwenden des Scan-Steuerungsprogramms So fügen Sie Objektträger zur Scan-Warteschlange hinzu ODER Halten Sie zur Auswahl nicht zusammenhängender Objektträger die Strg-Taste gedrückt und klicken Sie auf weitere Objektträger. Die ausgewählten Objektträger werden in der Steckplatztabelle markiert. 3 Wählen Sie beim zuletzt ausgewählten Objektträger die Zelle „Scan Protocol“...

  • Seite 45: So Verschieben Sie Objektträger In Der Warteschlange

    Verwenden des Scan-Steuerungsprogramms So verschieben Sie Objektträger in der Warteschlange So verschieben Sie Objektträger in der Warteschlange 1 Klicken Sie für den Objektträger, den Sie verschieben möchten, in der Steckplatztabelle auf die Zelle State. 2 Klicken Sie erneut, um die Auswahl für den Objektträger anzuzeigen.

  • Seite 46: So Öffnen Sie Die Scannertür

    Verwenden des Scan-Steuerungsprogramms So öffnen Sie die Scannertür So öffnen Sie die Scannertür Sie müssen das • Klicken Sie im Hauptfenster des Scan-Steuerungsprogramms Scan-Steuerungsprogramm auf Open Door. verwenden, um die Scannertür zu öffnen. Die Tür kann nicht geöffnet werden, während der Scanner einen Objektträger lädt oder auswirft.

  • Seite 47: Ändern Von Scan-Einstellungen Für Objektträger

    Verwenden des Scan-Steuerungsprogramms So ändern Sie Einstellungen für einzelne Objektträger Ändern von Scan-Einstellungen für Objektträger Wenn Sie einen Objektträger in der Steckplatztabelle im Hauptfenster des Scan-Steuerungsprogramms auswählen, werden die Scan-Einstellungen für diesen Objektträger im Einstellungsbereich auf der rechten Seite des Fensters angezeigt.

  • Seite 48: So Ändern Sie Einstellungen Für Mehrere Objektträger

    Verwenden des Scan-Steuerungsprogramms So ändern Sie Einstellungen für mehrere Objektträger So ändern Sie Einstellungen für mehrere Objektträger Sie können die Scan-Einstellungen 1 Wählen Sie in der Scan-Tabelle den ersten Objektträger aus, für einen Objektträger nur ändern, dessen Einstellungen Sie ändern möchten. wenn sich dieser nicht in der 2 Halten Sie die Strg-Taste gedrückt und klicken Sie auf weitere Scan-Warteschlange befindet.

  • Seite 49: So Fügen Sie Einen Benutzernamen Ein

    Verwenden des Scan-Steuerungsprogramms So fügen Sie einen Benutzernamen ein So fügen Sie einen Benutzernamen ein Sie können den Benutzernamen für 1 Wählen Sie in der Steckplatztabelle den Objektträger aus, einen Objektträger nur ändern, dessen Einstellungen Sie ändern möchten. wenn sich dieser nicht in der 2 Geben Sie im Bereich „User“...
  • Seite 50 Verwenden des Scan-Steuerungsprogramms So fügen Sie einen Benutzernamen ein SureScan-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 51: Verwenden Von Scan-Steuerungswerkzeugen

    • Erstellen einer „Snapshot“-Datei des aktuellen Scannerstatus • Zurücksetzen von Warnhinweisen zur Kalibrierung • Durchführen eines Selbsttests • Festlegen allgemeiner Scannereinstellungen • Zuordnen von Protokollen zu Objektträgerkonstruktionen In diesem Kapitel wird beschrieben, wie die im Scan-Steuerungsprogramm verfügbaren Werkzeuge verwendet werden. Agilent Technologies...

  • Seite 52: Erstellen Und Ändern Von Scan-Protokollen

    Verwenden von Scan-Steuerungswerkzeugen So erstellen Sie ein Scan-Protokoll Erstellen und Ändern von Scan-Protokollen Das Scan-Steuerungsprogramm verfügt über einen standardmäßigen Satz an Scan-Protokollen, die für den Einsatz mit gängigen Agilent Microarray-Objektträgerkonstruktionen konzipiert sind. Siehe „Informationen zu Scan-Protokollen“ Seite 37. Diese standardmäßigen Scan-Protokolle können nicht geändert werden.

  • Seite 53: So Ändern Sie Ein Vorhandenes Scan-Protokoll

    Verwenden von Scan-Steuerungswerkzeugen So ändern Sie ein vorhandenes Scan-Protokoll So ändern Sie ein vorhandenes Scan-Protokoll Die mit dem Scanner 1 Wählen Sie Tools > Scan Profile Editor. bereitgestellten 2 Wählen Sie das vorhandene Protokoll, das Sie ändern möchten. Standard-Scan-Protokolle können 3 Ändern Sie im Dialogfenster „Scan Protocol Editor“...

  • Seite 54: So Importieren Sie Ein Scan-Protokoll

    Verwenden von Scan-Steuerungswerkzeugen So importieren Sie ein Scan-Protokoll So importieren Sie ein Scan-Protokoll Wenn ein Scan-Protokoll in der 1 Wählen Sie Tools > Scan Profile Editor. Datei denselben Namen wie ein Das Dialogfenster „Scan Protocol Editor“ wird geöffnet. vorhandenes Protokoll aufweist, 2 Klicken Sie auf Import.

  • Seite 55: Erstellen Und Ändern Von Scan-Bereichen

    Verwenden von Scan-Steuerungswerkzeugen So erstellen Sie einen Scan-Bereich Erstellen und Ändern von Scan-Bereichen Falls Sie Nicht-Agilent-Objektträger verwenden, können Sie Der Scan-Bereich legt den zu scannenden Bereich des Objektträgers einen eigenen Scan-Bereich definieren oder einen Scan-Bereich fest. Je größer der Bereich, desto ändern, wobei der Maximalbereich 71 mm x 21,6 mm beträgt.

  • Seite 56: Bearbeiten Eines Vorhandenen Scan-Bereichs Für Nicht-Agilent-Objektträger

    Verwenden von Scan-Steuerungswerkzeugen Bearbeiten eines vorhandenen Scan-Bereichs für Nicht-Agilent-Objektträger Bearbeiten eines vorhandenen Scan-Bereichs für Nicht-Agilent-Objektträger Sie können nur die von Ihnen erstellten Scan-Bereiche bearbeiten. Die von Agilent bereitgestellten Bereiche können nicht bearbeitet oder gelöscht werden. Beim Erstellen eines Scan-Bereichs oder Verwenden von vorhandenen Scan-Bereichen müssen Sie sicherstellen, dass der Abstand zwischen dem Scan-Bereich und dem Strichcodeetikett mindestens 4 mm beträgt.

  • Seite 57: So Importieren Sie Einen Scan-Bereich

    Verwenden von Scan-Steuerungswerkzeugen So importieren Sie einen Scan-Bereich ODER Klicken Sie zur Auswahl von zusammenhängenden Scan-Bereichen, die exportiert werden sollen, zunächst auf den ersten Scan-Bereich, halten dann die Umschalttaste gedrückt und klicken anschließend auf den letzten Scan-Bereich, der exportiert werden soll. 4 Klicken Sie auf Export.

  • Seite 58: Hinzufügen Eines Strichcodes

    Verwenden von Scan-Steuerungswerkzeugen So fügen Sie einen Strichcode hinzu Hinzufügen eines Strichcodes Microarray-Objektträger werden sowohl physisch als auch innerhalb des Scan-Steuerungsprogramms anhand von Strichcodes identifiziert. Zudem wird der Strichcode in den Metadaten der TIFF-Bilddatei gespeichert und in Merkmalsextraktionsberichten angezeigt. Standardmäßig liest der Scanner den Strichcode eines Objektträgers und HINWEIS zeigt diesen als Objektträger-ID in der Scan-Tabelle des Scan-Steuerungsprogramms an.
  • Seite 59 Verwenden von Scan-Steuerungswerkzeugen So fügen Sie einen Strichcode hinzu 5 Setzen Sie den Objektträgerhalter ein, der den Objektträger im angegebenen Steckplatz der Kassette aufweist. 6 Klicken Sie auf Set. In der Scan-Tabelle wird der Strichcode in der Objektträger-ID für diesen Steckplatz angezeigt. Der Steckplatzstatus wird in „Present“...

  • Seite 60: Manuelles Anschalten Von Lasern

    Verwenden von Scan-Steuerungswerkzeugen So schalten Sie Laser ein Manuelles Anschalten von Lasern Die Laser werden automatisch eingeschaltet, wenn Sie das Scan-Steuerungsprogramm starten, oder wenn Sie Objektträger aus der Warteschlange hinzufügen. Basierend auf den „Laser Saver Delay“-Einstellungen werden sie automatisch ausgeschaltet. Siehe „So legen Sie die Laserschonerverzögerung fest“...

  • Seite 61: Werkzeuge Zur Fehlerbehebung

    Verwenden von Scan-Steuerungswerkzeugen So zeigen Sie derzeit auftretende Fehler an Werkzeuge zur Fehlerbehebung Zur Unterstützung bei der Fehlerbehebung können Sie derzeit auftretende Fehler oder offene Log-Dateien anzeigen, die für den Scanner erzeugt wurden. Zudem können Sie eine Datei erstellen, die einen „Snapshot“ des aktuellen Gerätestatus enthält.

  • Seite 62: So Erstellen Sie Einen Snapshot Des Gerätestatus

    Verwenden von Scan-Steuerungswerkzeugen So erstellen Sie einen Snapshot des Gerätestatus 2 Nehmen Sie die Auswahl per Doppelklick vor und öffnen Sie eine Log-Datei. Dateien mit der Dateierweiterung .csv (comma-separated variable) werden standardmäßig mit einem verfügbaren Tabellenkalkulationsprogramm geöffnet. Diese Dateien sind schreibgeschützt.

  • Seite 63: Durchführen Eines Selbsttests

    Verwenden von Scan-Steuerungswerkzeugen So setzen Sie Warnhinweise zur Kalibrierung zurück Ist die nächste Kalibrierung auch nicht erfolgreich und werden die Warnungen erneut angezeigt, wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs- und Supportcenter. So setzen Sie Warnhinweise zur Kalibrierung zurück: • Klicken Sie in der Menüleiste des Scan-Steuerungsprogramms auf Tools >...

  • Seite 64: Einrichten Von Scannerstandards

    Verwenden von Scan-Steuerungswerkzeugen So legen Sie den standardmäßigen Ordner für Scan-Daten fest Einrichten von Scannerstandards So legen Sie den standardmäßigen Ordner für Scan-Daten fest Der Ausgabeordner für Scan-Daten Beim Speicherort handelt es sich um den standardmäßigen ist standardmäßig D:\ScanData. Ausgabeordner, in dem die vom Scanner generierten Bilddateien abgelegt werden.

  • Seite 65: So Legen Sie Die Laserschonerverzögerung Fest

    Verwenden von Scan-Steuerungswerkzeugen So legen Sie die Laserschonerverzögerung fest So legen Sie die Laserschonerverzögerung fest Die Laser werden automatisch Zur Maximierung der Lebensdauer von Lasern ist die beim Start des Laserschonerverzögerung so konzipiert, dass die Laser Scan-Steuerungsprogramms und automatisch ausgeschaltet werden, wenn diese nicht in nach Hinzufügen von Gebrauch sind.

  • Seite 66: So Legen Sie Die Ausführung Des Merkmalsextraktionsprogramm Nach Einem Scan-Vorgang Fest

    Verwenden von Scan-Steuerungswerkzeugen So legen Sie die Ausführung des Merkmalsextraktionsprogramm nach einem Scan-Vorgang fest So legen Sie die Ausführung des Merkmalsextraktionsprogramm nach einem Scan-Vorgang fest Das Merkmalsextraktionsprogramm kann automatisch am Ende eines Scan-Vorgangs ausgeführt werden. Weitere Informationen finden Sie unter „Dialogfeld „Settings“...

  • Seite 67: Zuordnen Von Scan-Protokollen Zu Konstruktionen

    Verwenden von Scan-Steuerungswerkzeugen So ordnen Sie einer Objektträgerkonstruktion ein Scan-Protokoll zu Zuordnen von Scan-Protokollen zu Konstruktionen Wenn Sie zum ersten Mal einen Microarray einer bestimmten Konstruktion scannen, weist bzw. ordnet das Scan-Steuerungsprogramm der Konstruktion das ausgewählte Protokoll zu. Wenn das Scan-Steuerungsprogramm im Anschluss einen Objektträger mit derselben Konstruktion erkennt, erstellt das Scan-Steuerungsprogramm automatisch das Scan-Protokoll für den Objektträger in der...
  • Seite 68 Verwenden von Scan-Steuerungswerkzeugen So ordnen Sie einer Objektträgerkonstruktion ein Scan-Protokoll zu SureScan-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 69: Wartung Und Fehlerbehebung Im System

    Aktualisieren der Scannerfirmware und des Scan-Steuerungsprogramms So prüfen Sie, ob ein Update verfügbar ist So aktualisieren Sie das Scan-Steuerungsprogramm und die Firmware So überprüfen Sie die Softwareinstallation Dieses Kapitel enthält Informationen zur Wartung und Fehlerbehebung für das SureScan-System. Agilent Technologies...

  • Seite 70: Wartung Ihres Systems

    Wartung und Fehlerbehebung im System Regelmäßige Softwarewartung Wartung Ihres Systems Mit der richtigen Pflege und Wartung können Sie den fehlerfreien Betrieb Ihres SureScan-Scanners gewährleisten. Wenden Sie sich bei Fragen zur Verwendung oder Pflege des SureScan-Scanners an Ihr Agilent Vertriebs- und Supportcenter.

  • Seite 71: Tipps Zur Vermeidung Von Problemen

    Wartung und Fehlerbehebung im System Regelmäßige Hardwarewartung Tipps zur Vermeidung von Problemen Befolgen Sie diese Tipps, um den SureScan-Scanner und seine Leistung zu warten. Tipps zur Vermeidung von Datenverlust • Vermeiden Sie das Ausführen von Softwareprogrammen, die eine hohe CPU-Arbeitslast erzeugen, da dies die Datenerfassung während des Scan-Vorgangs beeinträchtigen kann.
  • Seite 72 Wartung und Fehlerbehebung im System Regelmäßige Hardwarewartung • Überwachen Sie die Luftfeuchtigkeit. Der SureScan-Scanner reagiert empfindlich auf kondensierende Luftfeuchtigkeit. Um eine optimale SureScan-Scannerleistung sicherzustellen, nehmen Sie den Scanner nur in Betrieb, wenn die angegebenen Luftfeuchtigkeitsbereiche eingehalten werden. (Siehe „SureScan Scanner – Spezifikationen“ auf Seite 132.) Vor dem Öffnen der Verpackung ist eine 12-stündige Temperaturanpassung vor Ort erforderlich.

  • Seite 73: Fehlerbehebung In Ihrem System

    Wartung und Fehlerbehebung im System Technischer Support Fehlerbehebung in Ihrem System Der SureScan-Scanner ist auf geringen Wartungsaufwand und hohe Benutzerfreundlichkeit ausgerichtet. Wenn Sie ein Problem mit dem System nicht lösen können, lesen Sie dieses Kapitel. Tritt das Problem weiterhin auf, wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs- und Supportcenter.
  • Seite 74 Wartung und Fehlerbehebung im System Technischer Support Scan-Steuerungsprogramms zu öffnen. Die Log-Dateien befinden sich im Ordner C:\ProgramData\Agilent\ MicroArrayScanner\Logs. Jeder SureScan-Scanner verfügt über eine eindeutige 10-stellige Seriennummer. Die Seriennummer befindet sich rechts unten auf der Vorderseite des Geräts und auf der Rückseite des Geräts.

  • Seite 75: Häufig Gestellte Fragen (Faqs)

    Wartung und Fehlerbehebung im System Technischer Support Häufig gestellte Fragen (FAQs) Im Folgenden werden häufig gestellte Fragen (FAQs) aufgeführt, die Ihnen beim Betrieb und der Wartung des SureScan-Systems sowie bei der Behebung von möglichen Fehlern als Hilfe dienen können. Tabelle 1 FAQs Antwort Ich möchte den SureScan-Scanner Ein Umstellen kann die Scannerleistung nachhaltig beeinträchtigen.

  • Seite 76: Fehlerbehebung Bei Der Hardware

    Wartung und Fehlerbehebung im System Technischer Support Fehlerbehebung bei der Hardware Mit Ausnahme der Netzsicherung, verfügt der SureScan-Scanner über keine Teile, die vom Benutzer gewartet werden können. Die Statusanzeige an der Vorderseite des Scanners zeigt mögliche Probleme an. Außerdem können Sie die Sicherungen austauschen, die das System schützen.
  • Seite 77 Der SureScan-Scanner verfügt auf der Rückseite über zwei Sicherungen für das Netzteil. Die Sicherungen für das Netzteil befinden sich direkt über dem Netzstecker. Die Sicherungen werden direkt bei Agilent Technologies bestellt. Ziehen Sie das Stromkabel immer ab, bevor Sie die Sicherungen WARNUNG überprüfen oder austauschen.
  • Seite 78 Wartung und Fehlerbehebung im System Technischer Support Überprüfen und Austauschen der Netzsicherungen Wenn Sie den SureScan-Scanner nicht einschalten können, obwohl Spannung an der Steckdose nachgewiesen wurde, sollten Sie die Sicherungen überprüfen und ggf. austauschen. 1 Ziehen Sie das Stromkabel ab. 2 Heben Sie mit einem kleinen Schlitzschraubendreher die kleine Plastiknase an der unteren Kante des Sicherungshalters an, bis sie entriegelt ist.

  • Seite 79: Fehlerbehebung Bei Der Software

    Wartung und Fehlerbehebung im System Fehlerbehebung bei der Software Netzsicherungsh alter Fehlerbehebung bei der Software Falls Ihr Computer abstürzt oder Sie das von Agilent mit dem Computer gelieferte Image der Festplatte neu laden möchten, finden Sie im Lieferumfang von Agilent eine Wiederherstellungs-CD, mit der Sie die Festplatte erneut abbilden können.
  • Seite 80 Wartung und Fehlerbehebung im System Dateispeicherorte Log-Dateien C:\ProgramData\Agilent\MicroarrayScanner\Logs Gescannte Bilddateien (Standardordner oder gemäß Einstellung unter „Scan Control Settings“) D:\ScanData Gescannte Bilddateien (falls kein Netzwerkspeicherort gefunden wird) Wenn der unter Tools > Settings eingestellte Ordner „Default Scan Data Folder“ nicht verfügbar ist, führt das Programm folgende Aktionen aus: •...

  • Seite 81: Fehlermeldungen Des Surescan-Systems

    Wartung und Fehlerbehebung im System Dateispeicherorte Fehlermeldungen des SureScan-Systems In diesem Abschnitt wird erläutert, wie Sie mit vom System erzeugten Fehlermeldungen und Fehlerprotokollen umgehen. Hardware-Überwachung Der SureScan-Scanner überwacht kontinuierlich die Innentemperaturen und Lüftergeschwindigkeiten sowie die Fehlerbedingungen bei vielen Untersystemen. • Wenn die überwachten Parameter eine Warnstufe erreichen, wird im Statusprotokoll eine Meldung angezeigt und das Gerät schaltet in den Status „scanning suspended“.

  • Seite 82: Fehlerbehebung Bei Fehlermeldungen

    Wartung und Fehlerbehebung im System Dateispeicherorte • Klicken Sie auf Tools > Show Recent Errors, um die zuletzt aufgetretenen Fehler anzuzeigen. Die zuletzt aufgetretenen Fehler werden in Notepad geöffnet. Fehlerbehebung bei Fehlermeldungen Das SureScan-System erzeugt Fehlermeldungen, um Sie bei der Behebung möglicher Probleme zu unterstützen.
  • Seite 83 Wartung und Fehlerbehebung im System Dateispeicherorte Tabelle 3 Fehlermeldungen in Dialogfenstern (continued) Fehlermeldung Beschreibung und empfohlene Maßnahme Check disk space failed: {*} Tritt auf, wenn Sie versuchen, einen Scan-Vorgang zur Warteschlange hinzuzufügen, aber nicht genügend Speicherplatz für den Abschluss des Scan-Vorgangs vorhanden ist.
  • Seite 84 Wartung und Fehlerbehebung im System Dateispeicherorte Tabelle 3 Fehlermeldungen in Dialogfenstern (continued) Fehlermeldung Beschreibung und empfohlene Maßnahme Open Scanner Home Page website failed: Die Webseite ist vorübergehend nicht verfügbar. Überprüfen Sie Ihre Internetverbindung. Versuchen Sie es zu einem späteren Zeitpunkt erneut. Open Users Guide '{*}' failed: {*} Schließen Sie das Scan-Steuerungsprogramm und starten Sie es neu.
  • Seite 85 Wartung und Fehlerbehebung im System Dateispeicherorte Tabelle 4 Fehlermeldung in Protokollen (continued) Fehlermeldung Beschreibung und empfohlene Maßnahme Activity InitLoader failed Verschiedene mögliche Ursachen. Versuchen Sie, den Scanner und das Scan-Steuerungsprogramm neu zu starten. Falls das Problem weiterhin besteht, kontaktieren Sie den technischen Agilent Support. Activity InitStages failed Verschiedene mögliche Ursachen.
  • Seite 86 Wartung und Fehlerbehebung im System Dateispeicherorte Tabelle 4 Fehlermeldung in Protokollen (continued) Fehlermeldung Beschreibung und empfohlene Maßnahme Fanspeed warning detected: Instrument Hardwareproblem – kontaktieren Sie den technischen Agilent Support. operation suspended. Find focus failed Verschiedene mögliche Ursachen. Versuchen Sie, den Scanner und das Scan-Steuerungsprogramm neu zu starten.
  • Seite 87 Wartung und Fehlerbehebung im System Dateispeicherorte Tabelle 4 Fehlermeldung in Protokollen (continued) Fehlermeldung Beschreibung und empfohlene Maßnahme State machine failure {*} Low-Level-Fehler der Software. Kontaktieren Sie den technischen Agilent Support. Status communication failure Überprüfen Sie die Verbindung zum Gerät. Suspending autoloader operation due to Klicken Sie auf Tools >...

  • Seite 88: Verwenden Der Diagnoseanzeige

    Wartung und Fehlerbehebung im System Dateispeicherorte Verwenden der Diagnoseanzeige Die Diagnoseanzeige des SureScan-Scanners wird für erweiterte Aufgaben zur Fehlerbehebung verwendet. Die Anzeige befindet sich auf der Vorderseite des Geräts hinter der oberen Frontabdeckung. Zum Öffnen der Abdeckung fassen Sie die Griffpunkte an den Seiten der Abdeckung und ziehen die Abdeckung nach vorne.
  • Seite 89 Wartung und Fehlerbehebung im System Dateispeicherorte Der Steuerungsschalter der Diagnoseanzeige hat die folgenden Funktionen: • Bevor das Scan-Steuerungsprogramm eine Verbindung zum Gerät aufbaut, wird in der Anzeige die IP-Adresse des Scanners angezeigt. Wird die IP-Adresse nicht angezeigt, wird die Firmware nicht ausgeführt. •...

  • Seite 90: Aktualisieren Der Scannerfirmware Und Des Scan-Steuerungsprogramms

    So prüfen Sie, ob ein Update verfügbar ist Aktualisieren der Scannerfirmware und des Scan-Steuerungsprogramms Agilent Technologies stellt gelegentlich Software-Updates zur Verfügung. Die Firmware-Updates sind, sofern erforderlich, im Update des Scan-Steuerungsprogramms enthalten. Dieser Abschnitt beschreibt, wie Sie das Scannerprogramm und die Firmware aktualisieren.

  • Seite 91: So Aktualisieren Sie Das Scan-Steuerungsprogramm Und Die Firmware

    Firmware 1 Klicken Sie im Hauptfenster des Scan-Steuerungsprogramms auf Help > Scanner Home Page. Die Webseite „Agilent Technologies Genomics – High Resolution Scanner Overview“ wird geöffnet. 2 Klicken Sie auf der Webseite auf Download Software. 3 Folgen Sie den Anweisungen und lesen Sie die Versions- und Installationshinweise.

  • Seite 92: So Überprüfen Sie Die Softwareinstallation

    Wartung und Fehlerbehebung im System So überprüfen Sie die Softwareinstallation So überprüfen Sie die Softwareinstallation Die SureScan-Systemarbeitsstation beinhaltet ein Installationsqualifizierungswerkzeug. Verwenden Sie dieses Programm nach der Aktualisierung der Software, um die korrekte Installation des Updates zu überprüfen. 1 Klicken Sie auf Start > Alle Programme > Agilent Technologies >...

  • Seite 93: Referenz

    Informationen über das Hinzufügen von Objektträgern Durchführen der Merkmalsextraktion bei gescannten Bildern SureScan Scanner – Spezifikationen Objektträgerspezifikationen Informationen zu rechtlichen Bestimmungen In diesem Kapitel werden die Fenster und Dialogfelder des Microarray-Scan-Steuerungsprogramms beschrieben. Außerdem enthält es Spezifikationen und rechtliche Bestimmungen. Agilent Technologies...

  • Seite 94: Referenz Zum Scan-Steuerungsprogrammfenster

    Referenz Scan-Steuerungshauptfenster Referenz zum Scan-Steuerungsprogrammfenster In diesem Abschnitt wird das Hauptfenster des Microarray-Scan-Steuerungsprogramms und dessen Inhalt beschrieben. Scan-Steuerungshauptfenster Menüleiste Einstellungsbereich Steckplatz-Statusanzeigen Steckplatztabelle Funktionstasten Protokolle Bildverarbeitung Statusleiste Status Abbildung 17 Hauptfenster des Agilent Microarray-Scan-Steuerungsprogramms SureScan-System Benutzerhandbuch...
  • Seite 95 Referenz Scan-Steuerungshauptfenster Das Microarray-Scan-Steuerungsprogrammfenster wird angezeigt, wenn Sie das Microarray-Scan-Steuerungsprogramm starten. Es umfasst folgende Merkmale: Tabelle 5 Merkmale des Scan-Steuerungsfensters Merkmal Beschreibung Menüleiste Öffnen des Werkzeugmenüs und der Hilfe. Steckplatztabelle Anzeigen von Status, Scan-Protokollen und Ausgabeordnern für derzeit im Scanner befindliche Microarray-Objektträger.

  • Seite 96: Menü „Tools

    Referenz Menü „Tools“ Menü „Tools“ Abbildung 18 Menü „Tools“ Die folgenden Funktionen finden Sie im Menü „Tools“: Tabelle 6 Befehle im Scan-Steuerungsmenü „Tools“ Werkzeug Beschreibung Scan Protocol Editor Öffnet das Dialogfeld „Scan Protocol Editor“, in dem Sie Scan-Protokolle erstellen, ändern oder entfernen können.
  • Seite 97 Referenz Menü „Tools“ Tabelle 6 Befehle im Scan-Steuerungsmenü „Tools“ (continued) Werkzeug Beschreibung Switch on Lasers Wenn die Scannerlaser ausgeschaltet sind, können Sie sie mithilfe dieses Befehls einschalten. Show Recent Errors Öffnet den Editor (oder Ihren Standard-Texteditor) und zeigt Details zu den zuletzt aufgetretenen Fehlern Log Files Öffnet den Ordner „Logs“, in dem Sie die vom Programm erstellten...

  • Seite 98: Menü „Help

    Referenz Menü „Help“ Tabelle 6 Befehle im Scan-Steuerungsmenü „Tools“ (continued) Werkzeug Beschreibung Self Test Der Selbsttest untersucht verschiedene Scanneruntersysteme und prüft auf Verhalten, das nicht der Spezifikation entspricht. Nach Abschluss des Selbsttests wird eine Zusammenfassung der Ergebnisse in Ihrem Webbrowser geöffnet. Settings Öffnet das Dialogfeld „Settings“, in dem Sie Standardwerte festlegen und...

  • Seite 99: Steckplatztabelle

    Steckplatztabelle Tabelle 7 Befehle im Scan-Steuerungsmenü „Help“ (continued) Element Beschreibung Online Support Öffnet die Webseite des technischen Supports von Agilent Technologies, auf der Sie Supportinformationen für Ihren Scanner finden. About Agilent Scan Control Zeigt Versionsinformationen für das Scan-Steuerungsprogramm sowie die Seriennummer und das Modell Ihres Scanners an.
  • Seite 100 Referenz Steckplatztabelle Bei der Steckplatztabelle handelt es sich um eine virtuelle Darstellung des Inhalts Ihrer Scannerkassette. Sie wird verwendet, um Scan-Vorgänge einzurichten, zu starten bzw. zu beenden und ihren Fortschritt zu überwachen. Steckplatz-Stat Zahlen links neben der Steckplatztabelle entsprechen der usanzeige Steckplatz-Statusanzeige auf der Kassette.
  • Seite 101 Referenz Steckplatztabelle Tabelle 8 Steckplatz-Statusangaben und Anzeigen (continued) Steckplatz-Statusanzeige Status Bedeutung Durchgängig blau In queue x Der Objektträger befindet sich in der Scan-Warteschlange in Position x, wobei x für die Reihenfolge steht, in der die Objektträger gescannt werden. Blinkt grün Scanning (x%) Der Objektträger wird gerade gescannt, wobei x% auf den bereits...

  • Seite 102: Menüauswahl Für Den Status

    Referenz Steckplatztabelle Menüauswahl für den Status Für Objektträger, die derzeit nicht gescannt werden, stehen Befehle zur Verfügung, mit denen Sie einen Objektträger einer Warteschlange hinzufügen bzw. daraus entfernen können. Die für einen bestimmten Objektträger verfügbare Auswahl variiert abhängig von der Position des Objektträgers in der Warteschlange bzw.
  • Seite 103 Referenz Steckplatztabelle Tabelle 9 Menüauswahl für den Status (continued) Auswahl Beschreibung Add to queue first Fügt den Objektträger an der ersten Position der Warteschlange hinzu. Wenn bereits ein Scan-Vorgang läuft, wird dieser Objektträger sofort nach Abschluss des aktuellen Scan-Vorgangs gescannt. Add to queue last Fügt den Objektträger an der letzten Position der Warteschlange hinzu.

  • Seite 104: Funktionstasten

    Referenz Steckplatztabelle Funktionstasten Neben der Steckplatztabelle sind je nach dem Gerätestatus Tasten verfügbar. All to Queue Fügt der Objektträger-Warteschlange alle Objektträger hinzu, die sich nicht in der Objektträger-Warteschlange befinden. Objektträger werden der Warteschlange in der Reihenfolge hinzugefügt, in der sie in der Steckplatztabelle aufgeführt sind. Empty Queue Entfernt alle Objektträger aus der Warteschlange, außer denjenigen, die derzeit gescannt werden.

  • Seite 105: Einstellungsbereich

    Referenz Einstellungsbereich Einstellungsbereich Abbildung 21 Scan-Steuerung – Einstellungsbereich Im Einstellungsbereich können Sie einzelne Einstellungen für einen ausgewählten Objektträger ändern. Zum Ändern der Einstellung darf sich der Objektträger nicht in der Scan-Warteschlange befinden. Weitere Informationen zu den in dieser Tabelle verfügbaren Einstellungen finden Sie unter „Dialogfeld „Scan Protocol Editor““...

  • Seite 106: Protokollregister

    Referenz Protokollregister Scan Settings Zeigt Scan-Einstellungen aus dem zugewiesenen Scan-Protokoll an. Klicken Sie zum Ändern einer Einstellung auf den Namen der Einstellung, und wählen Sie einen neuen Wert aus der Liste aus. Weitere Informationen finden Sie unter „Scan Settings“ Seite 116. Image Settings Einige Datenanalyseprogramme verfügen über spezielle Anforderungen für Bilder.
  • Seite 107 Referenz Protokollregister Registerkarte „Status Log“ Abbildung 22 Registerkarte „Status Log“ Zeigt Informationen über den Status des Geräts an. Registerkarte „Scan Log“ Abbildung 23 Registerkarte „Scan Log“ Zeigt Informationen über die Scan-Vorgänge an. Wenn Sie das Scan-Steuerungsprogramm starten, werden im Scan-Protokoll die Scans der vorherigen 30 Tage aufgeführt.
  • Seite 108 Referenz Protokollregister Tabelle 10 Optionen im Kontextmenü für Protokollregister Menübefehl Beschreibung Clear Löscht den Inhalt der Registerkarte. Der Inhalt der Log-Datei bleibt davon unberührt. Copy Aktiv, nachdem Sie die Maustaste gedrückt und durch Ziehen einen Teil des Protokolls ausgewählt haben. Kopiert den ausgewählten Bereich in die Zwischenablage.

  • Seite 109: Referenz Zu Den Dialogfeldern Des Scan-Steuerungsprogramms

    Zweck: Stellt sicher, dass das Scan-Steuerungsprogramm ordnungsgemäß installiert wurde, und generiert einen Bericht zur Installationsqualifizierung. Öffnen: Klicken Sie im Windows-Startmenü auf Alle Programme > Agilent Technologies > Installation Qualification Tool. Show OK files Ist diese Option ausgewählt, enthält der Qualifikationsbericht in report eine Liste aller Dateien, die als OK bestätigt wurden.

  • Seite 110: Dialogfeld „Export Scan Protocol

    Referenz Dialogfeld „Export Scan Protocol“ Re-Qualify Wird nach der Installationsqualifizierung angezeigt. Ermöglicht Ihnen das erneute Qualifizieren der Installation. Führen Sie die Qualifizierung nach der Korrektur von Problemen erneut durch, um einen neuen Bericht zur Installationsqualifizierung zu generieren. Report saved at Wird nach Abschluss der Installationsqualifizierung angezeigt.

  • Seite 111: Dialogfeld „Export Scan Region

    Referenz Dialogfeld „Export Scan Region“ Zweck: Ermöglicht Ihnen die Auswahl verfügbarer Scan-Protokolle für den Export. Öffnen: Klicken Sie im Dialogfeld „Scan Protocol Editor“ auf Export. Export Wenn eines oder mehrere Scan-Protokolle ausgewählt sind, öffnet dieser Befehl das Dialogfeld „Save As“. In diesem Dialogfeld wählen Sie einen Speicherort und einen Dateinamen für die exportierte Log-Datei aus.

  • Seite 112: Dialogfeld „Input Barcode

    Referenz Dialogfeld „Input Barcode“ Zweck: Zeigt verfügbare Scan-Bereiche an, die Sie für den Export auswählen können. Öffnen: Klicken Sie im Dialogfeld „Scan Regions Editor“ auf Export. Export Wenn ein oder mehrere Scan-Bereiche ausgewählt sind, öffnet dieser Befehl das Dialogfeld „Save As“. In diesem Dialogfeld wählen Sie einen Speicherort und einen Dateinamen für die exportierte Datei mit den Scan-Bereichen aus.

  • Seite 113: Dialogfeld „Scan Protocol Editor

    Referenz Dialogfeld „Scan Protocol Editor“ Dialogfeld „Scan Protocol Editor“ Abbildung 28 Dialogfeld „Scan Protocol Editor“ Zweck: Dient zum Erstellen oder Ändern von Scan-Protokollen. Öffnen: Klicken Sie im Scan-Steuerungsprogrammfenster auf Tools > Scan Protocol Editor. Scan Protocol Zeigt eine Liste verfügbarer Scan-Protokolle an. Die Einstellungen für das ausgewählte Scan-Protokoll werden im Dialogfeld „Scan Protocol Editor“...
  • Seite 114 Referenz Dialogfeld „Scan Protocol Editor“ General Agilent Defined Ein von Agilent bereitgestelltes Protokoll. Locked Ist ein Protokoll gesperrt, kann es nicht geändert werden. Scan Settings Dye channel Mit dem Farbstoffkanal wird festgelegt, ob Informationen nur für rot (z.B. der Farbstoff Cy-5), nur für grün (z.B. der Farbstoff Cy-3) oder für beide Farbstoffkanäle gesammelt werden.
  • Seite 115 Referenz Dialogfeld „Scan Protocol Editor“ Für alle Scan-Auflösungen steht ein Scan-Modus mit hoher Empfindlichkeit zur Verfügung. Der Hochempfindlichkeitsmodus bietet ähnliche Empfindlichkeit wie duale Scan-Vorgänge, allerdings mit um 25% reduzierten Scan-Zeiten. Der Hochempfindlichkeitsmodus kann im Pulldownmenü „Resolution“ des Scan Protocol Editors ausgewählt werden.
  • Seite 116 Referenz Dialogfeld „Scan Protocol Editor“ Tabelle 11 Speicherplatz und Scan-Zeit Auflösung Speicherplatz, Speicherplatz, Scan-Zeit, MB, 16 Bit MB, 20 Bit min. Einzeldurchgang mit 2 1300 1600 Mikrometern Einzeldurchgang mit 3 Mikrometern Einzeldurchgang mit 5 Mikrometern Einzeldurchgang mit 10 Mikrometern Dualer Durchgang mit 2 1300 1600 Mikrometern...
  • Seite 117 Referenz Dialogfeld „Scan Protocol Editor“ Red PMT Über diese Einstellungen kann der Empfindlichkeitsgrad der Sensitivity (%) PMTs des roten und grünen Kanals eingestellt werden. Der PMT ermittelt die von dem Microarray abgesonderte Fluoreszenz. Green PMT Das Standardausgangssignal (100%) setzt die Verstärkung auf Sensitivity (%) das werkseitig kalibrierte Signal;...
  • Seite 118 Referenz Dialogfeld „Scan Protocol Editor“ Die Einstellung des XDR-Verhältnisses weist den Scanner an, einen zweiten Scan-Vorgang mit niedrigeren PMT-Einstellungen durchzuführen. Sind die PMTs für Rot und Grün beispielsweise auf 100% gesetzt und ist das XDR-Verhältnis auf 0.1 festgelegt, wird der zweite Scan-Vorgang mit 10% für die PMTs durchgeführt.
  • Seite 119 Referenz Dialogfeld „Scan Protocol Editor“ Compress Wenn Sie Yes wählen, reduziert das Programm den von den Scan-Bildern genutzten Speicherplatz durch Komprimierung der TIFF-Dateien. Der verwendete Komprimierungsalgorithmus, LZW, reduziert den Speicherplatz um 20 bis 70 Prozent. File Naming Settings Field 1, Field 2 Zeigt die Einstellungen an, die zur Benennung der vom Scanner und Field 3 erstellten TIFF-Bilddateien verwendet werden.
  • Seite 120 Referenz Dialogfeld „Scan Protocol Editor“ Bei Standard-Scan-Vorgängen verwendet das Scan-Steuerungsprogramm bis zu drei benutzerdefinierte Namenspräfixe für die Zusammenstellung des Dateinamens. Diese Präfixe werden im Scan-Protokoll definiert. Field1_Field2_Field3_ScanNumber.tif Für XDR-Scan-Vorgänge wird dem Dateinamen ein zusätzliches Segment (_H oder _L) hinzugefügt, um XDR-Hi-Bilder von XDR-Lo-Bildern zu unterscheiden: Field1_Field2_Field3_ScanNumber_H.tif Field1_Field2_Field3_ScanNumber_L.tif...

  • Seite 121: Dialogfeld „Scan Region Editor

    Referenz Dialogfeld „Scan Region Editor“ Dialogfeld „Scan Region Editor“ Abbildung 30 Dialogfeld „Scan Region Editor“ Zweck: Ermöglicht Ihnen das Einstellen oder Definieren des Objektträgerbereichs, der gescannt wird. Öffnen: Klicken Sie in der Menüleiste des Scan-Steuerungsprogramm auf Tools > Scan Region Editor. SureScan-System Benutzerhandbuch...
  • Seite 122 Referenz Dialogfeld „Scan Region Editor“ General Agilent Defined Ein von Agilent bereitgestelltes Protokoll. Locked Ist ein Protokoll gesperrt, kann es nicht geändert werden. Scan Region TopLeft X X-Achsenwert für die obere linke Ecke. Geben Sie diesen Wert und den für die Y-Achse in mm ein, um den Bereich auf dem Objektträger zu positionieren.

  • Seite 123: Dialogfeld „Self Test

    Referenz Dialogfeld „Self Test“ Dialogfeld „Self Test“ Abbildung 31 Dialogfeld „Self Test“ Zweck: Untersucht verschiedene Scanneruntersysteme und prüft auf Verhalten, das nicht der Spezifikation entspricht. Nach Abschluss des Selbsttests wird eine Zusammenfassung der Ergebnisse in Ihrem Webbrowser geöffnet. Die Testergebnisse werden außerdem im Ordner „C:\ProgramData\Agilent\ MicroArrayScanner\SelfTestReport“...

  • Seite 124: Dialogfeld „Settings" - „General Settings

    Referenz Dialogfeld „Settings“ – „General Settings“ Dialogfeld „Settings“ – „General Settings“ Abbildung 32 Dialogfeld „Settings“ – Registerkarte „General Settings“ Browse Bei Einstellungen, die eine Ordnerangabe verlangen, können Sie hiermit zu dem Ordner navigieren und ihn auswählen, statt den Pfad einzugeben. Save Speichert die Einstellungen.
  • Seite 125 Referenz Dialogfeld „Settings“ – „General Settings“ Close Schließt das Dialogfeld, ohne dass Änderungen gespeichert werden. Timeouts Laser Saver Wird gerade kein Scan-Vorgang und keine Scan-Warteschlange Delay ausgeführt, werden die Laser nach diesem Zeitraum (in Minuten) automatisch ausgeschaltet. Data Default Scan Zeigt den Ordner an, in dem die vom Scanner erstellten Bilder Data Folder standardmäßig gespeichert werden.

  • Seite 126: Dialogfeld „Settings" - „Design To Protocol Mapping

    Referenz Dialogfeld „Settings“ – „Design To Protocol Mapping“ Dialogfeld „Settings“ – „Design To Protocol Mapping“ Abbildung 33 Dialogfeld „Settings“ – Registerkarte „Design To Protocol Mapping“ Zweck: Dient zum Zuweisen von Standard-Scan-Protokollen zu Konstruktions-IDs von Microarray-Objektträgern. Sobald der Scanner einen Objektträger erkennt, dessen Konstruktion ein Scan-Protokoll zugeordnet ist, fügt das Programm automatisch das zugeordnete Scan-Protokoll in der Steckplatztabelle ein.
  • Seite 127 Referenz Dialogfeld „Settings“ – „Design To Protocol Mapping“ Design ID Für Agilent-Microarray-Objektträger können Sie die Konstruktions-ID über den Strichcode ermitteln. Alle Strichcodes beginnen mit 25; die nächsten fünf Ziffern stehen für die Konstruktions-ID. Beispiel: Die Konstruktions-ID für den Strichcode 251727810298 lautet 17278. Scan Protocol Das der Konstruktions-ID zugewiesene Scan-Protokoll.

  • Seite 128: Informationen Über Das Hinzufügen Von Objektträgern

    Referenz Dialogfeld „Settings“ – „Design To Protocol Mapping“ Informationen über das Hinzufügen von Objektträgern Sie können dem SureScan-Scanner selbst während des Scan-Vorgangs Objektträger hinzufügen. Beachten Sie beim Hinzufügen von Objektträgern zum Scanner die folgenden Richtlinien. • Sie können Objektträger (in Haltern) der Kassette auch während des Scan-Vorgangs hinzufügen.

  • Seite 129: Durchführen Der Merkmalsextraktion Bei Gescannten Bildern

    Referenz Dialogfeld „Settings“ – „Design To Protocol Mapping“ Durchführen der Merkmalsextraktion bei gescannten Bildern Es gibt mehrere Möglichkeiten zur Durchführung der Merkmalsextraktion für die gescannten Bilddateien, die von Ihrem Scanner erstellt wurden: • Richten Sie das Scan-Steuerungsprogramm so ein, dass die Merkmalsextraktionsprogramm Merkmalsextraktion automatisch beim Scan-Vorgang der wurde auf Ihrem...

  • Seite 130: Surescan Scanner - Spezifikationen

    Referenz Dialogfeld „Settings“ – „Design To Protocol Mapping“ SureScan Scanner – Spezifikationen Für den SureScan-Scanner gelten folgende Spezifikationen: Ungefähre Höhe: 42 cm (16,5 Zoll) Maße Breite: 43 cm (17 Zoll) Tiefe: 67 cm (26 Zoll) Gewicht 56,8 kg (125 Pfund) Stromversorgung 100 –...
  • Seite 131 Referenz Dialogfeld „Settings“ – „Design To Protocol Mapping“ Vorgeschlagener 1 mm kleiner als der Scan-Bereich rechts, 2 mm kleiner als der Microarray-Druckbereich Scan-Bereich links und 0,6 mm kleiner als der Scan-Bereich oben und unten. Bei Nicht-Agilent-Objektträgern ist der Druckbereich um die Array-Drucktoleranz kleiner als diese Angaben. Unterstützte Cyanine-3 (Cy-3) und Cyanine-5 (Cy-5) und Farbstoffe, die Cy-3 Farbstoffe...
  • Seite 132 Referenz Dialogfeld „Settings“ – „Design To Protocol Mapping“ Dynamischer Bereich Dynamischer 16-Bit-Bereich von >10 für einzelne Scan-Vorgänge Dynamischer 20-Bit-Bereich von >10 für einzelne Scan-Vorgänge Erweiterter dynamischer Bereich (eXtended Dynamic Range, XDR) von >10 für duale Scan-Vorgänge SureScan-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 133: Objektträgerspezifikationen

    Referenz Scan-Maße Objektträgerspezifikationen Scan-Maße Der Scan-Bereich für einen Standard-Agilent-Microarray ist in Abbildung 34 angegeben. Alle Angaben sind in Millimeter, und die untere rechte Glasseite ist der Referenzpunkt. 76.2 +0.25 -1.4 25.4 + 0.7 or -0.45 Scan Region 21.6 61.0 Abbildung 34 Standard-Scan-Bereich für G4900DA-Scanner Glasspezifikationen Der SureScan-Scanner verwendet Objektträgerhalter, um die Microarrays in die Kassette einzulegen bzw.

  • Seite 134: Spezifikationen Zu Strichcode Und Strichcodeetikett

    Referenz Spezifikationen zu Strichcode und Strichcodeetikett Spezifikationen zu Strichcode und Strichcodeetikett Strichcodespezifikationen für Agilent-Objektträger Der Scanner G4900DA liest Strichcodes, die sich auf der aktiven Seite des Objektträgers befinden. Um eine Abwärtskompatibilität mit den Scannern der Serie G2565AA sicherzustellen, besitzen Agilent-Microarrays weiterhin Strichcodes auf beiden Seiten.
  • Seite 135 Referenz Spezifikationen zu Strichcode und Strichcodeetikett • Der Abstand zwischen der Kante des Microarray-Scan-Bereichs und des Strichcodeetiketts darf für Objektträger mit Strichcode nicht kleiner als 4 mm sein. Standard-Scan-Bereich >4 mm Abbildung 36 Positionierung des Strichcodeetiketts auf Nicht-Agilent-Objektträgern • Die Breite des Strichcodeetiketts sollte etwa 6 mm betragen; die empfohlene Breite des Strichcodeetiketts bezieht sich auf die Verwendung mit dem 61-mm-Scan-Bereich.
  • Seite 136 Referenz Spezifikationen zu Strichcode und Strichcodeetikett • CODABAR: Maximal 8 Stellen; Mindestlinienbreite = 0,15 • Code 39: Maximal 8 Stellen; Mindestlinienbreite = 0,15 mm • Code 93: Maximal 8 Stellen; Mindestlinienbreite = 0,15 mm • Die Mindesthöhe des Strichcodes beträgt •...

  • Seite 137: Informationen Zu Rechtlichen Bestimmungen

    Referenz Spezifikationen zu Strichcode und Strichcodeetikett Informationen zu rechtlichen Bestimmungen In diesem Abschnitt werden rechtliche Bestimmungen für das SureScan-System aufgeführt. Hierzu gehören der SureScan-Microarray-Scanner G2600D, die Computer-Arbeitsstation und die Steuerungssoftware. Verwendung ausschließlich für Forschungszwecke Das SureScan-System ist AUSSCHLIESSLICH FÜR FORSCHUNGSZWECKE bestimmt. Angaben zu Betriebsgeräuschen Angaben des Herstellers: English...

  • Seite 138: Sicherheitsinformationen

    Referenz Spezifikationen zu Strichcode und Strichcodeetikett Störaussendung Erfüllt die in CISPR 11/EN5011 angegebenen Einschränkungen für die Störaussendung für Geräte der Klasse A, Gruppe 1, gemäß EN 61326-1 für Geräte der Klasse A. Diese Geräte sind nicht zur Verwendung in Wohngebieten vorgesehen. Störfestigkeit Dieses Gerät erfüllt die Anforderungen zur Störfestigkeit gemäß...
  • Seite 139 Referenz Spezifikationen zu Strichcode und Strichcodeetikett • Verschmutzungsgrad: 2 • Installationskategorie: II • Gerät der Klasse I; erfordert ein Erdungssystem • Lasereinrichtung der Klasse 1 • Durch CSA und NRTL zertifiziertes Produkt SureScan-System Benutzerhandbuch...
  • Seite 140 Referenz Spezifikationen zu Strichcode und Strichcodeetikett SureScan-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 141: Index

    Index Farbstoffkanal, Einstellung, Fehlerbehebung Aktualisieren der Firmware, Laser Anzeige, All to Queue, automatisches Ausschalten, Austauschen der Sicherungen, Anzeige, Laseranregung, Fehlermeldungen, Arbeitsweise, Lizenz für hochauflösendes Scannen, Hardware, Fluoreszenzdetektion, Lizenzierung, Technischer Support, Laseranregung, hochauflösendes Scannen, Fehlermeldungen, Positionierung der Objektträger, Luftfeuchtigkeit, nicht in der Tabelle aufgeführt, Scannen, Tabelle in alphabetischer Archivieren von Daten, 36,...
  • Seite 142 Index Sicherungen Netzteil, Scan Region Editor, XDR-Verhältnis, Slide ID, Bearbeiten vorhandener Software Scan-Bereiche, Starten, Scan-Bereich Symbol, Bearbeiten für Zuordnen einer Konstruktion zum Wartung, Nicht-Agilent-Objektträger, Scan-Protokoll, 67, Spezifikationen, Bereich, Microarray-Scanner, Definition, Strichcodes, Erstellen für Standortvorbereitung, Nicht-Agilent-Objektträger, Starten Scan-Bereich erstellen, Software, Nicht-Agilent-Objektträger, Statusanzeige, Scan-Bereiche Steckplatzstatus,...
  • Seite 143 Index SureScan-System Benutzerhandbuch...
  • Seite 144 Wir behalten uns vor, Informationen, Beschreibungen und Spezifikationen ohne vorherige Ankündigung zu ändern. Aktualisierte Informationen zu Agilent Produkten finden Sie unter http://genomics.agilent.com. © Agilent Technologies, Inc. 2011-2012 Januar 2012 *G4900-92000* G4900-92000 Revision A1 Agilent Technologies...

Inhaltsverzeichnis