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PyroMark
®
Handbuch
Version 1
Für die Installationsüberprüfung des PyroMark Q24 MDx Systems.
Für in-vitro-diagnostische Anwendungen
979303
1057421DE
QIAGEN GmbH, QIAGEN-Straße 1, 40724 Hilden, DEUTSCHLAND
R2
1057421DE
Q24 Control Oligo
Sample & Assay Technologies
März 2015
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Verwandte Anleitungen für Qiagen PyroMark Q24 Control Oligo
Inhaltszusammenfassung für Qiagen PyroMark Q24 Control Oligo
- Seite 1 März 2015 PyroMark ® Q24 Control Oligo Handbuch Version 1 Für die Installationsüberprüfung des PyroMark Q24 MDx Systems. Für in-vitro-diagnostische Anwendungen 979303 1057421DE QIAGEN GmbH, QIAGEN-Straße 1, 40724 Hilden, DEUTSCHLAND 1057421DE Sample & Assay Technologies...
- Seite 2 QIAGEN Sample and Assay Technologies QIAGEN ist der führende Anbieter von innovativen Probenvorbereitungs- und Testtechnologien, die die Isolierung und die Analyse von Nukleinsäuren und Proteinen in jedem biologischen Probenmaterial ermöglichen. Unsere fort- schrittlichen, qualitativ hochwertigen Produkte und Dienstleistungen stellen den Erfolg von der Probe bis zum Ergebnis sicher.
- Seite 3 Qualitätsbewertung Ergebnisse der Quantifizierung Peakhöhe von Einzelpeaks Hintergrundsignal Unterschied in Peakhöhe bei Lauf mit und ohne Probenvorbereitung Anhang A: Vorbereitung der PyroMark Q24 MDx Vakuum-Arbeitsstation44 Anhang B: Entleeren der Flüssigabfallbehälter und Tröge Literaturhinweis Bestellinformationen PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 4 50 µl Verdünnungspuffer (10x) 2 x 1,7 ml Handbuch Symbole Zur Verwendung bis In-vitro-diagnostisches Medizinprodukt Katalognummer Chargennummer Materialnummer Komponenten Enthält Anzahl Natriumhydroxid Global Trade Item Number (Globale Artikelnummer) Zulässiger Temperaturbereich Hersteller i. S. d. Gesetzes PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 5 Lesen Sie die detaillierten Informationen im Handbuch Wichtiger Hinweis Lagerung Das PyroMark Q24 Control Oligo sollte nach Wareneingang bei –30 °C bis – 15 °C gelagert werden. Wiederholtes Auftauen und Wiedereinfrieren (mehr als 5-mal pro Jahr) sollte vermieden werden. Bei Lagerung unter diesen Bedingungen ist das PyroMark Q24 Control Oligo bis zum Haltbarkeitsdatum, das auf der Kit-Verpackung angegeben ist, stabil.
- Seite 6 Anwendung der QIAGEN ® Produkte gerne zur Verfügung. Rufen Sie uns an, wenn Sie Fragen zum PyroMark Q24 Control Oligo oder zu anderen QIAGEN Produkten haben. Die Erfahrungen unserer Kunden sind eine wichtige Informationsquelle bei der Entwicklung und Verbesserung unserer Produkte. Rufen Sie uns an, denn Ihre Vorschläge und Ideen zu unseren Produkten und zu neuen Techniken...
- Seite 7 Struktur des Oligonukleotids. Die durch Selbstpriming entstandene Struktur des Oligonukleotids; der analysierte Sequenzabschnitt ist angegeben. Kurzbeschreibung der Protokolle Es wird empfohlen, zwei Läufe durchzuführen, um die ordnungsgemäße Installation des PyroMark Q24 MDx Systems zu verifizieren. PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 8 Pyrosequenzierungsreaktion durchgeführt, bei der das PyroMark Q24 Kontroll- Oligonukleotid zum einen direkt in acht Wells und zum anderen in acht weitere Wells dispensiert wird, nachdem es die Probenvorbereitungsprozedur mit der PyroMark Q24 MDx Vakuum-Arbeitsstation durchlaufen hat. PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 9 Ethanol (70 %) * Stellen Sie sicher, dass die Geräte regelmäßig und gemäß den Herstellerangaben überprüft und kalibriert werden. † CE-IVD-Kennzeichnung gemäß EU-Richtlinie 98/79/EG. Alle anderen aufgeführten Produkte tragen keine CE-IVD-Kennzeichnung gemäß EU-Richtlinie 98/79/EG. PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 10 Weitere Informationen, wie Sie eine Assay-Datei anlegen, finden Sie im PyroMark Q24 MDx Software-Handbuch. 4. Klicken Sie auf die Schaltfläche “Generate Dispensation Order” („Dispensier-Reihenfolge generieren“), um die folgende Dispensier - Reihenfolge der Nukleotide zu erhalten: CTGACTGTG. PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 11 Platte. Wählen Sie dazu die Funktion “Pre Run Information” aus dem “Tools”-Menü und klicken Sie auf , wenn der Bericht erscheint. 9. Verdünnen Sie das PyroMark Q24 Kontroll-Oligonukleotid gemäß Tabelle 1 auf 0,04 µM. PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 12 15. Vergewissern Sie sich, dass die Linie vorne an der Kartusche sichtbar ist und schließen Sie die Halterung. 16. Öffnen Sie den Plattenhalter-Rahmen und setzen Sie die Platte auf den Heizblock. 17. Schließen Sie den Plattenhalter-Rahmen und den Gerätedeckel. PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 13 Format), um für jedes Well die mittlere Höhe der Einzelpeaks wie im Folgenden beschrieben zu berechnen. Führen Sie eine Qualitätsbewertung durch. Bei allen Wells sollte die Qualitätsbewertung “Passed” („Bestanden“) erhalten werden, was als blauer Balken im unteren Feld bei PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 14 Sie anschließend den Lauf 1. Falls auch die Wiederholung von Lauf 1 zum Ergebnis “Failed” führt, lesen Sie bitte in unserem Technischen Support-Center unter www.qiagen.com/Support nach oder rufen Sie den Technischen Service von QIAGEN an (siehe Rückseite oder unter www.qiagen.com). Abbildung 3. Pyrogramm von Lauf 1.
- Seite 15 “New AQ Assay” („Neuer AQ-Assay“). 3. Tippen Sie die folgende Sequenz als „zu analysierende Sequenz“ (“Sequence to Analyze”) ein: TAYGGTTTGCA Weitere Informationen, wie Sie eine Assay-Datei anlegen, finden Sie im PyroMark Q24 MDx Software-Handbuch. PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 16 10. Bereiten Sie einen Master-Mix für die DNA-Immobilisierung gemäß Tabelle 2 vor. Setzen Sie ein Volumen an, das um 10 % größer ist als das Volumen, das für die Gesamtzahl der durchzuführenden Reaktionen erforderlich ist. PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 17 55 µl Master-Mix und 25 µl des verdünnten PyroMark Q24 Kontroll-Oligonukleotids (Konzentration: 0,04 µM) in alle 24 Wells einer 24-Well-PCR-Platte oder in PCR-Streifen. 13. Verschließen Sie die PCR-Platte (oder -Streifen) mit PCR- Deckelstreifen. PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 18 18. Senken Sie die Filter-Hohlnadeln vorsichtig in die Wells der PCR- Platte (oder -Streifen) ab, um die Beads mit der immobilisierten Template-DNA anzusaugen. Halten Sie die Hohlnadeln für 15 s in Position. Seien Sie vorsichtig, wenn Sie den Saugkopf anheben. PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 19 Senkrechte, und lassen Sie für 5 s die Flüssigkeit aus den Filter-Hohlnadeln ablaufen (siehe Abbildung 6). 28. Schließen Sie den Vakuumschalter am Saugkopf (auf „Off“) und setzen Sie ihn in die Park-(P-)Position. 29. Schalten Sie die Vakuumpumpe ab. PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 20 Ordner und drücken auf “Select” („Auswählen“). Durch Drücken der Option “Back” („Zurück“) gelangen Sie zur vorherigen Ansicht. 40. Nachdem Sie die Laufdatei ausgewählt haben, starten Sie den Lauf durch erneutes Drücken der Schaltfläche “Select” („Auswählen“). PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 21 Speichern Sie die dann Daten in einem geeigneten Dateiformat (*.csv oder *.tsv) ab und öffnen Sie diese Datei in Microsoft Excel (in Tab-getrenntem Format), um für jedes Well die mittlere Höhe der Einzelpeaks und des Hintergrundsignals wie im Folgenden beschrieben zu berechnen. PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 22 Falls das Problem im Kapitel „Hilfe zur Fehlersuche“ nicht beschrieben ist, schauen Sie auch bitte in unserem Technischen Support- Center unter www.qiagen.com/support nach oder rufen Sie den Techni- schen Service von QIAGEN an (Kontaktinformationen siehe hintere Umschlagseite oder unter www.qiagen.com).
- Seite 23 3. Tippen Sie die folgende Sequenz als „zu analysierende Sequenz“ (“Sequence to Analyze”) ein: TAYGGTTTGCA Weitere Informationen, wie Sie eine Assay-Datei anlegen, finden Sie im PyroMark Q24 MDx Software-Handbuch. 4. Geben Sie manuell die folgende Nukleotid-„Dispensier-Reihenfolge“ (“Dispensation Order”) ein: ACGTTATCGTTGC PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 24 Platte. Wählen Sie dazu die Funktion “Pre Run Information” aus dem “Tools”-Menü und klicken Sie auf , wenn der Bericht erscheint. 9. Schütteln Sie die Flasche mit der Streptavidin Sepharose High Performance vorsichtig, bis eine homogene Lösung vorliegt. PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 25 12. Schütteln Sie das Röhrchen mit dem Master-Mix und pipettieren Sie jeweils 55 µl Master-Mix und 25 µl des verdünnten PyroMark Q24 Kontroll-Oligonukleotids (Konzentration: 0,04 µM) in acht Wells einer 24-Well-PCR-Platte oder eines PCR-Streifens. PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 26 Q24 Platte in der PyroMark Q24 MDx Vakuum-Arbeitsstation. Die gekennzeich- neten Positionen enthalten: 70 % Ethanol (1), PyroMark Denaturierungslösung (2), PyroMark Waschpuffer (3) und hochreines Wasser (4, 5). P: Park-Position. 17. Legen Sie Unterdruck an den Saugkopf an, indem Sie den Vakuumschalter öffnen. PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 27 Wasser. 27. Heben Sie den Saugkopf an und schwenken Sie ihn um mehr als 90° in die Senkrechte, und lassen Sie für 5 s die Flüssigkeit aus den Filter-Hohlnadeln ablaufen (siehe Abbildung 10). PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 28 Entfernen Sie den Stick nicht vor Ende des Laufs aus dem USB- Anschluss. 38. Wählen Sie auf dem Bildschirm mithilfe der Pfeiltasten und im Hauptmenü die Funktion “Run” („Lauf“) und drücken Sie dann “OK”. PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 29 Um die Werte für die Peakhöhen zu erhalten, wählen Sie die Option “Export Peak Heights” („Peakhöhen exportieren“) im “Tools”-Menü. Speichern Sie die dann Daten in einem geeigneten Dateiformat (*.csv oder *.tsv) ab und öffnen Sie diese Datei in Microsoft Excel (in Tab-getrenntem PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 30 PyroMark Q24 Platte gegeben wurde, nicht um mehr 20 % kleiner sein. Falls die erhaltenen Werte innerhalb der gesetzten Grenzwerte liegen, ist das System ordnungsgemäß installiert. Falls die Ergebnisse nicht wie zuvor beschrieben sind, siehe das Kapitel “Hilfe zur Fehlersuche” auf PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 31 Falls das Problem im Kapitel „Hilfe zur Fehlersuche“ nicht beschrie- ben ist, schauen Sie auch bitte in unserem Technischen Support-Center unter www.qiagen.com/support nach oder rufen Sie den Technischen Service von QIAGEN an (Kontaktinformationen siehe hintere Umschlagseite oder unter www.qiagen.com).
- Seite 32 Darüber hinaus steht Ihnen unser Technischer Service (Tel.-Nr. siehe hintere Umschlagseite oder unter www.qiagen.com) unterstützend zur Seite, falls Sie Fragen zum Protokoll oder zu anderen Angaben in diesem Handbuch haben sollten. Das Team besteht aus erfahrenen Wissenschaftlern, die Ihnen in allen molekularbiologischen Fragen gerne weiterhelfen.
- Seite 33 Kommentare und Vorschläge Hoher Substrat-Peak Verunreinigte Probe führt Wechseln Sie die Puffer. Verwenden Sie zu ungewöhnlich hohem nur Puffer von QIAGEN oder von QIAGEN- Verbrauch an autorisierten Händlern. Substratgemisch (wird als hohes Vor-Sequenzsignal Prüfen Sie mithilfe der Zoom-in- registriert) Funktion, ob überhaupt Peaks generiert wurden (markieren Sie mit der linken Maustaste einen Abschnitt des Pyrogramms).
- Seite 34 Stellen Sie sicher, dass ausreichende Nukleotid-Kammern in der Mengen an Reagenzien in die PyroMark Q24 PyroMark Q24 Kartusche Kartusche gefüllt werden. Befolgen Sie die zu ist/sind nicht korrekt mit den Produkten gehörenden Gebrauchs- Reagenz(ien) oder anweisungen. Nukleotid(en) befüllt PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 35 Reagenzien-Handbuch gegeben werden. gelagert i) PyroMark Q24 MDx Reinigen Sie den Heizblock sowie gestartet, ohne dass eine Lichtleiter und Linsen-Array gemäß den Platte eingesetzt wurde Anweisungen im PyroMark Q24 MDx Handbuch. PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 36 Verdünnungspuffer zuerst 1:10 mit hochreinem Wasser verdünnt wird. k) Verunreinigte Probe führt zu Wechseln Sie die Puffer. Verwenden Sie ungewöhnlich hohem nur Puffer von QIAGEN oder von QIAGEN- Verbrauch an Substrat- autorisierten Händlern. gemisch (wird als hohes Vor-Sequenzsignal Prüfen Sie mithilfe der Zoom-in- registriert) Funktion, ob überhaupt Peaks generiert...
- Seite 37 Kartusche unter Beachtung der Bundes-, Landes- und kommunalen Umweltauflagen für die Entsorgung von Laborabfällen. g) Annealing-Zeit zu lang Halten Sie beim Annealing die korrekte Zeit und die Temperaturen ein, wie sie in den Protokollen angegeben sind. PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 38 Stellen Sie außerdem sicher, dass der mitgelieferte 10-fach konzentrierte Verdünnungspuffer zuerst 1:10 mit hochreinem Wasser verdünnt wird. b) Fehlerhafte zu Überprüfen Sie, dass die korrekte analysierende Sequenz Sequenz beim Konfigurieren des Assays oder Dispensier- eingegeben wurde. Reihenfolge PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 39 Q24 Kontroll-Oligonukleotid korrekt verdünnt Immobilisierung wird und verwenden Sie die in den Protokollen angegebenen Mengen. b) Nicht genügend Enzym- Befüllen Sie die PyroMark Q24 oder Substratgemisch für Kartusche gemäß den Angaben im “Pre Run alle Wells Information”-Bericht. PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 40 Reinigen Sie die PyroMark Q24 Kartusche und überprüfen Sie ihre ordnungsgemäße Funktion. g) Beschädigte PyroMark Verwerfen Sie die PyroMark Q24 Q24 Kartusche Kartusche unter Beachtung der Bundes-, Landes- und kommunalen Umweltauflagen für die Entsorgung von Laborabfällen. PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 41 1:10 mit hochreinem Wasser verdünnt wird. j) Verunreinigte Probe führt zu Wechseln Sie die Puffer. Verwenden Sie ungewöhnlich hohem nur Puffer von QIAGEN oder von QIAGEN- Verbrauch an autorisierten Händlern. Substratgemisch (wird als hohes Vor-Sequenzsignal Prüfen Sie mithilfe der Zoom-in- registriert) Funktion, ob überhaupt Peaks generiert...
- Seite 42 Richtlinien zur Probenvorbereitung, die in Template) in die Filter- unserem Technischen Support-Center unter Hohlnadeln www.qiagen.com/Support verfügbar sind, oder rufen Sie den Technischen Service von QIAGEN an (Kontaktinformationen siehe hintere Umschlagseite oder unter www.qiagen.com). PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 43 High Performance Beads) d) Undichtigkeit der PyroMark Vergewissern Sie sich, dass der Q24 MDx Vakuum- Schlauch ordnungsgemäß angeschlossen ist Arbeitsstation und dass kein Leck vorhanden ist. Der Abfall- filter könnte nass sein und muss ersetzt werden. PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 44 Flüssigabfallbehälter abgesaugt wird. Falls dies nicht der Fall sein sollte: Prüfen Sie, ob die Schläuche korrekt angeschlossen und nicht beschädigt sind. Beschädigte Schläuche sollten umgehend ersetzt werden (siehe den Abschnitt „Austauschen des Schlauchs“ im PyroMark Q24 MDx Handbuch). PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 45 „Austauschen des Abfallfilters“ im PyroMark Q24 MDx Handbuch. 6. Füllen Sie Trog 5 wieder mit 70 ml hochreinem Wasser auf. 7. Schließen Sie den Vakuumschalter am Saugkopf (auf „Off“) und setzen Sie ihn in die Park-(P-)Position. PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 46 2. Verwerfen Sie in den Trögen verbliebene Reste der Lösungen. 3. Spülen Sie die Tröge mit hochreinem Wasser oder ersetzen Sie sie, falls erforderlich. 4. Entleeren Sie den Flüssigabfallbehälter. Der Deckel kann abgenommen werden, ohne die Schlauchverbindungen zu trennen. PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 47 5. Falls die PyroMark Q24 MDx Vakuum-Arbeitsstation gereinigt werden muss (z. B. wegen Staub oder verschütteter Flüssigkeit), befolgen Sie dazu bitte die Anweisungen im Abschnitt „Reinigen der PyroMark Q24 MDx Vakuum-Arbeitsstation“ im PyroMark Q24 MDx Handbuch. PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 48 Sie brauchen – entweder mit der einfachen Suche nach Stichwörtern oder durch Eingabe der Applikation, des Forschungsgebiets, des Titels etc. Eine vollständige Liste der Referenzen finden Sie online in der QIAGEN Referenz-Datenbank unter www.qiagen.com/RefDB/search.asp. Sie können sich auch an den Technischen Service von QIAGEN wenden, um sie anzufordern.
- Seite 49 979302 PyroMark Q24 Kartuschen für das Dispensieren von Cartridge (3) Nukleotiden und Reagenzien Verwandte Produkte PyroMark Q24 MDx 9001513 Sequenzbasierte Detektionsplattform für die Pyrosequenzierungsanalyse von 24 Proben gleichzeitig Applikations-Software 9019063 PyroMark Q24 MDx Software PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
- Seite 50 Sie im jeweiligen QIAGEN Kit- oder Geräte-Handbuch. QIAGEN Kit- und Geräte-Handbücher stehen unter www.qiagen.com zur Verfügung oder können Sie vom QIAGEN Technischen Service oder dem für Sie zuständigen Außendienstmitarbeiter oder Distributor anfordern. PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch 03/2015...
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- Seite 55 Mit der Nutzung dieses Produkts erkennen Käufer und Anwender des PyroMark Q24 Control Oligo die folgenden Bedingungen an: Das PyroMark Q24 Control Oligo darf nur gemäß den Angaben im PyroMark Q24 Control Oligo Handbuch und mit den Komponenten, die Bestandteil des Produkts sind, verwendet werden. QIAGEN gewährt im Rahmen ihrer Eigentumsrechte keinerlei Lizenz, die zum Produkt gehörenden Komponenten mit anderen Komponenten, die nicht zu diesem Produkt gehören, zu ve rwenden oder zu kombinieren, mit...
- Seite 56 Australien Bestellungen 03-9840-9800 Fax 03-9840-9888 Technischer Service 1-800-243-066 Belgien Bestellungen 0800-79612 Fax 0800-79611 Technischer Service 0800-79556 Brasilien Bestellungen 0800-557779 Fax 55-11-5079-4001 Technischer Service 0800-557779 China Bestellungen 021-3865-3865 Fax 021-3865-3965 Technischer Service 800-988-0325 ...