Bericht Zu Den Häufigsten Unbekannten Barcodes; Ausgabeordnerstruktur Der Dragen-Sekundäranalyse - illumina NextSeq 2000 Handbuch

NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch
Bericht zu den häufigsten unbekannten Barcodes
Der Bericht zu den häufigsten unbekannten Barcodes enthält die 100 häufigsten Indexeinträge oder
Indexpaare je Lane, die nicht im Probenblatt gemäß der Anzahl zulässiger Nichtübereinstimmungen
angegeben wurden. Wenn mehrere Indexwerte als 100. Indexeintrag angegeben werden, werden alle
Indexwerte mit derselben Anzahl als 100. Eintrag ausgegeben.
Die folgenden Informationen sind enthalten:
Metrik
Lane
index
index2
# Reads
Ausgabeordnerstruktur der DRAGEN-Sekundäranalyse
DRAGEN generiert standardmäßig Ausgabedateien in dem auf der Registerkarte „Settings"
(Einstellungen) gewählten Ausgabeordner.
*stderr_.txt
*stdout_.txt
dragen_prev_24_hrs.log
SampleSheet.csv
Laufeingabedateien (z. B. BED- oder GTF-Dateien)
sample_name
enrich_caller, germline_seq oder rna_seq
dragen_*.log
sample_name.*.metrics.csv
[DNA]
sample_name.*.vcf.gz
[DNA]
sample_name.*.gvcf.gz
sample_name.*.bam oder sample_name.*.cram
Logs
[RNA]
sample_name.fusion_candidates.filter_info
[RNA]
sample_name.fusion_candidates.final
[RNA]
sample_name.quant.genes.sf
[RNA]
sample_name.quant.sf
sample_name.metrics.json
Dokument-Nr. 1000000109376 v01 DEU
Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
Beschreibung
Die Fließzellen-Lane der sequenzierten Probe.
Die Sequenz für jeden unbekannten Index in Index-Read 1. Das Feld ist
leer, wenn keine unbekannten Indizes gefunden wurden.
Die Sequenz für jeden unbekannten Index in Index-Read 2. Das Feld ist
leer, wenn ein Single-Read-Lauf erfolgt ist oder wenn keine unbekannten
Indizes gefunden wurden.
Die Anzahl der Reads für die Probe in der angegebenen Lane.
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