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illumina NovaSeq X Plus Produktdokumentation
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NovaSeq X Plus
Produktdokumentation
ILLUMINA – EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT
Dokument-Nr. 200027529 Version 02
Februar 2023
Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.

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Verwandte Anleitungen für illumina NovaSeq X Plus

Inhaltszusammenfassung für illumina NovaSeq X Plus

  • Seite 1 NovaSeq X Plus Produktdokumentation ILLUMINA – EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT Dokument-Nr. 200027529 Version 02 Februar 2023 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
  • Seite 2 Produkts/der hier beschriebenen Produkte und für keinen anderen Bestimmungszweck ausgelegt. Dieses Dokument und sein Inhalt dürfen ohne schriftliches Einverständnis von Illumina zu keinem anderen Zweck verwendet oder verteilt bzw. anderweitig übermittelt, offengelegt oder auf irgendeine Weise reproduziert werden.

  • Seite 3: Inhaltsverzeichnis

    Inhaltsverzeichnis Sicherheit und Compliance Sicherheitserwägungen und Kennzeichnungen Compliance- und Regulierungskennzeichnungen des Produkts Systemüberblick Sequenzierung – Überblick Sequenzierungsworkflow Gerätekomponenten Integrierte Software Vorbereitung des Aufstellorts Anforderungen an das Labor Anforderungen an die Lagerung von Reagenzien-Kits Laboreinrichtung für PCR-Verfahren Elektrische Anforderungen Unterbrechungsfreie Stromversorgung Umgebungsanforderungen Netzwerkverbindungen Verbrauchsmaterialien und Ausstattung Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien Vom Benutzer bereitgestellte Verbrauchsmaterialien und Geräte...
  • Seite 4 Laden der Verbrauchsmaterialien Selbsttests Überwachen des Lauffortschritts An- und Abmelden Recycling von benutzten Verbrauchsmaterialien Sequenzierungsausgabe Real-Time Analysis Sequenzierungsausgabedateien NovaSeq X Plus Berichte der Sekundäranalyse Wartung Freimachen von Speicherplatz auf der Festplatte Software-Updates Austausch des Luftfilters Präventive Wartung Durchführen eines Wartungswaschlaufs Fehlerbehebung Beenden eines Laufs Sekundäranalyse wieder in die Warteschlange stellen...

  • Seite 5: Sicherheit Und Compliance

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Sicherheit und Compliance Dieser Abschnitt enthält wichtige Informationen zur Sicherheit bzgl. der Installation, Wartung und Bedienung des Sequenzierungssystems. Dieser Abschnitt enthält Angaben zur Produkt-Compliance und zu regulatorischen Vorschriften. Lesen Sie diesen Abschnitt, bevor Sie die Arbeit am System beginnen.
  • Seite 6 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Abbildung 1 Warnhinweis Klasse-4-Laser Abbildung 2 Laserwarnschild für Illumina-Servicetechniker Schutzerde Das Gerät ist über das Gehäuse mit der Schutzerde verbunden. Der Schutzleiter des Stromkabels führt die Schutzerde an einen sicheren Bezugspunkt zurück. Wenn dieses Gerät benutzt wird, muss sich die Schutzerdung am Stromkabel in gutem Zustand befinden.

  • Seite 7: Compliance- Und Regulierungskennzeichnungen Des Produkts

    Betreiben Sie das Gerät nicht, wenn irgendein Gehäuseteil entfernt wurde. Berühren Sie keine beweglichen Teile im Gerät. Compliance- und Regulierungskennzeichnungen des Produkts Vereinfachte Konformitätserklärung Illumina, Inc. erklärt hiermit, dass die NovaSeq X Series diesen Richtlinien entspricht: EMV-Richtlinie [2014/30/EU] • • Niederspannungsrichtlinie [2014/35/EU] •...

  • Seite 8: Exposition Von Personen Gegenüber Hochfrequenzenergie

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Exposition von Personen gegenüber Hochfrequenzenergie Dieses Gerät arbeitet innerhalb der Grenzwerte der für die allgemeine Bevölkerung maximal zulässigen Exposition (MPE) gemäß Titel 47 CFR § 1.1310, Tabelle 1. Dieses Gerät arbeitet innerhalb der Grenzen für die Exposition von Personen gegenüber elektromagnetischen Feldern (EMF) von Geräten, die in einem Frequenzbereich von 0 Hz bis 10 GHz...
  • Seite 9 NovaSeq X Plus Produktdokumentation FCC-Geschirmte Kabel Mit diesem Gerät müssen geschirmte Kabel verwendet werden, um die Compliance mit den Grenzwerten der Klasse A der FCC zu garantieren. IC-Compliance Dieses digitale Gerät der Klasse A erfüllt alle Anforderungen der kanadischen Vorschriften über störungsverursachende Geräte.

  • Seite 10: Systemüberblick

    – Verwendet XLEAP-SBS-Chemie, eine optimierte Version der Illumina SBS-Chemie. – Ermöglicht eine umfassende und effiziente Analyse von NGS-Daten mithilfe von Datenanalyse- Pipelines, die von der Illumina DRAGEN Bio-IT Platform unterstützt werden. • Produktivität – Bietet mehrere Fließzellenkonfigurationen, um ~165 Gb bis 16 Tb Sequenzierungsdaten und bis zu 104 Milliarden Paired-End-Reads pro Lauf zu ermöglichen.

  • Seite 11: Clusterbildung

    Datenanalyse hängt von Ihrer Anwendung und der Systemkonfiguration ab. Sekundäranalyse BaseSpace Sequence Hub und Illumina Connected Analytics (ICA) sind die Cloud-Computing- Umgebungen von Illumina für die Datenanalyse, Speicherung und Laufüberwachung. Die Laufüberwachung ist nur im BaseSpace Sequence Hub sichtbar. BaseSpace Sequence Hub enthält DRAGEN und BaseSpace Sequence Hub Anwendungen, die gängige Analysemethoden für die...

  • Seite 12: Sequenzierungsworkflow

    Sequenzierungsworkflow Das folgende Diagramm stellt das Sequenzierungsprotokoll des NovaSeq X Plus dar. Gerätekomponenten Der NovaSeq X Plus umfasst einen Touchscreen-Monitor, eine Statusleiste, eine Ein/Aus-Taste, neben der sich USB-Anschlüsse befinden, und drei Kammern. Dokument-Nr. 200027529 Version 02 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.

  • Seite 13: Externe Komponenten

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Externe Komponenten A. Touchscreen-Monitor: Ermöglicht die Systemkonfiguration und -einrichtung am Gerät über die Benutzeroberfläche der Steuerungssoftware der NovaSeq X-Series. Sie können die Höhe des Touchscreen-Monitors mithilfe der Tasten an der Seite des Monitors einstellen. B. Tastatur- und Trackpad-Ablage: Ausziehbare Ablage für Tastatur und Trackpad. Drücken Sie zum Öffnen die Ablage nach innen.

  • Seite 14: Stromanschluss Und Andere Anschlüsse

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Stromanschluss und andere Anschlüsse Auf der Rückseite des Geräts befinden sich zwei Ethernet-Anschlüsse für eine Ethernet-Verbindung und der Schalter und der Anschluss für die Stromversorgung des Geräts. Verwenden Sie den 2.0 USB- Anschluss, um eine USV anzuschließen.
  • Seite 15 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Flüssigkeitskammer Das Starten eines Laufs erfordert Zugang zur Flüssigkeitskammer, um Reagenzien und Puffer zu laden und die Flaschen für benutzte Reagenzien zu leeren. Die Flüssigkeitskammer, die in zwei gleiche Seiten für Seite A und Seite B unterteilt ist, wird von zwei Türen verschlossen.

  • Seite 16: Integrierte Software

    • Laufs in den Ausgabeordner. Ggf. überträgt der Dienst auch Daten an den BaseSpace Sequence Hub oder Illumina Connected Analytics (ICA). Illumina DRAGEN Bio-IT Platform: Führt eine Sekundäranalyse mit Hardwarebeschleunigung für ein • ausgewähltes Anwendungsangebot durch. Die Steuerungssoftware der NovaSeq X-Series ist interaktiv und führt automatisierte Hintergrundprozesse aus.

  • Seite 17: Benachrichtigungen Und Warnungen

    Series während der Aktion gewarnt. • Kritische Systemfehler verlangen Ihre sofortige Aufmerksamkeit. Sie müssen das Gerät ausschalten und sich an den technischen Support von Illumina wenden. Nicht kritische Systemfehler erfordern eine Aktion, bevor der Lauf gestartet oder fortgesetzt • werden kann. Je nach Fehler gibt die Steuerungssoftware der NovaSeq X-Series die entsprechende Aktion zur Behebung des Fehlers an.

  • Seite 18: Verwendung Der Remote-Steuerungssoftware Der Novaseq X-Series

    Wenn Ihr Computer ein Mac- oder Linux-Betriebssystem verwendet, müssen Sie ein Wurzelzertifikat installieren, um aus der Ferne auf die Steuerungssoftware der NovaSeq X-Series zugreifen zu können. Das Wurzelzertifikat wird von Ihrem Illumina-Vertreter bereitgestellt. Verwenden Sie zur Installation des Wurzelzertifikats die vom Hersteller Ihres Betriebssystems bereitgestellte Dokumentation.

  • Seite 19: Laufverwaltung

    Die Registerkarte „Planned“ (Geplant) zeigt die lokal oder in der Cloud geplanten Läufe an. Sie können Läufe lokal auf dem NovaSeq X Plus-Gerät oder einen Computer mit Internetverbindung planen. Um Läufe in der Cloud zu planen, können Sie BaseSpace Sequence Hub verwenden.

  • Seite 20: Aktive Läufe

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation – Draft (Entwurf): Der Lauf kann nicht für die Sequenzierung ausgewählt werden. – Needs attention (Erfordert Überprüfung): Der Lauf ist aufgrund eines Fehlers nicht verfügbar (z. B. die Cloud-Verbindung wurde unterbrochen). Sie können den Fehler auf dem Bildschirm „Run details“...
  • Seite 21 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Um einen Lauf zu löschen, wählen Sie das Auslassungszeichen in der Spalte „Action“ (Aktion). Sie können entweder den Lauf oder nur die Laufdaten löschen. Durch das Löschen von Laufdaten werden die Sequenzierungs- und Analyseordner entfernt, die vom Lauf generiert wurden, aber die grundlegenden Laufdetails bleiben erhalten und der Lauf wird nicht von der Registerkarte „Completed“...

  • Seite 22: Vorbereitung Des Aufstellorts

    Installation und den Betrieb der Geräte der NovaSeq X Series enthalten. Lieferung und Installation Ein Vertreter von Illumina liefert das System, entpackt die Komponenten und stellt das Gerät auf. Stellen Sie vor der Lieferung sicher, dass der Platz im Labor bereitsteht.

  • Seite 23: Anforderungen An Das Labor

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Tabelle 1 Maße der Transportkisten Maßangabe Transportkiste 1 Transportkiste 2 Höhe 175,90 cm 121,92 cm Breite 109,22 cm 91,44 cm Tiefe 154,76 cm 101,6 cm Gewicht 722 kg 238 kg Die folgenden Inhalte sind in jeder Kiste enthalten. Transportkiste Nr. 1 enthält das Gerät. Transportkiste Nr. 2 enthält fünf Kisten mit dem folgenden Inhalt: •...

  • Seite 24: Anforderungen An Den Aufstellort

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Geräteabmessungen Maßangabe Geräteabmessungen Höhe 158,8 cm Breite 86,4 cm Tiefe 93,3 cm Gewicht 588 kg* * Gesamtgerätegewicht nach der Installation, einschließlich USV und Verbrauchsmaterialien. Anforderungen an den Aufstellort Positionieren Sie das Gerät so, dass eine ausreichende Belüftung, der Zugang zum Netzschalter und zur Steckdose sowie der Zugang zwecks Wartung des Geräts möglich sind.
  • Seite 25 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Zugang Mindestabstand Vorderseite Lassen Sie vor dem Gerät mindestens 152,4 cm frei, um die Vordertüren zu öffnen und ausreichend Platz zu lassen, damit sich das Personal im Labor ungehindert bewegen kann. Seiten Lassen Sie auf jeder Seite des Geräts mindestens 70 cm Platz für Zugang und Abstand um das Gerät herum.

  • Seite 26: Anforderungen An Die Lagerung Von Reagenzien-Kits

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation – Stark frequentierte Bereiche. • Mögliche Erschütterungsquellen wie herabfallende Gegenstände und die Bewegung schwerer Geräte sollten mindestens 100 cm vom Gerät entfernt gehalten werden. • Verwenden Sie für die Interaktion mit dem Gerät ausschließlich den Touchscreen, die Tastatur und das Trackpad.

  • Seite 27: Lichtempfindlichkeit

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Lichtempfindlichkeit Reagenzienkartusche, Pufferkartusche und Lyo-Rasteinsatz enthalten lichtempfindliche Reagenzien. Bewahren Sie die Artikel bis zur Verwendung verpackt auf und lagern Sie sie im Dunkeln entfernt von Lichtquellen. Laboreinrichtung für PCR-Verfahren Bei einigen Methoden der Bibliotheksvorbereitung ist der Polymerase-Kettenreaktion (PCR) Prozess erforderlich.
  • Seite 28 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Tabelle 2 Leistungsangaben Spezifikation Netzspannung 200–240 V Wechselstrom bei 50/60 Hz Maximale 2700 Watt Leistungsaufnahme Steckdosen Die Einrichtung muss über eine geerdete Leitung mit mindestens 15 A und ordnungsgemäßer Spannung verfügen. Die Anforderungen können je nach Region variieren. Siehe Netzkabel auf Seite 24 für...
  • Seite 29 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Im Lieferumfang enthaltenes Region Stromversorgung Steckdose Netzkabel China GB 2099 zu C19, 16 A Netzspannung: GB 1002, 220 V GB 2099, Typ I Wechselstrom Mindeststrom: 16 A Europäische Schuko CEE 7 (EU1-16p) zu C19, Netzspannung: Schuko CEE 7/3 Union¹ 16 A 220–240 V Wechselstrom Mindeststrom: 16 A Indien IS1293 zu C19, 16 A...
  • Seite 30 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Im Lieferumfang enthaltenes Region Stromversorgung Steckdose Netzkabel Nordamerika NEMA L6-20P zu C19, 20 A Netzspannung: NEMA L6-20R < 220 V Wechselstrom Mindeststrom: 20 A Netzspannung: ≥ 220 V Wechselstrom Mindeststrom: 16 A Singapur IEC 60309 316P6 zu C19, 16 A Netzspannung: IEC60309  316C6 230–250 V Wechselstrom Mindeststrom: 16 A Südafrika...

  • Seite 31: Unterbrechungsfreie Stromversorgung

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Unterbrechungsfreie Stromversorgung Die folgenden Spezifikationen gelten für die weltweite USV, die im Lieferumfang des Geräts enthalten sind. Weitere Informationen zu Ländern, in denen ein anderes USV- und Batteriemodell sowie Alternativen erforderlich sind, finden Sie unter Länderspezifische unterbrechungsfreie Stromversorgung auf Seite 28.

  • Seite 32: Länderspezifische Unterbrechungsfreie Stromversorgung

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Länderspezifische unterbrechungsfreie Stromversorgung Illumina bietet die folgenden länderspezifischen USV. Land UPS-Modellnr.: Kolumbien SRT3000RMXLW-IEC Indien UPS-Modellnr.: SUA3000UXI Batteriemodell-Nr.: SUA48XLBP Japan SRT5KXLJ Mexiko SRT3000RMXLW-IEC Südkorea SRT3000RMXLW-IEC Thailand SRT3000RMXLW-IEC Weitere Informationen zu den Spezifikationen finden Sie auf der APC-Website (www.apc.com).

  • Seite 33: Entlüftung

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation *Vermeiden Sie hohe Temperaturen zusammen mit hoher Luftfeuchtigkeit. Beispielsweise 30 °C und eine relative Luftfeuchtigkeit von 80 %. Tabelle 5 Lärmemission Lärmemission Abstand zum Gerät < 75 dB 1 m Tabelle 6 Wärmeabgabe Stromverbrauch Wärmeleistung Höchstens: 2700 Watt Höchstens: 9200 BTU/h* Durchschnitt: 2200 Watt Durchschnitt: 7507 BTU/h *Wärmeleistung der USV ist nicht enthalten.

  • Seite 34: Umgang Mit Benutzten Reagenzien In Großen Mengen

    Reagenzien, die im Zubehörkit enthalten sind, sind 5 Meter lang und werden an der linken Rückseite des Geräts angeschlossen. Illumina unterstützt nur die externe Sammlung benutzter Reagenzien mit den im Lieferumfang enthaltenen Röhrchen. Jedes Röhrchen enthält den Pufferabfall aus einer einzelnen Fließzellenposition und muss einzeln zum Sammelbehälter geleitet werden.

  • Seite 35: Interne Verbindungen

    15 Mb/s Netzwerkbandbreite für die Laufüberwachung oder ausschließlich Illumina Proactive Support. Der NovaSeq X Plus verwendet eine Netzwerkverbindung von > 3 Gb/s zwischen dem Gerät und dem Netzwerkspeicher. Die Verwendung einer Verbindung von 1 Gb/s kann zu längeren Kopierzeiten führen oder den Start der nachfolgenden Sequenzierungsläufe verzögern.

  • Seite 36: Ausgehende Verbindungen

    Value (Wert) Zweck Port Geräteexterne Steuerungssoftware-UI, BaseSpace Sequence Hub oder Illumina Proactive- Konfiguration Port Geräteexterne Steuerungssoftware-UI oder UCS Port 8080 BaseSpace Sequence Hub oder Illumina Proactive- Konfiguration lus.edicogenome.com DRAGEN-Lizenzierungs-Server Eingehende Verbindungen Verbindung Value (Wert) Zweck Port Geräteexterne Steuerungssoftware (Zertifikat) Port Geräteexterne Steuerungssoftware (UI)

  • Seite 37: Verbrauchsmaterialien Und Ausstattung

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Verbrauchsmaterialien und Ausstattung Dieser Abschnitt führt alle Komponenten des Reagenzien-Kits im Lagerungszustand auf. Dieser Abschnitt enthält außerdem Informationen dazu, welche zusätzlichen Verbrauchsmaterialien und welche zusätzliche Ausstattung Sie für die Wartung und die Problembehebung benötigen. Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien Das NovaSeq X Series 10B Reagent Kit ist in drei Konfigurationen erhältlich (100 Zyklen, 200 Zyklen, 300 Zyklen), und die Katalognummer enthält die folgenden Komponenten.

  • Seite 38: Einzelheiten Zu Verbrauchsmaterialien

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Artikel Lagerungstemperatur Abmessungen Fließzelle 2–8 °C 20,0 x 2,54 x 15,1 cm (7,9 x 1,0 x 5,9 in) Pufferkartusche Raumtemperatur 14,0 x 8,3 x 31,3 cm (5,5 x 3,3 x 12,3 in) Bibliotheksröhrchenstreifen Raumtemperatur 4,9 x 3,8 x 9,5 cm (1,9 x 1,50 x 3,8 in) ¹Beim Lagern das Stapeln von Lyo-Rasteinsätzen vermeiden. ²Lagern Sie den Vorladepuffer und den Puffer für anwendungsspezifische Primer vertikal und in der Verpackung, um Leckagen zu vermeiden.
  • Seite 39 NovaSeq X Plus Produktdokumentation A. Fließzellenkartusche B. Fließzelle mit acht Lanes (10 B) Die Unterseite der 10B Fließzelle besitzt eine Dichtung an der Einlassseite und acht Dichtungen an der Auslassseite. Bibliotheken und Reagenzien gelangen durch die Dichtung an der Einlassseite der Fließzelle in die Lanes der Fließzelle.

  • Seite 40: Lyo-Rasteinsatz

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Bibliotheksröhrchenstreifen Der Bibliotheksröhrchenstreifen enthält ein Probenröhrchen für jede Fließzellen-Lane. Jedes Probenröhrchen ist nummeriert. Geben Sie während der Laufplanung die Probenröhrchennummer als Lane-Nummer ein. Abbildung 5 Bibliotheksröhrchenstreifen A. Bibliotheksröhrchenstreifen-Kappe B. Fließzellen-Lane-Nummer C. Probenröhrchen Lyo-Rasteinsatz Der Lyo-Rasteinsatz ist mit SBS und den vorbereiteten ExAmp-Reagenzien vorgefüllt. Während der Sequenzierung rehydriert das Gerät automatisch das ExAmp-Reagenz, mischt die Reagenzien mit dem...

  • Seite 41: Adapter Für Bibliotheksröhrchenstreifen

    Abbildung 7 Pufferkartusche Adapter für Bibliotheksröhrchenstreifen Der NovaSeq X Plus enthält einen Adapter, der beim Transport, Zentrifugieren und Lagern des Bibliotheksröhrchenstreifens hilft. Der Adapter enthält Positionen zum Einsetzen der Probenröhrchen und der Kappe des Bibliotheksröhrchenstreifens. Wenn die Sequenzierung nur auf einer Geräteseite erfolgt, stellen Sie sicher, dass Sie den Adapter vor dem Zentrifugieren ausbalancieren, indem Sie einen nicht verwendeten Bibliotheksröhrchenstreifen einsetzen.

  • Seite 42: Vom Benutzer Bereitgestellte Verbrauchsmaterialien Und Geräte

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Symbol Beschreibung Das Datum, an dem das Verbrauchsmaterial abläuft. Um optimale Ergebnisse zu erzielen, verwenden Sie das Verbrauchsmaterial vor diesem Datum. Gibt den Hersteller an (Illumina). Gibt die Artikelnummer an, damit das Verbrauchsmaterial identifiziert werden kann.
  • Seite 43 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Verbrauchsmaterial Lieferant Zweck Luftfilter Illumina, Katalog-Nr. 20073109 Zum Austauschen des Luftfilters. NovaSeq X Plus wird mit einem Luftfilter und vier Ersatzteilen geliefert. Einweg-Handschuhe, Allgemeiner Laborlieferant Allgemeine Verwendung. ungepudert EZwaste HD 20 L, HDPE, 83- VWR, Katalog-Nr. 76018-560 Zum Sammeln von Abfällen mm-Kappe, 4 x 1/16", 3 x 1/4"...

  • Seite 44: Ausrüstung

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Verbrauchsmaterial Lieferant Zweck Isopropylalkohol (70 %) für Allgemeiner Laborlieferant Zum Reinigen des Reagenzien oder Fließzellentisches. Spektrophotometrie, 100-ml- Flasche Wasser, Laborqualität Allgemeiner Laborlieferant Zum Verdünnen von NaOH  für das Denaturieren von Bibliotheken. [Optional] PhiX Control v3 Illumina, Katalog-Nr. FC-110- Zum Versetzen mit einer PhiX-...

  • Seite 45: Systemkonfiguration

    Sicherheit und Netzwerk. Starten des Geräts Beim ersten Einschalten des Systems muss das NovaSeq X Plus Betriebssystem die Steuerungssoftware der NovaSeq X-Series initialisieren, bevor die Steuerungssoftware gestartet wird. Zum Einschalten des Geräts gehen Sie wie folgt vor. Drücken Sie auf die „Ein“-Seite (|) des Kippschalters auf der Rückseite des Geräts.

  • Seite 46: Benutzerkonten

    Warten Sie, bis das Betriebssystem die Initialisierung abgeschlossen hat (~35 Minuten). Geben Sie den Benutzernamen und das Kennwort des Administrators ein, die Sie vom Vertreter von Illumina zum Zeitpunkt der Installation erhalten haben. Benutzerkonten Die Steuerungssoftware der NovaSeq X-Series verwendet folgende Benutzergruppen: •...

  • Seite 47: Benutzer Hinzufügen

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Bediener des Berechtigungen Administratoren Sequenzierers Anwendungsspezifische Index-Adapter- und Bibliotheksvorbereitungskits hinzufügen Ressourcen verwalten Sequenzierungsläufe verwalten Benutzer, Kennwortrichtlinien, Anwendungen, externen Speicher und DRAGEN-Software verwalten Minimieren und Beenden der Steuerungssoftware Wartungswaschlauf durchführen Sequenzierung durchführen Software-Updates und Systemprüfungen durchführen Sequenzierungsläufe planen Austausch des Luftfilters Cloud-Konnektivität einstellen...

  • Seite 48: Benutzer Verwalten

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Wählen Sie Settings (Einstellungen) und dann Users (Benutzer). Wählen Sie Add User (Benutzer hinzufügen). Geben Sie folgende Informationen ein: Benutzername • Vorname • • Nachname Aktivieren Sie das Kontrollkästchen User enabled (Benutzer aktiviert), um den Benutzerstatus auf „Active“...

  • Seite 49: Benutzer Entfernen

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Wählen Sie das Gerätesymbol, um das globale Navigationsmenü zu öffnen. Wählen Sie Settings (Einstellungen) und dann Users (Benutzer). Wählen Sie den zu bearbeitenden Benutzer. Bearbeiten Sie die Benutzereinstellungen und wählen Sie dann Save (Speichern). Benutzer entfernen Gehen Sie wie folgt vor, um Benutzer zu entfernen.

  • Seite 50: Konfigurieren Von Cloud-Einstellungen Und Proactive Support

    • Sie die Analyse automatisch. Proactive Support und Laufüberwachung sind automatisch einbezogen. Um nur Proactive Support zu aktivieren, wählen Sie Send instrument performance data to Illumina (Geräteleistungsdaten an Illumina senden). Dokument-Nr. 200027529 Version 02 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.

  • Seite 51: Einrichten Eines Proxy-Servers

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Wählen Sie Save (Speichern), um den Vorgang abzuschließen. Einrichten eines Proxy-Servers Nur Administratoren können einen Proxy-Server einrichten. Wenn Sie einen Proxy-Server einrichten, können Sie auch Ihre IP-Konfigurationsdetails anzeigen. Minimieren oder verlassen Sie die Steuerungssoftware der NovaSeq X-Series wenn sie offen ist.

  • Seite 52: Festlegen Des Standardspeicherorts Für Den Ausgabeordner

    Angabe des Speicherorts für den Standardausgabeordner. Server Message Block (SMB) und Network File System (NFS) sind die einzigen Methoden, die für das Mounten eines festen Netzwerklaufwerks auf dem NovaSeq X Plus unterstützt werden. Hinzufügen eines Netzwerklaufwerks zum externen Speicher Um Ihr Netzwerklaufwerk als Ausgabeordner zu verwenden, müssen Sie es zunächst als verfügbare Option im externen Speicher hinzufügen.

  • Seite 53: Angeben Einer Externen Speicheroption Als Ausgabeordner

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Wählen Sie Test configuration (Konfiguration testen), um die Verbindung zum Netzwerkspeicher zu testen. Nachdem der Test abgeschlossen ist, wählen Sie Save (Speichern). Nach dem Speichern wird die Netzwerkspeicheroption zu einem verfügbaren Ausgabeordnerspeicherort. Anleitungen zur Auswahl der standardmäßigen Ausgabeordneroption...

  • Seite 54: Anwendungseinstellungen Anzeigen

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Wählen Sie Settings (Einstellungen) und dann Applications (Anwendungen). Wählen Sie Install application (Anwendung installieren). Navigieren Sie zur Anwendungsdatei und wählen Sie dann Open (Öffnen). Nachdem das Hochladen der Anwendung abgeschlossen ist, wählen Sie Install (installieren). Nach der Installation der Anwendung können Sie die Anwendungseinstellungen überprüfen. Siehe Anwendungseinstellungen anzeigen auf Seite 50.

  • Seite 55: Referenzgenome Importieren

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Referenzgenome importieren Sie können unter der Registerkarte „Genomes“ (Genome) auf dem Bildschirm „Resources settings“ (Ressourceneinstellungen) Referenzgenome hinzufügen und löschen. Unter der Registerkarte „Genomes“ (Genome) werden der Genomname, ob es sich um ein Standard- oder anwendungsspezifisches Genom handelt, die Spezies und die Genomquelle angezeigt.

  • Seite 56: Importieren Von Anwendungsspezifischen Bibliotheksvorbereitungs- Und Indexadapterkits

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Verwenden Sie die DRAGEN Baseline Builder App auf der Illumina DRAGEN Bio-IT Platform, die • FASTQ, BAM oder CRAM akzeptiert. Die Baseline Builder App generiert eine CNV-Baseline-Datei (*.combined.counts.txt.gz-Datei). Referenzdateien importieren Stellen Sie sicher, dass derzeit weder Sequenzierungsläufe noch Sekundäranalysen im Gerät durchgeführt werden.

  • Seite 57: Hinzufügen Eines Anwendungsspezifischen Bibliotheksvorbereitungskits

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Greifen Sie unter Verwendung einer Browseranwendung am Gerät auf die Remote- Steuerungssoftware der NovaSeq X-Series zu. Anweisungen finden Sie unter Verwendung der Remote-Steuerungssoftware der NovaSeq X-Series auf Seite 14. Öffnen Sie das Dropdown-Menü in der oberen linken Ecke und wählen Sie Custom kits (anwendungsspezifische Kits).

  • Seite 58: Anwendungsspezifische Primer

    Bei der Verwendung von anwendungsspezifischen Primern für Read 1 oder Read 2 weist die Software das Gerät an, aus den CP1- und CP2-Vertiefungen zu pipettieren. Daher werden die Illumina-Primer nicht für den Sequenzierungslauf verwendet. Illumina-Primer sind Primer, die sich bereits in der Reagenzienkartusche befinden.

  • Seite 59: Vorbereiten Und Hinzufügen Von Anwendungsspezifischen Primern

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Vorbereiten und Hinzufügen von anwendungsspezifischen Primern Anwendungsspezifische Primer werden mit TT1 vorbereitet und dann in die Reagenzienkartusche gegeben. Stellen Sie sicher, dass die Reagenzienkartusche aufgetaut und überprüft worden ist, bevor Sie fortfahren. TT1 wird mit dem Puffer für anwendungsspezifische Primer (Bestell-Nr. 20065516) geliefert.

  • Seite 60: Konfigurieren Eines Laufs Für Anwendungsspezifische Primer

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Abbildung 10 Positionen der anwendungsspezifischen Primer Durchstechen Sie mit einer sauberen Pipettenspitze die Verschlussfolie über den einzelnen Positionen der anwendungsspezifischen Primer. Fügen Sie die folgenden Volumina des anwendungsspezifischen Primers zur entsprechenden Position auf der Reagenzienkartusche hinzu. Achten Sie darauf, beim Zugeben des Primers die Verschlussfolie nicht zu berühren.
  • Seite 61 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Wählen Sie auf dem Bildschirm „Review run“ (Lauf überprüfen) unter „Custom recipe“ (anwendungsspezifische Rezeptur) Select file... (Datei auswählen…). Wählen Sie die anwendungsspezifische Rezepturdatei aus. Nachdem Sie die Überprüfung Ihrer Laufinformationen abgeschlossen haben, wählen Sie Load Consumables (Laden der Verbrauchsmaterialien), um fortzufahren.

  • Seite 62: Protokoll

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Protokoll Dieser Abschnitt enthält schrittweise Anleitungen zum Vorbereiten von Verbrauchsmaterialien, Verdünnen von Bibliotheken und Einrichten eines Sequenzierungslaufs. Tragen Sie beim Umgang mit Reagenzien und anderen Chemikalien eine Schutzbrille, einen Laborkittel und ungepuderte Handschuhe. Bevor Sie das Protokoll starten, stellen Sie sicher, dass Sie über die erforderlichen Verbrauchsmaterialien und Ausstattung auf Verbrauchsmaterialien und Geräte verfügen.

  • Seite 63: Neuen Lauf Erstellen

    • Sample Sheet (Probenblatt). Wählen Sie Save as (Speichern unter), um das Probenblatt zu speichern.  Planen Sie einen Sequenzierungslauf in der Illumina Cloud Run Planning (Cloud-Laufplanung) • und verwenden Sie den lokalen Speicher. Exportieren Sie das Probenblatt, nachdem Sie die Laufplanung abgeschlossen haben.

  • Seite 64: Konfigurieren Der Sekundäranalyse

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Read 2: Geben Sie bis zu 151 Zyklen ein. Dieser Wert ist in der Regel der gleiche wie der Wert für • Read 1. [Optional] Geben Sie Ihre Bibliotheksröhrchen-ID ein. Die Bibliotheksröhrchen-ID befindet sich auf dem Etikett Ihres Bibliotheksröhrchenstreifens.
  • Seite 65 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Wählen Sie Ihre Bibliotheksvorbereitungs- und Indexadapterkits. Geben Sie die folgenden optionalen Einstellungen ein. Einstellung Beschreibung Adapter Read 1 Adaptersequenz für Read 1. Wenn Sie ein Illumina- Bibliotheksvorbereitungskit verwenden, können Sie dieses Feld nicht ändern. Adapter Read 2 Adaptersequenz für Read 2. Wenn...
  • Seite 66 NovaSeq X Plus Produktdokumentation [Optional] Führen Sie eine der folgenden Aktionen durch: • Um die Laufeinstellungen oder Konfigurationseinstellungen zu bearbeiten, wählen Sie Edit (Bearbeiten) neben dem Lauf oder der Konfiguration. • Um eine Konfiguration zu löschen, wählen Sie Delete (Löschen) neben der Konfiguration und dann Yes, delete (Ja, löschen).
  • Seite 67 NovaSeq X Plus Produktdokumentation [Optional] Wählen Sie bei Verwendung des Typs für somatische Varianten einen Filter für das Grundrauschen. Anweisungen zum Importieren von Dateien zum Grundrauschen finden Sie unter Referenzdateien importieren auf Seite 51 BaseSpace Sequence Hub Support-Seite im Internet. [Optional] Wenn Sie den CNV-Caller verwenden, wählen Sie einen Normalgruppedatei aus.
  • Seite 68 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Geben Sie manuell die Proben-IDs und entsprechenden Lanes, Vertiefungspositionen oder • Indizes, Barcode-Nichtübereinstimmungen und das Projekt ein. Wenn für das Bibliotheksvorbereitungskit „Not Specified“ (Nicht angegeben) ausgewählt ist, müssen Index 1 (i7)- und Index 2 (i5)-Sequenzen in Vorwärtsrichtung eingegeben werden.
  • Seite 69 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Bei einem Downsampling wählen Sie die Anzahl der Reads aus, die reduziert werden sollen. Geben Sie die folgenden optionalen Einstellungen ein. Einstellung Beschreibung Adapter Read 1 Adaptersequenz für Read 1. Wenn Sie ein Illumina- Bibliotheksvorbereitungskit verwenden, können Sie dieses Feld nicht ändern.
  • Seite 70 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Der Abschnitt „Analysis Settings“ (Analyseeinstellungen) verwendet die Einstellungen in der ersten RNA-Konfiguration, die für den Sequenzierungslauf erstellt wurde. Um die Einstellungen zu ändern, bearbeiten Sie die erste RNA-Konfiguration. Wenn Sie Daten lokal speichern, wählen Sie „Select“ (Wählen Sie), ob eine Kopie Ihrer FASTQ- Dateien gespeichert werden soll.
  • Seite 71 NovaSeq X Plus Produktdokumentation DRAGEN Germline Konfigurieren Sie die DRAGEN Germline-Analyse anhand der folgenden Schritte. [Optional] Geben Sie eine Beschreibung für die Konfiguration ein. Wählen Sie Ihre Bibliotheksvorbereitungs- und Indexadapterkits. Wählen Sie ein Referenzgenom. Verwenden Sie, wenn möglich, ein Referenzgenom mit ALT-Maskierung. Anleitungen zum...
  • Seite 72 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Verwenden Sie eine der folgenden Optionen, um Ihre Probeninformationen für die Proben einzugeben, die in der DRAGEN Germline-Analyse verwendet werden. • Geben Sie die Probeninformationen in eine *.csv-Datei ein, indem Sie Download Template (Matrize herunterladen) auswählen. Um die bearbeitete Probenmatrize zu importieren, wählen Sie Import Samples (Proben importieren) und dann die CSV-Datei.

  • Seite 73: Auftauen Von Verbrauchsmaterialien

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Auftauen von Verbrauchsmaterialien Befolgen Sie zum Auftauen von Verbrauchsmaterialien vor der Sequenzierung die folgenden Anweisungen. Auftauen der Reagenzienkartusche in einem geregelten Wasserbad Verwenden Sie die folgenden Anweisungen, um die Reagenzienkartusche in einem Wasserbad mit Raumtemperatur (15 °C bis 30 °C) aufzutauen.

  • Seite 74: Auftauen Der Reagenzienkartusche In Einem Kühlschrank

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Klopfen Sie die Unterseite der Kartusche leicht auf den Labortisch, um die Anzahl von Luftblasen zu verringern. Wenn die Reagenzien nicht innerhalb von 24 Stunden in das Gerät geladen werden können, lagern Sie sie für bis zu 72 Stunden bei 2 °C bis 8 °C.

  • Seite 75: Denaturieren Und Verdünnen Von Bibliotheken

    Denaturieren und Verdünnen von Bibliotheken Verwenden Sie die folgenden Anweisungen, um vorbereitete Bibliotheken für die Sequenzierung auf dem NovaSeq X Plus zu denaturieren und zu verdünnen. Empfohlene Ladekonzentrationen Die optimale Ladekonzentration ist vom Bibliothekstyp und der Eingabegröße abhängig. Die folgende Tabelle enthält die empfohlenen Endladekonzentrationen.

  • Seite 76: Verdünnen Und Denaturieren Von Bibliotheken

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Volumen für eine Volumen für zwei Reagenz Fließzelle (µl) Fließzellen (µl) Wasser in Laborqualität Stammlösung 2N NaOH Diese Volumina ergeben 100 µl von 0,2 N NaOH für eine Fließzelle oder 200 µl von 0,2 N NaOH für zwei Fließzellen. Mischen Sie kräftig mit dem Vortexer und zentrifugieren Sie anschließend mehrmals das Röhrchen.

  • Seite 77: Denaturieren Von Bibliotheken

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation b. Geben Sie 1 μl PhiX zu 40 μl der nicht denaturierten Bibliothek, die auf die gewünschte Bibliothekskonzentration verdünnt wurde. Denaturieren von Bibliotheken Geben Sie 10 µl 0,2 N NaOH in das Röhrchen mit der nicht denaturierten Bibliothek und dem optionalen PhiX.

  • Seite 78: Starten Eines Sequenzierungslaufs

    Wählen Sie eine anwendungsspezifische Rezeptdatei. Wenn Sie anwendungsspezifische Anwendungsspezifische Primer auf Primer verwenden, siehe Seite 54. Bei Verwendung des Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus Kit oder des Illumina Stranded mRNA Prep Kit siehe Dunkelzyklus-Sequenzierung auf Seite 145. Nachdem Sie die Überprüfung Ihrer Laufinformationen abgeschlossen haben, wählen Sie Load Consumables (Laden der Verbrauchsmaterialien).

  • Seite 79: Laden Der Verbrauchsmaterialien

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Wählen Sie eine Geräteseite für die Durchführung des Laufs aus. Wählen Sie oben in der Laufliste Manual (Manuell), um zum manuellen Einrichten eines Laufs zu wechseln. Der Standardwert ist „Planned“ (Geplant). Geben Sie einen Laufnamen ein.
  • Seite 80 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Nach der Auswahl hebt sich der Monitor an und die Fließzellentür öffnet sich. Die Fließzellenleuchte zeigt die Geräteseite an, auf der die Sequenzierung durchgeführt wird. Warten Sie, bis sich der Fließzellentisch vollständig ausgefahren hat, bevor Sie fortfahren.

  • Seite 81: Laden Von Reagenzien- Und Pufferkartuschen

    Laden Sie die Kartuschen wie folgt. • Setzen Sie die Pufferkartusche in die linke Position. • Setzen Sie die Reagenzienkartusche in die rechte Position, sodass das Illumina-Etikett zu Ihnen zeigt. Abbildung 12 Geladene Verbrauchsmaterialien Leeren Leeren Sie die Flaschen für benutzte Reagenzien. Weitere Informationen finden Sie unter der Flaschen für benutzte Reagenzien auf...

  • Seite 82: Leeren Der Flaschen Für Benutzte Reagenzien

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Überprüfen Sie die Laufdetails und wählen Sie dann Start Run (Lauf starten). Nach dem Start eines Laufs werden die Gerätetüren automatisch verriegelt. Leeren der Flaschen für benutzte Reagenzien Leeren Sie vor jedem Sequenzierungslauf die Flaschen für benutzte Reagenzien wie nachfolgend beschrieben.

  • Seite 83: Leeren Der Großen Flasche Für Benutzte Reagenzien

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Leeren der großen Flasche für benutzte Reagenzien Verwenden Sie den oberen Griff, um die große Flasche für benutzte Reagenzien über die Vorderseite des Fachs für benutzte Reagenzien zu entfernen. Entfernen Sie die Schraubkappe von der Kappenhalterung hinter den Flaschen für Reagenzienabfälle.

  • Seite 84: Selbsttests

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Ziehen Sie ein neues Paar ungepuderter Handschuhe an. Selbsttests Selbsttests umfassen Überprüfungen des Softwaresystems, des Geräts, der Ausrichtung (Alignment) und des Fluidiksystems. Warten Sie etwa 35 Minuten, bis die Selbsttests abgeschlossen sind. Nach Abschluss der Selbsttests startet der Lauf automatisch.

  • Seite 85: Überwachen Des Lauffortschritts

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Überwachen des Lauffortschritts Sie können auf dem Bildschirm „Sequencing“ (Sequenzierung) den Lauffortschritt überwachen, einen Lauf abbrechen oder einen neuen Lauf starten. Sie können den Lauffortschritt auf dem Gerät oder über einen Computer mit Internetverbindung überwachen. Wenn die Cloud-Laufüberwachung aktiviert ist, können Sie den Lauffortschritt im BaseSpace Sequence Hub anzeigen.

  • Seite 86: An- Und Abmelden

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Lassen Sie die Verbrauchsmaterialien im Gerät. Entfernen Sie sie nicht, bis Sie bei Ihrer nächsten Laufeinrichtung dazu aufgefordert werden. An- und Abmelden Sie werden nach 30 Minuten Inaktivität oder nach Ablauf der festgelegten Abmeldezeit automatisch von der Steuerungssoftware abgemeldet. Verwenden Sie die folgenden Anweisungen, um sich anzumelden und manuell abzumelden.

  • Seite 87: Recycling Der Puffer

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Recycling der Puffer Gehen Sie wie folgt vor, um den Vorladepuffer, den Puffer für anwendungsspezifische Primer und die Pufferkartusche zu recyceln. Recycling des Vorladepuffers und des Puffers für anwendungsspezifische Primer Die Röhrchen für den Vorladepuffer und den Puffer für anwendungsspezifische Primer bestehen aus Polypropylen(PP)-Kunststoff.

  • Seite 88: Recycling Des Bibliotheksröhrchenstreifens Und Des Adapters

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Diese Reagenzien enthalten potenziell gesundheitsschädliche Chemikalien. Personen können sich durch Einatmen, orale Aufnahme oder durch den Kontakt mit der Haut oder den Augen verletzen. Tragen Sie eine dem Expositionsrisiko entsprechende Schutzausrüstung, insbesondere Schutzbrille, Handschuhe und Laborkittel. Verbrauchte Reagenzien sind als chemische Abfälle zu behandeln.

  • Seite 89: Recycling Der Reagenzienkomponenten

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Entfernen und entsorgen Sie die Fläschchen für lyophilisierte Reagenzien gemäß den für Ihre Region geltenden Vorschriften. Entfernen und entsorgen Sie RFID und Schaumstreifen. A. RFID B. Schaumstreifen Recyceln Sie die Lyo-Rasteinsatz-Abdeckung gemäß den für Ihre Region geltenden Vorschriften.
  • Seite 90 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Abbildung 14 Positionen auf dem Reagenzienkartuschen-Abdeckungshalter Um die Vertiefungen der Positionen Nr. 3 und Nr. 8 von der Reagenzienkartusche zu lösen, drücken Sie den Halter und schieben Sie dann die Vertiefung nach oben. Abbildung 15 Vertiefungen der Positionen Nr. 3 und Nr. 8 entfernen Recyceln Sie die Vertiefungen der Positionen Nr. 3 und Nr. 8 gemäß...
  • Seite 91 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Abbildung 16 Positionen der SBS-Vertiefungen A. SBS Vertiefung Nr. 1 – Polyethylen-Kunststoff (PET) A. SBS Vertiefung Nr. 2 – Polyethylen-Kunststoff (PET) A. SBS Vertiefung Nr. 3 – Polypropylen-Kunststoff (PP) Recyceln Sie die SBS-Vertiefungen gemäß den für Ihre Region geltenden Vorschriften.

  • Seite 92: Sequenzierungsausgabe

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Sequenzierungsausgabe Nach dem Starten eines Sequenzierungslaufs beginnt die Real-Time Analysis automatisch. Sie können RTA4-Metriken auf dem Bildschirm „Sequencing“ (Sequenzierung) oder „Runs“ (Läufe) anzeigen. Um Sequenzierungs- und Sekundäranalyse-Ergebnisse anzuzeigen, wählen Sie den Laufnamen auf der Registerkarte „Completed“ (Abgeschlossen) auf dem Bildschirm „Runs“ (Läufe). Die Laufergebnisse umfassen detaillierte Sequenzierungsmetriken, Sekundäranalyse-Metriken und DRAGEN-...

  • Seite 93: Qualitätsbewertung Und Berichterstellung

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Dateityp Beschreibung Filterdateien Die einzelnen Teilsegmente produzieren jeweils eine Filterdatei (*.filter), die angibt, ob ein Cluster die Filter passiert. Clusterpositionsdateien Clusterpositionsdateien (*.locs) enthalten die X- und Y-Koordinaten aller Cluster in einem Teilsegment. Für jeden Lauf wird eine Clusterpositionsdatei generiert.

  • Seite 94: Sequenzierungsausgabedateien

    Teilsegmente auf der Fließzelle. Die Laufinformationsdatei wird am Anfang des Laufs generiert. [Root folder], RunInfo.xml Ordnerstruktur der Sequenzierungsausgabe Das NovaSeq X Plus generiert standardmäßig Ausgabedateien in dem auf der Registerkarte „Settings“ (Einstellungen) gewählten Ausgabeordner. Die Datei report.html enthält einen zusammenfassenden Bericht für jede DRAGEN-Anwendung. Dokument-Nr. 200027529 Version 02...

  • Seite 95: Ordnerstruktur Der Allgemeinen Ausgabedaten

    DRAGEN Ordnerstruktur der Ausgabedaten Informationen zu DRAGEN-Ausgabedateien finden Sie in der folgenden Struktur im Ordner „Analysis“. Diese Dateien finden Sie unter /usr/local/illumina/runs/<run_id>/Analysis/<no>/Data. In Abhängigkeit von den Betriebsarten können zusätzliche Metrikdateien in der Ausgabe enthalten sein. Dateien, die für den Small Variant Calling-Workflow generiert wurden, werden generiert, wenn der Benutzer während der Laufkonfiguration entweder SmallVariantCaller oder All VariantCallers auswählt.
  • Seite 96 NovaSeq X Plus Produktdokumentation report.html report_files Demux report.html report_files DragenGermline report.html report_files DragenEnrichment report.html report_files Demux AggregateReports report.html report_files samples sample_name sample.html Demultiplex_Stats.csv Top_Unknown_Barcodes.csv Index_Hopping_Counts.csv IndexMetricsOut.bin BCLConvert SampleSheet.csv AggregateReports report.html report_files samples sample_name sample.html fastq oder ora_fastq Dokument-Nr. 200027529 Version 02 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
  • Seite 97 NovaSeq X Plus Produktdokumentation <sample_ID>.S0_L00n_Rm_001.fastq.gz oder *.fastq.ora (n=1-8, m=1-2) Reports Adapter_Metrics.csv Quality_Metrics.csv <sample_id> fastqc logs logs DragenGermline SampleSheet.csv AggregateReports report.html report_files samples sample_name sample.html fastq oder ora_fastq <sample_ID>.S0_L00n_Rm_001.fastq.gz oder *.fastq.ora (n=1-8, m=1-2) Reports Adapter_Metrics.csv Quality_Metrics.csv <sample_id> germline_seq <sample_ID>.bam (oder cram oder nicht gespeichert) <sample_ID>.ploidy.vcf.gz...
  • Seite 98 NovaSeq X Plus Produktdokumentation [AllVariantCallers]<sample_ID>.roh_metrics.csv <sample_ID>.mapping_metrics.csv <sample_ID>.fastqc_metrics.csv report.html logs logs DragenEnrichment SampleSheet.csv Bedfile.gz AggregateReports report.html report_files samples sample_name sample.html fastq oder ora_fastq <sample_ID>.S0_L00n_Rm_001.fastq.gz oder *.fastq.ora (n=1-8, m=1-2) Reports Adapter_Metrics.csv Quality_Metrics.csv <sample_id> enrichment_seq <sample_ID>.bam (oder cram oder nicht gespeichert) [SmallVariantCaller oder AllVariantCallers]<sample_ID>.hard-filtered.vcf.gz...
  • Seite 99 NovaSeq X Plus Produktdokumentation [AllVariantCallers]<sample_ID>.tn.tsv.gz (nur wenn AuxCnvPanelOfNormalsFile bereitgestellt wird) [AllVariantCallers]<sample_ID>.repeats.vcf.gz [AllVariantCallers]<sample_ID>.roh_metrics.csv <sample_ID>.mapping_metrics.csv <sample_ID>.fastqc_metrics.csv report.html logs logs DragenRNA SampleSheet.csv AggregateReports report.html report_files samples sample_name sample.html fastq oder ora_fastq <sample_ID>.S0_L00n_Rm_001.fastq.gz oder *.fastq.ora (n=1-8, m=1-2) Reports Adapter_Metrics.csv Quality_Metrics.csv <sample_id> rna_seq <sample_ID>.bam (oder cram oder nicht gespeichert) [FullPipeline]<sample_ID>.fusion_candidates.vcf.gz...

  • Seite 100: Demultiplex-Bericht

    RunInstrumentAnalyticsMetrics Secondary_Analysis_Complete.txt logs NovaSeq X Plus Berichte der Sekundäranalyse Wählen Sie auf dem Bildschirm „Sequencing complete“ (Sequenzierung abgeschlossen) den Laufnamen aus, um die Laufergebnisse anzuzeigen. Navigieren Sie zum unteren Rand des Bildschirms „Run details“ (Laufdetails) und wählen Sie „View DRAGEN Report“ (DRAGEN-Bericht anzeigen), um die Ergebnisse der Sekundäranalyse anzuzeigen.

  • Seite 101: Dragen Bcl Convert-Bericht

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Registerkarte Beschreibung Bericht Demultiplex- Übersichtsinformationen und entsprechende Statistik für Proben im Lauf: • Lane: Die Fließzellen-Lane der sequenzierten Probe. Statistiken • Sample ID (Proben-ID): Proben-ID aus dem Probenblatt. Wenn der Read keiner Probe entspricht, wird im Feld undetermined (unbestimmt) angegeben.

  • Seite 102: Dragen Enrichment-Bericht

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Registerkarte Metrik Beschreibung Bericht Zusammenfassung Allgemeine Statistik Übersichtsinformationen zu jeder im Workflow enthaltenen Probe: • Input Reads (Eingabe-Reads): Anzahl der Eingabe-Reads • Read Length (Read-Länge): Geschätzte Read- Länge • Q30 Bases R1 (Q30-Basen R1): Anzahl der Basen mit Qualitäts-Score auf der Phred-Skala...
  • Seite 103 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Registerkarte Metrik Beschreibung Bericht Anreicherung Enrichment auf Read-Ebene Informationen zur Read-Anreicherung zu jeder Probe: • Total Aligned Reads (Alignierte Reads insgesamt): Gesamtzahl der alignierten Reads • Percent Aligned Reads (Prozentsatz alignierter Reads): Prozentsatz der alignierten Reads •...
  • Seite 104 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Registerkarte Metrik Beschreibung Bericht Anreicherung auf Basenebene Informationen zur Basen-Anreicherung zu jeder Probe, einschließlich folgender Metriken: • Total Aligned Bases (Alignierte Basen insgesamt): Gesamtzahl der alignierten Basen • Percent Aligned Bases (Prozentsatz alignierter Basen): Prozentsatz der alignierten Basen •...
  • Seite 105 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Registerkarte Metrik Beschreibung Bericht Trimmer Getrimmte Reads Die Gesamtzahl der Eingangs-Reads und die Gesamtzahl der getrimmten Reads. Getrimmte Reads werden zudem in folgende Gruppen kategorisiert: • Auf eine feste Länge getrimmte Reads • Poly-G-getrimmte Reads •...
  • Seite 106 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Registerkarte Metrik Beschreibung Bericht DRAGEN- Mittlere Basenqualität nach Der durchschnittliche Phred-Score an jeder FastQC Position Read-Position für alle Proben. Read-Längenverteilung Die Read-Zählung für jede Länge (in Basispaaren) der sequenzierten Fragmente im Lauf. Read-Qualitätsverteilung Die Read-Zählung für jeden Phred-Score der Basen, die den Proben im Lauf zugeordnet sind.
  • Seite 107 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Registerkarte Metrik Beschreibung Bericht QC-Zusammenfassung Informationen zur Qualitätssicherung für jede Probe, einschließlich folgender Metriken: • % Contam (% Kontamination): Geschätzter Prozentsatz von Reads, die von einer anderen menschlichen Quelle stammen könnten • Median Exon Coverage (Mediane Exon- Coverage): Median der Autosomen- Coverage über das Exon...
  • Seite 108 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Registerkarte Metrik Beschreibung Bericht Erweiterte QC- Zusätzliche Informationen zur Zusammenfassung Qualitätssicherung für jede Probe, einschließlich folgender Metriken: • Total Input Reads (Eingabe-Reads insgesamt): Gesamtzahl der Eingabe- Reads • PCT Chimeric Reads (Prozentsatz chimärischer Reads): Prozentsatz der chimärischen Reads •...
  • Seite 109 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Registerkarte Metrik Beschreibung Bericht QK-Metriken der Ziel- Informationen zur Qualitätssicherung der Coverage Ziel-Coverage für jede Probe, einschließlich folgender Metriken: • Median Target Coverage (Mediane Ziel- Coverage): Median der Autosomen- Coverage • Mean Target Coverage (Durchschnittliche Ziel-Coverage): Durchschnittliche Alignment-Coverage •...
  • Seite 110 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Registerkarte Metrik Beschreibung Bericht Coverage Abdeckungszusammenfassung Eine Übersicht über die Proben-Coverage, einschließlich folgender Metriken: • Mean Region Coverage Depth (Durchschnittliche Region-Coverage- Tiefe): Durchschnittliche Alignment- Coverage • Uniformity of Coverage (Coverage- Einheitlichkeit): Prozentsatz der Basen mit einer Read-Tiefe von mehr als 20 % des Exon-Durchschnitts •...
  • Seite 111 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Registerkarte Metrik Beschreibung Bericht Varianten SNVs Die folgenden Informationen für jede Probe: • SNVs: Gesamtzahl der SNV • SNV Het/Hom Ratio (SNV Het/Hom- Verhältnis): Verhältnis der heterozygoten zu den homozygoten SNV • SNV Ts/Tv Ratio (SNV Ts/Tv-Verhältnis): Verhältnis der Übergänge (Transitionen)
  • Seite 112 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Registerkarte Metrik Beschreibung Bericht Zusammenfassung Allgemeine Statistik Übersichtsinformationen zu jeder Probe, die im Workflow enthalten ist. • Sex (Geschlecht): Geschlecht der Probe • Depth (Tiefe): Alignment-Coverage über dem Genom • % >20x: Prozentsatz des Genoms mit mehr als 20 % Coverage...
  • Seite 113 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Registerkarte Metrik Beschreibung Bericht Trimmer Getrimmte Reads Die Gesamtzahl der Eingangs-Reads und die Gesamtzahl der getrimmten Reads. Getrimmte Reads werden zudem in folgende Gruppen kategorisiert: • Auf eine feste Länge getrimmte Reads • Poly-G-getrimmte Reads •...
  • Seite 114 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Registerkarte Metrik Beschreibung Bericht Mapping Mapping-Metriken Eine Übersicht der Mapping-Metriken, einschließlich der folgenden Informationen für jede Probe im Workflow: • Total Input Reads (Eingabe-Reads insgesamt): Gesamtzahl der Eingabe-Reads • Number of Unique Reads (Anzahl eindeutiger Reads): Gesamtzahl der eindeutigen Reads •...
  • Seite 115 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Registerkarte Metrik Beschreibung Bericht Coverage Coverage-Metriken Eine Übersicht der Coverage-Metriken, einschließlich folgender Informationen für jede Probe im Workflow: • Aligned Reads (Alignierte Reads): Gesamtzahl der alignierten Reads • Average Coverage (Durchschnittliche Coverage): Durchschnittliche Alignment- Coverage über das Genom •...
  • Seite 116 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Registerkarte Metrik Beschreibung Bericht Varianten Varianten-Statistik Übersicht über folgende Varianteninformationen: • Variants (Varianten): Gesamtzahl der Varianten • Multiallelic (Multiallelisch): Gesamtzahl der Loci mit drei oder mehr identifizierten Allelen • SNP: Gesamtzahl der Einzelnukleotid- Polymorphismen (SNPs) •...
  • Seite 117 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Registerkarte Metrik Beschreibung Bericht Zygotie Homozygotie- Die in diesem Abschnitt des Berichts Regionen (chr1-12) angegebenen Werte sind Verhältnisse der Anzahl heterozygoter zu homozygoten SNV für die Chromosomen 1–12. Werte unter 0,2 weisen auf eine wahrscheinliche Homozygotie-Region hin.
  • Seite 118 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Registerkarte Metrik Beschreibung Bericht Gezielte Caller Repeat-Expansion Identifiziert Repeat-Expansionen für das lange Allel für jedes Gens. Dokument-Nr. 200027529 Version 02 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
  • Seite 119 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Registerkarte Metrik Beschreibung Bericht Zusammenfassung Anzahl der FXN-Repeats, Anzahl der FMR1- der gezielten Caller Repeats und ein Hinweis darauf, ob die SMN- oder GBA-Mutation vorhanden war. Werte, die durch einen Schrägstrich getrennt sind, stellen die Anzahl der Repeats für beide Allele dar.
  • Seite 120 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Registerkarte Metrik Beschreibung Bericht Häufige Repeat- Anzahl der Repeat-Einheiten für das Expansionen angegebene Motiv im Gen. Werte, die durch einen Schrägstrich getrennt sind, stellen die Anzahl der Repeats für beide Allele dar. • AR: Anzahl der GCA-Repeats in AR •...
  • Seite 121 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Registerkarte Metrik Beschreibung Bericht Ataxie-Repeat- Anzahl der Repeat-Einheiten für das Expansionen angegebene Motiv im Gen. Werte, die durch einen Schrägstrich getrennt sind, stellen die Anzahl der Repeats für beide Allele dar. • ATXN1: Anzahl der CAG-Repeats in ATXN1 •...
  • Seite 122 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Registerkarte Metrik Beschreibung Bericht Seltene Repeat- Anzahl der Repeat-Einheiten für das Expansionen (A–M) angegebene Motiv im Gen. Werte, die durch einen Schrägstrich getrennt sind, stellen die Anzahl der Repeats für beide Allele dar. • AFF2: Anzahl der GCC-Repeats in AFF2 •...
  • Seite 123 NovaSeq X Plus Produktdokumentation DRAGEN RNA Der DRAGEN RNA-Bericht enthält die folgenden Informationen: Registerkarte Metrik Beschreibung Bericht Zusammenfassung Allgemeine Statistik Übersichtsinformationen zu jeder Probe, die im Workflow enthalten ist. • Input Reads (Eingabe-Reads): Gesamtzahl der Eingabe-Reads • Read Length (Read-Länge): Geschätzte Read- Länge...
  • Seite 124 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Registerkarte Metrik Beschreibung Bericht Trimmer Trimmer-Reads Die Gesamtzahl der Eingangs-Reads und die Gesamtzahl der getrimmten Reads. Getrimmte Reads werden zudem in folgende Gruppen kategorisiert: • Auf eine feste Länge getrimmte Reads • Poly-G-getrimmte Reads • Qualitäts-getrimmte Reads •...
  • Seite 125 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Registerkarte Metrik Beschreibung Bericht Mapping Mapping-Metriken Eine Übersicht der Mapping-Metriken, einschließlich der folgenden Informationen für jede Probe im Workflow: • Total Input Reads (Eingabe-Reads insgesamt): Gesamtzahl der Eingabe-Reads • Number of Unique Reads (Anzahl eindeutiger Reads): Gesamtzahl der eindeutigen Reads •...

  • Seite 126: Ausgabedateien Der Dragen-Sekundäranalyse

    Informationen zu Ausgabedateien. Neben der Generierung anwendungsspezifischer Dateien stellt DRAGEN Metriken aus der Analyse in einer <sample_name>.metrics.json-Datei bereit sowie die Berichte, die unter NovaSeq X Plus Berichte der Sekundäranalyse auf Seite 96 beschrieben sind. Weitere Informationen zu DRAGEN finden Sie auf der Illumina DRAGEN Bio-IT Platform Support-Seite im Internet.
  • Seite 127 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Alle DRAGEN-Pipelines unterstützen die Dekomprimierung von BCL-Eingabedateien und Komprimierung von BAM-/CRAM-Ausgabedateien. BAM-Dateien werden nicht auf die Illumina DRAGEN Bio-IT Platform hochgeladen, wenn „Proactive, Run Monitoring and Storage“ (Proactive, Laufüberwachung und -speicherung) ausgewählt ist. DRAGEN Enrichment Die DRAGEN Enrichment-Anwendung unterstützt die folgenden Funktionen: •...
  • Seite 128 Kopienzahlvarianten (für humane Referenzgenome im Gerät) – Repeat-Expansion (für humane Referenzgenome im Gerät) – Homozygotie-Regionen (für humane Referenzgenome im Gerät) – CYP2D6-Erkennung Die folgenden Eingaben sind erforderlich: • Vom NovaSeq X Plus-Gerät generierte BCL-Daten • Probenblatt Dokument-Nr. 200027529 Version 02 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
  • Seite 129 NovaSeq X Plus Produktdokumentation DRAGEN Germline generiert die folgenden Ausgabedateien. Anforderungen Komponente Name der Ausgabedatei hinsichtlich der Ausgabe Mapping/Aligning BAM oder • <sample_name>.bam oder N. z. • CRAM <sample_name>.cram Calling kleiner VCF und • N. z. <sample_name>.hard- Varianten gVCF filtered.gvcf.gz • <sample_name>.hard- filtered.vcf.gz Struktureller •...
  • Seite 130 Wenn bei der Einrichtung des Laufs ein RnaGeneAnnotationFile vom Kunden bereitgestellt wird, wird diese Datei anstelle der im Genom enthaltenen Datei verwendet. Wenn weder in dem von Illumina bereitgestellten Genom noch direkt vom Kunden ein RnaGeneAnnotationFile vorhanden ist, werden die Schritte zur Genfusion und RNA-Quantifizierung übersprungen. Wenn die Differenzialexpression aktiviert ist, muss ein RnaGeneAnnotationFile bereitgestellt werden.
  • Seite 131 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Komponente Name der Ausgabedatei Beschreibung Differenzialexpression Weitere Informationen sind der Die Ausgabedateien folgenden Tabelle zu werden nur generiert, Ausgabedateien für die wenn im Probenblatt Differenzialexpression zu ein Vergleich entnehmen. eingerichtet ist. Bei aktivierter Differenzialexpression werden folgende Dateien ausgegeben.
  • Seite 132 Generierung von FASTQ-Dateien • Komprimierung von FASTQ-Dateien in ORA- oder Gzip-Format • Generierung von FASTQ-QC-Metriken (nur für die ersten 1024 Proben) Die folgenden Eingaben sind erforderlich: Vom NovaSeq X Plus-Gerät generierte BCL-Daten • • RunInfo.xml • Probenblatt DRAGEN BCL Convert generiert die folgenden Ausgaben.
  • Seite 133 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Komponente Name der Ausgabedatei BclConvert FASTQ • <Sample_ID>_Sm_L00n_Rp_001.fastq.gz • m = Oberflächennummer • n = Lane-Nummer • p = Read-Nummer aus dem Satz { 1, 2 } Die DRAGEN BCL Convert-Pipeline verwendet aus dem Sequenzierungslauf generierte BCL-Daten und Probenblattinformationen zur Ausgabe einer FASTQ-Datei. Der FASTQ-Dateiname ist <Sample_ID>_ Sm_L00n_Rp_001.fastq.gz.

  • Seite 134: Wartung

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Wartung In diesem Abschnitt werden die erforderlichen Maßnahmen zur Wartung des NovaSeq X Plus erläutert. Freimachen von Speicherplatz auf der Festplatte Wenn nicht genügend Speicherplatz vorhanden ist, wird während der Selbsttests eine Warnmeldung angezeigt. Sie können den verfügbaren Platz und den Platz, der von Läufen oder Ressourcen eingenommen wird, überprüfen.
  • Seite 135 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Wählen Sie im Dialogfeld zur Bestätigung Yes, remove (Ja, entfernen). Wiederholen Sie die Schritte für jedes Genom oder jede Referenzdatei, die Sie entfernen möchten. Dokument-Nr. 200027529 Version 02 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.

  • Seite 136: Software-Updates

    Vorderseite des Geräts. Dies sorgt für die erforderliche Kühlung und verhindert, dass Fremdkörper in das System eindringen. Das Gerät wird mit einem Luftfilter und vier Ersatzluftfiltern geliefert. Zusätzliche Ersatzteile sind in einem gültigen Gerätewartungsvertrag enthalten oder sind bei Illumina erhältlich.

  • Seite 137: Präventive Wartung

    Illumina empfiehlt, jährlich eine präventive Wartung durchführen zu lassen. Wenn Sie keinen Servicevertrag abgeschlossen haben, wenden Sie sich an den für Ihre Region zuständigen Kundenbetreuer oder an den technischen Support von Illumina, um einen Termin für eine kostenpflichtige präventive Wartung zu vereinbaren.

  • Seite 138: Durchführen Eines Wartungswaschlaufs

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Durchführen eines Wartungswaschlaufs Ein Wartungswaschlauf ist alle 14 Tage erforderlich oder wenn eine Nachwaschung fehlschlägt oder nicht abgeschlossen wurde. Beim Wartungswaschlauf wird das System mit vom Benutzer bereitzustellenden Verdünnungen aus Tween 20 und NaOCl gespült. Die Verdünnungen werden aus den Waschlaufkartuschen in die Fließzelle, in die Flaschen für benutzte Reagenzien sowie in alle Kartuschenbehälter gepumpt, um alle...

  • Seite 139: Starten Eines Wartungswaschlaufs

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Starten eines Wartungswaschlaufs Wählen Sie das Gerätesymbol, um das globale Navigationsmenü zu öffnen. Wählen Sie Settings (Einstellungen) und dann Wash (Waschlauf). Wählen Sie eine oder beide Geräteseite(n) für die Durchführung des Waschlaufs. Fahren Sie mit dem Waschlauffließzellen laden auf Seite 135...

  • Seite 140: Laden Der Waschlauf-Reagenzienkartusche

    Recycling von benutzten Entfernen Sie die benutzte Sequenzierungsreagenzienkartusche. Siehe Verbrauchsmaterialien auf Seite 82 für Anweisungen zum Recycling der Reagenzienkartuschen. Laden Sie die Waschlauf-Reagenzienkartusche in die rechte Position, sodass das Illumina-Etikett zu Ihnen zeigt. Wählen Sie Load wash reagents (Waschlaufreagenzien laden). Leeren Leeren Sie die Flaschen für benutzte Reagenzien.
  • Seite 141 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Wählen Sie Confirm (Bestätigen), nachdem Sie die Flaschen für benutzte Reagenzien geleert haben. Schließen Sie die die Reagenzienfächer und die Gerätetüren. Nachdem alle Verbrauchsmaterialien geladen wurden, wählen Sie Start wash (Waschlauf starten). Nach dem Start des Waschlaufs werden die Gerätetüren automatisch verriegelt. Nach Abschluss der Waschlaufs werden die Türen entriegelt und es wird wieder der Startbildschirm aufgerufen.
  • Seite 142 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Leeren der großen Flasche für benutzte Reagenzien Verwenden Sie den oberen Griff, um die große Flasche für benutzte Reagenzien über die Vorderseite des Fachs für benutzte Reagenzien zu entfernen. Entfernen Sie die Schraubkappe von der Kappenhalterung hinter den Flaschen für Reagenzienabfälle.
  • Seite 143 NovaSeq X Plus Produktdokumentation Ziehen Sie ein neues Paar ungepuderter Handschuhe an. Dokument-Nr. 200027529 Version 02 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.

  • Seite 144: Fehlerbehebung

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Fehlerbehebung Dieser Abschnitt enthält ausführliche Informationen zum Abbrechen eines Laufs, zum Herunterfahren und Neustarten des Geräts sowie zu weiteren Fehlerbehebungsverfahren. Beenden eines Laufs Sie können einen Sequenzierungslauf am Gerät beenden. Das Beenden eines Laufs auf dem NovaSeq X Plus ist endgültig.

  • Seite 145: Herunterfahren Bzw. Neustarten Des Geräts

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Requeue analysis from a sample sheet (Zurückstellen in die Warteschlange unter Verwendung • eines Probenblatts): Zurückstellen in die Warteschlange unter Verwendung eines Probenblatts. Das Zurückstellen in die Warteschlange verwendet die Analysekonfigurationen, die im Probenblatt angegeben sind.

  • Seite 146: Dragen-Selbsttest Durchführen

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Abbildung 17 Position der Ein/Aus-Taste Drücken Sie auf die „Aus“-Seite (O) des Kippschalters auf der Rückseite des Geräts. Abbildung 18 Position des Ein/Aus-Kippschalters Warten Sie 30 Sekunden. Drücken Sie auf die „Ein“-Seite (|) des Kippschalters. Drücken Sie die Ein/Aus-Taste auf der rechten Seite des Geräts.

  • Seite 147: Dragen-Lizenz Installieren

    Installieren Sie erneut Ihre DRAGEN-Lizenz mithilfe der folgenden Anweisungen. DRAGEN-Lizenz online installieren Wenn das NovaSeq X Plus mit dem Internet verbunden ist, können Sie DRAGEN-Lizenzen direkt in der Steuerungssoftware der NovaSeq X-Series installieren. Wählen Sie in der Steuerungssoftware das Gerätesymbol, um das globale Navigationsmenü zu öffnen.
  • Seite 148 NovaSeq X Plus Produktdokumentation „Date“ (Datum): Filtern Sie Aktionen nach Datumsbereich, indem Sie das Kalendersymbol • auswählen oder die Daten manuell in die Felder „From“ (Von) und „To“ (Bis) im Format JJJJ-MM- TT eingeben. „Action type“ (Aktionstyp): Filtern Sie nach dem durchgeführten Aktionstyp, indem Sie die •...

  • Seite 149: Quellen Und Verweise

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Quellen und Verweise Im NovaSeq X Series Support auf der Illumina Support-Seite im Internet finden Sie weitere Ressourcen. Vergewissern Sie sich stets auf den Supportseiten, dass Sie über die aktuellen Versionen verfügen. Dunkelzyklus-Sequenzierung In diesem Abschnitt wird die Verwendung der Dunkelzyklus-Sequenzierung in der Rezeptur beschrieben.
  • Seite 150 NovaSeq X Plus Produktdokumentation <ReadDefinitions> <ReadDefinition Name="Read 1"> <CycleStepCollection Name="Cycle1" Cycles="1"> <ChemistryRef ChemistryName="FirstBase"/> <ChemistryRef ChemistryName="CompleteCycleReuse"/> <ImagingRef ImagingName="Cycle1Read1Imaging"/> </CycleStepCollection> <CycleStepCollection Name="CompleteCycle" Cycles="read1cycles-1"> <ChemistryRef ChemistryName="CompleteCycleReuse"/> <ImagingRef ImagingName="CompleteCycleImaging" /> </CycleStepCollection> </ReadDefinition> <ReadDefinition Name="Read 2"> <CycleStepCollection Name="Cycle1" Cycles="1"> <ChemistryRef ChemistryName="FirstBase"/> <ChemistryRef ChemistryName="CompleteCycleReuse"/> <ImagingRef ImagingName="CompleteCycleImaging" />...

  • Seite 151: Versionsverlauf

    NovaSeq X Plus Produktdokumentation Versionsverlauf Dokument Datum Beschreibung der Änderung Dokument- Februar 2023 Folgende Informationen wurden hinzugefügt für Nr. 200027529 NovaSeq X Plus: • Protokoll Version 01 • Hardwarekomponenten • Verbrauchsmaterialien und Ausstattung • Software- und Systemeinstellungen • Anwendungsspezifische Primer • Sequenzierungs-Ausgabedateien und Struktur •...
  • Seite 152 Dokument-Nr. 200027529 Version 02 Illumina 5200 Illumina Way 92122 San Diego, Kalifornien, USA +1.800.809.ILMN (4566) +1.858.202.4566 (außerhalb von Nordamerika) techsupport@illumina.com www.illumina.com Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. © 2023 Illumina, Inc. Alle Rechte vorbehalten.

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