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NextSeq 550
illumina NextSeq 550 Handbücher
Anleitungen und Benutzerhandbücher für illumina NextSeq 550. Wir haben
3
illumina NextSeq 550 Anleitungen zum kostenlosen PDF-Download zur Verfügung: Systemhandbuch, Handbuch Zur Standortvorbereitung
illumina NextSeq 550 Systemhandbuch (85 Seiten)
Marke:
illumina
| Kategorie:
Scanner
| Dateigröße: 1 MB
Inhaltsverzeichnis
Inhaltsverzeichnis
5
Kapitel 1 Überblick
7
Einleitung
7
Funktionen für das Array-Scannen
7
Weitere Ressourcen
8
Nextseq 550Dx IM Forschungsmodus
8
Gerätekomponenten
9
Reagenzien- und Pufferkammer
9
Statussymbole
11
Anforderungen Bezüglich des Windows-Kennworts
12
Wiederverwendbarer Beadchip-Adapter - Überblick
12
Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien - Überblick
13
Inhalt und Lagerung
13
Kit-Kompatibilität und -Beschriftung
13
Fließzelle - Überblick
14
Reagenzienkartusche - Überblick
15
Herausnehmbarer Behälter in Position
16
Pufferkartusche - Überblick
16
Kapitel 2 Erste Schritte
17
Starten des Geräts
17
Anpassen der Systemeinstellungen
18
Ändern des Avatarbilds und des Kurznamens des Geräts
18
Festlegen der Tastaturoption und Audio-Signale
18
Festlegen der Option für Anwendungsspezifische Rezepturen
18
Festlegen der Prüfung auf Gerätesoftware-Updates in Basespace
19
Festlegen der Option zum Senden von Geräteperformancedaten
19
Anpassen der Laufeinstellungen
19
Festlegen von Laufkonfigurationsoptionen
20
Festlegen der Option zur Automatischen Entsorgung von Verbrauchsmaterialien
20
Vom Benutzer Bereitzustellende Verbrauchsmaterialien und Geräte
20
Vom Benutzer Bereitzustellende Verbrauchsmaterialien für Sequenzierungsläufe
20
Vom Benutzer Bereitzustellende Verbrauchsmaterialien für die Gerätewartung
21
Richtlinien für Wasser in Laborqualität
21
Vom Benutzer Bereitzustellende Ausstattung
21
Kapitel 3 Sequenzierung
22
Einleitung
22
Clusterbildung
22
Dauer eines Sequenzierungslaufs
23
Anzahl der Zyklen in einem Read
23
Erstellen eines Laufs mit der Local Run Manager-Software
23
Erstellen eines Laufs mit NCS
23
Vorbereiten der Reagenzienkartusche
23
Vorbereiten der Fließzelle
24
Vorbereiten von Bibliotheken für die Sequenzierung
25
Denaturieren und Verdünnen von Bibliotheken
25
Laden der Bibliotheken in die Reagenzienkartusche
25
Konfigurieren eines Sequenzierungslaufs
26
Auswählen von Laufmodus und Basespace Sequence Hub
27
Auswählen eines Laufs (Local Run Manager-Laufmodus)
27
Eingeben der Lauf- und Analyseparameter in NCS (Manueller Laufmodus)
28
Laden der Fließzelle
29
Leeren des Behälters für Verbrauchte Reagenzien
29
Einsetzen der Pufferkartusche
30
Laden der Reagenzienkartusche
31
Herausnehmen des Gebrauchten Behälters in Position
31
Überprüfen der Automatischen Systemprüfung
32
Starten des Laufs
32
Überwachen des Lauffortschritts
33
Zyklen für Laufkennzahlen
33
Datenübertragung
34
Automatische Nachwaschung
34
Nach dem Waschlauf
35
Kapitel 4 Scannen
36
Einleitung
36
Manifest- und Clusterdateien
36
Herunterladen des DMAP-Ordners
37
Zugriff auf den DMAP-Ordner nach Konto
37
Zugriff auf den DMAP-Ordner nach Beadchip
37
Einsetzen des Beadchips in den Adapter
38
Konfigurieren eines Scan-Vorgangs
38
Entladen der Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien
39
Starten des Scan-Vorgangs
40
Überwachen des Scan-Fortschritts
41
Kapitel 5 Wartung
43
Einleitung
43
Präventive Wartung
43
Durchführen eines Manuellen Waschlaufs
43
Vorbereiten eines Manuellen Nachwaschlaufs
44
Vorbereiten eines Schnellwaschlaufs
45
Laden einer Gebrauchten Fließzelle und der Waschlaufkartuschen
45
Austausch des Luftfilters
46
Software-Updates
47
Automatisches Software-Update
48
Ausschalten des Geräts
49
Anhang A Fehlerbehebung
50
Einleitung
50
Dateien für die Fehlerbehebung
50
Dateien für die Fehlerbehebung bei Array-Scan-Vorgängen
51
Beheben von Fehlern der Automatischen Prüfung
52
Tests für Sequenzierungsläufe
53
Tests für Array-Scans
54
Behälter für Verbrauchte Reagenzien ist Voll
55
Workflow für die Rehybridisierung
55
Zeitpunkte für das Beenden eines Laufs für die Rehybridisierung
56
Erforderliche Verbrauchsmaterialien
56
Konfigurieren eines Laufs auf dem Gerät
57
Beadchip- und Scan-Fehler
57
Fehlerhafter Beadchip-Scan-Vorgang
58
Erneut Scannen oder einen Neuen Scan-Vorgang Starten
58
Ersetzen von Manifest- und Clusterdateien
59
Anwendungsspezifische Rezepturen und Rezepturordner
59
Systemprüfung
59
Durchführen einer Systemprüfung
60
Optik-Prüfung
61
RAID-Fehlermeldung
61
Netzwerkspeicherfehler
62
Konfigurieren der Systemeinstellungen
62
Einrichten der Netzwerkkonfiguration
62
Festlegen der Basespace Sequence Hub-Konfiguration
63
Festlegen des Speicherorts für den Ausgabeordner
64
Anhang B Real-Time Analysis
65
Überblick über Real-Time Analysis
65
RTA2-Eingabedaten
65
RTA V2-Ausgabedateien
65
Fehlerbehandlung
66
Real-Time Analysis-Workflow
66
Matrizenbildung
66
Registrierung und Intensitätsextraktion
67
Korrektur der Phasierung
67
Cluster nach Filterung
68
Qualitätsbewertung
68
Anhang C Ausgabedateien und -Ordner
70
Sequenzierungsausgabedateien
70
Fließzellenplatten
70
Lane-Nummerierung
71
Kameranummerierung
72
Plattennummerierung
73
Miniaturbildbenennung
73
Ordnerstruktur der Sequenzierungsausgabedaten
74
Scan-Ausgabedateien
75
Ordnerstruktur der Ausgegebenen Scan-Daten
75
Anhang D Erwägungen zum Nextseq 550Dx-Forschungsmodus
76
Einleitung
76
Nextseq 550Dx - Kompatibilität der Verbrauchsmaterialien
76
Starten des Nextseq 550Dx-Geräts
77
Nextseq 550Dx-Gerätemodusanzeigen
78
Optionen für den Neustart und das Herunterfahren des Nextseq 550Dx
78
Neustart IM Diagnosemodus
78
Neustart IM Forschungsmodus
79
Beim Beenden Windows Aufrufen
79
Index
80
Technische Unterstützung
84
illumina NextSeq 550 Systemhandbuch (98 Seiten)
Marke:
illumina
| Kategorie:
Laborzubehör & Laborgeräte
| Dateigröße: 2 MB
Inhaltsverzeichnis
Inhaltsverzeichnis
5
Versionshistorie
3
Inhaltsverzeichnis
5
Kapitel 1 Überblick
7
Einleitung Weitere Ressourcen Gerätekomponenten Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien -Überblick
7
Einleitung
8
Funktionen für das Array-Scannen
8
Weitere Ressourcen
9
Reagenzien- und Pufferkammer
10
Statussymbole
11
Wiederverwendbarer Beadchip-Adapter - Überblick
13
Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien -Überblick
14
Beschriftungen zur Kit-Kompatibilität
14
Überblick über die Fließzelle
14
Überblick über die Reagenzienkartusche
15
Überblick über die Pufferflasche
16
Kapitel 2 Erste Schritte
17
Starten des Geräts
18
Anpassen der Systemeinstellungen
19
Festlegen der Eingabeoption und Audio-Signale
19
Anpassen der Geräte-Identifikation
19
Anpassen der Laufeinstellungen
20
Festlegen von Laufkonfigurationsoptionen
20
Festlegen der Option zur Automatischen Entsorgung von Verbrauchsmaterialien
20
Vom Benutzer Bereitzustellende Verbrauchsmaterialien und Geräte
21
Vom Benutzer Bereitzustellende Verbrauchsmaterialien für Sequenzierungsläufe
21
Vom Benutzer Bereitzustellende Verbrauchsmaterialien für die Gerätewartung
21
Vom Benutzer Bereitzustellende Geräte
22
Sequenzierung
23
Kapitel 3 Sequenzierung
23
Einleitung
24
Clusterbildung
24
Dauer eines Sequenzierungslaufs
24
Sequenzierungsworkflow
25
Vorbereiten der Reagenzienkartusche
26
Vorbereiten der Fließzelle
27
Vorbereiten von Bibliotheken für die Sequenzierung
28
Denaturieren und Verdünnen von Bibliotheken
28
Laden der Bibliotheken in die Reagenzienkartusche
28
Konfigurieren eines Sequenzierungslaufs
29
Anmelden bei Basespace
29
Laden der Fließzelle
29
Leeren des Behälters für Verbrauchte Reagenzien
29
Einsetzen der Pufferflasche
31
Laden der Reagenzienkartusche
31
Festlegen von Laufparametern
32
Auswählen eines Verfügbaren Laufs (Basespace-Konfiguration)
33
Überprüfen der Automatischen Systemprüfung
34
Starten des Laufs
34
Überwachen des Lauffortschritts
35
Zyklen für Laufkennzahlen
36
Datenübertragung
36
Automatischer Nachwaschlauf
37
Nach dem Waschlauf
37
Scannen
39
Kapitel 4 Scannen
39
Einleitung
40
Manifest- und Clusterdateien
40
Scan-Workflow
41
Herunterladen des DMAP-Ordners
42
Zugriff auf den DMAP-Ordner nach Konto
42
Zugriff auf den DMAP-Ordner nach Beadchip
42
Einsetzen des Beadchips in den Adapter
43
Konfigurieren eines Scan-Vorgangs
44
Entladen der Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien
44
Starten des Scan-Vorgangs
46
Überwachen des Scan-Fortschritts
47
Kapitel 5 Wartung
49
Einleitung
50
Präventive Wartung
50
Durchführen eines Manuellen Waschlaufs
51
Vorbereiten eines Manuellen Nachwaschlaufs
51
Vorbereiten eines Schnellwaschlaufs
52
Laden einer Gebrauchten Fließzelle und der Waschlaufkartuschen
53
Software-Updates
54
Automatisches Software-Update
54
Ausschalten des Geräts
56
Fehlerbehebung
57
Anhang A Fehlerbehebung
57
Einleitung
58
Dateien für die Fehlerbehebung
59
Dateien für die Fehlerbehebung bei Array-Scan-Vorgängen
60
Beheben von Fehlern der Automatischen Prüfung
61
Tests für Sequenzierungsläufe
61
Tests für Array-Scans
62
Behälter für Verbrauchte Reagenzien ist Voll
64
Workflow für die Rehybridisierung
65
Zeitpunkte für das Beenden eines Laufs für die Rehybridisierung
65
Erforderliche Verbrauchsmaterialien
65
Konfigurieren eines Neuen Laufs auf der Registerkarte "Basespace Prep" (Basespace-Vorbereitung)
66
Konfigurieren eines Laufs auf dem Gerät
66
Beadchip- und Scan-Fehler
67
Software kann den Beadchip-Barcode nicht Einlesen
67
Fehlerhafter Beadchip-Scan-Vorgang
67
Ersetzen von Manifest- und Clusterdateien
68
Anwendungsspezifische Rezepturen und Rezepturordner
69
Systemprüfung
70
Durchführen einer Systemprüfung
70
Optik-Prüfung
71
RAID-Fehlermeldung
73
Konfigurieren der Systemeinstellungen
74
Einrichten der Netzwerkkonfiguration
74
Einrichten der Basespace-Konfiguration
75
Anhang B Echtzeitanalyse
77
Überblick über die Echtzeitanalyse
78
RTA V2-Eingabedaten
78
RTA V2-Ausgabedateien
78
Fehlerbehandlung
79
Echtzeitanalyse-Workflow
80
Matrizenbildung
80
Registrierung und Intensitätsextraktion
80
Korrektur der Phasierung
80
Qualitätsbewertung
82
Anhang C Ausgabedateien und -Ordner
83
Sequenzierungsausgabedateien
84
Fließzellenplatten
85
Lane-Nummerierung
86
Kameranummerierung
86
Plattennummerierung
87
Miniaturbildbenennung
88
Ordnerstruktur der Sequenzierungsausgabedaten
89
Scan-Ausgabedateien
90
Ordnerstruktur der Ausgegebenen Scan-Daten
91
Index
93
Technische Unterstützung
97
illumina NextSeq 550 Handbuch Zur Standortvorbereitung (21 Seiten)
Sequenziersystem
Marke:
illumina
| Kategorie:
Laborzubehör & Laborgeräte
Inhaltsverzeichnis
Inhaltsverzeichnis
1
Einleitung
3
Sicherheitshinweise
3
Weitere Ressourcen
3
Lieferung und Installation
3
Maße und Inhalt der Transportkiste
4
Laboranforderungen
4
Gerätemaße
5
Labortisch-Richtlinien
5
Laboreinrichtung für PCR-Verfahren
6
Vor-PCR- und Nach-PCR-Bereiche
6
Zuweisen von Geräten und Materialien
6
Lagerungsanforderungen für Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien
6
Elektrische Anforderungen
7
Unterbrechungsfreie Stromversorgung
8
Umgebungsanforderungen
8
Netzwerk- und Computersicherheit
9
Netzwerkerwägungen
9
Netzwerkverbindungen
10
Netzwerkunterstützung
10
Interne Verbindungen
11
Ausgehende Verbindungen
11
Laufwerkszuordnung
13
Windows-Updates
13
Datenausgabe und -Speicherung
14
Vom Benutzer Bereitzustellende Verbrauchsmaterialien und Geräte
14
Verbrauchsmaterialien für die Sequenzierung
15
Verbrauchsmaterialien für Wartung und Fehlerbehebung
15
Versionshistorie
17
Technische Unterstützung
19
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