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illumina NextSeq 500 Systemhandbuch
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NextSeq
500 Systemhandbuch
®
Nur für Forschungszwecke.
Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
ILLUMINA – EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT
Katalognummer SY-415-9001DOC
Material-Nr. 20006818
Dokument-Nr. 15046563 v02 DEU
März 2016
Anpassen einer kurzen End-to-End-Workflow-Anleitung mit dem Custom Protocol Selector
support.illumina.com/custom-protocol-selector.html
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Verwandte Anleitungen für illumina NextSeq 500

Inhaltszusammenfassung für illumina NextSeq 500

  • Seite 1 NextSeq 500 Systemhandbuch ® Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. ILLUMINA – EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT Katalognummer SY-415-9001DOC Material-Nr. 20006818 Dokument-Nr. 15046563 v02 DEU März 2016 Anpassen einer kurzen End-to-End-Workflow-Anleitung mit dem Custom Protocol Selector support.illumina.com/custom-protocol-selector.html...
  • Seite 2 Produkts (der hier beschriebenen Produkte) und für keinen anderen Bestimmungszweck ausgelegt. Dieses Handbuch und dessen Inhalt dürfen ohne schriftliches Einverständnis von Illumina nicht verwendet und zu keinem anderen Zweck verteilt bzw. anderweitig übermittelt, offengelegt oder auf irgendeine Weise reproduziert werden. Illumina überträgt mit diesem Dokument keine Lizenzen unter seinem Patent, Markenzeichen, Urheberrecht oder bürgerlichen Recht bzw.

  • Seite 3: Versionshistorie

    Mai 2015 Reagenzienkartusche wurde verbessert. 15046563 H Die Menge von Tween 20 in der Waschlösung für manuelle Mai 2015 Waschläufe wurde korrigiert. Die Informationen zu Systemkonfigurationsoptionen wurden umstrukturiert. Die Informationen über die Echtzeitanalyse-Software wurden in Anhang A verschoben. NextSeq 500 Systemhandbuch...
  • Seite 4 NextSeq-Handbuch für anwendungsspezifische Primer (Dokument- Nr. 15057456). Die Anweisungen zur Reagenzienvorbereitung bei der Nutzung des NextSeq 500-Kits v2 wurden aktualisiert: Die manuellen Schritte zum Laden von Natriumhypochlorit und Primern für die doppelte Indizierung in die Reagenzienkartusche wurden entfernt. Diese Reagenzien sind in der v2-Reagenzienkartusche vorgefüllt.
  • Seite 5 Ein Hinweis auf mögliche Beschädigungen, wenn das Gerät nach dem Aufstellen an einen anderen Standort bewegt wird, wurde hinzugefügt. Wenden Sie sich immer an Ihren Illumina-Vertreter, bevor Sie das Gerät an einem anderen Standort platzieren. Die URL für Sicherheitsdatenblätter (SDS, Safety Data Sheets) wurde in support.illumina.com/sds.ilmn geändert.
  • Seite 6 Software-Beschreibungen zu NextSeq Control Software v1.2 und April 2014 RTA v2.1 aktualisiert: • Rezepturname NextSeq Mid zur Verwendung mit dem NextSeq 500-Kit für mittlere Leistung hinzugefügt. • Die Anweisung, NaOCl zur Pufferflasche für einen manuellen Waschlauf hinzuzufügen, wurde entfernt. •...
  • Seite 7 Es enthält jetzt einen Überblick über RTA v2, die Struktur der Ausgabeordner sowie den Base-Calling-Prozess. Das Kapitel über die Fehlerbehebung wurde aktualisiert. Es enthält jetzt die RTA v2-Fehler und RunParameters.xml wurde in die Liste der Fehlerbehebungsdateien aufgenommen. 15046563 A Erste Version. Januar 2014 NextSeq 500 Systemhandbuch...
  • Seite 8 viii Material-Nr. 20006818 Dokument-Nr. 15046563 v02 DEU...

  • Seite 9: Inhaltsverzeichnis

    Beheben von Fehlern der automatischen Prüfung Behälter für verbrauchte Reagenzien ist voll Workflow für die Rehybridisierung Anwendungsspezifische Rezepturen und Rezepturordner Systemprüfung RAID-Fehlermeldung Konfigurieren der Systemeinstellungen Anhang B Echtzeitanalyse Überblick über die Echtzeitanalyse Echtzeitanalyse-Workflow Sequenzierungsausgabedateien Fließzellenplatten Ordnerstruktur der Ausgabedaten NextSeq 500 Systemhandbuch...
  • Seite 10 Index Technische Unterstützung Material-Nr. 20006818 Dokument-Nr. 15046563 v02 DEU...

  • Seite 11: Kapitel 1 Überblick

    Kapitel 1 Überblick Überblick Einleitung Weitere Ressourcen Gerätekomponenten Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien – Überblick NextSeq 500 Systemhandbuch...

  • Seite 12: Einleitung

    Das Illumina ® NextSeq ® 500-System verbindet die Leistung der Hochdurchsatzsequenzierung mit der Einfachheit eines Desktop-Sequenzierungsgeräts. Merkmale Hochdurchsatzsequenzierung: Das NextSeq 500-System ermöglicht das Sequenzieren von Exomen, Gesamtgenomen und Transkriptomen. Es unterstützt TruSeq ® - und Nextera ® -Bibliotheken. Fließzellentypen: Fließzellen stehen in Konfigurationen für hohe und mittlere Leistung zur Verfügung.

  • Seite 13: Weitere Ressourcen

    Sequenzierungs-Primern anstelle (Dokument-Nr. 15057456) von Illumina-Sequenzierungs-Primern. Hilfe zu BaseSpace Bietet Informationen zur Verwendung von BaseSpace ® (help.basespace.illumina.com) den verfügbaren Analyseoptionen. Auf der NextSeq 500-Supportseite der Illumina-Website können Sie auf Dokumentation, Software-Downloads, Online-Schulungen und häufig gestellte Fragen zugreifen. NextSeq 500 Systemhandbuch...

  • Seite 14: Reagenzien- Und Pufferkammer

    Bildgebungskammer automatisch geschlossen und die Komponenten werden in Position gebracht. Reagenzien- und Pufferkammer Zum Konfigurieren eines Sequenzierungslaufs auf dem NextSeq 500-System ist der Zugang zur Reagenzienkammer und zur Pufferkammer erforderlich, um die Verbrauchsmaterialien für den Lauf zu laden und den Behälter für verbrauchte Reagenzien zu leeren.

  • Seite 15: Statussymbole

    Konfigurieren eines Sequenzierungslaufs. Echtzeitanalyse-Software (RTA): RTA führt die Bildanalyse und das Base-Calling während des Laufs durch. Das NextSeq 500-System verwendet RTA v2, die gegenüber vorherigen Versionen wichtige Unterschiede bei der Architektur und den Funktionen aufweist. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter...
  • Seite 16 Statussymbol Statusname Beschreibung Fehler Ein Fehler ist aufgetreten. Bei Fehlern sind Maßnahmen erforderlich, bevor der Lauf fortgesetzt werden kann. Wenn eine Bedingungsänderung auftritt, blinkt das entsprechende Symbol, um Sie darauf aufmerksam zu machen. Wählen Sie das Symbol, um eine Beschreibung der Bedingung anzuzeigen.

  • Seite 17: Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien - Überblick

    Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien – Überblick Zur Durchführung eines Sequenzierungslaufs auf dem NextSeq 500-System ist ein NextSeq 500-Kit für den Einmalgebrauch erforderlich. Jedes Kit enthält eine Fließzelle sowie die für den Sequenzierungslauf erforderlichen Reagenzien. Bei der Fließzelle, der Reagenzienkartusche und der Pufferflasche wird das RFID-Tracking (Radio Frequency Identification) für die genaue Nachverfolgung von Verbrauchsmaterialien...

  • Seite 18: Überblick Über Die Reagenzienkartusche

    Handschuhen und Laborkittel. Verbrauchte Reagenzien sind als chemische Abfälle zu behandeln. Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden Sicherheitsstandards Ihrer Region. Weitere umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie im Sicherheitsdatenblatt für dieses Kit unter support.illumina.com/sds.html. Material-Nr. 20006818 Dokument-Nr. 15046563 v02 DEU...

  • Seite 19: Überblick Über Die Pufferflasche

    Position 6 auf Seite Überblick über die Pufferflasche Die Pufferflasche ist ein Verbrauchsmaterial für den Einmalgebrauch mit drei mit Puffern und mit Waschlösung vorgefüllten Behältern. Der Inhalt der Pufferflasche reicht für das Sequenzieren einer Fließzelle. Abbildung 6 Pufferflasche NextSeq 500 Systemhandbuch...
  • Seite 20 Material-Nr. 20006818 Dokument-Nr. 15046563 v02 DEU...

  • Seite 21: Kapitel 2 Erste Schritte

    Kapitel 2 Erste Schritte Erste Schritte Starten des Geräts Anpassen der Systemeinstellungen Anpassen der Laufeinstellungen Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien und Geräte NextSeq 500 Systemhandbuch...

  • Seite 22: Starten Des Geräts

    Starten des Geräts Bringen Sie den Hauptnetzschalter in die Position I (EIN). Abbildung 7 Netzschalter auf der Rückseite des Geräts Drücken Sie die Ein/Aus-Taste über der Reagenzienkammer. Die Ein/Aus-Taste schaltet das Gerät ein und startet den integrierten Gerätecomputer und die Software. Abbildung 8 Netzschalter auf der Vorderseite des Geräts Warten Sie, bis das Betriebssystem vollständig geladen wurde.

  • Seite 23: Anpassen Der Systemeinstellungen

    Geben Sie im Feld „Nick Name“ (Kurzname) einen bevorzugten Namen für das Gerät ein. Wählen Sie Save (Speichern), um die Einstellungen zu speichern und mit dem nächsten Bildschirm fortzufahren. Das Bild und der Name erscheinen links oben in jedem Bildschirm. NextSeq 500 Systemhandbuch...

  • Seite 24: Anpassen Der Laufeinstellungen

    Anpassen der Laufeinstellungen Die Steuerungssoftware enthält benutzerdefinierbare Einstellungen für die Laufkonfiguration und die Entsorgung nicht verwendeter Reagenzien. Festlegen von Laufkonfigurationsoptionen Wählen Sie im Bildschirm „Manage Instrument“ (Gerät verwalten) die Option System Customization (Anpassung des Systems). Wählen Sie Save (Speichern), um zum Bildschirm „Run Customization“ (Laufanpassung) zu gelangen.

  • Seite 25: Vom Benutzer Bereitzustellende Verbrauchsmaterialien Und Geräte

    Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien und Geräte Die folgenden Verbrauchsmaterialien und Geräte werden auf dem NextSeq 500-System verwendet. Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien für Sequenzierungsläufe Verbrauchsmaterial Anbieter Zweck 1 N NaOH Allgemeiner Laborlieferant Bibliotheksdenaturierung, (Natriumhydroxid) verdünnt auf 0,2 N 200 mM Tris-HCl, pH7...

  • Seite 26: Vom Benutzer Bereitzustellende Geräte

    Vom Benutzer bereitzustellende Geräte Element Quelle Gefrierschrank, -25 °C bis -15 °C, frostfrei Allgemeiner Laborlieferant Eiskübel Allgemeiner Laborlieferant Kühlschrank, 2 °C bis 8 °C Allgemeiner Laborlieferant Material-Nr. 20006818 Dokument-Nr. 15046563 v02 DEU...

  • Seite 27: Kapitel 3 Sequenzierung

    Kapitel 3 Sequenzierung Sequenzierung Einleitung Sequenzierungsworkflow Vorbereiten der Reagenzienkartusche Vorbereiten der Fließzelle Vorbereiten von Bibliotheken für die Sequenzierung Konfigurieren eines Sequenzierungslaufs Überwachen des Lauffortschritts Automatischer Nachwaschlauf NextSeq 500 Systemhandbuch...

  • Seite 28: Einleitung

    Einleitung Um auf dem NextSeq 500-System einen Sequenzierungslauf durchzuführen, bereiten Sie die Reagenzienkartusche und die Fließzelle vor und befolgen Sie die Anweisungen auf dem Bildschirm für das Konfigurieren und Starten des Laufs. Die Clusterbildung und die Sequenzierung werden im Gerät durchgeführt. Nach dem Lauf wird automatisch ein Gerätewaschlauf unter Verwendung bereits auf dem Gerät geladener Komponenten...

  • Seite 29: Sequenzierungsworkflow

    Sequenzierungsworkflow Für Konfigurationen mit Illumina BaseSpace oder BaseSpace Onsite: Konfigurieren Sie den Lauf auf der Registerkarte „BaseSpace Prep“ (BaseSpace-Vorbereitung). Weitere Informationen hierzu finden Sie in der Hilfe zu BaseSpace (help.basespace.illumina.com). Bereiten Sie eine neue Reagenzienkartusche vor: auftauen und überprüfen. Bereiten Sie eine neue Fließzelle vor: auf Raumtemperatur bringen, auspacken und inspizieren.

  • Seite 30: Vorbereiten Der Reagenzienkartusche

    Handschuhen und Laborkittel. Verbrauchte Reagenzien sind als chemische Abfälle zu behandeln. Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden Sicherheitsstandards Ihrer Region. Weitere umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie im Sicherheitsdatenblatt für dieses Kit unter support.illumina.com/sds.html. Material-Nr. 20006818 Dokument-Nr. 15046563 v02 DEU...

  • Seite 31: Vorbereiten Der Fließzelle

    Öffnen Sie die klare, aufklappbare Plastikverpackung und nehmen Sie die Fließzelle heraus. Abbildung 10 Herausnehmen aus der aufklappbaren Verpackung Reinigen Sie die Glasoberfläche der Fließzelle mit einem fusselfreien Alkoholtupfer. Trocknen Sie das Glas mit einem fusselfreien Labortuch. NextSeq 500 Systemhandbuch...

  • Seite 32: Vorbereiten Von Bibliotheken Für Die Sequenzierung

    Vorbereiten von Bibliotheken für die Sequenzierung Das Bibliotheks-Volumen und die Ladekonzentration sind je nach verwendeter NCS- Version unterschiedlich. Steuerungssoftware-Version: Bibliotheks- Bibliotheks-Konzentration Volumen NCS v1.3 oder höher 1,3 ml 1,8 pM NCS v1.2 oder niedriger 3 ml 3 pM Denaturieren und Verdünnen von Bibliotheken Denaturieren und verdünnen Sie Ihre Bibliotheken auf ein Ladevolumen von 1,3 ml und eine Ladekonzentration von 1,8 pM.

  • Seite 33: Konfigurieren Eines Sequenzierungslaufs

    Die Tür wird automatisch geschlossen, die Fließzellen-ID wird angezeigt und die Sensoren sind markiert. Wählen Sie Next (Weiter). Leeren des Behälters für verbrauchte Reagenzien Entfernen Sie den Behälter für verbrauchte Reagenzien und entsorgen Sie den Inhalt gemäß den geltenden Vorschriften. NextSeq 500 Systemhandbuch...
  • Seite 34 Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden Sicherheitsstandards Ihrer Region. Weitere umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie im Sicherheitsdatenblatt für dieses Kit unter support.illumina.com/sds.html. Schieben Sie den leeren Behälter für verbrauchte Reagenzien bis zum Anschlag in die Pufferkammer. Ein hörbares Klicken gibt an, dass der Behälter positioniert ist.

  • Seite 35: Einsetzen Der Pufferflasche

    Behälter in Position 6 entfernt werden. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Herausnehmen des gebrauchten Behälters in Position 6 auf Seite Schieben Sie die Reagenzienkartusche bis zum Anschlag in die Reagenzienkammer und schließen Sie dann die Tür der Reagenzienkammer. NextSeq 500 Systemhandbuch...

  • Seite 36: Festlegen Von Laufparametern

    Abbildung 16 Laden der Reagenzienkartusche Wählen Sie Load (Laden). Die Software bringt die Kartusche automatisch in Position (ca. 30 Sekunden), die ID der Reagenzienkartusche wird angezeigt und die Sensoren sind markiert. Wählen Sie Next (Weiter). Herausnehmen des gebrauchten Behälters in Position 6 Nachdem Sie die gebrauchte Reagenzienkartusche aus dem Gerät entfernt haben, nehmen Sie die Gummischutzabdeckung über dem Schlitz neben Position 6 ab.

  • Seite 37: Auswählen Eines Verfügbaren Laufs (Basespace-Konfiguration)

    Wert von Read 1 identisch. Index 1: Geben Sie die Anzahl der Zyklen ein, die für den Index 1 (i7) Primer erforderlich sind. Index 2: Geben Sie die Anzahl der Zyklen ein, die für den Index 2 (i5) Primer erforderlich sind. NextSeq 500 Systemhandbuch...

  • Seite 38: Überprüfen Der Automatischen Systemprüfung

    Die Steuerungssoftware überprüft Ihre Eingaben anhand der folgenden Kriterien: Die Gesamtzahl der Zyklen überschreitet die zulässige Maximalzahl nicht Read 1 umfasst mehr Zyklen als die fünf Zyklen der Matrizenbildung. Die Anzahl der Index-Read-Zyklen ist nicht höher als die Anzahl der Read 1- und Read 2-Zyklen [Optional] Wenn Sie anwendungsspezifische Primer verwenden, aktivieren Sie das...

  • Seite 39: Überwachen Des Lauffortschritts

    Computer aus mit dem Sequenzierungsanalyse-Viewer (SAV) angezeigt werden. Zyklen für Laufkennzahlen Laufkennzahlen werden zu verschiedenen Zeitpunkten während eines Laufs angezeigt. Während der Schritte für die Clusterbildung werden keine Kennzahlen angezeigt. Die ersten fünf Zyklen sind der Matrizenbildung vorbehalten. NextSeq 500 Systemhandbuch...

  • Seite 40: Datenübertragung

    Laufkennzahlen werden nach Zyklus 25 angezeigt und umfassen Clusterdichte, Cluster nach Filterung, Menge und Qualitäts-Scores. Datenübertragung Je nach ausgewählter Konfiguration für die Analyse wird während des Laufs ein Symbol auf dem Bildschirm angezeigt, das den Datenübertragungsstatus angibt. Status Illumina BaseSpace Eigenständiges BaseSpace Onsite Gerät...

  • Seite 41: Automatischer Nachwaschlauf

    Waschlaufs bleiben die Sequenzierungsergebnisse auf dem Bildschirm eingeblendet. Nach dem Waschlauf Nach dem Waschlauf bleiben die Sipper in der unteren Position, wodurch verhindert wird, dass Luft in das System eindringt. Lassen Sie die Kartuschen bis zur nächsten Ausführung stehen. NextSeq 500 Systemhandbuch...
  • Seite 42 Material-Nr. 20006818 Dokument-Nr. 15046563 v02 DEU...

  • Seite 43: Kapitel 4 Wartung

    Kapitel 4 Wartung Wartung Einleitung Durchführen eines manuellen Waschlaufs Software-Updates Ausschalten des Geräts NextSeq 500 Systemhandbuch...

  • Seite 44: Einleitung

    Software-Updates auf Seite Präventive Wartung Illumina empfiehlt, jährlich eine präventive Wartung durchführen zu lassen. Wenn Sie keinen Servicevertrag abgeschlossen haben, wenden Sie sich an den für Ihre Region zuständigen Kundenbetreuer oder an den technischen Support von Illumina, um einen Termin für eine kostenpflichtige präventive Wartung zu vereinbaren.

  • Seite 45: Durchführen Eines Manuellen Waschlaufs

    Wird in die Reagenzienkartusche für den Waschlauf gegeben (Position 28) • 100 % Tween 20 Wird verwendet, um 125 ml 0,05-%-Tween-20- Waschlösung zu erzeugen • Wasser in Laborqualität Wird in die Pufferflasche für den Waschlauf gegeben (mittlerer Behälter) NextSeq 500 Systemhandbuch...

  • Seite 46: Vorbereiten Eines Schnellwaschlaufs

    HINWEIS Verwenden Sie stets eine frische NaOCl-Lösung, die innerhalb der vorherigen 24 Stunden vorbereitet wurde. Wenn Sie eine Menge von mehr als 1 ml vorbereiten, lagern Sie die verbleibende Lösung bei 2 °C bis 8 °C für die Verwendung innerhalb der nächsten 24 Stunden.

  • Seite 47: Laden Einer Gebrauchten Fließzelle Und Der Waschlaufkartuschen

    Reagenzien sind als chemische Abfälle zu behandeln. Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden Sicherheitsstandards Ihrer Region. Weitere umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie im Sicherheitsdatenblatt für dieses Kit unter support.illumina.com/sds.html. Schieben Sie den leeren Behälter für verbrauchte Reagenzien bis zum Anschlag in die Pufferkammer.

  • Seite 48: Software-Updates

    Wenn das Update ein Firmware-Update enthält, ist nach Abschluss des Firmware-Updates ein automatischer Neustart des Systems erforderlich. Manuelles Software-Update Laden Sie das Installationsprogramm für die System Suite von der Illumina-Website herunter und speichern Sie es an einem Netzwerkspeicherort. Alternativ können Sie die Softwareinstallationsdatei auf einem USB-Laufwerk speichern.
  • Seite 49 Lesen Sie die Liste der Software, die in diesem Update enthalten ist. Nach Abschluss des Software-Updates wird die Steuerungssoftware automatisch neu gestartet. HINWEIS Wenn das Update ein Firmware-Update enthält, ist nach Abschluss des Firmware-Updates ein automatischer Neustart des Systems erforderlich. NextSeq 500 Systemhandbuch...

  • Seite 50: Ausschalten Des Geräts

    Bewegen Sie das Gerät nicht an einen anderen Standort. Ein unsachgemäßes Bewegen des Geräts kann zur Beeinträchtigung der Ausrichtung der optischen Elemente und der Datenintegrität führen. Falls Sie den Standort des Geräts ändern müssen, wenden Sie sich an Ihren Illumina-Vertreter. Material-Nr. 20006818 Dokument-Nr. 15046563 v02 DEU...

  • Seite 51: Anhang A Fehlerbehebung

    Anhang A Fehlerbehebung Fehlerbehebung Einleitung Dateien für die Fehlerbehebung Beheben von Fehlern der automatischen Prüfung Behälter für verbrauchte Reagenzien ist voll Workflow für die Rehybridisierung Anwendungsspezifische Rezepturen und Rezepturordner Systemprüfung RAID-Fehlermeldung Konfigurieren der Systemeinstellungen NextSeq 500 Systemhandbuch...

  • Seite 52: Einleitung

    Einleitung Falls Sie technische Fragen haben, besuchen Sie die NextSeq 500-Supportseiten der Illumina-Website. Die Supportseiten bieten Zugriff auf Dokumentation, Downloads und häufig gestellte Fragen. Melden Sie sich bei Ihrem MyIllumina-Konto an, um Zugang zu den Support-Bulletins zu erhalten. Wenden Sie sich hinsichtlich Problemen mit der Laufqualität oder der Leistung an den technischen Support von Illumina.

  • Seite 53: Dateien Für Die Fehlerbehebung

    Dateien für die Fehlerbehebung Ein Mitarbeiter des technischen Supports von Illumina kann Kopien von lauf- oder scanspezifischen Dateien anfordern, um Fehler zu beheben. In der Regel werden die folgenden Dateien für die Fehlersuche verwendet. Schlüsseldatei Ordner Beschreibung Laufinformationsdatei Stammordner Enthält die folgenden Informationen: (RunInfo.xml)
  • Seite 54 RTA-Fehlerprotokoll. Diese Datei wird im Ordner RTALogs gespeichert. Wenn der Lauf erfolgreich durchgeführt wurde, ist die Datei nicht vorhanden. Fügen Sie das Fehlerprotokoll hinzu, wenn Sie sich wegen Problemen an den technischen Support von Illumina wenden. Material-Nr. 20006818 Dokument-Nr. 15046563 v02 DEU...

  • Seite 55: Beheben Von Fehlern Der Automatischen Prüfung

    Das BaseSpace-Konto oder der Netzwerkserver ist voll. (Netzwerkspeicherplatz) Temperatur Empfohlene Aktion Temperature (Temperatur) Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. Temperature sensors Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. (Temperatursensoren) Fans (Lüfter) Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina.
  • Seite 56 Bildgebungssystem Empfohlene Aktion Bit Error Rate (Bit-Fehlerrate) Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. Flow Cell Registration Möglicherweise ist die Fließzelle nicht korrekt positioniert. (Fließzellenregistrierung) • Wählen Sie in den Laufkonfigurationsbildschirmen die Option Back (Zurück), um zum Fließzellenschritt zurückzukehren.

  • Seite 57: Behälter Für Verbrauchte Reagenzien Ist Voll

    Wählen Sie Raise Sippers (Sipper anheben). Entfernen Sie den Behälter für verbrauchte Reagenzien und entsorgen Sie den Inhalt ordnungsgemäß. Stellen Sie den leeren Behälter zurück in die Pufferkammer. Wählen Sie Continue (Fortfahren). Der Lauf wird automatisch fortgesetzt. NextSeq 500 Systemhandbuch...

  • Seite 58: Workflow Für Die Rehybridisierung

    Workflow für die Rehybridisierung Ein Rehybridisierungslauf ist ggf. erforderlich, wenn die Kennzahlen der ersten durchgeführten Zyklen Intensitäten unter 2.500 zeigen. Einige Bibliotheken mit geringer Diversität können Intensitäten unter 1.000 aufweisen, was normal ist und durch eine Rehybridisierung nicht geändert werden kann. HINWEIS Der Befehl zum Beenden eines Laufs ist endgültig.

  • Seite 59: Konfigurieren Eines Neuen Laufs Auf Der Registerkarte "Basespace Prep" (Basespace-Vorbereitung)

    BaseSpace oder BaseSpace Onsite: Wählen Sie den Lauf aus und bestätigen Sie die Laufparameter. Eigenständig: Geben Sie den Namen des Laufs ein und legen Sie dieselben Parameter wie für den ursprünglichen Lauf fest. Wählen Sie Next (Weiter), um mit dem Selbsttest fortzufahren und den Lauf zu starten. NextSeq 500 Systemhandbuch...

  • Seite 60: Anwendungsspezifische Rezepturen Und Rezepturordner

    Anwendungsspezifische Rezepturen und Rezepturordner Ändern Sie nicht die Originalrezepturen. Erstellen Sie immer eine Kopie der Originalrezeptur unter einem neuen Namen. Wenn eine Originalrezeptur geändert wurde, kann der Software-Updater die Rezeptur für künftige Updates nicht erkennen und neuere Versionen werden nicht installiert. Speichern Sie angepasste Rezepturen im entsprechenden Rezepturordner.

  • Seite 61: Systemprüfung

    Systemprüfung Eine Systemprüfung ist für den normalen Betrieb oder die Gerätewartung nicht erforderlich. Die Mitarbeiter des technischen Supports von Illumina bitten Sie jedoch möglicherweise zu Fehlerbehebungszwecken, eine Systemprüfung durchzuführen. HINWEIS Falls ein Gerätewaschlauf ansteht, führen Sie zuerst den Waschlauf durch, bevor Sie die Systemprüfung starten.

  • Seite 62: Optik-Prüfung

    [Optional] Wählen Sie nach Abschluss der Systemprüfung View (Anzeigen) neben dem entsprechenden Namen, um die jedem Test zugeordneten Werte anzuzeigen. Wählen Sie Next (Weiter). Der Systemprüfungsbericht wird geöffnet. Wählen Sie Save (Speichern), um den Bericht in einer verzippten Datei zu speichern. Wählen Sie einen Netzwerkspeicherort für die Datei aus.
  • Seite 63 Prüft die Geschwindigkeit der Systemlüfter in Pulse pro Minute (PPM), um sicherzustellen, dass die Lüfter funktionieren. Lüfter, die nicht funktionieren, geben einen negativen Wert zurück. Thermal Probes Prüfen die durchschnittliche Temperatur jedes Wärmesensors. (Wärmefühler) Wärmesensoren, die nicht funktionieren, geben einen negativen Wert zurück. NextSeq 500 Systemhandbuch...

  • Seite 64: Raid-Fehlermeldung

    Der NextSeq-Computer hat zwei Festplatten. Falls auf einer Festplatte Probleme auftreten und ein Ausfall droht, erscheint eine RAID-Fehlermeldung auf dem Gerät, die empfiehlt, dass Sie den technischen Support von Illumina kontaktieren. Normalerweise muss die Festplatte ausgetauscht werden. Die Laufkonfiguration und der normale Betrieb sind weiterhin möglich. Zweck der Meldung ist, Sie im Voraus über erforderliche Servicemaßnahmen zu informieren, um...

  • Seite 65: Konfigurieren Der Systemeinstellungen

    Geben Sie die bevorzugte DNS-Adresse ein. Die DNS-Adresse ist der Name des Servers, der zum Übersetzen von Domänennamen in IP-Adressen verwendet wird. Geben Sie die alternative DNS-Adresse ein. Die alternative Adresse wird verwendet, wenn der bevorzugte DNS-Server einen bestimmten Domänennamen nicht in eine IP-Adresse übersetzen kann. NextSeq 500 Systemhandbuch...

  • Seite 66: Einrichten Der Basespace-Konfiguration

    Wählen Sie BaseSpace Configuration (BaseSpace-Konfiguration). Wählen Sie eine der folgenden Optionen, um den Speicherort auszuwählen, an den die Daten für die spätere Analyse übertragen werden sollen. Wählen Sie BaseSpace, um die Sequenzierungsdaten an Illumina BaseSpace zu senden. [Optional] Aktivieren Sie das Kontrollkästchen Output Folder (Ausgabeordner), wählen Sie Browse (Durchsuchen) und navigieren Sie zu einem...
  • Seite 67 Laufkonfiguration übersprungen. Wenn Sie BaseSpace ausgewählt haben, aktivieren Sie die Option Send instrument health information to Illumina (Gerätestatusinformationen an Illumina senden), um Protokolldateien an Illumina zu senden. Diese Option steht nicht für BaseSpace Onsite zur Verfügung. Wählen Sie Save (Speichern).
  • Seite 68 Material-Nr. 20006818 Dokument-Nr. 15046563 v02 DEU...

  • Seite 69: Anhang B Echtzeitanalyse

    Anhang B Echtzeitanalyse Echtzeitanalyse Überblick über die Echtzeitanalyse Echtzeitanalyse-Workflow Sequenzierungsausgabedateien Fließzellenplatten Ordnerstruktur der Ausgabedaten NextSeq 500 Systemhandbuch...

  • Seite 70: Überblick Über Die Echtzeitanalyse

    Überblick über die Echtzeitanalyse Das NextSeq 500-System nutzt eine Implementierung der Echtzeitanalyse-Software namens RTA v2. RTA v2 wird auf dem Gerätecomputer ausgeführt und extrahiert Intensitäten aus Bildern, führt das Base-Calling durch und weist dem Base-Call einen Qualitäts-Score zu. RTA v2 und die Steuerungssoftware kommunizieren über ein HTTP-Webinterface und gemeinsame Speicherbereiche.

  • Seite 71: Fehlerbehandlung

    Read-Ebene. Sie werden benötigt, um Echtzeitkennzahlen im Sequenzierungsanalyse-Viewer (SAV) ansehen zu können. Die neueste Version von SAV finden Sie auf der SAV-Downloadseite der Illumina-Website. Fehlerbehandlung RTA v2 erstellt Protokolldateien und speichert sie im Ordner „RTALogs“. Fehler werden im *.tsv-Format in einer Fehlerdatei aufgezeichnet.

  • Seite 72: Echtzeitanalyse-Workflow

    Echtzeitanalyse-Workflow Definiert die Clusterpositionen. Matrizenbildung Zeichnet die Position der einzelnen Cluster auf der Fließzelle auf Registrierung und und ermittelt einen Intensitätswert für jeden Cluster. Intensitätsextraktion Korrigiert die Auswirkungen der Phasierung und Vorphasierung. Korrektur der Phasierung Legt für jeden Cluster einen Base-Call fest. Base-Calling Weist jedem Base-Call einen Qualitäts-Score zu.
  • Seite 73 Base-Calling Beim Base-Calling wird eine Base (A, C, G oder T) für jeden Cluster einer bestimmten Platte eines bestimmten Zyklus festgelegt. Das NextSeq 500-System nutzt die Zweikanal- Sequenzierung, die nur zwei Bilder zum Kodieren der Daten für vier DNA-Basen benötigt: ein Bild aus dem roten Kanal und eines aus dem grünen Kanal.

  • Seite 74: Qualitätsbewertung

    Cluster nach Filterung Während des Laufs filtert RTA v2 Rohdaten, um Reads zu entfernen, die dem Schwellenwert für Datenqualität nicht genügen. Überlappende Cluster sowie Cluster niedriger Qualität werden entfernt. Bei der Zweikanalanalyse verwendet RTA v2 ein populationsbasiertes System zum Feststellen der Reinheit eines Base-Calls. Cluster passieren Filter, wenn nicht mehr als ein Base-Call in den ersten 25 Zyklen eine Reinheit von <...

  • Seite 75: Sequenzierungsausgabedateien

    Enthält den Namen des Laufs, die Anzahl der Zyklen in jedem Read, die Angabe, ob der Read indiziert ist, sowie die Anzahl der Bildstreifen und Platten auf der Fließzelle. Die Laufinformationsdatei wird am Anfang des Laufs generiert. [Stammordner], RunInfo.xml NextSeq 500 Systemhandbuch...
  • Seite 76 Dateityp Dateibeschreibung, Speicherort und Name Miniaturbilddateien Ein Miniaturbild für jeden Farbkanal (rot und grün) für die Platten 1, 6 und 12 von allen Kameras, oberen und unteren Oberflächen bei jedem Zyklus während der Bildgebung. Thumbnail_Images\L00[X]\C[X.1]: Für jede Lane wird ein Ordner und für jeden Zyklus ein entsprechender Unterordner angelegt.

  • Seite 77: Fließzellenplatten

    Kamerasegmente × Platten pro Bildstreifen pro Segment. Lane-Nummerierung Lanes 1 und 3, zusammen bilden sie Lane-Paar A, werden gleichzeitig aufgenommen. Lanes 2 und 4, zusammen bilden sie Lane-Paar B, werden aufgenommen, sobald Lane- Paar A aufgenommen wurde. NextSeq 500 Systemhandbuch...

  • Seite 78: Kameranummerierung

    Bildstreifennummerierung Kameranummerierung Das NextSeq 500-System verwendet sechs Kameras, um die Fließzelle abzubilden. Die Kameras haben die Nummern 1–6. Die Kameras 1–3 nehmen Lane 1 auf. Die Kameras 4–6 nehmen Lane 3 auf. Sobald die Lanes 1 und 3 aufgenommen wurden, bewegt sich das Bildmodul entlang der X-Achse, um die Lanes 2 und 4 aufzunehmen.

  • Seite 79: Plattennummerierung

    Platte: Plattennummer mit fünf Ziffern, die die Oberfläche, den Bildstreifen, die Kamera und die Platte angeben Kanal: Rot oder Grün Beispiel: s_3_12512_green.jpg. Dieser Dateiname bedeutet Lane 3, obere Oberfläche, Bildstreifen 2, Kamera 5, Platte 12 und grüner Kanal. NextSeq 500 Systemhandbuch...

  • Seite 80: Ordnerstruktur Der Ausgabedaten

    Ordnerstruktur der Ausgabedaten Die Steuerungssoftware generiert den Namen des Ausgabeordners automatisch. Data Intensities BaseCalls L001: Base-Call-Dateien für Lane 1, zusammengefasst in einer Datei pro Zyklus. L002: Base-Call-Dateien für Lane 2, zusammengefasst in einer Datei pro Zyklus. L003: Base-Call-Dateien für Lane 3, zusammengefasst in einer Datei pro Zyklus.
  • Seite 81 Ergebnisse 65 Indizierungshinweise 64 Eigenständige Konfiguration 27 Intensitäten 63 Ein/Aus-Taste 6, 12 InterOp-Dateien 43, 65 Empirische Phasierung 62 Entsorgen von Verbrauchsmaterialien 14 Erweiterte Ladeoption 13-14 Kameranummerierung 68 Kennzahlen Base-Calling 63 Clusterdichtezyklen 29 Fehler und Warnungen 5 Intensitätszyklen 29 NextSeq 500 Systemhandbuch...
  • Seite 82 Kompatibilität Reinheitsfilter 64 Fließzelle, Reagenzienkartusche 7 RFID-Tracking 7 RFID-Tracking 7-8 RTA v2 Komponenten Beendigung 60 Bildgebungskammer 4 Überblick 60 Pufferkammer 4 RunInfo.xml 43, 65 Reagenzienkammer 4 Statusleiste 4 Konfigurationseinstellungen 55 Selbsttest 28 Kundendienst 75 Selbsttestfehler 45 Sequenzierung Vom Benutzer bereitzustellende Lane-Nummerierung 67 Verbrauchsmaterialien 15 Lane-Paare 67...
  • Seite 83 Erweiterte Ladeoption 14 Fließzelle 23 Fließzelle vorbereiten 21 Fließzellenkammertür 23 Indizierungshinweise 64 Laufdauer 18 Laufkennzahlen 29 Natriumhypochlorit 36 Pufferflasche 25 Reagenzienkartusche 20, 25 Selbsttest 28 Sequenzierung 62 Überblick 19 Verbrauchte Reagenzien 23 Zyklen in einem Read 18 NextSeq 500 Systemhandbuch...
  • Seite 84 Material-Nr. 20006818 Dokument-Nr. 15046563 v02 DEU...

  • Seite 85: Technische Unterstützung

    1.800.812949 Andere Länder +44.1799.534000 Italien 800.874909 Sicherheitsdatenblätter (SDS, Safety Data Sheets) sind auf der Illumina-Website unter support.illumina.com/sds.html verfügbar. Die Produktdokumentation steht auf der Illumina-Website im PDF-Format zum Herunterladen zur Verfügung. Gehen Sie zu support.illumina.com, wählen Sie ein Produkt aus und wählen Sie anschließend Documentation & Literature (Dokumentation und Literatur).
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