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illumina NextSeq 1000 Handbuch
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Sequenziersystem
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NextSeq 1000 und 2000
Handbuch zum Sequenziersystem
ILLUMINA – EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT
Dokument-Nr. 1000000109376 v05 DEU
August 2021
Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Verwandte Anleitungen für illumina NextSeq 1000

Inhaltszusammenfassung für illumina NextSeq 1000

  • Seite 1 NextSeq 1000 und 2000 Handbuch zum Sequenziersystem ILLUMINA – EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT Dokument-Nr. 1000000109376 v05 DEU August 2021 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
  • Seite 2 ILLUMINA ÜBERNIMMT KEINERLEI HAFTUNG FÜR SCHÄDEN, DIE AUS DER UNSACHGEMÄSSEN VERWENDUNG DER HIERIN BESCHRIEBENEN PRODUKTE (EINSCHLIESSLICH TEILEN HIERVON ODER DER SOFTWARE) ENTSTEHEN. © 2021 Illumina, Inc. Alle Rechte vorbehalten. Alle Marken sind Eigentum von Illumina, Inc. bzw. der jeweiligen Eigentümer. Spezifische Informationen zu Marken finden Sie unter www.illumina.com/company/legal.html.
  • Seite 3 1000000109376 April Anweisungen zum Importieren von Dateien für das 2021 Grundrauschen hinzugefügt. DRAGEN DNA Amplicon-Workflow hinzugefügt. Funktionen für NextSeq 1000/2000 Control Software v1.3 hinzugefügt. Informationen zur Auswahl eines Proxy-Servers hinzugefügt. Versand- und Lagertemperatur von RSB mit Tween 20 aktualisiert. Differentielle Genexpression zum DRAGEN RNA-Workflow hinzugefügt.
  • Seite 4 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Dokument-Nr. Datum Beschreibung der Änderung 1000000109376 Oktober NextSeq 2000 P3 Reagents Kit hinzugefügt. 2020 DRAGEN Single Cell RNA-Workflow hinzugefügt. DRAGEN Enrichment-Workflow hinzugefügt. FASTQ-Komprimierungsoptionen hinzugefügt. Anweisungen zum Installieren von Updates für DRAGEN- Pipelines und -Lizenzen hinzugefügt. Anweisungen zum Importieren anwendungsspezifischer Referenzgenome hinzugefügt.
  • Seite 5 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Dokument-Nr. Datum Beschreibung der Änderung 1000000109376 Juni Software-Beschreibungen zur NextSeq 1000/2000 2020 Control Software aktualisiert. Unterscheidung zwischen den Modi Cloud, Hybrid, Local und Standalone im gesamten Handbuch verdeutlicht. Anweisungen zum Lagern und Auftauen von Kartuschen aktualisiert. Angaben zur Anzahl unterstützter Zyklen aktualisiert. Anweisungen zur Konfiguration der Sekundäranalyse aktualisiert.
  • Seite 6 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Dokument-Nr. Datum Beschreibung der Änderung Anweisungen zum Aktualisieren von DRAGEN-Pipelines und -Lizenzen hinzugefügt. Anweisungen zu Anpassungen am Gerät hinzugefügt. Abbildungen auf die neue Kennzeichnung aktualisiert. „Klappe“ im gesamten Handbuch durch „Blende“ ersetzt. Beschreibung der beiden Ethernet-Anschlüsse hinzugefügt.

  • Seite 7: Inhaltsverzeichnis

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Inhaltsverzeichnis Systemüberblick Weitere Ressourcen Gerätehardware Integrierte Software Prozessmanagement Diagramm zum Sequenzierungsprotokoll Funktionsweise der Sequenzierung Systemkonfiguration Anforderungen in Bezug auf Benutzerkonten Konfigurieren von BaseSpace Sequence Hub und Proactive Support Festlegen des Standardspeicherorts für den Ausgabeordner Importieren anwendungsspezifischer Referenzgenome Importieren von Dateien für das Grundrauschen Konfigurieren des Laufmodus Geräteanpassung...
  • Seite 8 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Wartung Freimachen von Speicherplatz auf der Festplatte Software-Updates Workflow- und Lizenz-Updates für DRAGEN Austauschen des Luftfilters Fehlerbehebung Beheben von Fehlermeldungen Erneutes Lagern von Verbrauchsmaterialien Abbrechen eines Laufs Erneutes Stellen eines Laufs in die Warteschlange Aus- und Wiedereinschalten des Geräts Durchführen einer Systemprüfung Wiederherstellen der Werkseinstellungen Speichern eines Systemimages...

  • Seite 9: Systemüberblick

    Das Illumina NextSeq™ 1000-Sequenziersystem und das Illumina® NextSeq™ 2000-Sequenziersystem bieten einen gezielten Ansatz für NGS . Das anwendungsorientierte System bündelt die Sequenzierungstechnologie von Illumina in einem kostengünstigen Tischgerät mit folgenden Merkmalen: Benutzerfreundlichkeit und Zugänglichkeit: Das NextSeq 1000/2000 bietet die lokale DRAGEN- • Analyse sowie geräteinterne Denaturierung und Verdünnung. Ein Bildgebungsmodul ist in das System integriert und Fluidikkomponenten sind in das Verbrauchsmaterial integriert, was die Wartung des Geräts vereinfacht.

  • Seite 10: Weitere Ressourcen

    Denature and Dilute Libraries Verdünnen von vorbereiteten Bibliotheken für einen Guide (Dokument- Sequenzierungslauf sowie zum Vorbereiten einer optionalen Nr. 1000000139235) PhiX-Kontrolle. NextSeq 1000 and 2000 Bietet Informationen zum Ersetzen von Illumina- Custom Primers Guide Sequenzierungs-Primern durch anwendungsspezifische (Dokument- Sequenzierungs-Primer. Nr. 1000000139569) NextSeq 2000- Bietet einen Überblick über Gerätekomponenten,...
  • Seite 11 Sequence Hub und den verfügbaren Analyseoptionen. Indexadapter Pooling- Enthält Anweisungen zum Pooling sowie Handbuch (Dokument- Verfahrensbeschreibungen zur doppelten Indizierung. Nr. 1000000041074) Illumina-Adaptersequenzen Enthält eine Liste mit Adaptersequenzen für Illumina- (Dokument- Bibliotheksvorbereitungskits. Nr. 1000000002694) Dokument-Nr. 1000000109376 v05 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.

  • Seite 12: Gerätehardware

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Gerätehardware Die Sequenziersysteme NextSeq 1000 und NextSeq 2000 verfügen über eine Ein/Aus-Taste, einen Monitor, eine Statusleiste, eine Verbrauchsmaterialienkammer und USB-Anschlüsse. Abbildung 1 Externe Systemkomponenten A. Luftfilterkammer: Bietet Zugang zum austauschbaren Luftfilter. B. Touchscreen-Monitor: Ermöglicht die Systemkonfiguration und -einrichtung am Gerät über die Benutzeroberfläche der Steuerungssoftware.
  • Seite 13 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Auf der Rückseite des Geräts befinden sich der Schalter und der Anschluss für die Stromversorgung des Geräts sowie zwei Ethernet-Anschlüsse für eine optionale Ethernet-Verbindung. Über einen USB 3.0-Anschluss kann eine externe Festplatte für die Datenübertragung angeschlossen werden. (exFAT wird auf dieser Linux-basierten Plattform nicht unterstützt.) Die Sequenziersysteme NextSeq 1000 und NextSeq 2000 sind mit zwei Ethernet-Anschlüssen ausgestattet, die den Funktionsumfang und die Flexibilität der Geräte erhöhen.

  • Seite 14: Integrierte Software

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Abbildung 3 Geladene Verbrauchsmaterialienkammer A. Kartusche: Enthält die Fließzelle, Bibliothek und Reagenzien und fängt während des Laufs die verbrauchten Reagenzien auf. B. Träger: Hält die Kartusche während der Sequenzierung. C. Blende: Ermöglicht den Zugang zur Verbrauchsmaterialienkammer. Integrierte Software Die Systemsoftware-Suite umfasst integrierte Anwendungen für die Durchführung von Sequenzierungsläufen und der Analyse.

  • Seite 15: Informationen Zum System

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Informationen zum System Auf den Bereich „About“ (Info) können Sie über das Menü der Steuerungssoftware oben links zugreifen. Im Bereich „About“ (Info) finden Sie Kontaktdaten von Illumina und folgende Systeminformationen: • Seriennummer des Geräts Computername •...

  • Seite 16: Status Of Secondary Analysis (Status Der Sekundäranalyse)

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch der Freigabe von Speicherplatz finden Sie unter Freimachen von Speicherplatz auf der Festplatte auf Seite 85. Informationen dazu, wie Sie einen Lauf erneut in die Warteschlange stellen, finden Sie unter Erneutes Stellen eines Laufs in die Warteschlange auf Seite 94. Status of Run (Status des Laufs) Dieser Abschnitt zeigt den Status des Sequenzierungslaufs an: •...

  • Seite 17: Diagramm Zum Sequenzierungsprotokoll

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Wenn der Lauf nicht ausgeführt wird, schalten Sie das Gerät aus und wieder ein und öffnen Sie • anschließend den Bildschirm „Process Management“ (Prozessmanagement) erneut. Siehe Aus- und Wiedereinschalten des Geräts auf Seite 95. Diagramm zum Sequenzierungsprotokoll Das folgende Diagramm stellt das Sequenzierungsprotokoll des NextSeq 1000/2000 dar. Funktionsweise der Sequenzierung Die Sequenzierung mit den Sequenziersystemen NextSeq 1000 und NextSeq 2000 umfasst die Clusterbildung, die Sequenzierung und die Analyse.

  • Seite 18: Sequenzierung

    Sekundäranalyse. Die Methode der sekundären Datenanalyse ist abhängig von Ihrer Anwendung und der Systemkonfiguration. Sekundäranalyse BaseSpace Sequence Hub ist die Cloud-Computing-Umgebung von Illumina für die Laufüberwachung, Datenanalyse, Speicherung und Zusammenarbeit. Sie hostet DRAGEN- und BaseSpace Sequence Hub-Apps für gängige Analysemethoden zur Sequenzierung.
  • Seite 19 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Im Local-Modus ruft DRAGEN das Probenblatt, das Referenzgenom und die Laufeingabedateien aus den Sequenziersystemen NextSeq 1000 und NextSeq 2000 ab. Die DRAGEN-Sekundäranalyse wird im Gerät durchgeführt. Die Ausgabedateien können in einem gewählten Ausgabeordner gespeichert werden. Wenn „Proactive, Run Monitoring and Storage“ (Proactive, Laufüberwachung und -speicherung) ausgewählt wurde, kann die Analyse auch über BaseSpace Sequence Hub-Apps gestartet werden, nachdem die Sequenzierung abgeschlossen ist.

  • Seite 20: Systemkonfiguration

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Systemkonfiguration Dieser Abschnitt enthält Informationen zur Einrichtung des Systems, einschließlich der Beschreibung der Softwareeinstellungen. In den Anweisungen wird vornehmlich die Steuerungssoftware beschrieben. Darüber hinaus sind einige Informationen zur Konfiguration von Netzwerk und Betriebssystem enthalten. Bei der Verwendung von Google Chrome auf dem Gerät werden Sie zum Entsperren Ihres Login- Schlüsselbunds aufgefordert.

  • Seite 21: Hinzufügen Eines Neuen Benutzers

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Richtlinie Einstellung Minimum password length Ten characters (Zehn Zeichen) (Mindestkennwortlänge) Minimum character variety (Minimale Three each of: number, upper case letter, Zeichenvielfalt) lower case letter, and symbol (Jeweils drei: Ziffern, Großbuchstaben, Kleinbuchstaben und Sonderzeichen) Maximum repeating characters (Maximale Three characters (Drei Zeichen) Anzahl gleicher Zeichen hintereinander Drei ZeichenPassword)

  • Seite 22: Zurücksetzen Des Kennworts

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch c. Wählen Sie im Menü der Steuerungssoftware die Option Settings (Einstellungen). d. Stellen Sie unter „Default Output Folder“ (Standardausgabeordner) sicher, dass Sie den Pfad für den Ausgabeordner auswählen und speichern können. Wenn Sie den Pfad für den Ausgabeordner auswählen und speichern können, ohne dass eine Fehlermeldung angezeigt wird, wurden die Berechtigungen erfolgreich festgelegt.

  • Seite 23: Konfigurieren Von Basespace Sequence Hub Und Proactive Support

    Stellen Sie das letzte gespeicherte Betriebssystemimage wieder her, wenn Ihnen das zum • Zeitpunkt der Speicherung des Images gültige Kennwort bekannt ist. Wenden Sie sich andernfalls an den technischen Support von Illumina. • Konfigurieren von BaseSpace Sequence Hub und Proactive Support Konfigurieren Sie BaseSpace Sequence Hub und Proactive Support anhand folgender Anweisungen auf Ihrem System.

  • Seite 24: Festlegen Des Standardspeicherorts Für Den Ausgabeordner

    Bei Aktivierung einer Option außer „None“ (Keine) ist Proactive Support aktiviert. Hierbei handelt es sich um einen kostenlosen Service, mit dem Sie Ihre Leistungsdaten auf dem MyIllumina-Kunden- Dashboard anzeigen können und der es den Serviceteams von Illumina ermöglicht, Fehler schneller zu beheben.

  • Seite 25: Festlegen Eines Netzwerklaufwerks Als Standardausgabeordner

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Stellen Sie sicher, dass Sie über eine Schreibberechtigung für das externe tragbare Laufwerk verfügen. Wenn dieses auf „Read Only“ (Nur lesen) festgelegt ist, kann die Steuerungssoftware keine Daten auf dem Laufwerk speichern. Erstellen Sie einen neuen Ordner auf dem externen tragbaren Laufwerk. Dieser Ordner wird als Standardspeicherort für den Ausgabeordner verwendet.

  • Seite 26: Anweisungen Zum Mounten Von Nfs

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Für die Anmeldeinformationen „username“ (Benutzername), „password“ (Kennwort) und „domain“ (Domäne) sind keine Klammern erforderlich. Die Domäne muss nur angegeben werden, wenn das Remote-Konto zu einer Domäne gehört. Wählen Sie Save (Speichern) und schließen Sie die Datei. Ermitteln Sie den Servernamen und den Freigabenamen für den SMB-/CIFs-Server.

  • Seite 27: Festlegen Des Festen Netzwerklaufwerks Als Standardausgabeordner

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch minimieren). Melden Sie sich beim Konto „ilmnadmin“ an. Ermitteln Sie den Servernamen für den NFS-Server. Der Servername darf keine Leerzeichen enthalten. Beispiel: Servername: 192.168.500.100 oder Meinserver-meininstitut-03 Wählen Sie Applications (Anwendungen). Wählen Sie unter „Favorites“ (Favoriten) die Option Terminal. Geben Sie sudo mkdir /mnt/<Lokaler Name>...

  • Seite 28: Importieren Anwendungsspezifischer Referenzgenome

    Eine Liste aller kompatiblen Referenzgenome finden Sie auf der NextSeq 1000/2000- Produktkompatibilitätsseite. Erstellen Sie mithilfe der BaseSpace Sequence Hub-App Reference Builder for Illumina Instruments ein Referenzgenom. Weitere Informationen finden Sie in der Onlinehilfe zur App Reference Builder for Illumina Instruments v1.0.0.

  • Seite 29: Importieren Von Dateien Für Das Grundrauschen Über Die Benutzeroberfläche

    Wählen Sie +Other Locations (+Andere Speicherorte) und dann Computer. Doppelklicken Sie auf usr und dann auf local. Doppelklicken Sie auf illumina und dann auf aux_files. Ziehen Sie die Datei für das Grundrauschen auf aux_files. Importieren von Dateien für das Grundrauschen über die Konsole Nach dem Importieren der Datei für das Grundrauschen können Sie im DRAGEN Enrichment-Workflow...

  • Seite 30: Konfigurieren Des Laufmodus

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Konfigurieren des Laufmodus Der Laufmodus legt für alle Läufe fest, an welcher Stelle die Laufparameter eingegeben werden müssen, und bestimmt die Datenanalysemethode. Cloud- oder Hybrid-Modus Wählen Sie im Menü der Steuerungssoftware die Option Settings (Einstellungen). Wählen Sie unter „BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support“ (BaseSpace Sequence Hub Services und Proactive Support) die Option Online Run Setup (Onlinelaufkonfiguration).

  • Seite 31: Geräteanpassung

    Bibliotheken manuell zu denaturieren und zu verdünnen. Anweisungen zur manuellen Denaturierung und Verdünnung von Bibliotheken finden Sie im NextSeq 1000 and 2000 Denature and Dilute Libraries Guide (Dokument-Nr. 1000000139235). Festlegen der Voreinstellung für die automatische Entleerung von Reagenzien Wählen Sie im Menü...

  • Seite 32: Konfigurieren Von Software-Updates

    Wählen Sie Save (Speichern). Einrichten eines Proxy-Servers Proxy-Server werden nur unter NextSeq 1000/2000 Control Software v1.3 oder höher unterstützt. Wählen Sie im Menü der Steuerungssoftware die Option Settings (Einstellungen). Wählen Sie die aktuellen Proxyeinstellungen, um den Bildschirm „Proxy Settings“...
  • Seite 33 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Wählen Sie eine der folgenden Optionen: • Wählen Sie Yes, I'm Finished (Ja, fertig), um das System neu zu starten und die neuen Proxy- Einstellungen zu übernehmen. • Wählen Sie No, Take Me Back (Nein, zurück), um zum Bildschirm „Settings“ (Einstellungen) zurückzukehren.

  • Seite 34: Verbrauchsmaterialien Und Ausstattung

    Ausstattung Sie für die Wartung und die Problembehebung benötigen. Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien Für die Sequenzierung mit dem NextSeq 1000/2000 ist ein Illumina NextSeq 1000/2000 P1 Reagents Kit für den Einmalgebrauch, ein Illumina NextSeq 1000/2000 P2 Reagents Kit für den Einmalgebrauch oder ein Illumina NextSeq 2000 P3 Reagents Kit für den Einmalgebrauch erforderlich. Das NextSeq 1000/2000 P1 Reagents Kit ist in einer Größe verfügbar (300 Zyklen).

  • Seite 35: Fließzelle

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Beide Verbrauchsmaterialien sind mit Identifikatoren zur Nachverfolgung und Sicherstellung der Kompatibilität versehen. Die Kartusche und die Fließzelle verwenden RFID Fließzelle Bei der Fließzelle handelt es sich um eine strukturierte Fließzelle mit einer Lane. Der Fließzellenglasträger ist von einer Kunststoffkartusche umschlossen. Die sichere Handhabung erfolgt mithilfe einer vorstehenden grauen Lasche.

  • Seite 36: Unterstützte Anzahl Von Zyklen

    Alle Kartuschen enthalten 38 zusätzliche Zyklen, ausgenommen die 300-Zyklen-Kartusche im Illumina NextSeq 2000 P3 Reagents Kit, die 27 zusätzliche Zyklen enthält. Beispielsweise bietet die 200-Zyklen- Kartusche im Illumina NextSeq 1000/2000 P2 Reagents Kit genügend Reagenzien für bis zu 238 Sequenzierungszyklen. Informationen darüber, wie viele Zyklen zu sequenzieren sind, finden Sie...

  • Seite 37: Zusätzliche Verbrauchsmaterialien

    Das Datum, an dem das Verbrauchsmaterial abläuft. Um optimale Ergebnisse zu erzielen, verwenden Sie das Verbrauchsmaterial vor diesem Datum. Gibt den Hersteller an (Illumina). Die Verwendung ist ausschließlich für Forschungszwecke (Research Use Only, RUO) vorgesehen. Gibt die Artikelnummer an, damit das Verbrauchsmaterial identifiziert werden kann.¹...
  • Seite 38 Kit und unterstützt die doppelte Nr. 20050264 Indizierung (bis zu 100 Millionen Single-Reads). (300 Zyklen) Enthält NextSeq 1000/2000 Reagent Cartridge, NextSeq 1000/2000 P1 Flow Cell und RSB with Tween 20. Dieses Reagenzien-Kit basiert auf v3-Reagenzien. Kompatibel mit NextSeq 1000 und NextSeq 2000. NextSeq 1000/2000 P2 Illumina: Enthält Reagenzien für die Sequenzierung in...
  • Seite 39 Anbieter Zweck Einweg-Handschuhe, Allgemeiner Allgemeine Verwendung. ungepudert Laborlieferant NextSeq 1000/2000 Air Filter Illumina, Katalog- Austausch des Luftfilters alle Replacement* Nr. 20029759 sechs Monate. * Das System wird mit einem eingesetzten Luftfilter und einem Ersatzteil geliefert. Ersatzteile sind vom Benutzer bereitzustellen, sofern diese nicht unter die Garantie fallen. Bis zur Verwendung in der Packung belassen.

  • Seite 40: Zusätzliche Ausstattung

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Zusätzliche Ausstattung Für die Sequenzierung ist folgende Ausstattung erforderlich. Element Quelle Zweck Gefrierschrank, -25 °C bis Allgemeiner Laborlieferant Lagern der Kartusche. -15 °C Eiskübel Allgemeiner Laborlieferant Lagerung der Bibliotheken bis zur Sequenzierung. Pipette, 10 µl Allgemeiner Laborlieferant Verdünnen von Bibliotheken auf Ladekonzentration.

  • Seite 41: Protokoll

    Das Ladevolumen beträgt 20 µl. Die Ladekonzentration variiert je nach Bibliothekstyp: Bibliothekstyp Ladekonzentration (pM) AmpliSeq™ for Illumina Library PLUS Illumina DNA Prep Illumina DNA Prep with Enrichment 1.000 Illumina Stranded Total RNA with Ribo-Zero Plus Illumina Stranded mRNA Prep Illumina DNA PCR-Free 1.000 100 % PhiX TruSeq DNA Nano 350 1.200 Dokument-Nr. 1000000109376 v05 DEU...
  • Seite 42 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Bibliothekstyp Ladekonzentration (pM) TruSeq DNA Nano 550 1.500 TruSeq Stranded mRNA 1.000 Für weitere Bibliothekstypen wird für den Start eine Ladekonzentration von 650 pM empfohlen. Optimieren Sie diese Konzentration im Rahmen aufeinanderfolgender Läufe, um eine Ladekonzentration zu ermitteln, mit der Sie durchgehend Daten gemäß den Spezifikationen erhalten. Verwenden Sie zur Optimierung der Ladekonzentration die Metrik „% Loading Concentration“...

  • Seite 43: Planen Eines Sequenzierungslaufs In Basespace Sequence Hub

    Dokumentation zur BaseSpace Sequence Hub-App. Wenn Sie die DRAGEN Single Cell RNA-Analyse ausgewählt haben, finden Sie auf der Seite „NextSeq 1000/2000 Products Files“ (NextSeq 1000/2000-Produktdateien) weitere Informationen zur Kompatibilität von Einzelzell-RNA-Bibliotheksvorbereitungskits von Drittanbietern. Für die Geräteanalyse muss die gewählte Version der auf dem Gerät installierten Version von DRAGEN entsprechen.
  • Seite 44 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch [Optional] Konfigurieren Sie anwendungsspezifische Index-Kits wie folgt. Bei Verwendung mehrerer Bibliotheken müssen die Bibliotheken dieselbe Index-Read-Länge aufweisen. a. Wählen Sie im Dropdown-Menü „Index Adapter Kit“ (Index-Adapter-Kit) die Option Add Custom Index Adapter Kit (Anwendungsspezifisches Index-Adapter-Kit hinzufügen). b.

  • Seite 45: Konfigurieren Der Sekundäranalyse

    Konfigurieren Sie die Einstellungen des für den Lauf ausgewählten Analysetyps. Weitere Informationen zu DRAGEN-Analyseworkflows finden Sie unter Ausgabedateien der DRAGEN-Sekundäranalyse auf Seite 72. Illumina DRAGEN BCL Convert Konfigurieren Sie die Illumina DRAGEN BCL Convert-Analyse anhand der folgenden Schritte. Geben Sie die folgenden optionalen Einstellungen ein. Einstellung Beschreibung AdapterRead1 Adaptersequenz für Read 1.
  • Seite 46 Diese Option ist nur verfügbar, wenn „Local“ (Lokal) als Analyseort ausgewählt wurde. Illumina DRAGEN Enrichment Konfigurieren Sie die Illumina DRAGEN Enrichment-Analyse anhand der folgenden Schritte. Wählen Sie ein Referenzgenom. Verwenden Sie, wenn möglich, ein ALT-sensibles Referenzgenom. Wählen Sie eine *.bed-Datei mit den gewünschten Zielregionen aus oder laden Sie eine neue anwendungsspezifische Datei hoch.
  • Seite 47 Local-Modus zu starten. Diese Option ist nur verfügbar, wenn „Local“ (Lokal) als Analyseort ausgewählt wurde. Illumina DRAGEN Germline Konfigurieren Sie die Illumina DRAGEN Germline-Analyse anhand der folgenden Schritte. Wählen Sie Ihr Referenzgenom. Verwenden Sie, wenn möglich, ein ALT-sensibles Referenzgenom. Wählen Sie ein Mapping/Alignment-Ausgabeformat.
  • Seite 48 Local-Modus zu starten. Diese Option ist nur verfügbar, wenn „Local“ (Lokal) als Analyseort ausgewählt wurde. Illumina DRAGEN RNA Konfigurieren Sie die Illumina DRAGEN RNA-Analyse anhand der folgenden Schritte. Wählen Sie Ihr Referenzgenom. Verwenden Sie, wenn möglich, ein nicht ALT-sensibles Referenzgenom.
  • Seite 49 Systemen Läufe im Local-Modus zu starten. Diese Option ist nur verfügbar, wenn „Local“ (Lokal) als Analyseort ausgewählt wurde. Illumina DRAGEN Single Cell RNA Konfigurieren Sie die Illumina DRAGEN Single Cell RNA-Analyse anhand der folgenden Schritte. Wählen Sie Ihr Referenzgenom. Verwenden Sie, wenn möglich, ein nicht ALT-sensibles Referenzgenom.
  • Seite 50 „Local“ (Lokal) als Analyseort ausgewählt wurde. Illumina DRAGEN Amplicon Konfigurieren Sie die Illumina DRAGEN Amplicon-Analyse anhand der folgenden Schritte. Wählen Sie Ihr Referenzgenom. Wählen Sie eine BED-Datei mit den gewünschten Zielregionen aus oder laden Sie eine neue anwendungsspezifische Datei hoch.

  • Seite 51: Auftauen Der Im Folienbeutel Verpackten Kartusche Und Der Fließzelle

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch [Lokal] Wählen Sie aus, ob eine Kopie der FASTQ-Dateien gespeichert werden soll. FASTQ- Dateien werden nur generiert, wenn Sie auswählen, dass FASTQ-Dateien gespeichert werden sollen. Wählen Sie aus, ob eine Kopie der FASTQ-Dateien gespeichert werden soll. FASTQ-Dateien werden nur generiert, wenn Sie auswählen, dass FASTQ-Dateien gespeichert werden sollen.

  • Seite 52: Auftauen Der Kartusche In Einem Geregelten Wasserbad

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Abbildung 4 Im Folienbeutel verpackte Kartusche Auftauen der Kartusche in einem geregelten Wasserbad Ziehen Sie ein neues Paar ungepuderter Handschuhe an und entnehmen Sie die Kartusche aus dem Lagerort. Entnehmen Sie die Kartusche aus dem Karton, öffnen Sie jedoch nicht den Silberfolienbeutel. Das Auftauen eines beschädigten Beutels in einem Wasserbad kann dazu führen, dass die Sequenzierung fehlschlägt.

  • Seite 53: Auftauen Der Kartusche In Einem Kühlschrank

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Auftauen der Kartusche in einem Kühlschrank Ziehen Sie ein neues Paar ungepuderter Handschuhe an. Entnehmen Sie die Kartusche einen Tag vor dem geplanten Lauf aus der Lagerung bei -25 °C bis -15 °C. Entnehmen Sie die Kartusche aus dem Karton, öffnen Sie jedoch nicht den Silberfolienbeutel. Platzieren Sie die Kartusche bei Raumtemperatur mit dem Etikett nach oben und so, dass Luft an den Seiten und der Oberseite zirkulieren kann.

  • Seite 54: Verdünnen Von Bibliotheken

    Basenvarianz sollte der Prozentwert des PhiX-Spike-ins erhöht werden. Anweisungen zur manuellen Denaturierung und Verdünnung von Bibliotheken finden Sie im NextSeq 1000 and 2000 Denature and Dilute Libraries Guide (Dokument-Nr. 1000000139235). Dieser Schritt bezieht sich ausschließlich auf die Denaturierung und Verdünnung im Gerät.

  • Seite 55: Verdünnen Der 2-Nm-Bibliothek Auf Ladekonzentration

    * Beginnen Sie bei nicht aufgeführten Bibliothekstypen mit einer Ladekonzentration von 650 pM und optimieren Sie diese im Verlauf der weiteren Läufe. Diese Tabelle enthält Beispielladekonzentrationen. Das NextSeq 1000/2000 ist mit allen Illumina- Bibliotheksvorbereitungskits kompatibel. Die optimale Ladekonzentration kann jedoch variieren. Mischen Sie kurz mit dem Vortexer und zentrifugieren Sie anschließend eine Minute lang bei 280 × g.

  • Seite 56: Hinzufügen Einer Phix-Kontrolle (Optional)

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Hinzufügen einer PhiX-Kontrolle (optional) Mischen Sie die folgenden Volumina in einem Low-Binding-Röhrchen, um 20 µl 1-nM-PhiX vorzubereiten: 10-nM-PhiX (2 µl) • RSB Tween 20 (18 µl) • Mischen Sie kurz mit dem Vortexer und zentrifugieren Sie anschließend eine Minute lang bei 280 × g.

  • Seite 57: Laden Der Fließzelle

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Laden der Fließzelle Öffnen Sie die Verpackung aus Silberfolie, indem Sie sie an einer der oberen seitlichen Einkerbungen aufreißen oder mit einer Schere aufschneiden. Wenn die Kartusche nicht unmittelbar verwendet werden kann, finden sie unter Erneutes Lagern von Verbrauchsmaterialien auf Seite 93 weitere Informationen.

  • Seite 58: Laden Der Bibliotheken

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Laden der Bibliotheken Durchstechen Sie den Bibliotheksbehälter mit einer neuen P1000-Pipettenspitze und schieben Sie die Folie an den Rand, um die Öffnung zu vergrößern. Entsorgen Sie die Pipettenspitze, um eine Kontaminierung zu vermeiden. Bewegen Sie die Pipettenspitze langsam zum Behälter boden und geben Sie 20 µl verdünnte Bibliothek auf den Boden des Behälters.

  • Seite 59: Starten Eines Cloud- Oder Hybrid-Laufs

    Dunkelzyklus-Sequenzierung auf Seite 113. Bei Verwendung von NextSeq 1000/2000 Control Software v1.3 oder höher und des Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus Kit oder des Illumina Stranded mRNA Prep Kit wird das anwendungsspezifische Rezept automatisch ausgewählt. Dokument-Nr. 1000000109376 v05 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.

  • Seite 60: Starten Eines Lokalen Laufs

    Deaktivieren Sie das Kontrollkästchen Denature and Dilute On Board (Im Gerät denaturieren und verdünnen), um Bibliotheken manuell zu denaturieren und zu verdünnen. Weitere Informationen finden Sie im NextSeq 1000 and 2000 Denature and Dilute Libraries Guide (Dokument-Nr. 1000000139235). Die Standardauswahl wird in den Einstellungen der NextSeq 1000/2000 Control Software festgelegt.
  • Seite 61 Dunkelzyklus-Sequenzierung auf Seite 113. Bei Verwendung von NextSeq 1000/2000 Control Software v1.3 oder höher und des Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus Kit oder des Illumina Stranded mRNA Prep Kit wird das anwendungsspezifische Rezept automatisch ausgewählt. [Optional] Deaktivieren Sie das Kontrollkästchen Denature and Dilute On Board (Im Gerät denaturieren und verdünnen), um Bibliotheken manuell zu denaturieren und zu verdünnen.

  • Seite 62: Initiieren Eines Eigenständigen Laufs

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Wenn Sie „Proactive, Run Monitoring and Storage“ (Proactive, Laufüberwachung und - speicherung) gewählt haben, wird für „Save to BaseSpace Sequence Hub“ (Auf BaseSpace Sequence Hub speichern) die Option „Enabled“ (Aktiviert) angezeigt. Wenn Sie „Proactive and Run Monitoring“ (Proactive und Laufüberwachung) gewählt haben, wird für „Save to BaseSpace Sequence Hub“...

  • Seite 63: Laden Der Verbrauchsmaterialien In Das Gerät

    Geben Sie Orte für anwendungsspezifische Read-Primer und Index-Primer ein. Weitere Informationen zum Vorbereiten und Hinzufügen anwendungsspezifischer Primer finden Sie im NextSeq 1000 and 2000 Custom Primers Guide (Dokument-Nr. 1000000139569). Prüfen Sie auf der Seite „Compatible Products“ (Kompatible Produkte) für Ihr Bibliotheksvorbereitungskit, ob anwendungsspezifische Primer von Illumina erforderlich sind.

  • Seite 64: Selbsttests

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Die NextSeq 1000/2000 Control Software öffnet die Blende und wirft den Träger aus. Setzen Sie die Kartusche mit der Kennzeichnung nach oben auf den Träger, die Fließzelle weist dabei ins Innere des Geräts. Drücken Sie die Kartusche auf den Träger, bis die Befestigungselemente einrasten.

  • Seite 65: Überwachen Des Lauffortschritts

    Entsorgen Sie die Fließzelle, die elektronische Komponenten enthält, gemäß den geltenden Vorschriften Ihrer Region. [Optional] Entfernen Sie den Drainageverschluss unter dem Illumina-Logo an der Seite der Kartusche über einem geeigneten Bereich (z. B. Waschbecken oder Behälter für gefährliche Flüssigkeitsabfälle). Der Verschluss muss dabei horizontal oder nach unten weg von Ihrem Gesicht Dokument-Nr. 1000000109376 v05 DEU...

  • Seite 66: Recyceln Der Kartuschenkomponenten

    Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Recyceln Sie das Gehäuse der Kartusche und entsorgen Sie anschließend die Reagenzienkartusche. Weitere Informationen finden Sie unter...
  • Seite 67 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch A. Fließzellenträger B. Fließzellengehäuse C. Durchstecher D. Ventilbaugruppe E. Rotorventilabdeckung F. Untere Gehäusehälfte G. Reagenzien-Well-Platte H. Obere Gehäusehälfte Stellen Sie sicher, dass die Kartusche leer ist. Entnehmen Sie das Stanzwerkzeug aus der Halterung. Positionieren Sie die längere Seite der Halterung parallel zur Tischplatte. Legen Sie die Kartusche auf die Hebel der Halterung.
  • Seite 68 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Richten Sie die Kartusche auf die beiden hinteren Hebel aus. Platzieren Sie das Stanzwerkzeug mit dem Etikett nach oben auf der Kartusche. Drücken Sie das Stanzwerkzeug schnell und mit großer Kraft nach unten, um das Gehäuse der Kartusche zu teilen.
  • Seite 69 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Entfernen Sie den Durchstecher von der Kartusche. Entfernen Sie die Abdeckung der vorderen Rotorventilbaugruppe. Dokument-Nr. 1000000109376 v05 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
  • Seite 70 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Entfernen Sie das Fließzellengehäuse mit einer der folgenden Methoden: • Führen Sie einen Schlitzschraubendreher zwischen dem Gehäuse der Fließzelle und der unteren Baugruppe ein und hebeln Sie sie dann nach oben. • Ziehen Sie das Gehäuse der Fließzelle von der unteren Baugruppe ab. Um die Reagenzien-Well-Platte von der unteren Baugruppe zu entfernen, lösen Sie einen Clip an einer Seite der unteren Baugruppe.
  • Seite 71 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Lösen Sie die vier Clips an der Ventilbaugruppe, indem Sie die Clips nach unten und von der Kante der Reagenzien-Well-Platte wegdrücken. Entfernen Sie die Ventilbaugruppe, indem Sie an der Unterseite der Baugruppe ziehen. Entsorgen Sie die Reagenzien-Well-Platte (ggf. mit nicht verbrauchten Reagenzien) gemäß den geltenden Vorschriften Ihrer Region.

  • Seite 72: Sequenzierungsausgabe

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Sequenzierungsausgabe In diesem Abschnitt wird die Real-Time Analysis-Software beschrieben, mit der Base-Calling, Zuweisung von Qualitäts-Scores und Datenausgabe erfolgen. Sie erhalten Informationen zu den unterschiedlichen Ausgabedateitypen und dazu, wo diese nach dem Lauf gespeichert werden. Überblick über Real-Time Analysis Die Sequenziersysteme NextSeq 1000 und NextSeq 2000 führen RTA3 aus, eine Implementierung der Real-Time Analysis-Software auf dem CE-Gerät (Compute Engine).

  • Seite 73: Fehlerbehandlung

    Fließzellenplatten Platten sind kleine Bildgebungsbereiche auf der Fließzelle. Die Kamera nimmt ein Bild je Platte auf. Die NextSeq 1000/2000 P1 Flow Cell enthält 32 Platten. Die NextSeq 1000/2000 P2 Flow Cell enthält 132 Platten. Die NextSeq 2000 P3 Flow Cell enthält 264 Platten.

  • Seite 74: Plattenbenennung

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch NextSeq NextSeq NextSeq 1000/2000 1000/2000 2000 Fließzellenkomponente Beschreibung P1 Flow P2 Flow P3 Flow Cell Cell Cell Platten je Bildstreifen Eine Platte ist ein Teil eines Bildstreifens und stellt einen abgebildeten Bereich auf der Fließzelle dar. Gesamtanzahl Lanes ×...

  • Seite 75: Real-Time Analysis-Workflow

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Real-Time Analysis-Workflow Registrierung Zeichnet die Position jedes Clusters auf der strukturierten Fließzelle auf. Intensitätsextraktion Bestimmt einen Intensitätswert für jeden Cluster. Korrektur der Korrigiert die Auswirkungen der Phasierung und Vorphasierung. Phasierung Base-Calling Legt für jeden Cluster einen Base-Call fest. Qualitätsbewertung Weist jedem Base-Call einen Qualitäts-Score zu.
  • Seite 76 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Abbildung 5 Phasierung und Vorphasierung A. Read mit einer phasierenden Base B. Read mit einer vorphasierenden Base RTA3 korrigiert die Auswirkungen der Phasierung und der Vorphasierung, sodass bei jedem Zyklus des Laufs eine maximale Datenqualität erzielt wird. Base-Calling Beim Base-Calling wird eine Base (A, C, G oder T) für jeden Cluster einer bestimmten Platte eines bestimmten Zyklus festgelegt.

  • Seite 77: Cluster Nach Filterung

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Grüner Blauer Base Ergebnis Kanal Kanal Cluster, die Intensitäten nur im grünen Kanal aufweisen. (vorhanden) (nicht vorhanden) Abbildung 6 Darstellung der Clusterintensitäten Die Farbe der einzelnen Cluster entspricht den %Base-Graphen im Sequenzierungsanalyse- Viewer (SAV) und BaseSpace Sequence Hub Run Data by Cycle. Eine Entsprechung zum grünen und blauen Kanal ist nicht vorgesehen.

  • Seite 78: Qualitätsbewertung Und Berichterstellung

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch dieser korrekt ist. Nachdem der Q-Score ermittelt wurde, werden die Ergebnisse in Base-Call-Dateien (*.cbcl) gespeichert. Der Q-Score kommuniziert kurz und bündig kleine Fehlerwahrscheinlichkeiten. Qualitäts-Scores werden als Q(X) dargestellt, wobei X der Score-Wert ist. Die folgende Tabelle zeigt die Beziehung zwischen einem Qualitäts-Score und der Fehlerwahrscheinlichkeit.

  • Seite 79: Sequenzierungsausgabedateien

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Abbildung 7 Vereinfachte Qualitätsbewertung mit RTA3 Sequenzierungsausgabedateien Dateityp Dateibeschreibung, Speicherort und Name Verkettete Base-Call- Jeder analysierte Cluster wird in eine Datei mit verketteten Base-Calls Dateien aufgenommen, zusammengefasst in einer Datei je Zyklus, Lane und Oberfläche. Die zusammengefasste Datei enthält den verketteten Base- Call und den codierten Qualitäts-Score für jeden Cluster.

  • Seite 80: Ausgabedateien Der Dragen-Sekundäranalyse

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Dateityp Dateibeschreibung, Speicherort und Name Filterdateien Die Filterdatei gibt an, ob ein Cluster die Filter passiert hat. Filterdateien werden bei Zyklus 26 generiert und verwenden 25 Datenzyklen. Für jede Platte wird eine Filterdatei erstellt. Data/Intensities/BaseCalls/L001 s_[Lane]_[Platte].filter InterOp-Dateien Binäre Berichtsdateien können mit der Instrument Control Software im Gerät oder in SAV oder BaseSpace Sequence Hub außerhalb des Geräts angezeigt werden.
  • Seite 81 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch DRAGEN Enrichment-Pipeline Die DRAGEN Enrichment-Pipeline unterstützt die folgenden Funktionen. Bei Verwendung von DRAGEN 3.7 oder höher werden sowohl der Keimbahn- als auch der somatische Modus (nur Tumor) unterstützt. • Demultiplexing von Proben Mapping und Alignment, einschließlich Sortierung und Dublettenmarkierung •...
  • Seite 82 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Homozygotie-Regionen für Humangenome • [DRAGEN v3.8 oder höher] CYP2D6-Erkennung • Nur für Paired-End-Reads wird das Calling struktureller Varianten generiert. Die Pipeline generiert die folgenden Ausgabedateien. Komponente Name der Ausgabedatei Mapping/Aligning BAM oder • <Probenname>.bam oder • <Probenname>.cram CRAM Calling kleiner Varianten VCF und...
  • Seite 83 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch DRAGEN RNA-Pipeline Die DRAGEN RNA-Pipeline unterstützt die folgenden Funktionen: Demultiplexing von Proben • Mapping und Alignment, einschließlich Sortierung und Dublettenmarkierung • Erkennung von Genfusionen • • Transkript-Quantifizierung • [DRAGEN v3.8 oder höher] Differentielle Genexpression Geben Sie zum Generieren von Ausgabedateien im Probenblatt eine GTF-Datei an oder stellen Sie sicher, dass die Standarddatei genes.gtf.gz für das Referenzgenom vorhanden ist.
  • Seite 84 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Dateiname Beschreibung Control_vs_Comparison.differential_ Enthält Analysemetriken zur Differenzialexpression. expression_metrics.csv Control_vs_ Gibt für jede Probe in der Kontroll- und der Comparison.genes.counts.csv Vergleichsgruppe die Anzahl der den einzelnen Genen zugeordneten Reads an. Control_vs_ Eine Heatmap der Expression differentiell exprimierter Comparison.genes.heatmap.png Gene für Proben in der Kontroll- und der Vergleichsgruppe Die Heatmap enthält nur...
  • Seite 85 • <Probenname>.scRNA.matrix.mtx Analyseberichte HTML <Probenname>.dragen.scrna-report.*.html Illumina DRAGEN BCL Convert-Pipeline Die DRAGEN BCL Convert-Pipeline verwendet aus dem Sequenzierungslauf generierte BCL-Daten und Probenblattinformationen zur Ausgabe einer FASTQ-Datei für jede Probe. Der Name der FASTQ-Datei lautet <Probenname>.fastq.gz. Die Pipeline generiert die folgenden Berichte.

  • Seite 86: Bericht Zur Demultiplexing-Statistik

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Komponente Name der Ausgabedatei Index-Hopping • Index_Hopping_Counts.csv Häufigste unbekannte • Top_Unknown_Barcodes.csv Barcodes Bericht zur Demultiplexing-Statistik Der Bericht zur Demultiplexing-Statistik enthält Informationen zur Anzahl der Reads nach Filterung, die jeder Probe im Probenblatt zugewiesen sind. Alle Reads, die sich nicht eindeutig einer Probe zuordnen lassen, werden als „undetermined“...

  • Seite 87: Bericht Zur Index-Hopping-Zählung

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Metrik Beschreibung Lane Die Fließzellen-Lane der sequenzierten Probe. Sample_ID Die Proben-ID aus dem Probenblatt. Wenn der Read keiner Probe entspricht, wird im Feld undetermined (unbestimmt) angegeben. index Die index1-Sequenz aus dem Probenblatt. Das Feld ist leer, wenn im Probenblatt kein Wert für „index“...
  • Seite 88 Single-Read-Lauf erfolgt ist oder wenn keine unbekannten Indizes gefunden wurden. # Reads Die Anzahl der Reads für die Probe in der angegebenen Lane. Illumina DRAGEN-Qualitätssicherungsberichte DRAGEN FastQC generiert standardmäßig für alle Pipelines Qualitätssicherungsdiagramme. Die gesammelten Ergebnisse der Qualitätssicherung werden im Ordner AggregatedFastqcMetrics gespeichert, die probenspezifischen Ergebnisse im Ordner <Probenname>.
  • Seite 89 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Qualitätssicherungsdiagramm Beschreibung positional_mean_quality Durchschnittlicher Phred-skalierter Basenqualitäts-Score für jede Read-Position. gc_content Prozentualer GC-Inhalt für jeden Sequenzierungs-Read. positional_quality.read_1 Durchschnittlicher Phred-skalierter Qualitätswert der Basen mit einem spezifischen Nukleotid an einer bestimmten Stelle in Read 1. gc_quality positional_quality.read_2 Durchschnittlicher Phred-skalierter Qualitätswert der Basen mit einem spezifischen Nukleotid an einer bestimmten Stelle in Read 2.

  • Seite 90: Ausgabeordnerstruktur Der Dragen-Sekundäranalyse

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Ausgabeordnerstruktur der DRAGEN-Sekundäranalyse DRAGEN generiert standardmäßig Ausgabedateien in dem auf der Registerkarte „Settings“ (Einstellungen) gewählten Ausgabeordner. DRAGEN erstellt für jeden Workflow in der Datei report.html einen Übersichtsbericht. Data report.html report_files AggregateFastQCPlots *.png *stderr_.txt *stdout_.txt dragen_prev_48_hrs.log dlm_prev_48_hrs.log SampleSheet.csv Laufeingabedateien (z.
  • Seite 91 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch sample_name.metrics.json [scRNA] sample_dragen-scrna-report.*.html [scRNA] sample_name.scRNA.barcodeSummary.tsv [Germline] sample_name.roh_metrics.csv [Germline] sample_name.roh.bed [Germline] sample_name.cyp2d6.tsv sample_name.fastqc_metrics.csv sample_name.trimmer_metrics.csv [RNA] DifferentialExpression Comparison1 Control_vs_Comparison.differential_expression_metrics.csv Control_vs_Comparison.genes.counts.csv Control_vs_Comparison.genes.disp.pdf Control_vs_Comparison.genes.heatmap.pdf Control_vs_Comparison.genes.ma.pdf Control_vs_Comparison.genes.pca.pdf Control_vs_Comparison.genes.res.csv Control_vs_Comparison.genes.rlog.csv ComparisonN logs *.txt *.csv fastq: nur verfügbar, wenn KeepFastq auf „true“ festgelegt ist. *.fastq.gz ora_fastq: nur verfügbar, wenn FastqCompressionFormat auf „dragen“...
  • Seite 92 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch dataset.json fastqc_metrics.csv Adapter_Metrics.csv Demultiplex_Stats.csv Index_Hopping_Counts.csv Reports Demultiplex_Stats.csv RunInfo.xml Trim_Metrics.csv fastq_list.csv SampleSheet.csv Index_Hopping_Counts.csv Top_Unknown_Barcodes.csv Read1InstrumentAnalyticsMetrics: nur für Paired-End-Reads. 0001 dataset.json 0002 dataset.json Adapter_Metrics.csv Demultiplex_Stats.csv Index_Hopping_Counts.csv Read1Metrics: nur für Paired-End-Reads. Adapter_Metrics.csv Index_Hopping_Counts.csv Dokument-Nr. 1000000109376 v05 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.

  • Seite 93: Wartung

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Wartung In diesem Abschnitt werden die erforderlichen Maßnahmen erläutert, mit denen der ordnungsgemäße Zustand des Systems gewährleistet wird. Erfahren Sie, wie Sie Software-Updates installieren, den Luftfilter austauschen und andere regelmäßige Wartungsarbeiten ausführen. Wenn die Steuerungssoftware aktuell gehalten wird, verfügt Ihr System stets über die neuesten Fehlerbehebungen sowie Funktionen und gewährleistet damit die optimale Leistung.

  • Seite 94: Software-Updates

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Software-Updates Durch die Aktualisierung der Software ist gewährleistet, dass das System über alle aktuellen Funktionen und Problembehebungen verfügt. Software-Updates werden zu einer System-Suite mit folgender Software zusammengefasst: NextSeq 1000/2000 Control Software • NextSeq 1000/2000-Rezepturen • Universal Copy Service •...

  • Seite 95: Installieren Eines Manuellen Software-Updates

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Wenn nach dem Neustart der Software eine Aufforderung zur Aktualisierung der Firmware angezeigt wird, führen Sie diese durch. Während der Aktualisierung der Firmware bleibt der Gerätebildschirm schwarz. Nach Abschluss der Aktualisierung wird eine entsprechende Meldung angezeigt. Schalten Sie das Gerät nach Firmware-Aktualisierungen aus und wieder ein.

  • Seite 96: Workflow- Und Lizenz-Updates Für Dragen

    Aktualisieren Sie die Lizenz für die DRAGEN Bio-IT-Plattform wie folgt, wenn das NextSeq 1000/2000 über eine Internetverbindung verfügt. Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina, um einen neuen Lizenzschlüssel zu beantragen. Warten Sie 24 Stunden, bis die Lizenz automatisch aktualisiert wurde, oder aktualisieren Sie die Lizenz unmittelbar, wie im Folgenden beschrieben.

  • Seite 97: Installieren Von Dragen-Workflows Offline

    Unter „Version“ werden im Abschnitt „Available Workflows“ (Verfügbare Workflows) die derzeit auf dem System installierten Workflows angezeigt. Wählen Sie in der NextSeq 1000/2000 Control Software zum Installieren von DRAGEN-Workflows Check Online (Online prüfen) aus. Nicht alle Versionen und Workflows von DRAGEN unterstützen die Onlineinstallation. Verwenden Sie für zusätzliche Workflows die Offlineinstallation.

  • Seite 98: Austauschen Des Luftfilters

    Dies sorgt für die erforderliche Kühlung und verhindert, dass Fremdkörper in das System eindringen. Das Gerät wird mit einem eingebauten und einem Ersatzluftfilter geliefert. Zusätzliche Ersatzteile sind in einem gültigen Gerätewartungsvertrag enthalten oder können bei Illumina erworben werden. Drücken Sie, wie in der folgenden Abbildung dargestellt, auf die rechte Seite der oberen Abdeckung auf der Oberseite des Geräts, um sie zu entriegeln.
  • Seite 99 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Setzen Sie einen neuen Luftfilter in die Aufnahme ein. Drücken Sie auf den Luftfilter, bis dieser einrastet. Schließen Sie die obere Abdeckung. Drücken Sie anschließend auf die Abdeckung, bis diese einrastet. Stellen Sie das Gerät wieder an seinen ursprünglichen Standort. Dokument-Nr. 1000000109376 v05 DEU Nur für Forschungszwecke.

  • Seite 100: Fehlerbehebung

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Fehlerbehebung Dieser Abschnitt enthält ausführliche Informationen zum Abbrechen eines Laufs, zum Aus- und Wiedereinschalten des Geräts sowie zu weiteren Fehlerbehebungsverfahren. Beheben von Fehlermeldungen In diesem Anhang finden Sie detaillierte Anweisungen zur Problembehebung. Das folgende Ablaufdiagramm enthält eine Übersicht zur Problembehebung bei Fehlermeldungen, die während der Initialisierung, der Laufkonfiguration oder der Sequenzierung angezeigt werden und sich durch eine Wiederholung nicht beheben lassen.

  • Seite 101: Erneutes Lagern Von Verbrauchsmaterialien

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Erneutes Lagern von Verbrauchsmaterialien Lagern Sie aufgetaute Kartuschen und Fließzellen im Fall eines Gerätefehlers beim Selbsttest vor dem Fluidiktest gemäß den folgenden Anweisungen. Trennen Sie die Fließzelle von der Kartusche. Entfernen Sie die verdünnte Bibliothek aus dem Behälter (bis ca. 18 µl) und entsorgen Sie diese. Bereiten Sie eine neue Verdünnung derselben Bibliothek für den nächsten Lauf vor, um eine Kreuzkontaminierung mit Bibliotheksresten im Behälter zu verhindern.

  • Seite 102: Erneutes Stellen Eines Laufs In Die Warteschlange

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Situation Instanz Sie haben den Lauf vor oder während des Siehe Erneutes Lagern von Selbsttests abgebrochen und Verbrauchsmaterialien auf Seite 93. möchten die Verbrauchsmaterialien wiederverwenden. Alle anderen Situationen. Siehe Entladen von Verbrauchsmaterialien auf Seite 57. Wählen Sie Close Door (Klappe schließen), um den Träger wieder zu laden und zum Startbildschirm zurückzukehren.

  • Seite 103: Aus- Und Wiedereinschalten Des Geräts

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Aus- und Wiedereinschalten des Geräts Beim Aus- und Wiedereinschalten des Geräts wird das System sicher heruntergefahren und neu gestartet, um eine verlorene Verbindung wiederherzustellen, eine Spezifikation anzupassen oder einen Initialisierungsfehler zu beheben. Die Softwaremeldungen geben an, in welchen Fällen das Gerät zum Beheben eines Fehlers oder einer Warnung aus- und wieder eingeschaltet werden muss.

  • Seite 104: Durchführen Einer Systemprüfung

    Durchführen einer Systemprüfung Eine Systemprüfung ist für den normalen Betrieb oder die Gerätewartung nicht erforderlich. Die Mitarbeiter des technischen Supports von Illumina bitten Sie jedoch möglicherweise, zu Fehlerbehebungszwecken eine Systemprüfung durchzuführen. Die vier Subsystemtests benötigen etwa 58 Minuten zur Prüfung auf Selbsttestfehler und andere Probleme.

  • Seite 105: Speichern Eines Systemimages

    Dieses Systemimage kann zu einem späteren Zeitpunkt wiederhergestellt werden. Es wird empfohlen, das Systemimage unmittelbar im Anschluss an die Erstinstallation und das Ändern des Kennworts durch einen Illumina-Mitarbeiter zu speichern. Starten Sie Linux neu. Wählen Sie, wenn Sie zur Auswahl eines Betriebssystems aufgefordert werden, Capture Installed Image (Systemimage speichern).

  • Seite 106: Quellen Und Verweise

    Im Local-Modus können Sie ein Probenblatt im Dateiformat Version 2 für die Konfiguration der Laufeinstellungen verwenden. Erstellen Sie unter „Instrument Run Setup“ (Gerätelaufkonfiguration) ein Probenblatt oder bearbeiten Sie die Datei NextSeq 1000 and NextSeq 2000 Sequencing Systems Sample Sheet v2 Template. Stellen Sie beim Bearbeiten des Probenblatts sicher, dass die folgenden Abschnitte und Felder in der aufgeführten Reihenfolge enthalten sind und die Anforderungen erfüllen.
  • Seite 107 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch [Header] – Anforderungen Der Abschnitt [Header] enthält allgemeine Angaben zum Lauf. Im Folgenden finden Sie die verfügbaren Felder für [Header] und die entsprechenden Beschreibungen. Feld Erforderlich Beschreibung FileFormatVersion Die Probenblattversion. Geben Sie als Wert „2“ ein. RunName Nein Geben Sie einen eindeutigen Namen ein.

  • Seite 108: Bcl-Konvertierung - Anforderungen

    Bei NextSeq 1000/2000 Control Software v1.3 oder höher wird das erforderliche anwendungsspezifische Rezept automatisch ausgewählt, wenn das Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus Kit oder das Illumina Stranded mRNA Prep Kit als Bibliotheksvorbereitungskit angegeben ist. Geben Sie einen der folgenden Werte ein.
  • Seite 109 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Feld Erforderlich Beschreibung BarcodeMismatchesIndex2 Nein Die Anzahl der zulässigen Nichtübereinstimmungen zwischen dem zweiten Index-Read und der Indexsequenz. Zulässige Werte sind 0, 1 oder 2. Der Standardwert ist 1. FastqCompressionFormat Nein Geben Sie zur Ausgabe von FASTQ-Dateien im GZ- Format gzip ein.

  • Seite 110: Einstellungen Für Dragen-Probenblätter

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Feld Erforderlich Beschreibung Sample_ID Die ID der Probe. Die Proben-ID kann aus bis zu 20 alphanumerischen Zeichen, Bindestrichen und Unterstrichen bestehen. Bei der ID wird zwischen Groß- und Kleinschreibung unterschieden. Trennen Sie ID-Elemente mit einem Binde- oder Unterstrich.

  • Seite 111: Anforderungen Für Die Dragen Germline-Pipeline

    Der Name des Referenzgenoms. Beispiel: hg19_alt_ aware. Verwenden Sie den Namen des Referenzgenoms unter /usr/local/illumina/genomes. Weitere Informationen zur Verwendung eines anwendungsspezifischen Referenzgenoms finden Sie in der Onlinehilfe zur App Reference Builder for Illumina Instruments v1.0.0. MapAlignOutFormat Nein Das Format der Ausgabedatei. Zulässige Werte sind „bam“...
  • Seite 112 „BCLConvert_Settings“ angegebenen Version übereinstimmen. ReferenceGenomeDir Der Name des Referenzgenoms. Beispiel: hg38_ noalt_with_decoy. Verwenden Sie den Namen des Referenzgenoms unter /usr/local/illumina/genomes. Weitere Informationen zur Verwendung eines anwendungsspezifischen Referenzgenoms finden Sie in der Onlinehilfe zur App Reference Builder for Illumina Instruments v1.0.0. RnaGeneAnnotationFile Nein Die Datei mit RNA-Gen-Annotationen.

  • Seite 113: Anforderungen Für Die Dragen Enrichment-Pipeline

    Der Name des Referenzgenoms. Beispiel: hg38_alt_ aware. Referenzgenome befinden sich unter /usr/local/illumina/genomes. Weitere Informationen zur Verwendung eines anwendungsspezifischen Referenzgenoms finden Sie in der Onlinehilfe zur App Reference Builder for Illumina Instruments v1.0.0. BedFile Die BED-Datei mit den Zielregionen. GermlineOrSomatic Geben Sie germline ein, um die Anreicherunganalyse „Keimbahn“...
  • Seite 114 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Feld Erforderlich Beschreibung KeepFastq Nein Geben Sie true ein, um FASTQ-Ausgabedateien zu speichern. Geben Sie false ein, um FASTQ- Ausgabedateien zu entfernen. MapAlignOutFormat Nein Das Format der Ausgabedatei. Zulässige Werte sind „bam“ und „cram“. Wenn kein Wert angegeben wurde, ist der Standardwert „none“...
  • Seite 115 Referenzgenome befinden sich unter /usr/local/illumina/genomes. Weitere Informationen zur Verwendung eines anwendungsspezifischen Referenzgenoms finden Sie in der Onlinehilfe zur App Reference Builder for Illumina Instruments v1.0.0. DnaBedFile Die BED-Datei mit den Zielregionen. Für die BED-Datei können die Dateiformate TXT und GZ verwendet werden.

  • Seite 116: Anforderungen Für Die Dragen Single Cell Rna-Pipeline

    Der Name des Referenzgenoms. Beispiel: hg38_alt_ aware. Referenzgenome befinden sich unter /usr/local/illumina/genomes. Weitere Informationen zur Verwendung eines anwendungsspezifischen Referenzgenoms finden Sie in der Onlinehilfe zur App Reference Builder for Illumina Instruments v1.0.0. Dokument-Nr. 1000000109376 v05 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
  • Seite 117 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Feld Erforderlich Beschreibung RnaLibraryType Nein Geben Sie einen der folgenden Werte ein: • SF: Stranded forward (Strangrichtung vorwärts). SF ist der Standardwert. • SR: Stranded reverse (Strangrichtung rückwärts). • U: Unstranded (Nicht strangspezifisch). RnaGeneAnnotationFile Nein Die Datei mit RNA-Gen-Annotationen. Nur alphanumerische Zeichen sind zulässig.
  • Seite 118 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Folgende Felder und Beschreibungen für [DragenSingleCellRNA_Data] sind verfügbar. Feld Erforderlich Beschreibung Sample_ID Die ID der Probe. Die Proben-ID kann aus bis zu 20 alphanumerischen Zeichen bestehen. Bei der ID wird zwischen Groß- und Kleinschreibung unterschieden. Trennen Sie ID-Elemente mit einem Bindestrich.
  • Seite 119 Der Name des Referenzgenoms. Beispiel: hg38_alt_ aware. Referenzgenome befinden sich unter /usr/local/illumina/genomes. Weitere Informationen zur Verwendung eines anwendungsspezifischen Referenzgenoms finden Sie in der Onlinehilfe zur App Reference Builder for Illumina Instruments v1.0.0. RnaLibraryType Nein Geben Sie einen der folgenden Werte ein: •...
  • Seite 120 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Feld Erforderlich Beschreibung BarcodePosition Die Position der Basen entsprechend den Barcodes im für BarcodeRead angegebenen Wert. Basenpositionen werden ab Position Null indiziert. Geben Sie den BarcodePosition-Wert im folgenden Format ein: 0_<Endposition erster Barcode>+<Startposition zweiter Barcode>_ <Endposition zweiter Barcode>+<Startposition dritter Barcode>_ <Endposition dritter Barcode>...

  • Seite 121: Dunkelzyklus-Sequenzierung

    In diesem Abschnitt wird die Verwendung der Dunkelzyklus-Sequenzierung in der Rezeptur beschrieben. Bei der Dunkelzyklus-Sequenzierung werden lediglich die Chemieschritte eines Sequenzierungszyklus durchgeführt. Prüfen Sie auf der Illumina Support-Website auf der Seite „Compatible Products“ (Kompatible Produkte) für Ihr Bibliotheksvorbereitungskit, ob Dunkelzyklus-Sequenzierung erforderlich ist.

  • Seite 122: Verknüpfen Der Rezeptur Mit Einem Lauf

    NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Speichern Sie die XML-Rezepturdatei. Im Folgenden finden Sie ein Beispiel für eine Rezeptur mit Dunkelzyklus: <Protocol Name="1 Read 0 Index" ProtocolType="1Read0Index" > <ChemistryRef ChemistryName="Start" /> <ChemistryRef ChemistryName="Prime Cartridge" /> <ChemistryRef ChemistryName="BIX Mixing" /> <ChemistryRef ChemistryName="Prime Cartridge" /> <ChemistryRef ChemistryName="ExAmp Transfer"...

  • Seite 123: Index

    Index CBCL-Dateien 69 %PF 69 CE 64 Cloudbasierte Analyse 1 Clusterintensitäten 67 Clusterpositionen 64, 71 Alkoholtücher 31 Compute Engine 64 Amplifikation 9 Computername 7 Analyse Methoden 6, 10 Anzahl der Läufe 7 Audioeinstellungen 23 Datenqualität 69 Auffangschale Denaturieren 9 Pads 31 Differenzialexpression 40 Aus- und Wiedereinschalten des Geräts 92 Ausgabe 75...
  • Seite 124 Laufwerk D 85 Hilfe, technische 119 Leistungsdaten 15 Hosting-Speicherort 15 Leuchtbalken 4 Local Run Manager 6 Lokale Analyse 1 Löschen von Läufen 7, 85 Illumina Proactive Support 16 Lüfter 90 Index Luftfilter Zyklen 34 Ersatzteile 31 Initialisierung 95 Lage 90...
  • Seite 125 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Warnungen zu Updates 24 Software-Suite 1, 6 Speicherplatz 7, 85 Pads 31 Spezifikationsanpassung 95 Paired-End 54 Standardausgabeordner 54 PF (Passing Filter, nach Filterung) 69 Statusleiste 4 Phasierung und Vorphasierung 67 Supportseiten 86 PhiX 31 Symbole 7 Alignment 64 System-Suite-Installationsprogramm 86 PhiX Control v3 30...
  • Seite 126 NextSeq 1000- und NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch zugeordnete Laufwerke 54 Zusätzliche Zyklen 34 Zweikanal-Sequenzierung 68 Zyklus-Nummern 34 Dokument-Nr. 1000000109376 v05 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.

  • Seite 127: Technische Unterstützung

    Technische Unterstützung Wenn Sie technische Unterstützung benötigen, wenden Sie sich bitte an den technischen Support von Illumina. Website: www.illumina.com E-Mail: techsupport@illumina.com Telefonnummern des technischen Supports von Illumina Region Gebührenfrei International Australien +61 1800 775 688 Belgien +32 800 77 160...
  • Seite 128 Thailand +66 1800 011 304 +1 800 809 4566 +1 858 202 4566 Vietnam +84 1206 5263 Sicherheitsdatenblätter (SDS, Safety Data Sheets) sind auf der Illumina-Website unter support.illumina.com/sds.html verfügbar. Die Produktdokumentation steht unter support.illumina.com zum Herunterladen zur Verfügung. Dokument-Nr. 1000000109376 v05 DEU...

  • Seite 129: Dokument-Nr. 1000000109376 V05 Deu

    Dokument-Nr. 1000000109376 v05 DEU Illumina 5200 Illumina Way San Diego, Kalifornien 92122, USA +1.800.809.ILMN (4566) +1.858.202.4566 (außerhalb von Nordamerika) techsupport@illumina.com www.illumina.com Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. © 2021 Illumina, Inc. Alle Rechte vorbehalten.

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