Bericht Zur Index-Hopping-Zählung - illumina NextSeq 2000 Handbuch

NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch
Metrik
index2
R1_AdapterBases
R1_SampleBases
R2_AdapterBases
R2_SampleBases
# Reads
Bericht zur Index-Hopping-Zählung
Der Bericht zur Index-Hopping-Zählung enthält die Anzahl der Reads für jeden erwarteten und
übersprungenen Index für Läufe mit doppeltem Index. Der Bericht enthält ausschließlich eindeutige
doppelte Indizes nach Lane, wenn in keinem der Indizes ein Barcode-Konflikt erkannt wird. Zur
Generierung der Index-Hopping-Metriken für eine Lane muss jedes Eintragspaar aus den Indizes einen
Hamming-Abstand von mindestens 2N +1 aufweisen, wobei N die für den Index angegebene Barcode-
Nichtübereinstimmungstoleranz angibt.
Die folgenden Informationen sind enthalten.
Für Läufe ohne Index oder Läufe mit einfachem Index bzw. Lanes, die keine eindeutigen doppelten
Indizes enthalten, enthält die Datei nur die Header.
Metrik
Lane
# Reads
SampleID
index
index2
Dokument-Nr. 1000000109376 v01 DEU
Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
Beschreibung
Die index2-Sequenz aus dem Probenblatt. Das Feld ist leer, wenn im
Probenblatt kein Wert für „index2" angegeben wurde oder der Wert für die
Proben-ID undetermined (unbestimmt) lautet.
Anzahl der Basen für AdapterRead1 im Probenblatt.
Anzahl der getrimmten oder maskierten Basen von Read 1 für die
entsprechende Lane und die entsprechende Probe.
Anzahl der Basen für AdapterRead2 im Probenblatt.
Anzahl der getrimmten oder maskierten Basen von Read 2 für die
entsprechende Lane und die entsprechende Probe.
Die Anzahl der Reads für die Probe in der angegebenen Lane.
Beschreibung
Die Fließzellen-Lane der sequenzierten Probe.
Die Anzahl der Reads für die Probe in der angegebenen Lane.
Die Proben-ID aus dem Probenblatt. Wenn der Read keiner Probe
entspricht, wird im Feld undetermined (unbestimmt) angegeben.
Die index1-Sequenz aus dem Probenblatt. Das Feld ist leer, wenn es sich
um einen Single-End-Read handelt oder der Wert für die Proben-ID
undetermined (unbestimmt) lautet.
Die index2-Sequenz aus dem Probenblatt. Das Feld ist leer, wenn es sich
um einen Single-End-Read handelt oder der Wert für die Proben-ID
undetermined (unbestimmt) lautet.
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