illumina NextSeq 550Dx Referenzhandbuch
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Andere Handbücher für NextSeq 550Dx:
- Referenzhandbuch (80 Seiten) ,
- Handbuch (29 Seiten) ,
- Sicherheits- und compliancehandbuch (5 Seiten)
Verwandte Anleitungen für illumina NextSeq 550Dx
Inhaltszusammenfassung für illumina NextSeq 550Dx
- Seite 1 NextSeq 550Dx Referenzhandbuch für das Gerät Dokument-Nr. 1000000009513 v07 DEU ILLUMINA – EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT Oktober 2021 FÜR IN-VITRO-DIAGNOSTIK...
- Seite 2 ILLUMINA ÜBERNIMMT KEINERLEI HAFTUNG FÜR SCHÄDEN, DIE AUS DER UNSACHGEMÄSSEN VERWENDUNG DER HIERIN BESCHRIEBENEN PRODUKTE (EINSCHLIESSLICH TEILEN HIERVON ODER DER SOFTWARE) ENTSTEHEN. © 2021 Illumina, Inc. Alle Rechte vorbehalten. Alle Marken sind Eigentum von Illumina, Inc. bzw. der jeweiligen Eigentümer. Spezifische Informationen zu Marken finden Sie unter www.illumina.com/company/legal.html. Dokument-Nr. 1000000009513 v07 DEU...
- Seite 3 NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Versionshistorie Do kum ent Datum Beschreibung der Änderung Dokument- Oktober 2021 Ersatzluftfilter für Luftfilterkammer 3 hinzugefügt. Stabilitätsgrenze der Reagenzienkartusche geändert. Nr. 1000000009513 v07 Eine neue Kartusche für den Pufferwaschlauf zum Abschnitt über manuelle Waschläufe hinzugefügt. Abschnitt „Systemprüfung“ um aktuelle Anweisungen für LRM- Benutzeranmeldeinformationen ergänzt.
- Seite 4 Do kum ent Datum Beschreibung der Änderung Dokument- März 2018 Informationen zum Überwachungsservice Illumina Proactive im Nr. 1000000009513 v01 Abschnitt „Anpassen der Systemeinstellungen“ hinzugefügt. Anweisungen im Abschnitt „Austausch des Luftfilters“ aktualisiert. Endungen für Base-Call-Dateien von „*.bcl“ in „*.bcl.bgzf“ geändert, um zu verdeutlichen, dass es sich um komprimierte Dateien handelt.
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Seite 5: Inhaltsverzeichnis
Sequenzierungsfunktionen Weitere Ressourcen Gerätekomponenten Überblick über das Reagenzien-Kit Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien – Überblick Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien und Ausstattung Kapitel 2 NextSeq 550Dx-Software NextSeq 550Dx-Software – Überblick Local Run Manager – Überblick Benutzerkennwörter Kapitel 3 Erste Schritte Starten des Geräts Anpassen der Systemeinstellungen Optionen für das Ausschalten und Neustarten des Geräts... - Seite 6 NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Anhang A Von Administratoren durchzuführende Einstellungen und Aufgaben in Zusammenhang mit Local Run Manager Einleitung User Management (Benutzerverwaltung) Systemeinstellungen Moduleinstellungen Prüfpfade Anhang B Fehlerbehebung Einleitung Systemprüfung Dateien für die Fehlerbehebung Beheben von Fehlern der automatischen Prüfung Behälter für verbrauchte Reagenzien ist voll...
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Seite 7: Kapitel 1 Überblick
Datenanalyse im Gerät möglich: Mit den für den Lauf angegebenen Analysemodulen der Local Run Manager-Software können die Laufdaten analysiert werden. Dual-Boot-Funktionalität: Das NextSeq 550Dx-Gerät verfügt über separate Festplatten für den Diagnosemodus (Dx) und den RUO-Modus (Research Use Only, nur für Forschungszwecke). -
Seite 8: Gerätekomponenten
Illumina-Website können Sie auf Dokumentation, Software- Downloads, Online-Schulungen und häufig gestellte Fragen zugreifen. Gerätekomponenten Zum NextSeq 550Dx-Gerät gehören ein Touchscreen-Monitor, eine Statusleiste und vier Kammern. Abbildung 1 Gerätekomponenten A Bildgebungskammer: Enthält während eines Sequenzierungslaufs die Fließzelle. B Touchscreen-Monitor: Ermöglicht die Systemkonfiguration und -einrichtung am Gerät über die Benutzeroberfläche der Betriebssoftware. - Seite 9 Mit der Ein/Aus-Taste auf der Vorderseite des NextSeq 550Dx-Geräts werden das Gerät und der Gerätecomputer eingeschaltet. Die Ein/Aus-Taste des Geräts führt je nach Status der Gerätenetzspannung die folgenden Aktionen durch. Das NextSeq 550Dx-Gerät startet standardmäßig im Diagnosemodus. Informationen zur ersten Inbetriebnahme des Geräts finden Sie unter Starten des Geräts...
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Seite 10: Überblick Über Das Reagenzien-Kit
VORSICHT NextSeq 550Dx High Output Reagent v2.5-Kits erfordern NOS 1.3 oder höher, damit das Gerät die v2.5- Fließzellenkartusche akzeptiert. Führen Sie die Software-Updates durch, bevor Sie die Proben und Verbrauchsmaterialien vorbereiten, um zu verhindern, dass Reagenzien und/oder Proben verschwendet werden. -
Seite 11: Fließzelle - Überblick
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Fließzelle – Überblick Abbildung 3 Fließzellenkartusche A Lane-Paar A: Lanes 1 und 3 B Lane-Paar B: Lanes 2 und 4 C Rahmen der Fließzellenkartusche Die Fließzelle ist ein Glasträger, auf dem die Clusterbildung und die Sequenzierungsreaktion stattfinden. Die Fließzelle befindet sich in einer Fließzellenkartusche. -
Seite 12: Herausnehmbarer Behälter In Position
Handschuhen und Laborkittel. Verbrauchte Reagenzien sind als chemische Abfälle zu behandeln. Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Reservierte Behälter Abbildung 5 Nummerierte Behälter... -
Seite 13: Bibliotheksverdünnungspuffer - Überblick
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Abbildung 6 Pufferkartusche Bibliotheksverdünnungspuffer – Überblick Der Bibliotheksverdünnungspuffer befindet sich in der NextSeq 550Dx-Zubehör-Box. Verwenden Sie den Puffer nach Bedarf zum Verdünnen der Bibliotheken gemäß den Anweisungen zur Bibliotheksvorbereitung, um die empfohlenen Clusterdichten zu erzielen. Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien und Ausstattung Die folgenden Verbrauchsmaterialien und Geräte werden auf dem NextSeq 550Dx-Gerät verwendet. -
Seite 14: Ausstattung
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Ausstattung Elem ent Quelle Gefrierschrank, -25 °C bis -15 °C, frostfrei Allgemeiner Laborlieferant Kühlschrank, 2 °C bis 8 °C Allgemeiner Laborlieferant Richtlinien für Wasser in Laborqualität Bei Geräteverfahren sollte immer deionisiertes Wasser bzw. Wasser in Laborqualität verwendet werden. Verwenden Sie niemals Leitungswasser. Verwenden Sie nur die folgenden Wasserarten oder -äquivalente:... -
Seite 15: Kapitel 2 Nextseq 550Dx-Software
NextSeq 550Dx Operating Software (NOS): Steuert den Betrieb des Geräts. Die Software ist auf dem NextSeq 550Dx vorinstalliert und läuft auf dem Gerät. Die NOS führt den Lauf gemäß den im Local Run Manager-Softwaremodul angegebenen Parametern durch. Bevor Sie den Sequenzierungslauf starten, wählen Sie einen Lauf aus, den Sie mit Local Run Manager erstellt haben. -
Seite 16: Symbole In Der Navigationsleiste
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Statussym bo l Statusnam e Beschreibung Status OK Das System funktioniert normal. Processing Das Gerät führt die Verarbeitung durch. (Verarbeitung) Warning (Warnung) Eine Warnung ist aufgetreten. Warnungen stoppen einen Lauf nicht und es ist keine Aktion erforderlich, damit der Lauf fortgesetzt werden kann. -
Seite 17: Local Run Manager - Überblick
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch NOS-Startbildschirm Der NOS-Startbildschirm enthält die nachfolgenden vier Symbole. Sequence (Sequenzieren): Wählen Sie dieses Symbol, um in einer vordefinierten Liste mit Läufen einen Sequenzierungslauf auszuwählen und zu starten. Local Run Manager: Wählen Sie dieses Symbol, um Local Run Manager zu starten, mit dem Sie einen Lauf erstellen, den Laufstatus überwachen, Sequenzierungsdaten analysieren und Ergebnisse anzeigen... -
Seite 18: Anzeige Auf Einem Netzwerkcomputer
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch HINWEIS Wenn Sie einen nicht unterstützten Browser verwenden, laden Sie den unterstützten Browser herunter, falls Sie über die Meldung „Confirm Unsupported Browser“ (Nicht unterstützten Browser bestätigen) dazu aufgefordert werden. Klicken Sie auf „here“ (hier), um die unterstützte Version von Chromium herunterzuladen. -
Seite 19: Dashboard - Überblick
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Dashboard – Überblick Nachdem Sie sich bei der Local Run Manager-Software angemeldet haben, wird das Dashboard geöffnet. Sie können vom Dashboard aus folgende Aufgaben ausführen: Verfolgen der Sequenzierung und des Analysestatus Sortieren und Filtern von Läufen Erstellen und Bearbeiten von Läufen Stoppen der Analyse bzw. - Seite 20 NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Sym bo l Nam e Beschreibung Edit users (Benutzer Ermöglicht, Kennwörter und Benutzer zu ändern. bearbeiten) Export (Exportieren) Befehl zum Exportieren von Elementen. Hide run (Lauf Verschiebt einen Lauf von der Seite „Active Runs“ (Aktive Läufe) auf die Seite ausblenden) „Hidden Runs“...
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Seite 21: Ausblenden Und Wiederherstellen Von Läufen
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch In Progress (In Verarbeitung): Gibt an, dass der Lauf gerade sequenziert bzw. die Datenanalyse durchgeführt wird. Stopped or Unsuccessful (Angehalten oder fehlgeschlagen): Gibt an, dass die Analyse vom Benutzer angehalten wurde bzw. die Analyse fehlgeschlagen ist. Complete (Abgeschlossen): Gibt an, dass die Analyse erfolgreich durchgeführt wurde. -
Seite 22: Bearbeiten Eines Laufs
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Bearbeiten eines Laufs Wählen Sie auf der Seite „Active Runs“ (Aktive Läufe) das Symbol „More Options“ (Weitere Optionen) neben dem Namen des Laufs, den Sie bearbeiten möchten. Wählen Sie Edit (Bearbeiten). Wenn Sie aufgefordert werden, die Aktion zu bestätigen, wählen Sie Continue (Fortfahren). -
Seite 23: Benutzerkennwörter
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Bewegen Sie den Mauszeiger auf das Symbol „More Options“ (Weitere Optionen) neben dem Lauf. Wählen Sie Relink Run Folder (Laufordner neu verknüpfen). Bestätigen Sie Ihre Auswahl, um fortzufahren und den Lauf wiederherzustellen. Der Lauf wird mit dem Status wiederhergestellt, den er vor dem Löschen des Laufordners hatte. -
Seite 24: Ändern Ihres Kennworts
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Ändern Ihres Kennworts Wählen Sie in der Navigationsleiste im oberen Bereich der Benutzeroberfläche das Symbol User (Benutzer) neben Ihrem Namen. HINWEIS Abhängig von der Größe des Bildschirms, auf dem Sie die Software anzeigen, wird das Symbol User (Benutzer) ggf. -
Seite 25: Kapitel 3 Erste Schritte
Abbildung 8 Ein/Aus-Taste auf der Vorderseite des Geräts Warten Sie, bis das Betriebssystem vollständig geladen wurde. Die NextSeq 550Dx Operating Software (NOS) wird gestartet und führt automatisch die Initialisierung des Systems durch. Wenn die Initialisierung abgeschlossen ist, wird der Startbildschirm geöffnet. -
Seite 26: Gerätemodusanzeigen
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Gerätemodusanzeigen Das NextSeq 550Dx-Gerät läuft standardmäßig im Diagnosemodus. Folgende Anzeigen im NOS-Bildschirm geben den Modus des Geräts an. Mo dus Startbildschirm Ausrichtung des Farbleiste Statussym bo ls Diagnosemodus Welcome to NextSeqDx (Willkommen bei Blau Horizontal NextSeqDx) Forschungsmodus... -
Seite 27: Festlegen Von Laufbeginn Und Geräteleistungsdaten
Nach Aktivierung dieser Einstellung werden Leistungsdaten des Geräts an Illumina gesendet. Diese Daten helfen Illumina bei der Ermittlung und Behebung von Fehlern, was die Durchführung proaktiver Wartungsarbeiten ermöglicht und die Geräteverfügbarkeit maximiert. Weitere Informationen zu den Vorteilen dieses Dienstes finden Sie im technischen Hinweis zu Illumina Proactive (Dokument- Nr. 1000000052503). -
Seite 28: Optionen Für Das Ausschalten Und Neustarten Des Geräts
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Pfade zum Ausgabeordner mit zwei oder mehr Ebenen müssen nicht mit einem Backslash beendet werden (z. B. \\servername\verzeichnis1\verzeichnis2). Pfade zu einem zugeordneten Netzwerklaufwerk verursachen Fehler. Verwenden Sie keine derartigen Pfade. Wählen Sie Save (Speichern), um die Einstellungen zu speichern und zum Bildschirm „Manage Instrument“... -
Seite 29: Ausschalten Des Geräts
Bewegen Sie das Gerät nicht an einen anderen Standort. Ein unsachgemäßes Bewegen des Geräts kann zur Beeinträchtigung der Ausrichtung der optischen Elemente und der Datenintegrität führen. Falls Sie den Standort des Geräts ändern müssen, wenden Sie sich an Ihren Illumina-Vertreter. Beim Beenden Windows aufrufen Der Befehl „Exit to Windows“... -
Seite 30: Kapitel 4 Sequenzierung
Automatische Nachwaschung Einleitung Um auf dem NextSeq 550Dx-Gerät einen Sequenzierungslauf durchzuführen, bereiten Sie die Reagenzienkartusche und die Fließzelle vor und befolgen Sie die Anweisungen der Software für das Konfigurieren und Starten des Laufs. Die Clusterbildung und die Sequenzierung werden im Gerät durchgeführt. -
Seite 31: Sequenzierungsworkflow
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Laufs werden 2 x 150 Zyklen analysiert. Der zusätzliche Zyklus ist für Phasierungs- und Vorphasierungsberechnungen erforderlich. Sequenzierungsworkflow Erstellen Sie einen Lauf im Softwaremodul „Local Run Manager“. Weitere Informationen finden Sie in der Analyse-Workflow-Anleitung für Ihr Modul. Bereiten Sie eine neue Reagenzienkartusche vor: auftauen und überprüfen. -
Seite 32: Vorbereiten Der Reagenzienkartusche
Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Vorbereiten der Fließzelle Nehmen Sie einen neuen Fließzellenkarton aus dem Lagerort mit einer Temperatur von 2 °C bis 8 °C. -
Seite 33: Vorbereiten Von Bibliotheken Für Die Sequenzierung
Vorbereitung von Probenbibliotheken für die Sequenzierung, einschließlich der Verdünnung und des Poolings von Bibliotheken, finden Sie in der Gebrauchsanweisung im Abschnitt für das entsprechende Bibliotheksvorbereitungskit. Es ist erforderlich, die Clusterdichte auf dem NextSeq 550Dx zu optimieren. Laden der Bibliotheken in die Reagenzienkartusche Reinigen Sie die Verschlussfolie, die den mit Load Library Here (Bibliothek hier laden) beschrifteten Behälter 10 abdeckt, mit einem fusselfreien Tuch. - Seite 34 NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Abbildung 10 Entnehmen der Fließzelle aus der Folienverpackung Öffnen Sie die klare, aufklappbare Plastikverpackung und nehmen Sie die Fließzelle heraus. Abbildung 11 Herausnehmen aus der aufklappbaren Verpackung Reinigen Sie die Glasoberfläche der Fließzelle mit einem fusselfreien Alkoholtupfer. Trocknen Sie das Glas mit einem fusselfreien Labortuch.
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Seite 35: Leeren Des Behälters Für Verbrauchte Reagenzien
Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Schieben Sie den leeren Behälter für verbrauchte Reagenzien bis zum Anschlag in die Pufferkammer. Ein hörbares Klicken gibt an, dass der Behälter positioniert ist. -
Seite 36: Einsetzen Der Pufferkartusche
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Abbildung 14 Einsetzen des leeren Behälters für verbrauchte Reagenzien Einsetzen der Pufferkartusche Entfernen Sie die gebrauchte Pufferkartusche aus der oberen Kammer. Zum Anheben und Herausziehen der Pufferkartusche ist etwas Kraft erforderlich. Schieben Sie eine neue Pufferkartusche bis zum Anschlag in die Pufferkammer. -
Seite 37: Herausnehmen Des Behälters Für Gebrauchte Reagenzien In Position
Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. HINWEIS Um die sichere Entsorgung nicht verwendeter Reagenzien zu erleichtern, kann der Behälter in Position 6 entfernt werden. -
Seite 38: Überprüfen Des Selbsttests
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Abbildung 17 Entfernbarer Behälter in Position 6 A Gummiabdeckung B Position 6 Drücken Sie auf den durchsichtigen Plastikgriff und schieben Sie ihn nach links, um den Behälter zu entfernen. Entsorgen Sie den Behälter gemäß den geltenden Sicherheitsvorschriften. -
Seite 39: Überwachen Des Lauffortschritts
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Überwachen des Lauffortschritts Anhand der auf dem Bildschirm aufgeführten Kennzahlen können Sie den Lauffortschritt sowie Intensitäten und Qualitäts-Scores überwachen. Abbildung 18 Fortschritt und Kennzahlen eines Sequenzierungslaufs A Run progress (Lauffortschritt): Zeigt den aktuellen Schritt und die Anzahl der durchgeführten Zyklen für jeden Read-Vorgang an. -
Seite 40: Datenübertragung
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Laufkennzahlen werden nach Zyklus 25 angezeigt und umfassen Clusterdichte, Cluster nach Filterung, Ergebnis und Qualitäts-Scores. Datenübertragung Status Lo cal Run Manag er Ausg abeo rdner Verbunden Verbunden und überträgt Daten Nicht verbunden Deaktiviert Falls während des Laufs die Datenübertragung unterbrochen wird, werden die Daten vorübergehend auf dem Gerätecomputer gespeichert. -
Seite 41: Registerkarte "Samples And Results" (Proben Und Ergebnisse)
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Abschnitt Beschreibung Output Run Folder Der Pfad des Ausgabeordners des Sequenzierungslaufs. (Laufordner für die Wählen Sie das Symbol „Copy to Clipboard“ (In die Zwischenablage kopieren) , um Ausgabe) schnell auf den Ausgabeordner zuzugreifen. Total Clusters (Gesamtzahl Die Anzahl der Cluster in einem Lauf. -
Seite 42: Mögliche Laufstatus
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Abschnitt Beschreibung Select Analysis (Analyse Eine Dropdown-Liste der Analysen, die mit den Daten aus dem Sequenzierungslauf auswählen) durchgeführt wurden. Bei jedem Analyselauf wird eine laufende Nummer zugewiesen. Die Ergebnisse werden separat aufgeführt. Analysis Folder Der Pfad des Analyseordners. -
Seite 43: Erneutes Einstellen Der Analyse In Die Warteschlange Oder Stoppen Der Analyse
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Erneutes Einstellen der Analyse in die Warteschlange oder Stoppen der Analyse Sie können eine Analyse erneut in die Warteschlange stellen, wenn sie angehalten wurde, nicht erfolgreich war oder wenn Sie einen Lauf mit anderen Einstellungen neu analysieren möchten. Stellen Sie die Analyse vom Dashboard in Local Run Manager oder von der Registerkarte „Sample and Results“... -
Seite 44: Ändern Des Speicherorts Für Den Ausgabe-Laufordner
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Wählen Sie Requeue (Erneut in die Warteschlange stellen). Die Analyse wird mit den aktuellen Analyseparametern durchgeführt. Ändern des Speicherorts für den Ausgabe-Laufordner Sie können den Speicherort des Laufordners für die Ausgabe ändern, bevor Sie einen Lauf erneut in die Warteschlange stellen. -
Seite 45: Kapitel 5 Wartung
Gerät. Präventive Wartung Illumina empfiehlt, jährlich eine präventive Wartung durchführen zu lassen. Wenn Sie keinen Servicevertrag abgeschlossen haben, wenden Sie sich an den für Ihre Region zuständigen Kundenbetreuer oder an den technischen Support von Illumina, um einen Termin für eine kostenpflichtige präventive Wartung zu vereinbaren. -
Seite 46: Vorbereiten Einer Manuellen Nachwaschung
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Abbildung 19 Ursprüngliche Reagenzienkartusche für den Waschlauf und ursprüngliche Pufferkartusche für den Waschlauf Abbildung 20 Neue Reagenzienkartusche für den Waschlauf und neue Pufferkartusche für den Waschlauf Vorbereiten einer manuellen Nachwaschung Entscheiden Sie sich entweder, wie unten beschrieben, für eine manuelle Nachwaschung oder bereiten Sie einen Schnellwaschlauf vor (nächster Abschnitt). -
Seite 47: Vorbereiten Eines Schnellwaschlaufs
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Invertieren Sie das Röhrchen zum Mischen. Geben Sie 1 ml 0,12%iges NaOCl in die Reagenzienkartusche für den Waschlauf. Der richtige Behälter entspricht Position 28 auf der vorgefüllten Kartusche. Abbildung 21 Einfüllen von NaOCl Mischen Sie folgende Volumina, um eine 0,05-%-Tween-20-Waschlösung zu erhalten: Ursprüngliche Pufferkartusche für den Waschlauf... -
Seite 48: Austausch Des Luftfilters
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Entfernen Sie den Behälter für verbrauchte Reagenzien und entsorgen Sie den Inhalt gemäß den geltenden Vorschriften. WARNUNG Diese Reagenzien enthalten potenziell gefährliche Chemikalien. Es kann daher durch Inhalation oder orale Aufnahme, Kontakt mit der Haut oder den Augen zu einer Verletzung von Personen kommen. - Seite 49 NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Setzen Sie den neuen Luftfilter in den Einsatz ein. HINWEIS Der Luftfilter funktioniert nicht ordnungsgemäß, wenn er falsch herum eingesetzt wird. Stellen Sie sicher, dass Sie beim Einlegen des Luftfilters in den Einsatz den grünen „Up“-Pfeil sehen und dass der Warnhinweis nicht sichtbar ist.
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Seite 50: Anhang A Von Administratoren Durchzuführende Einstellungen Und Aufgaben In Zusammenhang Mit Local Run Manager
Anhang A Von Administratoren durchzuführende Einstellungen und Aufgaben in Zusammenhang mit Local Run Manager Einleitung User Management (Benutzerverwaltung) Systemeinstellungen Moduleinstellungen Prüfpfade Einleitung Die folgenden Einstellungen und Aufgaben erfordern Administratorrechte: Manage user accounts (Benutzerkonten verwalten): Hinzufügen von Benutzern, Zuweisen von Berechtigungen und Festlegen von Kennwörtern. Edit NOS system settings (NOS-Systemeinstellungen ändern): Ermöglicht, die Einstellungen der NextSeq 550Dx Operating Software (NOS) über das Symbol „Manage Instrument“... -
Seite 51: Benutzerberechtigungen
HINWEIS Erstellen Sie mehr als ein Benutzerkonto mit Administratorrechten. Wenn der einzige Administrator des Geräts gesperrt ist, kann nur der technische Support von Illumina das Gerät entsperren. HINWEIS Abhängig von der Größe des Bildschirms, auf dem Sie die Software anzeigen, wird das Menü Tools (Werkzeuge) ggf. -
Seite 52: Zurücksetzen Des Benutzerkennworts
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Wählen Sie zur Auswahl einer Rolle Admin (Administrator) bzw. User (Benutzer), um zwischen den Optionen umzuschalten. Wählen Sie die entsprechenden Benutzerberechtigungen für die Rolle. Wählen Sie Create User (Benutzer erstellen). Zurücksetzen des Benutzerkennworts Wählen Sie in der Navigationsleiste des Dashboards das Menü Tools (Extras) und anschließend User Management (Benutzerverwaltung). -
Seite 53: Systemeinstellungen
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Wählen Sie im Dialogfeld „Create New User“ (Neuen Benutzer erstellen) die Option Delete User (Benutzer löschen). Wenn Sie einen Benutzer gelöscht haben, können Sie kein neues Konto mit diesem Namen erstellen. Wenn Sie aufgefordert werden, den Benutzer zu löschen, wählen Sie Delete (Löschen). -
Seite 54: Festlegen Der Einstellungen Für Systemdienstkonten
Um den Speicherort für die Datenbanksicherung festzulegen, geben Sie den Pfad des gewünschten Speicherorts ein. Wenn eine gesicherte Datenbank wiederhergestellt werden soll, wenden Sie sich bitte an den technischen Support von Illumina. Geben Sie im Feld „Backup Period“ (Sicherungsintervall) das Intervall (in Tagen) ein, in dem Sicherungen durchgeführt werden sollen. -
Seite 55: Filtern Von Prüfpfaden
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Klicken Sie auf Add Manifest(s) (Manifest(e) hinzufügen). Navigieren Sie zur Manifestdatei, wählen Sie das gewünschte Manifest aus und klicken Sie auf Open (Öffnen). Prüfpfade Prüfpfade zeichnen Informationen über bestimmte Aktionen auf, z. B. Benutzerzugriffe, Benutzerprofiländerungen und Änderungen an den System-, Lauf- und Analyseparametern. Jeder Prüfpfad- Eintrag enthält die folgenden Informationen:... -
Seite 56: Filtern Nach Einer Kategorie Betroffener Elemente
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Filtern nach Aktion Geben Sie im Feld „What“ (Was) eine Aktionsbeschreibung ein. Sie können einen beliebigen Teil einer Aktionsbeschreibung eingeben. Sternchen (*) sind nicht erforderlich. Wählen Sie Filter (Filtern). Filtern nach Beschreibungen betroffener Elemente Geben Sie im Textfeld „Affected Item“ (Betroffenes Element) einen Teil der Beschreibung des betroffenen Elements ein. - Seite 57 NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Prüfpfadsymbole Die folgenden Symbole werden auf dem Bildschirm „Audit Trails“ (Prüfpfade) verwendet. Sym bo l Nam e Beschreibung Analysis (Analyse) Gibt Analyseparameter- bzw. Analysestatus-Änderungen an. Run (Lauf) Gibt Laufparameter- bzw. Laufstatus-Änderungen an. System Gibt geänderte Modul- bzw. Systemeinstellungen an.
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Seite 58: Anhang B Fehlerbehebung
HINWEIS Falls ein Gerätewaschlauf fällig ist, führen Sie zuerst den Waschlauf durch, bevor Sie die Systemprüfung starten. Beim Starten der Systemprüfung wird die Betriebssoftware automatisch beendet und die NextSeq 550Dx Service Software (NSS) wird gestartet. Die Servicesoftware wird gestartet und der Bildschirm „Load“ (Laden) wird geöffnet. -
Seite 59: Durchführen Einer Systemprüfung
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Durchführen einer Systemprüfung Wählen Sie im Bildschirm „Manage Instrument“ (Gerät verwalten) die Option System Check (Systemprüfung). Wenn Sie aufgefordert werden, NOS zu schließen, wählen Sie Yes (Ja). Laden Sie die Verbrauchsmaterialien wie folgt: Wenn sich noch keine gebrauchte Fließzelle im Gerät befindet, setzen Sie eine gebrauchte Fließzelle ein. -
Seite 60: Dateien Für Die Fehlerbehebung
Wert zurück. Dateien für die Fehlerbehebung Ein Mitarbeiter des technischen Supports von Illumina kann Kopien von lauf- oder scanspezifischen Dateien anfordern, um Fehler zu beheben. In der Regel werden die folgenden Dateien für die Fehlersuche verwendet. -
Seite 61: Beheben Von Fehlern Der Automatischen Prüfung
Ladeschritt zurückzukehren, und wiederholen Sie die Laufkonfiguration. Required software Wichtige Software-Komponenten fehlen. Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. (Software erforderlich) Instrument disk space Auf der Festplatte des Geräts ist nicht genügend Speicherplatz für die Durchführung eines (Speicherplatz auf dem Laufs verfügbar. -
Seite 62: Behälter Für Verbrauchte Reagenzien Ist Voll
Wählen Sie Continue (Fortfahren). Der Lauf wird automatisch fortgesetzt. RAID-Fehlermeldung Der NextSeq 550Dx-Computer hat vier Festplatten, zwei für den Diagnosemodus und zwei für den Forschungsmodus. Falls auf einer Festplatte Probleme auftreten und ein Ausfall droht, wird eine RAID- Fehlermeldung auf dem Gerät angezeigt, die empfiehlt, dass Sie den technischen Support von Illumina kontaktieren. -
Seite 63: Netzwerkspeicherfehler
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Die Laufkonfiguration und der normale Betrieb sind weiterhin möglich. Die Fehlermeldung soll eine frühzeitige Planung von Servicemaßnahmen ermöglichen, um Unterbrechungen im normalen Betrieb des Geräts zu vermeiden. Die RAID-Warnung kann nur von einem Administrator bestätigt werden. Wenn Sie Ihr Gerät mit nur einer Festplatte betreiben, kann dies zu Datenverlust führen. - Seite 64 NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Wählen Sie Obtain a DNS server address automatically (DNS-Server-Adresse automatisch beziehen), um das Gerät mit dem DNS-Server zu verbinden, dem diese IP-Adresse zugeordnet ist. Alternativ können Sie die Option Use the following DNS server addresses (Folgende DNS-Server- Adressen verwenden) wählen, um das Gerät manuell mit dem DNS-Server zu verbinden.
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Seite 65: Anhang C Real-Time Analysis
Real-Time Analysis-Workflow Überblick über Real-Time Analysis Das NextSeq 550Dx-Gerät nutzt RTA2, eine Implementierung der Software Real-Time Analysis (RTA). RTA2 wird auf dem Gerätecomputer ausgeführt und extrahiert Intensitäten aus Bildern, führt das Base-Calling durch und weist dem Base-Call einen Qualitäts-Score zu. RTA2 und die Betriebssoftware kommunizieren über ein HTTP-Webinterface und gemeinsame Speicherbereiche. -
Seite 66: Real-Time Analysis-Workflow
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Wenn die Verarbeitung abgeschlossen ist, werden die folgenden Protokoll- und Fehlerdateien an das endgültige Ausgabeziel übertragen: *GlobalLog*.tsv enthält eine Zusammenfassung wichtiger Lauf-Ereignisse. *LaneNLog*.tsv listet die Verarbeitungsereignisse pro Lane auf. *Error*.tsv protokolliert während des Laufs aufgetretene Fehler. *WarningLog*.tsv führt während des Laufs aufgetretene Warnungen auf. -
Seite 67: Korrektur Der Phasierung
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Wenn die Registrierung für ein Bild in einem Zyklus fehlschlägt, werden für diese Platte in diesem Zyklus keine Base-Calls erzeugt. Korrektur der Phasierung Während der Sequenzierungsreaktion erweitert sich jeder DNA-Strang in einem Cluster um eine Base pro Zyklus. -
Seite 68: Cluster Nach Filterung
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Tabelle 1 Base-Calls bei einer Zweikanal-Sequenzierung Ro ter Grüner Base Erg ebnis K anal K anal 1 (ein) 1 (ein) Cluster, die Intensitäten sowohl im roten als auch im grünen Kanal aufweisen. 1 (ein) 0 (aus) Cluster, die Intensitäten nur im roten Kanal aufweisen. - Seite 69 NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch HINWEIS Die Qualitätsbewertung basiert auf einer geänderten Version des Phred-Algorithmus. Die Qualitätsbewertung berechnet für jeden Base-Call mehrere Fehlerwahrscheinlichkeiten und ermittelt anhand der Prognosewerte den Q-Score aus einer Qualitätstabelle. Qualitätstabellen werden erstellt, um optimale Qualitätsprognosen für Läufe zu liefern, die auf spezifisch konfigurierten Sequenzierungsplattformen mit bestimmten Chemie-Versionen durchgeführt werden.
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Seite 70: Anhang D Ausgabedateien Und -Ordner
Anhang D Ausgabedateien und -ordner Sequenzierungsausgabedateien Ordnerstruktur der Ausgabedaten Sequenzierungsausgabedateien Dateityp Dateibeschreibung , Speichero rt und Nam e Base-Call-Dateien Jede analysierte Platte wird in eine für jede Lane und für jeden Zyklus zusammengefasste Base-Call-Datei aufgenommen. Die zusammengefasste Datei enthält den Base-Call und den codierten Qualitäts-Score für jeden Cluster dieser Lane. -
Seite 71: Lane-Nummerierung
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Tabelle 2 Fließzellenplatten Fließ z ellenko m po nente Ho chleistung Beschreibung Lanes Eine Lane ist ein physischer Kanal mit dedizierten Einlass- und Auslassöffnungen. Oberflächen Es werden zwei Oberflächen der Fließzelle aufgenommen: die obere und die untere Oberfläche. Zuerst wird die obere Oberfläche einer Platte und anschließend die untere Oberfläche derselben Platte aufgenommen,... -
Seite 72: Kameranummerierung
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Kameranummerierung Das NextSeq 550Dx-System verwendet sechs Kameras, um die Fließzelle abzubilden. Die Kameras sind von 1 bis 6 nummeriert. Die Kameras 1–3 nehmen Lane 1 auf. Die Kameras 4–6 nehmen Lane 3 auf. Sobald die Lanes 1 und 3 aufgenommen wurden, bewegt sich das Bildmodul entlang der X- Achse, um die Lanes 2 und 4 aufzunehmen. -
Seite 73: Ordnerstruktur Der Ausgabedaten
NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Ordnerstruktur der Ausgabedaten Die Betriebssoftware generiert den Namen des Ausgabeordners automatisch. Data Intensities BaseCalls L001: Base-Call-Dateien für Lane 1, zusammengefasst in einer Datei pro Zyklus. L002: Base-Call-Dateien für Lane 2, zusammengefasst in einer Datei pro Zyklus. L003: Base-Call-Dateien für Lane 3, zusammengefasst in einer Datei pro Zyklus. -
Seite 74: Index
Index Empirische Phasierung 61 Entfernen von nicht aktiven Ordnern 47 Analyse Erneutes Einstellen der Analyse in die Anzeigen der Ergebnisse 34 Warteschlange 37 Ausgabedateien 64 Erstellen eines Laufs 25 Erneut in die Warteschlange stellen 37 Analyse, primär Signalreinheit 62 Audio 20 Fehler und Warnungen 9, 59 Ausgabedateien 64 Fehlerbehebung... - Seite 75 NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Läufe Aktiv 14 Anheften 16 Hilfe Ausblenden 15 Dokumentation 1 Bearbeiten 16 Hilfe, technische 72 Erstellen 25 Festlegen des Starts 21 Filtern 15 Registerkarte „Run Overview“ (Laufübersicht) 34 Im Forschungsmodus neu starten 20 Suchen 15 Indizierungshinweise 62 Laufmetriken 33 Intensitäten 61...
- Seite 76 NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Sequenzierung Einleitung 24 Vom Benutzer bereitzustellende Phasierung, Vorphasierung 61 Verbrauchsmaterialien 7 Phred-Algorithmus 62 Sequenzierung während der Analyse 12 Plattennummerierung 66 Sequenzierungsworkflow 25, 60 Präventive Wartung 39 Sicherungsort 47 Proben Software Registerkarte „Samples and Results“ (Proben Bildanalyse, Base-Calling 9 und Ergebnisse) 35 im Gerät 9...
- Seite 77 NextSeq 550Dx-Gerät Referenzhandbuch Waschlauf-Verbrauchsmaterialien 39-40 Wasser in Laborqualität 8 Verbrauchte Reagenzien Behälter voll 56 Entsorgung 29, 41 Verwalten des Geräts Ausschalten 23 Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien 7 Von Administratoren durchzuführende Einstellungen und Aufgaben 44 Wartung, präventive 39 Wartungseinstellungen 47 Waschlauf...
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Seite 78: Technische Unterstützung
Spanien Südko rea +82 80 234 5300 T aiw an, China 00806651752 Andere Länder +44.1799.534000 Sicherheitsdatenblätter (SDS, Safety Data Sheets) sind auf der Illumina-Website unter support.illumina.com/sds.html verfügbar. Die Produktdokumentation steht unter support.illumina.com zum Herunterladen zur Verfügung. Dokument-Nr. 1000000009513 v07 DEU FÜR IN-VITRO-DIAGNOSTIK... - Seite 79 San Diego, Kalifornien 92122, USA Nursing Association Building +1.800.809.ILMN (4566) Level 3, 535 Elizabeth Street +1.858.202.4566 (außerhalb von Nordamerika) Melbourne, VIC 3000 techsupport@illumina.com Australien www.illumina.com Illumina Netherlands B.V. Steenoven 19 5626 DK Eindhoven Niederlande FÜR IN-VITRO-DIAGNOSTIK © 2021 Illumina, Inc. Alle Rechte vorbehalten.