illumina NextSeq 550Dx Referenzhandbuch
Forschungsmodus
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Andere Handbücher für NextSeq 550Dx:
- Referenzhandbuch (79 Seiten) ,
- Handbuch (29 Seiten) ,
- Sicherheits- und compliancehandbuch (5 Seiten)
Verwandte Anleitungen für illumina NextSeq 550Dx
Inhaltszusammenfassung für illumina NextSeq 550Dx
- Seite 1 NextSeq 550Dx – Forschungsmodus Referenzhandbuch für das Gerät Dokument-Nr. 1000000041922 v01 DEU ILLUMINA – EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT März 2018 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
- Seite 2 Produkts (der hier beschriebenen Produkte) und für keinen anderen Bestimmungszweck ausgelegt. Dieses Handbuch und dessen Inhalt dürfen ohne schriftliches Einverständnis von Illumina nicht verwendet und zu keinem anderen Zweck verteilt bzw. anderweitig übermittelt, offengelegt oder auf irgendeine Weise reproduziert werden. Illumina überträgt mit diesem Dokument keine Lizenzen unter seinem Patent, Markenzeichen, Urheberrecht oder bürgerlichen...
- Seite 3 NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Versionshistorie Dokument Datum Beschreibung der Änderung Dokument- März 2018 Informationen zum Überwachungsservice Illumina Proactive im Nr. 1000000041922 v01 Abschnitt „Anpassen der Systemeinstellungen“ hinzugefügt. Dokument- November 2017 Erste Version Nr. 1000000041922 v00 Dokument-Nr. 1000000041922 v01 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Seite 4: Inhaltsverzeichnis
Inhaltsverzeichnis Kapitel 1 Überblick Über dieses Handbuch Einleitung Weitere Ressourcen Gerätekomponenten Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien – Überblick Kapitel 2 Erste Schritte Starten des Geräts Anpassen der Systemeinstellungen Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien und Geräte Kapitel 3 Sequenzierung Einleitung Sequenzierungsworkflow Vorbereiten der Reagenzienkartusche Vorbereiten der Fließzelle Vorbereiten von Bibliotheken für die Sequenzierung Konfigurieren eines Sequenzierungslaufs Überwachen des Lauffortschritts... - Seite 5 NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch BeadChip- und Scan-Fehler Anwendungsspezifische Rezepturen und Rezepturordner RAID-Fehlermeldung Konfigurieren der Systemeinstellungen Anhang B Echtzeitanalyse Überblick über die Echtzeitanalyse Echtzeitanalyse-Workflow Anhang C Ausgabedateien und -ordner Sequenzierungsausgabedateien Ordnerstruktur der Sequenzierungsausgabedaten Scan-Ausgabedateien Ordnerstruktur der ausgegebenen Scan-Daten Index Technische Unterstützung Dokument-Nr. 1000000041922 v01 DEU Nur für Forschungszwecke.
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Seite 6: Kapitel 1 Überblick
Kapitel 1 Überblick Über dieses Handbuch Einleitung Weitere Ressourcen Gerätekomponenten Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien – Überblick Über dieses Handbuch Dieses Gerätehandbuch enthält Anweisungen zur Verwendung des NextSeq 550Dx-Geräts im Forschungsmodus (RUO). Einleitung ® ™ Das Illumina NextSeq 550Dx-Gerät ist eine einzelne Lösung, die einen nahtlosen Übergang zwischen der Hochdurchsatzsequenzierung und dem Array-Scannen bietet. -
Seite 7: Weitere Ressourcen
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Weitere Ressourcen Die folgenden Dokumente stehen auf der Illumina-Website zum Herunterladen zur Verfügung. Ressource Beschreibung NextSeq 550Dx Stellt im Diagnosemodus Anweisungen zum Gerätebetrieb sowie zur Fehlersuche Referenzhandbuch für das bereit. Gerät (Dokument- Nr. 1000000009513) NextSeq 550Dx Handbuch zur Enthält Spezifikationen für den Laborplatz, die elektrischen Anforderungen und die... -
Seite 8: Gerätekomponenten
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Gerätekomponenten Zum NextSeq 550Dx-Gerät gehören ein Touchscreen-Monitor, eine Statusleiste und vier Kammern. Abbildung 1 Gerätekomponenten A Bildgebungskammer: Enthält die Fließzelle für den Sequenzierungslauf bzw. den BeadChip für das Scannen. B Touchscreen-Monitor: Ermöglicht die Systemkonfiguration und -einrichtung am Gerät über die Benutzeroberfläche der Steuerungssoftware. -
Seite 9: Statussymbole
Sequenzierungslaufs bzw. eines Array-Scans. Echtzeitanalyse-Software (RTA): Bei Sequenzierungsläufen führt RTA eine Bildanalyse sowie Base-Calling während des Laufs durch. Das NextSeq 550Dx-Gerät verwendet RTA v2, die gegenüber vorherigen Versionen wichtige Unterschiede bei der Architektur und den Funktionen aufweist. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter... -
Seite 10: Wiederverwendbarer Beadchip-Adapter - Überblick
Mit der Ein/Aus-Taste auf der Vorderseite des NextSeq 550Dx-Geräts werden das Gerät und der Gerätecomputer eingeschaltet. Die Ein/Aus-Taste des Geräts führt je nach Status der Gerätenetzspannung die folgenden Aktionen durch. Das NextSeq 550Dx-Gerät startet standardmäßig im Diagnosemodus. Informationen zum Ausschalten des Geräts finden Sie unter Ausschalten des Geräts auf Seite... -
Seite 11: Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien - Überblick
Zur Durchführung eines Sequenzierungslaufs auf dem NextSeq 550Dx-Gerät im Forschungsmodus ist ein NextSeq 500/550-Kit (NextSeq 500/550 Kit) oder ein NextSeq 550Dx-Reagenzien-Kit für hohe Leistung (NextSeq 550Dx High Output Reagent Kit) zum Einmalgebrauch erforderlich. Jedes Kit enthält eine Fließzelle sowie die für den Sequenzierungslauf erforderlichen Reagenzien. -
Seite 12: Fließzelle - Überblick
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Kit-Typ Markierung auf Etikett High Output Kit Components (Kit-Komponenten für hohe Leistung) Mid Output Kit Components (Kit-Komponenten für mittlere Leistung) Fließzelle – Überblick Abbildung 4 Fließzellenkartusche A Lane-Paar A: Lanes 1 und 3 B Lane-Paar B: Lanes 2 und 4 C Rahmen der Fließzellenkartusche Die Fließzelle ist ein Glasträger, auf dem die Clusterbildung und die Sequenzierungsreaktion stattfinden. -
Seite 13: Reagenzienkartusche - Überblick
Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie im Sicherheitsdatenblatt (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Dokument-Nr. 1000000041922 v01 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. -
Seite 14: Herausnehmbarer Behälter In Position
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Reservierte Behälter Abbildung 6 Nummerierte Behälter Position Beschreibung 7, 8 und 9 Reserviert für optionale anwendungsspezifische Primer Laden der Bibliotheken Weitere Informationen zu anwendungsspezifischen Primern finden Sie im Benutzerhandbuch zu anwendungsspezifischen Primern (Dokument-Nr. 15057456). Herausnehmbarer Behälter in Position 6 Die vorgefüllte Reagenzienkartusche beinhaltet ein Denaturierungsreagenz in Position 6, das Formamid enthält. - Seite 15 NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Dokument-Nr. 1000000041922 v01 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Seite 16: Kapitel 2 Erste Schritte
Abbildung 9 Ein/Aus-Taste auf der Vorderseite des Geräts Warten Sie, bis das Betriebssystem vollständig geladen wurde. Die NextSeq 550Dx Operating Software (NOS) wird gestartet und führt automatisch die Initialisierung des Systems durch. Wenn die Initialisierung abgeschlossen ist, wird der Startbildschirm geöffnet. -
Seite 17: Anpassen Der Systemeinstellungen
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Wählen Sie in der NOS den Befehl „Reboot to RUO“ (Im Forschungsmodus neu starten), um das Gerät sicher herunterzufahren und im Forschungsmodus neu zu starten. Wählen Sie Manage Instrument (Gerät verwalten). Wählen Sie Reboot / Shut Down (Neustart / Ausschalten). Wählen Sie Reboot to RUO (Im Forschungsmodus neu starten). -
Seite 18: Festlegen Der Tastaturoption Und Audio-Signale
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Festlegen der Tastaturoption und Audio-Signale Wählen Sie im Bildschirm „Manage Instrument“ (Gerät verwalten) die Option System Customization (Anpassung des Systems). Aktivieren Sie das Kontrollkästchen Use on-screen keyboard (Bildschirmtastatur verwenden), um die Bildschirmtastatur des Geräts für Eingaben zu aktivieren. Aktivieren Sie das Kontrollkästchen Play audio (Audio abspielen), um die Audio-Signale für die folgenden Ereignisse einzuschalten: Bei der Geräte-Initialisierung... -
Seite 19: Vom Benutzer Bereitzustellende Verbrauchsmaterialien Für Sequenzierungsläufe
Wasser, Laborqualität Allgemeiner Laborlieferant Waschen des Geräts (manueller Waschlauf) Luftfilter Illumina, Katalog-Nr. 20022240 Reinigen der Luft, die das Gerät zur Kühlung aufnimmt Richtlinien für Wasser in Laborqualität Bei Geräteverfahren sollte immer deionisiertes Wasser bzw. Wasser in Laborqualität verwendet werden. Verwenden Sie niemals Leitungswasser. Verwenden Sie nur die folgenden Wasserarten oder -äquivalente:... -
Seite 20: Kapitel 3 Sequenzierung
Automatische Nachwaschung Einleitung Um auf dem NextSeq 550Dx-Gerät einen Sequenzierungslauf durchzuführen, bereiten Sie die Reagenzienkartusche und die Fließzelle vor und befolgen Sie die Anweisungen der Software für das Konfigurieren und Starten des Laufs. Die Clusterbildung und die Sequenzierung werden im Gerät durchgeführt. -
Seite 21: Anzahl Der Zyklen In Einem Read
Laufs werden 2 x 150 Zyklen analysiert. Der zusätzliche Zyklus ist für Phasierungs- und Vorphasierungsberechnungen erforderlich. Sequenzierungsworkflow Für Konfigurationen mit Illumina BaseSpace oder BaseSpace Onsite: Konfigurieren Sie den Lauf auf der Registerkarte ⁂ aseSpace Prep†(BaseSpace-Vorbereitung). Weitere Informationen hierzu finden Sie in der Hilfe zu BaseSpace (help.basespace.illumina.com). -
Seite 22: Vorbereiten Der Fließzelle
Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie im Sicherheitsdatenblatt (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Vorbereiten der Fließzelle Nehmen Sie ein neues Fließzellenpaket aus dem Lagerort mit einer Temperatur von 2 °C bis 8 °C. -
Seite 23: Laden Der Bibliotheken In Die Reagenzienkartusche
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Laden der Bibliotheken in die Reagenzienkartusche Reinigen Sie die Verschlussfolie, die den mit Load Library Here (Bibliothek hier laden) beschrifteten Behälter 10 abdeckt, mit einem fusselfreien Tuch. Durchstechen Sie die Folie mit einer sauberen 1-ml-Pipettenspitze. Geben Sie 1,3 ml der vorbereiteten 1,8-pM-Bibliotheken in den mit Load Library Here (Bibliothek hier laden) beschrifteten Behälter Nr. 10. - Seite 24 NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Abbildung 11 Entnehmen der Fließzelle aus der Folienverpackung Öffnen Sie die klare, aufklappbare Plastikverpackung und nehmen Sie die Fließzelle heraus. Abbildung 12 Herausnehmen aus der aufklappbaren Verpackung Reinigen Sie die Glasoberfläche der Fließzelle mit einem fusselfreien Alkoholtupfer. Trocknen Sie das Glas mit einem fusselfreien Labortuch.
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Seite 25: Leeren Des Behälters Für Verbrauchte Reagenzien
Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie im Sicherheitsdatenblatt (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Schieben Sie den leeren Behälter für verbrauchte Reagenzien bis zum Anschlag in die Pufferkammer. -
Seite 26: Einsetzen Der Pufferflasche
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Abbildung 15 Einsetzen des Behälters für verbrauchte Reagenzien Einsetzen der Pufferflasche Entfernen Sie die gebrauchte Pufferflasche aus der oberen Kammer. Zum Anheben und Herausziehen der Pufferflasche ist etwas Kraft erforderlich. Schieben Sie eine neue Pufferflasche bis zum Anschlag in die Pufferkammer. Ein hörbares Klicken gibt an, dass die Flasche positioniert ist. -
Seite 27: Herausnehmen Des Gebrauchten Behälters In Position
Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie im Sicherheitsdatenblatt (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. HINWEIS Um die sichere Entsorgung nicht verwendeter Reagenzien zu erleichtern, kann der Behälter in Position 6 entfernt werden. -
Seite 28: Festlegen Von Laufparametern
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Abbildung 18 Entfernbare Position 6 A Gummiabdeckung B Position 6 Drücken Sie auf den durchsichtigen Plastikgriff und schieben Sie ihn nach links, um den Behälter zu entfernen. Entsorgen Sie den Behälter gemäß den geltenden Sicherheitsvorschriften. Festlegen von Laufparametern Die Schritte im Laufkonfigurationsbildschirm unterscheiden sich je nach Systemkonfiguration: BaseSpace oder BaseSpace Onsite: Im Laufkonfigurationsbildschirm werden Läufe aufgeführt, die auf der Registerkarte „BaseSpace Prep“... -
Seite 29: Eingeben Der Laufparameter (Eigenständige Konfiguration)
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Purge consumables for this run (Verbrauchsmaterialien für diesen Lauf entsorgen): Ändern Sie die Einstellung, um nach dem aktuellen Lauf Verbrauchsmaterialien automatisch zu entsorgen. Wählen Sie Next (Weiter). Eingeben der Laufparameter (eigenständige Konfiguration) Geben Sie einen beliebigen Namen ein. [Optional] Geben Sie eine beliebige Bibliotheks-ID ein. -
Seite 30: Starten Des Laufs
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Fortschrittssymbol : Zeigt an, dass die Prüfung läuft. Grünes Häkchen: Zeigt an, dass die Prüfung bestanden wurde. Rotes X: Zeigt an, dass der Test nicht bestanden wurde. Bei allen Elementen, die den Test nicht bestehen, ist eine Aktion erforderlich, bevor Sie fortfahren können. Siehe Beheben von Fehlern der automatischen Prüfung auf Seite Wählen Sie die Schaltfläche Cancel (Abbrechen), um laufende automatische Tests zu beenden. -
Seite 31: Zyklen Für Laufkennzahlen
Laufkopierdienst Die NextSeq 550Dx System Software Suite enthält einen Laufkopierdienst. RTA v2 sendet die Anforderung an den Dienst, Dateien von einer Quelle auf ein Ziel zu kopieren. Der Dienst verarbeitet Anforderungen in der Reihenfolge, in der sie eingehen. Falls eine Ausnahme eintritt, wird je nach Anzahl der Dateien in der Warteschlange die Datei wieder in die Warteschlange eingereiht. -
Seite 32: Automatische Nachwaschung
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Sequenzierungsanalyse-Viewer Die Sequenzierungsanalyse-Viewer-Software zeigt die Sequenzierungskennzahlen, die während des Sequenzierungslaufs generiert werden. Die Kennzahlen werden in Form von Schaubildern, Diagrammen und Tabellen dargestellt und basieren auf den Daten, die von der Echtzeitanalyse generiert und in InterOp- Dateien geschrieben wurden. Die Kennzahlen werden während des Laufs aktualisiert. Wählen Sie zu einem beliebigen Zeitpunkt während des Laufs Refresh (Aktualisieren), um aktualisierte Kennzahlen zu erhalten. - Seite 33 NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Dokument-Nr. 1000000041922 v01 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Seite 34: Kapitel 4 Scannen
Einsetzen des BeadChips in den Adapter Konfigurieren eines Scan-Vorgangs Überwachen des Scan-Fortschritts Einleitung Zur Durchführung eines Scan-Vorgangs auf dem NextSeq 550Dx-Gerät benötigen Sie folgende Laufkomponenten: Einen hybridisierten und mit Stain versetzten BeadChip Den wiederverwendbaren BeadChip-Adapter DMAP-Dateien für den von Ihnen verwendeten BeadChip Eine Manifestdatei für den von Ihnen verwendeten BeadChip-Typ... -
Seite 35: Scan-Workflow
Configuration (Systemkonfiguration) und anschließend BeadChip Scan Configuration (BeadChip-Scan- Konfiguration). Beim Installieren des NextSeq 550Dx-Geräts lädt der Illumina-Mitarbeiter diese Dateien herunter und legt den Pfad in der Steuerungssoftware fest. Außer im Falle von Verlust oder der Verfügbarkeit einer neuen Version besteht keine Notwendigkeit, diese Dateien zu ersetzen. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter... -
Seite 36: Zugriff Auf Den Dmap-Ordner Nach Beadchip
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch BeadChips by barcode (BeadChips nach Barcode) Geben Sie die erforderlichen Informationen ein. Wählen Sie den DMAP-Ordner aus, den Sie herunterladen möchten. Stellen Sie sicher, dass genügend freier Speicherplatz für den Ordner verfügbar ist. Laden Sie den Ordner herunter. Auf der Registerkarte „Download Status and Log“ (Download-Status und Protokoll) können Sie den Download-Status ansehen. -
Seite 37: Konfigurieren Eines Scan-Vorgangs
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Abbildung 21 Einsetzen und Befestigen des BeadChips Lassen Sie die Halteklammer behutsam los, um den BeadChip zu befestigen. Prüfen Sie durch seitliches Betrachten, ob der BeadChip flach auf dem Adapter sitzt. Positionieren Sie ggf. den BeadChip neu. Abbildung 22 Überprüfen der korrekten Position des BeadChips A Richtige Position: Der BeadChip liegt flach auf dem Adapter, wenn die Klammer losgelassen wird. - Seite 38 Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie im Sicherheitsdatenblatt (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Nehmen Sie die Fließzelle aus der Bildgebungskammer. Schließen Sie die Tür der Reagenzien- und der Pufferkammer.
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Seite 39: Starten Des Scan-Vorgangs
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Output Location (Ausgabespeicherort): Der Speicherort der Ausgabedateien wird auf dem Bildschirm „BeadChip Scan Configuration“ (BeadChip-Scan-Konfiguration) angegeben. Wenn Sie nur den Speicherort des aktuellen Scan-Vorgangs ändern möchten, wählen Sie Browse (Durchsuchen) und navigieren Sie zum gewünschten Speicherort. Wählen Sie Next (Weiter). Überprüfen des Selbsttests Die Software führt einen automatisierten Selbsttest des Systems durch. - Seite 40 NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Abbildung 24 BeadChip-Bild: Gesamt- und Detailansicht HINWEIS Das Beenden eines Scan-Vorgangs ist endgültig. Falls Sie den Scan-Vorgang beenden, bevor er abgeschlossen ist, werden die Scan-Daten nicht gespeichert. Datenübertragung Daten werden für die Übertragung an den Scan-Ausgabeordner in die Warteschlange eingereiht, sobald der Scan-Vorgang abgeschlossen ist.
- Seite 41 NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Dokument-Nr. 1000000041922 v01 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Seite 42: Kapitel 5 Wartung
Gerät. Präventive Wartung Illumina empfiehlt, jährlich eine präventive Wartung durchführen zu lassen. Wenn Sie keinen Servicevertrag abgeschlossen haben, wenden Sie sich an den für Ihre Region zuständigen Kundenbetreuer oder an den technischen Support von Illumina, um einen Termin für eine kostenpflichtige präventive Wartung zu vereinbaren. -
Seite 43: Vorbereiten Eines Manuellen Nachwaschlaufs
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Abbildung 25 Reagenzienkartusche für den Waschlauf und Pufferflasche für den Waschlauf Vorbereiten eines manuellen Nachwaschlaufs Entscheiden Sie sich entweder, wie unten beschrieben, für einen manuellen Nachwaschlauf oder bereiten Sie einen Schnellwaschlauf vor (nächster Abschnitt). Wenn Sie einen manuellen Nachwaschlauf durchführen möchten, überspringen Sie den Abschnitt für den Schnellwaschlauf und fahren Sie mit Laden einer gebrauchten Fließzelle und der Waschlaufkartuschen auf Seite 39... -
Seite 44: Vorbereiten Eines Schnellwaschlaufs
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Abbildung 26 Einfüllen von NaOCl Mischen Sie folgende Volumina, um eine 0,05-%-Tween-20-Waschlösung zu erhalten: 100 % Tween 20 (62 µl) Wasser in Laborqualität (125 ml) Geben Sie 125 ml Waschlösung in den mittleren Behälter der Pufferflasche für den Waschlauf. Wählen Sie Perform Wash (Waschlauf durchführen) und anschließend Manual Post-Run Wash (Manueller Nachwaschlauf). -
Seite 45: Austausch Des Luftfilters
System eindringt. Lassen Sie die Kartuschen bis zur nächsten Ausführung stehen. Austausch des Luftfilters Der Luftfilter stellt den Luftstrom durch das Gerät sicher. Im Diagnosemodus zweigt die NextSeq 550Dx- Betriebssoftware eine Meldung an, dass der Luftfilter alle 90 Tage gewechselt werden muss. Wenn Sie diese Benachrichtigung erhalten, wählen Sie Remind in 1 day (Erinnerung in 1 Tag) oder führen Sie die... -
Seite 46: Software-Updates
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch HINWEIS Der Luftfilter funktioniert nicht ordnungsgemäß, wenn er falsch herum eingesetzt wird. Stellen Sie sicher, dass der Luftfilter mit dem grünen „Up“-Pfeil in den Einsatz eingelegt wird und dass der Warnhinweis nicht sichtbar ist. Der Pfeil sollte in Richtung des Griffs des Filtereinsatzes zeigen. Schieben Sie den Filtereinsatz in das Gerät. -
Seite 47: Automatisches Software-Update
Wenn das Update ein Firmware-Update enthält, ist nach Abschluss des Firmware-Updates ein automatischer Neustart des Systems erforderlich. Manuelles Software-Update Laden Sie das Installationsprogramm für die System Suite von der Illumina-Website herunter und speichern Sie es an einem Netzwerkspeicherort. Alternativ können Sie die Softwareinstallationsdatei auf einem USB-Laufwerk speichern. -
Seite 48: Optionen Für Das Ausschalten Und Neustarten Des Geräts
Bewegen Sie das Gerät nicht an einen anderen Standort. Ein unsachgemäßes Bewegen des Geräts kann zur Beeinträchtigung der Ausrichtung der optischen Elemente und der Datenintegrität führen. Falls Sie den Standort des Geräts ändern müssen, wenden Sie sich an Ihren Illumina-Vertreter. Exit to Windows (Beim Beenden Windows aufrufen) Der Befehl „Exit to Windows“... - Seite 49 NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Dokument-Nr. 1000000041922 v01 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Seite 50: Anhang A Fehlerbehebung
Illumina freizugeben, um die Fehlerbehebung zu erleichtern. Dateien für die Fehlerbehebung Ein Mitarbeiter des technischen Supports von Illumina kann Kopien von lauf- oder scanspezifischen Dateien anfordern, um Fehler zu beheben. In der Regel werden die folgenden Dateien für die Fehlersuche verwendet. -
Seite 51: Dateien Für Die Fehlerbehebung Bei Array-Scan-Vorgängen
Fehlerprotokoll. Diese Datei wird im Ordner RTALogs gespeichert. Wenn der Lauf erfolgreich durchgeführt wurde, ist die Datei nicht vorhanden. Fügen Sie das Fehlerprotokoll bei, wenn Sie sich wegen Problemen an den technischen Support von Illumina wenden. Dateien für die Fehlerbehebung bei Array-Scan-Vorgängen Schlüsseldatei... - Seite 52 Network Disk Space Das BaseSpace-Konto oder der Netzwerkserver ist voll. (Netzwerkspeicherplatz) Temperatur Empfohlene Aktion Temperature Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. (Temperatur) Temperature sensors Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. (Temperatursensoren) Fans (Lüfter) Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina.
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Seite 53: Tests Für Array-Scans
Network Disk Space Das BaseSpace-Konto oder der Netzwerkserver ist voll. (Netzwerkspeicherplatz) Bildgebungssystem Empfohlene Aktion Imaging limits Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. (Bildgebungsbeschränkungen) Z Steps-and-Settle (Z-Tisch – Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. Schritt und Positionseinnahme) Bit Error Rate (Bit-Fehlerrate) Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. -
Seite 54: Workflow Für Die Rehybridisierung
Die Fließzelle kann nicht für eine spätere Rehybridisierung gespeichert werden, wenn bereits die Paired- End-Resynthese gestartet wurde. Erforderliche Verbrauchsmaterialien Zur Durchführung eines Rehybridisierungslaufs sind eine neue NextSeq 550Dx-Reagenzienkartusche und -Pufferflasche erforderlich, unabhängig davon, zu welchem Zeitpunkt der Lauf gestoppt wurde. Dokument-Nr. 1000000041922 v01 DEU... -
Seite 55: Konfigurieren Eines Neuen Laufs Auf Der Registerkarte "Basespace Prep" (Basespace-Vorbereitung)
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Beenden des aktuellen Laufs Wählen Sie End Run (Lauf beenden). Wenn Sie zum Bestätigen des Befehls aufgefordert werden, wählen Sie Yes (Ja). Wenn Sie zum Speichern der Fließzelle aufgefordert werden, wählen Sie Yes (Ja). Achten Sie auf das Ablaufdatum für die Rehybridisierung. -
Seite 56: Beadchip- Und Scan-Fehler
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Wählen Sie im Laufkonfigurationsbildschirm eine der folgenden Konfigurationsoptionen aus: BaseSpace oder BaseSpace Onsite: Wählen Sie den Lauf aus und bestätigen Sie die Laufparameter. Eigenständig: Geben Sie den Namen des Laufs ein und legen Sie dieselben Parameter wie für den ursprünglichen Lauf fest. -
Seite 57: Erneut Scannen Oder Einen Neuen Scan-Vorgang Starten
Ihren bevorzugten Netzwerkspeicherort. HINWEIS Stellen Sie sicher, dass Sie Manifest- und Clusterdateien auswählen, die mit dem NextSeq 550Dx- Gerätesystem kompatibel sind. Bei kompatiblen Dateien steht NS550 im Dateinamen. Falls sich der Speicherort geändert hat, ändern Sie ihn im Bildschirm „BeadChip Scan Configuration“... -
Seite 58: Raid-Fehlermeldung
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch RAID-Fehlermeldung Der NextSeq 550Dx-Computer hat vier Festplatten, zwei für den Diagnosemodus und zwei für den Forschungsmodus. Falls auf einer Festplatte Probleme auftreten und ein Ausfall droht, wird eine RAID- Fehlermeldung auf dem Gerät angezeigt, die empfiehlt, dass Sie den technischen Support von Illumina kontaktieren. -
Seite 59: Einrichten Der Analysekonfiguration
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Alternativ können Sie die Option Use the following DNS server addresses (Folgende DNS-Server- Adressen verwenden) wählen, um das Gerät manuell mit dem DNS-Server zu verbinden. Führen Sie hierzu die folgenden Schritte aus. Geben Sie die bevorzugte DNS-Adresse ein. Die DNS-Adresse ist der Name des Servers, der zum Übersetzen von Domänennamen in IP-Adressen verwendet wird. - Seite 60 Software von dem in diesem Handbuch abweichen. Nach Aktivierung dieser Einstellung werden Performance-Daten des Geräts an Illumina gesendet. Diese Daten erleichtern Illumina die Fehlerbehebung und das Erkennen möglicher Ausfälle. Sie dienen der proaktiven Wartung und der Maximierung der Geräteverfügbarkeit. Weitere Informationen zu den Vorteilen dieses Dienstes finden Sie im technischen Hinweis zu Illumina Proactive (Dokument- Nr. 1000000052503).
- Seite 61 NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Wählen Sie Save (Speichern). Geben Sie im Bildschirm „Scan Map“ (Scan-Übersicht) für jeden BeadChip-Typ den vollständigen Dateipfad zur entsprechenden Manifest- und Clusterdatei an. Wählen Sie Browse (Durchsuchen) für jeden Dateityp und navigieren Sie zu dem Ordner, der diese Dateien enthält. [Optional] Wählen Sie Hide Obsolete BeadChips (Nicht benötigte BeadChips ausblenden), um die nicht benötigten BeadChips aus der Ansicht zu entfernen.
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Seite 62: Anhang B Echtzeitanalyse
Echtzeitanalyse-Workflow Überblick über die Echtzeitanalyse Das NextSeq 550Dx-Gerät nutzt RTA2, eine Implementierung der Echtzeitanalyse-Software (Real-Time Analysis, RTA). RTA2 wird auf dem Gerätecomputer ausgeführt und extrahiert Intensitäten aus Bildern, führt das Base-Calling durch und weist dem Base-Call einen Qualitäts-Score zu. RTA2 und die Steuerungssoftware kommunizieren über ein HTTP-Webinterface und gemeinsame Speicherbereiche. -
Seite 63: Fehlerbehandlung
Dateien sind binäre Ausgabedateien mit Kennzahlen zu Platten, Zyklen und zur Read-Ebene. Sie werden benötigt, um Echtzeitkennzahlen im Sequenzierungsanalyse-Viewer (SAV) ansehen zu können. Die neueste Version von SAV finden Sie auf der SAV-Downloadseite der Illumina-Website. Fehlerbehandlung RTA2 erstellt Protokolldateien und speichert sie im Ordner „RTALogs“. Fehler werden im *.tsv-Format in einer Fehlerdatei aufgezeichnet. -
Seite 64: Korrektur Der Phasierung
Beim Base-Calling wird eine Base (A, C, G oder T) für jeden Cluster einer bestimmten Platte eines bestimmten Zyklus festgelegt. Das NextSeq 550Dx-Gerät verwendet die Zweikanal-Sequenzierung, bei der nur zwei Bilder benötigt werden, um die Daten für vier DNA-Basen zu codieren: ein Bild aus dem roten Kanal und ein Bild aus dem grünen Kanal. -
Seite 65: Cluster Nach Filterung
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Abbildung 30 Darstellung der Clusterintensitäten Tabelle 1 Base-Calls bei einer Zweikanal-Sequenzierung Roter Kanal Grüner Kanal Ergebnis Base 1 (ein) 1 (ein) Cluster, die Intensitäten sowohl im roten als auch im grünen Kanal aufweisen. 1 (ein) 0 (aus) Cluster, die Intensitäten nur im roten Kanal aufweisen. -
Seite 66: Qualitätsbewertung
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Qualitätsbewertung Ein Qualitäts-Score oder Q-Score ist eine Prognose über die Wahrscheinlichkeit eines fehlerhaften Base- Calls. Je höher der Q-Score ist, desto höher ist die Qualität des Base-Calls und die Wahrscheinlichkeit, dass dieser korrekt ist. Der Q-Score ist eine kompakte Möglichkeit, kleine Fehlerwahrscheinlichkeiten zu kommunizieren. Qualitäts- Scores werden als Q(X) dargestellt, wobei X der Score-Wert ist. - Seite 67 NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Dokument-Nr. 1000000041922 v01 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Seite 68: Anhang C Ausgabedateien Und -Ordner
Anhang C Ausgabedateien und -ordner Sequenzierungsausgabedateien Ordnerstruktur der Sequenzierungsausgabedaten Scan-Ausgabedateien Ordnerstruktur der ausgegebenen Scan-Daten Sequenzierungsausgabedateien Dateityp Dateibeschreibung, Speicherort und Name Base-Call-Dateien Jede analysierte Platte wird in eine für jede Lane und für jeden Zyklus zusammengefasste Base-Call-Datei aufgenommen. Die zusammengefasste Datei enthält den Base-Call und den codierten Qualitäts-Score für jeden Cluster dieser Lane. -
Seite 69: Lane-Nummerierung
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Tabelle 2 Fließzellenplatten Fließzellenkomponente Hochleistung Beschreibung Lanes Eine Lane ist ein physischer Kanal mit dedizierten Einlass- und Auslassöffnungen. Oberflächen Es werden zwei Oberflächen der Fließzelle aufgenommen: die obere und die untere Oberfläche. Zuerst wird die obere Oberfläche einer Platte und anschließend die untere Oberfläche derselben Platte aufgenommen, bevor mit der nächsten Platte fortgefahren wird. -
Seite 70: Kameranummerierung
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Kameranummerierung Das NextSeq 550Dx-System verwendet sechs Kameras, um die Fließzelle abzubilden. Die Kameras haben die Nummern 1–6. Die Kameras 1–3 nehmen Lane 1 auf. Die Kameras 4–6 nehmen Lane 3 auf. Sobald die Lanes 1 und 3 aufgenommen wurden, bewegt sich das Bildmodul entlang der X- Achse, um die Lanes 2 und 4 aufzunehmen. -
Seite 71: Ordnerstruktur Der Sequenzierungsausgabedaten
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Ordnerstruktur der Sequenzierungsausgabedaten Die Steuerungssoftware generiert den Namen des Ausgabeordners automatisch. Data Intensities BaseCalls L001: Base-Call-Dateien für Lane 1, zusammengefasst in einer Datei pro Zyklus. L002: Base-Call-Dateien für Lane 2, zusammengefasst in einer Datei pro Zyklus. L003: Base-Call-Dateien für Lane 3, zusammengefasst in einer Datei pro Zyklus. L004: Base-Call-Dateien für Lane 4, zusammengefasst in einer Datei pro Zyklus. -
Seite 72: Scan-Ausgabedateien
NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Scan-Ausgabedateien Dateityp Dateibeschreibung, Speicherort und Name GTC-Dateien Genotypaufrufdatei. Eine GTC-Datei wird für jede auf dem BeadChip gescannte Probe generiert. Der Dateiname besteht aus dem Barcode und dem Namen der gescannten Probe. [Barcode]_[Probe].gtc Bilddateien Die Namen der Bilddateien entsprechen dem gescannten Bereich auf dem BeadChip. Der Name besteht aus dem Barcode, dem Namen der Probe und dem Abschnitt auf dem BeadChip sowie dem Bildstreifen und dem Bildgebungskanal (rot oder grün). - Seite 73 NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Dokument-Nr. 1000000041922 v01 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Seite 74: Index
Index Adapter Datenübertragung BeadChip-Ausrichtung 31 Aktivitätssymbole 26 BeadChip laden 33 allgemeiner Kopierdienst 26 Überblick 5 Laufkopierdienst 26 Analyse Scannen von Daten 35 Ausgabedateien 63 Decode File Client 29 Analyse, primär Zugriff nach BeadChip 31 Signalreinheit 60 Zugriff nach Konto 30 Audio 13 DMAP-Ordner Ausgabedateien 63... - Seite 75 NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Filterdateien 63 Fließzelle Ausrichtungsstifte 18 Kameranummerierung 65 Bildgebung 65 Kennzahlen Bildstreifennummer 64 Base-Calling 59 Lane-Nummerierung 64 Clusterdichtezyklen 26 Lane-Paare 7 Intensitätszyklen 26 Paketierung 17 Kompatibilität Platten 63 Fließzelle, Reagenzienkartusche 6 Plattennummerierung 65 RFID-Tracking 6, 8 Rehybridisierung 49 Komponenten Reinigen 17 Bildgebungskammer 3...
- Seite 76 Q-Scores 61 Tastatur 13 Technische Unterstützung 73 RAID-Fehlermeldung 53 Read-Länge 15-16 Reagenzien Im Kit 6 Überwachungsservice Illumina Proactive 54 Ordnungsgemäße Entsorgung 21 Update der Software 41 Reagenzienkammer 3 Reagenzienkartusche Behälter in Position 28 38 Überblick 8 Rehybridisierung, Read 1 49...
- Seite 77 NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Wartung, präventive 37 Waschlauf Automatisch 27 Manueller Waschlauf 37 Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien 37 Waschlaufkomponenten 37 Windows Beenden 43 Workflow BaseSpace-Anmeldung 18 BaseSpace-Modus 23 BeadChip 33 Eigenständiger Modus 24 Erweiterte Ladeoption 13 Fließzelle 18 Fließzelle vorbereiten 17 Indizierungshinweise 60 Laufdauer 15-16 Laufkennzahlen 25...
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Seite 78: Technische Unterstützung
Die Produktdokumentation steht auf der Illumina-Website im PDF-Format zum Herunterladen zur Verfügung. Gehen Sie zu support.illumina.com, wählen Sie ein Produkt und wählen Sie anschließend Documentation & Literature (Dokumentation und Literatur). Dokument-Nr. 1000000041922 v01 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. - Seite 79 NextSeq 550Dx-Gerät (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Dokument-Nr. 1000000041922 v01 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
- Seite 80 Dokument-Nr. 1000000041922 v01 DEU Illumina 5200 Illumina Way San Diego, Kalifornien 92122, USA +1.800.809.ILMN (4566) +1.858.202.4566 (außerhalb von Nordamerika) techsupport@illumina.com www.illumina.com Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. © 2018 Illumina, Inc. Alle Rechte vorbehalten.