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MiSeq
-Systemhandbuch
®
Nur für Forschungszwecke.
Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
ILLUMINA – EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT
Katalognr. SY-411-9001DOC
Material-Nr. 20000262
Dokument-Nr. 15027617 v01 DEU
September 2015
Anpassen einer kurzen Ende-zu-Ende-Workflow-Anleitung mit dem Custom Protocol Selector
support.illumina.com/custom-protocol-selector.html
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Kapitel
Inhaltsverzeichnis
Fehlerbehebung
Verwandte Anleitungen für illumina MiSeq
Inhaltszusammenfassung für illumina MiSeq
- Seite 1 MiSeq -Systemhandbuch ® Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. ILLUMINA – EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT Katalognr. SY-411-9001DOC Material-Nr. 20000262 Dokument-Nr. 15027617 v01 DEU September 2015 Anpassen einer kurzen Ende-zu-Ende-Workflow-Anleitung mit dem Custom Protocol Selector support.illumina.com/custom-protocol-selector.html...
- Seite 2 Produkts (der hier beschriebenen Produkte) und für keinen anderen Bestimmungszweck ausgelegt. Dieses Dokument und dessen Inhalt dürfen ohne schriftliches Einverständnis von Illumina nicht verwendet und zu keinem anderen Zweck verteilt bzw. anderweitig übermittelt, offengelegt oder auf irgendeine Weise reproduziert werden. Illumina überträgt mit diesem Dokument keine Lizenzen unter seinem Patent, Markenzeichen, Urheberrecht oder bürgerlichen Recht bzw.
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Seite 3: Versionshistorie
Versionshistorie Datum Dokument-Nr. Beschreibung der Änderung Material-Nr. 20000262 Der Name des Handbuchs wurde von „MiSeq-System September Benutzerhandbuch“ in „MiSeq-Systemhandbuch“ geändert. 2015 Dokument-Nr. 15027617_DEU v01 Neu in MCS v2.6: Informationen über BaseSpace Onsite wurden aufgenommen. Die Informationen des Handbuchs wurden neu angeordnet, damit Aufgaben anstatt Bildschirme im Mittelpunkt stehen. - Seite 4 Informationen zum VeriSeq PGS-Workflow wurden hinzugefügt. Informationen zu den Laufkennzahlen für Clusterbildung und Dichte wurden aktualisiert. Informationen zur Virenschutz-Software wurden gelöscht. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter MiSeq-System Handbuch zur Standortvorbereitung. Teile-Nr. 15027617_DEU Änderung aktualisiert, die in MCS v2.4 eingeführt wurde: Januar 2014 Rev.
- Seite 5 Anweisungen zum Denaturieren und Verdünnen von DNA- Bibliotheken und Vorbereiten einer Illumina PhiX-Kontrolle entfernt. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter DNA- Bibliotheken für die Sequenzierung auf dem MiSeq vorbereiten, Teile- Nr. 15039740. Gerätewaschlauf-Anweisungen dahingehend aktualisiert, dass 25 ml 10 % Tween 20 zu 475 ml Wasser in Laborqualität anstelle von 500 ml Wasser in Laborqualität hinzugefügt werden.
- Seite 6 Vermerkt, dass das Verfahren zum Denaturieren und Verdünnen von Bibliotheken, Vorbereiten der Bibliotheken, nicht für Nextera XT-Bibliotheken und TruSeq Amplikon- Bibliotheken gilt • Name des Upgrades von MiSeq-Erweiterungs-Pack in MiSeq- Hardware-Upgrade geändert • MiSeq Reporter Benutzerhandbuch zur Liste „Weitere Ressourcen“ hinzugefügt Material-Nr.
- Seite 7 Konfigurationsschritten für einen nachfolgenden Lauf zu beginnen • Der Abschnitt „Probenblattparameter“ und der Schritt für die Probenblatt-Einrichtung im Workflow wurden entfernt. Illumina empfiehlt, das Probenblatt vor der Probenvorbereitung zu erstellen (siehe MiSeq-Probenblatt Kurzanleitung, Teile-Nr. 15028392 und das Illumina Experiment Manager Benutzerhandbuch, Teile-Nr. 15031335). MiSeq-Systemhandbuch...
- Seite 8 Analysedauer – Hinzugefügt, wann die Analysedauer mehr als zwei Stunden beträgt • Eingabeanforderungen der Analyse – Manifestdateien für TruSeq Custom Amplicon-Bibliotheken als erforderlich aufgelistet • Größe des HT1-Röhrchens unter „Inhalt des MiSeq- Reagenzien-Kits“ korrigiert • iCom-Referenzen in MyIllumina geändert Teile-Nr. 15027617 Nur in Englisch verfügbar. September Rev.
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Seite 9: Inhaltsverzeichnis
Weitere Ressourcen Komponenten MiSeq-Konzepte MiSeq-Software Sekundäranalyseoptionen Sequenzierungsanalyse-Viewer Erforderlicher Speicherplatz Überblick über das MiSeq-Reagenzien-Kit Kapitel 2 Erste Schritte Starten des MiSeq-Geräts Anpassen der Systemeinstellungen Konfigurieren von Benachrichtigungen zu BaseSpace-Updates Festlegen von E-Mail-Voreinstellungen Festlegen der Standardspeicherorte der Ordner Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien... - Seite 10 Live Help (Live-Hilfe) Anhalten oder Abbrechen eines Laufs Manuelles Anheben der Sipper einer Reagenzienkartusche Beheben von Laufkonfigurationsfehlern Beheben von RFID-Lesefehlern Fehlerbehebung bei Fließratenfehlern Durchführen eines Volumentests Messen erwarteter Volumina während des Waschlaufs Konfigurieren der Systemeinstellungen Anhang B Ausgabedateien und -ordner Laufordner Inhalt des MiSeqOutput-Ordners RTA-Ordner und -Dateien...
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Seite 11: Kapitel 1 Überblick
Kapitel 1 Überblick Überblick Einleitung Weitere Ressourcen Komponenten MiSeq-Konzepte MiSeq-Software Sekundäranalyseoptionen Sequenzierungsanalyse-Viewer Erforderlicher Speicherplatz Überblick über das MiSeq-Reagenzien-Kit MiSeq-Systemhandbuch... -
Seite 12: Einleitung
® -System kombiniert die bewährte SBS-Technologie („Sequencing by synthesis“, Sequenzierung durch Synthese) und einen revolutionären Workflow, mit dem die analysierten DNA-Daten in nur acht Stunden vorliegen. Das MiSeq-System vereint Clusterbildung, Sequenzierung und Datenanalyse in einem einzigen Gerät. Merkmale Volle Automatisierung: Nach dem Konfigurieren des Laufs und dem Laden der vorgefüllten Reagenzienkartusche, der Pufferflasche und der Fließzelle sind keine... -
Seite 13: Weitere Ressourcen
Weitere Ressourcen Die folgenden Dokumente stehen auf der Illumina-Website zum Herunterladen zur Verfügung. Ressource Beschreibung MiSeq-System Handbuch zur Enthält Spezifikationen für den Laborplatz, die elektrischen Standortvorbereitung Anforderungen und die Umgebungsbedingungen. MiSeq-System Sicherheits- und Bietet Informationen zu Gerätekennzeichnungen und Compliance-Handbuch Compliance-Zertifizierungen sowie sicherheitsbezogene Informationen. -
Seite 14: Komponenten
Reagenzienkammer: Enthält Reagenzien bei geeigneten Temperaturen, Waschlösungen und die Abfallflasche. Ein Magnetverschluss sichert die Tür der Reagenzienkammer. Die MiSeq-Benutzeroberfläche führt Sie über den Touchscreen-Monitor durch die Schritte der Laufkonfiguration. Zum Laden der Laufkomponenten müssen Sie auf die Reagenzienkammer und die Fließzellenkammer zugreifen können. -
Seite 15: Fließzellenkammer
Sipper-Griff (in angehobener Position dargestellt) PR2-Flasche Abfallflasche Reagenzienkartusche In der Reagenzienkammer befinden sich der Reagenzienkühler sowie Positionen für die Waschpuffer-Flasche (PR2) und die Abfallflasche. Um eine gleich bleibende Temperatur aufrechtzuerhalten, öffnen und schließen Sie den Reagenzienkühler nur dann, wenn Sie dazu aufgefordert werden. MiSeq-Systemhandbuch... - Seite 16 Während des Laufs enthält der Reagenzienkühler eine Einweg-Reagenzienkartusche. Während des Gerätewaschlaufs enthält der Reagenzienkühler die Waschablage. Die Software senkt je nachdem, welcher Prozess gerade ausgeführt wird, zum passenden Zeitpunkt während eines Laufs automatisch Sipper in die einzelnen Behälter der Reagenzienkartusche ab. Rechts neben dem Reagenzienkühler befinden sich formschlüssige Aussparungen für die PR2-Flasche und die Abfallflasche.
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Seite 17: Miseq-Konzepte
Informationen enthält, darunter eine Liste von Proben und deren Indexsequenzen. Das Probenblatt muss während der Laufkonfigurationsschritte auf dem MiSeq bereitgestellt werden. Nach dem Start des Laufs wird das Probenblatt in SampleSheet.csv umbenannt und in die Laufordner kopiert: MiSeqTemp, MiSeqOutput und MiSeqAnalysis. -
Seite 18: Miseq-Software
MiSeq-Software Auf dem Gerätecomputer sind die folgenden Software-Anwendungen vorinstalliert MiSeq Control Software (MCS): Steuert den Betrieb des Geräts. Führen Sie die auf der Benutzeroberfläche der MiSeq Control Software (MCS) beschriebenen Schritte zum Laden von Fließzelle und Reagenzien durch, bevor Sie den Lauf starten. Während der Durchführung des Laufs wird ein Überblick über Qualitätsstatistikwerte angezeigt. -
Seite 19: Statussymbole
Aktivitätsanzeige, an der Sie erkennen können, welche Aktivität das Gerät gerade ausführt. Abbildung 1 Aktivitätsanzeigen Die Aktivitätsanzeigen stehen von links nach rechts für die folgenden Aktivitäten: Bewegen des y-Tisches Bewegen des z-Tisches Aktivieren der Elektronik-Funktionalität Verwenden der Kamera Pumpen durch das Fluidiksystem MiSeq-Systemhandbuch... - Seite 20 Sensoranzeigen Sensoranzeigen am unteren Rand jedes Schnittstellenbildschirms stellen den Zustand der Gerätekomponenten dar. Abbildung 2 Sensoranzeigen Die Sensoranzeigen stehen von links nach rechts für die folgenden Komponenten: Tür der Fließzellenkammer, in geschlossener oder geöffneter Position Temperatur des Reagenzienkühlers in °C Temperatur der Fließzelle in °C BaseSpace ®...
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Seite 21: Sekundäranalyseoptionen
Informationen hierzu finden Sie unter Anpassen der Systemeinstellungen auf Seite Wenn Sie den Sequenzierungslauf starten, ändert sich das Symbol, um anzugeben, dass das MiSeq mit BaseSpace bzw. BaseSpace Onsite verbunden ist und Datendateien an den angegebenen Speicherort übertragen werden. Abbildung 3 Symbol „Verbunden mit BaseSpace“... -
Seite 22: Überblick Über Miseq Reporter
Sekundäranalyse eines vorherigen Laufs abgeschlossen ist, wird die MiSeq Reporter-Analyse automatisch gestoppt. Wählen Sie zum erneuten Starten der von MiSeq Reporter durchgeführten Analyse die Funktion „Requeue“ (Wieder in die Warteschlange stellen) auf der Benutzeroberfläche von MiSeq Reporter, sobald der neue Sequenzierungslauf abgeschlossen ist. Zu diesem Zeitpunkt beginnt die Sekundäranalyse wieder von vorne. -
Seite 23: Sequenzierungsanalyse-Viewer
Der SAV ist für Illumina-Sequenziersysteme, von denen die meisten eine Fließzelle mit acht Lanes verwenden, gleich. Einige Ansichten enthalten Dropdown-Listen mit den Lanes 1 bis 8. Da die MiSeq-Fließzelle eine einzelne Lane hat, wählen Sie All (Alle) oder Lane 1. -
Seite 24: Erforderlicher Speicherplatz
Erforderlicher Speicherplatz Der integrierte Gerätecomputer besitzt eine Speicherkapazität von ca. 550 GB Speicherplatz. Bevor ein Lauf gestartet wird, überprüft die Software den verfügbaren Speicherplatz. Falls nicht genügend Speicherplatz für den Lauf vorhanden ist, wird eine Software-Meldung angezeigt. Die Meldung gibt an, wie viel Speicherplatz für den Lauf benötigt wird und wie viel Speicherplatz freigegeben werden muss, damit der Lauf fortgesetzt werden kann. -
Seite 25: Überblick Über Das Miseq-Reagenzien-Kit
Fließzelle Auslassöffnung Bildgebungsbereich Einlassöffnung Die MiSeq-Fließzelle ist ein Glasträger für den Einmalgebrauch, auf dem die Clusterbildung und die Sequenzierreaktion stattfinden. Reagenzien werden der Fließzelle durch die Einlassöffnung zugeführt, passieren den Bildgebungsbereich der einzelnen Lane und verlassen die Fließzelle durch die Auslassöffnung. -
Seite 26: Farbe Des Fließzellenverschlusses
Nano-Fließzelle Gelb Überblick über die Reagenzienkartusche Die MiSeq-Reagenzienkartusche ist für den einmaligen Gebrauch vorgesehen und besteht aus folienversiegelten Behältern, die mit einer für die Sequenzierung einer Fließzelle ausreichenden Menge an Clusterbildungs- und Sequenzierungsreagenzien vorbefüllt sind. Jeder Behälter der Kartusche ist nummeriert. Probenbibliotheken werden in Position 17, die mit Load Samples (Proben laden) beschriftet ist, in die Kartusche geladen. - Seite 27 [Optional] Reserviert Für den anwendungsspezifischen Index-Read- Primer reserviert [Optional] Reserviert Für den anwendungsspezifischen Read 2-Primer reserviert [Optional] HINWEIS Weitere Informationen zur Verwendung von anwendungsspezifischen Primern auf der MiSeq-Reagenzienkartusche finden Sie in Anwendungsspezifische Primer im MiSeq verwenden (Dokument-Nr. 15041638). MiSeq-Systemhandbuch...
- Seite 28 Material-Nr. 20000262 Dokument-Nr. 15027617 v01 DEU...
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Seite 29: Kapitel 2 Erste Schritte
Kapitel 2 Erste Schritte Erste Schritte Starten des MiSeq-Geräts Anpassen der Systemeinstellungen Konfigurieren von Benachrichtigungen zu BaseSpace-Updates Festlegen von E-Mail-Voreinstellungen Festlegen der Standardspeicherorte der Ordner Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien MiSeq-Systemhandbuch... -
Seite 30: Starten Des Miseq-Geräts
64. Warten Sie mindestens 60 Sekunden, bevor Sie den Netzschalter wieder in die EIN-Position stellen. Wenn das MiSeq noch nicht eingeschaltet ist, fassen Sie um die rechte Seite des Geräts herum, um den Netzschalter an der Geräterückseite zu erreichen. Er befindet sich in der unteren Ecke direkt über dem Netzkabel. -
Seite 31: Anpassen Der Systemeinstellungen
Aktivieren Sie das Kontrollkästchen When using BaseSpace or BaseSpace Onsite, replicate analysis locally on MiSeq (Bei der Verwendung von BaseSpace oder BaseSpace Onsite Analyse lokal auf MiSeq replizieren) bzw. heben Sie die Aktivierung auf. Die Einstellung „Replicate Analysis Locally“ (Analyse lokal replizieren) gibt die Analyse-Verarbeitungsspeicherorte bei Verwendung von BaseSpace bzw. -
Seite 32: Konfigurieren Von Benachrichtigungen Zu Basespace-Updates
Wählen Sie Automatically check for new software updates on BaseSpace (Automatisch nach neuen Software-Updates auf BaseSpace suchen). Festlegen von E-Mail-Voreinstellungen MiSeq kann so konfiguriert werden, dass eine E-Mail-Benachrichtigung versendet wird, wenn die Echtzeitanalyse oder die integrierte Sekundäranalyse abgeschlossen ist oder ein schwerwiegender MiSeq-Softwarefehler auftritt. -
Seite 33: Festlegen Der Standardspeicherorte Der Ordner
MiSeqOutput: Legt das Standardverzeichnis für die Analyseausgabedateien fest. Ändern Sie den Standardausgabeordner auf einen Speicherort im Netzwerk, um Dateien langfristig zu speichern und für die gemeinsame Nutzung freizugeben und gegebenenfalls die Verwendung von MiSeq Reporter im Offline-Modus zu ermöglichen. Weitere Informationen finden Sie unter Laufordner auf Seite... -
Seite 34: Vom Benutzer Bereitzustellende Verbrauchsmaterialien
VWR, Katalog- Reinigen der Fließzelle Nr. 52846-001* Mikrozentrifugenröhrchen Allgemeiner Denaturieren und Verdünnen der Laborlieferant Probenbibliotheken und der PhiX- Kontroll-DNA MiSeq-Röhrchen Illumina, Waschen der Matrizenleitung zur Teile-Nr. Verwendung mit dem VeriSeq PGS- MS-102-9999 Workflow (optional für andere Workflows) NaOCl, 5 %... -
Seite 35: Kapitel 3 Sequenzierung
Kapitel 3 Sequenzierung Sequenzierung Einleitung Dauer des Laufs MiSeq-Workflow Auftauen der Reagenzienkartusche Überprüfen der Reagenzienkartusche Denaturieren und Verdünnen von Bibliotheken Laden von Probenbibliotheken Konfigurieren eines Laufs mit MCS Reinigen der Fließzelle Laden der Fließzelle Laden von Reagenzien Starten des Laufs Überwachen des Laufs... -
Seite 36: Einleitung
Einleitung Um auf dem MiSeq-System einen Lauf durchzuführen, befolgen Sie die in diesem Kapitel beschriebenen Konfigurationsschritte. Nach dem Beginn des Laufs sind keine weiteren Aktionen seitens des Benutzers erforderlich. Der Sequenzierungslauf kann im Sequenzierungsbildschirm oder remote mithilfe des Sequenzierungsanalyse-Viewers (SAV) überwacht werden, einer optionalen Software- Anwendung, die Sie von der Illumina-Website herunterladen können. -
Seite 37: Dauer Des Laufs
Die Dauer des Laufs hängt von der Anzahl der Zyklen ab, die Sie durchführen. In MCS v2.3 können Sie für einen Paired-End-Lauf bis zu 2 x 301 Sequenzierungszyklen einschließlich Index-Reads durchführen. Die Laufdauer hängt außerdem davon ab, welche MiSeq-Reagenzien-Version Sie verwenden und ob Upgrades zur Leistungsverbesserung auf Ihrem Gerätecomputer durchgeführt wurden. -
Seite 38: Miseq-Workflow
Verwendung vor. Denaturieren und Verdünnen von Bibliotheken (gilt nicht für alle Bibliothekstypen). Weitere Informationen hierzu finden Sie in Bibliotheken für die Sequenzierung auf dem MiSeq vorbereiten (Dokument- Nr. 15039740). Laden Sie Ihren Bibliothekenmix im dafür vorgesehenen Behälter in die Reagenzienkartusche. - Seite 39 Analyse Wenn der Lauf abgeschlossen ist, wird automatisch die MiSeq Reporter Analysesoftware gestartet, die die Sekundäranalyse, d. h. Alignment und Varianten-Calling, durchführt. Sie können die Sekundäranalyse über eine Internetverbindung von einem anderen Computer aus überwachen. Weitere Informationen finden Sie unter Überblick über MiSeq Reporter...
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Seite 40: Auftauen Der Reagenzienkartusche
Maximale Wasserlinie Lassen Sie die Reagenzienkartusche im raumtemperierten Wasserbad vollständig auftauen. MiSeq v3-Kartuschen: ~ 60 bis 90 Minuten. MiSeq v2-Kartuschen: ~ 60 Minuten. Nehmen Sie die Kartusche aus dem Wasserbad und klopfen Sie sie vorsichtig auf dem Tisch ab, um das Wasser von der Basis der Kartusche zu entfernen. Trocknen Sie die Basis der Kartusche ab. -
Seite 41: Überprüfen Der Reagenzienkartusche
Klopfen Sie die Kartusche vorsichtig auf den Tisch, um Luftblasen in den Reagenzien zu entfernen. HINWEIS Die MiSeq-Sipper-Röhrchen reichen bis zum Boden der einzelnen Behälter, um die Reagenzien zu aspirieren. Deshalb ist es wichtig, dass sich keine Luftblasen in den Behältern befinden. -
Seite 42: Denaturieren Und Verdünnen Von Bibliotheken
Wenn dies für Ihren Bibliothekstyp erforderlich ist, denaturieren und verdünnen Sie Bibliotheken und geben Sie optional PhiX-Kontrolle hinzu. Weitere Informationen hierzu finden Sie in Bibliotheken für die Sequenzierung auf dem MiSeq vorbereiten (Dokument-Nr. 15039740). Wenn Sie den VeriSeq PGS-Workflow verwenden, finden Sie weitere Informationen im VeriSeq PGS Bibliotheksvorbereitungshandbuch (Dokument-Nr. -
Seite 43: Laden Von Probenbibliotheken
Geben Sie mit der Pipette 600 µl der vorbereiteten Bibliotheken in den Behälter Load Samples (Proben laden). Berühren Sie die Verschlussfolie nicht. Abbildung 8 Laden der Bibliotheken Fahren Sie mit den Schritten zum Konfigurieren des Laufs unter Verwendung der MiSeq Control Software (MCS)-Benutzeroberfläche fort. MiSeq-Systemhandbuch... -
Seite 44: Konfigurieren Eines Laufs Mit Mcs
Konfigurieren eines Laufs mit MCS Wählen Sie im Startbildschirm Manage Instrument (Gerät verwalten). Wählen Sie Reboot (Neu starten), um die Systemsoftware neu zu starten. [Optional] Prüfen Sie auf dem Bildschirm „Run Options“ (Laufoptionen) die Ordnerspeicherorte für Rezepturen, Probenblätter, Manifeste und den Ordner „MiSeqOutput“. -
Seite 45: Reinigen Der Fließzelle
Fließzellenanschluss um. Tupfen Sie den Bereich der Dichtung und des angrenzenden Glases vorsichtig trocken. Abbildung 11 Fließzellenanschlüsse und Dichtung Reinigen Sie das Fließzellenglas mit einem mit Alkohol befeuchteten Tuch. Stellen Sie sicher, dass das Glas keine Streifen, Fingerabdrücke und Fusseln oder Gewebefasern aufweist. MiSeq-Systemhandbuch... - Seite 46 HINWEIS Achten Sie darauf, dass der Alkoholtupfer nicht mit der Fließzellenanschlussdichtung in Kontakt kommt. Abbildung 12 Trocknen der Fließzelle Trocknen Sie überschüssigen Alkohol mit einem fusselfreien Reinigungstuch für Objektive ab. Stellen Sie sicher, dass die Fließzellenanschlüsse nicht blockiert sind und dass die Dichtung rund um die Fließzellenanschlüsse gut sitzt.
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Seite 47: Laden Der Fließzelle
Fließzelle auf Tisch platzieren Drücken Sie den Fließzellenriegel sanft nach unten, um ihn zu schließen. Wenn sich der Fließzellenriegel schließt, wird die Fließzelle durch die Ausrichtungsstifte positioniert. Ein hörbares Klicken gibt an, dass der Fließzellenriegel sicher eingerastet ist. Abbildung 15 Geschlossener Fließzellenriegel MiSeq-Systemhandbuch... - Seite 48 Falls die Software die RFID der Fließzelle nicht identifiziert, siehe Beheben von RFID- Lesefehlern auf Seite Schließen Sie die Tür der Fließzellenkammer. Wählen Sie Next (Weiter). Material-Nr. 20000262 Dokument-Nr. 15027617 v01 DEU...
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Seite 49: Laden Von Reagenzien
Senken Sie langsam den Sipper-Griff. Stellen Sie sicher, dass die Sipper in die PR2- und die Abfallflasche eintauchen. Abbildung 17 Sipper-Griff absenken Falls die Software die RFID der PR2-Flasche nicht identifiziert, siehe Beheben von RFID- Lesefehlern auf Seite Wählen Sie Next (Weiter). MiSeq-Systemhandbuch... -
Seite 50: Laden Der Reagenzienkartusche
Lassen Sie die Tür des Reagenzienkühlers nicht für längere Zeit geöffnet. Öffnen Sie die Tür des Reagenzienkühlers. Halten Sie die Reagenzienkartusche an dem Ende mit dem Illumina-Etikett und schieben Sie sie bis zum Anschlag in den Reagenzienkühler. Verwenden Sie stets die Reagenzienkartusche, die dem Fließzellentyp zugeordnet ist, den Sie geladen haben. - Seite 51 Wählen Sie im Bildschirm „Load Reagents“ (Reagenzien laden) die Option Change Sample Sheet (Probenblatt ändern). Wählen Sie Browse (Durchsuchen), um zum Probenblatt zu navigieren. Wählen Sie Open (Öffnen). Wählen Sie Save and Continue (Speichern und Fortfahren). Wählen Sie Next (Weiter). MiSeq-Systemhandbuch...
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Seite 52: Starten Des Laufs
Gerätemonitor nicht berühren, es sei denn, Sie möchten den Lauf unterbrechen. Weitere Informationen finden Sie unter Unterbrechen eines Laufs auf Seite WARNUNG Schließen Sie alle Dateien auf dem MiSeq, bevor Sie einen Lauf starten, und öffnen Sie keine Dateien während des Laufs. Material-Nr. 20000262 Dokument-Nr. 15027617 v01 DEU... -
Seite 53: Überwachen Des Laufs
Cluster Density (K/mm²) (Clusterdichte): Zeigt die Anzahl an Clustern pro Quadratmillimeter für den Lauf. Clusters Passing Filter (%) (Cluster nach Filterung): Zeigt den Prozentsatz der Cluster an, die den Filter passieren, basierend auf dem Illumina-Reinheitsfilter, der die Qualität misst. Diese Daten werden erst nach Zyklus 25 angezeigt. HINWEIS Die Reinheit eines Base-Calls ist das Verhältnis der Intensität des größten Signals... -
Seite 54: Matrizenbildung
MiSeq-Reagenzien-Kits, v3 Zyklus 26 bis Abschluss Intensität, Clusterdichte, % PF, des Laufs Menge und Qualitäts-Scores MiSeq-Reagenzien-Kits, v2 MiSeq-Reagenzien-Kits, v1 Die MiSeq-Laufspezifikationen finden Sie auf der Seite „Specifications“ (Spezifikationen) für das MiSeq-System auf der Illumina-Website (www.illumina.com/systems/miseq/performance_specifications.ilmn). Material-Nr. 20000262 Dokument-Nr. 15027617 v01 DEU... -
Seite 55: Ergebnisse Der Echtzeitanalyse (Rta)
Ergebnisse der Echtzeitanalyse (RTA) Die Echtzeitanalyse-Ausgabe aus einem Sequenzierungslauf besteht aus mehreren hinsichtlich ihrer Qualität ausgewerteten Base-Call-Dateien (*.bcl-Dateien), die aus den Rohbilddateien generiert werden. Eine Liste der Echtzeitanalysedateien und Ordner finden Sie unter RTA-Ordner und -Dateien auf Seite MiSeq-Systemhandbuch... -
Seite 56: Durchführen Eines Nachwaschlaufs
Seite Verbrauchsmaterialien Tween 20 Wasser in Laborqualität NaOCl (für Nachwaschläufe mit Matrizenleitungswaschlauf) MiSeq-Röhrchen (Teile-Nr. MS-102-9999) (für Nachwaschläufe, die einen Matrizenleitungswaschlauf beinhalten) Verfahren Bereiten Sie wie folgt eine frische Waschlösung mit Tween 20 und Wasser in Laborqualität vor: Fügen Sie 5 ml 100 % Tween 20 zu 45 ml Wasser in Laborqualität hinzu. Diese Volumina ergeben 10 % Tween 20. - Seite 57 Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden Sicherheitsstandards Ihrer Region. Weitere umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie im Sicherheitsdatenblatt für dieses Kit unter support.illumina.com/sds.html. Drücken Sie den Sipper-Griff nach unten und stellen Sie dabei sicher, dass die Sipper in die Waschflasche und in die Abfallflasche eintauchen.
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Seite 58: Verfahren Mit Matrizenleitungswaschlauf
MiSeq-Röhrchen in Position 17 der Waschablage HINWEIS Stellen Sie sicher, dass Sie das MiSeq-Röhrchen mit NaOCl nur in Position 17 platzieren. Wenn Sie das Röhrchen an einer anderen Position einsetzen, schlägt die Clusterbildung in den nachfolgenden Läufen ggf. fehl und das Fluidiksystem des MiSeq-Geräts wird beschädigt. - Seite 59 Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden Sicherheitsstandards Ihrer Region. Weitere umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie im Sicherheitsdatenblatt für dieses Kit unter support.illumina.com/sds.html. Drücken Sie den Sipper-Griff nach unten und stellen Sie dabei sicher, dass die Sipper in die Waschflasche und in die Abfallflasche eintauchen.
- Seite 60 Material-Nr. 20000262 Dokument-Nr. 15027617 v01 DEU...
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Seite 61: Kapitel 4 Wartung
Kapitel 4 Wartung Wartung Wartungshäufigkeit Wartungshäufigkeit beim VeriSeq PGS-Workflow Durchführen eines Wartungswaschlaufs Durchführen eines Standbywaschlaufs Verwalten von Dateien Software-Updates Ausschalten des Geräts MiSeq-Systemhandbuch... -
Seite 62: Wartungshäufigkeit
Wartungshäufigkeit Führen Sie die folgenden Wartungsverfahren in den empfohlenen Intervallen aus. HINWEIS Wenn Sie den VeriSeq PGS-Workflow durchführen, beachten Sie die Anweisungen für VeriSeq PGS zur Wartungshäufigkeit. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Wartungshäufigkeit beim VeriSeq PGS-Workflow auf Seite Tabelle 2 Wartung während des normalen Betriebs Aktivität Häufigkeit... -
Seite 63: Wartungshäufigkeit Beim Veriseq Pgs-Workflow
≥ 7 Tage nicht verwendet) und alle 30 Tage, wenn das Gerät nicht benutzt wird Nach Bedarf Ausschalten des Geräts Tabelle 5 Wartung während des Leerlaufmodus (≥7 Tage nicht verwendet) Aktivität Häufigkeit Monatlich Standbywaschlauf Nach Bedarf Ausschalten des Geräts MiSeq-Systemhandbuch... -
Seite 64: Durchführen Eines Wartungswaschlaufs
Durchführen eines Wartungswaschlaufs Führen Sie einen Wartungswaschlauf alle 30 Tage durch, um eine optimale Leistung zu gewährleisten. Der Wartungswaschlauf dauert ca. 90 Minuten. Der Waschlauf umfasst eine Reihe von drei Schritten, um das System gründlich durchzuspülen. Sie können Ihr Gerät so konfigurieren, dass zwischen zwei Läufen ein Wartungswaschlauf durchgeführt wird. - Seite 65 Laden Sie die Waschflasche und drücken Sie den Sipper-Griff langsam nach unten. Stellen Sie dabei sicher, dass die Sipper in die Waschflasche und in die Abfallflasche eintauchen. Schließen Sie die Tür der Reagenzienkammer. Wählen Sie Next (Weiter). Der zweite Waschlauf beginnt. MiSeq-Systemhandbuch...
- Seite 66 Durchführen des letzten Waschlaufs Bereiten Sie wie folgt eine frische Waschlösung mit Tween 20 und Wasser in Laborqualität vor: Fügen Sie 5 ml 100 % Tween 20 zu 45 ml Wasser in Laborqualität hinzu. Diese Volumina ergeben 10 % Tween 20. Fügen Sie 25 ml 10 % Tween 20 zu 475 ml Wasser in Laborqualität hinzu.
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Seite 67: Nach Dem Waschlauf
Waschablage und die Waschflasche mit der übrigen Waschlösung im Gerät. HINWEIS Die Sipper bleiben in der unteren Position, was normal ist. Lassen Sie die nicht verwendete Waschlösung in der Waschablage und der Waschflasche, um das Austrocknen der Sipper und das Eindringen von Luft in das System zu verhindern. MiSeq-Systemhandbuch... -
Seite 68: Durchführen Eines Standbywaschlaufs
Durchführen eines Standbywaschlaufs Wenn innerhalb der nächsten sieben Tage eine Verwendung des Geräts nicht vorgesehen ist, bereiten Sie das Gerät und seine Fluidikleitungen für den Leerlauf vor, indem Sie einen Standbywaschlauf durchführen. Führen Sie einen Standbywaschlauf alle 30 Tage durch, wenn das Gerät nicht benutzt wird. - Seite 69 Laden Sie die Waschflasche und drücken Sie den Sipper-Griff langsam nach unten. Stellen Sie dabei sicher, dass die Sipper in die Waschflasche und in die Abfallflasche eintauchen. Schließen Sie die Tür der Reagenzienkammer. Wählen Sie Next (Weiter). Der zweite Waschlauf beginnt. MiSeq-Systemhandbuch...
- Seite 70 Nach dem Waschlauf Wenn der Waschlauf abgeschlossen ist, lassen Sie die gebrauchte Fließzelle, die Waschablage und die Waschflasche mit der übrigen Waschlösung im Gerät. HINWEIS Die Sipper bleiben in der unteren Position, was normal ist. Lassen Sie die nicht verwendete Waschlösung in der Waschablage und der Waschflasche, um das Austrocknen der Sipper und das Eindringen von Luft in das System zu verhindern.
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Seite 71: Verwalten Von Dateien
Gerät Zugriff hat. Aktivieren Sie das Kontrollkästchen neben den einzelnen Dateien oder Ordnern in der Liste. Wählen Sie Move (Verschieben). Wählen Sie Browse Network (Netzwerk durchsuchen) und wählen Sie einen neuen Speicherort für die Dateien bzw. Ordner aus. Wählen Sie OK. MiSeq-Systemhandbuch... -
Seite 72: Hochladen Von Dateien
Hochladen von Dateien Der Befehl „Upload“ (Hochladen) steht für Probenblätter, Manifestdateien, Genome und Rezepturen zur Verfügung. Wenn das MiSeq nicht mit einem Netzwerk verbunden ist, verwenden Sie diese Funktion, um Dateien von einem USB-Stick auf den Gerätecomputer zu übertragen. Wählen Sie auf einer Registerkarte des Bildschirms „Manage Files“ (Dateien verwalten) Browse (Durchsuchen), um zu den Dateien zu navigieren, auf die das Gerät zugreifen... -
Seite 73: Software-Updates
Wenn Software-Updates verfügbar sind, wird die Schaltfläche Update Available (Update verfügbar) im Startbildschirm angezeigt. Anderenfalls ist diese Schaltfläche nicht verfügbar. Stellen Sie sicher, dass das MiSeq-System mit einem Netzwerk mit Internetzugang verbunden ist, um diese Option aktivieren zu können. Wählen Sie im Startbildschirm Update Available (Update verfügbar). -
Seite 74: Ausschalten Des Geräts
Ausschalten des Geräts Es empfiehlt sich, das Gerät immer eingeschaltet zu lassen. Wenn das Gerät jedoch ausgeschaltet werden muss, führen Sie die folgenden Schritte aus, um Windows sicher zu beenden und die Fluidikleitungen vorzubereiten. Führen Sie einen Wartungswaschlauf durch. Weitere Informationen finden Sie unter Durchführen eines Wartungswaschlaufs auf Seite Entfernen Sie die Abfallflasche und entsorgen Sie den Inhalt ordnungsgemäß. -
Seite 75: Anhang A Fehlerbehebung
Bundle Logs (Protokollbündel) für die Fehlerbehebung Durchführen einer Systemprüfung Live Help (Live-Hilfe) Anhalten oder Abbrechen eines Laufs Manuelles Anheben der Sipper einer Reagenzienkartusche Beheben von Laufkonfigurationsfehlern Beheben von RFID-Lesefehlern Fehlerbehebung bei Fließratenfehlern Durchführen eines Volumentests Messen erwarteter Volumina während des Waschlaufs Konfigurieren der Systemeinstellungen MiSeq-Systemhandbuch... -
Seite 76: Einleitung
Einleitung In diesem Abschnitt werden allgemeine Schritte zur Fehlerbehebung beschrieben. Führen Sie diese Schritte durch, bevor Sie sich an den technischen Support von Illumina wenden. Bei den meisten Fehlern werden auf dem Bildschirm Anweisungen zur Behebung des Fehlers angezeigt. Wenn Sie technische Fragen haben, besuchen Sie die MiSeq-Supportseiten der Illumina- Website, wo Sie Antworten auf häufig gestellte Fragen finden, oder melden Sie sich bei... -
Seite 77: Bundle Logs (Protokollbündel) Für Die Fehlerbehebung
Wählen Sie Save (Speichern). Wenn das Bündeln der Dateien abgeschlossen ist, wird erneut die Registerkarte „Bundle Logs“ (Protokollbündel) geöffnet. Senden Sie die ZIP-Datei mit dem Bündel an den technischen Support von Illumina. Abbildung 20 Registerkarte „Bundle Logs“ (Protokollbündel) MiSeq-Systemhandbuch... -
Seite 78: Durchführen Einer Systemprüfung
Gerätewartung nicht erforderlich. Sie können einige Systemprüfungsoptionen, z. B. den Volumentest, durchführen, bevor Sie sich an den technischen Support von Illumina wenden. Bei einem Volumentest wird der Zustand des Fluidiksystems überprüft, indem das Fließvolumen anhand der Blasen, die die Sensoren passieren, geschätzt wird. -
Seite 79: Live Help (Live-Hilfe)
Live Help (Live-Hilfe) Das MiSeq muss mit einem Netzwerk mit Internetzugang verbunden sein, um Live Help zu aktivieren. Die Funktion „Live Help“ (Live-Hilfe) ist ein Online-Unterstützungs-Tool, das einem Mitarbeiter des technischen Supports von Illumina ermöglicht, mit Ihrer Erlaubnis den MiSeq-Bildschirm anzuzeigen und das Gerät zu steuern. Sie haben die übergeordnete Steuerung inne und können die Bildschirmfreigabe-Sitzung jederzeit... -
Seite 80: Anhalten Oder Abbrechen Eines Laufs
Anhalten oder Abbrechen eines Laufs Das MiSeq ist darauf ausgelegt, einen Lauf von Anfang bis Ende ohne Eingreifen des Benutzers durchzuführen. Es ist jedoch möglich, einen Lauf über den Sequenzierungsbildschirm zu unterbrechen oder anzuhalten. Unterbrechen eines Laufs Sie können einen Lauf vorübergehend unterbrechen, bevor er abgeschlossen ist. Sie können einen Lauf beispielsweise unterbrechen, wenn Sie glauben, dass die Abfallflasche voll ist. -
Seite 81: Manuelles Anheben Der Sipper Einer Reagenzienkartusche
Lauf unerwartet unterbrochen wird oder ein Fehler während des Laufs auftritt. Um die Reagenzienkartusche zu entfernen, heben Sie die Sipper der Reagenzienkartusche manuell an. Wählen Sie im Startbildschirm Perform Wash (Waschlauf durchführen). Wählen Sie Raise Sippers (Sipper anheben). Entfernen Sie die Reagenzienkartusche. MiSeq-Systemhandbuch... -
Seite 82: Beheben Von Laufkonfigurationsfehlern
Beheben von Laufkonfigurationsfehlern Wenn Prüfungen des Selbsttests fehlschlagen, wird ein rotes Symbol neben dem entsprechenden Element angezeigt. Auf dem Bildschirm wird eine Meldung angezeigt, die eine Beschreibung des Fehlers und der zur Behebung des Fehlers erforderlichen Aktion enthält. Fehler Aktion Der Bildschirm zum Prüfen der Fließrate wird geöffnet. -
Seite 83: Beheben Von Rfid-Lesefehlern
Klicken Sie auf der Seite „MyIllumina“ auf Account (Konto). Klicken Sie in der Spalte „Resources“ (Ressourcen) auf MiSeq Self-Service. Geben Sie auf der Seite „MiSeq Self-Service“ unter MiSeq serial number die MiSeq- Seriennummer ein. Wählen Sie in der Dropdown-Liste „Type of Override Code“ (Typ des Überschreibungscodes) die Option RFID Override (RFID-Überschreibung) aus. - Seite 84 Wenn Sie einen Bypass-Code für die Reagenzienkartusche eingeben, geben Sie die Versionsnummer des Kits ein. Wählen Sie Enter Reagent Kit Barcode (Barcode des Reagenzien-Kits eingeben), um die Barcodenummer der Reagenzienkartusche und die Versionsnummer des Kits manuell einzugeben. VORSICHT Wenn eine falsche Versionsnummer für das Reagenzien-Kit eingegeben wird, kann sich dies negativ auf die Sequenzierungsdaten auswirken.
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Seite 85: Fehlerbehebung Bei Fließratenfehlern
Falls der Fehler weiterhin besteht, legen Sie ein Pumpvolumen von 500 µl PR2 fest und wiederholen Sie den Prozess. Falls der Fehler durch den zweiten Versuch nicht behoben wird, wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. MiSeq-Systemhandbuch... -
Seite 86: Durchführen Eines Volumentests
Durchführen eines Volumentests Verstopfungen in den Fluidikleitungen können zu einer schlechten Reagenzabgabe führen und sich negativ auf die Sequenzierungsergebnisse auswirken. Wenn eine Verstopfung in den Fluidikleitungen vermutet wird, führen Sie einen Volumentest durch. Bei einem Volumentest wird der Zustand des Fluidiksystems überprüft, indem das Volumen zwischen Blasen geschätzt wird, die die Sensoren passieren. - Seite 87 Wenn der Volumentest beendet ist, werden die Ergebnisse auf dem Bildschirm angezeigt. Wenn der Test nicht erfolgreich war, führen Sie einen Wartungswaschlauf durch. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Durchführen eines Wartungswaschlaufs auf Seite Wiederholen Sie nach Abschluss des Wartungswaschlaufs den Volumentest. MiSeq-Systemhandbuch...
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Seite 88: Messen Erwarteter Volumina Während Des Waschlaufs
Messen erwarteter Volumina während des Waschlaufs Durch das Messen der erwarteten Volumina während des Waschlaufs wird bestätigt, dass die Waschfluidik effizient funktioniert. Bevor Sie mit einem Waschlauf beginnen, leeren Sie die Abfallflasche. Wenn der Waschlauf abgeschlossen ist, messen Sie das Waschvolumen in der Abfallflasche. -
Seite 89: Konfigurieren Der Systemeinstellungen
Wählen Sie Save and Continue (Speichern und Fortfahren). Ändern der Systemanmeldedaten Wenn Sie im Bildschirm „System Settings“ (Systemeinstellungen) den System- Benutzernamen und das Kennwort ändern, werden auch die Anmeldedaten für MiSeq Reporter und BaseSpace bzw. BaseSpace Onsite geändert. Wählen Sie im Startbildschirm Manage Instrument (Gerät verwalten). - Seite 90 Material-Nr. 20000262 Dokument-Nr. 15027617 v01 DEU...
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Seite 91: Anhang B Ausgabedateien Und -Ordner
Anhang B Ausgabedateien und -ordner Ausgabedateien und -ordner Laufordner Inhalt des MiSeqOutput-Ordners RTA-Ordner und -Dateien MiSeq-Systemhandbuch... -
Seite 92: Laufordner
Laufordner Bei jedem Lauf auf dem MiSeq werden drei Laufordner generiert, von denen jeder einen bestimmten Zweck hat: D:\Illumina\MiSeqTemp – Wenn der Lauf beginnt, wird ein temporärer Laufordner auf das lokale Laufwerk des Gerätecomputers geschrieben und als Arbeitsbereich für MCS und die Echtzeitanalyse verwendet. Es muss nicht auf den Ordner „MiSeqTemp“... -
Seite 93: Inhalt Des Miseqoutput-Ordners
Inhalt des MiSeqOutput-Ordners Nach Abschluss der Echtzeitanalyse (RTA) wird der MiSeqOutput-Ordner mit Dateien befüllt, die für die Sekundäranalyse durch MiSeq Reporter erforderlich sind. Wenn die Sekundäranalyse abgeschlossen ist, sind der MiSeqOutput- und der MiSeqAnalysis-Ordner identisch, mit der Ausnahme, dass der MiSeqOutput-Ordner zwei Unterordner für Bilddateien enthält: „Images“... -
Seite 94: Rta-Ordner Und -Dateien
RTA-Ordner und -Dateien In der folgenden Tabelle werden die Ordner und Dateien beschrieben, die während der Primäranalyse von der Echtzeitanalyse (RTA) generiert werden. Viele dieser Dateien werden von der MiSeq Reporter-Software für die Sekundäranalyse verwendet. Schlüsseldatei Unterordner Beschreibung RTAComplete.txt Stammordner Eine Markerdatei, die generiert wird, wenn die Base- Call-Analyse abgeschlossen ist. -
Seite 95: Fließzellen-Plattennummerierung
Unterseite 2101 bis 2119 PGS-Fließzelle Standard- MiSeq-Reagenzien-Kits, 1-14 Oberseite 1101 bis 1114 Fließzelle 1-14 Unterseite 2101 bis 2114 Mikro-Fließzelle MiSeq-Reagenzien- Oberseite 1101 bis 1104 Mikro-Kits, v2 Unterseite 2101 bis 2104 Nano-Fließzelle MiSeq-Reagenzien- Nur obere 1101 bis 1102 Nano-Kits, v2 MiSeq-Systemhandbuch... - Seite 96 Material-Nr. 20000262 Dokument-Nr. 15027617 v01 DEU...
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Seite 97: Index
Dateien 66 Löschen von Dateien und Ordnern 61 Protokollbündel 61-62, 66-67 RFID 73 Fließrate, Fehlerbehebung 75 Manifestdatei Fließzelle Definition 7 Buchstabenbezeichner 73 Kopieren aufs Gerät 61 einzelne Lane 13 Matrizenbildung 13, 44 Platten 84 Matrizenleitungswaschlauf 46 Plattennummerierung 85 Reinigen 35 MiSeq-Systemhandbuch... - Seite 98 MiSeq Reporter 2 Software-Update 22 Anmeldedaten 79 Speicherplatz Überblick 12 Prüfen 14 MiSeq Self-Service 73 wenig Speicherplatz 72 Standbywaschlauf 58 status.xml 84 Statusalarmsymbol 9 Nachwaschlauf 46 Support 89 Netzschalter 20 Symbole Netzwerkeinstellungen 79 Aktivitätsanzeigen 9 Netzwerkverbindung 72 Fehler und Warnungen 9...
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Seite 99: Technische Unterstützung
Sicherheitsdatenblätter (SDS, Safety Data Sheets) stehen auf der Illumina-Website unter support.illumina.com/sds.html zur Verfügung. Die Produktdokumentation im PDF-Format steht zum Herunterladen auf der Illumina- Website zur Verfügung. Gehen Sie zu support.illumina.com, wählen Sie ein Produkt aus und wählen Sie anschließend Documentation & Literature. MiSeq-Systemhandbuch... - Seite 100 Illumina 5200 Illumina Way San Diego, Kalifornien 92122, USA +1.800.809.ILMN (4566) +1.858.202.4566 (außerhalb von Nordamerika) techsupport@illumina.com www.illumina.com...