illumina NextSeq 500 Systemhandbuch
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Andere Handbücher für NextSeq 500:
- Systemhandbuch (86 Seiten) ,
- Handbuch zur standortvorbereitung (21 Seiten)
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Inhaltszusammenfassung für illumina NextSeq 500
- Seite 1 NextSeq 500 Systemhandbuch Dokument-Nr. 15046563 v2 DEU ILLUMINA – EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT Oktober 2021 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
- Seite 2 ILLUMINA ÜBERNIMMT KEINERLEI HAFTUNG FÜR SCHÄDEN, DIE AUS DER UNSACHGEMÄSSEN VERWENDUNG DER HIERIN BESCHRIEBENEN PRODUKTE (EINSCHLIESSLICH TEILEN HIERVON ODER DER SOFTWARE) ENTSTEHEN. © 2021 Illumina, Inc. Alle Rechte vorbehalten. Alle Marken sind Eigentum von Illumina, Inc. bzw. der jeweiligen Eigentümer. Spezifische Informationen zu Marken finden Sie unter www.illumina.com/company/legal.html. Dokument-Nr. 15046563 v2 DEU Nur für Forschungszwecke.
- Seite 3 NextSeq 500 Systemhandbuch Versionshistorie Do kum ent Datum Beschreibung der Änderung Material-Nr. 20006818 Oktober 2021 Informationen zu drei Ersatzluftfiltern im Abschnitt „Austausch des Dokument-Nr. Luftfilters“ hinzugefügt. 15046563 v07 Neue und ältere Kartuschen im Handbuch hinzugefügt. Material-Nr. 20006818 Juni 2019 Angaben zur Arbeitsgruppe für die Laufeinrichtung in BaseSpace Dokument-Nr.
- Seite 4 NextSeq 500 Systemhandbuch Do kum ent Datum Beschreibung der Änderung Material-Nr. 20006818 Dezember 2018 Beschreibungen, Bildschirme und Workflow für NextSeq Control Dokument-Nr. Software (NCS) 4.0 aktualisiert. 15046563 v05 Die folgenden zusätzlichen Informationen zu NCS 4.0 aktualisiert. • Informationen zur Local Run Manager-Software hinzugefügt. • „BaseSpace“ zu „BaseSpace Sequence Hub“ aktualisiert. Die Registerkarten „BaseSpace Prep“...
- Seite 5 Datum Beschreibung der Änderung Material-Nr. 20006818 März 2018 Der Standard-Benutzername und das Standard-Kennwort für die Dokument-Nr. Anmeldung beim Betriebssystem wurden entfernt. Illumina 15046563 v03 empfiehlt die Verwendung standortspezifischer Anmeldeinformationen. Im Abschnitt „Auswählen der BaseSpace-Konfiguration“ wurden Informationen zum Überwachungsdienst Illumina Proactive hinzugefügt.
- Seite 6 Custom Primers Guide (NextSeq-Benutzerhandbuch für anwendungsspezifische Primer) (Dokument-Nr. 15057456). Die Anweisungen zur Reagenzienvorbereitung bei der Nutzung des NextSeq 500 Kits v2 wurden aktualisiert: Die manuellen Schritte zum Laden von Natriumhypochlorit und Primern für die doppelte Indizierung in die Reagenzienkartusche wurden entfernt. Diese Reagenzien sind in der v2-Reagenzienkartusche vorgefüllt.
- Seite 7 Ein Hinweis auf mögliche Beschädigungen, wenn das Gerät nach dem Aufstellen an einen anderen Standort bewegt wird, wurde hinzugefügt. Wenden Sie sich immer an Ihren Illumina-Vertreter, bevor Sie das Gerät an einem anderen Standort platzieren. Die URL für Sicherheitsdatenblätter (SDS, Safety Data Sheets) wurde in support.illumina.com/sds.ilmn...
- Seite 8 April 2014 Software-Beschreibungen zu NextSeq Control Software v1.2 und 15046563 Rev. C RTA v2.1 aktualisiert: • Rezeptname NextSeq Mid zur Verwendung mit dem NextSeq 500 Mid Output Kit hinzugefügt. • Die Anweisung, NaOCl zur Pufferkartusche für einen manuellen Waschlauf hinzuzufügen, wurde entfernt.
- Seite 9 NextSeq 500 Systemhandbuch Do kum ent Datum Beschreibung der Änderung Artikel-Nr. Februar 2014 Die Software-Beschreibungen zur NextSeq Control Software v1.1 15046563 Rev. B wurden aktualisiert: • Auf dem Laufkonfigurationsbildschirm wurde eine Suchfunktion zum Filtern der Liste verfügbarer Läufe hinzugefügt. • Es wurde hinzugefügt, dass je nach Fließzellentyp NextSeq High oder NextSeq Mid zu den verfügbaren Rezepten gehört.
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Seite 10: Inhaltsverzeichnis
Inhaltsverzeichnis Kapitel 1 Überblick Einleitung Weitere Ressourcen Gerätekomponenten Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien – Überblick Kapitel 2 Erste Schritte Starten des Geräts Anpassen der Systemeinstellungen Anpassen der Laufeinstellungen Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien und Ausstattung Kapitel 3 Sequenzierung Einleitung Erstellen eines Laufs mit der Local Run Manager-Software Erstellen eines Laufs mit NCS Vorbereiten der Reagenzienkartusche Vorbereiten der Fließzelle... - Seite 11 NextSeq 500 Systemhandbuch Überblick über Real-Time Analysis Real-Time Analysis-Workflow Sequenzierungsausgabedateien Fließzellenplatten Ordnerstruktur der Ausgabedaten Index Technische Unterstützung Dokument-Nr. 15046563 v2 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Seite 12: Kapitel 1 Überblick
Ausgabedateien in Echtzeit zur Analyse an BaseSpace Sequence Hub gestreamt. Datenanalyse im Gerät: Die Local Run Manager-Software analysiert die Laufdaten gemäß dem für den Lauf angegebenen Analysemodul. Weitere Ressourcen Die folgenden Dokumente stehen auf der Illumina-Website zum Herunterladen zur Verfügung. Resso urce Beschreibung NextSeq-System Handbuch zur Enthält Spezifikationen für den Laborplatz, die elektrischen Anforderungen... - Seite 13 Anweisungen zur Verwendung der Softwarefunktionen. Softwarehandbuch) (Dokument- Nr. 1000000002702) Auf der NextSeq 500-Supportseite der Illumina-Website finden Sie Dokumentation, Software-Downloads, Online-Schulungen und häufig gestellte Fragen. Gerätekomponenten Zum NextSeq 500-System gehören ein Touchscreen-Monitor, eine Statusleiste und vier Kammern. Abbildung 1 Gerätekomponenten A Touchscreen-Monitor: Ermöglicht die Systemkonfiguration und -einrichtung am Gerät über die Benutzeroberfläche der Steuerungssoftware.
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Seite 14: Reagenzien- Und Pufferkammer
NextSeq 500 Systemhandbuch Bildgebungskammer Die Bildgebungskammer enthält den Tisch, zu dem drei Ausrichtungsstifte für die Positionierung der Fließzelle gehören. Nach dem Laden der Fließzelle wird die Klappe der Bildgebungskammer automatisch geschlossen und die Komponenten werden in Position gebracht. Reagenzien- und Pufferkammer Zum Konfigurieren eines Sequenzierungslaufs auf dem NextSeq 500-System ist der Zugang zur Reagenzienkammer und zur Pufferkammer erforderlich, um die Verbrauchsmaterialien für den Lauf zu laden und den Behälter für verbrauchte Reagenzien zu leeren. -
Seite 15: Statussymbole
NextSeq 500 Systemhandbuch Während des Laufs steuert die Software den Fließzellentisch, verteilt Reagenzien, kontrolliert die Fluidik, stellt Temperaturen ein, nimmt Bilder von den Clustern auf der Fließzelle auf und liefert ein Übersichtsdiagramm der Qualitätsstatistiken. Sie können den Lauf in NCS oder in Local Run Manager überwachen. -
Seite 16: Anforderungen Bezüglich Des Windows-Kennworts
NextSeq 500 Systemhandbuch Wenn eine Bedingungsänderung auftritt, blinkt das entsprechende Symbol, um Sie darauf aufmerksam zu machen. Wählen Sie das Symbol, um eine Beschreibung der Bedingung anzuzeigen. Wählen Sie Acknowledge (Bestätigen), um die Meldung zu akzeptieren, und Close (Schließen), um das Dialogfeld zu schließen. -
Seite 17: Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien - Überblick
NextSeq 500 Systemhandbuch Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien – Überblick Inhalt und Lagerung Die für den Betrieb des NextSeq-Geräts erforderlichen Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien sind separat erhältlich. Sie werden in einem Kit für den Einmalgebrauch bereitgestellt. Jedes Kit enthält eine Fließzelle, eine Reagenzienkartusche, eine Pufferkartusche und einen Bibliotheksverdünnungspuffer. Beachten Sie nach dem Erhalt des NextSeq 500 Kit Folgendes: Öffnen Sie die Folienverpackung der Fließzelle erst bei einer entsprechenden Anweisung. - Seite 18 NextSeq 500 Systemhandbuch K it-T yp Markierung auf Etikett Komponenten des Kits für hohe Leistung Komponenten des Kits für mittlere Leistung Fließzelle – Überblick Abbildung 3 Fließzellenkartusche A Lane-Paar A: Lanes 1 und 3 B Lane-Paar B: Lanes 2 und 4 C Rahmen der Fließzellenkartusche Die Fließzelle ist ein Glasträger, auf dem die Clusterbildung und die Sequenzierungsreaktion stattfinden.
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Seite 19: Reagenzienkartusche - Überblick
Handschuhen und Laborkittel. Verbrauchte Reagenzien sind als chemische Abfälle zu behandeln. Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Dokument-Nr. 15046563 v2 DEU Nur für Forschungszwecke. -
Seite 20: Herausnehmbarer Behälter In Position
NextSeq 500 Systemhandbuch Reservierte Behälter Abbildung 5 Nummerierte Behälter Po sitio n Beschreibung 7, 8 und 9 Reserviert für optionale anwendungsspezifische Primer Laden der Bibliotheken Weitere Informationen zu anwendungsspezifischen Primern finden Sie im NextSeq Custom Primers Guide (Benutzerhandbuch für anwendungsspezifische Primer) (Dokument-Nr. 15057456). Herausnehmbarer Behälter in Position 6 Die vorgefüllte Reagenzienkartusche beinhaltet ein Denaturierungsreagenz in Position 6, das Formamid enthält. -
Seite 21: Kapitel 2 Erste Schritte
Kapitel 2 Erste Schritte Starten des Geräts Anpassen der Systemeinstellungen Anpassen der Laufeinstellungen Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien und Ausstattung Starten des Geräts Bringen Sie den Hauptnetzschalter in die Position I (EIN). Abbildung 7 Netzschalter auf der Rückseite des Geräts Drücken Sie die Ein/Aus-Taste über der Reagenzienkammer. Die Ein/Aus-Taste schaltet das Gerät ein und startet den integrierten Gerätecomputer und die Software. -
Seite 22: Ändern Des Avatarbilds Und Des Kurznamens Des Geräts
NextSeq 500 Systemhandbuch Ändern der Geräte-Identifikation (Avatar und Kurzname) Festlegen der Tastaturoption und Audio-Signale Festlegen der Option für anwendungsspezifische Rezepte Festlegen der Prüfung auf Gerätesoftware-Updates in BaseSpace Sequence Hub Festlegen der Option zum Senden von Geräteleistungsdaten Ändern des Avatarbilds und des Kurznamens des Geräts Wählen Sie auf dem Startbildschirm Manage Instrument (Gerät verwalten). -
Seite 23: Festlegen Der Prüfung Auf Gerätesoftware-Updates In Basespace
Nach Aktivierung dieser Einstellung werden Leistungsdaten des Geräts an Illumina gesendet. Diese Daten helfen Illumina bei der Ermittlung und Behebung von Fehlern, was die Durchführung proaktiver Wartungsarbeiten ermöglicht und die Geräteverfügbarkeit maximiert. Weitere Informationen zu den Vorteilen dieses Dienstes finden Sie im technischen Hinweis zu Illumina Proactive (Dokument- Nr. 1000000052503). -
Seite 24: Festlegen Der Option Zur Automatischen Entsorgung Von Verbrauchsmaterialien
Durch die automatische Entsorgung von Verbrauchsmaterialien nimmt der Workflow mehr Zeit in Anspruch. Wählen Sie Save (Speichern), um die Einstellungen zu speichern und den Bildschirm zu schließen. Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien und Ausstattung Die folgenden Verbrauchsmaterialien und die folgende Ausstattung werden auf dem NextSeq 500-System verwendet. Verbrauchsmaterialien für die Sequenzierung... -
Seite 25: Ausstattung
Abständen und Unterstützen Isopropylalkohol (99 %), 100-ml- der Objektivreinigungskartusche Flasche Luftfilter Illumina, Katalog-Nr. 20022240 Für Geräte mit über die Rückseite zugänglichem Luftfilter. Reinigen der Luft, die das Gerät zur Kühlung aufnimmt. Richtlinien für Wasser in Laborqualität Bei Geräteverfahren sollte immer deionisiertes Wasser bzw. Wasser in Laborqualität verwendet werden. -
Seite 26: Kapitel 3 Sequenzierung
Kapitel 3 Sequenzierung Einleitung Erstellen eines Laufs mit der Local Run Manager-Software Erstellen eines Laufs mit NCS Vorbereiten der Reagenzienkartusche Vorbereiten der Fließzelle Vorbereiten von Bibliotheken für die Sequenzierung Konfigurieren eines Sequenzierungslaufs Überwachen des Lauffortschritts Automatische Nachwaschung Einleitung Bereiten Sie eine Reagenzienkartusche und eine Fließzelle vor, wenn Sie einen Sequenzierungslauf auf dem NextSeq 500 durchführen möchten. -
Seite 27: Dauer Eines Sequenzierungslaufs
Lauflänge ist ein Paired-End-Lauf von 150 Zyklen pro Read (2 x 150) und bis zu je zehn Zyklen für zwei Index- Reads. Die erwartete Laufdauer und andere Systemspezifikationen finden Sie auf der Seite NextSeq 500- Spezifikationsseite auf der Illumina-Website. Anzahl der Zyklen in einem Read Bei einem Sequenzierungslauf ist die Anzahl der in einem Read ausgeführten Zyklen um einen Zyklus höher... -
Seite 28: Vorbereiten Der Fließzelle
Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Vorbereiten der Fließzelle Nehmen Sie ein neues Fließzellenpaket aus dem Lagerort mit einer Temperatur von 2 °C bis 8 °C. -
Seite 29: Vorbereiten Von Bibliotheken Für Die Sequenzierung
NextSeq 500 Systemhandbuch Abbildung 10 Herausnehmen aus der aufklappbaren Verpackung Reinigen Sie die Glasoberfläche der Fließzelle mit einem fusselfreien Alkoholtupfer. Trocknen Sie das Glas mit einem fusselfreien Labortuch. Vorbereiten von Bibliotheken für die Sequenzierung Das Bibliotheksvolumen und die Ladekonzentration sind je nach verwendeter NCS-Version unterschiedlich. Versio n der Steuerung sso f tw are Biblio theksvo lum en Biblio theksko nz entratio n... -
Seite 30: Konfigurieren Eines Sequenzierungslaufs
NextSeq 500 Systemhandbuch Abbildung 11 Laden der Bibliotheken Konfigurieren eines Sequenzierungslaufs Wählen Sie auf dem Startbildschirm die Option Experiment (Versuch). Wählen Sie auf dem Bildschirm „Select Assay“ (Assay auswählen) die Option Sequence (Sequenzieren). Der Befehl „Sequence“ (Sequenzieren) öffnet die Klappe der Bildgebungskammer, gibt die Verbrauchsmaterialien aus dem vorherigen Lauf frei und öffnet eine Reihe von Bildschirmen für die Laufkonfiguration. -
Seite 31: Auswählen Von Laufmodus Und Basespace Sequence Hub
NextSeq 500 Systemhandbuch BaseSpace Sequence Hub (optional) Bei der Konfiguration eines Sequenzierungslaufs stehen folgende BaseSpace Sequence Hub-Optionen zur Auswahl. Optio n Beschreibung und Anf o rderung en Run Monitoring and Storage InterOp-Dateien, Protokolldateien und Laufdaten werden zwecks Remote- (Laufüberwachung und - Überwachung und Analyse an BaseSpace Sequence Hub gesendet. -
Seite 32: Eingeben Der Lauf- Und Analyseparameter In Ncs (Manueller Laufmodus)
NextSeq 500 Systemhandbuch Custom primers (Anwendungsspezifische Primer): Ändern Sie die Einstellungen für anwendungsspezifische Primer. Weitere Informationen finden Sie im NextSeq Custom Primers Guide (NextSeq-Benutzerhandbuch für anwendungsspezifische Primer) (Dokument-Nr. 15057456). Purge consumables for this run (Verbrauchsmaterialien für diesen Lauf entsorgen): Ändern Sie die Einstellung, um nach dem aktuellen Lauf Verbrauchsmaterialien automatisch zu entsorgen. -
Seite 33: Laden Der Fließzelle
NextSeq 500 Systemhandbuch Laden der Fließzelle Entfernen Sie die gebrauchte Fließzelle aus dem vorherigen Lauf. Richten Sie die Fließzelle über den Ausrichtungsstiften aus und legen Sie sie auf den Fließzellentisch. Abbildung 12 Laden der Fließzelle Wählen Sie Load (Laden). Die Klappe wird automatisch geschlossen, die Fließzellen-ID wird angezeigt und die Sensoren sind markiert. -
Seite 34: Einsetzen Der Pufferkartusche
Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Schieben Sie den leeren Behälter für verbrauchte Reagenzien bis zum Anschlag in die Pufferkammer. -
Seite 35: Laden Der Reagenzienkartusche
Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. HINWEIS Um die sichere Entsorgung nicht verwendeter Reagenzien zu erleichtern, kann der Behälter in Position 6 entfernt werden. -
Seite 36: Überprüfen Der Automatischen Systemprüfung
NextSeq 500 Systemhandbuch Abbildung 17 Entfernbarer Behälter in Position 6 A Gummiabdeckung B Position 6 Drücken Sie auf den durchsichtigen Plastikgriff und schieben Sie ihn nach links, um den Behälter zu entfernen. Entsorgen Sie den Behälter gemäß den geltenden Sicherheitsvorschriften. Überprüfen der automatischen Systemprüfung Die Software führt eine automatisierte Systemprüfung durch. -
Seite 37: Überwachen Des Lauffortschritts
NextSeq 500 Systemhandbuch Überwachen des Lauffortschritts Anhand der auf dem Bildschirm aufgeführten Kennzahlen können Sie den Lauffortschritt sowie Intensitäten und Qualitäts-Scores überwachen. Abbildung 18 Fortschritt und Kennzahlen eines Sequenzierungslaufs A Run progress (Lauffortschritt): Zeigt den aktuellen Schritt und die Anzahl der durchgeführten Zyklen für jeden Read-Vorgang an. -
Seite 38: Datenübertragung
NextSeq 500 Systemhandbuch Datenübertragung Je nach ausgewählter Analysekonfiguration erscheint während des Laufs ein Symbol auf dem Bildschirm, das den Status der Datenübertragung anzeigt. Status Lo cal Run Manag er Ausg abeo rdner Illum ina BaseSpace Verbunden Verbunden und überträgt Daten Nicht verbunden Deaktiviert Falls während des Laufs die Datenübertragung unterbrochen wird, werden die Daten vorübergehend auf dem Gerätecomputer gespeichert. -
Seite 39: Automatische Nachwaschung
NextSeq 500 Systemhandbuch Automatische Nachwaschung Nach Abschluss des Sequenzierungslaufs startet die Software automatisch die Nachwaschung. Bei der Nachwaschung kommen die Waschlösung aus der Pufferkartusche sowie NaOCl aus der Reagenzienkartusche zum Einsatz. Die automatische Nachwaschung dauert etwa 90 Minuten. Nach Abschluss des Waschlaufs wird die Schaltfläche Home (Startseite) aktiviert. -
Seite 40: Kapitel 4 Wartung
Wechsel des Luftfilters die erforderliche Luftzirkulation im Gerät. Präventive Wartung Illumina empfiehlt, jährlich eine präventive Wartung durchführen zu lassen. Wenn Sie keinen Servicevertrag abgeschlossen haben, wenden Sie sich an den für Ihre Region zuständigen Kundenbetreuer oder an den technischen Support von Illumina, um einen Termin für eine kostenpflichtige präventive Wartung zu vereinbaren. -
Seite 41: Vorbereiten Einer Manuellen Nachwaschung
NextSeq 500 Systemhandbuch Abbildung 19 Ursprüngliche Reagenzienkartusche für den Waschlauf und Pufferkartusche für den Waschlauf Abbildung 20 Neue Reagenzienkartusche für den Waschlauf und Pufferkartusche für den Waschlauf Vorbereiten einer manuellen Nachwaschung Vo m Benutz er bereitz ustellende Vo lum en und Beschreibung Verbrauchsm aterialien •... -
Seite 42: Vorbereiten Eines Schnellwaschlaufs
NextSeq 500 Systemhandbuch Geben Sie 1 ml 0,12%iges NaOCl in die Reagenzienkartusche für den Waschlauf. Der richtige Behälter entspricht Position 28 auf der vorgefüllten Kartusche. Abbildung 21 Einfüllen von NaOCl Mischen Sie folgende Volumina, um eine 0,05-%-Tween-20-Waschlösung zu erhalten: Ursprüngliche Pufferkartusche für den Waschlauf 100 % Tween 20 (62 µl) Wasser in Laborqualität (125 ml) Geben Sie 125 ml Waschlösung in den mittleren Behälter der Pufferkartusche für den Waschlauf. -
Seite 43: Austausch Des Luftfilters
Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Schieben Sie den leeren Behälter für verbrauchte Reagenzien bis zum Anschlag in die Pufferkammer. Entfernen Sie ggf. die gebrauchte Pufferkartusche des vorherigen Laufs. -
Seite 44: Software-Updates
NextSeq 500 Systemhandbuch Setzen Sie den neuen Luftfilter in den Einsatz ein. HINWEIS Der Luftfilter funktioniert nicht ordnungsgemäß, wenn er falsch herum eingesetzt wird. Stellen Sie sicher, dass der Luftfilter mit dem grünen „Up“-Pfeil nach oben in den Einsatz eingelegt wird und dass der Warnhinweis nicht sichtbar ist. -
Seite 45: Automatisches Software-Update
Wenn das Update ein Firmware-Update enthält, ist nach Abschluss des Firmware-Updates ein automatischer Neustart des Systems erforderlich. Manuelles Software-Update Laden Sie das Installationsprogramm für die System Suite von der Illumina-Website herunter und speichern Sie es an einem Netzwerkspeicherort. Alternativ können Sie die Softwareinstallationsdatei auf einem USB-Laufwerk speichern. -
Seite 46: Ausschalten Des Geräts
Bewegen Sie das Gerät nicht an einen anderen Standort. Ein unsachgemäßes Bewegen des Geräts kann zur Beeinträchtigung der Ausrichtung der optischen Elemente und der Datenintegrität führen. Falls Sie den Standort des Geräts ändern müssen, wenden Sie sich an Ihren Illumina-Vertreter. Dokument-Nr. 15046563 v2 DEU Nur für Forschungszwecke. -
Seite 47: Anhang A Fehlerbehebung
Festlegen der Option zum Senden von Geräteleistungsdaten auf Seite Dateien für die Fehlerbehebung Ein Mitarbeiter des technischen Supports von Illumina kann Kopien von lauf- oder scanspezifischen Dateien anfordern, um Fehler zu beheben. In der Regel werden die folgenden Dateien für die Fehlersuche verwendet. -
Seite 48: Beheben Von Fehlern Der Automatischen Prüfung
Datei wird im Ordner RTALogs gespeichert. Wenn der Lauf erfolgreich durchgeführt wurde, ist die Datei nicht vorhanden. Die Dateien befinden sich in laufspezifischen Ordnern im Ausgabeordner. Fügen Sie das Fehlerprotokoll bei, wenn Sie sich wegen Problemen an den technischen Support von Illumina wenden. Beheben von Fehlern der automatischen Prüfung Falls während der automatischen Prüfung Fehler auftreten, können Sie den jeweiligen Fehler mithilfe der... -
Seite 49: Behälter Für Verbrauchte Reagenzien Ist Voll
Das BaseSpace-Konto oder der Netzwerkserver ist voll. (Netzwerkspeicherplatz) T em peratur Em pf o hlene Maß nahm e Temperature (Temperatur) Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. Temperature sensors Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. (Temperatursensoren) Fans (Lüfter) Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. -
Seite 50: Workflow Für Die Rehybridisierung
NextSeq 500 Systemhandbuch Wählen Sie Continue (Fortfahren). Der Lauf wird automatisch fortgesetzt. Workflow für die Rehybridisierung Wenn die während der ersten Zyklen generierten Kennzahlen eine Intensität von unter 2.500 aufweisen, ist möglicherweise ein Rehybridisierungslauf erforderlich. Bestimmte Bibliotheken mit geringer Varianz können Intensitäten von unter 1.000 aufweisen. - Seite 51 NextSeq 500 Systemhandbuch Beenden des aktuellen Laufs Wählen Sie End Run (Lauf beenden). Wenn Sie zum Bestätigen des Befehls aufgefordert werden, wählen Sie Yes (Ja). Wenn Sie zum Speichern der Fließzelle aufgefordert werden, wählen Sie Yes (Ja). Das Speichern der Fließzelle kann die Verwertbarkeit des aktuellen Laufs nicht garantieren. Achten Sie auf das Ablaufdatum für die Rehybridisierung.
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Seite 52: Anwendungsspezifische Rezepte Und Rezeptordner
Wash: Enthält das Rezept für den manuellen Waschlauf. Systemprüfung Eine Systemprüfung ist für den normalen Betrieb oder die Gerätewartung nicht erforderlich. Die Mitarbeiter des technischen Supports von Illumina bitten Sie jedoch möglicherweise zu Fehlerbehebungszwecken, eine Systemprüfung durchzuführen. HINWEIS Falls ein Gerätewaschlauf fällig ist, führen Sie zuerst den Waschlauf durch, bevor Sie die Systemprüfung starten. -
Seite 53: Durchführen Einer Systemprüfung
Abbildung 23 Verfügbare Systemprüfungen Inaktive Kontrollkästchen im Bildschirm „Select“ (Auswahl) geben an, dass für die Durchführung der entsprechenden Tests die Unterstützung eines Illumina-Mitarbeiters benötigt wird. Durchführen einer Systemprüfung Wählen Sie im Bildschirm „Manage Instrument“ (Gerät verwalten) die Option System Check (Systemprüfung). -
Seite 54: Optik-Prüfung
Der NextSeq-Computer verfügt über zwei Festplatten. Falls auf einer Festplatte Probleme auftreten und ein Ausfall droht, wird eine RAID-Fehlermeldung auf dem Gerät angezeigt, die empfiehlt, dass Sie den technischen Support von Illumina kontaktieren. Normalerweise muss die Festplatte ausgetauscht werden. Die Laufkonfiguration und der normale Betrieb sind weiterhin möglich. Die Fehlermeldung soll eine frühzeitige Planung von Servicemaßnahmen ermöglichen, um Unterbrechungen im normalen Betrieb des Geräts zu... -
Seite 55: Netzwerkspeicherfehler
NextSeq 500 Systemhandbuch Netzwerkspeicherfehler Netzwerkspeicherfehler treten aus folgenden Gründen auf: Insufficient storage space for the output folder (Unzureichender Speicherplatz für den Ausgabeordner): Stellen Sie mehr Speicherplatz auf dem Speichergerät bereit oder verschieben Sie den Ausgabeordner an einen Ort mit ausreichend Speicherplatz. Cannot connect to network storage (Herstellen einer Verbindung zum Netzwerkspeicherort nicht möglich): Überprüfen Sie den Pfad zum Ausgabeordner. -
Seite 56: Einrichten Der Basespace-Konfiguration
BaseSpace Sequence Hub ein. Beispiel: https://IhrLabor.basespace.illumina.com. Wählen Sie Send Instrument Performance Data to Illumina (Geräteleistungsdaten an Illumina senden), um den Überwachungsdienst Illumina Proactive zu aktivieren. Je nach verwendeter NCS-Version kann der Name dieser Einstellung auf der Benutzeroberfläche der Software von dem in diesem Handbuch abweichen. -
Seite 57: Festlegen Des Speicherorts Für Den Ausgabeordner
NextSeq 500 Systemhandbuch Nach Aktivierung dieser Einstellung werden Leistungsdaten des Geräts an Illumina gesendet. Diese Daten helfen Illumina bei der Ermittlung und Behebung von Fehlern, was die Durchführung proaktiver Wartungsarbeiten ermöglicht und die Geräteverfügbarkeit maximiert. Weitere Informationen zu den Vorteilen dieses Dienstes finden Sie im technischen Hinweis zu Illumina Proactive (Dokument- Nr. 1000000052503). -
Seite 58: Anhang B Real-Time Analysis
Anhang B Real-Time Analysis Überblick über Real-Time Analysis Real-Time Analysis-Workflow Sequenzierungsausgabedateien Fließzellenplatten Ordnerstruktur der Ausgabedaten Überblick über Real-Time Analysis Das NextSeq 500-System nutzt eine Implementierung der Real-Time Analysis-Software namens RTA 2. RTA2 wird auf dem Gerätecomputer ausgeführt und extrahiert Intensitäten aus Bildern, führt das Base-Calling durch und weist dem Base-Call einen Qualitäts-Score zu. -
Seite 59: Real-Time Analysis-Workflow
NextSeq-Dateien benötigen bcl2fastq v2.0 oder höher. Die neueste Version von bcl2fastq finden Sie auf der NextSeq-Downloadseite der Illumina-Website. RTA v2 liefert Echtzeitkennzahlen zur Laufqualität, die in InterOp-Dateien gespeichert werden. InterOp- Dateien sind binäre Ausgabedateien mit Kennzahlen zu Platten, Zyklen und zur Read-Ebene. Sie werden benötigt, um Echtzeitkennzahlen im Sequencing Analysis Viewer (SAV) anzeigen zu können. -
Seite 60: Matrizenbildung
NextSeq 500 Systemhandbuch Matrizenbildung Der erste Schritt im RTA-Workflow ist die Matrizenbildung. Hierbei werden die einzelnen Clusterpositionen in einer Platte anhand von X- und Y-Koordinaten definiert. Für die Matrizenbildung werden die Bilddaten der ersten fünf Zyklen des Laufs benötigt. Nachdem der letzte Matrizenzyklus für die Platte aufgenommen wurde, wird die Matrize generiert. -
Seite 61: Cluster Nach Filterung
NextSeq 500 Systemhandbuch RTA 2 korrigiert die Auswirkungen der Phasierung und der Vorphasierung, sodass bei jedem Zyklus des Laufs eine maximale Datenqualität erzielt wird. Base-Calling Beim Base-Calling wird eine Base (A, C, G oder T) für jeden Cluster einer bestimmten Platte eines bestimmten Zyklus festgelegt. -
Seite 62: Qualitätsbewertung
NextSeq 500 Systemhandbuch Um eine höhere Zuverlässigkeit beim Demultiplexing zu erzielen, wählen Sie Indexsequenzen, die für jeden Zyklus in mindestens einem Kanal, vorzugsweise aber in beiden Kanälen, Signale generieren. Wenn Sie Folgendes beachten, vermeiden Sie Indexkombinationen, die in jedem Zyklus nur G-Basen liefern. Roter Kanal –... -
Seite 63: Sequenzierungsausgabedateien
NextSeq 500 Systemhandbuch Sequenzierungsausgabedateien Dateityp Dateibeschreibung , Speichero rt und Nam e Base-Call-Dateien Jede analysierte Platte wird in eine für jede Lane und für jeden Zyklus zusammengefasste Base- Call-Datei aufgenommen. Die zusammengefasste Datei enthält den Base-Call und den codierten Qualitäts-Score für jeden Cluster dieser Lane. Data\Intensities\BaseCalls\L00[X]: Die Dateien werden in einem Ordner pro Lane gespeichert. -
Seite 64: Fließzellenplatten
NextSeq 500 Systemhandbuch Fließzellenplatten Platten sind kleine Bildgebungsbereiche auf der Fließzelle, die von der Kamera als das Bildfeld betrachtet werden. Die Gesamtzahl der Platten hängt von der Anzahl der Lanes, Bildstreifen und Oberflächen, die auf der Fließzelle aufgenommen werden, sowie davon ab, wie die Kameras beim Sammeln der Bilder zusammenarbeiten. -
Seite 65: Kameranummerierung
NextSeq 500 Systemhandbuch Bildstreifennummerierung Jede Lane wird mit drei Bildstreifen aufgenommen. Die Bildstreifen haben bei Hochleistungsfließzellen die Nummern 1–3. Abbildung 27 Bildstreifennummerierung Kameranummerierung Das NextSeq 500-System verwendet sechs Kameras, um die Fließzelle abzubilden. Die Kameras sind von 1 bis 6 nummeriert. Die Kameras 1 bis 3 nehmen Lane 1 auf. Die Kameras 4 bis 6 nehmen Lane 3 auf. -
Seite 66: Plattennummerierung
NextSeq 500 Systemhandbuch Plattennummerierung Es gibt 12 Platten in jedem Bildstreifen eines Kamerasegments. Die Platten sind ungeachtet der Bildstreifennummer und des Kamerasegments mit 01–12 nummeriert und werden mit zwei Ziffern dargestellt. Abbildung 29 Plattennummerierung Die vollständige Plattennummer umfasst fünf Ziffern, um die Position wie folgt darzustellen: Oberfläche: 1 stellt die obere Oberfläche dar, 2 die untere Oberfläche Bildstreifen: 1, 2 oder 3 Kamera: 1, 2, 3, 4, 5 oder 6... -
Seite 67: Ordnerstruktur Der Ausgabedaten
NextSeq 500 Systemhandbuch Ordnerstruktur der Ausgabedaten Die Steuerungssoftware generiert den Namen des Ausgabeordners automatisch. Data Intensities BaseCalls L001: Base-Call-Dateien für Lane 1, zusammengefasst in einer Datei pro Zyklus. L002: Base-Call-Dateien für Lane 2, zusammengefasst in einer Datei pro Zyklus. L003: Base-Call-Dateien für Lane 3, zusammengefasst in einer Datei pro Zyklus. L004: Base-Call-Dateien für Lane 4, zusammengefasst in einer Datei pro Zyklus. -
Seite 68: Index
Index Analyse Fehler Ausgabedateien 52 Wahrscheinlichkeit 51 Optionen 19-20 Fehler und Warnungen 4 Analyse, primär Fehlerbehebung Signalreinheit 50 Behälter für verbrauchte Reagenzien 38 Ausgabedateien 52 Kennzahlen mit geringer Intensitätenzahl 39 Ausgabedateien, Sequenzierung 52 Kontaktmöglichkeiten 36 Ausgabeordner 19 Laufspezifische Dateien 36 Ausschalten des Geräts 35 Selbsttest 37 Systemprüfung 41... - Seite 69 NextSeq 500 Systemhandbuch Indizierungshinweise 50 Manueller Modus Intensitäten 50 Lauf erstellen 16 InterOp-Dateien 36, 52 Matrizenbildung 49 Miniaturbilder 52 Module, Local Run Manager 19 Kameranummerierung 54 Kennzahlen Base-Calling 50 Nach Filterung (Passing Filter, PF) 50 Clusterdichtezyklen 26 Nachwaschung 28 Intensitätszyklen 26 Natriumhypochlorit, Waschlauf 30 Kompatibilität Netzschalter 10...
- Seite 70 Fließzelle vorbereiten 17 Fließzellenkammertür 19 Technische Unterstützung 61 Indizierungshinweise 50 Laufdauer 16 Laufkennzahlen 26 Local Run Manager 20 Überwachungsdienst Illumina Proactive 12, 45 Local Run Manager-Modus 20 Universal Copy Service (allgemeiner Manueller Modus 21 Kopierdienst) 27 Natriumhypochlorit 30 Update der Software 33...
- Seite 71 NextSeq 500 Systemhandbuch Verbrauchte Reagenzien 22 Zyklen in einem Read 16 Dokument-Nr. 15046563 v2 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Seite 72: Technische Unterstützung
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Dokument-Nr. 15046563 v2 DEU Illumina 5200 Illumina Way San Diego, Kalifornien 92122, USA +1.800.809.ILMN (4566) +1.858.202.4566 (außerhalb von Nordamerika) techsupport@illumina.com www.illumina.com Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. © 2021 Illumina, Inc. Alle Rechte vorbehalten.