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illumina NextSeq 550 Systemhandbuch
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NextSeq
550 Systemhandbuch
®
Nur für Forschungszwecke.
Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
ILLUMINA – EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT
Katalognummer SY-415-9002DOC
Material-Nr. 20006831
Dokument-Nr. 15069765 v02 DEU
März 2016
Anpassen einer kurzen End-to-End-Work ow-Anleitung mit dem Custom Protocol Selector
support.illumina.com/custom-protocol-selector.html

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Verwandte Anleitungen für illumina NextSeq 550

Inhaltszusammenfassung für illumina NextSeq 550

  • Seite 1 NextSeq 550 Systemhandbuch ® Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. ILLUMINA – EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT Katalognummer SY-415-9002DOC Material-Nr. 20006831 Dokument-Nr. 15069765 v02 DEU März 2016 Anpassen einer kurzen End-to-End-Work ow-Anleitung mit dem Custom Protocol Selector support.illumina.com/custom-protocol-selector.html...
  • Seite 2 Produkts (der hier beschriebenen Produkte) und für keinen anderen Bestimmungszweck ausgelegt. Dieses Handbuch und dessen Inhalt dürfen ohne schriftliches Einverständnis von Illumina nicht verwendet und zu keinem anderen Zweck verteilt bzw. anderweitig übermittelt, offengelegt oder auf irgendeine Weise reproduziert werden. Illumina überträgt mit diesem Dokument keine Lizenzen unter seinem Patent, Markenzeichen, Urheberrecht oder bürgerlichen Recht bzw.

  • Seite 3: Versionshistorie

    Systemeinstellungen hinzugefügt. Die Anweisungen für die Live-Hilfe wurden aus dem Fehlerbehebungskapitel entfernt. Diese Funktion wurde aus der Steuerungssoftware entfernt. 15069765 B Die Beschreibung der reservierten Behälter auf der Reagenzienkartusche wurde verbessert. 2015 15069765 A Erste Version. 2015 NextSeq 550 Systemhandbuch...
  • Seite 4 Material-Nr. 20006831 Dokument-Nr. 15069765 v02 DEU...

  • Seite 5: Inhaltsverzeichnis

    Ausschalten des Geräts Anhang A Fehlerbehebung Einleitung Dateien für die Fehlerbehebung Beheben von Fehlern der automatischen Prüfung Behälter für verbrauchte Reagenzien ist voll Workflow für die Rehybridisierung BeadChip- und Scan-Fehler Anwendungsspezifische Rezepturen und Rezepturordner Systemprüfung RAID-Fehlermeldung Konfigurieren der Systemeinstellungen NextSeq 550 Systemhandbuch...
  • Seite 6 Anhang B Echtzeitanalyse Überblick über die Echtzeitanalyse Echtzeitanalyse-Workflow Anhang C Ausgabedateien und -ordner Sequenzierungsausgabedateien Ordnerstruktur der Sequenzierungsausgabedaten Scan-Ausgabedateien Ordnerstruktur der ausgegebenen Scan-Daten Index Technische Unterstützung Material-Nr. 20006831 Dokument-Nr. 15069765 v02 DEU...

  • Seite 7: Kapitel 1 Überblick

    Kapitel 1 Überblick Überblick Einleitung Weitere Ressourcen Gerätekomponenten Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien -Überblick NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 8: Einleitung

    Geräts. Beim Durchführen des Laufs werden die Ausgabedateien in Echtzeit nach BaseSpace bzw. BaseSpace Onsite gestreamt. Funktionen für das Array-Scannen Integriertes Array-Scannen in der Steuerungssoftware: Das NextSeq 550-System ermöglicht den Wechsel vom Array-Scannen zur Hochdurchsatzsequenzierung auf demselben Gerät und mit derselben Steuerungssoftware..

  • Seite 9: Weitere Ressourcen

    Sequenzierungs-Primern anstelle (Dokument-Nr. 15057456) von Illumina-Sequenzierungs-Primern. ® Hilfe zu BaseSpace Bietet Informationen zur Verwendung von BaseSpace (help.basespace.illumina.com) den verfügbaren Analyseoptionen. Auf der NextSeq 550-Supportseite der Illumina-Website können Sie auf Dokumentation, Software-Downloads, Online-Schulungen und häufig gestellte Fragen zugreifen. NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 10: Reagenzien- Und Pufferkammer

    Tür der Bildgebungskammer automatisch geschlossen und die Komponenten werden in Position gebracht. Reagenzien- und Pufferkammer Zum Konfigurieren eines Sequenzierungslaufs auf dem NextSeq 550-System ist der Zugang zur Reagenzienkammer und zur Pufferkammer erforderlich, um die Verbrauchsmaterialien für den Lauf zu laden und den Behälter für verbrauchte Reagenzien zu leeren.

  • Seite 11: Statussymbole

    Konfigurieren eines Sequenzierungslaufs bzw. eines Array-Scans. Echtzeitanalyse-Software (RTA): Bei Sequenzierungsläufen führt RTA eine Bildanalyse sowie Base-Calling während des Laufs durch. Das NextSeq 550-System verwendet RTA v2, die gegenüber vorherigen Versionen wichtige Unterschiede bei der Architektur und den Funktionen aufweist. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter...
  • Seite 12 Statussymbol Statusname Beschreibung Warnung Eine Warnung ist aufgetreten. Warnungen stoppen einen Lauf nicht und es ist keine Aktion erforderlich, damit der Lauf fortgesetzt werden kann. Fehler Ein Fehler ist aufgetreten. Bei Fehlern sind Maßnahmen erforderlich, bevor der Lauf fortgesetzt werden kann. Wenn eine Bedingungsänderung auftritt, blinkt das entsprechende Symbol, um Sie darauf aufmerksam zu machen.

  • Seite 13: Wiederverwendbarer Beadchip-Adapter - Überblick

    Der wiederverwendbare BeadChip-Adapter hält den BeadChip während des Scan- Vorgangs. Mit der Halteklammer des Adapterfachs wird der BeadChip sicher befestigt. Anschließend wird der BeadChip-Adapter auf den Tisch in der Bildgebungskammer geladen. Abbildung 3 Wiederverwendbarer BeadChip-Adapter BeadChip-Adapter Halteklammer NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 14: Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien -Überblick

    Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien -Überblick Zur Durchführung eines Sequenzierungslaufs auf dem NextSeq 550-System ist ein NextSeq 500/550-Kit für den Einmalgebrauch erforderlich. Jedes Kit enthält eine Fließzelle sowie die zur Durchführung eines Sequenzierungslaufs benötigten Reagenzien. Bei der Fließzelle, der Reagenzienkartusche und der Pufferflasche wird das RFID-Tracking (Radio Frequency Identification) für die genaue Nachverfolgung von Verbrauchsmaterialien...

  • Seite 15: Überblick Über Die Reagenzienkartusche

    Handschuhen und Laborkittel. Verbrauchte Reagenzien sind als chemische Abfälle zu behandeln. Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden Sicherheitsstandards Ihrer Region. Umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS) für dieses Kit unter support.illumina.com/sds.html. NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 16: Überblick Über Die Pufferflasche

    Reservierte Behälter Abbildung 6 Nummerierte Behälter Position Beschreibung 7, 8 und 9 Reserviert für optionale anwendungsspezifische Primer Laden der Bibliotheken Weitere Informationen zu anwendungsspezifischen Primern finden Sie im Benutzerhandbuch zu anwendungsspezifischen Primern (Dokument-Nr. 15057456). Herausnehmbarer Behälter in Position 6 Die vorgefüllte Reagenzienkartusche beinhaltet ein Denaturierungsreagenz in Position 6, das Formamid enthält.

  • Seite 17: Kapitel 2 Erste Schritte

    Kapitel 2 Erste Schritte Erste Schritte Starten des Geräts Anpassen der Systemeinstellungen Anpassen der Laufeinstellungen Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien und Geräte NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 18: Starten Des Geräts

    Starten des Geräts Bringen Sie den Hauptnetzschalter in die Position I (EIN). Abbildung 8 Netzschalter auf der Rückseite des Geräts Drücken Sie die Ein/Aus-Taste über der Reagenzienkammer. Die Ein/Aus-Taste schaltet das Gerät ein und startet den integrierten Gerätecomputer und die Software. Abbildung 9 Ein/Aus-Taste auf der Vorderseite des Geräts Warten Sie, bis das Betriebssystem vollständig geladen wurde.

  • Seite 19: Anpassen Der Systemeinstellungen

    Geben Sie im Feld „Nick Name“ (Kurzname) einen bevorzugten Namen für das Gerät ein. Wählen Sie Save (Speichern), um die Einstellungen zu speichern und mit dem nächsten Bildschirm fortzufahren. Das Bild und der Name erscheinen links oben in jedem Bildschirm. NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 20: Anpassen Der Laufeinstellungen

    Anpassen der Laufeinstellungen Die Steuerungssoftware enthält benutzerdefinierbare Einstellungen für die Laufkonfiguration und die Entsorgung nicht verwendeter Reagenzien. Festlegen von Laufkonfigurationsoptionen Wählen Sie im Bildschirm „Manage Instrument“ (Gerät verwalten) die Option System Customization (Anpassung des Systems). Wählen Sie Save (Speichern), um zum Bildschirm „Run Customization“ (Laufanpassung) zu gelangen.

  • Seite 21: Vom Benutzer Bereitzustellende Verbrauchsmaterialien Und Geräte

    Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien und Geräte Die folgenden Verbrauchsmaterialien und Geräte werden auf dem NextSeq 550-System verwendet. Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien für Sequenzierungsläufe Verbrauchsmaterial Anbieter Zweck 1 N NaOH Allgemeiner Laborlieferant Bibliotheksdenaturierung, (Natriumhydroxid) verdünnt auf 0,2 N 200 mM Tris-HCl, pH7...

  • Seite 22: Vom Benutzer Bereitzustellende Geräte

    Vom Benutzer bereitzustellende Geräte Element Quelle Gefrierschrank, -25 °C bis -15 °C, frostfrei Allgemeiner Laborlieferant Eiskübel Allgemeiner Laborlieferant Kühlschrank, 2 °C bis 8 °C Allgemeiner Laborlieferant Material-Nr. 20006831 Dokument-Nr. 15069765 v02 DEU...

  • Seite 23: Kapitel 3 Sequenzierung

    Kapitel 3 Sequenzierung Sequenzierung Einleitung Sequenzierungsworkflow Vorbereiten der Reagenzienkartusche Vorbereiten der Fließzelle Vorbereiten von Bibliotheken für die Sequenzierung Konfigurieren eines Sequenzierungslaufs Überwachen des Lauffortschritts Automatischer Nachwaschlauf NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 24: Einleitung

    Einleitung Um auf dem NextSeq 550-System einen Sequenzierungslauf durchzuführen, bereiten Sie die Reagenzienkartusche und die Fließzelle vor und befolgen Sie die Anweisungen der Software für das Konfigurieren und Starten des Laufs. Die Clusterbildung und die Sequenzierung werden im Gerät durchgeführt. Nach dem Lauf wird automatisch ein Gerätewaschlauf unter Verwendung bereits auf dem Gerät geladener Komponenten...

  • Seite 25: Sequenzierungsworkflow

    Sequenzierungsworkflow Für Konfigurationen mit Illumina BaseSpace oder BaseSpace Onsite: Konfigurieren Sie den Lauf auf der Registerkarte „BaseSpace Prep“(BaseSpace-Vorbereitung). Weitere Informationen hierzu finden Sie in der Hilfe zu BaseSpace (help.basespace.illumina.com). Bereiten Sie eine neue Reagenzienkartusche vor: auftauen und überprüfen. Bereiten Sie eine neue Fließzelle vor: auf Raumtemperatur bringen, auspacken und inspizieren.

  • Seite 26: Vorbereiten Der Reagenzienkartusche

    Handschuhen und Laborkittel. Verbrauchte Reagenzien sind als chemische Abfälle zu behandeln. Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden Sicherheitsstandards Ihrer Region. Umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS) für dieses Kit unter support.illumina.com/sds.html. Material-Nr. 20006831 Dokument-Nr. 15069765 v02 DEU...

  • Seite 27: Vorbereiten Der Fließzelle

    Öffnen Sie die klare, aufklappbare Plastikverpackung und nehmen Sie die Fließzelle heraus. Abbildung 11 Herausnehmen aus der aufklappbaren Verpackung Reinigen Sie die Glasoberfläche der Fließzelle mit einem fusselfreien Alkoholtupfer. Trocknen Sie das Glas mit einem fusselfreien Labortuch. NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 28: Vorbereiten Von Bibliotheken Für Die Sequenzierung

    Vorbereiten von Bibliotheken für die Sequenzierung Das Bibliotheksvolumen und die Ladekonzentration sind je nach verwendeter NCS-Version unterschiedlich. Steuerungssoftware- Bibliotheksvolumen Bibliothekskonzentration Version: NCS v1.3 oder höher 1,3 ml 1,8 pM NCS v1.2 oder niedriger 3 ml Denaturieren und Verdünnen von Bibliotheken Denaturieren und verdünnen Sie Ihre Bibliotheken auf ein Ladevolumen von 1,3 ml und eine Ladekonzentration von 1,8 pM.

  • Seite 29: Konfigurieren Eines Sequenzierungslaufs

    Die Tür wird automatisch geschlossen, die Fließzellen-ID wird angezeigt und die Sensoren sind markiert. Wählen Sie Next (Weiter). Leeren des Behälters für verbrauchte Reagenzien Entfernen Sie den Behälter für verbrauchte Reagenzien und entsorgen Sie den Inhalt gemäß den geltenden Vorschriften. NextSeq 550 Systemhandbuch...
  • Seite 30 Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden Sicherheitsstandards Ihrer Region. Umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS) für dieses Kit unter support.illumina.com/sds.html. Schieben Sie den leeren Behälter für verbrauchte Reagenzien bis zum Anschlag in die Pufferkammer.

  • Seite 31: Einsetzen Der Pufferflasche

    Behälter in Position 6 entfernt werden. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Herausnehmen des gebrauchten Behälters in Position 6 auf Seite Schieben Sie die Reagenzienkartusche bis zum Anschlag in die Reagenzienkammer und schließen Sie dann die Tür der Reagenzienkammer. NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 32: Festlegen Von Laufparametern

    Abbildung 17 Laden der Reagenzienkartusche Wählen Sie Load (Laden). Die Software bringt die Kartusche automatisch in Position (ca. 30 Sekunden), die ID der Reagenzienkartusche wird angezeigt und die Sensoren sind markiert. Wählen Sie Next (Weiter). Herausnehmen des gebrauchten Behälters in Position 6 Nachdem Sie die gebrauchte Reagenzienkartusche aus dem Gerät entfernt haben, nehmen Sie die Gummischutzabdeckung über dem Schlitz neben Position 6 ab.

  • Seite 33: Auswählen Eines Verfügbaren Laufs (Basespace-Konfiguration)

    Index 2: Geben Sie die Anzahl der Zyklen ein, die für den Index 2 (i5) Primer erforderlich sind. Die Steuerungssoftware überprüft Ihre Eingaben anhand der folgenden Kriterien: Die Gesamtzahl der Zyklen überschreitet die zulässige Maximalzahl nicht Read 1 umfasst mehr Zyklen als die fünf Zyklen der Matrizenbildung. NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 34: Überprüfen Der Automatischen Systemprüfung

    Die Anzahl der Index-Read-Zyklen ist nicht höher als die Anzahl der Read 1- und Read 2-Zyklen [Optional] Wenn Sie anwendungsspezifische Primer verwenden, aktivieren Sie das jeweilige Kontrollkästchen für die verwendeten Primer. Weitere Informationen finden Sie im NextSeq-Benutzerhandbuch zu anwendungsspezifischen Primern (Dokument-Nr. 15057456).

  • Seite 35: Überwachen Des Lauffortschritts

    HINWEIS Nachdem Sie „Home“ (Startseite) ausgewählt haben, können Sie nicht mehr zur Anzeige der Laufkennzahlen zurückkehren. Die Laufkennzahlen sind allerdings auf BaseSpace vorhanden und können zudem von einem eigenständigen Computer aus mit dem Sequenzierungsanalyse-Viewer (SAV) angezeigt werden. NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 36: Zyklen Für Laufkennzahlen

    Laufkennzahlen werden nach Zyklus 25 angezeigt und umfassen Clusterdichte, Cluster nach Filterung, Menge und Qualitäts-Scores. Datenübertragung Je nach ausgewählter Analysekonfiguration erscheint während des Laufs ein Symbol auf dem Bildschirm, um den Status der Datenübertragung anzuzeigen. Status Illumina BaseSpace Eigenständiges BaseSpace Onsite Gerät...

  • Seite 37: Automatischer Nachwaschlauf

    Waschlaufs bleiben die Sequenzierungsergebnisse auf dem Bildschirm eingeblendet. Nach dem Waschlauf Nach dem Waschlauf bleiben die Sipper in der unteren Position, wodurch verhindert wird, dass Luft in das System eindringt. Lassen Sie die Kartuschen bis zur nächsten Ausführung stehen. NextSeq 550 Systemhandbuch...
  • Seite 38 Material-Nr. 20006831 Dokument-Nr. 15069765 v02 DEU...

  • Seite 39: Kapitel 4 Scannen

    Kapitel 4 Scannen Scannen Einleitung Scan-Workflow Herunterladen des DMAP-Ordners Einsetzen des BeadChips in den Adapter Konfigurieren eines Scan-Vorgangs Überwachen des Scan-Fortschritts NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 40: Einleitung

    Einleitung Zur Durchführung eines Scan-Vorgangs auf dem NextSeq 550 benötigen Sie folgende Laufkomponenten: Einen hybridisierten und mit Stain versetzten BeadChip Den wiederverwendbaren BeadChip-Adapter DMAP-Dateien für den von Ihnen verwendeten BeadChip Eine Manifestdatei für den von Ihnen verwendeten BeadChip Eine Clusterdatei für den von Ihnen verwendeten BeadChip Beim Scan-Vorgang werden Ausgabedateien generiert und in eine Warteschlange zum Übertragen an den angegebenen Ausgabeordner eingereiht.

  • Seite 41: Scan-Workflow

    Laden Sie den BeadChip-Adapter auf das Gerät. Geben Sie die Scan-Parameter an: Speicherort des DMAP-Ordners und der Ausgabe. Überprüfen Sie die Ergebnisse der automatischen Prüfung. Wählen Sie Start. Überwachen Sie den Scan-Fortschritt über die Benutzeroberfläche der Steuerungssoftware. NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 42: Herunterladen Des Dmap-Ordners

    Herunterladen des DMAP-Ordners Sie können mithilfe des Decode File Client nach Konto oder nach BeadChip (Standardansicht) auf den DMAP-Ordner zugreifen. Zugriff auf den DMAP-Ordner nach Konto Wählen Sie auf der Hauptregisterkarte des Decode File Client eine Option für das Herunterladen: AutoPilot All BeadChips not yet downloaded (Alle BeadChips noch nicht heruntergeladen) All BeadChips (Alle BeadChips)

  • Seite 43: Einsetzen Des Beadchips In Den Adapter

    Abbildung 22 Überprüfen der korrekten Position des BeadChips Richtige Position: Der BeadChip liegt flach auf dem Adapter, wenn die Klammer losgelassen wird. Falsche Position: Der BeadChip liegt nicht flach auf dem Adapter, wenn die Klammer losgelassen wird. NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 44: Konfigurieren Eines Scan-Vorgangs

    Abfälle zu behandeln. Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden Sicherheitsstandards Ihrer Region. Umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS) für dieses Kit unter support.illumina.com/sds.html. Schließen Sie die Tür der Reagenzien- und der Pufferkammer. Laden des BeadChip-Adapters Verwenden Sie zum Positionieren des BeadChip-Adapters auf dem Tisch die Ausrichtungsstifte.
  • Seite 45 Wählen Sie zum erneuten Starten der Prüfung das Symbol . Die Prüfung wird beim ersten unvollständigen oder fehlgeschlagenen Test fortgesetzt. Wenn Sie die Ergebnisse der einzelnen Prüfungen in einer Kategorie ansehen möchten, wählen Sie das Symbol aus, um die Kategorie zu erweitern. NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 46: Starten Des Scan-Vorgangs

    Starten des Scan-Vorgangs Wählen Sie nach Abschluss der automatischen Prüfung Start (Starten). Der Scan-Vorgang beginnt. Informationen darüber, wie Sie das System so konfigurieren, dass nach einer bestandenden Prüfung der Scan-Vorgang automatisch gestartet wird, finden Sie unter Festlegen von Laufkonfigurationsoptionen auf Seite Material-Nr.

  • Seite 47: Überwachen Des Scan-Fortschritts

    Stellen Sie vor Beginn des nächsten Scan-Vorgangs sicher, dass die Daten im Ausgabeordner gespeichert wurden. Dies ist der Fall, wenn sich GTC-Dateien im Barcode- Ordner befinden. Weitere Informationen finden Sie unter Ordnerstruktur der ausgegebenen Scan-Daten auf Seite NextSeq 550 Systemhandbuch...
  • Seite 48 Falls die Verbindung unterbrochen wird, wird die Datenübertragung automatisch fortgesetzt, sobald die Verbindung wiederhergestellt wurde. Jede Datei muss innerhalb einer Stunde nach ihrer Einreihung in die Warteschlange an den Ausgabeordner übertragen werden. Nach Ablauf dieser Frist oder wenn das Gerät vor dem Ende der Übertragung neu gestartet wird, werden die Daten nicht an den Ausgabeordner übertragen.

  • Seite 49: Kapitel 5 Wartung

    Kapitel 5 Wartung Wartung Einleitung Durchführen eines manuellen Waschlaufs Software-Updates Ausschalten des Geräts NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 50: Einleitung

    Software-Updates auf Seite Präventive Wartung Illumina empfiehlt, jährlich eine präventive Wartung durchführen zu lassen. Wenn Sie keinen Servicevertrag abgeschlossen haben, wenden Sie sich an den für Ihre Region zuständigen Kundenbetreuer oder an den technischen Support von Illumina, um einen Termin für eine kostenpflichtige präventive Wartung zu vereinbaren.

  • Seite 51: Durchführen Eines Manuellen Waschlaufs

    Reagenzienkartusche für den Waschlauf und Pufferflasche für den Waschlauf Vorbereiten eines manuellen Nachwaschlaufs Vom Benutzer bereitzustellende Volumen und Beschreibung Verbrauchsmaterialien • NaOCl 1 ml, verdünnt auf 0,12 % Wird in die Reagenzienkartusche für den Waschlauf gegeben (Position 28) NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 52: Vorbereiten Eines Schnellwaschlaufs

    Vom Benutzer bereitzustellende Volumen und Beschreibung Verbrauchsmaterialien • 100 % Tween 20 Wird verwendet, um 125 ml 0,05-%-Tween-20- Waschlösung zu erzeugen • Wasser in Laborqualität Wird in die Pufferflasche für den Waschlauf gegeben (mittlerer Behälter) HINWEIS Verwenden Sie stets eine frische NaOCl-Lösung, die innerhalb der vorherigen 24 Stunden vorbereitet wurde.

  • Seite 53: Laden Einer Gebrauchten Fließzelle Und Der Waschlaufkartuschen

    Reagenzien sind als chemische Abfälle zu behandeln. Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden Sicherheitsstandards Ihrer Region. Umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS) für dieses Kit unter support.illumina.com/sds.html. Schieben Sie den leeren Behälter für verbrauchte Reagenzien bis zum Anschlag in die Pufferkammer.

  • Seite 54: Software-Updates

    Wenn das Update ein Firmware-Update enthält, ist nach Abschluss des Firmware-Updates ein automatischer Neustart des Systems erforderlich. Manuelles Software-Update Laden Sie das Installationsprogramm für die System Suite von der Illumina-Website herunter und speichern Sie es an einem Netzwerkspeicherort. Alternativ können Sie die Softwareinstallationsdatei auf einem USB-Laufwerk speichern.
  • Seite 55 Lesen Sie die Liste der Software, die in diesem Update enthalten ist. Nach Abschluss des Software-Updates wird die Steuerungssoftware automatisch neu gestartet. HINWEIS Wenn das Update ein Firmware-Update enthält, ist nach Abschluss des Firmware-Updates ein automatischer Neustart des Systems erforderlich. NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 56: Ausschalten Des Geräts

    Bewegen Sie das Gerät nicht an einen anderen Standort. Ein unsachgemäßes Bewegen des Geräts kann zur Beeinträchtigung der Ausrichtung der optischen Elemente und der Datenintegrität führen. Falls Sie den Standort des Geräts ändern müssen, wenden Sie sich an Ihren Illumina-Vertreter. Material-Nr. 20006831 Dokument-Nr. 15069765 v02 DEU...

  • Seite 57: Anhang A Fehlerbehebung

    Anhang A Fehlerbehebung Fehlerbehebung Einleitung Dateien für die Fehlerbehebung Beheben von Fehlern der automatischen Prüfung Behälter für verbrauchte Reagenzien ist voll Workflow für die Rehybridisierung BeadChip- und Scan-Fehler Anwendungsspezifische Rezepturen und Rezepturordner Systemprüfung RAID-Fehlermeldung Konfigurieren der Systemeinstellungen NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 58: Einleitung

    Einleitung Falls Sie technische Fragen haben, besuchen Sie die NextSeq 550-Supportseiten der Illumina-Website. Die Supportseiten bieten Zugriff auf Dokumentation, Downloads und häufig gestellte Fragen. Melden Sie sich bei Ihrem MyIllumina-Konto an, um Zugang zu den Support-Bulletins zu erhalten. Wenden Sie sich hinsichtlich Problemen mit der Laufqualität oder der Leistung an den technischen Support von Illumina.

  • Seite 59: Dateien Für Die Fehlerbehebung

    Dateien für die Fehlerbehebung Ein Mitarbeiter des technischen Supports von Illumina kann Kopien von lauf- oder scanspezifischen Dateien anfordern, um Fehler zu beheben. In der Regel werden die folgenden Dateien für die Fehlersuche verwendet. Dateien für die Fehlerbehebung bei Sequenzierungsläufen Schlüsseldatei...

  • Seite 60: Dateien Für Die Fehlerbehebung Bei Array-Scan-Vorgängen

    RTA-Fehlerprotokoll. Diese Datei wird im Ordner RTALogs gespeichert. Wenn der Lauf erfolgreich durchgeführt wurde, ist die Datei nicht vorhanden. Fügen Sie das Fehlerprotokoll bei, wenn Sie sich wegen Problemen an den technischen Support von Illumina wenden. Dateien für die Fehlerbehebung bei Array-Scan-Vorgängen Schlüsseldatei...

  • Seite 61: Beheben Von Fehlern Der Automatischen Prüfung

    Temperatur Empfohlene Aktion Temperature (Temperatur) Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. Temperature sensors Wenden Sie sich an den technischen Support von (Temperatursensoren) Illumina. Fans (Lüfter) Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 62: Tests Für Array-Scans

    Bildgebungssystem Empfohlene Aktion Imaging limits Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. (Bildgebungsbeschränkungen) Z Steps-and-Settle (Z-Tisch – Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. Schritt und Positionseinnahme) Bit Error Rate (Bit-Fehlerrate) Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina.
  • Seite 63 Network Disk Space Das BaseSpace-Konto oder der Netzwerkserver ist voll. (Netzwerkspeicherplatz) Bildgebungssystem Empfohlene Aktion Imaging limits Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. (Bildgebungsbeschränkungen) Z Steps-and-Settle (Z-Tisch – Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. Schritt und Positionseinnahme) Bit Error Rate (Bit-Fehlerrate) Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina.

  • Seite 64: Behälter Für Verbrauchte Reagenzien Ist Voll

    Behälter für verbrauchte Reagenzien ist voll Starten Sie einen Lauf stets mit einem leeren Behälter für verbrauchte Reagenzien. Wenn Sie einen Lauf starten, ohne den Behälter für verbrauchte Reagenzien zu leeren, sorgen Systemsensoren dafür, dass der Lauf unterbrochen wird, sobald der Behälter voll ist. Die Systemsensoren können einen Lauf nicht während des Clusterings, der Paired-End- Resynthese oder des automatischen Nachwaschlaufs anhalten.

  • Seite 65: Workflow Für Die Rehybridisierung

    Zur Durchführung eines Rehybridisierungslaufs sind eine neue NextSeq- Reagenzienkartusche und -Pufferflasche erforderlich, unabhängig davon, zu welchem Zeitpunkt der Lauf gestoppt wurde. Beenden des aktuellen Laufs Wählen Sie End Run (Lauf beenden). Wenn Sie zum Bestätigen des Befehls aufgefordert werden, wählen Sie Yes (Ja). NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 66: Konfigurieren Eines Neuen Laufs Auf Der Registerkarte "Basespace Prep" (Basespace-Vorbereitung)

    Wenn Sie zum Speichern der Fließzelle aufgefordert werden, wählen Sie Yes (Ja). Achten Sie auf das Ablaufdatum für die Rehybridisierung. Entfernen Sie die gespeicherte Fließzelle und lagern Sie sie bei 2 °C bis 8 °C, bis Sie den Rehybridisierungslauf konfigurieren können. HINWEIS Sie können die Fließzelle bis zu sieben Tage bei 2 °C bis 8 °C in der aufklappbaren Schachtel aus Kunststoff ohne die feuchteabsorbierende Verpackung aufbewahren.

  • Seite 67: Beadchip- Und Scan-Fehler

    Erhöht für jeden erneuten Scan-Vorgang den Scan-Zähler um eins (dies erfolgt im Hintergrund). Der Ausgabeordner wird nicht durch die Software umbenannt. Erneut scannen oder einen neuen Scan-Vorgang starten Wählen Sie Rescan (Erneut scannen), um Proben mit fehlgeschlagenen Abschnitten zu scannen. NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 68: Ersetzen Von Manifest- Und Clusterdateien

    Sie die Dateien an Ihren bevorzugten Netzwerkspeicherort. HINWEIS Stellen Sie sicher, dass Sie Manifest- und Clusterdateien auswählen, die mit dem NextSeq 550-System kompatibel sind. Bei kompatiblen Dateien steht NS550 im Dateinamen. Falls sich der Speicherort geändert hat, ändern Sie ihn im Bildschirm „BeadChip Scan Configuration“...

  • Seite 69: Anwendungsspezifische Rezepturen Und Rezepturordner

    Mid: Angepasste Rezepturen, die mit einem Kit für mittlere Leistung verwendet werden. High: Originalrezepturen, die mit einem Hochleistungskit verwendet werden. Mid: Originalrezepturen, die mit einem Kit für mittlere Leistung verwendet werden. Wash: Enthält die Rezeptur für den manuellen Waschlauf. NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 70: Systemprüfung

    Systemprüfung Eine Systemprüfung ist für den normalen Betrieb oder die Gerätewartung nicht erforderlich. Die Mitarbeiter des technischen Supports von Illumina bitten Sie jedoch möglicherweise zu Fehlerbehebungszwecken, eine Systemprüfung durchzuführen. HINWEIS Falls ein Gerätewaschlauf fällig ist, führen Sie zuerst den Waschlauf durch, bevor Sie die Systemprüfung starten.

  • Seite 71: Optik-Prüfung

    (Druckdämpfung) nachzuweisen, dass die Fließzelle ordnungsgemäß in der Sequenzierungsposition eingesetzt ist. Flow Rate (Fließrate) Prüft die Funktion der Blasensensoren, die zum Ermitteln von Luft in den Reagenzienleitungen verwendet werden. Misst die Fließraten, um Verschlüsse oder Lecks auszuschließen. NextSeq 550 Systemhandbuch...
  • Seite 72 Thermische Prüfungen Systemprüfung Beschreibung Fans (Lüfter) Prüft die Geschwindigkeit der Systemlüfter in Pulse pro Minute (PPM), um sicherzustellen, dass die Lüfter funktionieren. Lüfter, die nicht funktionieren, geben einen negativen Wert zurück. Thermal Probes Prüfen die durchschnittliche Temperatur jedes Wärmesensors. (Wärmefühler) Wärmesensoren, die nicht funktionieren, geben einen negativen Wert zurück.

  • Seite 73: Raid-Fehlermeldung

    Der NextSeq-Computer verfügt über zwei Festplatten. Falls auf einer Festplatte Probleme auftreten und ein Ausfall droht, wird eine RAID-Fehlermeldung auf dem Gerät angezeigt, die empfiehlt, dass Sie den technischen Support von Illumina kontaktieren. Oft muss die Festplatte ausgetauscht werden. Die Laufkonfiguration und der normale Betrieb sind weiterhin möglich. Zweck der Meldung ist, Sie im Voraus über erforderliche Servicemaßnahmen zu informieren, um...

  • Seite 74: Konfigurieren Der Systemeinstellungen

    Konfigurieren der Systemeinstellungen Das System wird während der Installation konfiguriert. Falls jedoch eine Änderung erforderlich ist oder das System neu konfiguriert werden muss, verwenden Sie die Systemkonfigurationsoptionen. Network Configuration (Netzwerkkonfiguration): Bietet Optionen zum Festlegen der IP- Adresse, der Adresse des DNS-Servers, des Computernamens und des Domänennamens.

  • Seite 75: Einrichten Der Basespace-Konfiguration

    Wählen Sie Save (Speichern), um mit dem Bildschirm „BaseSpace“ fortzufahren. Wenn Sie „BaseSpace“ oder „BaseSpace Onsite“ ausgewählt haben, legen Sie die folgenden BaseSpace-Parameter fest: Geben Sie unter User Name (Benutzername) und Password (Kennwort) einen Benutzernamen und ein Kennwort ein, um das Gerät bei BaseSpace zu registrieren. NextSeq 550 Systemhandbuch...
  • Seite 76 Laufkonfiguration übersprungen. Wenn Sie BaseSpace ausgewählt haben, aktivieren Sie die Option Send instrument health information to Illumina (Gerätestatusinformationen an Illumina senden), um Protokolldateien an Illumina zu senden. Diese Option steht nicht für BaseSpace Onsite zur Verfügung. Wählen Sie Save (Speichern).

  • Seite 77: Anhang B Echtzeitanalyse

    Anhang B Echtzeitanalyse Echtzeitanalyse Überblick über die Echtzeitanalyse Echtzeitanalyse-Workflow NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 78: Überblick Über Die Echtzeitanalyse

    Überblick über die Echtzeitanalyse Das NextSeq 550-System nutzt eine Implementierung der Echtzeitanalyse-Software namens RTA v2. RTA v2 wird auf dem Gerätecomputer ausgeführt und extrahiert Intensitäten aus Bildern, führt das Base-Calling durch und weist dem Base-Call einen Qualitäts-Score zu. RTA v2 und die Steuerungssoftware kommunizieren über ein HTTP-Webinterface und gemeinsame Speicherbereiche.

  • Seite 79: Fehlerbehandlung

    Read-Ebene. Sie werden benötigt, um Echtzeitkennzahlen im Sequenzierungsanalyse-Viewer (SAV) ansehen zu können. Die neueste Version von SAV finden Sie auf der SAV-Downloadseite der Illumina-Website. Fehlerbehandlung RTA v2 erstellt Protokolldateien und speichert sie im Ordner „RTALogs“. Fehler werden im *.tsv-Format in einer Fehlerdatei aufgezeichnet.

  • Seite 80: Echtzeitanalyse-Workflow

    Echtzeitanalyse-Workflow Definiert die Clusterpositionen. Matrizenbildung Zeichnet die Position der einzelnen Cluster auf der Fließzelle auf Registrierung und und ermittelt einen Intensitätswert für jeden Cluster. Intensitätsextraktion Korrigiert die Auswirkungen der Phasierung und Vorphasierung. Korrektur der Phasierung Legt für jeden Cluster einen Base-Call fest. Base-Calling Weist jedem Base-Call einen Qualitäts-Score zu.
  • Seite 81 Base-Calling Beim Base-Calling wird eine Base (A, C, G oder T) für jeden Cluster einer bestimmten Platte eines bestimmten Zyklus festgelegt. Das NextSeq 550-System verwendet die Zweikanal- Sequenzierung, die nur zwei Bilder benötigt, um die Daten für vier DNA-Basen zu kodieren: ein Bild aus dem roten Kanal und ein Bild aus dem grünen Kanal.

  • Seite 82: Qualitätsbewertung

    Cluster nach Filterung Während des Laufs filtert RTA v2 Rohdaten, um Reads zu entfernen, die dem Schwellenwert für Datenqualität nicht genügen. Überlappende Cluster sowie Cluster niedriger Qualität werden entfernt. Bei der Zweikanalanalyse verwendet RTA v2 ein populationsbasiertes System zum Feststellen der Reinheit eines Base-Calls. Cluster passieren Filter, wenn nicht mehr als ein Base-Call in den ersten 25 Zyklen eine Reinheit von <...

  • Seite 83: Anhang C Ausgabedateien Und -Ordner

    Anhang C Ausgabedateien und -ordner Ausgabedateien und -ordner Sequenzierungsausgabedateien Ordnerstruktur der Sequenzierungsausgabedaten Scan-Ausgabedateien Ordnerstruktur der ausgegebenen Scan-Daten NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 84: Sequenzierungsausgabedateien

    Sequenzierungsausgabedateien Dateityp Dateibeschreibung, Speicherort und Name Base-Call-Dateien Jede analysierte Platte wird in eine für jede Lane und für jeden Zyklus zusammengefasste Base-Call-Datei aufgenommen. Die zusammengefasste Datei enthält den Base-Call und den kodierten Qualitäts-Score für jeden Cluster dieser Lane. Data\Intensities\BaseCalls\L00[X]: Die Dateien werden in einem Ordner pro Lane gespeichert.

  • Seite 85: Fließzellenplatten

    Eine Platte ist der Bereich der pro Kamerasegment Fließzelle, den die Kamera als ein Bild sieht. Gesamtzahl der Die Gesamtzahl der Platten ist aufgenommenen Platten Lanes × Oberflächen × Bildstreifen × Kamerasegmente × Platten pro Bildstreifen pro Segment. NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 86: Lane-Nummerierung

    Bildstreifennummerierung Kameranummerierung Das NextSeq 550-System verwendet sechs Kameras, um die Fließzelle abzubilden. Die Kameras haben die Nummern 1–6. Die Kameras 1–3 nehmen Lane 1 auf. Die Kameras 4–6 nehmen Lane 3 auf. Sobald die Lanes 1 und 3 aufgenommen wurden, bewegt sich das Bildmodul entlang der X-Achse, um die Lanes 2 und 4 aufzunehmen.

  • Seite 87: Plattennummerierung

    Platte 01, 02, 03, 04, 05, 06, 07, 08, 09, 10, 11 oder 12 Beispiel: Die Plattennummer 12508 bedeutet obere Oberfläche, Bildstreifen 2, Kamera 5 und Platte 8. Die vollständige fünfstellige Plattennummer wird im Dateinamen von Miniaturbildern und empirischen Phasierungsdateien verwendet. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Sequenzierungsausgabedateien auf Seite NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 88: Miniaturbildbenennung

    Miniaturbildbenennung Bei jedem Zyklus während der Bildgebung wird von allen Kameras, oberen und unteren Oberflächen ein Miniaturbild für jeden Farbkanal (rot und grün) für die Platten 1, 6 und 12 generiert. Miniaturbilddateien werden im JPG-Format generiert. Jedes Bild wird anhand der Plattennummer benannt. Es wird folgende Benennungskonvention, bei der alle Namen mit s_ beginnen, angewendet: Lane: 1, 2, 3 oder 4 Platte: Plattennummer mit fünf Ziffern, die die Oberfläche, den Bildstreifen, die Kamera...

  • Seite 89: Ordnerstruktur Der Sequenzierungsausgabedaten

    Recipe: Laufspezifische Rezepturdatei mit der Reagenzienkartuschen-ID als Name. RTALogs: Protokolldateien, in denen die Schritte der Analyse beschrieben sind. Thumbnail_Images: Miniaturbilder für Platten 1, 6 und 12 in jedem Bildstreifen bei jedem Zyklus. RTAComplete.xml RTAConfiguration.xml RunInfo.xml RunNotes.xml RunParameters.xml NextSeq 550 Systemhandbuch...

  • Seite 90: Scan-Ausgabedateien

    Scan-Ausgabedateien Dateityp Dateibeschreibung, Speicherort und Name GTC-Dateien Genotypaufrufdatei. Eine GTC-Datei wird für jede auf dem BeadChip gescannte Probe generiert. Der Dateiname besteht aus dem Barcode und dem Namen der gescannten Probe. [Barcode]_[Probe].gtc Bilddateien Die Namen der Bilddateien entsprechen dem gescannten Bereich auf dem BeadChip.

  • Seite 91: Ordnerstruktur Der Ausgegebenen Scan-Daten

    GTC-Dateien: Genotypaufrufdateien (eine Datei pro Probe). IDAT-Dateien: [Optional] Intensitätsdatendateien (zwei Dateien pro Probe; eine Datei pro Kanal). Bilddateien: Scan-Bilder für jede Probe, jeden Abschnitt, jeden Bildstreifen, jede Kamera, jede Platte und jeden Kanal. [Barcode]_sample_metrics.csv [Barcode]_section_metrics.csv ScanParameters.xml NextSeq 550 Systemhandbuch...
  • Seite 92 Material-Nr. 20006831 Dokument-Nr. 15069765 v02 DEU...

  • Seite 93: Index

    Datenübertragung Platten 79 Aktivitätssymbole 30 Plattennummerierung 81 Laufkopierdienst 30 Rehybridisierung 59 Scannen von Daten 41 Reinigen 21 Decode File Client 34 Typen 2 Zugriff nach BeadChip 36 Überblick 8 Zugriff nach Konto 36 Formamid, Position 6 26 NextSeq 550 Systemhandbuch...
  • Seite 94 Gerät Online-Schulungen 3 Ein/Aus-Taste 6 Ordnerspeicherort 27 Konfigurationseinstellungen 68 Starten 12 Gerät verwalten Phasierung, Vorphasierung 74 Anpassung 13 Plattennummerierung 81 Gerätewartung Präventive Wartung 44 Verbrauchsmaterialien 15 Primer-Rehybridisierung 59 Gerätewaschlauf 45 Protokolldateien GTC-Dateien 84 GlobalLog 73 LaneNLog 73 Pufferflasche 10, 25 Hilfe Pufferkammer 4 Dokumentation 3...
  • Seite 95 Ladeoption 14 Fließzelle 23 Fließzelle vorbereiten 21 Indizierungshinweise 76 Laufdauer 18 Laufkennzahlen 29 Natriumhypochlorit 46 Pufferflasche 25 Reagenzienkartusche 20, 25 Selbsttest 28, 39 Sequenzierung 74 Überblick 19, 35 Verbrauchte Reagenzien 23 Zyklen in einem Read 18 NextSeq 550 Systemhandbuch...
  • Seite 96 Material-Nr. 20006831 Dokument-Nr. 15069765 v02 DEU...

  • Seite 97: Technische Unterstützung

    1.800.812949 Andere Länder +44.1799.534000 Italien 800.874909 Sicherheitsdatenblätter (SDS, Safety Data Sheets) sind auf der Illumina-Website unter support.illumina.com/sds.html verfügbar. Die Produktdokumentation steht auf der Illumina-Website im PDF-Format zum Herunterladen zur Verfügung. Gehen Sie zu support.illumina.com, wählen Sie ein Produkt aus und wählen Sie anschließend Documentation & Literature (Dokumentation und Literatur).
  • Seite 98 *20001843* *20001843* Material-Nr. 20006831 Illumina 5200 Illumina Way San Diego, Kalifornien 92122, USA +1.800.809.ILMN (4566) +1.858.202.4566 (außerhalb von Nordamerika) techsupport@illumina.com www.illumina.com...

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