illumina NextSeq 2000 Handbuch
Sequenziersystem
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Andere Handbücher für NextSeq 2000:
- Handbuch (82 Seiten) ,
- Handbuch zur standortvorbereitung (18 Seiten) ,
- Sicherheits- und compliancehandbuch (11 Seiten)
Verwandte Anleitungen für illumina NextSeq 2000
Inhaltszusammenfassung für illumina NextSeq 2000
- Seite 1 NextSeq 2000 Handbuch zum Sequenziersystem Dokument-Nr. 1000000109376 v00 DEU ILLUMINA – EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT März 2020 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
- Seite 2 VERWENDUNG DER HIERIN BESCHRIEBENEN PRODUKTE (EINSCHLIESSLICH TEILEN HIERVON ODER DER SOFTWARE) ENTSTEHEN. © 2020 Illumina, Inc. Alle Rechte vorbehalten. Alle Marken sind Eigentum von Illumina, Inc. bzw. der jeweiligen Eigentümer. Weitere Informationen zu Marken finden Sie unter www.illumina.com/company/legal.html. Dokument-Nr. 1000000109376 v00 DEU...
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Seite 3: Inhaltsverzeichnis
NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Inhaltsverzeichnis Systemüberblick Weitere Ressourcen Gerätehardware Integrierte Software Process Management (Prozessmanagement) Diagramm zum Sequenzierungsprotokoll Funktionsweise der Sequenzierung Systemkonfiguration Anforderungen in Bezug auf Benutzerkonten Festlegen des Standardspeicherorts für den Ausgabeordner Konfigurieren von BaseSpace Sequence Hub Konfigurieren des Laufmodus Verbrauchsmaterialien und Ausstattung Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien Zusätzliche Verbrauchsmaterialien Zusätzliche Ausstattung... - Seite 4 NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Erneutes Lagern von Verbrauchsmaterialien Abbrechen eines Laufs Aus- und Wiedereinschalten des Geräts Wiederherstellen der Werkseinstellungen Speichern eines Systemimages Wiederherstellen eines gespeicherten Images Quellen und Verweise Einstellungen für Probenblätter der Version 2 Index Technische Unterstützung Dokument-Nr. 1000000109376 v00 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Seite 5: Systemüberblick
Kartusche geladen. Anschließend wird die Kartusche in das Gerät geladen. Die integrierte Identifikation ermöglicht eine genaue Nachverfolgung. • NextSeq 2000-Software: Im Gerät ist eine Software-Suite integriert, die die Vorgänge auf dem Gerät steuert, Bilder verarbeitet und Base-Calls generiert. –... -
Seite 6: Weitere Ressourcen
Verfahrensbeschreibungen zur doppelten Indizierung. Nr. 1000000041074) Illumina-Adaptersequenzen Enthält eine Liste mit Adaptersequenzen für Illumina- (Dokument- Bibliotheksvorbereitungskits. Nr. 1000000002694). Gerätehardware Das NextSeq 2000-Sequenziersystem umfasst eine Ein/Aus-Taste, einen Monitor, eine Statusleiste, eine Verbrauchsmaterialienkammer und USB-Anschlüsse. Dokument-Nr. 1000000109376 v00 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. -
Seite 7: Stromanschluss Und Andere Anschlüsse
NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Abbildung 1 Externe Systemkomponenten A. Luftfilterkammer: Ermöglicht den Zugriff auf den austauschbaren Luftfilter. B. Touchscreen-Monitor: Ermöglicht die Systemkonfiguration und -einrichtung am Gerät über die Benutzeroberfläche der Steuerungssoftware. C. Statusleiste: Das farbige Licht zeigt den Fortschritt des Workflows an. Blau und Lila zeigen Interaktionen (z. B. - Seite 8 NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Abbildung 2 Komponenten auf der Rückseite A. Kippschalter: Zum Ein- und Ausschalten des Geräts. B. Stromanschluss: Für den Anschluss des Netzkabels. C. 2 Ethernet-Anschlüsse: Für den Anschluss des optionalen Ethernet-Kabels. D. USB-Anschluss (3.0): Für den Anschluss einer externen Festplatte für die Datenübertragung. Verbrauchsmaterialienkammer Die Verbrauchsmaterialienkammer enthält die Kartusche einschließlich der Fließzelle und der verdünnten Bibliothek für den Sequenzierungslauf.
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Seite 9: Integrierte Software
(Real-Time Analysis, RTA) und Universal Copy Service sind ausschließlich Hintergrundprozesse. Informationen zum System Auf den Bereich „About“ (Info) können Sie über das Menü der Steuerungssoftware oben links zugreifen. Im Bereich „About“ (Info) finden Sie Kontaktdaten von Illumina und folgende Systeminformationen: • Seriennummer des Geräts •... -
Seite 10: Process Management (Prozessmanagement)
Process Management (Prozessmanagement) Der Bildschirm „Process Management“ (Prozessmanagement) zeigt temporäre Läufe an, die unter usr/local/illumina gespeichert wurden. Für alle Läufe werden das Datum, der Name und die ID angezeigt. Außerdem werden für die einzelnen Läufe Informationen zum Status von Lauf, Sekundäranalyse, Ausgabeordner und Cloud angezeigt. Wählen Sie den Lauf, um zusätzliche Informationen wie Workflow, Average % Q30 (Durchschnitt % Q30), Total PF Reads (PF-Reads insgesamt) und Total Yield (Gesamtergebnis) anzuzeigen. -
Seite 11: Diagramm Zum Sequenzierungsprotokoll
NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch • Wenn der Lauf nicht ausgeführt wird, schalten Sie das Gerät aus und wieder ein und öffnen Sie anschließend den Bildschirm „Process Management“ (Prozessmanagement) erneut. Siehe Aus- und Wiedereinschalten des Geräts auf Seite Diagramm zum Sequenzierungsprotokoll Das folgende Diagramm stellt das Sequenzierungsprotokoll des NextSeq 2000 dar. Funktionsweise der Sequenzierung Die Sequenzierung mit dem NextSeq 2000-Sequenziersystem umfasst die Bildung, Sequenzierung und Analyse von Clustern. -
Seite 12: Sequenzierung
Nach Abschluss der Sequenzierung beginnt die Sekundäranalyse. Die Methode der sekundären Datenanalyse ist abhängig von Ihrer Anwendung und der Systemkonfiguration. Sekundäranalyse BaseSpace Sequence Hub ist die Cloud-Computing-Umgebung von Illumina für die Laufüberwachung, Datenanalyse, Speicherung und Zusammenarbeit. Sie hostet DRAGEN- und BaseSpace Sequence Hub- Apps für gängige Analysemethoden zur Sequenzierung. -
Seite 13: Systemkonfiguration
NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Systemkonfiguration Dieser Abschnitt enthält Informationen zur Einrichtung des Systems, einschließlich der Beschreibung der Softwareeinstellungen. In den Anweisungen wird vornehmlich die Steuerungssoftware beschrieben. Darüber hinaus sind einige Informationen zur Konfiguration von Netzwerk und Betriebssystem enthalten. Anforderungen in Bezug auf Benutzerkonten Im Linux-Betriebssystem sind drei Konten vorhanden: •... -
Seite 14: Angeben Eines Externen Laufwerks Als Ausgabeordner
Angabe des Speicherorts für den Standardausgabeordner. Server Message Block (SMB) und Common Internet File Systems (CIFs) sind die einzigen Methoden, die für das Mounting eines festen Netzwerklaufwerks auf dem NextSeq 2000 unterstützt werden. Erstellen einer sicheren Datei mit Anmeldeinformationen Wählen Sie bei geöffneter NextSeq 1000/2000 Control Software Minimize Application (Anwendung minimieren). -
Seite 15: Zuordnen Des Festen Netzwerklaufwerks
NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Zuordnen des festen Netzwerklaufwerks Ermitteln Sie die folgenden Informationen für den SMB/CIFs-Server. Beispiele: Servername: 192.168.500.100 oder Myserver-myinstitute-03 Freigabename: /share1 Der Netzwerkpfad in diesem Beispiel lautet 192.168.500.100/share1 oder Myserver- myinstitute-03/share1. Geben Sie im Terminal sudo chmod 400 /root/.smbcreds ein und drücken Sie dann die Eingabetaste, um Schreibzugriff auf die Datei smbcreds.txt zu gewähren. - Seite 16 * Je nach Version der Steuerungssoftware kann der Name dieser Einstellung auf der Benutzeroberfläche der Software von dem in diesem Handbuch abweichen. Bei Aktivierung einer Option außer „None“ (Keine) ist der Illumina Proactive-Support aktiviert. Mit diesen Daten werden das Erkennen möglicher Fehler und die Fehlerbehebung durch Illumina unterstützt, sodass durch proaktive Wartung die Geräteverfügbarkeit maximiert werden kann.
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Seite 17: Konfigurieren Des Laufmodus
Konfigurieren Sie zusätzliche BaseSpace Sequence Hub-Einstellungen wie erforderlich, indem Sie Folgendes wählen: a. Run Monitoring (Laufüberwachung), Run Monitoring and Storage (Laufüberwachung und Speicherung), Illumina Proactive Support Only (Nur Illumina Proactive-Support) oder None (Keine). Die BaseSpace Sequence Hub-Funktion zum erneuten Stellen in die Warteschlange ist nur verfügbar, wenn Run Monitoring and Storage (Laufüberwachung und Speicherung) ausgewählt ist. -
Seite 18: Verbrauchsmaterialien Und Ausstattung
Ausstattung Sie für die Wartung und die Problembehebung benötigen. Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien Für die Sequenzierung mit dem NextSeq 2000 ist ein Illumina NextSeq 1000/2000 P2 Reagents-Kit für den Einmalgebrauch erforderlich. Das Kit ist in drei Größen erhältlich (100, 200 und 300 Zyklen). Das NextSeq 1000/2000 P2 Reagents-Kit umfasst eine Kartusche und eine Fließzelle für die Sequenzierung. - Seite 19 NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch A. Kunststoffkartusche B. Fließzelle C. Graue Lasche Die Oberfläche der Fließzelle ist mit Millionen von Nanowells versehen. Es werden Cluster in den Nanowells gebildet, aus denen dann die Sequenzierungsreaktion durchgeführt wird. Die geordnete Struktur der Nanowells erhöht die Anzahl der Ausgabe-Reads und -daten. Kartusche Die Sequenzierungsreagenzienkartusche ist mit Cluster-, Sequenzierungs-, Paired-End- und Indizierungsreagenzien vorbefüllt.
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Seite 20: Unterstützte Anzahl Von Zyklen
Das Verfallsdatum des Verbrauchsmaterials. Um optimale Ergebnisse zu erzielen, sollten Sie das Verbrauchsmaterial vor diesem Datum verwenden. Gibt den Hersteller an (Illumina). Die Verwendung ist ausschließlich für Forschungszwecke (Research Use Only, RUO) vorgesehen. Gibt die Artikelnummer an, damit das Verbrauchsmaterial identifiziert werden kann.¹... -
Seite 21: Zusätzliche Verbrauchsmaterialien
Verbrauchsmaterialien für die Sequenzierung Tabelle 3 Verbrauchsmaterialien für die Sequenzierung Verbrauchsmaterial Anbieter Zweck Einweg-Handschuhe, Allgemeiner Laborlieferant Allgemeine Verwendung. ungepudert NextSeq 1000/2000 Illumina, Katalog- Enthält die P2 Reagents Nr. 20038899 (100 Zyklen), Reagenzienkartusche und die Katalog-Nr. 20040557 Fließzelle für einen einzelnen (200 Zyklen) oder Katalog- Lauf. Nr. 20040558 (300 Zyklen) Mikroröhrchen, 1,5 ml... -
Seite 22: Verbrauchsmaterialien Für Die Wartung
NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Verbrauchsmaterial Anbieter Zweck Pipettenspitzen, 1.000 µl Allgemeiner Laborlieferant Durchstechen der Folie des Bibliotheksbehälters. Resuspension Buffer (RSB) Illumina, wird mit den Verdünnen von Bibliotheken Bibliotheksvorbereitungskits auf Ladekonzentration. geliefert [Optional] 10 mM Tris-HCl Allgemeiner Laborlieferant Ersatz für RSB zum mit 0,1 % Tween 20, pH 8,5 Verdünnen von Bibliotheken... - Seite 23 NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Artikel Quelle Zweck Pipette, 200 µl Allgemeiner Laborlieferant Verdünnen von Bibliotheken auf Ladekonzentration. Kühlschrank, 2 °C bis 8 °C Allgemeiner Laborlieferant Lagern der Fließzelle oder Auftauen der Kartusche. [Optional] Eines der Auftauen der Kartusche. folgenden temperaturgeregelten • Thermo Fisher Scientific, Wasserbäder oder ein Katalog-Nr. TSCIR35 gleichwertiges Produkt: •...
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Seite 24: Protokoll
Read trägt zu einer optimalen Datenausgabe bei. Ladevolumen und -konzentrationen Das Ladevolumen beträgt 20 µl. Die Ladekonzentration variiert je nach Bibliothekstyp: Bibliothekstyp Ladekonzentration (pM) AmpliSeq™ for Illumina Library PLUS Nextera™ DNA Flex Nextera Flex for Enrichment 1.000 100 % PhiX TruSeq DNA Nano 450 2.000... -
Seite 25: Planen Eines Sequenzierungslaufs In Basespace Sequence Hub
Dokumentation zur BaseSpace Sequence Hub-App. Wählen Sie folgende Geräteeinstellungen. Je nach Bibliotheksvorbereitungskit werden die empfohlenen Optionen automatisch ausgewählt. Bestimmte Bibliotheksvorbereitungskits weisen eine feste Anzahl von Index-Reads und Read-Typen auf, die nicht geändert werden können. • Illumina-Bibliotheksvorbereitungskit • Indexadapterkit • Anzahl der Index-Reads •... -
Seite 26: Konfigurieren Der Sekundäranalyse
Wählen Sie Import Data (Daten importieren) und anschließend das Probenblatt aus. Stellen Sie sicher, dass die im Probenblatt „BCLConvert_Data“ angegebenen Indexsequenzen mit dem im NextSeq 2000 gewählten Indexkit übereinstimmen und dass Ihr Probenblatt richtig formatiert ist. Siehe Einstellungen für Probenblätter der Version 2 auf Seite 55. - Seite 27 Konfigurieren Sie die Illumina DRAGEN Enrichment-Analyse anhand der folgenden Schritte. Wählen Sie ein Referenzgenom. Wird Nextera Flex for Enrichment mit dem Illumina Exome Panel verwendet, sind nur die Referenzgenome hg19 und hs37d5 mit der DRAGEN Enrichment-Pipeline kompatibel. Wählen Sie eine *.bed-Datei mit den gewünschten Zielregionen aus oder laden Sie eine neue anwendungsspezifische Datei hoch.
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Seite 28: Auftauen Der Im Folienbeutel Verpackten Kartusche
Export Sample Sheet (Probenblatt exportieren) aus der Dropdown-Liste Submit Run (Lauf absenden). Das Probenblatt ist erforderlich, um auf Systemen Läufe im Local-Modus zu starten. Illumina DRAGEN RNASeq Konfigurieren Sie die Illumina DRAGEN RNASeq-Analyse anhand der folgenden Schritte. Wählen Sie Ihr Referenzgenom. Wählen Sie Ihr Mapping/Alignment-Ausgabeformat. [Optional] Wählen Sie eine Gene Transfer Format (GTF)-Datei. -
Seite 29: Auftauen In Einem Geregelten Wasserbad
NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Auftauen in einem geregelten Wasserbad Ziehen Sie ein neues Paar ungepuderter Handschuhe an und entnehmen Sie die Kartusche aus dem Lagerort. Entnehmen Sie die Kartusche aus dem Karton, öffnen Sie jedoch nicht den Silberfolienbeutel. Das Auftauen eines beschädigten Beutels in einem Wasserbad kann dazu führen, dass die Sequenzierung fehlschlägt. -
Seite 30: Vorbereiten Der Fließzelle Und Der Bibliotheken
Basenvarianz kann der Prozentwert des PhiX-Spike-ins erhöht werden. Die Bibliotheken werden automatisch auf dem Gerät denaturiert. Diese Anweisungen gelten für unterstützte doppelstrangige Illumina-Bibliotheken. Führen Sie stets eine Qualitätskontrollanalyse durch, optimieren Sie die Ladekonzentration für Ihre Bibliothek und wählen Sie eine Normalisierungsmethode für die Erstellung doppelstrangiger Bibliotheken. Die Bead-basierte Normalisierung für die Erstellung doppelstrangiger Bibliotheken ist nicht mit der geräteinternen... -
Seite 31: Verdünnen Der 2-Nm-Bibliothek Auf Ladekonzentration
* Beginnen Sie bei nicht aufgeführten Bibliothekstypen mit einer Ladekonzentration von 650 pM und optimieren Sie diese im Verlauf der weiteren Läufe. Diese Tabelle enthält Beispielladekonzentrationen. Das NextSeq 2000 ist mit allen Illumina- Bibliotheksvorbereitungskits kompatibel. Die optimale Ladekonzentration kann jedoch variieren. Mischen Sie kurz mit dem Vortexer und zentrifugieren Sie anschließend eine Minute lang bei 280 × g. -
Seite 32: Hinzufügen Einer Phix-Kontrolle (Optional)
NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Hinzufügen einer PhiX-Kontrolle (optional) Mischen Sie die folgenden Volumina in einem Low-Binding-Röhrchen, um 20 µl 1-nM-PhiX vorzubereiten: • 10-nM-PhiX (2 µl) • RSB (18 µl) Mischen Sie kurz mit dem Vortexer und zentrifugieren Sie anschließend eine Minute lang bei 280 × g. Fügen Sie 1 µl 1-nM-PhiX zu 24 µl auf die endgültige Ladekonzentration verdünnter Bibliothek hinzu. Diese Volumina ergeben ein PhiX-Spike-in von ca. -
Seite 33: Laden Der Bibliotheken
NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Nehmen Sie die Fließzelle aus der Verpackung. Bewahren Sie die Verpackung und das Trocknungsmittel auf, falls Sie die Fließzelle erneut lagern müssen. Entsorgen Sie beides nach Beginn der Sequenzierung. Halten Sie die Fließzelle an der grauen Lasche so, dass das Etikett auf der Lasche nach oben zeigt. Schieben Sie die Fließzelle in die Aussparung auf der Vorderseite der Kartusche. -
Seite 34: Starten Eines Sequenzierungslaufs
NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Bewegen Sie die Pipettenspitze langsam zum Behälterboden und geben Sie 20 µl verdünnte Bibliothek zum Boden des Behälters. Achten Sie darauf, die Folie nicht zu berühren. Starten eines Sequenzierungslaufs Bei diesem Schritt wird ein Sequenzierungslauf in einem von vier Modi gestartet: •... -
Seite 35: Starten Eines Lokalen Laufs
Der nächste Bildschirm wird nach 10 Sekunden angezeigt. Unter „Select Sample Sheet“ (Probenblatt auswählen) können Sie mit der Option Choose... (Auswählen...) zum Probenblatt (im Format Version 2) auf dem NextSeq 2000-Desktop navigieren. Für die Dateinamen von Probenblättern können alphanumerische Zeichen und Gedankenstriche verwendet werden. -
Seite 36: Initiieren Eines Eigenständigen Laufs
NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Das ausgewählte Probenblatt muss im Format Version 2 vorliegen. Wenn Sie ein Probenblatt im Format Version 2 erstellen möchten, laden Sie das erstellte Probenblatt unter „Instrument Run Setup“ (Gerätelaufkonfiguration) in BaseSpace Sequence Hub herunter. Sie können auch eine Probenblattvorlage im Format Version 2 von der NextSeq 2000-Supportseite bearbeiten. Weitere Informationen zum Format Version 2 und zu entsprechenden Anforderungen finden Sie unter Einstellungen für Probenblätter der Version 2 auf Seite 55 (Einstellungen für Probenblätter der Version 2). -
Seite 37: Laden Der Verbrauchsmaterialien In Das Gerät
Wenn Sie die Optionen „Run Monitoring“ (Laufüberwachung) und „Storage“ (Speicher) ausgewählt haben, importieren Sie über Choose... (Auswählen...) ein Probenblatt. Das ausgewählte Probenblatt muss im Format Version 1 vorliegen. Mit dem Illumina Experiment Manager (IEM) NextSeq-Workflow können Sie ein Probenblatt im Format Version 1 erstellen. Ein Probenblatt im Format Version 1 stellt mithilfe von BaseSpace Sequence Hub-Apps Analysen bereit, die... -
Seite 38: Überprüfen Der Selbsttests
NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch [Optional] Mit Eject Cartridge (Kartusche auswerfen) können Sie die Kartusche auswerfen. Nach einer Minute wird die Klappe geöffnet und die Kartusche wird ausgeworfen. Wählen Sie Sequence (Sequenzieren). Überprüfen der Selbsttests Selbsttests beinhalten eine Geräte- und eine Fluidikprüfung. Während der Flussprüfung werden die Kartuschenfolien durchstochen. -
Seite 39: Entladen Von Verbrauchsmaterialien
Entsorgen Sie die Fließzelle, die elektronische Komponenten enthält, gemäß den geltenden Vorschriften Ihrer Region. Entfernen Sie den Drainageverschluss unter dem Illumina-Logo an der Seite der Kartusche und lassen Sie dann verbrauchte Reagenzien entsprechend den geltenden Vorschriften Ihrer Region ablaufen. Die Drainagezeit ist von der Kartuschengröße abhängig. -
Seite 40: Sequenzierungausgabe
NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Sequenzierungausgabe In diesem Abschnitt wird die Echtzeitanalyse-Software beschrieben, mit der Base-Calling, Zuweisung von Qualitäts-Scores und Datenausgabe erfolgen. Sie erhalten Informationen zu den unterschiedlichen Ausgabedateitypen und dazu, wo diese nach dem Lauf gespeichert werden. Überblick über die Echtzeitanalyse Das NextSeq 2000-Sequenziersystem führt RTA3 aus, eine Implementierung der Echtzeitanalyse- Software auf dem CE-Gerät (Compute Engine). -
Seite 41: Fließzellenplatten
NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Wenn die Verarbeitung abgeschlossen ist, werden die folgenden Protokolldateien an das endgültige Ausgabeziel übertragen: info_00000.log enthält eine Zusammenfassung wichtiger Laufereignisse. error_00000.log protokolliert während des Laufs aufgetretene Fehler. warning_00000.log protokolliert während des Laufs aufgetretene Warnungen. Fließzellenplatten Platten sind kleine Bildgebungsbereiche auf der Fließzelle. Die Kamera nimmt ein Bild je Platte auf. Die NextSeq 1000/2000 P2-Fließzelle enthält 144 Platten. -
Seite 42: Echtzeitanalyse-Workflow
NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Echtzeitanalyse-Workflow Registrierung Zeichnet die Position jedes Clusters auf der strukturierten Fließzelle auf. Intensitätsextraktion Bestimmt einen Intensitätswert für jeden Cluster. Korrektur der Korrigiert die Auswirkungen der Phasierung und Vorphasierung. Phasierung Base-Calling Legt für jeden Cluster einen Base-Call fest. Qualitätsbewertung Weist jedem Base-Call einen Qualitäts-Score zu. - Seite 43 NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Abbildung 5 Phasierung und Vorphasierung A. Read mit einer phasierenden Base B. Read mit einer vorphasierenden Base RTA3 korrigiert die Auswirkungen der Phasierung und der Vorphasierung, sodass bei jedem Zyklus des Laufs eine maximale Datenqualität erzielt wird. Base-Calling Beim Base-Calling wird eine Base (A, C, G oder T) für jeden Cluster einer bestimmten Platte eines bestimmten Zyklus festgelegt.
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Seite 44: Cluster Nach Filterung
NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Abbildung 6 Darstellung der Clusterintensitäten Tabelle 6 Base-Calls bei einer Zweikanal-Sequenzierung Grüner Blauer Base Ergebnis Kanal Kanal 1 (ein) 1 (ein) Cluster, die Intensitäten sowohl im grünen als auch im blauen Kanal aufweisen. 0 (aus) 1 (ein) Cluster, die Intensitäten nur im blauen Kanal aufweisen. 0 (aus) 0 (aus) Cluster, die keine Intensitäten bei einer bekannten... -
Seite 45: Qualitätsbewertung Und Berichterstellung
NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Der Q-Score kommuniziert kurz und bündig kleine Fehlerwahrscheinlichkeiten. Qualitäts-Scores werden als Q(X) dargestellt, wobei X der Score-Wert ist. Die folgende Tabelle zeigt die Beziehung zwischen einem Qualitäts-Score und der Fehlerwahrscheinlichkeit. Q-Score Q(X) Fehlerwahrscheinlichkeit 0,0001 (1 von 10.000) 0,001 (1 von 1.000) 0,01 (1 von 100) 0,1 (1 von 10) Qualitätsbewertung und Berichterstellung... -
Seite 46: Dragen-Sekundäranalyse
NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Dateityp Dateibeschreibung, Speicherort und Name Filterdateien Die Filterdatei gibt an, ob ein Cluster die Filter passiert hat. Filterdateien werden bei Zyklus 26 generiert und verwenden 25 Datenzyklen. Für jede Platte wird eine Filterdatei erstellt. Data/Intensities/BaseCalls/L001 s_[Lane]_[Platte].filter InterOp-Dateien Binäre Berichtsdateien können mit der Instrument Control Software im Gerät oder in SAV oder BaseSpace Hub außerhalb des Geräts angezeigt werden. - Seite 47 NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch DRAGEN Germline-Pipeline Die DRAGEN Germline-Pipeline unterstützt die folgenden Funktionen: • Calling kleiner (Haplotyp-)Varianten • Calling struktureller Varianten • Calling von Kopienzahlvarianten • Repeat-Expansionen • Homozygotie-Regionen Die Pipeline generiert die folgenden Ausgabedateien. Komponente Name der Ausgabedatei Mapping/Aligning BAM oder •...
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Seite 48: Demultiplexing-Statistikbericht
NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Komponente Name der Ausgabedatei Beschreibung Transkript- Klartext • sample_ • Alle Ergebnisse der Quantifizierung name.quant.genes.sf Transkript-Quantifizierung. • sample_name.quant.sf • Ergebnisse der Transkript- Quantifizierung auf Genebene. DRAGEN FASTQ Generation-Pipeline Die DRAGEN FASTQ Generation-Pipeline verwendet aus dem Sequenzierungslauf generierte BCL- Daten und Probenblattinformationen zur Ausgabe einer FASTQ-Datei. -
Seite 49: Trim-Metrikbericht
NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch # One Mean # of ≥Q30 Perfect Sample Mismatch Quality Lane Index Bases Reads Index Score Index (PF) Read (PF) Reads 131185 TAAGGCGA- 309765 297147 12618 56174399 34.64 AGAGTAGA 131186 TAAGGCGA- 299508 267800 31708 55086103 34.93 GTAAGGAG 131187 TAAGGCGA- 582032 563964... -
Seite 50: Bericht Zu Den Häufigsten Unbekannten Barcodes
NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Sample_ Lane Read Sample ID TrimmedBases PercentageOfBases Number Rep1_SSD_2hr_ 20160809 Rep1_SSD_2hr_ 20160809 Rep1_SSD_30min_ 20160809 Rep1_SSD_30min_ 20160809 Rep1_SSD_std_ 20160809 Rep1_SSD_std_ 20160809 Undetermined Undetermined Index-Hopping-Zählungsbericht Der Index-Hopping-Zählungsbericht enthält die Anzahl der Reads für jeden erwarteten und übersprungenen Index für Läufe mit doppeltem Index. Der Bericht enthält ausschließlich eindeutige doppelte Indizes nach Lane, wenn in keinem der Indizes ein Barcode-Konflikt erkannt wird. - Seite 51 NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Lane index index2 # Reads ATCG GGGG TTTT GGGG ATCG GGGG TTTT GGGG CCTT GGGG Dokument-Nr. 1000000109376 v00 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Seite 52: Wartung
NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Wartung In diesem Abschnitt werden die erforderlichen Maßnahmen erläutert, mit denen der ordnungsgemäße Zustand des Systems gewährleistet wird. Erfahren Sie, wie Sie Software-Updates installieren, den Luftfilter austauschen und andere regelmäßige Wartungsarbeiten ausführen. Wenn die Steuerungssoftware aktuell gehalten wird, verfügt Ihr System stets über die neuesten Fehlerbehebungen und Funktionen. -
Seite 53: Installieren Eines Manuellen Software-Updates
Der Filter gewährleistet die ordnungsgemäße Kühlung und verhindert das Eindringen von Fremdkörpern in das System. Das Gerät wird mit einem eingesetzten Luftfilter und zwei Ersatzteilen geliefert. Zusätzliche Ersatzteile sind in der Garantie enthalten oder können bei Illumina erworben werden. - Seite 54 NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Öffnen Sie die Abdeckung. Entriegeln Sie die Luftfilterkartusche, die sich in der Mitte der Abdeckung befindet, indem Sie auf die Kartusche drücken. Entfernen und entsorgen Sie anschließend die Kartusche. Setzen Sie einen neuen Luftfilter in die Aufnahme ein. Drücken Sie auf den Luftfilter, bis dieser einrastet.
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Seite 55: Fehlerbehebung
NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Fehlerbehebung Dieser Abschnitt enthält ausführliche Informationen zum Abbrechen eines Laufs, zum Ein- und Wiederausschalten des Geräts sowie zu weiteren Fehlerbehebungsverfahren. Beheben von Fehlermeldungen In diesem Anhang finden Sie detaillierte Anweisungen zur Problembehebung. Das folgende Ablaufdiagramm enthält eine Übersicht zur Problembehebung bei Fehlermeldungen, die während der Initialisierung, der Laufkonfiguration oder der Sequenzierung angezeigt werden und sich durch eine Wiederholung nicht beheben lassen. -
Seite 56: Abbrechen Eines Laufs
NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Bereiten Sie eine neue Verdünnung derselben Bibliothek für den nächsten Lauf vor, um eine Kreuzkontaminierung mit Bibliotheksresten im Behälter zu verhindern. Platzieren Sie die Kartusche bei einer Lagertemperatur von 2 °C bis 8 °C mit dem Etikett nach oben und so, dass Luft an allen Seiten zirkulieren kann. Diese Lagerung darf 72 Stunden nicht überschreiten. -
Seite 57: Wiederherstellen Der Werkseinstellungen
Setzen Sie das System auf die Werkseinstellungen zurück, um ein Downgrade der Software durchzuführen oder das System von einer unerwünschten Konfiguration wiederherzustellen. Diese Funktion darf nur von einem Illumina-Mitarbeiter verwendet werden. Dokument-Nr. 1000000109376 v00 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. -
Seite 58: Speichern Eines Systemimages
Dieses Systemimage kann zu einem späteren Zeitpunkt wiederhergestellt werden. Es wird empfohlen, das Systemimage unmittelbar im Anschluss an die Erstinstallation und das Ändern des Kennworts durch einen Illumina-Mitarbeiter zu speichern. Starten Sie Linux neu. Wählen Sie, wenn Sie zur Auswahl eines Betriebssystems aufgefordert werden, Capture Installed Image (Systemimage speichern). -
Seite 59: Quellen Und Verweise
Im Local-Modus können Sie ein Probenblatt im Dateiformat Version 2 für die Konfiguration der Laufeinstellungen verwenden. Erstellen Sie unter „Instrument Run Setup“ (Gerätelaufkonfiguration) ein Probenblatt oder bearbeiten Sie die Datei NextSeq 2000 Sequencing System Sample Sheet v2 Template. Stellen Sie beim Bearbeiten des Probenblatts sicher, dass die folgenden Abschnitte und Felder in der aufgeführten Reihenfolge enthalten sind und die Anforderungen erfüllen. -
Seite 60: Bcl-Konvertierung - Anforderungen
Settings] und [BCLConvert_Data]. In die Abschnitte zur BCL-Konvertierung müssen Angaben zu Indexadaptersequenzen eingefügt werden. Informationen zur Ermittlung der passenden Adaptersequenz für die einzelnen Reads und Läufe finden Sie unter Illumina-Adaptersequenzen (Dokument- Nr. 1000000002694). Im Folgenden finden Sie die verfügbaren Felder für [BCLConvert_Settings] und die entsprechenden Beschreibungen. -
Seite 61: Einstellungen Für Dragen-Probenblätter
NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Feld Erforderlich Beschreibung OverrideCycles Nein Zeichenfolge zur Angabe der UMI-Zyklen sowie zum Trimming von Zyklen. Stellen Sie sicher, dass die OverrideCycles-Einstellungen den im Abschnitt [Reads] vorgenommenen Einstellungen entsprechen. Folgende Werte sind zulässig: • Y: Gibt einen Sequenz-Read an. •... -
Seite 62: Anforderungen Für Die Dragen-Keimbahn-Pipeline
„BCLConvert_Settings“ angegebenen Version übereinstimmen. ReferenceGenomeDir Der Name des Referenzgenoms. Beispiel: hg19_ alt_aware. Referenzgenome befinden sich unter /usr/local/illumina/genomes. Wenden Sie sich an Ihren Illumina Field Application Scientist, wenn Sie ein anwendungsspezifisches Referenzgenom verwenden möchten. MapAlignOutFormat Nein Das Format der Ausgabedatei. Zulässige Werte sind „bam“ und „cram“. -
Seite 63: Anforderungen Für Die Dragen-Anreicherungs-Pipeline
„BCLConvert_Settings“ angegebenen Version übereinstimmen. ReferenceGenomeDir Der Name des Referenzgenoms. Beispiel: hg19_ alt_aware. Referenzgenome befinden sich unter /usr/local/illumina/genomes. Wenden Sie sich an Ihren Illumina Field Application Scientist, wenn Sie ein anwendungsspezifisches Referenzgenom verwenden möchten. RNAGeneAnnotationFile Nein Die Datei mit RNA-Gen-Annotationen. Nur alphanumerische Zeichen sind zulässig. Wird... - Seite 64 „BCLConvert_Settings“ angegebenen Version übereinstimmen. ReferenceGenomeDir Der Name des Referenzgenoms. Beispiel: hg19_ alt_aware. Referenzgenome befinden sich unter /usr/local/illumina/genomes. Wenden Sie sich an Ihren Illumina Field Application Scientist, wenn Sie ein anwendungsspezifisches Referenzgenom verwenden möchten. BedFile Die BED-Datei mit den Zielregionen. MapAlignOutFormat Nein Das Format der Ausgabedatei.
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Seite 65: Index
Index Bewegen 4 Bibliotheken %PF 40 Anfangskonzentrationen 26 Denaturieren 7 Lagerung 1 nM 26 Alkoholtücher 18 Bildanalyse 5 Amplifikation 7 Bilder 36 Analyse Bildgebung 36-37 Methoden 5, 8 Bildstreifen 37 Anfangskonzentrationen 26 Bleichmitteltücher 18 Anhalten von Läufen 52 Anzahl der Läufe 5 Auffangschale CBCL-Dateien 40 Pads 18... - Seite 66 Geräteleistungsdaten 12 Kundendienst 65 Grüner Kanal 39 Lagerung Hilfe, technische 65 Verdünnte Bibliotheken 26 Hosting-Speicherort 12 Lanes 37 Läufe Kennzahlen 36 Illumina Proactive-Support 12 Laufgröße 48 Index Laufkonfiguration Zyklen 21 Beispiele 21 Initialisierung 53 Laufordner 48 Fehlschlag 52 Laufparameter Installation der Software 48 Bearbeiten 32 Dokument-Nr. 1000000109376 v00 DEU...
- Seite 67 NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch Laufstatus 6 Laufwerk D 48 Pads 18 Leistungsdaten 12 Paired-End 32 Leuchtbalken 2 PF (Passing Filter, nach Filterung) 40 Local Run Manager 5 Phasierung und Vorphasierung 38 Lokale Analyse 1 PhiX 18 Löschen von Läufen 6, 48 Alignment 36 Lüfter 49 PhiX Control v3 17 Luftfilter...
- Seite 68 NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch RunInfo.xml 41 Verbrauchsmaterialien Nachverfolgen 1 Sensoren 52 Scannen 33 Sequenzierungsanalyse-Viewer 36, 38 Verbrauchsmaterialienkammer 2 Seriennummer 5 Verdünnen von Bibliotheken 7 Serverspeicherort 12 Verfallsdatum 49 Single-Read 32 Verlorene Verbindungen 52 Software Downgrading 53-54 Installation 48 Warnungen 5, 48, 52 Software-Suite 1, 5 Wechselstrom Speicherplatz 6, 48...
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Seite 69: Technische Unterstützung
Spanien +34 911899417 +34 800300143 Taiwan 00806651752 Andere Länder +44.1799.534000 Sicherheitsdatenblätter (SDS, Safety Data Sheets) sind auf der Illumina-Website unter support.illumina.com/sds.html verfügbar. Die Produktdokumentation steht unter support.illumina.com zum Herunterladen zur Verfügung. Dokument-Nr. 1000000109376 v00 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. -
Seite 70: Dokument-Nr. 1000000109376 V00 Deu
Dokument-Nr. 1000000109376 v00 DEU Illumina 5200 Illumina Way San Diego, Kalifornien 92122, USA +1.800.809.ILMN (4566) +1.858.202.4566 (außerhalb von Nordamerika) techsupport@illumina.com www.illumina.com Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. © 2020 Illumina, Inc. Alle Rechte vorbehalten.