Cluster Nach Filterung - illumina iSeq 100 Handbuch

iSeq 100-Sequenziersystem Handbuch
Abbildung 10 Darstellung der Clusterintensitäten
Tabelle 1 Base-Calls bei einer Ein-Farbstoff-Sequenzierung
Farbstoff im ersten
Base
Bild
T Ein
A Ein
C Aus
G Aus

Cluster nach Filterung

Während des Laufs filtert RTA2 Rohdaten, um Reads zu entfernen, die dem Schwellenwert für Datenqualität
nicht genügen. Überlappende Cluster sowie Cluster niedriger Qualität werden entfernt.
Bei der Ein-Farbstoff-Sequenzierung verwendet RTA2 ein populationsbasiertes System zum Feststellen der
Reinheit (Reinheitsmessung der Intensität) eines Base-Calls. Cluster passieren Filter (PF), wenn in den ersten
25 Zyklen höchstens ein Base-Call eine Reinheit unter einem festen Schwellenwert aufweist.
Das PhiX-Alignment wird im Zyklus 26 für eine Teilmenge von Platten für Cluster durchgeführt, die die Filter
passiert haben. Für Cluster, die die Filter nicht passieren, erfolgt kein Base-Call und kein Alignment.
Index-Reads
Das Base-Calling-Verfahren für Index-Reads unterscheidet sich von dem für Sequenzierungs-Reads. Die
ersten beiden Zyklen eines Index-Reads dürfen nicht mit zwei G-Basen beginnen, da ansonsten keine
Intensitäten generiert werden. Zur Sicherstellung der Demultiplexierungsleistung müssen jedoch in einem der
ersten beiden Zyklen Intensitäten vorhanden sein.
Vergewissern Sie sich, dass mindestens eine Indexadaptersequenz im Bibliothekspool nicht mit zwei G-
Basen beginnt. Wählen Sie ausgewogene Indexadaptersequenzen, sodass bei jedem Zyklus mindestens in
einem Bild (vorzugsweise aber in beiden Bildern) Signale vorhanden sind. IDT for Illumina TruSeq UD Indexes
sorgen bei Plattenlayout und Sequenzen für ein ausgewogenes Verhältnis.
Dokument-Nr. 1000000036024 v07 DEU
Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
Farbstoff im zweiten
Schlussfolgerung aus dem Vergleich der Bilder
Bild
Ein Cluster, die in beiden Bildern Intensität aufweisen, sind T-
Basen.
Aus Cluster, die nur im ersten Bild Intensität aufweisen, sind A-
Basen.
Ein Cluster, die nur im zweiten Bild Intensität aufweisen, sind C-
Basen.
Aus Cluster, die in keinem Bild Intensität aufweisen, sind G-
Basen.
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