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illumina MiSeq-System Benutzerhandbuch
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illumina MiSeq-System Benutzerhandbuch

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MiSeq
-System
®
Benutzerhandbuch
NUR FÜR FORSCHUNGSZWECKE
ILLUMINA EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT
Teile-Nr. 15027617 Rev.O DEU
Katalognummer SY-410-9001DOC
September 2014

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Verwandte Anleitungen für illumina MiSeq-System

Inhaltszusammenfassung für illumina MiSeq-System

  • Seite 1 MiSeq -System ® Benutzerhandbuch NUR FÜR FORSCHUNGSZWECKE ILLUMINA EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT Teile-Nr. 15027617 Rev.O DEU Katalognummer SY-410-9001DOC September 2014...
  • Seite 2 Dieses Dokument und dessen Inhalt sind Eigentum von Illumina, Inc. und verbundenen Unternehmen („Illumina“) und ausschließlich für den bestimmungsgemäßen Gebrauch durch den Kunden in Verbindung mit dem Gebrauch des hier beschriebenen Produkts (der hier beschriebenen Produkte) und für keinen anderen Bestimmungszweck ausgelegt. Dieses Dokument und dessen Inhalt dürfen ohne schriftliches Einverständnis von Illumina nicht verwendet und zu keinem anderen Zweck verteilt bzw.
  • Seite 3 Produkt, einschließlich, jedoch nicht beschränkt auf Packungsbeilagen und sonstige Dokumentation, die diesem Produkt beiliegen oder die vom Produkt oder in der Packung des Produkts zum Datum des Versands von Illumina referenziert werden. Die Dokumentation umfasst dieses Dokument. „Hardware“ sind unter dem Markennamen „Illumina“ vertriebene Instrumente, Zubehör- und Peripheriegeräte.
  • Seite 4 Dritten zu übertragen, eine Unterlizenz der Software oder einer Software von Drittanbietern zu vergeben. Der Käufer ist zudem damit einverstanden, dass die Inhalte und Methoden des Betriebs dieses Produkts Eigentum von Illumina sind und dass dieses Produkt Geschäftsgeheimnisse von Illumina enthält. Die Bedingungen und Einschränkungen dieser Bestimmungen und Bedingungen sind für Verkaufsbedingungen gedacht und haben daher den Verkauf und die Nutzung...
  • Seite 5 Daten: (i) 3 Monate ab dem Versanddatum, (ii) dem Ablaufdatum oder dem Ende der Haltbarkeitsdauer, das von Illumina auf dieses Verbrauchsmaterial aufgedruckt wurde, aber in keinem Fall länger als 12 Monate ab dem Versanddatum. Hinsichtlich der käuferspezifischen Verbrauchsmaterialien (d. h. Verbrauchsmaterialien, die nach den Spezifikationen oder Entwürfen des Käufers hergestellt oder Illumina vom Käufer oder im Namen des Käufers...
  • Seite 6 Produkt oder ein Teil des Produkts Gegenstand eines Schadenersatzanspruches aufgrund einer Vertragsverletzung wird oder nach Meinung von Illumina werden kann, hat Illumina das Recht, nach seiner Wahl (A) dem Käufer das Recht einzuräumen, das Produkt weiter zu verwenden, (B) dieses Produkt zu ändern oder durch ein im Wesentlichen gleichwertiges Produkt, das nicht von diesen Schadenersatzansprüchen betroffen ist, zu...
  • Seite 7 Anweisungen für dieses Produkt seitens Illumina, das durch den oder im Namen des Käufers eingerichtet wurde (jeder der Punkte (i) – (v) bezeichnet einen „Haftungsausschluss“). Schadenersatz durch den Käufer. Der Käufer wird Illumina, ihre Tochtergesellschaften, ihre Partnerfirmen und Entwicklungspartner, die zur Entwicklung dieses Produkts beigetragen haben, und deren jeweilige Führungskräfte, Direktoren, Repräsentanten und Mitarbeiter gegen alle Ansprüche, Haftungen, Schäden, Geldbußen, Strafen,...
  • Seite 8 viii Teile-Nr. 15027617 Rev. O DEU...

  • Seite 9: Versionshistorie

    Dichte wurden aktualisiert. Informationen zur Virenschutz-Software wurden gelöscht. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter MiSeq- System Handbuch zur Standortvorbereitung. Änderung aktualisiert, die in MCS v2.4 eingeführt wurde: 15027617_DEU Januar 2014 Bundle Logs-Funktion zum Senden von Fehlerbehebungsdateien wurde neu hinzugefügt. MiSeq-System Benutzerhandbuch...
  • Seite 10 Teile-Nr. Überarbeitete Datum Beschreibung der Änderung Fassung Nur in Englisch verfügbar. 15027617 Oktober 2013 Neustart der Systemsoftware als Schritt vor dem Lauf hinzugefügt. Mikrozentrifugenröhrchen zur Liste der vom Benutzer bereitzustellenden Verbrauchsmaterialien hinzugefügt. MiSeq-Software als separates Kapitel entfernt und Kapitelinhalt über das gesamte Handbuch verteilt. Informationen über Ordner für anwendungsspezifische Rezepturen entfernt.
  • Seite 11 Nur in Englisch verfügbar. 15027617 Januar 2013 Anweisungen zum Denaturieren und Verdünnen von DNA-Bibliotheken und Vorbereiten einer Illumina PhiX- Kontrolle entfernt. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter DNA-Bibliotheken für die Sequenzierung auf dem MiSeq vorbereiten, Teile-Nr. 15039740. Gerätewaschlauf-Anweisungen dahingehend aktualisiert, dass 25 ml 10 % Tween 20 zu 475 ml Wasser in Laborqualität anstelle von 500 ml Wasser in Laborqualität...
  • Seite 12 Teile-Nr. Überarbeitete Datum Beschreibung der Änderung Fassung Folgende neue Informationen wurden hinzugefügt: 15027617_DEU November 2012 • Kit-Beschreibungen für neue MiSeq-Reagenzien-Kits hinzugefügt: MiSeq-Reagenzien-Nano-Kit und MiSeq- Reagenzien-Mikro-Kit • Überblick über Fließzellentypen hinzugefügt • Beschreibung des Analyse-Workflows „Enrichment“ hinzugefügt Folgende Informationen wurden aktualisiert: •...
  • Seite 13 Konfigurationsschritten für einen nachfolgenden Lauf zu beginnen • Abschnitt „Probenblattparameter“ und Schritt für die Probenblatt-Einrichtung im Workflow entfernt; Illumina empfiehlt, das Probenblatt vor der Probenvorbereitung zu erstellen (siehe MiSeq- Probenblatt Kurzanleitung, Teile-Nr. 15028392, und Illumina Experiment Manager Benutzerhandbuch, Teile- Nr.15031335)
  • Seite 14 Teile-Nr. Überarbeitete Datum Beschreibung der Änderung Fassung Nur in Englisch verfügbar. 15027617 April 2012 Software-Beschreibungen auf MCS v1.2 aktualisiert. Folgende neue Verfahren und Abschnitte wurden hinzugefügt: „Überblick über BaseSpace“, „Verwenden anwendungsspezifischer Primer“, „Generieren von FASTQ-Dateien“, „Fehlerbehebung bei Fließratenfehlern“, „Durchführen eines Volumentests“, „Durchführen eines Wartungswaschlaufs“...
  • Seite 15 Stunden beträgt • Eingabeanforderungen der Analyse – Manifestdateien für TruSeq Custom Amplicon-Bibliotheken als erforderlich aufgelistet • Größe des HT1-Röhrchens unter „Inhalt des MiSeq- Reagenzien-Kits“ korrigiert • iCom-Referenzen in MyIllumina geändert Nur in Englisch verfügbar. 15027617 September 2011 Erste Version MiSeq-System Benutzerhandbuch...
  • Seite 16 Teile-Nr. 15027617 Rev. O DEU...

  • Seite 17: Inhaltsverzeichnis

    Einrichten eines Laufs mit MCS Reinigen der Fließzelle Laden der Fließzelle Laden von Reagenzien Starten des Laufs Überwachen des Laufs Kapitel 3 Wartungsverfahren Einleitung Gerätewaschläufe Durchführen eines Nachwaschlaufs Durchführen eines Wartungswaschlaufs Durchführen eines Standbywaschlaufs Software-Updates Ausschalten des Geräts Kapitel 4 Fehlerbehebung xvii MiSeq-System Benutzerhandbuch...
  • Seite 18 Einleitung Bundle Logs (Protokollbündel) für die Fehlerbehebung Software-Einstellungen Anhalten oder Abbrechen eines Laufs Beheben von Laufkonfigurationsfehlern Beheben von RFID-Lesefehlern Fehlerbehebung bei Fließratenfehlern Durchführen eines Volumentests Messen erwarteter Volumina während des Waschlaufs Index Technische Unterstützung xviii Teile-Nr. 15027617 Rev. O DEU...

  • Seite 19: Kapitel 1 Erste Schritte

    Kapitel 1 Erste Schritte Erste Schritte Einleitung Komponenten Überblick über das MiSeq-Reagenzien-Kit Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien Starten des MiSeq MiSeq-Software Sekundäranalyseoptionen Laufordner Erforderlicher Speicherplatz MiSeq-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 20: Einleitung

    -System kombiniert die bewährte SBS-Technologie („Sequencing by ® synthesis“, Sequenzierung durch Synthese) und einen revolutionären Workflow, mit dem die analysierten DNA-Daten in nur 8 Stunden vorliegen. Das MiSeq-System vereint Clusterbildung, Sequenzierung und Datenanalyse in einem einzigen Gerät. Merkmale Volle Automatisierung – Nach dem Einrichten Ihres Laufs und dem Laden der vorbefüllten Reagenzienkartusche, der Pufferflasche und der Fließzelle sind keine...

  • Seite 21: Weitere Ressourcen

    Weitere Ressourcen Die folgenden Dokumente stehen auf der Illumina-Website zum Herunterladen zur Verfügung. Ressource Beschreibung MiSeq-System Handbuch zur Enthält Spezifikationen für den Laborplatz, die elektrischen Standortvorbereitung Anforderungen und die Umgebungsbedingungen. MiSeq-System Sicherheits- und Bietet Informationen zu Gerätekennzeichnungen und Compliance-Handbuch Compliance-Zertifizierungen sowie sicherheitsbezogene Informationen.
  • Seite 22 Enthält Anweisungen zur Verwendung der MiSeq Reporter- Software. BaseSpace Online-Hilfe Enthält Anweisungen zur Verwendung von BaseSpace sowie Beschreibungen zu den Diagrammen der einzelnen Analyse- Workflows. Auf der MiSeq-System-Supportseite der Illumina-Website können Sie auf Dokumentation, Software-Downloads, Online-Schulungen und häufig gestellte Fragen zugreifen. Teile-Nr. 15027617 Rev. O DEU...
  • Seite 23 Komponenten Das MiSeq-System hat die folgenden äußeren Komponenten: Fließzellenkammer: Enthält den Fließzellentisch, auf dem sich die Fließzellen während des Laufs befinden. Der Fließzellentisch wird durch Motoren gesteuert, die den Tisch für das Laden der Fließzelle aus dem gekapselten Optikmodul herausfahren und ihn zurückfahren, wenn der Lauf beginnt.

  • Seite 24: Fließzellenkammer

    Fließzellenkammer Fließzellentisch Tür der Fließzellenkammer Fließzellenriegel Fließzelle Freigabeknopf des Fließzellenriegels In der Fließzellenkammer sind der Fließzellentisch, ein Heizelement und die Fluidikanschlüsse für die Fließzelle untergebracht. Der Fließzellentisch hält die Fließzelle und der Fließzellenriegel sichert und positioniert die Fließzelle. Wenn der Fließzellenriegel geschlossen wird, positionieren zwei Stifte neben dem Riegelscharnier automatisch die Fließzelle.

  • Seite 25: Fließzelle

    Fließzelle weitergeleitet, nachdem der Lauf begonnen hat. Während des Sequenzierungslaufs wird die einzelne Lane in kleinen Bildgebungsbereichen aufgenommen, die als Platten bezeichnet werden. Alle MiSeq-Fließzellen haben eine einzelne Lane, die Anzahl der Platten ist jedoch abhängig vom verwendeten Fließzellentyp unterschiedlich. MiSeq-System Benutzerhandbuch...
  • Seite 26 Reagenzienkammer Reagenzienkühler Sippergriff (in angehobener Position dargestellt) PR2-Flasche Abfallflasche Reagenzienkartusche In der Reagenzienkammer befinden sich der Reagenzienkühler sowie Positionen für die Waschpuffer-Flasche (PR2) und die Abfallflasche. Während des Laufs enthält der Reagenzienkühler eine Einweg-Reagenzienkartusche. Während des Gerätewaschlaufs enthält der Reagenzienkühler die Waschablage. Die Software senkt je nachdem, welcher Prozess gerade ausgeführt wird, zum passenden Zeitpunkt während eines Laufs automatisch Sipper in die einzelnen Behälter der Reagenzienkartusche ab.
  • Seite 27 Behältern, die mit einer für die Sequenzierung einer Fließzelle ausreichenden Menge an Clusterbildungs- und Sequenzierungsreagenzien vorbefüllt sind. Jeder Behälter der Kartusche ist nummeriert. Probenbibliotheken werden in Position 17, die mit Load Samples (Proben laden) beschriftet ist, in die Kartusche geladen. MiSeq-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 28: Überblick Über Das Miseq-Reagenzien-Kit

    Überblick über das MiSeq-Reagenzien-Kit Um auf dem MiSeq-System einen Lauf durchzuführen, benötigen Sie ein MiSeq- Reagenzien-Kit für den Einmalgebrauch, das in verschiedenen Typen und Größen verfügbar ist. Alle Typen des MiSeq-Reagenzien-Kits enthalten eine Fließzelle des für das jeweilige Kit spezifischen Typs und alle zur Durchführung eines Laufs benötigten Reagenzien.

  • Seite 29: Vom Benutzer Bereitzustellende Verbrauchsmaterialien

    Verwendung mit dem VeriSeq-Workflow (optional für andere Workflows) Tween 20 Sigma-Aldrich, Waschen des Geräts Katalognummer P7949 Pinzette, viereckige Spitze, McMaster-Carr, Entfernen der Fließzelle aus Kunststoff (optional) Katalognummer 7003A22* dem Versandbehälter Wasser, Laborqualität Allgemeiner Laborlieferant Waschen des Geräts * oder vergleichbar MiSeq-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 30: Richtlinien Für Wasser In Laborqualität

    Richtlinien für Wasser in Laborqualität Verwenden Sie bei Geräteverfahren immer Wasser in Laborqualität. Verwenden Sie niemals Leitungswasser oder entionisiertes Wasser. Die folgenden Wasserarten sind als Wasser in Laborqualität geeignet: Illumina PW1 18 Megohm (MΩ)-Wasser Milli-Q-Wasser Super-Q-Wasser Wasser in Molekularbiologie-Qualität Teile-Nr. 15027617 Rev. O DEU...

  • Seite 31: Starten Des Miseq

    Starten des MiSeq ANMERKUNG Illumina empfiehlt, das Gerät immer eingeschaltet zu lassen. Wenn das Gerät jedoch ausgeschaltet werden muss, führen Sie die Schritte zum Ausschalten durch, die unter Ausschalten des Geräts auf Seite 80 beschrieben sind. Warten Sie mindestens 60 Sekunden, bevor Sie den Netzschalter wieder in die EIN-Position stellen.
  • Seite 32 MiSeq-Konzepte Folgende Konzepte und Begriffe betreffen die Laufkonfigurationsschritte im MiSeq-System. Konzept Beschreibung Ein Sekundäranalyseverfahren, das von MiSeq Reporter durchgeführt Analyse-Workflow wird. Der Analyse-Workflow für jeden Lauf wird im Probenblatt angegeben. Die Datei, die ein Referenzgenom und Ziel-Referenzregionen angibt, Manifest die im Ausrichtungsschritt zu verwenden sind. Für Workflows, die eine Manifestdatei erfordern, wird diese im Probenblatt angegeben und in den Manifestordner kopiert, der in der MCS festgelegt ist.

  • Seite 33: Miseq-Software

    Außerdem ist als optionale Software der Sequenzierungsanalyse-Viewer (SAV) erhältlich. Diese Anwendung wird separat vom Gerät verwendet. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Sequenzierungsanalyse-Viewer auf Seite Begrüßungsbildschirm Nach dem Starten der Software wird der Begrüßungsbildschirm in der MCS- Benutzeroberfläche geöffnet. MiSeq-System Benutzerhandbuch...
  • Seite 34 Abbildung 2 Begrüßungsbildschirm Sequence (Sequenzieren): Mit dieser Option werden mehrere Bildschirme zur Laufkonfiguration geöffnet, die Sie durch die Setup-Schritte Ihres Laufs führen. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Laufkonfigurationsbildschirme auf Seite Perform Wash (Waschlauf durchführen): Bietet Optionen zum Starten von zwei Arten von Gerätewaschläufen: Wartungswaschlauf oder Standbywaschlauf.

  • Seite 35: Aktivitätsanzeigen

    Das MiSeq-System muss mit einem Netzwerk mit Internetzugang verbunden sein, damit diese Option aktiviert werden kann. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Software-Updates auf Seite Aktivitätsanzeigen In der unteren rechten Ecke jedes Bildschirms befinden sich mehrere Symbole. Jedes Symbol ist eine Aktivitätsanzeige, an der Sie erkennen können, welche Aktivität das Gerät gerade ausführt.

  • Seite 36: Statussymbole

    Statussymbole In der oberen rechten Ecke des Begrüßungsbildschirms befindet sich ein Statussymbol, das Sie über Änderungen der Bedingungen während der Laufkonfiguration bzw. des Laufs informiert. Statussymbol Statusname Beschreibung Status OK Keine Änderung. Das System funktioniert normal. Achtung Wichtige Informationen. Aktion erforderlich. Warnung Bei einer Warnung wird ein Lauf nicht angehalten.
  • Seite 37 Computer des Geräts verschieben, hochladen oder löschen. Der Bildschirm ist in sechs Registerkarten unterteilt: Runs (Läufe), Sample Sheets (Probenblätter), Manifests (Manifestdateien), Genomes (Genome), Recipes (Rezepturen) und Bundle Logs (Protokollbündel). Abbildung 5 Bildschirm „Manage Files“ (Dateien verwalten) MiSeq-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 38: Optionen Im Bildschirm "Manage Files" (Dateien Verwalten)

    Upload Files (Dateien hochladen): Verfügbar für Probenblätter, Manifestdateien, Genome und Rezepturen. Wenn das MiSeq-System nicht mit einem Netzwerk verbunden ist, verwenden Sie diese Funktion, um Dateien von einem USB-Stick auf den Gerätecomputer hochzuladen. Wählen Sie Upload (Hochladen) und navigieren Sie zu...
  • Seite 39 (Umbenennen). Verwenden Sie zum Umbenennen des Probenblatts die Bildschirmtastatur. Bundle Logs (Protokollbündel): Dieser Befehl gruppiert Dateien, die vom Technischen Support von Illumina zur Fehlerbehebung benötigt werden, und speichert sie in ZIP- Dateien. Weitere Informationen finden Sie unter Bundle Logs (Protokollbündel) für die...
  • Seite 40 Send Instrument Health (Infos über Gerätezustand senden): Illumina empfiehlt die Auswahl dieser Option, da diese Informationen für den Technischen Support von Illumina hilfreich sein können, um mögliche Probleme zu beheben. Die einzigen Dateien, die an Illumina gesendet werden, sind Protokolldateien (InterOp-Dateien und Protokolldateien).
  • Seite 41 Recipes (Rezepturen): Legt den Standardspeicherort für Rezepturen fest. Rezepturen sind XML-Dateien, anhand derer die Software den Sequenzierungslauf durchführt. Eine Rezeptur wird beim Starten des Laufs auf Basis der Parameter erstellt, die Sie im Probenblatt angeben. Anschließend wird die Rezeptur in den Ausgabeordner kopiert. MiSeq-System Benutzerhandbuch...
  • Seite 42 Miseq Reporter optional offline ausführen. Weitere Informationen finden Sie unter Laufordner auf Seite Registerkarte „Email Notifications“ (E-Mail-Benachrichtigungen) Das MiSeq-System kann so konfiguriert werden, dass eine E-Mail-Benachrichtigung versandt wird, wenn die Primäranalyse oder die integrierte Sekundäranalyse abgeschlossen sind oder ein schwerwiegender MiSeq-Softwarefehler auftritt. Abbildung 8 Registerkarte „Email Notifications“...
  • Seite 43 E-Mail-Adressen aller Benachrichtigungsempfänger einzugeben. Trennen Sie die einzelnen E-Mail-Adressen durch Kommas. Wählen Sie Test (Testen), um eine Test-E-Mail an die Benachrichtigungsempfänger zu senden. Notify via email when (Per E-Mail benachrichtigen, wenn): Aktivieren Sie die Kontrollkästchen der Lauf-Ereignisse, für die eine Benachrichtigung gesendet werden soll. MiSeq-System Benutzerhandbuch...
  • Seite 44 Bildschirm „Manage Instrument“ (Gerät verwalten) Der Bildschirm „Manage Instrument“ (Gerät verwalten) enthält Steuerelemente zum Zugriff auf die Systemeinstellungen, zur Durchführung von Systemprüfungen sowie zur manuellen Aktualisierung der Software und zum Neustarten und Beenden der Gerätesoftware. Abbildung 9 Bildschirm „Manage Instrument“ (Gerät verwalten) System Settings (Systemeinstellungen): Bietet die Option zum Ändern der IP- Einstellungen, des Gerätenamens bzw.
  • Seite 45 Sequenzierungsanalyse-Viewer Mit dem Illumina-Sequenzierungsanalyse-Viewer (SAV) können Sie Ihren Lauf detaillierter überwachen, ohne den Lauf zu stören. Das MiSeq-System muss an das Netzwerk angeschlossen sein, um die primären Analyseergebnisse im SAV anzeigen zu können. Der SAV ermöglicht Ihnen, Kennzahlen während eines Laufs, wenn sie generiert werden, sowie später nach Abschluss eines Laufs zu prüfen.

  • Seite 46: Anzahl Der Zyklen In Einem Read

    Anzahl der Zyklen in einem Read Die Anzahl der in einem Read ausgeführten Zyklen ist um einen Zyklus höher als die Anzahl der analysierten Zyklen. Der zusätzliche Zyklus ist für Phasierungs- und Vorphasierungsberechnungen erforderlich. Beispiel: Bei einem Paired-End-Lauf mit 300 Zyklen werden zwei Reads mit 301 Zyklen (2 x 301) ausgeführt, sodass sich eine Gesamtanzahl von 602 Zyklen ergibt.

  • Seite 47: Sekundäranalyseoptionen

    Genom und für jede Probe eines Multiprobenlaufs Informationen zum Alignment, zu Varianten und zu Contig-Assemblierungen. Überblick über BaseSpace BaseSpace ist die Cloud-Computing-Umgebung von Illumina. Die Verwendung von BaseSpace zum Speichern und Analysieren Ihrer Laufdaten bietet die folgenden Vorteile: Macht die Datenspeicherung und -verarbeitung am Standort überflüssig Ermöglicht eine webbasierte Datenverwaltung und -analyse...
  • Seite 48 Abbildung 10 Bildschirm „BaseSpace Option“ Wenn Sie mit Ihrem Sequenzierungslauf beginnen, ändert sich das BaseSpace-Symbol, um anzugeben, dass das MiSeq mit BaseSpace verbunden ist und Datendateien an Ihren sicheren Speicherort übertragen werden. Datendateien werden während der Übertragung verschlüsselt, während der Analyse entschlüsselt und bei der Speicherung erneut verschlüsselt.

  • Seite 49: Überblick Über Miseq Reporter

    Sie können unter basespace.com eine Verbindung zu BaseSpace herstellen. Melden Sie sich mit den Anmeldedaten für Ihr MyIllumina-Konto an. Weitere Informationen zur Verwendung von BaseSpace finden Sie in der Online-Hilfe zu BaseSpace auf der Illumina-Website: www.illumina.com/help/BaseSpaceHelp/BaseSpaceHelp.htm. Überblick über MiSeq Reporter MiSeq Reporter ist eine Windows-Dienstanwendung, die bei der Primäranalyse generierte...

  • Seite 50: Laufordner

    Bei jedem Lauf auf dem MiSeq werden drei Laufordner generiert, von denen jeder einen bestimmten Zweck hat: D:\Illumina\MiSeqTemp – Wenn der Lauf beginnt, wird ein temporärer Laufordner auf das lokale Laufwerk des Gerätecomputers geschrieben und als Arbeitsbereich für MCS und die Echtzeitanalyse verwendet. Es muss nicht auf den Ordner „MiSeqTemp“...
  • Seite 51 Schritt beschrieben wird, der von der Echtzeitanalyse für die einzelnen Reads ausgeführt wurde. <Name des Laufordners>\Data\Intensities\BaseCalls – Enthält Unterordner mit Base- Call-Dateien (*.bcl), Matrixdateien und Phasierungsdateien. Während der Sekundäranalyse schreibt MiSeq Reporter FASTQ-Dateien in diesen Ordner. Weitere Informationen finden Sie im MiSeq Reporter Benutzerhandbuch (Teile-Nr. 15042295). MiSeq-System Benutzerhandbuch...
  • Seite 52 <Name des Laufordners>\Recipe – Enthält die für den Lauf verwendete Rezeptur. <Name des Laufordners>\Logs – Enthält Protokolldateien, die jeden Schritt beschreiben, der vom Gerät für die einzelnen Zyklen ausgeführt wurde. <Name des Laufordners>\Interop – Enthält Binärdateien, die vom Sequenzierungsanalyse-Viewer (SAV) zum Zusammenfassen verschiedener Primäranalysemetriken (z.

  • Seite 53: Erforderlicher Speicherplatz

    (Läufe) aus. Verschieben oder löschen Sie ältere Laufordner nach Bedarf. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Bildschirm „Manage Files“ (Dateien verwalten) auf Seite 19. Nachdem Sie eine ausreichende Menge an Speicherplatz freigegeben haben, wählen Sie Restart Check (Prüfung neu starten). MiSeq-System Benutzerhandbuch...
  • Seite 54 Teile-Nr. 15027617 Rev. O DEU...

  • Seite 55: Kapitel 2 Durchführen Eines Laufs

    Kapitel 2 Durchführen eines Laufs Durchführen eines Laufs Einleitung MiSeq-Workflow Laden von Probebibliotheken Einrichten eines Laufs mit MCS Reinigen der Fließzelle Laden der Fließzelle Laden von Reagenzien Starten des Laufs Überwachen des Laufs MiSeq-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 56: Einleitung

    Einleitung Um auf dem MiSeq-System einen Lauf durchzuführen, befolgen Sie die in diesem Kapitel beschriebenen Einrichtungsschritte. Nach dem Beginn des Laufs sind keine weiteren Aktionen seitens des Benutzers erforderlich. Der Sequenzierungslauf kann im Sequenzierungsbildschirm oder remote mithilfe des Sequenzierungsanalyse-Viewers (SAV) überwacht werden, einer optionalen Software- Anwendung, die Sie von der Illumina-Website herunterladen können.

  • Seite 57: Miseq-Workflow

    Laden Sie die Reagenzienkartusche. Überprüfen Sie die Laufparameter und die Vorprüfungsergebnisse. Wählen Sie Start Run (Lauf starten). Überwachen Sie den Lauf auf der MCS-Benutzeroberfläche oder auf einem anderen Computer mithilfe des Sequenzierungsanalyse-Viewer (SAV). Führen Sie einen Nachwaschlauf durch. MiSeq-System Benutzerhandbuch...
  • Seite 58 Clusterbildung Während der Clusterbildung werden einzelne DNA-Moleküle an der Oberfläche der Fließzelle gebunden und dann amplifiziert, um Cluster zu bilden. Sequenzierung Im Anschluss an die Clusterbildung werden die Cluster mithilfe von LED und Filterkombinationen aufgenommen, die jedem der vier Fluoreszenz-Didesoxynukleotide entsprechen.

  • Seite 59: Laden Von Probebibliotheken

    Bibliotheken und geben Sie optional PhiX Kontrolle hinzu. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter DNA-Bibliotheken für die Sequenzierung auf dem MiSeq vorbereiten (Teile-Nr. 15039740). Dieser Schritt ist nicht bei allen Bibliothekstypen erforderlich. Einige Illumina- Probenvorbereitungsmethoden führen zu einer gebrauchsfertigen normalisierten Konzentration aus Pool-Bibliotheken. Im Probenvorbereitungshandbuch (Sample Preparation Guide) ist das zur Vorbereitung der Probenbibliotheken verwendete Kit angegeben.
  • Seite 60 Abbildung 12 Laden der Bibliotheken Fahren Sie mit den Schritten zum Einrichten des Laufs unter Verwendung der MiSeq Control Software (MCS)-Benutzeroberfläche fort. Teile-Nr. 15027617 Rev. O DEU...

  • Seite 61: Einrichten Eines Laufs Mit Mcs

    (BaseSpace zur Speicherung und Analyse verwenden) aus. Die Analyse wird in BaseSpace durchgeführt. Deaktivieren Sie das Kontrollkästchen Use BaseSpace for storage and analysis (BaseSpace zur Speicherung und Analyse verwenden). Die Analyse wird auf dem Gerät durchgeführt. Wählen Sie Next (Weiter). Der Bildschirm zum Laden der Fließzelle wird angezeigt. MiSeq-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 62: Reinigen Der Fließzelle

    Reinigen der Fließzelle Die Fließzelle ist in Lagerungspuffer in einem Fließzellenbehälter eingetaucht. Die Farbe des Verschlusses des Fließzellenbehälters gibt den Fließzellentyp an: Der Verschluss des Behälters für eine Standard-Fließzelle ist durchsichtig. Der Verschluss des Behälters für eine PGS-Fließzelle ist durchsichtig. Der Verschluss des Behälters für eine Mikro-Fließzelle ist grün.
  • Seite 63 Reinigen Sie das Fließzellenglas mit einem mit Alkohol befeuchteten Tuch. Stellen Sie sicher, dass das Glas keine Streifen, Fingerabdrücke und Fusseln oder Gewebefasern aufweist. Achten Sie darauf, dass der Alkoholtupfer nicht mit der Anschlussdichtung der Fließzelle in Kontakt kommt. MiSeq-System Benutzerhandbuch...
  • Seite 64 Abbildung 16 Trocknen der Fließzelle Trocknen Sie überschüssigen Alkohol mit einem fusselfreien Reinigungstuch für Objektive ab. Inspizieren Sie die Fließzellenanschlüsse, um sicherzustellen, dass sie nicht blockiert sind und dass die Dichtung rund um die Fließzellenanschlüsse gut sitzt. Wenn die Dichtung verschoben zu sein scheint, drücken Sie sie vorsichtig zurück an ihren Platz, bis sie die Fließzellenanschlüsse sicher umschließt.

  • Seite 65: Laden Der Fließzelle

    Heben Sie die Tür der Fließzellenkammer an und drücken Sie anschließend den Freigabeknopf rechts neben dem Fließzellenriegel. Der Fließzellenriegel öffnet sich. Halten Sie die Fließzellen an den Kanten der Fließzellenkartusche fest und platzieren Sie die Fließzelle auf den Fließzellentisch. Abbildung 18 Fließzelle auf Tisch platzieren MiSeq-System Benutzerhandbuch...
  • Seite 66 Drücken Sie den Fließzellenriegel sanft nach unten, um ihn zu schließen. ANMERKUNG Wenn der Fließzellenriegel geschlossen wird, werden zwei Ausrichtungsstifte neben dem Scharnier des Fließzellenriegels aktiviert, sodass die Fließzelle korrekt positioniert wird. Ein hörbares Klicken gibt an, dass der Fließzellenriegel sicher eingerastet ist. Abbildung 19 Geschlossener Fließzellenriegel Prüfen Sie in der unteren linken Ecke des Bildschirms, ob die Fließzellen-RFID...

  • Seite 67: Laden Von Reagenzien

    Invertieren Sie die PR2-Flasche vorsichtig, um sie zu mischen, und entfernen Sie anschließend den Deckel. Öffnen Sie die Tür der Reagenzienkammer. Heben Sie den Sipper-Griff an, bis er einrastet. Platzieren Sie die PR2-Flasche in der Aussparung auf der rechten Seite des Reagenzienkühlers. MiSeq-System Benutzerhandbuch...
  • Seite 68 Abbildung 20 Laden der PR2-Flasche Stellen Sie sicher, dass die Abfallflasche leer ist. Falls sie nicht leer ist, leeren Sie ihren Inhalt in den entsprechenden Abfallbehälter aus. Senken Sie langsam den Sipper-Griff. Stellen Sie sicher, dass die Sipper in die PR2- und die Abfallflasche eintauchen.

  • Seite 69: Laden Der Reagenzienkartusche

    ANMERKUNG Lassen Sie die Tür des Reagenzienkühlers nicht für längere Zeit geöffnet. Öffnen Sie die Tür des Reagenzienkühlers. Halten Sie die Reagenzienkartusche an dem Ende mit dem Illumina-Etikett und schieben Sie sie bis zum Anschlag in den Reagenzienkühler. Abbildung 22 Laden der Reagenzienkartusche Schließen Sie die Tür des Reagenzienkühlers.
  • Seite 70 Falls die Reagenzienkartusche nicht mit der Fließzelle kompatibel ist, wird eine Meldung angezeigt. Wählen Sie Back (Zurück), um eine kompatible Kartusche zu laden, oder Exit (Beenden), um zum Begrüßungsbildschirm zurückzukehren. Schließen Sie die Tür der Reagenzienkammer. Wählen Sie Next (Weiter) auf dem Bildschirm zum Laden der Reagenzien. Der Überprüfungsbildschirm wird geöffnet.

  • Seite 71: Starten Des Laufs

    Wenn bei der Vorprüfung ein Fehler festgestellt wird, wird auf dem Bildschirm eine Meldung mit Anweisungen zur Fehlerbehebung angezeigt. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Beheben von Laufkonfigurationsfehlern auf Seite Wenn bei der Vorprüfung keine Fehler festgestellt werden, wählen Sie die Option Start Run (Lauf starten). MiSeq-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 72: Wichtige Hinweise Vor Dem Starten Des Laufs

    Wichtige Hinweise vor dem Starten des Laufs WARNUNG Das MiSeq-System ist empfindlich gegenüber Erschütterungen. Eine Berührung des Gerätes nach dem Start eines Laufs könnte sich nachteilig auf die Sequenzierungsergebnisse auswirken. Nachdem Sie Start Run (Lauf starten) ausgewählt haben, dürfen Sie die Türen der Fließzellenkammer und der Reagenzienkammer nicht öffnen und den...

  • Seite 73: Überwachen Des Laufs

    Zeigt vier Platten an, obere und untere Oberfläche Q-Score All Cycles (Q-Score aller Zyklen): Zeigt den durchschnittlichen Prozentsatz der Basen an, deren Qualitäts-Score größer als Q30 ist. Ein Qualitäts-Score (Q-Score) ist eine Prognose über die Wahrscheinlichkeit eines falschen Base-Calls. Q-Scores werden nach Zyklus 25 berechnet. MiSeq-System Benutzerhandbuch...
  • Seite 74 Quadratmillimeter für den Lauf. Clusters Passing Filter (%) (Cluster, die den Filter passieren): Zeigt den Prozentsatz der Cluster an, die den Filter passieren, basierend auf dem Illumina-Reinheitsfilter, der die Qualität misst. Diese Daten werden erst nach Zyklus 25 angezeigt. ANMERKUNG Die Reinheit eines Base-Calls ist das Verhältnis der Intensität des größten Signals...

  • Seite 75: Matrizenbildung

    MiSeq-Reagenzien-Kits, v1 Zyklus 5-25 MiSeq-Reagenzien-Kits, v3 Zyklus 26 bis Abschluss Intensität, Clusterdichte, % PF, des Laufs Menge und Qualitäts-Scores MiSeq-Reagenzien-Kits, v2 MiSeq-Reagenzien-Kits, v1 Die MiSeq-Laufspezifikationen finden Sie auf der Seite „Specifications“ (Spezifikationen) für das MiSeq-System auf der Illumina-Website (www.illumina.com/systems/miseq/performance_specifications.ilmn). MiSeq-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 76: Ergebnisse Der Primäranalyse

    Ergebnisse der Primäranalyse Die Primäranalyse-Ausgabe aus einem Sequenzierungslauf besteht aus mehreren hinsichtlich ihrer Qualität ausgewerteten Base-Call-Dateien (*.bcl-Dateien), die aus den Rohbilddateien generiert werden. In der folgenden Tabelle werden die Ordner und Dateien beschrieben, die während der Primäranalyse von der Echtzeitanalyse (RTA) generiert werden. Viele dieser Dateien werden von der MiSeq Reporter Software für die Sekundäranalyse verwendet.

  • Seite 77: Fließzellen-Plattennummerierung

    Die Bilddateien 2101 bis 2104 sind die Platten 1 bis 4 auf der unteren Oberfläche. Bei Nano-Fließzellen erhalten die Bilddateien für die Platten 1 und 2 auf der oberen Oberfläche die Dateinamen 1101 und 1102. Die Ausgabedateien für jede Platte befinden sich im Laufordner unter Data\Intensities\BaseCalls\L001. MiSeq-System Benutzerhandbuch...
  • Seite 78 Teile-Nr. 15027617 Rev. O DEU...

  • Seite 79: Kapitel 3 Wartungsverfahren

    Kapitel 3 Wartungsverfahren Wartungsverfahren Einleitung Gerätewaschläufe Durchführen eines Nachwaschlaufs Durchführen eines Wartungswaschlaufs Durchführen eines Standbywaschlaufs Software-Updates Ausschalten des Geräts MiSeq-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 80: Einleitung

    Einleitung Führen Sie nach Abschluss eines Sequenzierungslaufs immer einen Gerätewaschlauf durch. Durch regelmäßige Gerätewaschläufe wird die kontinuierliche Leistungsfähigkeit des Geräts wie folgt sichergestellt: Ggf. vorhandene Reagenzienreste werden aus den Fluidikleitungen und Sippern gespült. Eine Ansammlung und Kristallisation von Salz in den Fluidikleitungen und Sippern wird verhindert.

  • Seite 81: Wartungshäufigkeit Beim Veriseq-Workflow

    Wartung während des Leerlaufmodus (≥7 Tage nicht verwendet) Aktivität Häufigkeit Monatlich Standbywaschlauf Nach Bedarf Ausschalten des Geräts ANMERKUNG Stellen Sie sicher, dass Sie für den VeriSeq-Workflow Nachwaschläufe durchführen, die einen Matrizenleitungswaschlauf beinhalten. Weitere Informationen finden Sie unter Verfahren mit Matrizenleitungswaschlauf auf Seite MiSeq-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 82: Gerätewaschläufe

    Gerätewaschläufe Im Bildschirm „Perform Wash“ (Waschlauf durchführen) können Sie drei Arten von Waschläufen starten: Wartungswaschlauf, Standbywaschlauf und Nachwaschlauf. Wartungswaschlauf: Der Wartungswaschlauf besteht aus drei aufeinanderfolgenden Waschzyklen, bei denen das System gründlich gespült wird. Führen Sie mindestens alle 30 Tage einen Wartungswaschlauf durch. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Durchführen eines Wartungswaschlaufs auf Seite Sie können Ihr Gerät so konfigurieren, dass zwischen zwei Läufen ein...
  • Seite 83 Kartusche aus dem Gerät entfernt werden kann. Verwenden Sie diesen Befehl, falls der Lauf unerwarteterweise unterbrochen wurde oder während des Laufs ein Fehler aufgetreten ist. Unter diesen Bedingungen werden die Sipper nicht automatisch angehoben. MiSeq-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 84: Durchführen Eines Nachwaschlaufs

    Anweisungen der Software zum Laden der Waschlaufkomponenten und führen Sie den Waschlauf durch. Der Nachwaschlauf dauert etwa 20 Minuten. Illumina empfiehlt Ihnen, den Waschlauf direkt nach Abschluss eines Sequenzierungslaufs durchzuführen. Um einen weiteren Lauf einrichten zu können, muss zunächst ein Gerätewaschlauf durchgeführt werden.
  • Seite 85 Entfernen Sie die PR2-Flasche und setzen Sie die Waschflasche ein. ANMERKUNG Entsorgen Sie die PR2-Flasche nach jedem Lauf. Verbleibendes PR2 darf nicht wiederverwendet werden. Entfernen Sie die Abfallflasche und entsorgen Sie den Inhalt ordnungsgemäß. Setzen Sie die Abfallflasche wieder in die Reagenzienkammer ein. MiSeq-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 86: Verfahren Mit Matrizenleitungswaschlauf

    Behälter und nicht verwendeter Inhalt müssen gemäß den geltenden Sicherheitsvorschriften Ihrer Region entsorgt werden. Weitere Informationen finden Sie im SDS für dieses Kit unter support.illumina.com/sds.html. Drücken Sie den Sippergriff nach unten und stellen Sie dabei sicher, dass die Sipper in die Waschflasche und in die Abfallflasche eintauchen.
  • Seite 87 Fügen 30 µl 6%iges Natriumhypochlorit zu 870 µl Wasser in Laborqualität hinzu. Diese Volumina ergeben eine im Verhältnis 1:30 verdünnte Natriumhypochloritlösung. Geben Sie in ein von Illumina bereitgestelltes MiSeq-Röhrchen (Teile-Nr. MS-102-9999) 50 µl der 1:30-Natriumhypochloritlösung zu 950 µl Wasser in Laborqualität.
  • Seite 88 Aufnahme, Kontakt mit der Haut oder Kontakt mit den Augen zu Personenschäden kommen. Behälter und nicht verwendeter Inhalt müssen gemäß den geltenden Sicherheitsvorschriften Ihrer Region entsorgt werden. Weitere Informationen finden Sie im SDS für dieses Kit unter support.illumina.com/sds.html. Teile-Nr. 15027617 Rev. O DEU...
  • Seite 89 ANMERKUNG Die Sipper bleiben in der unteren Position, was normal ist. Lassen Sie die nicht verwendete Waschlösung in der Waschablage und der Waschflasche, um das Austrocknen der Sipper und das Eindringen von Luft in das System zu verhindern. MiSeq-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 90: Durchführen Eines Wartungswaschlaufs

    Durchführen eines Wartungswaschlaufs Führen Sie alle 30 Tage einen Wartungswaschlauf durch, um eine optimale Leistung sicherzustellen. Der Wartungswaschlauf umfasst drei Waschlaufschritte, bei denen eine Waschlösung aus Wasser in Laborqualität gemischt mit Tween 20 verwendet wird. Der Waschlauf dauert etwa 90 Minuten. Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien Tween 20 (Sigma-Aldrich, Katalognummer P7949) Wasser in Laborqualität...
  • Seite 91 Wenn der erste Waschlauf abgeschlossen ist, entfernen Sie die Waschablage und die Waschflasche und entsorgen Sie die verbleibende Waschlösung. Füllen Sie die Waschlaufkomponenten wie folgt erneut mit frischer Waschlösung: Füllen Sie in jeden Behälter der Waschablage 6 ml Waschlösung. Füllen Sie 350 ml Waschlösung in die 500-ml-Waschflasche. MiSeq-System Benutzerhandbuch...
  • Seite 92 Laden Sie die Waschablage und Waschflasche wie folgt: Schieben Sie die Waschablage bis zum Anschlag in den Reagenzienkühler. Schließen Sie die Tür des Reagenzienkühlers. Laden Sie die Waschflasche und drücken Sie den Sippergriff langsam nach unten. Stellen Sie dabei sicher, dass die Sipper in die Waschflasche und in die Abfallflasche eintauchen.

  • Seite 93: Nach Dem Waschlauf

    ANMERKUNG Die Sipper bleiben in der unteren Position, was normal ist. Lassen Sie die nicht verwendete Waschlösung in der Waschablage und der Waschflasche, um das Austrocknen der Sipper und das Eindringen von Luft in das System zu verhindern. MiSeq-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 94: Durchführen Eines Standbywaschlaufs

    Wenn sich das Gerät im Standby-Modus befindet, muss ein Wartungswaschlauf durchgeführt werden, bevor ein Sequenzierungslauf initiiert werden kann. ANMERKUNG Illumina empfiehlt, den Standbywaschlauf alle 30 Tage zu wiederholen, wenn sich das Gerät im Leerlauf befindet. Wenn Sie den VeriSeq-Workflow durchführen, lesen Sie den Abschnitt Wartungshäufigkeit beim VeriSeq-Workflow auf Seite 63...
  • Seite 95 Setzen Sie die Abfallflasche wieder in die Reagenzienkammer ein. Drücken Sie den Sippergriff nach unten und stellen Sie dabei sicher, dass die Sipper in die Waschflasche und in die Abfallflasche eintauchen. Schließen Sie die Tür der Reagenzienkammer. Wählen Sie Next (Weiter). Der erste Waschlauf beginnt. MiSeq-System Benutzerhandbuch...
  • Seite 96 Durchführen des zweiten Waschlaufs ANMERKUNG Verwenden Sie stets für jeden der Waschschritte eine frische Waschlösung. Wenn Waschlösung aus dem vorausgegangenen Waschlauf wiederverwendet wird, kann Abfall erneut in die Fluidikleitungen gelangen. Bereiten Sie wie folgt eine frische Waschlösung mit Tween 20 und Wasser in Laborqualität vor: Fügen Sie 5 ml 100 % Tween 20 zu 45 ml Wasser in Laborqualität hinzu.

  • Seite 97: Software-Updates

    Datei für die neue Softwareversion befindet. Wenn der Pfad zur installierbaren Softwaredatei auf dem Bildschirm angezeigt wird, wählen Sie Update (Aktualisieren). Wenn Ihr Gerät mit einem Netzwerk verbunden ist, können Sie die Software automatisch aktualisieren. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Software-Updates auf Seite MiSeq-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 98: Ausschalten Des Geräts

    Ausschalten des Geräts Es empfiehlt sich, das Gerät immer eingeschaltet zu lassen. Wenn das Gerät jedoch ausgeschaltet werden muss, führen Sie die folgenden Schritte aus, um Windows sicher zu beenden und die Fluidikleitungen vorzubereiten. Führen Sie einen Wartungswaschlauf durch. Weitere Informationen finden Sie unter Durchführen eines Wartungswaschlaufs auf Seite Entfernen Sie die Abfallflasche und entsorgen Sie den Inhalt ordnungsgemäß.

  • Seite 99: Kapitel 4 Fehlerbehebung

    Kapitel 4 Fehlerbehebung Fehlerbehebung Einleitung Bundle Logs (Protokollbündel) für die Fehlerbehebung Software-Einstellungen Anhalten oder Abbrechen eines Laufs Beheben von Laufkonfigurationsfehlern Beheben von RFID-Lesefehlern Fehlerbehebung bei Fließratenfehlern Durchführen eines Volumentests Messen erwarteter Volumina während des Waschlaufs MiSeq-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 100: Einleitung

    Einleitung In diesem Abschnitt werden allgemeine Schritte zur Fehlerbehebung beschrieben. Führen Sie diese Schritte durch, bevor Sie sich an den Technischen Support von Illumina wenden. Bei den meisten Fehlern werden auf dem Bildschirm Anweisungen zur Behebung des Fehlers angezeigt. Wenn Sie technische Fragen haben, besuchen Sie die MiSeq-Supportseiten der Illumina- Website, wo Sie Antworten auf häufig gestellte Fragen finden, oder melden Sie sich bei...

  • Seite 101: Bundle Logs (Protokollbündel) Für Die Fehlerbehebung

    Klicken Sie in das blaue Feld neben dem Lauf und in den blauen Kreis neben dem Bündeltyp, der vom Technischen Support von Illumina angefordert wurde. Wählen Sie Bundle Logs (Protokollbündel). Der Bildschirm „Bundle Files“ (Dateien bündeln) wird geöffnet. Er enthält Informationen über das Bündel, darunter eine Liste der einzelnen Dateien im Bündel.
  • Seite 102 Wenn das Bündeln der Dateien abgeschlossen ist, wird erneut die Registerkarte „Bundle Logs“ (Protokollbündel) geöffnet. Senden Sie die ZIP-Datei mit dem Bündel an den Technischen Support von Illumina. Abbildung 25 Registerkarte „Bundle Logs“ (Protokollbündel) Teile-Nr. 15027617 Rev. O DEU...

  • Seite 103: Software-Einstellungen

    Start des Geräts konfiguriert. Wenn Sie Ihre Einstellungen aufgrund einer Netzwerk- oder Einrichtungsänderung ändern müssen, verwenden Sie die Funktion „System Settings“ (Systemeinstellungen). Abbildung 26 Systemeinstellungen Wenden Sie sich an den Administrator Ihres Unternehmens, um Informationen dazu zu erhalten, welche Netzwerkeinstellungen Sie eingeben müssen. MiSeq-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 104: Ändern Der Systemanmeldeinformationen

    Ändern der Systemanmeldeinformationen Ändern Sie den Systembenutzernamen und das Kennwort im Bildschirm „Systems Settings“ (Systemeinstellungen). Wählen Sie System Settings (Systemeinstellungen) im Bildschirm „Manage Instrument“ (Gerät verwalten) und wählen Sie anschließend Save and Continue (Speichern und Fortfahren), um im dritten Bildschirm fortzufahren. Wählen Sie This account (Dieses Konto).
  • Seite 105 Gerätewartung nicht erforderlich. Sie können einige Systemprüfungsoptionen, z. B. den Volumentest, durchführen, bevor Sie sich an den Technischen Support von Illumina wenden. Bei einem Volumentest wird der Zustand des Fluidiksystems überprüft, indem das Fließvolumen anhand der Blasen, die die Sensoren passieren, geschätzt wird.
  • Seite 106 Live-Hilfe Das MiSeq-System muss mit einem Netzwerk mit Internetzugang verbunden sein, um Live Help zu aktivieren. Die Funktion „Live Help“ (Live-Hilfe) ist ein Online-Unterstützungs- Tool, das einem Mitarbeiter des technischen Kundendienstes von Illumina ermöglicht, mit Ihrer Erlaubnis den MiSeq-Bildschirm anzuzeigen und das Gerät zu steuern. Sie haben die übergeordnete Steuerung inne und können die Bildschirmfreigabe-Sitzung jederzeit...
  • Seite 107 Abbildung 30 Bildschirm „Live Help“ (Live-Hilfe) MiSeq-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 108: Anhalten Oder Abbrechen Eines Laufs

    Anhalten oder Abbrechen eines Laufs Das MiSeq-System ist darauf ausgelegt, einen Lauf von Anfang bis Ende ohne Eingreifen des Benutzers durchzuführen. Es ist jedoch möglich, einen Lauf über den Sequenzierungsbildschirm zu unterbrechen oder anzuhalten. Unterbrechen eines Laufs Sie können einen Lauf vorübergehend unterbrechen, bevor er abgeschlossen ist. Sie können einen Lauf beispielsweise unterbrechen, wenn Sie glauben, dass die Abfallflasche voll ist.
  • Seite 109 Abbildung 31 Sequenzierungsbildschirm eines unterbrochenen Laufs MiSeq-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 110: Anhalten Eines Laufs

    Anhalten eines Laufs Während des Sequenzierungsvorgangs können Sie mithilfe der Schaltfläche Stop im Sequenzierungsbildschirm einen Lauf anhalten, bevor er abgeschlossen ist. Sie können einen Lauf beispielsweise anhalten, wenn er falsch konfiguriert wurde, die Datenqualität schlecht ist oder ein Hardwarefehler auftritt. Wenn ein Lauf angehalten wird, wird der aktuelle Befehl nicht zu Ende ausgeführt und der Fließzellentisch fährt in die Vorwärtsposition.

  • Seite 111: Beheben Von Laufkonfigurationsfehlern

    Falls die Verbindung weiterhin nicht wiederhergestellt wird, wählen Sie im Bildschirm „Manage Instrument“ (Gerät verwalten) die Option Shut Down (Ausschalten) und schalten Sie das Gerät anschließend über den Netzschalter aus. Warten Sie mindestens 60 Sekunden. Schalten Sie dann das Gerät ein und starten Sie die Software. MiSeq-System Benutzerhandbuch...
  • Seite 112 Fehler Aktion Die Primäranalyse aus dem vorherigen Lauf ist noch nicht Primary Analysis Ready abgeschlossen. Standardmäßig ist eine Stunde für das Abschließen der (Primäranalyse bereit) Primäranalyse vorgesehen. Auf dem Bildschirm wird ein Countdown angezeigt. Sie haben die Möglichkeit, eine Stunde zu warten oder Terminate Analysis (Analyse beenden) zu wählen.

  • Seite 113: Beheben Von Rfid-Lesefehlern

    Wählen Sie immer Retry (Erneut versuchen), bevor Sie fortfahren. Falls die RFID ein zweites Mal fehlschlägt, wählen Sie Get Code (Code abrufen). Rufen Sie auf einem Computer mit Internetzugang https://my.illumina.com auf und melden Sie sich bei Ihrem MyIllumina-Konto an. Klicken Sie auf der Seite „MyIllumina“ auf Account (Konto). Klicken Sie in der Spalte „Resources“...
  • Seite 114 Geben Sie den temporären Bypass-Code mithilfe der Bildschirmtastatur ein und wählen Sie anschließend Next (Weiter). Geben Sie die Barcodenummer der Fließzelle, der PR2-Flasche bzw. der Reagenzienkartusche ein. Verbrauchsmaterial Position der Barcodenummer Fließzelle Oberhalb des Barcodes auf dem Etikett des Fließzellenbehälters. Fließzellen-Barcodenummern beginnen mit „A“...

  • Seite 115: Fehlerbehebung Bei Fließratenfehlern

    Falls der Fehler weiterhin besteht, legen Sie ein Pumpvolumen von 500 µl PR2 fest und wiederholen Sie den Prozess. Falls der Fehler durch den zweiten Versuch nicht behoben wird, wenden Sie sich an den Technischen Support von Illumina. MiSeq-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 116: Durchführen Eines Volumentests

    Durchführen eines Volumentests Verstopfungen in den Fluidikleitungen können zu einer schlechten Reagenzabgabe führen und sich negativ auf die Sequenzierungsergebnisse auswirken. Wenn eine Verstopfung in den Fluidikleitungen vermutet wird, führen Sie einen Volumentest durch. Bei einem Volumentest wird der Zustand des Fluidiksystems überprüft, indem das Volumen zwischen zwei Blasen geschätzt wird, die die Sensoren passieren.
  • Seite 117 Sie nach, ob sich am Waschflaschen-Sipper ein großer Wassertropfen befindet. Wenn Sie dazu aufgefordert werden, drücken Sie den Sippergriff langsam vollständig nach unten und stellen Sie dabei sicher, dass die Sipper in die Waschflasche und in die Abfallflasche eintauchen. MiSeq-System Benutzerhandbuch...
  • Seite 118 Abbildung 36 Entfernen eines Tropfens vom Sipper Wählen Sie Next (Weiter). Der Volumentest beginnt. Wenn der Volumentest beendet ist, werden die Ergebnisse auf dem Bildschirm angezeigt. Abbildung 37 Ergebnisse des Volumentests Teile-Nr. 15027617 Rev. O DEU...
  • Seite 119 Wenn der Test nicht erfolgreich war, führen Sie einen Wartungswaschlauf durch. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Durchführen eines Wartungswaschlaufs auf Seite Wiederholen Sie nach Abschluss des Wartungswaschlaufs den Volumentest. MiSeq-System Benutzerhandbuch...

  • Seite 120: Messen Erwarteter Volumina Während Des Waschlaufs

    Messen erwarteter Volumina während des Waschlaufs Durch das Messen der erwarteten Volumina während des Waschlaufs wird bestätigt, dass die Waschfluidik effizient funktioniert. Bevor Sie mit einem Waschlauf beginnen, leeren Sie die Abfallflasche. Wenn der Waschlauf abgeschlossen ist, messen Sie das Waschvolumen in der Abfallflasche.

  • Seite 121: Index

    Genomreferenzen 19 Gerät in den Leerlauf versetzen 76 Dokumentation 107 Domänenname 85-86 Hilfe, Live Help 88 Hilfe, technisch 107 E-Mail-Warnungen 22 Echtzeitanalyse 2 Ergebnisse 58 Laufordner 32 Initialisierung 94 Matrizenbildung 57 InterOp-Ordner 33 Einschalten des Geräts 13 IP-Adresse 85 MiSeq-System Benutzerhandbuch...
  • Seite 122 Neustart der Software 26 Kennwort 13 Kennwort ändern 86 Optikmodul 5 Komponenten Ordnerspeicherorte Fließzelle 7 für aktuellen Lauf 53 Fließzellenkammer 5-6 Standardeinstellungen 22 Optikmodul 5 Reagenzienkammer 5, 8 Reagenzienkartusche 9 PGS 44 Konfigurieren des Geräts 26 Plattennummerierung 59 Kopieren von Dateien und Ordnern 19 PR2, Laden 49 Probenblatt Ändern 52...
  • Seite 123 Systemeinstellungen 85 Technischer Support 107 Ü Überwachen des Laufs 55 Unterbrechen eines Laufs 90 Verbrauchsmaterialien vom Benutzer bereitgestellt 11 von Illumina bereitgestellt 10 Wasser in Laborqualität 12 VeriSeq-Workflow Analyse lokal replizieren 22 Fließzelle 44 Sekundäranalyse 29 Wartungshäufigkeit 63 Verschieben von Dateien und...
  • Seite 124 Teile-Nr. 15027617 Rev. O DEU...

  • Seite 125: Technische Unterstützung

    900.812168 Irland 1.800.812949 Andere Länder +44.1799.534000 Materialsicherheitsdatenblätter Sicherheitsdatenblätter (SDS, Safety Data Sheets) stehen auf der Illumina-Website unter support.illumina.com/sds.html zur Verfügung. Produktdokumentation Die Produktdokumentation steht auf der Illumina-Website im PDF-Format zum Herunterladen zur Verfügung. Gehen Sie zu support.illumina.com, wählen Sie ein Produkt aus und klicken Sie anschließend auf Documentation &...
  • Seite 126 *15027617* *15027617* Teile-Nr. 15027617 Rev.O DEU Illumina San Diego, Kalifornien 92122, USA +1.800.809.ILMN (4566) +1.858.202.4566 (außerhalb von Nordamerika) techsupport@illumina.com www.illumina.com...

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