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illumina iSeq 100 Handbuch

Sequenziersystem
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iSeq 100
Handbuch zum Sequenziersystem
Dokument-Nr. 1000000036024 v04 DEU
Oktober 2018
Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
ILLUMINA – EIGENTUMSRECHTLICH
GESCHÜTZT

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Verwandte Anleitungen für illumina iSeq 100

Inhaltszusammenfassung für illumina iSeq 100

  • Seite 1 Handbuch zum Sequenziersystem Dokument-Nr. 1000000036024 v04 DEU ILLUMINA – EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT Oktober 2018 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
  • Seite 2 Produkts (der hier beschriebenen Produkte) und für keinen anderen Bestimmungszweck ausgelegt. Dieses Handbuch und dessen Inhalt dürfen ohne schriftliches Einverständnis von Illumina nicht verwendet und zu keinem anderen Zweck verteilt bzw. anderweitig übermittelt, offengelegt oder auf irgendeine Weise reproduziert werden. Illumina überträgt mit diesem Dokument keine Lizenzen unter seinem Patent, Markenzeichen, Urheberrecht oder bürgerlichen...
  • Seite 3 100-Sequenziersystem Handbuch Versionshistorie Dokument Datum Beschreibung der Änderung Dokument- Oktober Empfohlene Ladekonzentrationen und Verdünnungsanweisungen für Nr. 1000000036024 v04 2018 Nextera DNA Flex for Enrichment-, TruSeq DNA Nano- und TruSeq DNA PCR-Free-Bibliotheken hinzugefügt. Informationen zu einem Normalisierungsverfahren hinzugefügt, bei dem keine einzelsträngigen Bibliotheken erstellt werden.
  • Seite 4 100-Sequenziersystem Handbuch Dokument Datum Beschreibung der Änderung Dokument- Juni Die Angaben zu den für die Verdünnung von Bibliotheken verwendeten Nr. 1000000036024 v02 2018 Röhrchen wurden wie folgt aktualisiert: Fisher Scientific, Katalog-Nr. 14- 222-158 oder vergleichbare Low-Binding-Röhrchen. Es wurde ein Abschnitt mit der Beschreibung der regionalen Verfügbarkeit des erweiterten Austauschs hinzugefügt.
  • Seite 5 100-Sequenziersystem Handbuch Dokument Datum Beschreibung der Änderung Dokument- Die Informationen zu Local Run Manager wurden aktualisiert: • Es wurden Schritte zum Öffnen von Local Run Manager und zum Nr. 1000000036024 v01 2018 Konfigurieren des Laufs hinzugefügt. • Es wurden RNA Amplicon als vorinstalliertes Analysemodul sowie DNA Enrichment und Resequencing als weitere unterstützte Module...

  • Seite 6: Inhaltsverzeichnis

    Inhaltsverzeichnis Kapitel 1 Überblick Einleitung Weitere Ressourcen Systemkomponenten iSeq 100 i1-Reagenzien Kapitel 2 Erste Schritte Erstmalige Konfiguration Validierungsläufe Minimieren der Steuerungssoftware Konfigurieren von Laufeinstellungen Anpassen der Systemeinstellungen Konfigurieren von Netzwerkeinstellungen Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien und Geräte Kapitel 3 Sequenzierung Einleitung Festlegen des Speicherorts für den Ausgabeordner Best Practices Auftauen der im Folienbeutel verpackten Kartusche Vorbereiten der Fließzelle und der Bibliotheken...
  • Seite 7 100-Sequenziersystem Handbuch Anhang C Erweiterter Austausch Austausch des iSeq 100-Systems Erhalten eines Ersatzsystems Vorbereiten des Originalsystems für die Rücksendung Zurücksenden des Originalsystems Index Technische Unterstützung Dokument-Nr. 1000000036024 v04 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.

  • Seite 8: Kapitel 1 Überblick

    Lauf angegebenen Analysemodul. Die Software enthält verschiedene Analysemodule. Cloudbasierte Analyse: Der Sequenzierungsworkflow ist in BaseSpace Sequence Hub integriert, der Cloud-Computing-Umgebung von Illumina für die Laufüberwachung, Datenanalyse, Speicherung und Zusammenarbeit. Die Ausgabedateien werden zur Analyse in Echtzeit an BaseSpace Sequence Hub gestreamt.

  • Seite 9: Von Der Probe Zur Analyse

    Weitere Ressourcen Auf den Supportseiten zum iSeq 100-Sequenziersystem auf der Illumina-Website finden Sie weitere Ressourcen zum System. Diese umfassen Software, Schulungsmaterial, Informationen zu kompatiblen Produkten und die folgende Dokumentation. Vergewissern Sie sich stets auf den Supportseiten, dass Sie über die aktuellen Versionen verfügen.

  • Seite 10: Systemkomponenten

    100-Sequenziersystem Handbuch Ressource Beschreibung iSeq 100-Sequenziersystem Enthält Spezifikationen für den Laborplatz, die elektrischen Anforderungen sowie die Handbuch zur Umgebungs- und Netzwerkbedingungen. Standortvorbereitung (Dokument- Nr. 1000000035337) iSeq 100-Sequenziersystem Bietet Informationen zur Betriebssicherheit, zu Compliance-Erklärungen sowie zu Sicherheits- und Compliance- Gerätekennzeichnungen. Handbuch (Dokument- Nr. 1000000035336) RFID Reader Compliance- Bietet Informationen zum integrierten RFID Reader des Geräts, einschließlich...

  • Seite 11: Stromanschluss Und Andere Anschlüsse

    100-Sequenziersystem Handbuch Stromanschluss und andere Anschlüsse Das Gerät kann bewegt werden, um Zugang zu den USB-Anschlüssen und weiteren Komponenten an der Rückseite zu erhalten. Auf der Rückseite des Geräts befinden sich der Schalter und der Anschluss für die Stromversorgung des Geräts sowie ein Ethernet-Anschluss für eine optionale Ethernet-Verbindung.

  • Seite 12: Wiederverwendbare Testkartusche Und Fließzelle

    100-Sequenziersystem Handbuch Abbildung 4 Geladene Verbrauchsmaterialienkammer A Kartusche: Enthält die Fließzelle, Bibliothek und Reagenzien und fängt während des Laufs die verbrauchten Reagenzien auf. B Träger: Hält die Kartusche während der Sequenzierung. C Klappe: Öffnet sich in einem Winkel von 60 Grad für den Zugang zur Verbrauchsmaterialienkammer.

  • Seite 13: Systemsoftware

    100-Sequenziersystem Handbuch Die Testkomponenten sehen ähnlich aus wie die Sequenzierungskomponenten in iSeq 100 i1-Reagenzien und werden in derselben Ausrichtung geladen. Die Testkartusche besitzt jedoch keinen Bibliotheksbehälter und keine der Testkomponenten hat die für einen Lauf erforderliche Chemie. Systemsoftware Die Systemsoftware-Suite umfasst integrierte Anwendungen für die Durchführung von Sequenzierungsläufen und der Geräteanalyse.

  • Seite 14: Informationen Zum System

    A Die Laufkonfiguration betreffende Warnungen B Andere Benachrichtigungen Informationen zum System Das Menü der Steuerungssoftware bietet einen „About“-Bereich (Infobereich), in dem Sie die Kontaktinformationen von Illumina sowie die folgenden Systeminformationen einsehen können: Seriennummer Computername und IP-Adresse Version des Rezepturbestandteils Anzahl der Läufe Process Management (Prozessmanagement) Der Bildschirm „Process Management“...

  • Seite 15: Status Von Basespace Sequence Hub

    100-Sequenziersystem Handbuch Status von BaseSpace Sequence Hub BaseSpace Sequence Hub zeigt den Upload-Status an: In Progress (In Verarbeitung): Die Steuerungssoftware lädt Dateien in BaseSpace Sequence Hub hoch. Complete (Abgeschlossen): Alle Dateien wurden in BaseSpace Sequence Hub hochgeladen. Status von Local Run Manager...
  • Seite 16 100-Sequenziersystem Handbuch Fließzelle Die strukturierte Fließzelle mit einer Lane ist über einem optischen CMOS-Sensor (Complementary Metal Oxide Semiconductor, komplementärer Metalloxid-Halbleiter) angebracht. Der Fließzellenglasträger ist von einer Kunststoffkartusche umschlossen. Erhöhte Griffpunkte auf dem Kunststoff sorgen für eine sichere Handhabung. A Griffpunkte B CMOS-Sensor (Oberseite)

  • Seite 17: Unterstützte Anzahl Von Zyklen

    Beschreibung Das Datum, an dem das Verbrauchsmaterial abläuft. Um optimale Ergebnisse zu erzielen, verwenden Sie das Verbrauchsmaterial vor diesem Datum. Gibt den Hersteller an (Illumina). Das Herstellungsdatum des Verbrauchsmaterials. Die Verwendung ist ausschließlich für Forschungszwecke (Research Use Only, RUO) vorgesehen.
  • Seite 18 100-Sequenziersystem Handbuch Symbol Beschreibung Gibt die Artikelnummer an, damit das Verbrauchsmaterial identifiziert werden kann.¹ Gibt den Chargencode an, um die Charge zu identifizieren, in der das Verbrauchsmaterial hergestellt wurde.¹ Weist darauf hin, dass Vorsicht geboten ist. Weist auf eine Gesundheitsgefährdung hin.

  • Seite 19: Kapitel 2 Erste Schritte

    Kapitel 2 Erste Schritte Erstmalige Konfiguration Validierungsläufe Minimieren der Steuerungssoftware Konfigurieren von Laufeinstellungen Anpassen der Systemeinstellungen Konfigurieren von Netzwerkeinstellungen Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien und Geräte Erstmalige Konfiguration Wenn Sie das System zum ersten Mal einschalten, wird die Steuerungssoftware gestartet. Mehrere Bildschirme werden nacheinander angezeigt und führen Sie durch die erstmalige Konfiguration.

  • Seite 20: Minimieren Der Steuerungssoftware

    100-Sequenziersystem Handbuch Minimieren der Steuerungssoftware Minimieren Sie die Steuerungssoftware, wenn Sie auf andere Anwendungen zugreifen möchten. (Wenn Sie beispielsweise im Datei-Explorer zum Ausgabeordner navigieren oder nach einem Probenblatt suchen möchten.) Wischen Sie auf dem Touchscreen nach oben, um die Windows-Taskleiste zu öffnen.

  • Seite 21: Konfigurieren Des Laufmodus

    100-Sequenziersystem Handbuch Wählen Sie unter „Universal Copy Service“ einen Kontotyp aus: Local System Account (Lokales Systemkonto): Der Ausgabeordner befindet sich in einem Verzeichnis, auf das über ein lokales Konto mit Zugriffsberechtigungen für die meisten lokalen Speicherorte zugegriffen werden kann.

  • Seite 22: Auswahl Des Manuellen Modus

    * Je nach Version der Steuerungssoftware kann der Name dieser Einstellung auf der Benutzeroberfläche der Software von dem in diesem Handbuch abweichen. Nur bei Auswahl von „None“ (Keine) werden keine Performance-Daten des Geräts an Illumina gesendet. Diese Daten erleichtern Illumina die Fehlerbehebung und das Erkennen möglicher Ausfälle. Sie dienen der proaktiven Wartung und der Maximierung der Geräteverfügbarkeit.

  • Seite 23: Informationen Zum Probenblatt

    VORSICHT Stellen Sie sicher, dass die Index 2 (i5)-Adaptersequenzen in der für das iSeq 100-Sequenziersystem richtigen Ausrichtung eingegeben werden. Informationen zur Indexausrichtung finden Sie in Illumina- Adaptersequenzen (Dokument-Nr. 1000000002694) . Ein Probenblatt ist auch erforderlich, wenn das System für den Local Run Manager-Modus konfiguriert ist.

  • Seite 24: Speichern Von Miniaturbildern

    100-Sequenziersystem Handbuch Speichern von Miniaturbildern Wählen Sie im Menü der Steuerungssoftware die Option System Settings (Systemeinstellungen) aus. Wählen Sie dann die Registerkarte „System Customization“ (Systemanpassung) aus. Legen Sie fest, ob Miniaturbilder gespeichert werden sollen: Aktivieren Sie das Kontrollkästchen Save additional thumbnail images (Zusätzliche Miniaturbilder speichern), um alle Miniaturbilder zu speichern.

  • Seite 25: Herstellen Einer Verbindung Zu Einem Proxy-Server

    100-Sequenziersystem Handbuch Ausführliche Konfigurationsanweisungen finden Sie in der Hilfe zu Windows 10 auf der Microsoft- Website. Schließen Sie nach Abschluss der Konfiguration die Windows-Einstellungen und maximieren Sie die Steuerungssoftware. Wählen Sie auf der Registerkarte „Network Access“ (Netzwerkzugriff) die Option Save (Speichern) aus.

  • Seite 26: Verbrauchsmaterialien Für Wartung Und Fehlerbehebung

    100-Sequenziersystem Handbuch Verbrauchsmaterialien für Wartung und Fehlerbehebung Verbrauchsmaterial Anbieter Zweck Bleichmitteltücher, 10 % VWR, Katalog-Nr. 16200-218 (oder Desinfizieren des Geräts und Reinigen vergleichbar) von Oberflächen Einweg-Handschuhe, ungepudert Allgemeiner Laborlieferant Allgemeine Verwendung iSeq 100-Ersatz-Auffangschalen- Illumina, Katalog-Nr. 20023927 Auskleiden der Auffangschale zur Pad¹ Aufnahme ausgelaufener Flüssigkeiten Ersatz-Luftfilter für das iSeq 100-...

  • Seite 27: Kapitel 3 Sequenzierung

    Kapitel 3 Sequenzierung Einleitung Festlegen des Speicherorts für den Ausgabeordner Best Practices Auftauen der im Folienbeutel verpackten Kartusche Vorbereiten der Fließzelle und der Bibliotheken Laden von Verbrauchsmaterialien in die Kartusche Konfigurieren eines Sequenzierungslaufs (Local Run Manager-Modus) Konfigurieren eines Sequenzierungslaufs (Manueller Modus) Einleitung Die Sequenzierung mit dem iSeq 100-Sequenziersystem umfasst die Bildung, Sequenzierung und Analyse von Clustern.

  • Seite 28: Best Practices

    100-Sequenziersystem Handbuch Beispiel für eine Laufkonfiguration: Für eine Read-Länge von 36 (Single-Read) geben Sie 37 in das Feld „Read 1“ ein. Für eine Read-Länge von 150 pro Read (Paired-End) geben Sie 151 in das Feld „Read 1“ und 151 in das Feld „Read 2“...

  • Seite 29: Vorbereiten Der Fließzelle Und Der Bibliotheken

    Sie die Bibliotheken mit einem optionalen PhiX-Spike-in. Die Bibliotheken werden automatisch auf dem Gerät denaturiert. Die folgenden Verdünnungsanweisungen gelten für unterstützte doppelsträngige Illumina-Bibliotheken. Führen Sie stets eine Qualitätskontrollanalyse durch, optimieren Sie die Ladekonzentration für Ihre Bibliothek und wenden Sie ein Normalisierungsverfahren an, bei dem doppelsträngige Bibliotheken generiert werden.

  • Seite 30: Verdünnen Der Bibliothek Auf 1 Nm

    Volumen 1-nM-Bibliothek  Volumen RSB  Bibliothekstyp* (pM) (µl) (µl) 100 % PhiX (für einen Lauf ausschließlich mit PhiX) AmpliSeq for Illumina Library PLUS NexteraDNA Flex Nextera Flex for Enrichment TruSeq DNA Nano TruSeq DNA PCR-Free Dokument-Nr. 1000000036024 v04 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.

  • Seite 31: Hinzufügen Einer Phix-Kontrolle (Optional)

    * Beginnen Sie bei nicht aufgeführten Bibliothekstypen, einschließlich anderer Nextera-Bibliotheken, mit einer Ladekonzentration von 50 pM und optimieren Sie diese im Verlauf der weiteren Läufe. Diese Tabelle enthält Beispielladekonzentrationen. Das iSeq 100-System ist mit allen Illumina- Bibliotheksvorbereitungskits (ausgenommen SureCell WTA 3′ ) kompatibel. Die optimale Ladekonzentration kann jedoch variieren.

  • Seite 32: Laden Der Bibliothek

    100-Sequenziersystem Handbuch Öffnen Sie die Kartuschenverpackung an den Einkerbungen. Entfernen Sie die Kartusche aus der Verpackung. Berühren Sie dabei nicht das Zugangsfenster auf der Oberseite. Entsorgen Sie die Verpackung. Invertieren Sie die Kartusche fünfmal, um die Reagenzien zu mischen.

  • Seite 33: Konfigurieren Eines Sequenzierungslaufs (Local Run Manager-Modus)

    100-Sequenziersystem Handbuch Halten Sie die Fließzelle an den Griffpunkten so, dass das Etikett nach oben zeigt. Schieben Sie die Fließzelle in die Aussparung auf der Vorderseite der Kartusche. Ein hörbares Klicken gibt an, dass die Fließzelle richtig positioniert ist. Bei ordnungsgemäßer Beladung ragt der Griff aus der Kartusche heraus und das Glas ist vom Zugangsfenster aus sichtbar.

  • Seite 34: Laden Der Kartusche In Das Gerät

    100-Sequenziersystem Handbuch Zugriffsart Öffnen von Local Run Manager Lokal Wählen Sie im Menü der Steuerungssoftware Local Run Manager und dann Open Local Run Manager (Local Run Manager öffnen). Fernzugriff Wählen Sie im Menü der Steuerungssoftware About (Über), um die IP-Adresse des Systems anzuzeigen.

  • Seite 35: Anmelden Bei Basespace Sequence Hub

    Um den aktuellen Lauf von BaseSpace Sequence Hub zu trennen, wählen Sie Skip BaseSpace Sequence Hub Sign In (BaseSpace Sequence Hub-Anmeldung überspringen). Daten zur Geräteleistung werden weiterhin an Illumina gesendet. Um die BaseSpace Sequence Hub-Einstellung für den derzeitigen Lauf zu ändern, wählen Sie eine Konfigurationsoption: Run Monitoring Only (Nur Laufüberwachung): Sendet nur InterOp-Dateien an BaseSpace Sequence...

  • Seite 36: Überprüfen Der Selbsttests

    100-Sequenziersystem Handbuch d Wählen Sie Save (Speichern), um den Lauf sowohl in der Steuerungssoftware als auch in Local Run Manager zu aktualisieren. HINWEIS Der UNC-Pfad umfasst Backslashes, den Servernamen und das Verzeichnis (\\servername\verzeichnis), aber keinen Buchstaben für ein zugeordnetes Netzwerklaufwerk (T:\).

  • Seite 37: Konfigurieren Eines Sequenzierungslaufs (Manueller Modus)

    Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Wählen Sie Close Door (Klappe schließen), um den Träger wieder zu laden und zum Startbildschirm zurückzukehren.
  • Seite 38 Um den aktuellen Lauf von BaseSpace Sequence Hub zu trennen, wählen Sie Skip BaseSpace Sequence Hub Sign In (BaseSpace Sequence Hub-Anmeldung überspringen). Daten zur Geräteleistung werden weiterhin an Illumina gesendet. Um die BaseSpace Sequence Hub-Einstellung für den derzeitigen Lauf zu ändern, wählen Sie eine Konfigurationsoption: Run Monitoring Only (Nur Laufüberwachung): Sendet nur InterOp-Dateien an BaseSpace Sequence...

  • Seite 39: Eingeben Von Laufparametern

    100-Sequenziersystem Handbuch Eingeben von Laufparametern Geben Sie im Feld „Run Name“ (Laufname) einen beliebigen eindeutigen Namen ein, um den aktuellen Lauf zu identifizieren. Der Laufname kann alphanumerische Zeichen, Bindestriche und Unterstriche enthalten. Wählen Sie unter „Read Type“ (Read-Typ) die Anzahl der Sequenzierungs-Reads aus, die durchgeführt werden sollen: Single Read (Single-Read): Führt einen Read durch und ist die einfachere, schnellere Variante.
  • Seite 40 Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Wählen Sie Close Door (Klappe schließen), um den Träger wieder zu laden und zum Startbildschirm zurückzukehren.

  • Seite 41: Kapitel 4 Wartung

    Kapitel 4 Wartung Freimachen von Speicherplatz auf der Festplatte Software-Updates Austausch des Luftfilters Umstellen des Geräts Richtlinien für Softwareeinschränkung Freimachen von Speicherplatz auf der Festplatte Für einen Sequenzierungslauf sind etwa 2 GB Speicherplatz auf der Festplatte erforderlich. Wenn der Speicherplatz knapp wird, führen Sie die folgenden Schritte aus, um abgeschlossene Läufe zu löschen und Speicherplatz freizugeben.

  • Seite 42: Installieren Eines Automatischen Software-Updates

    100-Sequenziersystem Handbuch Installieren eines automatischen Software-Updates Wechseln Sie zum Betriebssystemkonto „sbsadmin“. Wählen Sie das Menü der Steuerungssoftware und dann Software Update (Software-Update), um das Dialogfeld „Software Update“ (Software-Update) zu öffnen. Für automatische Updates konfigurierte Systeme zeigen einen Hinweis an, sobald ein Software-Update verfügbar ist.

  • Seite 43: Austausch Des Luftfilters

    Er gewährleistet eine gute Kühlung und verhindert das Eindringen von Schmutz in das System. Im Lieferumfang des Geräts sind ein installierter und ein Ersatzfilter enthalten. Zusätzliche Ersatzteile sind in der Garantie enthalten oder können bei Illumina erworben werden. Platzieren Sie das Gerät so, dass Sie leicht an die Rückseite gelangen.

  • Seite 44: Umstellen Des Geräts

    100-Sequenziersystem Handbuch Entfernen Sie den Schaumstoff-Luftfilter, der sich in der Mitte der Abdeckung befindet, und entsorgen Sie ihn. Legen Sie einen neuen Luftfilter in die Abdeckung ein und drücken Sie ihn hinein, um ihn zu befestigen. Stecken Sie die beiden Haken der Abdeckung in die passenden Löcher im Gerät und drücken Sie die Abdeckung in die richtige Position.
  • Seite 45 100-Sequenziersystem Handbuch Abbildung 7 Position des Kippschalters Ziehen Sie das Netzkabel aus der Wandsteckdose und dann aus dem Netzanschluss auf der Geräterückseite. Ziehen Sie ggf. das Ethernet-Kabel aus der Wandsteckdose und dann aus dem Ethernet-Anschluss auf der Geräterückseite. Klappen Sie den Monitor nach unten.

  • Seite 46: Richtlinien Für Softwareeinschränkung

    100-Sequenziersystem Handbuch 12 Wenn die Ein/Aus-Taste pulsiert, drücken Sie sie. Abbildung 8 Position der Ein/Aus-Taste 13 Wenn das Betriebssystem geladen ist, melden Sie sich bei Windows an. Die Steuerungssoftware wird gestartet und initialisiert das System. Nach Abschluss der Initialisierung wird der Startbildschirm angezeigt.

  • Seite 47: Hinzufügen Und Entfernen Von Srp-Regeln

    Melden Sie sich über das Administratorkonto beim Betriebssystem an. Das Administratorkonto verfügt über die erforderlichen Berechtigungen für das Ändern der SRP-Regeln. Deaktivieren Sie SRP wie folgt: Navigieren Sie zum Verzeichnis C:\Illumina\Security. b Doppelklicken Sie auf Disable.reg. Wählen Sie Yes (Ja), um die Änderungen zu bestätigen.
  • Seite 48 Schließen Sie das Dialogfeld „Local Security Policy“ (Lokale Sicherheitsrichtlinie). Aktivieren Sie SRP unmittelbar erneut: Navigieren Sie zum Verzeichnis C:\Illumina\Security. b Doppelklicken Sie auf Enable.reg. 10 Wenn Sie die SRP-Regeln zum ersten Mal geändert haben, melden Sie sich ab und anschließend wieder an, damit die Regeln wirksam werden.

  • Seite 49: Anhang A Sequenzierungsleistung

    Anhang A Sequenzierungsleistung Überblick über Real-Time Analysis Real-Time Analysis-Workflow Überblick über Real-Time Analysis Die Real-Time Analysis-Software läuft auf dem Gerätesteuerungscomputer. Während eines Sequenzierungslaufs extrahiert sie Intensitäten aus Bildern, um das Base-Calling durchzuführen, und weist anschließend dem Base-Call einen Qualitäts-Score zu. Das iSeq 100-Sequenziersystem verwendet die RTA2-Implementierung von Real-Time Analysis.

  • Seite 50: Name Und Pfad Des Ausgabeordners

    100-Sequenziersystem Handbuch Dateityp Dateibeschreibung, Speicherort und Name Clusterpositionsdatei Eine Clusterpositionsdatei (s.locs) enthält die X- und Y-Koordinaten jedes Clusters auf der Fließzelle. Data\Intensities s.locs Filterdateien Filterdateien geben an, ob Cluster die Filter passiert haben. Für jede Platte wird eine Filterdatei erstellt. Filterdateien werden bei Zyklus 26 generiert und verwenden 25 Datenzyklen.

  • Seite 51: Ordnerstruktur Der Ausgabedaten

    100-Sequenziersystem Handbuch Ordnerstruktur der Ausgabedaten Recipe: Laufspezifische Rezepturdatei. Logs: Enthält Protokolldateien, die Geräteanalysen, Betriebsschritte und andere Ereignisse beschreiben. Config: Enthält Konfigurationsdateien für den Lauf. RunParameters.xml RunInfo.xml CopyComplete.txt RunCompletionStatus.txt RTAComplete.txt RTAConfiguration.xml Data Intensities BaseCalls L001 s.locs InterOp Images SampleSheet.csv: Probenblatt oder Probenmanifest.

  • Seite 52: Korrektur Der Phasierung

    100-Sequenziersystem Handbuch Intensitätsextraktion Bei der Intensitätsextraktion wird für jeden Nanowell in einem bestimmten Bild ein Intensitätswert berechnet. Korrektur der Phasierung Während der Sequenzierungsreaktion erweitert sich jeder DNA-Strang in einem Cluster um eine Base pro Zyklus. Die Phasierung und Vorphasierung finden statt, wenn eine Phasenverschiebung eines Strangs mit dem aktuellen Inkorporationszyklus eintritt.

  • Seite 53: Cluster Nach Filterung

    Vergewissern Sie sich, dass mindestens eine Indexsequenz im Bibliothekspool nicht mit zwei G-Basen beginnt. Wählen Sie ausgewogene Indexsequenzen, sodass bei jedem Zyklus mindestens in einem Bild (vorzugsweise aber in beiden Bildern) Signale vorhanden sind. IDT for Illumina TruSeq UD Indexes sorgen bei Plattenlayout und Sequenzen für ein ausgewogenes Verhältnis.

  • Seite 54: Qualitätsbewertung

    100-Sequenziersystem Handbuch Weitere Informationen zur Indizierung und zum Pooling finden Sie im Pooling-Handbuch für Indexadapter (Dokument-Nr. 1000000041074) . Qualitätsbewertung Ein Qualitäts-Score oder Q-Score ist eine Prognose über die Wahrscheinlichkeit eines fehlerhaften Base- Calls. Je höher der Q-Score ist, desto höher ist die Qualität des Base-Calls und die Wahrscheinlichkeit, dass dieser korrekt ist.

  • Seite 55: Anhang B Fehlerbehebung

    Anhang B Fehlerbehebung Beheben von Fehlermeldungen Abbrechen eines Laufs Aus- und Wiedereinschalten des Geräts Durchführen einer Systemprüfung Beseitigen von undichten Stellen Wiederherstellen der Werkseinstellungen Beheben von Fehlermeldungen In diesem Anhang finden Sie detaillierte Anweisungen zur Problembehebung. Das folgende Ablaufdiagramm enthält eine Übersicht zur Problembehebung bei Fehlermeldungen, die während der Initialisierung, der Laufkonfiguration, der Selbsttests oder der Sequenzierung angezeigt werden und sich durch eine Wiederholung nicht beheben lassen.

  • Seite 56: Abbrechen Eines Laufs

    100-Sequenziersystem Handbuch Abbrechen eines Laufs Wählen Sie Stop Run (Lauf anhalten) und anschließend Yes, Cancel (Ja, abbrechen). Der Bildschirm „Sequencing Canceled“ (Sequenzierung abgebrochen) wird angezeigt. Dieser enthält das Datum und die Uhrzeit des Laufabbruchs. VORSICHT Das Abbrechen eines Laufs kann nicht rückgängig gemacht werden . Die Software kann den Lauf nicht fortsetzen und die Verbrauchsmaterialien können nicht wiederverwendet werden, wenn die Selbsttests...

  • Seite 57: Durchführen Einer Systemprüfung

    100-Sequenziersystem Handbuch Abbildung 12 Position des Kippschalters Warten Sie 30 Sekunden. Drücken Sie auf die „Ein“-Seite (I) des Kippschalters. Wenn die Ein/Aus-Taste pulsiert, drücken Sie sie. Abbildung 13 Position der Ein/Aus-Taste Wenn das Betriebssystem geladen ist, melden Sie sich bei Windows an.
  • Seite 58 100-Sequenziersystem Handbuch Nehmen Sie die wiederverwendbare Testfließzelle und die wiederverwendbare Testkartusche aus dem Lagerort mit Raumtemperatur. Wählen Sie im Menü der Steuerungssoftware die Option System Check (Systemprüfung). Das Dialogfeld „System Check“ (Systemprüfung) wird mit den ausgewählten mechanischen, thermischen, optischen und Sensortests angezeigt.

  • Seite 59: Beseitigen Von Undichten Stellen

    100-Sequenziersystem Handbuch Wählen Sie Load (Laden), um die wiederverwendbare Testkartusche zu laden und die Klappe zu schließen. 10 Wählen Sie Start (Starten), um die Systemprüfung zu starten. Während der Systemprüfung wirft die Software die Kartusche einmal aus und fährt sie wieder ein.

  • Seite 60: Untersuchen Der Undichten Stelle

    Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Befolgen Sie die Anweisungen auf dem Bildschirm zum Auswerfen der Kartusche.
  • Seite 61 100-Sequenziersystem Handbuch Öffnen Sie die Klappe für die Auffangschale, die sich an der Vorderseite des Geräts unterhalb der Kartuschenkammer befindet. Öffnen Sie die Auffangschale und entfernen Sie das Auffangschalen-Pad. Wischen Sie den Boden der Auffangschale mit Papiertüchern trocken. Entsorgen Sie das Pad und andere Verbrauchsmaterialien gemäß den geltenden Vorschriften, die je nach Region variieren.

  • Seite 62: Wiederherstellen Der Werkseinstellungen

    Setzen Sie das System auf die Werkseinstellungen zurück, um ein Downgrade der Software durchzuführen, das System von einer unerwünschten Konfiguration wiederherzustellen oder Benutzerdaten zu löschen, bevor Sie das Gerät an Illumina zurückschicken. Das Wiederherstellen des Systems deinstalliert die Steuerungssoftware und löscht C:\.

  • Seite 63: Anhang C Erweiterter Austausch

    Austausch des iSeq 100-Systems Der Luftfilter und das Auffangschalen-Pad sind die einzigen zu wartenden Teile des iSeq 100-Systems. Wenn sich Probleme nicht aus der Ferne beheben lassen, kommt der erweiterte Austausch von Illumina zum Tragen. Beim erweiterten Austausch wird ein beschädigtes oder defektes System durch ein aufgearbeitetes System ersetzt.
  • Seite 64 Wählen Sie Unload (Entladen), um die Kartusche auszuwerfen. Nehmen Sie anschließend die Kartusche aus dem Träger. Falls das Auswerfen fehlschlägt, wenden Sie sich bitte an den technischen Support von Illumina, um weiterführende Anweisungen zu erhalten. Wählen Sie Load (Laden), damit der leere Träger eingezogen und die Klappe geschlossen wird.

  • Seite 65: Dekontaminieren Des Geräts

    Tastatur und die Maus von den USB-Anschlüssen auf der Rückseite. Dekontaminieren des Geräts Vor dem Versand eines Geräts muss folgendes Dekontaminierungsverfahren eingehalten werden, dessen Abschluss von Illumina bestätigt wird. Standortspezifische Gefahren erfordern gegebenenfalls zusätzliche Dekontaminationsmaßnahmen. Dekontaminieren mit Bleiche Ziehen Sie ein neues Paar ungepuderter Handschuhe an.

  • Seite 66: Neutralisieren Mit Alkohol

    100-Sequenziersystem Handbuch Wischen Sie den Boden der Auffangschale mit Papiertüchern trocken. Entsorgen Sie das Pad und andere Verbrauchsmaterialien gemäß den geltenden Vorschriften, die je nach Region variieren. Weitere Informationen finden Sie im Sicherheitsdatenblatt (Safety Data Sheet, SDS) unter support.illumina.com/sds.html.

  • Seite 67: Zurücksenden Des Originalsystems

    100-Sequenziersystem Handbuch Zurücksenden des Originalsystems Verpacken des Geräts Sorgen Sie dafür, dass im Labor ausreichend Platz für das Gerät und die Verpackung vorhanden ist. Legen Sie das kleine Schaumstoffkissen zwischen den abgesenkten Monitor und das Gerät. Legen Sie die graue Kunststoffhülle über das Gerät.
  • Seite 68 100-Sequenziersystem Handbuch Legen Sie den aufklappbaren Behälter in den kleineren wiederverschließbaren Beutel und schließen Sie diesen. Legen Sie beide wiederverschließbaren Beutel in den Zubehörkarton für das iSeq 100- Sequenziersystem. Schließen Sie den Zubehörkarton. Versenden des Systems Falls sie entfernt wurde, legen Sie die schützende Schaumstoffunterlage wieder auf den Boden des braunen Versandkartons.
  • Seite 69 Original-Versandaufkleber. [Internationaler Versand] Befestigen Sie die Handelsrechnung auf dem Versandkarton. 10 Schicken Sie das Gerät per UPS zurück an Illumina. Wenn Ihr Labor täglich Lieferungen durch UPS ausführen lässt, übergeben Sie dem Fahrer den etikettierten Versandkarton. Wenn Ihr Labor nicht täglich mit UPS beliefert wird, benachrichtigen Sie den Kundenservice von Illumina, damit er den Rücktransport für Sie planen kann.

  • Seite 70: Index

    Adaptersequenzen 16, 30 Einstellungen 15 Administratorkonto 12, 40 BCL-Dateien 7, 42 Alkoholtücher 19 bcl2fastq 42 Amplifikation 20 Bearbeiten von Laufparametern 28 AmpliSeq for Illumina Library PLUS 22 Beenden von Läufen 49 Analyse Befehlszeilen 18 Methoden 6, 20 Beleuchtungseinrichtung 9 Optionen 14 Benennung Separat vom Gerät 20...
  • Seite 71 Externe Laufwerke 13 Hinweise 35 Hosting-Speicherort 15 FASTQ-Dateien 30, 42 Fehler 6, 44, 49 i5-Ausrichtungen 30 Meldungen 48 IDT for Illumina TruSeq UD Indexes 46 Wahrscheinlichkeit 47 Index Fehlschlagen der Systemprüfung 50 Adapter 46 Fernzugriff 26 Primer 32 Festplatte 7, 34...
  • Seite 72 InterOp-Dateien 42 Laufkonfiguration IP-Adresse 7 Beispiele 20 iSeq 100-System-Testkit 5, 50 Bildschirme 26, 30 iSeq 100-Systemtest-Kit 19 Konfigurierbare Optionen 13 iSeq 100 i1-Reagenzien 8, 18 Laufname 32 Laufordner 34, 43 Laufparameter Bearbeiten 28 Laufstatus 7, 29, 33 Kartusche Laufwerk C 13...
  • Seite 73 100-Sequenziersystem Handbuch Nach Filterung 22 Read-Längen 20 Nach Filterung (PF) 46 Read-Typen 32 Nachverfolgen von Verbrauchsmaterialien 1, 8 Read-Zyklen 20, 32 Nanowells 45 Reagenzien 8-9 Netzkabel 4, 37, 53, 56 Entsorgen 29, 33 Netzwerk Entsorgung 49 Richtlinien 17 Lagerung 8...
  • Seite 74 100-Sequenziersystem Handbuch Speicherplatz 7, 34 Scannen 27, 31 Spezifikationsanpassung 49 Verpackung 10 SRP-Standardeinstellungen 39 Wiederverwendung 29, 32 Standardausgabeordner 13, 28 Verbrauchsmaterialienkammer 3 Standortvorbereitung 2, 17, 37, 60 Verbrauchte Reagenzien 4, 9 Statusleiste 3 Verdünnen von Bibliotheken 20 Steuerungscomputer 42 Verfallsdatum 5, 10, 36 Strukturierte Fließzellen 9...

  • Seite 75: Technische Unterstützung

    Die Produktdokumentation steht auf der Illumina-Website im PDF-Format zum Herunterladen zur Verfügung. Gehen Sie zu support.illumina.com, wählen Sie ein Produkt und wählen Sie anschließend Documentation & Literature (Dokumentation und Literatur). Dokument-Nr. 1000000036024 v04 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
  • Seite 76 Dokument-Nr. 1000000036024 v04 DEU Illumina 5200 Illumina Way San Diego, Kalifornien 92122, USA +1.800.809.ILMN (4566) +1.858.202.4566 (außerhalb von Nordamerika) techsupport@illumina.com www.illumina.com Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. © 2018 Illumina, Inc. Alle Rechte vorbehalten.

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