Anhang A Sequenzierungsleistung; Überblick Über Die Echtzeitanalyse; Eingabedateien; Ausgabedateien - illumina iSeq 100 Handbuch

Anhang A Sequenzierungsleistung

Überblick über die Echtzeitanalyse
Echtzeitanalyse-Workflow
Überblick über die Echtzeitanalyse
Die Real-Time Analysis-Software läuft auf dem Gerätesteuerungscomputer. Während eines
Sequenzierungslaufs extrahiert sie Intensitäten aus Bildern, um das Base-Calling durchzuführen, und weist
anschließend dem Base-Call einen Qualitäts-Score zu.
Das iSeq 100-Sequenziersystem verwendet die RTA2-Implementierung von Real-Time Analysis. RTA2 und
die Steuerungssoftware kommunizieren über ein HTTP-Webinterface und gemeinsame Speicherbereiche.
Wenn RTA2 beendet wird, wird die Verarbeitung nicht wieder aufgenommen und die Laufdaten werden nicht
gespeichert.
HINWEIS
Die Demultiplexing-Leistung wird nicht berechnet. Daher wird die Registerkarte „Index" im
Sequenzierungsanalyse-Viewer nicht ausgefüllt.

Eingabedateien

RTA2 benötigt für die Verarbeitung folgende Eingabedateien:
Die im lokalen Speicher des Systems gespeicherten Plattenbilder.
u
Real-Time Analysis-Konfigurationsdatei im XML-Format.
u
RunInfo.xml, die von der Steuerungssoftware zu Beginn des Laufs automatisch generiert wird.
u
RTA2 erhält Befehle von der Steuerungssoftware, die über den Speicherort der Datei
darüber informieren, ob ein Ausgabeordner angegeben wurde oder nicht. RTA2 liest aus der Datei
RunInfo.xml den Namen des Laufs, die Anzahl der Zyklen und die Angabe, ob ein Read indiziert ist, sowie die
Anzahl der Platten auf der Fließzelle.

Ausgabedateien

Bilder werden im Speicher als Platten an RTA2 übergeben. Dabei handelt es sich um kleine, durch eine
Kameraansicht definierte Bildbereiche auf der Fließzelle. Die iSeq 100 i1-Fließzelle verfügt über 16 Platten.
RTA2 generiert von diesen Bildern die Primärausgabe, die Dateien für den qualitativ benoteten Base-Call
sowie Filter-Dateien umfasst. Die Primärausgabe kann auch mit anderen Dateitypen erstellt werden.
Dateityp
Base-Call-Dateien
Base-Call-
Indexdateien
Dokument-Nr. 1000000036024 v07 DEU
Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
Dateibeschreibung, Speicherort und Name
Jede analysierte Platte wird in eine pro Zyklus zusammengefasste Base-Call-Datei
aufgenommen. Die zusammengefasste Datei enthält den Base-Call und den zugeordneten
Qualitäts-Score für jeden Cluster.
Data\Intensities\BaseCalls\L001
[Zyklus].bcl.bgzf, wobei [Zyklus] die vierstellige Zyklusnummer ist. Die Base-Call-Dateien
werden mit dem Block-gzip-Verfahren komprimiert.
Eine Base-Call-Indexdatei enthält die ursprünglichen Platteninformationen. In der Indexdatei
sind für jede Platte die Plattennummer und die Anzahl der Cluster aufgeführt.
Data\Intensities\BaseCalls\L001
[Zyklus].bcl.bgzf.bci
40
42
RunInfo.xml und
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