Verwandte Anleitungen für illumina MiSeq FGx
Inhaltszusammenfassung für illumina MiSeq FGx
- Seite 1 MiSeq FGx™-Gerät Referenzhandbuch NUR FÜR FORSCHUNGS-, FORENSIK- ODER VATERSCHAFTSTESTZWECKE ILLUMINA EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT Teile-Nr. 15050524 Rev. C DEU Februar 2015 Katalognummer SY-411-9001DOC...
- Seite 2 Produkt, einschließlich, jedoch nicht beschränkt auf Packungsbeilagen und sonstige Dokumentation, die diesem Produkt beiliegen oder die vom Produkt oder in der Packung des Produkts zum Datum des Versands von Illumina referenziert werden. Die Dokumentation umfasst dieses Dokument. „Hardware“ sind unter dem Markennamen „Illumina“ vertriebene Instrumente, Zubehör- und Peripheriegeräte.
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- Seite 4 Daten: (i) 3 Monate ab dem Versanddatum, (ii) dem Ablaufdatum oder dem Ende der Haltbarkeitsdauer, das von Illumina auf dieses Verbrauchsmaterial aufgedruckt wurde, aber in keinem Fall länger als 12 Monate ab dem Versanddatum. Hinsichtlich der käuferspezifischen Verbrauchsmaterialien (d. h. Verbrauchsmaterialien, die nach den Spezifikationen oder Entwürfen des Käufers hergestellt oder Illumina vom Käufer oder im Namen des Käufers...
- Seite 5 Prozesses, der nicht von Illumina bereitgestellt wurde, oder (v) die Einhaltung der Spezifikationen oder Anweisungen für dieses Produkt seitens Illumina, das durch den oder im Namen des Käufers eingerichtet wurde (jeder der Punkte (i) – (v) bezeichnet einen „Haftungsausschluss“).
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Seite 7: Versionshistorie
Beschreibung der Änderung Fassung Formatierungsfehler behoben. 15050524_DEU Februar 2015 Nur in Englisch verfügbar. 15050524 Januar 2015 Der Name des Reagenzien-Kits wurde von MiSeq ForenSeq-Sequenzierungs-Kit in MiSeq FGx- Reagenzien-Kit geändert. Nur in Englisch verfügbar. 15050524 Oktober 2014 Erste Version. MiSeq FGx-Gerät – Referenzhandbuch... - Seite 8 viii Teile-Nr. 15050524 Rev. C DEU...
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Seite 9: Inhaltsverzeichnis
Inhaltsverzeichnis Versionshistorie Inhaltsverzeichnis Kapitel 1 Erste Schritte Verwendungszweck Komponenten Starten des MiSeq FGx-Geräts Erforderliche Verbrauchsmaterialien Kapitel 2 MiSeq FGx-Software Einleitung MiSeq FGx Control Software Analysesoftware-Optionen für RUO-Läufe Kapitel 3 Durchführen eines Laufs Einleitung Workflow des MiSeq FGx Vorbereiten der Reagenzienkartusche Anmelden und Auswählen des Lauftyps... - Seite 10 Teile-Nr. 15050524 Rev. C DEU...
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Seite 11: Kapitel 1 Erste Schritte
Kapitel 1 Erste Schritte Erste Schritte Verwendungszweck Komponenten Starten des MiSeq FGx-Geräts Erforderliche Verbrauchsmaterialien MiSeq FGx-Gerät – Referenzhandbuch... -
Seite 12: Verwendungszweck
Genomik, ist für die gezielte Sequenzierung von DNA für forensische Untersuchungen, Datenbank- und andere Anwendungen zur Identifizierung von Personen bestimmt. Das MiSeq FGx-Gerät verfügt auch über einen RUO-Modus (RUO steht für „Research Use Only“, nur für Forschungszwecke). Der RUO-Modus funktioniert mit allen RUO-Bibliotheksvorbereitungskits von Illumina, die MiSeq-kompatibel sind. - Seite 13 Gerätecomputer über den Touchscreen-Monitor. Reagenzienkammer: Enthält Reagenzien bei geeigneten Temperaturen, Waschlösungen und die Abfallflasche. Ein magnetischer Riegel sichert die Tür der Reagenzienkammer. Die MiSeq FGx-Benutzeroberfläche führt die Benutzer über den Touchscreen-Monitor durch die Schritte für das Einrichten des Laufs. MiSeq FGx-Gerät – Referenzhandbuch...
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Seite 14: Fließzellenkammer
Auslassanschluss Bildgebungsbereich Einlassanschluss Die MiSeq FGx-Fließzelle ist ein Glasträger für den Einmalgebrauch, auf dem die Clusterbildung und die Sequenzierreaktion stattfinden. Reagenzien werden der Fließzelle durch die Einlassöffnung zugeführt, passieren den Bildgebungsbereich der einzelnen Lane und verlassen die Fließzelle durch die Auslassöffnung. - Seite 15 Flaschen in ihrer Position und senkt den entsprechenden Sipper in jede Flasche ab. Reagenzien werden durch die Sipper und die Fluidikleitungen und anschließend durch die Fließzelle gepumpt. Reagenzabfall wird während des gesamten Prozesses in die Abfallflasche abgegeben. MiSeq FGx-Gerät – Referenzhandbuch...
- Seite 16 Warten Sie mindestens 60 Sekunden, bevor Sie den Netzschalter wieder in die EIN-Position stellen. Wenn das MiSeq FGx noch nicht eingeschaltet ist, fassen Sie um die rechte Seite des Geräts herum, um den Netzschalter an der Geräterückseite zu erreichen. Er befindet sich in der unteren Ecke direkt über dem Netzkabel.
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Seite 17: Erforderliche Verbrauchsmaterialien
Erforderliche Verbrauchsmaterialien Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien Die für einen Lauf auf dem MiSeq FGx-System benötigten Sequenzierungs- Verbrauchsmaterialien sind separat erhältlich. Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien Stellen Sie sicher, dass die folgenden, vom Benutzer bereitzustellenden Verbrauchsmaterialien verfügbar sind, bevor Sie einen Lauf starten. Verbrauchsmaterial Anbieter... - Seite 18 Teile-Nr. 15050524 Rev. C DEU...
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Seite 19: Kapitel 2 Miseq Fgx-Software
Kapitel 2 MiSeq FGx-Software MiSeq FGx-Software Einleitung MiSeq FGx Control Software Analysesoftware-Optionen für RUO-Läufe MiSeq FGx-Gerät – Referenzhandbuch... -
Seite 20: Einleitung
Die in diesem Kapitel beschriebene Software dient dem Konfigurieren, Ausführen und Analysieren von Daten vom MiSeq FGx-Gerät. MiSeq FGx Control Software: Steuert den Betrieb des Geräts einschließlich verschiedener Konfigurationseinstellungen. Diese Software ist installiert und wird auf dem Gerät ausgeführt. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter... -
Seite 21: Begrüßungsbildschirm
Reagenzien, kontrolliert die Fließzellentemperaturen und nimmt Bilder von den Clustern auf der Fließzelle auf. Die Steuerungssoftware führt den Lauf gemäß den in der ForenSeq Universal Analysis Software angegebenen Parametern durch. Begrüßungsbildschirm Nach dem Starten der Software wird der Begrüßungsbildschirm in der MiSeq FGx Control Software-Benutzeroberfläche geöffnet. Abbildung 3 Begrüßungsbildschirm Sequence (Sequenzieren): Mit dieser Option werden mehrere Bildschirme zur Laufkonfiguration geöffnet, die die Benutzer durch die Schritte zur Laufkonfiguration... -
Seite 22: Aktivitätsanzeigen
Aktivitätsanzeigen In der unteren rechten Ecke jedes Bildschirms befinden sich mehrere Symbole. Jedes Symbol ist eine Aktivitätsanzeige, an der Sie erkennen können, welche Aktivität das Gerät gerade ausführt. Abbildung 4 Aktivitätsanzeigen Die Aktivitätsanzeigen stehen von links nach rechts für die folgenden Aktivitäten: Bewegen des Y-Tisches Bewegen des Z-Tisches Aktivieren der Elektronik-Funktionalität... -
Seite 23: Statussymbole
Nachdem das Gerät in den Leerlauf versetzt wurde, muss ein Wartungswaschlauf durchgeführt werden, bevor ein Sequenzierungslauf initiiert werden kann. Post Run Wash (Nachwaschlauf): Der Nachwaschlauf ist ein Standardgerätewaschlauf, der zwischen Sequenzierungsläufen durchgeführt wird, und besteht aus einem einzelnen Waschzyklus. Wenn Sie einen Nachwaschlauf zu einem anderen Zeitpunkt MiSeq FGx-Gerät – Referenzhandbuch... - Seite 24 Lauf durchführen müssen, verwenden Sie den Befehl im Bildschirm „Perform Wash“ (Waschlauf durchführen), um den Waschlauf zu initiieren. Das MiSeq FGx kann so konfiguriert werden, dass zwischen den Läufen anstelle eines Nachwaschlaufs ein Wartungswaschlauf durchgeführt wird. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Bildschirm „Run Options“ (Lauf-Optionen) auf Seite...
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Seite 25: Optionen Im Bildschirm "Manage Files" (Dateien Verwalten)
Delete (Löschen) oder Für den RUO-Modus. Upload (Hochladen) Bundle Logs Protokollbündel Nur zum Beheben von Fehlern durch den (Protokollbündel) technischen Support von Illumina. * ForenSeq-Manifest-, Genom- und Rezepturdateien werden für Forensik-Kits vorab geladen und dürfen nicht geändert werden. MiSeq FGx-Gerät – Referenzhandbuch... - Seite 26 (Löschen) oder Move (Verschieben). Die Aktion wird auf alle Dateien bzw. Ordner angewendet. Upload Files (Dateien hochladen): Wenn das MiSeq FGx nicht mit einem Netzwerk verbunden ist, verwenden Sie diese Funktion, um Probenblatt- oder Manifestdateien von einem USB-Stick auf den Gerätecomputer hochzuladen. Wählen Sie Upload (Hochladen) und navigieren Sie zu dem Speicherort auf dem USB-Stick, auf dem sich das Probenblatt befindet.
- Seite 27 30 Minuten und der Wartungswaschlauf etwa eine Stunde. Registerkarte „Folder Settings“ (Ordnereinstellungen) MiSeq FGx erfordert Zugriff auf verschiedene Typen von Dateien, die in Ordnern in einem lokalen Netzwerk oder auf dem Gerätecomputer gespeichert sind. Die Optionen auf der Registerkarte „Folder Settings“ (Ordnereinstellungen) teilen dem MiSeq FGx mit, wo sich diese Ordner befinden.
- Seite 28 Registerkarte „Email Notifications“ (E-Mail-Benachrichtigungen) Das MiSeq FGx-System kann so konfiguriert werden, dass eine E-Mail-Benachrichtigung versendet wird, wenn die ForenSeq Universal Analysis Software-Analyse abgeschlossen ist oder ein schwerwiegender MiSeq FGx-Softwarefehler auftritt. E-Mail-Benachrichtigungen stehen nur dann zur Verfügung, wenn das Gerät mit einem Netzwerk mit Internetzugang verbunden ist.
- Seite 29 Minimize to Windows (Auf Windows minimieren): Bietet schnellen Zugriff auf das Betriebssystem des Geräts und die Ordner auf dem Gerätecomputer, wenn das MiSeq FGx-Gerät im Kioskmodus und nicht im Windows-Modus ausgeführt wird. Zum Verwenden dieser Funktion werden Administrator- oder SuperUser-Rechte benötigt. MiSeq FGx-Gerät – Referenzhandbuch...
- Seite 30 Gerätewartung nicht erforderlich. Sie können einige Systemprüfungsoptionen, z. B. den Volumentest, durchführen, bevor Sie sich an den technischen Support von Illumina wenden. Bei einem Volumentest wird der Zustand des Fluidiksystems überprüft, indem das Fließvolumen anhand der Blasen, die die Sensoren passieren, geschätzt wird.
- Seite 31 MiSeq FGx-System nicht verfügbar. Alle Softwareaktualisierungen werden von Illumina-Mitarbeitern durchgeführt, um die korrekte Systemkonfiguration aufrechtzuerhalten. Überprüfungsbildschirm Der Überprüfungsbildschirm bestätigt, dass die MiSeq FGx Control Software die Laufinformationen von der ForenSeq Universal Analysis Software erhalten hat. Abbildung 14 Überprüfungsbildschirm MiSeq FGx-Gerät – Referenzhandbuch...
- Seite 32 Bildschirme zur Laufkonfiguration Nachdem Sie im Begrüßungsbildschirm Sequence (Sequenzieren) ausgewählt haben, wählen Sie einen Lauftyp aus. Wenn Sie „Forensic Genomics“ (Forensische Genomik) auswählen, werden mehrere Bildschirme zur Laufkonfiguration in folgender Reihenfolge geöffnet: „Select Run“ (Lauf auswählen), „Load Flow Cell“ (Fließzelle laden), „Load Reagents“...
- Seite 33 Verwenden Sie die richtigen Reagenzien-Kit- bzw. Sequenzierungs-Kit-Komponenten, die dem von Ihnen durchgeführten Lauftyp entsprechen. Läufe der forensischen Genomik funktionieren nur mit ForenSeq-Sequenzierungs-Kits und RUO-Läufe funktionieren nur mit RUO-Reagenzien-Kits. Abbildung 17 Laden der SBS-Lösung (PR2)-Flasche und der Abfallflasche Abbildung 18 Einsetzen der Reagenzienkartusche MiSeq FGx-Gerät – Referenzhandbuch...
- Seite 34 Wenn die RFID nicht gelesen werden kann, können Sie manuell Informationen zur Identifikation eingeben. Die Software erlaubt jedoch bei einem Forensik-Lauf das Fehlschlagen des Lesevorgangs nur bei einer der drei mit einer RFID gekennzeichneten Komponenten (Fließzelle, Reagenzienkartusche, SBS-Lösung (PR2)). Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Beheben von RFID-Lesefehlern auf Seite Wählen Sie das Hilfesymbol in der rechten oberen Ecke des Bildschirms.
- Seite 35 Quadratmillimeter für den Lauf. Die optimale Clusterdichte beträgt 400–1650 K/mm². Clusters Passing Filter (%) (Cluster, die den Filter passieren): Zeigt den Prozentsatz der Cluster an, die den Filter passieren, basierend auf dem Illumina-Reinheitsfilter, der die Qualität misst. Diese Daten werden erst nach Zyklus 25 angezeigt.
- Seite 36 Bildschirm „BaseSpace Option“ Wenn Sie eine Analyse eines RUO-Laufs auf BaseSpace durchführen, wählen Sie Use BaseSpace for storage analysis (BaseSpace für die Speicheranalyse verwenden). Wenn Sie die BaseSpace-Option auswählen, werden die Laufinformationen auf BaseSpace übertragen. Geben Sie Ihre MyIllumina-Kontoinformationen ein. Abbildung 20 Bildschirm „BaseSpace Option“...
- Seite 37 Sie unter Beheben von RFID-Lesefehlern auf Seite Wählen Sie das Hilfesymbol in der rechten oberen Ecke des Bildschirms. Die Hilfedatei enthält ein Video, in dem die Schritte zum Laden der Reagenzienkartusche und der SBS- Lösung (PR2)-Flasche dargestellt werden. MiSeq FGx-Gerät – Referenzhandbuch...
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Seite 38: Überprüfungsbildschirm
Ändern des Probenblatts Für einen RUO-Lauf ist ein Probenblatt erforderlich. Standardmäßig sucht die Software nach einer Probenblattdatei, deren Name mit der Barcodenummer der im Gerät eingesetzten Reagenzienkartusche übereinstimmt. Wenn kein Probenblatt gefunden wird, wird ein Fenster geöffnet, in dem Sie zu dem Probenblatt navigieren können. Klicken Sie im Bildschirm „Load Reagents“... -
Seite 39: Sequenzierungsbildschirm Für Ruo
Platten und Oberflächen dar: • Wenn nur die obere Oberfläche der Fließzelle aufgenommen wird, wird eine Grafik mit einer Spalte angezeigt. • Wenn die obere und die untere Oberfläche der Fließzelle aufgenommen werden, wird eine Grafik mit zwei Spalten angezeigt. MiSeq FGx-Gerät – Referenzhandbuch... - Seite 40 Quadratmillimeter für den Lauf. Clusters Passing Filter (%) (Cluster, die den Filter passieren): Zeigt den Prozentsatz der Cluster an, die den Filter passieren, basierend auf dem Illumina-Reinheitsfilter, der die Qualität misst. Diese Daten werden erst nach Zyklus 25 angezeigt. HINWEIS Die Reinheit eines Base-Calls ist das Verhältnis der Intensität des größten Signals...
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Seite 41: Matrizenbildung
Bei der Matrizenbildung werden Clusterpositionen über die gesamte Fließzellenoberfläche anhand von X- und Y-Koordinaten definiert. Die Echtzeitanalyse (RTA) nutzt die ersten sieben Zyklen des Sequenzierungslaufs zum Bilden von Matrizen für MiSeq FGx- und v3- RUO-Kits und die ersten vier Zyklen für v1- und v2-RUO-Kits. -
Seite 42: Stammordner-Benennung
Die Laufnummer wird jedes Mal, wenn ein Lauf auf einem beliebigen Gerät durchgeführt wird, um 1 erhöht. Laufzeit Die Dauer des Laufs hängt von der Anzahl der durchgeführten Zyklen ab. Das MiSeq FGx- Gerät kann einen 8 + 8 indizierten Sequenzierungslauf von 351 + 31 Zyklen für ForenSeq- Kits durchführen. -
Seite 43: Unterbrechen Oder Anhalten Eines Laufs
Sie Restart Check (Prüfung neu starten). Unterbrechen oder Anhalten eines Laufs Das MiSeq FGx ist darauf ausgelegt, einen Lauf von Anfang bis Ende ohne Eingreifen des Benutzers durchzuführen. Es ist jedoch möglich, einen Lauf über den Sequenzierungsbildschirm zu unterbrechen oder anzuhalten. - Seite 44 Lauf muss eine neue Reagenzienkartusche verwendet werden. Live-Hilfe Das MiSeq FGx muss mit einem Netzwerk mit Internetzugang verbunden sein, um Live Help zu aktivieren. Die Funktion „Live Help“ (Live-Hilfe) ist ein Online-Unterstützungs- Tool, das einem Mitarbeiter des technischen Kundendiensts von Illumina ermöglicht, mit Ihrer Erlaubnis den MiSeq FGx-Bildschirm anzuzeigen und das Gerät zu steuern.
- Seite 45 Abbildung 29 Bildschirm „Live Help“ (Live-Hilfe) MiSeq FGx-Gerät – Referenzhandbuch...
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Seite 46: Analysesoftware-Optionen Für Ruo-Läufe
Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Bildschirm „BaseSpace Option“ auf Seite BaseSpace trennt die Verbindung zum MiSeq FGx-Gerät automatisch am Ende des Laufs oder nachdem die Echtzeitanalysedateien hochgeladen wurden. Wenn die Internetverbindung unterbrochen wird, wird nach der Wiederherstellung der Verbindung das Hochladen der Analysedateien ab dem Punkt wiederaufgenommen, an dem die Unterbrechung auftrat. -
Seite 47: Sequenzierung Während Der Analyse
Sequenzierung während der Analyse Wenn Sie MiSeq Reporter für eine zusätzliche Analyse eines RUO-Laufs wählen, werden die Computing-Ressourcen des MiSeq FGx-Geräts entweder für die Sequenzierung oder für die Analyse verwendet. Wenn auf dem MiSeq FGx-Gerät ein neuer Sequenzierungslauf gestartet wird, bevor die Sekundäranalyse eines vorherigen Laufs abgeschlossen ist, wird ein Bestätigungsdialogfeld angezeigt. - Seite 48 Teile-Nr. 15050524 Rev. C DEU...
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Seite 49: Kapitel 3 Durchführen Eines Laufs
Kapitel 3 Durchführen eines Laufs Durchführen eines Laufs Einleitung Workflow des MiSeq FGx Vorbereiten der Reagenzienkartusche Anmelden und Auswählen des Lauftyps Reinigen der Fließzelle Laden der Fließzelle Laden von Reagenzien Starten des Laufs Überwachen des Laufs MiSeq FGx-Gerät – Referenzhandbuch... -
Seite 50: Einleitung
Einleitung Um auf dem MiSeq FGx-System einen Lauf durchzuführen, befolgen Sie die in diesem Kapitel beschriebenen Einrichtungsschritte. Nach dem Beginn des Laufs sind keine weiteren Aktionen seitens des Benutzers erforderlich. Führen Sie nach Abschluss des Sequenzierungslaufs einen Gerätewaschlauf durch. Teile-Nr. 15050524 Rev. C DEU... -
Seite 51: Workflow Des Miseq Fgx
Workflow des MiSeq FGx Stellen Sie sicher, dass die Probebibliotheken bereits auf die Reagenzienkartusche geladen wurden, bevor Sie den Lauf einrichten. Diese Schritte gelten für jedes Assayprotokoll. Bereiten Sie die Reagenzienkartusche vor und laden Sie die Pool-Bibliothek in den dafür vorgesehenen Behälter. - Seite 52 Analyse Nach Abschluss des Laufs führt die ForenSeq Universal Analysis Software weitere Analysen durch. Die Analyse wird über eine Internetverbindung von einem anderen Computer aus überwacht. Weitere Informationen hierzu finden Sie im ForenSeq Universal Analysis Software – Handbuch (Teile-Nr. 15053876). Teile-Nr. 15050524 Rev. C DEU...
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Seite 53: Vorbereiten Der Reagenzienkartusche
Klopfen Sie die Kartusche vorsichtig auf dem Tisch ab, um Luftblasen in den Reagenzien zu entfernen. HINWEIS Die MiSeq FGx-Sipper-Röhrchen reichen bis zum Boden der einzelnen Behälter, um die Reagenzien zu aspirieren. Deshalb ist es wichtig, dass sich keine Luftblasen in den Behältern befinden. -
Seite 54: Laden Der Probenbibliotheken In Eine Kartusche
Laden der Probenbibliotheken in eine Kartusche nur für Forschungszwecke (RUO) auf Seite 45 Nachdem Sie die MiSeq FGx-Reagenzienkartusche für die Verwendung vorbereitet haben, können Sie Ihre Proben laden. Verwenden Sie ein fusselfreies Labortuch, um die Schutzfolie zu reinigen, die den mit Load Samples (Proben laden) beschrifteten Behälter abdeckt. -
Seite 55: Laden Der Probenbibliotheken In Eine Kartusche Nur Für Forschungszwecke (Ruo)
Sie das Probenblatt ein, wie in Anwendungsspezifische Primer im MiSeq verwenden (Teile-Nr. 15041638) beschrieben. Nachdem Sie die MiSeq FGx-Reagenzienkartusche für die Verwendung vorbereitet haben, können Sie Ihre Proben laden. Verwenden Sie ein fusselfreies Labortuch, um die Schutzfolie zu reinigen, die den mit Load Samples (Proben laden) beschrifteten Behälter abdeckt. -
Seite 56: Anmelden Und Auswählen Des Lauftyps
Anmelden und Auswählen des Lauftyps Geben Sie im Anmeldebildschirm Ihren ForenSeq Universal Analysis Software- Benutzernamen und Ihr ForenSeq Universal Analysis Software-Kennwort ein und wählen Sie anschließend Next (Weiter). Wählen Sie im Begrüßungsbildschirm Sequence (Sequenzieren). Wenn der Bildschirm „Select Run Type“ (Lauftyp auswählen) erscheint, wählen Sie Forensic Genomics (Forensische Genomik) oder Research Use Only Run (Lauf nur für Forschungszwecke) aus. -
Seite 57: Reinigen Der Fließzelle
Reinigungstuch für Objektive sorgfältig ab. Gehen Sie dabei behutsam mit der schwarzen Dichtung am Fließzellenanschluss um. Tupfen Sie den Bereich der Dichtung und des angrenzenden Glases vorsichtig trocken. Abbildung 36 Fließzellenanschlüsse und Dichtung MiSeq FGx-Gerät – Referenzhandbuch... - Seite 58 Reinigen Sie das Fließzellenglas mit einem mit Alkohol befeuchteten Tuch. Stellen Sie sicher, dass das Glas keine Streifen, Fingerabdrücke und Fusseln oder Gewebefasern aufweist. Achten Sie darauf, dass der Alkoholtupfer nicht mit der Anschlussdichtung der Fließzelle in Kontakt kommt. Abbildung 37 Trocknen der Fließzelle Trocknen Sie überschüssigen Alkohol mit einem fusselfreien Reinigungstuch für Objektive ab.
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Seite 59: Laden Der Fließzelle
Drücken Sie den Fließzellenriegel sanft nach unten, um ihn zu schließen. HINWEIS Wenn der Fließzellenriegel geschlossen wird, werden zwei Ausrichtungsstifte neben dem Scharnier des Fließzellenriegels aktiviert, sodass die Fließzelle korrekt positioniert wird. Ein hörbares Klicken gibt an, dass der Fließzellenriegel sicher eingerastet ist. MiSeq FGx-Gerät – Referenzhandbuch... - Seite 60 Abbildung 40 Geschlossener Fließzellenriegel Prüfen Sie in der unteren linken Ecke des Bildschirms, ob die Fließzellen-RFID erfolgreich gelesen wurde. HINWEIS Wenn die RFID nicht gelesen werden kann, können Sie manuell Informationen zur Identifikation eingeben. Die Software erlaubt jedoch das Fehlschlagen nur einer der drei mit einer RFID gekennzeichneten Komponenten (Fließzelle, Reagenzienkartusche, SBS-Lösung (PR2)).
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Seite 61: Laden Von Reagenzien
Stellen Sie sicher, dass die Abfallflasche leer ist. Falls sie nicht leer ist, leeren Sie ihren Inhalt in den entsprechenden Abfallbehälter aus. Senken Sie langsam den Sipper-Griff. Stellen Sie sicher, dass die Sipper in die SBS- Lösung (PR2) und die Abfallflaschen eintauchen. Abbildung 42 Sipper-Griff absenken MiSeq FGx-Gerät – Referenzhandbuch... -
Seite 62: Einsetzen Der Reagenzienkartusche
HINWEIS Lassen Sie die Tür des Reagenzienkühlers nicht für längere Zeit geöffnet. Öffnen Sie die Tür des Reagenzienkühlers. Halten Sie die Reagenzienkartusche an dem Ende mit dem Illumina-Etikett und schieben Sie sie bis zum Anschlag in den Reagenzienkühler. Abbildung 43 Einsetzen der Reagenzienkartusche Schließen Sie die Tür des Reagenzienkühlers. -
Seite 63: Starten Des Laufs
(Lauf starten). Wichtiger Hinweis vor dem Starten des Laufs WARNUNG Der MiSeq FGx ist empfindlich gegenüber Erschütterungen. Eine Berührung des Gerätes nach dem Start eines Laufs könnte sich nachteilig auf die Sequenzierungsergebnisse auswirken. Nachdem Sie Start Run (Lauf starten) ausgewählt haben, dürfen Sie die Türen der Fließzellenkammer und der Reagenzienkammer nicht öffnen und den Gerätemonitor nicht... -
Seite 64: Überwachen Des Laufs
Sequenzierungsbildschirm angezeigt. Während der Schritte für die Clusterbildung werden keine Kennzahlen angezeigt. Nach Beginn der Sequenzierung werden die folgenden Kennzahlen bei den angegebenen Zyklen angezeigt: Kennzahl Zyklus MiSeq FGx-Reagenzien-Kits Zyklus 1–7 Intensität MiSeq RUO-Reagenzien-Kits, v3 Zyklus 1–7 MiSeq RUO-Reagenzien-Kits, v2 Zyklus 1–4... -
Seite 65: Kapitel 4 Wartungsverfahren
Kapitel 4 Wartungsverfahren Wartungsverfahren Einleitung Durchführen eines Nachwaschlaufs Durchführen eines Wartungswaschlaufs Durchführen eines Standbywaschlaufs Ausschalten des Geräts MiSeq FGx-Gerät – Referenzhandbuch... -
Seite 66: Einleitung
Illumina empfiehlt eine präventive Wartung pro Kalenderjahr. Wenn Sie keinen Servicevertrag abgeschlossen haben, wenden Sie sich bitte an den für Ihre Region zuständigen Kundenbetreuer oder an den technischen Support von Illumina, um einen kostenpflichtigen präventiven Wartungstermin zu vereinbaren. Teile-Nr. 15050524 Rev. C DEU... -
Seite 67: Durchführen Eines Nachwaschlaufs
Fügen Sie 30 µl 6%iges Natriumhypochlorit zu 870 µl nukleasefreiem Wasser hinzu. Diese Volumina ergeben eine im Verhältnis 1:30 verdünnte Natriumhypochloritlösung. Geben Sie in ein von Illumina bereitgestelltes MiSeq-Röhrchen (Teile-Nr. MS-102- 9999) 50 µl der 1:30-Natriumhypochloritlösung zu 950 µl nukleasefreiem Wasser hinzu. - Seite 68 Stellen Sie sicher, dass Sie das MiSeq-Röhrchen mit Natriumhypochlorit nur in Position 17 platzieren. Wenn Sie das Röhrchen an einer anderen Position einsetzen, schlägt die Clusterbildung in den nachfolgenden Läufen ggf. fehl und das Fluidiksystem des MiSeq FGx- Geräts wird beschädigt.
- Seite 69 Die Sipper bleiben in der unteren Position, was normal ist. Lassen Sie die nicht verwendete Waschlösung in der Waschablage und der Waschflasche, um das Austrocknen der Sipper und das Eindringen von Luft in das System zu verhindern. MiSeq FGx-Gerät – Referenzhandbuch...
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Seite 70: Durchführen Eines Wartungswaschlaufs
Durchführen eines Wartungswaschlaufs Führen Sie alle 7 Tage einen Wartungswaschlauf durch, um eine optimale Leistung sicherzustellen. Der Wartungswaschlauf umfasst drei Waschlaufschritte, bei denen eine Waschlösung aus nukleasefreiem Wasser gemischt mit Tween 20 verwendet wird. Der Waschlauf dauert etwa 90 Minuten. Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien Tween 20 (Sigma-Aldrich, Katalognummer P7949) Nukleasefreies Wasser... - Seite 71 Laden Sie die Waschflasche und drücken Sie den Sippergriff langsam nach unten. Stellen Sie dabei sicher, dass die Sipper in die Waschflasche und in die Abfallflasche eintauchen. Schließen Sie die Tür der Reagenzienkammer. Wählen Sie Next (Weiter). Der zweite Waschlauf beginnt. MiSeq FGx-Gerät – Referenzhandbuch...
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Seite 72: Nach Dem Waschlauf
Durchführen des letzten Waschlaufs Bereiten Sie wie folgt eine frische Waschlösung mit Tween 20 und nukleasefreiem Wasser vor: Fügen Sie 5 ml 100%ige Tween 20 zu 45 ml nukleasefreiem Wasser hinzu. Diese Volumina ergeben 10%ige Tween 20. Fügen Sie 25 ml 10%ige Tween 20 zu 475 ml nukleasefreiem Wasser hinzu. Diese Volumina ergeben 0,5%ige Tween 20 Waschlösung. -
Seite 73: Durchführen Eines Standbywaschlaufs
Sequenzierungslauf initiiert werden kann. Weitere Informationen dazu, wann Waschläufe durchzuführen sind, finden Sie unter Wartungshäufigkeit auf Seite HINWEIS Illumina empfiehlt, den Standbywaschlauf alle 30 Tage zu wiederholen, wenn sich das Gerät im Leerlauf befindet. Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien Tween 20 (Sigma-Aldrich, Katalognummer P7949) - Seite 74 Laden Sie die Waschablage und die Waschflasche in das Gerät: Öffnen Sie die Türen der Reagenzienkammer und des Reagenzienkühlers und schieben Sie die gebrauchte Reagenzienkartusche oder Waschablage aus dem Reagenzienkühler. Schieben Sie die Waschablage bis zum Anschlag in den Reagenzienkühler. Schließen Sie die Tür des Reagenzienkühlers.
- Seite 75 Die Sipper bleiben in der unteren Position, was normal ist. Lassen Sie die nicht verwendete Waschlösung in der Waschablage und der Waschflasche, um das Austrocknen der Sipper und das Eindringen von Luft in das System zu verhindern. MiSeq FGx-Gerät – Referenzhandbuch...
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Seite 76: Ausschalten Des Geräts
Ausschalten des Geräts Es empfiehlt sich, das Gerät immer eingeschaltet zu lassen. Wenn das Gerät jedoch ausgeschaltet werden muss, führen Sie die folgenden Schritte aus, um Windows sicher zu beenden und die Fluidikleitungen vorzubereiten. Führen Sie einen Wartungswaschlauf durch. Weitere Informationen finden Sie unter Verfahren auf Seite Entfernen Sie die Abfallflasche und entsorgen Sie den Inhalt ordnungsgemäß. -
Seite 77: Kapitel 5 Fehlerbehebung
Kapitel 5 Fehlerbehebung Fehlerbehebung Einleitung Beheben von Laufkonfigurationsfehlern Beheben von RFID-Lesefehlern Verhindern von Neustarts während eines Laufs Fehlerbehebung bei Fließratenfehlern Durchführen eines Volumentests Messen erwarteter Volumina während des Waschlaufs MiSeq FGx-Gerät – Referenzhandbuch... -
Seite 78: Einleitung
Einleitung In diesem Abschnitt werden allgemeine Schritte zur Fehlerbehebung beschrieben. Führen Sie diese Schritte durch, bevor Sie sich an den technischen Support von Illumina wenden. Bei den meisten Fehlern werden auf dem Bildschirm Anweisungen zur Behebung des Fehlers angezeigt. Wenn Sie technische Fragen haben, besuchen Sie die MiSeq FGx-Supportseiten der Illumina-Website, wo Sie Antworten auf häufig gestellte Fragen finden, oder melden Sie... -
Seite 79: Beheben Von Laufkonfigurationsfehlern
Standardmäßig ist eine Stunde für das Abschließen der Echtzeitanalyse (Primäranalyse bereit) vorgesehen. Auf dem Bildschirm wird ein Countdown angezeigt. Sie haben die Möglichkeit, eine Stunde zu warten oder Terminate Analysis (Analyse beenden) zu wählen. Für alle unvollständigen Zyklen wird die ForenSeq Universal Analysis Software-Analyse gestoppt. MiSeq FGx-Gerät – Referenzhandbuch... - Seite 80 Fehler Aktion Wenn das Probenblatt nicht mit der ID der Reagenzienkartusche für den Lauf Sample Sheet Present benannt wurde, kann das Gerät das entsprechende Probenblatt nicht (Probenblatt vorhanden) automatisch finden. Wechseln Sie zu dem Probenblatt für den Lauf. Wenn das Probenblatt mit der ID der Reagenzienkartusche für den Lauf benannt wurde, stellen Sie sicher, dass sich das Probenblatt im standardmäßigen Probenblattordner befindet.
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Seite 81: Beheben Von Rfid-Lesefehlern
Verbrauchsmaterialien nicht gelesen werden kann, kann die Software nicht mit dem nächsten Schritt zum Einrichten des Laufs fortfahren. Wenden Sie sich in diesem Fall bitte an den technischen Kundendienst von Illumina. Fließzelle Versuchen Sie immer, den RFID-Lesevorgang erneut auszuführen, bevor Sie fortfahren. - Seite 82 Geben Sie die Barcodenummer der SBS-Lösung (PR2)-Flasche ein, die sich auf dem Etikett der SBS-Lösung (PR2)-Flasche direkt unterhalb des Barcodes befindet. Wählen Sie Done (Fertig). Wählen Sie Next (Weiter), um mit dem nächsten Schritt zum Einrichten des Laufs fortzufahren. Reagenzienkartusche Versuchen Sie immer, den RFID-Lesevorgang erneut auszuführen, bevor Sie fortfahren.
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Seite 83: Verhindern Von Neustarts Während Eines Laufs
Verhindern von Neustarts während eines Laufs Wenn das MiSeq FGx-Gerät mitten in einem Lauf neu gestartet wird, bedeutet dies, dass die Windows-Update-Software auf dem Netzwerk so konfiguriert ist, dass Software- Updates automatisch installiert werden. (Diese Einstellung sollte während der Installation ausgeschaltet sein.) Wenden Sie sich an die lokale IT-Abteilung, wenn Sie Hilfe zum... -
Seite 84: Fehlerbehebung Bei Fließratenfehlern
Falls der Fehler weiterhin besteht, legen Sie ein Pumpvolumen von 500 µl SBS-Lösung (PR2) fest und wiederholen Sie den Prozess. Falls der Fehler durch den zweiten Versuch nicht behoben wird, wenden Sie sich an den Technischen Support von Illumina. Teile-Nr. 15050524 Rev. C DEU... -
Seite 85: Durchführen Eines Volumentests
Drücken Sie den Sippergriff nach unten und stellen Sie dabei sicher, dass die Sipper in die Waschflasche und in die Abfallflasche eintauchen. Entfernen Sie gemäß den Anweisungen auf dem Bildschirm ggf. vorhandene Tropfen wie folgt vom Waschflaschen-Sipper: MiSeq FGx-Gerät – Referenzhandbuch... - Seite 86 Wenn Sie dazu aufgefordert werden, heben Sie den Sippergriff langsam an und sehen Sie nach, ob sich am Waschflaschen-Sipper ein großer Wassertropfen befindet. Wenn Sie dazu aufgefordert werden, senken Sie den Sippergriff langsam so weit in das Wasser ab, dass der Tropfen durch die Oberflächenspannung entfernt wird. Wenn Sie dazu aufgefordert werden, heben Sie den Sippergriff langsam an und sehen Sie nach, ob sich am Waschflaschen-Sipper ein großer Wassertropfen befindet.
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Seite 87: Messen Erwarteter Volumina Während Des Waschlaufs
Waschfluidik effizient funktioniert. Bevor Sie mit einem Waschlauf beginnen, leeren Sie die Abfallflasche. Wenn der Waschlauf abgeschlossen ist, messen Sie das Waschvolumen in der Abfallflasche. Waschlauftyp Erwartetes Waschvolumen Nachwaschlauf 25,5 ml Standbywaschlauf 46 ml Wartungswaschlauf 17,25 ml MiSeq FGx-Gerät – Referenzhandbuch... - Seite 88 Teile-Nr. 15050524 Rev. C DEU...
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Seite 89: Index
Fließrate, Fehlerbehebung 74 Fließzelle Laden 22, 26, 49 Reinigung 47 Nachwaschlauf 57 Überblick 4 Netzschalter 6 Fließzellen-Türsensor 12 Netzwerkeinstellungen 20 Fließzellenkammer 3-4 Netzwerkverbindung 70 Fließzellenklemme 4 Neustart der Software 19 Fluidik Fehlerbehebung 74-75 Waschlauf 60, 63 Optikmodul 3 MiSeq FGx-Gerät – Referenzhandbuch... - Seite 90 Aktivitätsanzeigen 12 Fehler und Warnungen 13 Sensoren 12 Statusalarm 13 Systemeinstellungen 20 Technischer Support 81 Ü Überwachen des Laufs 24, 29, 54 Unterbrechen eines Laufs 33 Verbrauchsmaterialien vom Benutzer bereitzustellen 7 von Illumina bereitgestellt 7 Teile-Nr. 15050524 Rev. C DEU...
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Seite 91: Technische Unterstützung
900.812168 Irland 1.800.812949 Andere Länder +44.1799.534000 Materialsicherheitsdatenblätter Sicherheitsdatenblätter (SDS, Safety Data Sheets) stehen auf der Illumina-Website unter support.illumina.com/sds.html zur Verfügung. Produktdokumentation Die Produktdokumentation steht auf der Illumina-Website im PDF-Format zum Herunterladen zur Verfügung. Gehen Sie zu support.illumina.com, wählen Sie ein Produkt aus und klicken Sie anschließend auf Documentation &... - Seite 92 *15034097* *15034097* Teile-Nr. 15050524 Rev. C DEU Listenpreis: $ 50,00 (USD) Illumina 5200 Illumina Way San Diego, Kalifornien 92122, USA +1.800.809.ILMN (4566) +1.858.202.4566 (außerhalb von Nordamerika) techsupport@illumina.com www.illumina.com...