Verwandte Anleitungen für illumina MiniSeq
Inhaltszusammenfassung für illumina MiniSeq
- Seite 1 MiniSeq Systemhandbuch Dokument-Nr. 1000000002695 v03 DEU Material-Nr. 20014309 ILLUMINA – EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT Februar 2020 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren...
- Seite 2 HIERIN BESCHRIEBENEN PRODUKTE (EINSCHLIESSLICH TEILEN HIERVON ODER DER SOFTWARE) ENTSTEHEN. © 2020 Illumina, Inc. Alle Rechte vorbehalten. Alle Marken sind Eigentum von Illumina, Inc. bzw. der jeweiligen Eigentümer. Weitere Informationen zu Marken finden Sie unter www.illumina.com/company/legal.html. Dokument-Nr. 1000000002695 v03 DEU Material-Nr. 20014309...
- Seite 3 Informationen zum Überwachungsdienst Illumina Proactive im Abschnitt Dokument- „Konfigurieren der Analyseeinstellungen“ hinzugefügt. Nr. 1000000002695 Der Standard-Benutzername und das Standard-Kennwort für die Anmeldung beim Betriebssystem wurden entfernt. Illumina empfiehlt die Verwendung standortspezifischer Anmeldeinformationen. Geringfügige Textänderungen Material-Nr. 20014309 September Software-Beschreibungen zu MiniSeq Control Software v1.1.8, die den...
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Seite 4: Inhaltsverzeichnis
MiniSeq Systemhandbuch Inhaltsverzeichnis Kapitel 1 Überblick Einleitung Weitere Ressourcen Gerätekomponenten Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien – Überblick Vorinstallierte Datenbanken und Genome Kapitel 2 Erste Schritte Starten des Geräts Anpassen der Systemeinstellungen Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien und Geräte Kapitel 3 Sequenzierung Einleitung Vorbereiten der Verbrauchsmaterialien Vorbereiten von Bibliotheken für die Sequenzierung... - Seite 5 MiniSeq Systemhandbuch Sequenzierungsausgabedateien Ordnerstruktur der Sequenzierungsausgabe Für die Analyse erforderliche Eingabedateien Index Technische Unterstützung Dokument-Nr. 1000000002695 v03 DEU Material-Nr. 20014309 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Seite 6: Kapitel 1 Überblick
Genomen und von Amplikonen sowie eine gezielte Anreicherung und RNA-Sequenzierung unter Verwendung geringer Bibliotheks-Volumina. MiniSeq-Systemsoftware: Im MiniSeq-System ist eine Software-Suite integriert, die die Vorgänge auf dem Gerät steuert, Bilder verarbeitet und Base-Calls generiert. Die Suite enthält zudem eine Software für die Datenanalyse im Gerät sowie Datenübertragungstools, die die Datenanalyse mit anderen Methoden,... -
Seite 7: Gerätekomponenten
Bietet Informationen zur Verwendung der Local Run Manager-Software und der Softwarehandbuch (Dokument-Nr. verfügbaren Analyseoptionen. 1000000002702) Gerätekomponenten Zum MiniSeq-System gehören ein Touchscreen-Monitor, eine Statusleiste, eine Fließzellen- und eine Reagenzienkammer. Abbildung 1 Gerätekomponenten A Touchscreen-Monitor: Ermöglicht die Systemkonfiguration und -einrichtung im Gerät über die Benutzeroberfläche der Steuerungssoftware. -
Seite 8: Fließzellenkammer
Stellen Sie keine Gegenstände neben der Fließzellenkammer auf das Gerät. Reagenzienkammer Zum Konfigurieren eines Sequenzierungslaufs auf dem MiniSeq-System ist der Zugang zur Reagenzienkammer erforderlich, um die Verbrauchsmaterialien für den Lauf zu laden und die Flasche für verbrauchte Reagenzien zu leeren. - Seite 9 MiniSeq Systemhandbuch Abbildung 3 Reagenzienkammer A Flasche für verbrauchte Reagenzien: Hat einen Schraubdeckel, um zu verhindern, dass die Flüssigkeit beim Transport der Flasche verschüttet wird. B Reagenzienkartusche: Mit Reagenzien vorgefülltes Verbrauchsmaterial für den Einmalgebrauch. C Tür der Reagenzienkammer: Bietet Zugang zur Reagenzienkammer.
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Seite 10: Systemsoftware
Die Gerätesoftware-Suite umfasst integrierte Anwendungen für die Durchführung von Sequenzierungsläufen und die Geräteanalyse. MiniSeq Control Software: Die Steuerungssoftware führt Sie durch die Schritte zur Konfiguration eines Sequenzierungslaufs, steuert die Vorgänge auf dem Gerät und gibt während des Laufs einen Überblick über die Laufstatistik. -
Seite 11: Fließzelle
MiniSeq Systemhandbuch Fließzelle Die Fließzelle ist ein Glasträger, auf dem die Clusterbildung und die Sequenzierungsreaktion stattfinden. Die Fließzelle befindet sich in einer Fließzellenkartusche. Abbildung 4 Komponenten der Fließzelle A Bildgebungsbereich B Fließzellendichtung C Auslassanschluss D Einlassanschluss Reagenzien werden der Fließzelle durch den Einlassanschluss zugeführt, passieren den Bildgebungsbereich der einzelnen Lane und verlassen die Fließzelle durch den Auslassanschluss. -
Seite 12: Herausnehmbarer Behälter In Position
Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie im Sicherheitsdatenblatt (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Lagern Sie die Reagenzienkartusche bis zu ihrem Gebrauch bei -25 °C bis -15 °C. Weitere Informationen... -
Seite 13: Vorinstallierte Datenbanken Und Genome
MiniSeq Systemhandbuch Vorinstallierte Datenbanken und Genome Die meisten Analysemethoden benötigen zur Durchführung des Alignments eine Referenz. Auf dem Gerätecomputer sind mehrere Referenzdatenbanken und Genome vorinstalliert. Vorinstalliert Beschreibung Datenbanken • miRbase für Menschen • dbSNP für Menschen • RefGene für Menschen Genome •... -
Seite 14: Kapitel 2 Erste Schritte
Melden Sie sich beim gewünschten Windows-Konto an. Fragen Sie, falls erforderlich, den Administrator Ihres Unternehmens nach dem Benutzernamen und dem Kennwort. Wenn ein normales Benutzerkonto gewählt wird, startet die MiniSeq Control Software automatisch und initialisiert das System. Wenn ein Administratorkonto gewählt wird, muss die MiniSeq Control Software durch einen Doppelklick auf das MiniSeq-System-Symbol auf dem Desktop gestartet werden. -
Seite 15: Anpassen Der Systemeinstellungen
Verwendung der Bildschirmtastatur bei der Laufkonfiguration. Entsorgung von Verbrauchsmaterialien am Ende des Laufs. Aktivieren der Audio-Signale. Übermittlung von Geräteleistungsdaten an Illumina. Überspringen der Bestätigung des Selbsttests, um den Lauf automatisch zu starten. Automatisches Suchen nach Software-Updates (in BaseSpace Sequence Hub). -
Seite 16: Festlegen Der Automatischen Suche Nach Software-Updates
Wenn ein Lauf beendet wurde Wählen Sie Save (Speichern). Übermittlung von Geräteleistungsdaten an Illumina Die Option „Send Instrument Performance Data to Illumina“ (Geräteleistungsdaten an Illumina übermitteln) ist standardmäßig aktiviert. Mit dieser Option werden laufunabhängige Leistungsdaten an einen BaseSpace Sequence Hub-Server gesendet. -
Seite 17: Verbrauchsmaterialien Für Die Sequenzierung
MiniSeq Systemhandbuch Verbrauchsmaterialien für die Sequenzierung Verbrauchsmaterial Anbieter Zweck 1 N NaOH Allgemeiner Laborlieferant Bibliotheksdenaturierung, verdünnt auf 0,1 N (Natriumhydroxid) Isopropylalkoholtücher, 70 % VWR, Katalog-Nr. 95041- Reinigung der Fließzelle und allgemeine oder Verwendung Ethanol, 70 % (oder vergleichbar) Allgemeiner Laborlieferant Einweg-Handschuhe, ungepudert Allgemeiner Laborlieferant Allgemeine Verwendung Labortücher, fusselfrei... -
Seite 18: Kapitel 3 Sequenzierung
Überwachen des Lauffortschritts Automatische Nachwaschung Herausnehmen des gebrauchten Behälters in Position 9 Einleitung Um auf dem MiniSeq-System einen Sequenzierungslauf durchzuführen, bereiten Sie die Verbrauchsmaterialien für den Lauf vor und folgen Sie dann den Anweisungen der Software zur Konfiguration des Sequenzierungslaufs. Workflow-Überblick Clusterbildung Während der Clusterbildung werden einzelne DNA-Moleküle an der Oberfläche der Fließzelle gebunden und... -
Seite 19: Vorbereiten Der Verbrauchsmaterialien
MiniSeq Systemhandbuch Vorbereiten der Verbrauchsmaterialien Vorbereiten der Reagenzienkartusche Nehmen Sie die Reagenzienkartusche aus dem Lagerort mit einer Temperatur von -25 °C bis -15 °C heraus. Tauen Sie die Reagenzien in einem Wasserbad gemäß den Angaben in der folgenden Tabelle auf. Tauchen Sie die Kartusche nicht in Wasser. Wenn die Reagenzien aufgetaut sind, trocknen Sie zuerst die Basis der Kartusche, bevor Sie fortfahren. -
Seite 20: Vorbereiten Von Bibliotheken Für Die Sequenzierung
PhiX-Kontrolle hinzugeben. Weitere Informationen finden Sie im Handbuch zum Denaturieren und Verdünnen von Bibliotheken für das MiniSeq-System (Dokument-Nr. 1000000002697). Das Ladevolumen für das MiniSeq-System beträgt 500 µl bei einer Ladekonzentration von 1,8 pM. Die Ladekonzentration kann jedoch je nach Bibliotheksvorbereitungs- und Quantifizierungsmethode variieren. -
Seite 21: Konfigurieren Eines Laufs (Manuelle Konfiguration)
MiniSeq Systemhandbuch Konfigurieren eines Laufs (manuelle Konfiguration) Wählen Sie im Startbildschirm die Option Sequence (Sequenzieren). Der Befehl „Sequence“ (Sequenzieren) gibt die Verbrauchsmaterialien aus dem vorherigen Lauf frei und öffnet eine Reihe von Bildschirmen für die Laufkonfiguration. Wählen Sie im Bildschirm „Run Mode“ (Laufmodus) die Option Manual (Manuell). -
Seite 22: Laden Der Fließzelle
MiniSeq Systemhandbuch HINWEIS Öffnen Sie nicht die Tür der Reagenzienkammer oder der Fließzellenkammer, während der automatische Selbsttest oder der Sequenzierungslauf durchgeführt wird. Laden der Fließzelle Öffnen Sie die Tür der Fließzellenkammer. Drücken Sie den Freigabeknopf rechts vom Fließzellenriegel. Abbildung 11 Öffnen des Fließzellenriegels Entfernen Sie ggf. -
Seite 23: Laden Der Reagenzienkartusche
MiniSeq Systemhandbuch Laden der Reagenzienkartusche Öffnen Sie die Tür der Reagenzienkammer. Entfernen Sie ggf. die gebrauchte Reagenzienkartusche. HINWEIS Um die sichere Entsorgung nicht verwendeter Reagenzien, die Formamid enthalten, zu erleichtern, lässt sich der Behälter in Position 9 herausnehmen. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Herausnehmen des gebrauchten Behälters in Position 9 auf Seite... -
Seite 24: Prüfen Der Laufparameter
Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie im Sicherheitsdatenblatt (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Schieben Sie die leere Flasche für verbrauchte Reagenzien ohne Schraubdeckel bis zum Anschlag in die Kammer. -
Seite 25: Überprüfen Des Selbsttests
MiniSeq Systemhandbuch HINWEIS Öffnen Sie nicht die Tür der Reagenzienkammer oder der Fließzellenkammer, während der automatische Selbsttest oder der Sequenzierungslauf durchgeführt wird. Überprüfen des Selbsttests Prüfen Sie die Ergebnisse des automatischen Selbsttests. Um einen Test während seiner Durchführung zu stoppen, wählen Sie Cancel (Abbrechen). - Seite 26 MiniSeq Systemhandbuch Abbildung 17 Öffnen des Fließzellenriegels Entfernen Sie ggf. die gebrauchte Fließzelle aus dem vorherigen Lauf. Stellen Sie sicher, dass der Fließzellentisch sauber ist. Wenn Schmutzpartikel vorhanden sind, reinigen Sie den Fließzellentisch mit einem Alkoholtuch. Platzieren Sie die Fließzelle über die Ausrichtungsstifte auf dem Fließzellentisch.
- Seite 27 MiniSeq Systemhandbuch Schieben Sie die Reagenzienkartusche bis zum Anschlag in die Reagenzienkammer. Abbildung 20 Laden der Reagenzienkartusche Wählen Sie aus der Dropdown-Liste „Recipe“ (Rezeptur) eine Rezeptur aus. Es werden nur kompatible Rezepturen aufgelistet. Leeren der Flasche für verbrauchte Reagenzien Entfernen Sie die Flasche für verbrauchte Reagenzien aus der Kammer.
- Seite 28 Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie im Sicherheitsdatenblatt (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Schieben Sie die leere Flasche für verbrauchte Reagenzien ohne Schraubdeckel bis zum Anschlag in die Kammer.
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Seite 29: Überwachen Des Lauffortschritts
MiniSeq Systemhandbuch HINWEIS Öffnen Sie nicht die Tür der Reagenzienkammer oder der Fließzellenkammer, während der automatische Selbsttest oder der Sequenzierungslauf durchgeführt wird. Überprüfen des Selbsttests Prüfen Sie die Ergebnisse des automatischen Selbsttests. Um einen Test während seiner Durchführung zu stoppen, wählen Sie Cancel (Abbrechen). -
Seite 30: Zyklen Für Laufkennzahlen
Symbol und das Symbol für eigenständige Geräte auf dem Bildschirm zu sehen. Universal Copy Service Die MiniSeq System Software Suite enthält einen Universal Copy Service. Der Dienst kopiert die von der Echtzeitanalyse generierten Dateien in den angegebenen Ausgabeordner. Dokument-Nr. 1000000002695 v03 DEU Material-Nr. 20014309... -
Seite 31: Übertragung An Basespace
MiniSeq Systemhandbuch Falls während des Laufs die Datenübertragung unterbrochen wird, werden die Daten vorübergehend auf dem Gerätecomputer gespeichert. Nach der Wiederherstellung der Verbindung während der Laufdurchführung wird die Datenübertragung automatisch fortgesetzt. Wenn die Verbindung nicht vor Abschluss des Laufs wiederhergestellt wird, übertragen Sie die Daten manuell an den bevorzugten Speicherort. - Seite 32 Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie im Sicherheitsdatenblatt (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Dokument-Nr. 1000000002695 v03 DEU Material-Nr. 20014309 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
- Seite 33 MiniSeq Systemhandbuch Dokument-Nr. 1000000002695 v03 DEU Material-Nr. 20014309 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Seite 34: Kapitel 4 Wartung
Software-Updates auf Seite Präventive Wartung Illumina empfiehlt, jährlich eine präventive Wartung durchführen zu lassen. Wenn Sie keinen Servicevertrag abgeschlossen haben, wenden Sie sich an den für Ihre Region zuständigen Kundenbetreuer oder an den technischen Support von Illumina, um einen Termin für eine kostenpflichtige präventive Wartung zu vereinbaren. -
Seite 35: Vorbereiten Einer Manuellen Nachwaschung
MiniSeq Systemhandbuch Abbildung 26 Waschlaufkartusche Vorbereiten einer manuellen Nachwaschung Mischen Sie folgende Volumina, um eine 0,12-%-NaOCl-Lösung zu erhalten. 5 % NaOCl (31 µl) Wasser in Laborqualität (1.269 µl) Geben Sie 1,3 ml 0,12 % NaOCl in die Waschlaufkartusche. Der richtige Behälter entspricht Position 31 auf der vorgefüllten Reagenzienkartusche. -
Seite 36: Vorbereiten Eines Schnellwaschlaufs
MiniSeq Systemhandbuch Vorbereiten eines Schnellwaschlaufs Mischen Sie folgende Volumina, um eine 0,05-%-Tween-20-Waschlösung zu erhalten. 100 % Tween 20 (20 µl) Wasser in Laborqualität (40 ml) Geben Sie 40 ml Waschlösung in die Waschlaufkartusche. Der richtige Behälter entspricht Position 40 auf der vorgefüllten Reagenzienkartusche. Abbildung 28 Position für Waschlösung A Waschlösung... -
Seite 37: Software-Updates
Local Run Manager MiniSeq Service Software Universal Copy Service Versionshinweise zur Software finden Sie auf der Supportseite für das MiniSeq-System auf der Illumina- Website. Sie können Software-Updates automatisch über eine Internetverbindung installieren oder manuell über ein Netzwerk oder einen USB-Speicherort. -
Seite 38: Automatisches Software-Update
Manuelles Software-Update Laden Sie das Installationsprogramm für die System Suite von der Illumina-Website herunter und speichern Sie es an einem Netzwerkspeicherort, der sich auf der Whitelist befindet. Illumina empfiehlt D:\Illumina or C:\Illumina. Alternativ können Sie die Softwareinstallationsdatei auf einem USB-Laufwerk speichern. - Seite 39 MiniSeq Systemhandbuch Dokument-Nr. 1000000002695 v03 DEU Material-Nr. 20014309 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Seite 40: Anhang A Fehlerbehebung
(*LaneLog*.txt) Ressourcen für die Fehlerbehebung Falls Sie technische Fragen haben, besuchen Sie die Supportseiten für das MiniSeq-System auf der Illumina- Website. Die Supportseiten bieten Zugriff auf Dokumentation, Downloads und häufig gestellte Fragen. Melden Sie sich bei Ihrem MyIllumina-Konto an, um Zugang zu den Support-Bulletins zu erhalten. -
Seite 41: Fehler Beim Automatischen Selbsttest
MiniSeq Systemhandbuch Prozess-Status Die MiniSeq Control Software listet den Status von mindestens drei Läufen im Temp-Ordner des Systems auf. Wählen Sie im Bildschirm „Manage Instrument“ (Gerät verwalten) die Option Process status (Prozess-Status). Das System listet für jeden Laufnamen den Status der folgenden Komponenten auf: Real-Time Analysis (RTA) (Echtzeitanalyse (RTA)): Basierend auf der Verarbeitung von BCL-Dateien Local Run Manager: Wenn Local Run Manager für den Lauf verwendet wurde... -
Seite 42: Speicherplatz Auf Der Festplatte
Speicherorte: auf einem Server, einer externen Festplatte oder der lokalen Festplatte. Machen Sie Speicherplatz am angegebenen Speicherort des Ausgabeordners frei. Temperatur Empfohlene Maßnahme Temperature ramp (Temperaturanstieg) Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. Temperature sensors Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. (Temperatursensoren) Fans (Lüfter) Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. -
Seite 43: Rta-Fehler
Wenn die Verarbeitung abgeschlossen ist, werden die folgenden Protokoll- und Fehlerdateien an das endgültige Ausgabeziel übertragen: *GlobalLog*.tsv enthält eine Zusammenfassung wichtiger Laufereignisse. *LaneNLog*.tsv listet die Verarbeitungsereignisse auf. Auf einer MiniSeq-Fließzelle ist N immer 1. *Error*.tsv protokolliert während des Laufs aufgetretene Fehler. *WarningLog*.tsv führt während des Laufs aufgetretene Warnungen auf. -
Seite 44: Zeitpunkte Für Das Beenden Eines Laufs Für Die Rehybridisierung
Fließzelle kann nicht für eine spätere Rehybridisierung gespeichert werden, wenn bereits die Paired-End- Resynthese gestartet wurde. Erforderliche Verbrauchsmaterialien Zum Durchführen eines Rehybridisierungslaufs ist eine neue MiniSeq-Reagenzienkartusche erforderlich, unabhängig davon, wann der Lauf angehalten wurde. Beenden des aktuellen Laufs Wählen Sie End Run (Lauf beenden). Wenn Sie zum Bestätigen des Befehls aufgefordert werden, wählen Sie Yes (Ja). -
Seite 45: Systemprüfung
Falls ein Gerätewaschlauf fällig ist, führen Sie zuerst den Waschlauf durch, bevor Sie die Systemprüfung starten. Beim Starten der Systemprüfung wird die Steuerungssoftware automatisch beendet und die MiniSeq Service Software wird gestartet. Die Servicesoftware wird gestartet und der Bildschirm „Load“ (Laden) wird geöffnet. -
Seite 46: Durchführen Einer Systemprüfung
MiniSeq Systemhandbuch Durchführen einer Systemprüfung Wählen Sie im Bildschirm „Manage Instrument“ (Gerät verwalten) die Option System Check (Systemprüfung). Wenn Sie aufgefordert werden, die Steuerungssoftware zu schließen, wählen Sie Yes (Ja). Geben Sie 40 ml deionisiertes Wasser in die Waschlaufkartusche. Der richtige Behälter entspricht Position 40 auf der vorgefüllten Reagenzienkartusche. -
Seite 47: Optik-Prüfung
MiniSeq Systemhandbuch Bewegungsprüfungen Systemprüfung Beschreibung FCLM & FAM Prüft den Ertrag und den Abstand des Fließzellenlademechanismus (Flow Cell Load Mechanism, (FCLM und FAM) FCLM) und des Fluidikautomatisierungsmoduls (Fluidics Automation Module, FAM), um sicherzustellen, dass die Module ordnungsgemäß funktionieren. Stage Tests (Tisch- Prüft die Bewegungsgrenzen und die Leistung des xy- und des z-Tisches. -
Seite 48: Konfigurieren Der Computerdomäne
MiniSeq Systemhandbuch Wählen Sie Network Configuration (Netzwerkkonfiguration). Wählen Sie die Option Obtain an IP address automatically (IP-Adresse automatisch abrufen), um die IP- Adresse über den DHCP-Server abzurufen. HINWEIS Dynamic Host Configuration Protocol (DHCP) ist ein Standard-Netzwerkprotokoll, das auf IP- Netzwerken verwendet wird, um Netzwerkkonfigurationsparameter dynamisch zu verteilen. -
Seite 49: Anwendungsspezifische Genome
Bewegen Sie das Gerät nicht an einen anderen Standort. Ein unsachgemäßes Bewegen des Geräts kann zur Beeinträchtigung der Ausrichtung der optischen Elemente und der Datenintegrität führen. Falls Sie den Standort des Geräts ändern müssen, wenden Sie sich an Ihren Illumina-Vertreter. Dokument-Nr. 1000000002695 v03 DEU Material-Nr. 20014309... -
Seite 50: Anhang B Echtzeitanalyse
Die Echtzeitanalyse ist eine auf dem Gerätecomputer ausgeführte Software. Sie extrahiert für das Base- Calling Intensitäten aus Bildern und weist dann dem Base-Call einen Qualitäts-Score zu. Das MiniSeq-System nutzt eine Implementierung der Echtzeitanalyse-Software namens RTA2. Die Systemsteuerungssoftware und RTA2 kommunizieren über ein HTTP-Webinterface und gemeinsame Speicherbereiche. -
Seite 51: Matrizenbildung
MiniSeq Systemhandbuch Echtzeitanalyse-Workflow Matrizenbildung Definiert die Clusterpositionen. Registrierung und Zeichnet die Position der einzelnen Cluster auf der Fließzelle auf und ermittelt einen Intensitätsextraktion Intensitätswert für jeden Cluster. Korrektur der Phasierung Korrigiert die Auswirkungen der Phasierung und Vorphasierung. Base-Calling Legt für jeden Cluster einen Base-Call fest. - Seite 52 Beim Base-Calling wird eine Base (A, C, G oder T) für jeden Cluster einer bestimmten Platte eines bestimmten Zyklus festgelegt. Das MiniSeq-System verwendet die Zweikanal-Sequenzierung, die nur zwei Bilder benötigt, um die Daten für vier DNA-Basen zu codieren: ein Bild aus dem roten Kanal und ein Bild aus dem grünen Kanal.
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Seite 53: Cluster Nach Filterung
MiniSeq Systemhandbuch Cluster nach Filterung Während des Laufs filtert RTA2 Rohdaten, um Cluster zu entfernen, die dem Schwellenwert für Datenqualität nicht genügen. Bei der Zweikanalanalyse verwendet RTA2 ein populationsbasiertes System zum Feststellen der Reinheit eines Base-Calls. Cluster passieren Filter, wenn nicht mehr als ein Base-Call in den ersten 25 Zyklen einen inakzeptablen Reinheitswert aufweist. -
Seite 54: Anhang C Ausgabedateien
Anhang C Ausgabedateien Sequenzierungsausgabedateien Ordnerstruktur der Sequenzierungsausgabe Für die Analyse erforderliche Eingabedateien Sequenzierungsausgabedateien Dateityp Dateibeschreibung, Speicherort und Name Base-Call-Dateien Jede analysierte Platte wird in eine für jeden Zyklus zusammengefasste Base-Call-Datei aufgenommen. Die zusammengefasste Datei enthält den Base-Call und den codierten Qualitäts-Score für jeden Cluster. -
Seite 55: Ordnerstruktur Der Sequenzierungsausgabe
MiniSeq Systemhandbuch Ordnerstruktur der Sequenzierungsausgabe Die Steuerungssoftware generiert den Namen des Ausgabeordners automatisch. Configs Data Intensities BaseCalls L001: Base-Call-Dateien, pro Zyklus zusammengefasst L001: Eine zusammengefasste *.locs-Datei Images Focus L001: Fokusbilder InstrumentAnalyticsLogs: Protokolldateien, in denen die Analyseschritte des Geräts beschrieben sind InterOp: Vom Sequenzierungsanalyse-Viewer (SAV) verwendete Binärdateien... -
Seite 56: Index
Index Analyse Fehler Ausgabedateien 49 Wahrscheinlichkeit 48 Software 5 Fehler und Warnungen 5 Analyse, primär in Ausgabedateien 38 Signalreinheit 48 Fehlerbehebung Analysekonfiguration 15 Festplattenspeicherplatz 37 Ausgabedateien 49 Kennzahlen mit geringer Qualität 38 Ausgabedateien, Sequenzierung 49 Kontaktmöglichkeiten 35 Ausschalten des Geräts 44 Laufspezifische Dateien 35 Selbsttest 36 Systemprüfung 40... - Seite 57 MiniSeq Systemhandbuch Clusterdichtezyklen 25 Intensitätszyklen 25 Kompatibilität Qualitäts-Scores 48 Fließzelle, Reagenzienkartusche 5 Qualitätstabellen 48 RFID-Tracking 5-6 Komponenten Bildgebungskammer 2 Fließzellenkammer 3 Reagenzienkammer 2 Read-Länge 13 Statusleiste 2 Reagenzien Konfigurationseinstellungen 42 Im Kit 5 Kundendienst 54 ordnungsgemäße Entsorgung 18, 21 Reagenzienkammer 2 Reagenzienkartusche Behälter in Position 28 30...
- Seite 58 MiniSeq Systemhandbuch Statusleiste 2 Laufdauer 13 Steuerungssoftware 5 Laufkennzahlen 24 Supportseiten 1 Manueller Modus 16 Symbole Natriumhypochlorit 30 Fehler und Warnungen 5 Reagenzienkartusche 14, 18, 21 Status 5 Selbsttest 20, 24 Systembenutzername und -kennwort 9 Sequenzierung 46 Systemprüfung 40 Verbrauchte Reagenzien 18, 22 Technische Unterstützung 54...
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Seite 59: Technische Unterstützung
+34 800300143 Südkorea +82 80 234 5300 Taiwan, China 00806651752 Andere Länder +44.1799.534000 Sicherheitsdatenblätter (SDS, Safety Data Sheets) sind auf der Illumina-Website unter support.illumina.com/sds.html verfügbar. Die Produktdokumentation steht unter support.illumina.com zum Herunterladen zur Verfügung. Dokument-Nr. 1000000002695 v03 DEU Material-Nr. 20014309 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. - Seite 60 MiniSeq Systemhandbuch Dokument-Nr. 1000000002695 v03 DEU Material-Nr. 20014309 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Seite 61: Dokument-Nr. 1000000002695 V03 Deu Material-Nr. 20014309
Dokument-Nr. 1000000002695 v03 DEU Material-Nr. 20014309 Illumina 5200 Illumina Way San Diego, Kalifornien 92122, USA +1.800.809.ILMN (4566) +1.858.202.4566 (außerhalb von Nordamerika) techsupport@illumina.com www.illumina.com Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. © 2020 Illumina, Inc. Alle Rechte vorbehalten.