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Anhang B Echtzeitanalyse
Überblick über die Echtzeitanalyse
Echtzeitanalyse-Workflow
Überblick über die Echtzeitanalyse
Das NovaSeq 6000-Sequenziersystem führt RTA3 aus, eine Implementierung der Echtzeitanalyse-Software
auf dem CE-Gerät (Compute Engine). RTA3 extrahiert Intensitäten aus Bildern von der Kamera, führt das
Base-Calling durch, weist Base-Calls einen Qualitäts-Score zu, richtet an PhiX aus und fasst Daten in
InterOp-Berichtsdateien zusammen, die im Sequenzierungsanalyse-Viewer angezeigt werden können.
Zur Optimierung der Verarbeitungszeit legt RTA3 die Informationen im Speicher ab. Wenn RTA3
abgeschlossen ist, wird die Verarbeitung nicht wieder aufgenommen und alle Laufdaten, die im Speicher
verarbeitet werden, gehen verloren.
RTA3-Eingabedaten
RTA3 erfordert für die Verarbeitung Plattenbilder, die im lokalen Systemspeicher gespeichert sind. RTA3
empfängt Laufinformationen und Befehle von NVCS.
RTA3-Ausgabedaten
Bilder von jedem Farbkanal werden gespeichert und als Platten an RTA3 übergeben. RTA3 gibt von diesen
Bildern mehrere Dateien für qualitativ benotete Base-Calls und Filterdateien aus. Alle anderen Ausgaben sind
ergänzende Dateien für die Ausgabe.
Dateityp
Base-Call-Dateien
Filterdateien
Clusterpositionsdateien
Ausgabedateien werden für die nachgeschaltete Analyse in BaseSpace Sequence Hub verwendet. Alternativ
können Sie die Konvertierungssoftware bcl2fastq für die FASTQ-Konvertierung und Analyselösungen von
Drittanbietern verwenden. Für NovaSeq-Dateien ist mindestens v2.19 der bcl2fastq2-
Konvertierungssoftware erforderlich. Die aktuelle Version von bcl2fastq2 finden Sie auf der Website von
Illumina auf der bcl2fastq-Downloadseite.
RTA3 stellt Echtzeitkennzahlen zur Laufqualität in Form von InterOp-Dateien zur Verfügung. InterOp-Dateien
sind Binärdateien mit Kennzahlen zu Platten, Zyklen und zur Read-Ebene. Sie werden benötigt, um
Echtzeitkennzahlen im Sequenzierungsanalyse-Viewer ansehen zu können. Die neueste Version des
Sequenzierungsanalyse-Viewers finden Sie auf der Downloadseite des
der Illumina-Website.
Fehlerbehandlung
RTA3 erstellt Protokolldateien und speichert sie im Ordner „Logs" (Protokolle). Fehler werden in einer
Textdatei im Dateiformat *.log aufgezeichnet.
Dokument-Nr. 1000000019358 v08 DEU Material-Nr. 20023471
Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
Beschreibung
Die einzelnen analysierten Platten sind in einer verknüpften Base-Call-Datei (*.cbcl)
enthalten. Platten derselben Lane oder Oberfläche werden in einer *.cbcl-Datei für die
jeweilige Lane und Oberfläche aggregiert.
Die einzelnen Platten produzieren jeweils eine Filterdatei (*.filter), die angibt, ob ein Cluster
die Filter passiert.
Clusterpositionsdateien (*.locs) enthalten die X- und Y-Koordinaten aller Cluster einer
Platte. Für jeden Lauf wird eine Clusterpositionsdatei generiert.
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Fehlerbehebung
