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illumina NovaSeq 6000 Handbuch

Sequenziersystem
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Inhaltsverzeichnis

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NovaSeq 6000
Handbuch zum Sequenziersystem
Dokument-Nr. 1000000019358 v14 DEU Material-Nr. 20023471
September 2020
Nur für Forschungszwecke.
Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
ILLUMINA – EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT

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Inhaltszusammenfassung für illumina NovaSeq 6000

  • Seite 1 NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Dokument-Nr. 1000000019358 v14 DEU Material-Nr. 20023471 ILLUMINA – EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT September 2020 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
  • Seite 2 HIERIN BESCHRIEBENEN PRODUKTE (EINSCHLIESSLICH TEILEN HIERVON ODER DER SOFTWARE) ENTSTEHEN. © 2020 Illumina, Inc. Alle Rechte vorbehalten. Alle Marken sind Eigentum von Illumina, Inc. bzw. der jeweiligen Eigentümer. Weitere Informationen zu Marken finden Sie unter www.illumina.com/company/legal.html. Dokument-Nr. 1000000019358 v14 DEU Material-Nr. 20023471...
  • Seite 3 2020 Reagenzien-Kits der Versionen 1.0 und 1.5 aktualisiert. Nr. 1000000019358 v14 Material-Nr. 20023471 Juli Informationen zum NovaSeq 6000 Reagent Kit v1.5 und zur Software Dokument- 2020 v1.7 hinzugefügt, die bei bestimmten Datenfeldern mit Laufmetriken Nr. 1000000019358 v13 eine Aufschlüsselung der Metriken nach Lanes ermöglicht.
  • Seite 4 Reagenzien beim Boost-Schritt vor der Sequenzierung präzisiert. Nr. 1000000019358 v07 Tabelle mit Erläuterungen der auf Verbrauchsmaterialien bzw. deren Verpackungen verwendeten Symbole hinzugefügt. Informationen zum Überwachungsdienst Illumina Proactive im Abschnitt „Laufkonfigurationsmodus“ hinzugefügt. Angaben zur NovaSeq LIMS-API hinzugefügt. Software-Beschreibungen auf NovaSeq Control Software Version 1.4.0 aktualisiert.
  • Seite 5 NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Dokument Datum Beschreibung der Änderung Dokument- Dezember Erläuterung bezüglich des leeren Bibliotheksröhrchens für Xp im Nr. 1000000019358 v05 2017 Diagramm „Sequenzierungsworkflow“ hinzugefügt. Tris-HCI-Volumen in der Tabelle zu Schritt 5 unter „Denaturieren der Bibliothek und optionale PhiX-Kontrolle“ für den Standard-Workflow hinzugefügt.
  • Seite 6 NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Dokument Datum Beschreibung der Änderung Material-Nr. 20020483 September Softwarebeschreibungen auf NovaSeq Control Software v1.2 Dokument- 2017 einschließlich Unterstützung für die Fließzellen S1 und S4 aktualisiert. Nr. 1000000019358 v03 Speicherplatzanforderungen für einen Lauf mit zwei Fließzellen für die Fließzellen S1 und S4 hinzugefügt. Benennungsanforderungen für bestimmte JSON-Dateien hinzugefügt.
  • Seite 7 Dokument Datum Beschreibung der Änderung Material-Nr. 20018871 April Folgende Informationen wurden hinzugefügt: Dokument- • Von Illumina bereitgestellte Verbrauchsmaterialien, die für einen 2017 Nr. 1000000019358 v02 Lauf erforderlich sind. • Lagerungsbedingungen für Reagenzien-Kit-Komponenten. • Empfehlungen zur Bibliotheksladekonzentration. • NaOH-Verdünnung für zwei Fließzellen. • Schritt, bei dem die Fließzelle vor dem Laden auf Raumtemperatur gebracht wird.
  • Seite 8: Inhaltsverzeichnis

    Inhaltsverzeichnis Kapitel 1 Überblick Einleitung Weitere Ressourcen Sequenzierungsüberblick Sequenzierungs-Workflow Gerätekomponenten Kapitel 2 Kits und Zubehör Kits-Überblick Komponenten des Reagenzien-Kits Komponenten der NovaSeq Xp-Kits NovaSeq Xp-Fließzellenstation Symbolbeschreibungen Kapitel 3 Erste Schritte Starten des Geräts Konfigurieren der Einstellungen Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien und Ausstattung Kapitel 4 Standard-Workflow: Vorbereiten von Verbrauchsmaterialien Methoden Auftauen von SBS- und Clusterkartuschen...
  • Seite 9 NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Kapitel 7 Wartung Präventive Wartung Durchführen eines Wartungswaschlaufs Software-Updates Anhang A Fehlerbehebung Ressourcen für die Fehlerbehebung Dateien für die Fehlerbehebung Fehler beim Selbsttest Fehlerbehebung beim Prozessmanagement Lauffehler vor Clustering Beenden eines Laufs Ausschalten des Geräts Anhang B Real-Time Analysis Überblick über Real-Time Analysis Real-Time Analysis-Workflow Anhang C Ausgabeordner und -dateien...
  • Seite 10: Kapitel 1 Überblick

    Software analysiert Bilder und führt Base-Calls durch. BaseSpace™ Sequence Hub-Integration: Der Sequenzierungs-Workflow ist in BaseSpace Sequence Hub integriert, der Genomik-Computing-Umgebung von Illumina für Datenanalyse, Speicherung und Zusammenarbeit. Während der Durchführung des Laufs werden Ausgabedateien in Echtzeit an die Umgebung gestreamt.
  • Seite 11: Weitere Ressourcen

    NovaSeq Series Custom Primers Guide Bietet Informationen zum Ersetzen von Illumina-Sequenzierungs-Primern (Dokument-Nr. 1000000022266) durch anwendungsspezifische Sequenzierungs-Primer. NovaSeq 6000 Denature and Dilute Guide Enthält Anweisungen zum Denaturieren und Verdünnen von (Dokument-Nr. 1000000106351) vorbereiteten Bibliotheken für einen Sequenzierungslauf sowie zum Vorbereiten einer optionalen PhiX-Kontrolle.
  • Seite 12: Sequenzierungs-Workflow

    Je nach verwendeter Anwendung stehen verschiedene Analysemethoden zur Verfügung. Weitere Informationen finden Sie auf der Support-Seite zu BaseSpace Sequence Hub auf der Illumina-Website. Sequenzierungs-Workflow Tauen Sie SBS- und Clusterreagenzienkartuschen auf. Fassen Sie Bibliotheken in einem Pool zusammen und denaturieren Sie sie. Geben Sie beim Standard- Workflow Bibliotheken in das Bibliotheksröhrchen.
  • Seite 13 NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Tabelle 1 Verfahren zum Laden von Bibliotheken Ladevolumen Verfahren zum Laden des Bibliothekspools Adressierbarkeit einzelner Lanes Workflow Modi SP/S1, S2, und für die ExAmp-Mischung und Datenanalyse S4 (µl) Standard Ein einzelner Bibliothekspool wird in das Ein einzelner Bibliothekspool wird 150, 225, 465 µl Bibliotheksröhrchen geladen, im Gerät im in alle Lanes der Fließzelle...
  • Seite 14: Gerätekomponenten

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Gerätekomponenten Das NovaSeq 6000-Sequenziersystem umfasst einen Touchscreen-Monitor, eine Statusleiste, eine Ein/Aus- Taste, neben der sich USB-Anschlüsse befinden, und drei Kammern. Abbildung 1 Externe Komponenten A Touchscreen-Monitor: Zeigt die NVCS-Oberfläche für die Systemkonfiguration sowie die Laufkonfiguration und -überwachung an. B Optikkammer: Enthält die optischen Komponenten, die die duale Oberflächenbildgebung von Fließzellen ermöglichen.
  • Seite 15 NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Abbildung 2 Fließzellentisch A Fließzellenhalter Seite A B Fließzellenhalter Seite B C Fließzellenklemme (eine von vier je Seite) D Ziel für die Justierung der Optik Die Software steuert das Öffnen und Schließen der Fließzellenkammertür. Die Tür öffnet sich automatisch, um eine Fließzelle für einen Lauf oder einen Wartungswaschlauf zu laden.
  • Seite 16 NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Flüssigkeitskammer Das Konfigurieren eines Laufs erfordert Zugang zur Flüssigkeitskammer, um Reagenzien und Puffer zu laden und die Flaschen für benutzte Reagenzien zu leeren. Die Flüssigkeitskammer, die in zwei gleiche Seiten für Fließzelle A und Fließzelle B unterteilt ist, wird von zwei Türen verschlossen. Abbildung 3 Komponenten der Flüssigkeitskammer A Kleine Flasche für benutzte Reagenzien: Enthält benutzte Reagenzien aus der Clusterkartusche.
  • Seite 17: Systemsoftware

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Systemsoftware Die Gerätesoftware-Suite umfasst integrierte Anwendungen für die Durchführung von Sequenzierungsläufen, die Geräteanalyse und zugehörige Funktionen. NovaSeq Control Software (NVCS): Die Steuerungssoftware führt Sie durch die Schritte für die Konfiguration eines Sequenzierungslaufs, steuert den Gerätebetrieb und zeigt während der Durchführung des Laufs Statistiken an.
  • Seite 18 NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Auf dem Bildschirm „Process Management“ (Prozessmanagement) werden der verfügbare Speicherplatz, der auf der CE und auf C:\ verwendete Speicherplatz sowie der Status der Läufe, die Speicherplatz verwenden, angezeigt. Die Spalten „Run Date“ (Laufdatum) und „Name“ identifizieren jeden Lauf. Die Spalten „Run Status“...
  • Seite 19 NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Multiplizieren Sie zur Berechnung des in der CE insgesamt erforderlichen Speicherplatzes den Wert unter „CE-Speicherplatz pro Zyklus“ mit der Summe der Längenwerte für Read 1, Read 2, Index 1 und Index 2 (siehe Eingeben von Laufparametern auf Seite 48). Beispielsweise sind für einen Paired-End-Lauf mit 150 Zyklen auf zwei S4-Fließzellen, bei dem beide Indizes 8 Basen lang sind, mindestens (151 * 2 + 8 * 2) * 4,3 = 1,37 TB Speicherplatz erforderlich.
  • Seite 20: Kapitel 2 Kits Und Zubehör

    NovaSeq Xp-Workflow ist zusätzlich ein NovaSeq Xp-Kit erforderlich. Diese Kits sind in den folgenden Konfigurationen verfügbar. Wählen Sie ein Kit in der für den Versuch geeigneten Größe. Illumina empfiehlt die Verwendung von 500- Zyklen-Kits nur für Läufe mit über 300 Zyklen. Eine vollständige Liste der für einen Lauf erforderlichen Materialien finden Sie unter...
  • Seite 21: Komponenten Des Reagenzien-Kits

    Sequenzierung des gesamten Genoms für eine Reihe von Spezies und Coverage-Tiefen. Auf der NovaSeq-Reagenzien-Kit-Produktseite auf der Illumina-Website sind detaillierte Spezifikationen für die einzelnen Modi bereitgestellt. Komponenten des Reagenzien-Kits Jedes NovaSeq 6000-Reagenzien-Kit enthält die folgenden Komponenten. Für jede Komponente wird RFID (Radio Frequency Identification) für die genaue Nachverfolgung von Verbrauchsmaterialien und Kompatibilität...
  • Seite 22: Bibliotheksröhrchen

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Bibliotheksröhrchen Das NovaSeq 6000-Bibliotheksröhrchen ist ein Röhrchen von 16 mm, das in Position 8 der Clusterkartusche passt. Position 8 ist zur einfachen Identifizierung mit Library Tube (Bibliotheksröhrchen) und einem orangefarbenen Kreis gekennzeichnet. Das Röhrchen verfügt über eine Schraubkappe, sodass Bibliotheken bei Bedarf gelagert werden können.
  • Seite 23: Puffer-, Cluster- Und Sbs-Kartuschen

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Abbildung 5 Fließzellen A Fließzellenkartusche B Fließzelle mit vier Lanes (S4) C Fließzelle mit zwei Lanes (SP, S1 und S2) An der Unterseite der einzelnen Fließzellen befinden sich vier Dichtungen. Bibliotheken und Reagenzien gelangen durch die Dichtungen an der Einlassseite der Fließzelle in die Fließzellen-Lanes. Benutzte Reagenzien werden durch die Dichtungen an der Auslassseite aus den Lanes entsorgt.
  • Seite 24 NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Tabelle 7 Reagenzienkartuschen Kartusche Beschreibung NovaSeq 6000-Pufferkartusche Vorgefüllt mit Sequenzierungspuffern (wiegt bis zu 6,8 kg). Ein Kunststoffgriff erleichtert das Tragen, Laden und Entladen. Vertiefungen an der oberen Platte ermöglichen das Stapeln von Kartuschen. NovaSeq 6000- Vorgefüllt mit Clusterbildungs-, Indizierungs- und Paired-End-Reagenzien sowie Clusterkartusche Waschlösung.
  • Seite 25: Komponenten Der Novaseq Xp-Kits

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Abbildung 7 Nummerierte Behälter Position Vorbehalten für 5, 6 und Optionale anwendungsspezifische Primer Bibliotheksröhrchen Weitere Informationen zu anwendungsspezifischen Primern finden Sie im NovaSeq Series Custom Primers Guide (Dokument-Nr. 1000000022266). Komponenten der NovaSeq Xp-Kits Jedes NovaSeq Xp-Kit ist zum einmaligen Gebrauch bestimmt und enthält die folgenden Komponenten. Lagern Sie die Komponenten nach dem Erhalt Ihres Kits bei der angegebenen Temperatur, um eine ordnungsgemäße Leistung sicherzustellen.
  • Seite 26: Novaseq Xp-Fließzellenstation

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem NovaSeq Xp-Manifold Das NovaSeq Xp-Manifold wird auf der NovaSeq Xp-Fließzellenstation platziert, damit Bibliothekspools direkt in einzelne Fließzellen-Lanes geladen werden können. Die Arme an beiden Seiten des NovaSeq Xp-Manifolds dienen zur einfachen Platzierung auf der Station. NovaSeq Xp-Manifolds werden passend zu Fließzellen mit zwei Lanes und vier Lanes in Varianten mit zwei Wells und vier Wells bereitgestellt.
  • Seite 27: Symbolbeschreibungen

    Beschreibung Das Datum, an dem das Verbrauchsmaterial abläuft. Um optimale Ergebnisse zu erzielen, verwenden Sie das Verbrauchsmaterial vor diesem Datum. Gibt den Hersteller an (Illumina). Die Verwendung ist ausschließlich für Forschungszwecke (Research Use Only, RUO) vorgesehen. Gibt die Artikelnummer an, damit das Verbrauchsmaterial identifiziert werden kann.¹...
  • Seite 28: Kapitel 3 Erste Schritte

    Kapitel 3 Erste Schritte Starten des Geräts Konfigurieren der Einstellungen Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien und Ausstattung Starten des Geräts Stellen Sie den Netzkippschalter auf der Rückseite des Geräts in die Position | (Ein). Abbildung 10 Position des Netzschalters Warten Sie, bis die Ein/Aus-Taste auf der rechten Seite des Geräts blau leuchtet, und drücken Sie sie dann.
  • Seite 29: Konfigurieren Der Einstellungen

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Dateien mit Anwendungsdaten werden unter C:/ProgramData gespeichert. Anwendungen werden unter C:/Program Files installiert. Die NVCS wird bei beiden Kontoarten als Vollbild-App gestartet. Anmelden am System Wurde das Betriebssystem geladen, melden Sie sich bei Windows mit Ihrem Benutzernamen und Kennwort für Ihren Standort an.
  • Seite 30: Konfigurieren Des Modus "File-Based" (Dateibasiert)

    Handbuch abweichen. Nach Aktivierung dieser Einstellung werden Leistungsdaten des Geräts an Illumina gesendet. Diese Daten helfen Illumina bei der Ermittlung und Behebung von Fehlern, was die Durchführung proaktiver Wartungsarbeiten ermöglicht und die Geräteverfügbarkeit maximiert. Weitere Informationen zu den Vorteilen dieses Dienstes finden Sie im technischen Hinweis zu Illumina Proactive (Dokument- Nr. 1000000052503).
  • Seite 31 NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Wartungsarbeiten ermöglicht und die Geräteverfügbarkeit maximiert. Weitere Informationen zu den Vorteilen dieses Dienstes finden Sie im technischen Hinweis zu Illumina Proactive (Dokument- Nr. 1000000052503). Dieser Dienst: Sendet keine Sequenzierungsdaten. Erfordert, dass das Gerät mit einem Netzwerk mit Internetzugang verbunden ist.
  • Seite 32: Konfigurieren Der Standardanzahl Der Indizierungszyklen

    Geben Sie im Textfeld Index Cycles (Indizierungszyklen) die Standardanzahl der Indizierungszyklen an. Wählen Sie Save (Speichern). NovaSeq Standard- und NovaSeq Xp-Workflow Sowohl beim NovaSeq Standard- als auch beim NovaSeq Xp-Workflow kommt Illumina-eigene ExAmp- Chemie zum Einsatz. Standard-Workflow Dokument-Nr. 1000000019358 v14 DEU Material-Nr. 20023471...
  • Seite 33: Konfigurieren Des Novaseq Xp-Workflows

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Der NovaSeq Standard-Workflow automatisiert zwei entscheidende Schritte der Illumina-eigenen ExAmp-Clusterchemie im Gerät. Vorbereitung der ExAmp-Master-Mischung Weiterleitung der Master-Mischung auf die Fließzelle Die Vorbereitung und Weiterleitung der Master-Mischung im Gerät minimiert den Aufwand für den Benutzer und erhöht die Einheitlichkeit der vorbereiteten Mischung.
  • Seite 34: Konfigurieren Von Basespace Sequence Hub

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Wählen Sie Enable Workflow Selection (Workflow-Auswahl aktivieren), um den NovaSeq Xp-Workflow zu aktivieren. [Optional] Wählen Sie NovaSeq Xp, um NovaSeq Xp als Standard-Workflow festzulegen. Wählen Sie Save (Speichern). Konfigurieren von BaseSpace Sequence Hub Gehen Sie wie nachfolgend beschrieben vor, um die Standardeinstellungen für BaseSpace Sequence Hub zu konfigurieren.
  • Seite 35: Konfigurieren Von Software-Updates

    Kombinieren von Volumina beim Verdünnen von Nr. 20170-038 (oder NaOH und der Bibliothek. vergleichbar) Analysenreine NaOCl-Lösung, 5%ig Sigma-Aldrich, Durchführen eines Wartungswaschlaufs. Katalog-Nr. 239305 NovaSeq 6000-Reagenzien-Kit Illumina, siehe Kits- Durchführen eines Sequenzierungslaufs. Überblick auf Seite Pipettenspitzen, 20 µl Allgemeiner Pipettieren zum Verdünnen und Laden von Laborlieferant Bibliotheken.
  • Seite 36: Verbrauchsmaterialien In Illumina-Kits

    Illumina, Katalog-Nr. Versetzen mit einer PhiX-Kontrolle. FC-110-3001 Verbrauchsmaterialien in Illumina-Kits Zum Sequenzieren einer Fließzelle ist ein NovaSeq 6000-Reagenzien-Kit erforderlich. Jedes Kit besteht aus mehreren Verbrauchsmaterialien, die in der folgenden Tabelle aufgelistet sind. Für einen Lauf mit zwei Fließzellen müssen zwei Kit verwendet werden.
  • Seite 37: Richtlinien Für Wasser In Laborqualität

    Laden von Bibliotheken auf die Fließzelle. Richtlinien für Wasser in Laborqualität Bei Geräteverfahren sollte immer deionisiertes Wasser bzw. Wasser in Laborqualität verwendet werden. Verwenden Sie niemals Leitungswasser. Verwenden Sie nur die folgenden oder gleichwertige Wasserarten: Deionisiertes Wasser Illumina PW1 18-Megohm(MΩ)-Wasser Milli-Q-Wasser Super-Q-Wasser Wasser in Molekularbiologie-Qualität...
  • Seite 38: Kapitel 4 Standard-Workflow: Vorbereiten Von Verbrauchsmaterialien

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Kapitel 4 Standard-Workflow: Vorbereiten von Verbrauchsmaterialien Methoden Auftauen von SBS- und Clusterkartuschen Leeren der Flaschen für benutzte Reagenzien Vorbereiten der Fließzelle Poolen und Denaturieren von Bibliotheken für die Sequenzierung Methoden Stellen Sie sicher, dass die NVCS-Version die in der folgenden Tabelle aufgeführten Software- Mindestanforderungen erfüllt, bevor Sie die Proben oder Verbrauchsmaterialien vorbereiten.
  • Seite 39: Auftauen Von Sbs- Und Clusterkartuschen

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Auftauen von SBS- und Clusterkartuschen Stellen Sie, wenn ein Sequenzierungslauf durchgeführt wird, sicher, dass beide Geräteseiten verfügbar sind, wenn die Kartuschen aufgetaut sind. Nehmen Sie die SBS- und Clusterkartuschen aus der Aufbewahrung bei -25 °C bis -15 °C. Setzen Sie die einzelnen Kartuschen jeweils in ein Drahtauftau-Rack.
  • Seite 40: Leeren Der Flaschen Für Benutzte Reagenzien

    Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Entfernen und leeren Sie die kleine Flasche für benutzte Reagenzien wie nachfolgend beschrieben.
  • Seite 41: Vorbereiten Der Fließzelle

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Abbildung 13 Zurückstellen der leeren Flasche Ziehen Sie ein neues Paar ungepuderter Handschuhe an, um zu vermeiden, dass die Oberfläche des Geräts kontaminiert wird. Schließen Sie die Pufferschublade und anschließend die Flüssigkeitskammertüren. WARNUNG Werden die Flaschen für benutzte Reagenzien nicht geleert, kann dies den Abbruch eines Laufs und das Austreten von Reagenzien zur Folge haben.
  • Seite 42: Vorbereiten Anwendungsspezifischer Primer

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Klopfen Sie die Unterseite der einzelnen Kartuschen leicht auf den Tisch, um die Anzahl von Luftblasen zu verringern. Vorbereiten anwendungsspezifischer Primer Wenn die Bibliothek anwendungsspezifische Primer erfordert, bereiten Sie diese wie im NovaSeq Series Custom Primers Guide (Dokument-Nr. 1000000022266) angegeben vor. Laden von Bibliotheksröhrchen Setzen Sie das Bibliotheksröhrchen mit dem denaturierten und verdünnten Bibliothekspool ohne Kappe in Position 8 (Library Tube [Bibliotheksröhrchen]) der Clusterkartusche, ohne dabei die Bibliothek am...
  • Seite 43: Kapitel 5 Novaseq Xp-Workflow: Vorbereiten Von Verbrauchsmaterialien

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Kapitel 5 NovaSeq Xp-Workflow: Vorbereiten von Verbrauchsmaterialien Zusammenfassung des NovaSeq Xp-Workflows Methoden Auftauen von SBS- und Clusterkartuschen Leeren der Flaschen für benutzte Reagenzien Vorbereiten der Fließzelle Auftauen von ExAmp-Reagenzien Poolen, Denaturieren und Laden von Bibliotheken für die Sequenzierung Zusammenfassung des NovaSeq Xp-Workflows Stellen Sie sicher, dass die NVCS-Version die in der folgenden Tabelle aufgeführten Software- Mindestanforderungen erfüllt, bevor Sie die Proben oder Verbrauchsmaterialien vorbereiten.
  • Seite 44: Methoden

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Stellen Sie eine frische NaOH-Verdünnung her, wie im NovaSeq 6000 Denature and Dilute Guide (Dokument-Nr. 1000000106351) angegeben. Denaturieren und Neutralisieren Sie den Bibliothekspool wie im NovaSeq 6000 Denature and Dilute Guide (Dokument-Nr. 1000000106351) angegeben. Bereiten Sie die Fließzelle und die Station vor. Bereiten Sie die ExAmp-Master-Mischung vor.
  • Seite 45: Auftauen Von Sbs- Und Clusterkartuschen

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Auftauen von SBS- und Clusterkartuschen Stellen Sie, wenn ein Sequenzierungslauf durchgeführt wird, sicher, dass beide Geräteseiten verfügbar sind, wenn die Kartuschen aufgetaut sind. Nehmen Sie die SBS- und Clusterkartuschen aus der Aufbewahrung bei -25 °C bis -15 °C. Setzen Sie die einzelnen Kartuschen jeweils in ein Drahtauftau-Rack.
  • Seite 46: Leeren Der Flaschen Für Benutzte Reagenzien

    Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Entfernen und leeren Sie die kleine Flasche für benutzte Reagenzien wie nachfolgend beschrieben.
  • Seite 47: Vorbereiten Der Fließzelle

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Abbildung 16 Zurückstellen der leeren Flasche Ziehen Sie ein neues Paar ungepuderter Handschuhe an, um zu vermeiden, dass die Oberfläche des Geräts kontaminiert wird. Schließen Sie die Pufferschublade und anschließend die Flüssigkeitskammertüren. WARNUNG Werden die Flaschen für benutzte Reagenzien nicht geleert, kann dies den Abbruch eines Laufs und das Austreten von Reagenzien zur Folge haben.
  • Seite 48: Poolen, Denaturieren Und Laden Von Bibliotheken Für Die Sequenzierung

    HINWEIS Einige Kratzer und andere kleinere kosmetische Mängel auf der Fließzelle sind normal und lassen keine Beeinträchtigung der Datenqualität erwarten. Illumina empfiehlt, solche Fließzellen wie gewohnt zu verwenden. Drehen Sie die Fließzelle um, sodass die obere Oberfläche nach unten weist.
  • Seite 49: Vorbereiten Der Examp-Master-Mischung

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Abbildung 18 Platzierung des NovaSeq Xp-Manifolds A NovaSeq Xp-Manifold mit den Wells nach oben B Arme des NovaSeq Xp-Manifold in den Aussparungen der Station 12 Schließen Sie die Sicherungsklemme, um die Fließzelle und das NovaSeq Xp-Manifold zu arretieren und die Dichtungen zu versiegeln.
  • Seite 50: Laden Von Bibliotheken Auf Die Fließzelle

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Kombinieren Sie die folgenden Volumina in der angegebenen Reihenfolge in einem geeigneten Mikrozentrifugenröhrchen. Volumen für eine Fließzelle mit zwei Volumen für eine Fließzelle mit Zugabereihenfolge Reagenz* Lanes (SP/S1/S2) (µl) vier Lanes (S4) (µl) DPX1/JPX1 DPX2/JPX2 DPX3 * Die Kappen der Röhrchen der DPX-/JPX-Reagenzien sind u. U.
  • Seite 51 NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Geben Sie mit einer 200-µl-Pipette das entsprechende Volumen ExAmp-Bibliothek-Mischung in jeden Well des NovaSeq Xp-Manifolds. Laden Sie Proben langsam, um die Bildung von Blasen zu verhindern. Stellen Sie sicher, dass Sie die Bibliothekspoolmischung in den zur vorgesehenen Lane gehörigen Well geben.
  • Seite 52 NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Vorbereiten anwendungsspezifischer Primer Wenn die Bibliothek anwendungsspezifische Primer erfordert, bereiten Sie diese wie im NovaSeq Series Custom Primers Guide (Dokument-Nr. 1000000022266) angegeben vor. Laden des leeren Bibliotheksröhrchens Entfernen Sie die Kappe des im NovaSeq 6000-Reagenzien-Kit enthaltenen Bibliotheksröhrchens. Setzen Sie das leere Bibliotheksröhrchen ohne Kappe in Position 8 (Library Tube [Bibliotheksröhrchen]) der Clusterkartusche ein.
  • Seite 53: Kapitel 6 Sequenzierung

    Lösen von Position 30 Automatische Nachwaschung Konfigurieren eines Sequenzierungslaufs Illumina empfiehlt, dass Sie angemeldet bleiben, während die NVCS ausgeführt und ein Sequenzierungslauf durchgeführt wird. Entfernen Sie alle Gegenstände von der Oberfläche des Geräts. Halten Sie die Oberfläche während des Sequenzierungslaufs frei von Gegenständen und lehnen Sie sich nicht gegen das Gerät.
  • Seite 54 Entsorgen Sie die Verpackung ordnungsgemäß. HINWEIS Einige Kratzer und andere kleinere kosmetische Mängel auf der Fließzelle sind normal und lassen keine Beeinträchtigung der Datenqualität erwarten. Illumina empfiehlt, solche Fließzellen wie gewohnt zu verwenden. [NovaSeq Xp-Workflow] Entfernen Sie die Fließzelle aus der Station wie folgt.
  • Seite 55: Laden Der Sbs- Und Clusterkartuschen

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Abbildung 23 Über den Klemmen ausgerichtete geladene Fließzellen Wählen Sie Close Flow Cell Door (Fließzellentür schließen). Die Fließzellentür wird geschlossen, die Sensoren und die RFID werden überprüft und die ID der Fließzelle wird auf dem Bildschirm angezeigt. Laden der SBS- und Clusterkartuschen HINWEIS Stellen Sie beim NovaSeq Xp-Workflow vor dem Laden der Clusterkartusche sicher, dass das...
  • Seite 56: Einsetzen Der Pufferkartusche

    Entfernen Sie die benutzte Pufferkartusche auf der rechten Seite der Pufferschublade. Die Verschlussfolien benutzter Pufferkartuschen sind durchstochen. Setzen Sie eine neue Pufferkartusche so in die Pufferschublade ein, dass die Aufschrift Illumina zur Vorderseite der Schublade zeigt. Richten Sie die Kartusche an den hervorstehenden Führungen am Schubladenboden und an den Seiten aus.
  • Seite 57: Anmelden Bei Basespace Sequence Hub

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Anmelden bei BaseSpace Sequence Hub Beim Öffnen der NVCS wird Ihre Standardarbeitsgruppe aus BaseSpace Sequence Hub als Arbeitsgruppe ausgewählt. Wenn Sie keine Standardarbeitsgruppe festgelegt haben, wird Ihre persönliche Arbeitsgruppe ausgewählt. [Optional] Aktualisieren Sie die Einstellungen von BaseSpace Sequence Hub für den aktuellen Lauf: Um BaseSpace Sequence Hub zu deaktivieren, deaktivieren Sie das Kontrollkästchen für BaseSpace Sequence Hub und wählen Sie dann Run Setup (Laufkonfiguration), um ohne Anmeldung fortzufahren.
  • Seite 58 Custom Primers (Anwendungsspezifische Primer der Version 1.0): Aktivieren Sie das Kontrollkästchen Custom Primers (Anwendungsspezifische Primer) und anschließend die entsprechenden Kontrollkästchen. Bei Verwendung von Kits der Version 1.0 sind für Illumina DNA PCR-Free Prep, Tagmentation-Bibliotheken anwendungsspezifische Read 1-Sequenzierungs-Primer (VP10) erforderlich. Ausführliche Informationen finden Sie im NovaSeq Series Custom Primers Guide (Dokument-Nr. 1000000022266).
  • Seite 59: Prüfen Der Laufparameter

    (Anwendungsspezifische Rezeptur) und anschließend Browse (Durchsuchen), um für diesen Lauf eine anwendungsspezifische Rezeptur im XML-Format zu verwenden. Anwendungsspezifische Rezepturen für Version 1.0 sind nicht mit Version 1.5 kompatibel. Weitere Informationen erhalten Sie vom technischen Support von Illumina. HINWEIS Die Änderung der Clusterbildungsschritte in anwendungsspezifischen Rezepturen wird nicht unterstützt.
  • Seite 60: Überwachen Des Lauffortschritts

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Überwachen des Lauffortschritts Sie können den Lauffortschritt, Intensitäten und Qualitäts-Scores überwachen, während auf dem Bildschirm Kennzahlen aufgeführt werden. Weitere Informationen zu Laufkennzahlen finden Sie unter Real-Time Analysis auf Seite Abbildung 26 Fortschritt und Kennzahlen eines Sequenzierungslaufs A Laufdauer: Das Datum und die Uhrzeit (JJJJ-MM-TT hh:mm) des Laufendes.
  • Seite 61: Gestaffelter Start Von Läufen

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Verarbeitungsstatus Der Bildschirm „Process Management“ (Prozessmanagement) zeigt den Status der einzelnen Läufe an. Wählen Sie im Hauptmenü die Option Process Management (Prozessmanagement). Unter „Process Management“ (Prozessmanagement) wird für jeden Laufnamen der Status der folgenden Prozesse aufgelistet: Run Status (Laufstatus): basiert auf der Verarbeitung der CBCL-Dateien.
  • Seite 62: Löschen Des Laufs

    Drücken Sie (mit Handschuhen) die weiße, mit Detach after use (Lösen nach Gebrauch) gekennzeichnete Kunststoffzunge nach rechts. Halten Sie eine Hand oder einen stabilen flachen Gegenstand unter den Behälter und drücken Sie die durchsichtige Kunststoffzunge in Richtung der Aufschrift „Illumina“, um den Behälter unterhalb der Clusterkartusche zu entfernen. HINWEIS Stapeln Sie die Clusterkartuschen bei der Aufbewahrung nicht.
  • Seite 63: Automatische Nachwaschung

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Abbildung 27 Entfernbare Position 30 A Weiße Kunststoffzunge zum Lösen B Durchsichtige Kunststoffzunge zum Entfernen Entsorgen Sie den Behälter gemäß den geltenden Sicherheitsvorschriften. Automatische Nachwaschung Nach Abschluss der Sequenzierung beginnt die Software eine automatische Nachwaschung, die etwa 80 Minuten dauert.
  • Seite 64: Kapitel 7 Wartung

    Software-Updates Präventive Wartung Illumina empfiehlt, jährlich eine präventive Wartung durchführen zu lassen. Wenn Sie keinen Servicevertrag abgeschlossen haben, wenden Sie sich an den für Ihre Region zuständigen Kundenbetreuer oder an den technischen Support von Illumina, um einen Termin für eine kostenpflichtige präventive Wartung zu vereinbaren.
  • Seite 65: Vorbereiten Der Waschlösung

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Vorbereiten der Waschlösung Geben Sie 400 ml Wasser in Laborqualität in eine Zentrifugenflasche mit einer Kapazität von 500 ml. Geben Sie 0,2 ml 100%iges Tween 20 hinzu, um mindestens 400 ml Tween 20-Waschlösung mit einer Konzentration von 0,05 % zu erhalten. Die Verwendung einer frisch vorbereiteten Tween 20-Verdünnung minimiert das Eindringen biologischer Verunreinigungen in das Fluidiksystem.
  • Seite 66: Laden Der Waschlauffließzelle

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Abbildung 30 Position für 0,25-%-NaOCl Laden der Waschlauffließzelle Entfernen Sie alle Gegenstände von der Oberfläche des Geräts. Halten Sie die Oberfläche während des Wartungswaschlaufs frei von Gegenständen und lehnen Sie sich nicht gegen das Gerät. Druck auf die Fließzellentür führt u. U. dazu, dass sich diese öffnet, wodurch der Waschlauf angehalten wird.
  • Seite 67: Laden Der Waschlaufkartuschen

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Laden der Waschlaufkartuschen Für einen Wartungswaschlauf sind Waschlaufkartuschen erforderlich. Verwenden Sie die benutzten SBS- und Clusterkartuschen nicht. Öffnen Sie die Flüssigkeitskammertüren und dann die Reagenzienkühlertür. Entfernen Sie die benutzten SBS- und Clusterreagenzienkartuschen. Entsorgen Sie die nicht verbrauchten Inhalte gemäß...
  • Seite 68: Software-Updates

    Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Entfernen Sie die kleine Flasche für benutzte Reagenzien und entsorgen Sie den Inhalt gemäß den geltenden Vorschriften.
  • Seite 69 Gehen Sie gemäß den Anweisungen des Installationsprogramms vor, um die Installation abzuschließen. Sollten während des Downloads oder der Installation Fehler auftreten, wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. Dokument-Nr. 1000000019358 v14 DEU Material-Nr. 20023471 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
  • Seite 70: Anhang A Fehlerbehebung

    Wenden Sie sich hinsichtlich Problemen mit der Laufqualität oder der Leistung an den technischen Support von Illumina. Siehe Technische Unterstützung auf Seite 81. Es wird empfohlen, einen Link zur Lauf- Zusammenfassung in BaseSpace Sequence Hub für den technischen Support von Illumina freizugeben, um die Fehlerbehebung zu erleichtern. Dateien für die Fehlerbehebung Schlüsseldatei...
  • Seite 71: Auffangschale

    Leeren Sie die Flaschen für benutzte Reagenzien bei jedem Lauf. Läufe werden angehalten, wenn eine der Flaschen für benutzte Reagenzien voll ist. Das Überlaufen einer der Flaschen für benutzte Reagenzien hat eine Beschädigung des Geräts zur Folge, erfordert einen Besuch vor Ort durch einen Mitarbeiter von Illumina und stellt ein Sicherheitsrisiko dar.
  • Seite 72: Lauffehler Vor Clustering

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina, wenn das N/A-Symbol nach Ausführen der Fehlerbehebungsaktion weiterhin angezeigt wird. Siehe Technische Unterstützung auf Seite Lauffehler vor Clustering Wenn die Software vor Starten der Clusterbildung für den Lauf einen Fehler ausgibt, können Sie die Reagenzienkartuschen, das Bibliotheksröhrchen (einschließlich der Probe) und, bei sofortiger...
  • Seite 73: Beenden Eines Laufs

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Konfigurieren Sie einen neuen Lauf oder einen Wartungswaschlauf, um die Verbrauchsmaterialien aus dem Gerät zu entfernen. Entfernen Sie bei Aufforderung die folgenden Verbrauchsmaterialien und lagern Sie sie ein: Verschließen Sie das Bibliotheksröhrchen mit der Kappe. Es kann bei -25 °C bis -15 °C für bis zu drei Wochen gelagert werden.
  • Seite 74 NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem VORSICHT Bewegen Sie das Gerät nicht an einen anderen Standort. Unsachgemäßes Bewegen kann die Justierung der Optik und die Datenintegrität beeinträchtigen. Wenden Sie sich an Ihren Illumina- Ansprechpartner für Hilfe bei der Standortverlegung. Dokument-Nr. 1000000019358 v14 DEU Material-Nr. 20023471...
  • Seite 75: Anhang B Real-Time Analysis

    Konvertierungssoftware erforderlich. Die neueste Version von bcl2fastq2 finden Sie auf der bcl2fastq- Downloadseite auf der Illumina-Website. RTA3 stellt Echtzeitkennzahlen zur Laufqualität in Form von InterOp-Dateien zur Verfügung. InterOp-Dateien sind Binärdateien mit Kennzahlen zu Platten, Zyklen und zur Read-Ebene. Sie werden benötigt, um Echtzeitmetriken in Sequencing Analysis Viewer ansehen zu können.
  • Seite 76: Fließzellenplatten

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem info_00000.log enthält eine Zusammenfassung wichtiger Laufereignisse. error_00000.log protokolliert während des Laufs aufgetretene Fehler. warning_00000.log protokolliert während des Laufs aufgetretene Warnungen. Fließzellenplatten Platten sind kleine Bildgebungsbereiche auf der Fließzelle. Die Kamera nimmt ein Bild von jedem Bildstreifen auf, das die Software dann in Platten für die Verarbeitung mit RTA3 unterteilt.
  • Seite 77: Real-Time Analysis-Workflow

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Real-Time Analysis-Workflow Registrierung Zeichnet die Position jedes Clusters auf der strukturierten Fließzelle auf. Intensitätsextraktion Bestimmt einen Intensitätswert für jeden Cluster. Korrektur der Phasierung Korrigiert die Auswirkungen der Phasierung und Vorphasierung. Base-Calling Legt für jeden Cluster einen Base-Call fest. Qualitätsbewertung Weist jedem Base-Call einen Qualitäts-Score zu.
  • Seite 78: Cluster Nach Filterung

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Base-Calling Beim Base-Calling wird eine Base (A, C, G oder T) für jeden Cluster einer bestimmten Platte eines bestimmten Zyklus festgelegt. Das NovaSeq 6000-Sequenziersystem verwendet die Zweikanal- Sequenzierung, die nur zwei Bilder benötigt, um die Daten für vier DNA-Basen zu codieren: ein Bild aus dem roten Kanal und ein Bild aus dem grünen Kanal.
  • Seite 79: Qualitätsbewertung Und Berichterstellung

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Der Q-Score gibt kleine Fehlerwahrscheinlichkeiten kurz und bündig an. Qualitäts-Scores werden als Q(X) dargestellt, wobei X der Score-Wert ist. Die folgende Tabelle zeigt die Beziehung zwischen einem Qualitäts- Score und der Fehlerwahrscheinlichkeit. Q-Score Q(X) Fehlerwahrscheinlichkeit 0,0001 (1 von 10.000) 0,001 (1 von 1.000) 0,01 (1 von 100) 0,1 (1 von 10)
  • Seite 80: Anhang C Ausgabeordner Und -Dateien

    Anhang C Ausgabeordner und -dateien Ordnerstruktur der Sequenzierungsausgabe Sequenzierungsausgabedateien Ordnerstruktur der Sequenzierungsausgabe Die NVCS generiert den Namen des Ausgabeordners automatisch. Config: Enthält Konfigurationsdateien für den Lauf. Logs: Enthält Protokolldateien, die Betriebsschritte, Geräteanalysen und RTA3-Ereignisse beschreiben. Data Intensities BaseCalls L00[X]: Base-Call-Dateien (*.cbcl), zusammengefasst in einer Datei je Lane, Oberfläche und Zyklus.
  • Seite 81: Sequenzierungsausgabedateien

    NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Sequenzierungsausgabedateien Dateityp Dateibeschreibung, Speicherort und Name Base-Call-Dateien Jeder analysierte Cluster wird in eine Base-Call-Datei aufgenommen, zusammengefasst in einer Datei je Zyklus, Lane und Oberfläche. Die zusammengefasste Datei enthält den Base-Call und den codierten Qualitäts-Score für jeden Cluster. Die Base-Call-Dateien werden von BaseSpace Sequence Hub oder bcl2fastq2 verwendet.
  • Seite 82: Anhang D Windows-Sicherheit

    Planung leitet. VORSICHT Da diese Konfigurationen sich auf die Systemleistung auswirken und die Sicherheit beeinträchtigen können, wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina, wenn unklar ist, ob eine Einstellung geändert werden muss, oder wenn die Auswirkung unbekannt ist. Kennwortanforderungen In der folgenden Tabelle sind die erforderlichen Kennwortrichtlinien für den Steuerungscomputer dargestellt.
  • Seite 83: Enhanced Mitigation Experience Toolkit

    Das Deaktivieren der Richtlinie für Softwareeinschränkung verhindert den Schutz, den sie bietet. Das Ändern der Regeln überschreibt die Standardschutzvorkehrungen. Zulässige SRP-Regeln Auf dem NovaSeq 6000-Sequenziersystem lässt SRP standardmäßig die folgenden Regeln zu: Zertifikate DigitalSystems Illumina, Inc. NovaSeq Ausführbare Dateien Portmon.exe Procmon.exe Procmon64.exe Tcpview.exe...
  • Seite 84: Hinzufügen Und Entfernen Von Srp-Regeln

    Wenn Sie SRP deaktivieren, werden die Standardschutzeinstellungen überschrieben. Melden Sie sich beim Betriebssystem an. Deaktivieren Sie SRP wie folgt: Navigieren Sie zum Verzeichnis C:\Illumina\Security. b Doppelklicken Sie auf Disable.reg. Wählen Sie Yes (Ja), um die Änderungen zu bestätigen. Auf der Touchscreen-Benutzeroberfläche entspricht das Antippen und Halten für ca. zwei Sekunden einem Rechtsklick.
  • Seite 85 Schließen Sie das Dialogfeld „Local Security Policy“ (Lokale Sicherheitsrichtlinie). Aktivieren Sie SRP unmittelbar erneut: Navigieren Sie zum Verzeichnis C:\Illumina\Security. b Doppelklicken Sie auf Enable.reg. 10 Wenn Sie die SRP-Regeln zum ersten Mal geändert haben, melden Sie sich ab und anschließend wieder an, damit die Regeln wirksam werden.
  • Seite 86: Index

    Index Blinkende Symbole 8 %PF 69 CBCL-Dateien 2, 52, 69 CE 8, 66 Administratorkonto 75 Certificate Trust 74 Aktivitäten nach dem Lauf 54 Chargencode 18 Alignment-Fehler 61 Chargennummern 18 Amplifikation 2 Cluster nach Filterung 51 Analyse 25 Clusterintensitäten 68 Analyseeinstellungen 20 Clusterkartusche 13 Analysemethoden 2 Clusterpositionen 66, 72...
  • Seite 87 NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem ExAmp-Master-Mischung 2, 41 Hostingstandorte 25 ExAmp-Reagenzien 13, 40 Auftauen 38 Lagerung 16 Mischmethoden 3 Index-Reads 48 Intensitätswerte 68 InterOp-Dateien 8, 61, 66, 72 FASTQ-Konvertierung 25, 66 Fehler 8, 61 Wahrscheinlichkeit 69-70 JPX-Reagenz, Lagerung 16 Fehlerprotokolle 66 Festplatte 8, 20-21, 53 Filterdateien 66, 72 Filtern von Clustern 69...
  • Seite 88 NovaSeq 6000 Handbuch zum Sequenziersystem Laufmodi 20 Probenblätter 25, 48 Laufparameter, LIMS 22 Probenblattformat 25 Laufzeit 51 Probenverfolgung 15 Lichtleiste 5, 64 Probleme mit Flüssigkeiten 62 Lieferanten 26 Protokolldateien 61, 66 LIMS 1, 20 Prozessmanagement 52 LIMS-Konfiguration 21 Pufferkammer 47 Pufferkartusche 47, 58 Matrizenbildung 68 Miniaturbilder 72 Q-Scores 51, 69-70...
  • Seite 89 Technische Unterstützung 81 Zugabe-Wells 17 Tween 20 56 Zustandsdaten 20-21 Zweikanal-Sequenzierung 2, 69 Zyklusnummern 51 Überlauf 31, 37, 62 Überwachungsdienst Illumina Proactive 21 Undichtigkeiten 62 Universal Copy Service 8, 52 USB-Anschlüsse 5 Verbrauchsmaterialien entladen 54, 59 Entladen 53 Verpackung 18 Wartungswaschläufe 55...
  • Seite 90: Technische Unterstützung

    +34 800300143 Südkorea +82 80 234 5300 Taiwan, China 00806651752 Andere Länder +44.1799.534000 Sicherheitsdatenblätter (SDS, Safety Data Sheets) sind auf der Illumina-Website unter support.illumina.com/sds.html verfügbar. Die Produktdokumentation steht unter support.illumina.com zum Herunterladen zur Verfügung. Dokument-Nr. 1000000019358 v14 DEU Material-Nr. 20023471 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
  • Seite 91: Dokument-Nr. 1000000019358 V14 Deu Material-Nr. 20023471

    Dokument-Nr. 1000000019358 v14 DEU Material-Nr. 20023471 Illumina 5200 Illumina Way San Diego, Kalifornien 92122, USA +1.800.809.ILMN (4566) +1.858.202.4566 (außerhalb von Nordamerika) techsupport@illumina.com www.illumina.com Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. © 2020 Illumina, Inc. Alle Rechte vorbehalten.

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