Überwachen Des Laufs - illumina MiSeq Handbuch

Überwachen des Laufs
1 Während des Laufs werden der Lauffortschritt, Intensitäten und Qualitäts-Scores im
Sequenzierungsbildschirm angezeigt. Im Sequenzierungsbildschirm können keine
Eingaben vorgenommen werden.
Um den Lauf detaillierter zu überwachen, können Sie den Sequenzierungsanalyse-
Viewer (SAV) auf einem anderen, vom Gerätecomputer unabhängigen Computer
installieren und verwenden. Dazu ist eine Netzwerkverbindung erforderlich.
Wenn Sie mit BaseSpace verbunden sind, können Sie den Lauf alternativ über SAV in
BaseSpace überwachen.
} Run Progress (Lauffortschritt): Zeigt den Lauffortschritt in einer Statusleiste an und
listet die Anzahl der abgeschlossenen Zyklen auf.
}
Intensity (Intensität): Zeigt den Wert der Clusterintensitäten von 90 % der Daten für
jede Platte an.
Die Grafik im Bereich „Intensity" (Intensität) stellt die Anzahl der aufgenommenen
Platten und Oberflächen dar:
} Wenn nur die obere Oberfläche der Fließzelle aufgenommen wird, wird eine Grafik
mit einer Spalte angezeigt.
} Wenn die obere und die untere Oberfläche der Fließzelle aufgenommen werden, wird
eine Grafik mit zwei Spalten angezeigt.
A Zeigt zwei Platten an, nur obere Oberfläche
B Zeigt vier Platten an, obere und untere Oberfläche
}
Q-Score All Cycles (Q-Score aller Zyklen): Zeigt den durchschnittlichen Prozentsatz
der Basen an, deren Qualitäts-Score größer als Q30 ist. Ein Qualitäts-Score (Q-Score)
ist eine Prognose über die Wahrscheinlichkeit eines falschen Base-Calls. Q-Scores
werden nach Zyklus 25 berechnet.
Q-Score
Q40
Q30
Q20
Q10
}
Cluster Density (K/mm²) (Clusterdichte): Zeigt die Anzahl an Clustern pro
Quadratmillimeter für den Lauf.
}
Clusters Passing Filter (%) (Cluster nach Filterung): Zeigt den Prozentsatz der
Cluster an, die den Filter passieren, basierend auf dem Illumina-Reinheitsfilter,
der die Qualität misst. Diese Daten werden erst nach Zyklus 25 angezeigt.
MiSeq-Systemhandbuch
Wahrscheinlichkeit eines falschen Base-Calls
1 aus 10.000
1 aus 1.000
1 aus 100
1 aus 10
HINWEIS
Die Reinheit eines Base-Calls ist das Verhältnis der Intensität des größten Signals
dividiert durch die Summe der zwei größten Signale. Reads passieren den Qualitätsfilter
nicht, wenn es mehr als einen Base-Call mit einem Reinheitswert von weniger als 0,6 in
den ersten 25 Zyklen gibt.
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