Verwandte Anleitungen für illumina MiSeq
Inhaltszusammenfassung für illumina MiSeq
- Seite 1 MiSeq- Systemhandbuch Dokument-Nr. 15027617 v04 DEU Material-Nr. 20024228 ILLUMINA – EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT Juli 2018 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
- Seite 2 Produkts (der hier beschriebenen Produkte) und für keinen anderen Bestimmungszweck ausgelegt. Dieses Handbuch und dessen Inhalt dürfen ohne schriftliches Einverständnis von Illumina nicht verwendet und zu keinem anderen Zweck verteilt bzw. anderweitig übermittelt, offengelegt oder auf irgendeine Weise reproduziert werden. Illumina überträgt mit diesem Dokument keine Lizenzen unter seinem Patent, Markenzeichen, Urheberrecht oder bürgerlichen...
- Seite 3 Dokument-Nr. 15027617 v04 2018 Sequenzierungsmodi „Local Run Manager“, „Sample Sheets“ (Probenblätter) und „Manual“ (Manuell) wurden aufgenommen. Die Verweise auf MiSeq Reporter wurden durch Verweise auf Local Run Manager ersetzt. Das Beheben von unzulässigen Temperaturbereichen des Reagenzienkühlers wurde in den Anhang „Fehlerbehebung“ aufgenommen.
- Seite 4 MiSeq-Systemhandbuch Dokument-Nr. Datum Beschreibung der Änderung Material-Nr. 20000262 September Der Name des Handbuchs wurde von „MiSeq-System Dokument-Nr. 15027617 v01 2015 Benutzerhandbuch“ in „MiSeq-Systemhandbuch“ geändert. Neu in MCS v2.6: Informationen über BaseSpace Onsite wurden aufgenommen. Die Informationen des Handbuchs wurden neu angeordnet, damit Aufgaben anstatt Bildschirme im Mittelpunkt stehen.
- Seite 5 Informationen zum VeriSeq PGS-Workflow wurden hinzugefügt. Informationen zu den Laufkennzahlen für Clusterbildung und Dichte wurden aktualisiert. Informationen zur Virenschutz-Software wurden gelöscht. Siehe Handbuch zur Standortvorbereitung für das MiSeq- System . Teile-Nr. 15027617 Rev. M Januar Aktualisiert, um Änderungen, die in MCS v2.4 eingeführt 2014 wurden, zu berücksichtigen:...
- Seite 6 Informationen über die FASTQ-Dateigenerierung, Formate der Manifestdatei, Analyse-Workflow-Details und Probenblattdetails wurden entfernt. Weitere Informationen zu diesen Themen finden Sie im Benutzerhandbuch zu MiSeq Reporter , Teile-Nr. 15028784, oder in der MiSeq- Probenblatt Kurzanleitung , Teile-Nr. 15028392. Anweisungen zur Vorbereitung von anwendungsspezifischen Primern entfernt. Weitere...
- Seite 7 • Es wurde vermerkt, dass das Verfahren zum Denaturieren und Verdünnen von Bibliotheken, Vorbereiten der Bibliotheken , nicht für Nextera XT-Bibliotheken und TruSeq Amplikon-Bibliotheken gilt. • Name des Upgrades wurde von MiSeq-Erweiterungs- Pack in MiSeq-Hardware-Upgrade geändert • MiSeq Reporter Benutzerhandbuch wurde zur Liste „Weitere Ressourcen“ hinzugefügt.
- Seite 8 Benutzeroberfläche und Änderungen am Workflow zu beschreiben • Katalognummer und Beschreibung des MiSeq- Reagenzien-Kits v2, 500 Zyklen • Abschnitt „Versionskompatibilität und Anforderungen“ • Beschreibung des MiSeq-Erweiterungs-Packs, das für die Fließzellenbildgebung von zwei Oberflächen in 14 Platten erforderlich ist • Beschreibung der Fließzellen-Plattennummerierung mit zwei Oberflächen •...
- Seite 9 • Analysedauer – Hinzugefügt, wann die Analysedauer mehr als zwei Stunden beträgt • Eingabeanforderungen der Analyse – Manifestdateien für TruSeq Custom Amplicon-Bibliotheken als erforderlich aufgelistet • Größe des HT1-Röhrchens unter „Inhalt des MiSeq- Reagenzien-Kits“ korrigiert • iCom-Referenzen in MyIllumina geändert Teile-Nr. 15027617 Rev. A September...
- Seite 10 MiSeq-Systemhandbuch Dokument-Nr. 15027617 v04 DEU Material-Nr. 20024228 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Seite 11: Inhaltsverzeichnis
Einleitung Weitere Ressourcen Komponenten MiSeq-Konzepte Systemsoftware Sekundäranalyseoptionen Sequenzierungsanalyse-Viewer Erforderlicher Speicherplatz MiSeq-Reagenzien-Kit – Überblick Kapitel 2 Erste Schritte Starten des MiSeq Anpassen der Systemeinstellungen Konfigurieren von Benachrichtigungen zu BaseSpace-Updates Festlegen von E-Mail-Voreinstellungen Festlegen der Standardspeicherorte der Ordner Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien... - Seite 12 MiSeq-Systemhandbuch Anhang A Fehlerbehebung Einleitung Bundle Logs (Protokollbündel) für die Fehlerbehebung Durchführen einer Systemprüfung Unterbrechen oder Stoppen eines Laufs Manuelles Anheben der Sipper einer Reagenzienkartusche Beheben von Laufkonfigurationsfehlern Beheben von RFID-Lesefehlern Durchführen eines Volumentests Messen erwarteter Volumina während des Waschlaufs Beheben von Temperaturfehlern des Reagenzienkühlers...
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Seite 13: Kapitel 1 Überblick
MiSeq -System verbindet die bewährte SBS-Technologie (Sequencing By Synthesis, Sequenzierung durch Synthese) und einen revolutionären Workflow, mit dem die analysierten DNA-Daten in nur acht Stunden vorliegen. Das MiSeq-System vereint Clusterbildung, Sequenzierung und Datenanalyse in einem einzigen Gerät. Merkmale Volle Automatisierung: Nach der Konfiguration Ihres Laufs, die das Laden der vorgefüllten Reagenzienkartusche, der Pufferflasche und der Fließzelle umfasst, sind keine weiteren manuellen... -
Seite 14: Komponenten
BaseSpace Onsite Systemhandbuch Enthält Anweisungen für die Verwendung des BaseSpace Onsite-Systems. (Dokument-Nr. 15049148) Komponenten Das MiSeq umfasst einen Touchscreen-Monitor, eine Statusleiste, eine Ein/Aus-Taste, neben der sich USB- Anschlüsse befinden, und drei Kammern. Dokument-Nr. 15027617 v04 DEU Material-Nr. 20024228 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. -
Seite 15: Fließzellenkammer
F Reagenzienkammer: Enthält Reagenzien bei geeigneten Temperaturen, Waschlösungen und eine Flasche für verbrauchte Reagenzien. Ein Magnetverschluss sichert die Tür der Reagenzienkammer. Die MiSeq-Benutzeroberfläche führt Sie durch die Schritte zur Laufkonfiguration über den Touchscreen- Monitor. Zum Laden der Laufkomponenten müssen Sie auf die Reagenzienkammer und die Fließzellenkammer zugreifen können. -
Seite 16: Miseq-Konzepte
B Sipper-Griff (in angehobener Position dargestellt) C PR2-Flasche D Abfallflasche E Reagenzienkartusche MiSeq-Konzepte Folgende Konzepte und Begriffe betreffen die Laufkonfigurationsschritte im MiSeq. Konzept Beschreibung Analyse-Workflow Local Run Manager führt ein Sekundäranalyseverfahren durch. Der Analyse-Workflow für jeden Lauf wird im Probenblatt oder vom ausgewählten Modul angegeben. -
Seite 17: Systemsoftware
Die Gerätesoftware-Suite umfasst integrierte Anwendungen für die Durchführung von Sequenzierungsläufen, die Geräteanalyse und zugehörige Funktionen. MiSeq Control Software (MCS): Steuert den Betrieb des Geräts. Die Benutzeroberfläche der MiSeq Control Software (MCS) führt Sie durch die Schritte zum Laden der Fließzelle und der Reagenzien vor Beginn eines Laufs. -
Seite 18: Statussymbole
MiSeq-Systemhandbuch Statussymbole Ein Statussymbol in der Steuerungssoftware informiert Sie über Änderungen der Bedingungen während der Laufkonfiguration bzw. während des Laufs. Eine Zahl auf dem Symbol zeigt die Anzahl der Zustände für einen Status an. Ändert sich der Laufstatus, blinkt das Symbol, um Sie zu warnen. Wählen Sie das Symbol, um eine Beschreibung der Zustände anzuzeigen. -
Seite 19: Sekundäranalyseoptionen
Laufdaten lokal zu speichern. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Anpassen der Systemeinstellungen auf Seite 13. Wenn Sie den Sequenzierungslauf starten, ändert sich das Symbol, um anzugeben, dass das MiSeq mit BaseSpace bzw. BaseSpace Onsite verbunden ist und Datendateien an den angegebenen Speicherort übertragen werden. Abbildung 5 Symbol „Verbunden mit BaseSpace“... -
Seite 20: Sequenzierung Während Der Analyse
Sequenzierungsanalyse-Viewer Mit dem Sequenzierungsanalyse-Viewer (SAV) von Illumina können Sie Ihren Lauf detaillierter überwachen, ohne den Lauf zu stören. Das MiSeq-System muss an das Netzwerk angeschlossen sein, um die primären Analyseergebnisse im SAV anzeigen zu können. Dokument-Nr. 15027617 v04 DEU Material-Nr. 20024228... -
Seite 21: Erforderlicher Speicherplatz
Der SAV ermöglicht Ihnen, Kennzahlen während eines Laufs, wenn sie generiert werden, sowie später nach Abschluss eines Laufs zu prüfen. Installieren Sie den SAV auf einem vom MiSeq unabhängigen Computer mit Zugriff auf dasselbe Netzwerk, mit dem das Gerät verbunden ist. Wechseln Sie nach dem Start der Software zum Ausgabeordner Ihres Laufs. -
Seite 22: Farbe Des Fließzellenverschlusses
Nano-Fließzelle Gelb Reagenzienkartusche – Überblick Die MiSeq-Reagenzienkartusche ist für den einmaligen Gebrauch vorgesehen. Sie besteht aus folienversiegelten Behältern, die mit einer für die Sequenzierung einer Fließzelle ausreichenden Menge an Clusterbildungs- und Sequenzierungsreagenzien vorbefüllt sind. Jeder Behälter der Kartusche ist nummeriert. Probenbibliotheken werden in Position 17, die mit Load Samples (Proben laden) beschriftet ist, in die Kartusche geladen. - Seite 23 Für den anwendungsspezifischen Read 2-Primer reserviert [Optional] HINWEIS Weitere Informationen zur Verwendung von anwendungsspezifischen Primern auf der MiSeq- Reagenzienkartusche finden Sie im Handbuch für anwendungsspezifische Primer für das MiSeq (Dokument-Nr. 15041638) . Dokument-Nr. 15027617 v04 DEU Material-Nr. 20024228 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
- Seite 24 MiSeq-Systemhandbuch Dokument-Nr. 15027617 v04 DEU Material-Nr. 20024228 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Seite 25: Kapitel 2 Erste Schritte
Warten Sie, bis das System geladen ist, und melden Sie sich dann beim Betriebssystem an. Fragen Sie, falls erforderlich, den Administrator Ihres Unternehmens nach dem Benutzernamen und dem Kennwort. Wenn das Betriebssystem geladen ist, wird die MiSeq Control Software (MCS) gestartet. Sie beginnt automatisch mit der Initialisierung des Systems. -
Seite 26: Konfigurieren Von Benachrichtigungen Zu Basespace-Updates
Wählen Sie Automatically check for new software updates on BaseSpace (Automatisch nach neuen Software-Updates auf BaseSpace suchen). Festlegen von E-Mail-Voreinstellungen Das MiSeq-Gerät kann so konfiguriert werden, dass es eine E-Mail-Benachrichtigung sendet, wenn die RTA- Analyse oder die Sekundäranalyse im Gerät abgeschlossen ist oder wenn in der MiSeq-Software ein kritischer Fehler auftritt. -
Seite 27: Festlegen Der Standardspeicherorte Der Ordner
MiSeq-Systemhandbuch Notify via email when (Per E-Mail benachrichtigen, wenn): Aktivieren Sie die Kontrollkästchen der Laufereignisse, für die eine Benachrichtigung gesendet werden soll. Festlegen der Standardspeicherorte der Ordner Ordner können sich in einem lokalen Netzwerk oder auf dem Gerätecomputer befinden. Wählen Sie im Startbildschirm Run Options (Laufoptionen). -
Seite 28: Richtlinien Für Wasser In Laborqualität
MiSeq-Systemhandbuch Verbrauchsmaterial Anbieter Zweck NaOCl, 5 % Sigma-Aldrich, Waschen der Matrizenleitung zur Verwendung mit dem VeriSeq Katalog-Nr. 239305* PGS-Workflow (optional für andere Workflows) Tween 20 Sigma-Aldrich, Gerätewaschlauf Katalog-Nr. P7949 Pinzette, viereckige McMaster-Carr, Entfernen der Fließzelle aus dem Versandbehälter Spitze, Kunststoff Katalog- (optional) Nr. 7003A22* Wasser, Laborqualität Allgemeiner Gerätewaschlauf... -
Seite 29: Kapitel 3 Sequenzierung
Überwachen des Laufs Durchführen eines Nachwaschlaufs Einleitung Um einen Sequenzierungslauf auf dem MiSeq auszuführen, befolgen Sie die in diesem Kapitel beschriebenen Schritte zur Laufkonfiguration. Es stehen drei Optionen für die Laufkonfiguration zur Verfügung: Local Run Manager: Wählen Sie einen Lauf aus, der mit Local Run Manager vorbereitet wurde. -
Seite 30: Anzahl Der Zyklen In Einem Read
MiSeq-Systemhandbuch Anzahl der Zyklen in einem Read Bei einem Sequenzierungslauf ist die Anzahl der in einem Read ausgeführten Zyklen um einen Zyklus höher als die Anzahl der analysierten Zyklen. Der zusätzliche Zyklus ist für Phasierungs- und Vorphasierungsberechnungen erforderlich. Beispiel: Bei einem Paired-End-Lauf mit 300 Zyklen werden zwei Reads zu je 301 Zyklen (2 x 301) durchgeführt, sodass sich eine Gesamtanzahl von 602 Zyklen ergibt. -
Seite 31: Miseq-Workflow
Bereiten Sie die vorgefüllte Reagenzienkartusche für die Verwendung vor. Denaturieren und Verdünnen von Bibliotheken (gilt nicht für alle Bibliothekstypen). Siehe Bibliotheken für die Sequenzierung auf dem MiSeq vorbereiten (Dokument-Nr. 15039740) . Laden Sie Ihren Bibliothekenmix im dafür vorgesehenen Behälter in die Reagenzienkartusche. -
Seite 32: Clusterbildung
Wasserlinie hinausreichen, die auf der Reagenzienkartusche aufgedruckt ist. Abbildung 10 Maximale Wasserlinie Lassen Sie die Reagenzienkartusche im raumtemperierten Wasserbad vollständig auftauen. MiSeq v3-Kartuschen: ca. 60–90 Minuten. MiSeq v2-Kartuschen: ca. 60 Minuten. Nehmen Sie die Kartusche aus dem Wasserbad und klopfen Sie sie vorsichtig auf der Arbeitsfläche ab, um das Wasser von der Basis der Kartusche zu entfernen. -
Seite 33: Überprüfen Der Reagenzienkartusche
HINWEIS Die MiSeq-Sipper-Röhrchen reichen bis zum Boden der einzelnen Behälter, um die Reagenzien zu aspirieren. Deshalb ist es wichtig, dass sich keine Luftblasen in den Behältern befinden. Lagern Sie die Reagenzienkartusche bis zu sechs Stunden auf Eis oder lagern Sie sie bei 2 °C bis 8 °C, bis Sie den Lauf konfigurieren können. -
Seite 34: Konfigurieren Eines Laufs Mit Mcs
Geben Sie mit der Pipette 600 µl der vorbereiteten Bibliotheken in den Behälter Load Samples (Proben laden). Achten Sie darauf, die Verschlussfolie nicht zu berühren. Abbildung 11 Laden der Bibliotheken Fahren Sie mit den Schritten zum Konfigurieren des Laufs über die Benutzeroberfläche der MiSeq Control Software (MCS) fort. Konfigurieren eines Laufs mit MCS Wählen Sie im Startbildschirm Manage Instrument (Gerät verwalten). -
Seite 35: Festlegen Der Option "Sample Sheet" (Probenblatt)
Wählen Sie im Bildschirm „BaseSpace Options“ (BaseSpace-Optionen) die Option Use BaseSpace™ (BaseSpace verwenden). Wenn Sie diese Option wählen, werden auch die Rohdaten dieses Laufs auf dem Miseq gespeichert. Wählen Sie eine der folgenden Optionen: Send all run data to BaseSpace Sequence Hub for remote monitoring and data analysis (Alle Laufdaten an BaseSpace Sequence Hub zwecks Remote-Überwachung und Datenanalyse... -
Seite 36: Festlegen Oder Option "Manual" (Manuell)
MiSeq-Systemhandbuch Only send run information files to BaseSpace Sequence Hub so runs can be monitored remotely (Nur Laufinformationsdateien an BaseSpace Sequence Hub senden, damit Läufe remote überwacht werden können). Geben Sie die Anmeldedaten für Ihr MyIllumina-Konto ein. Wählen Sie Next (Weiter). - Seite 37 MiSeq-Systemhandbuch Abbildung 13 Spülen der Fließzelle Trocknen Sie die Fließzelle und die Kartusche mit einem fusselfreien Reinigungstuch für Objektive sorgfältig ab. Gehen Sie dabei behutsam mit der schwarzen Fließzellenanschlussdichtung um. Tupfen Sie den Bereich der Dichtung und des angrenzenden Glases vorsichtig trocken.
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Seite 38: Laden Der Fließzelle
MiSeq-Systemhandbuch Laden der Fließzelle Heben Sie die Tür der Fließzellenkammer an und drücken Sie anschließend den Freigabeknopf rechts neben der Fließzellenklemme. Die Fließzellenklemme öffnet sich. Abbildung 16 Öffnen der Fließzellenklemme Stellen Sie sicher, dass sich keine Fusseln auf dem Fließzellentisch befinden. Wenn Fussel oder andere Partikel vorhanden sind, reinigen Sie den Fließzellentisch mit einem Alkoholtupfer oder einem fusselfreien,... -
Seite 39: Laden Von Reagenzien
MiSeq-Systemhandbuch Falls die Software die RFID der Fließzelle nicht identifiziert, siehe Beheben von RFID-Lesefehlern auf Seite 49. Schließen Sie die Tür der Fließzellenkammer. Wählen Sie Next (Weiter). Laden von Reagenzien Laden der PR2-Flasche und Prüfen der Abfallflasche Nehmen Sie die Flasche mit PR2 aus dem Lagerort mit einer Temperatur von 2 °C bis 8 °C heraus. -
Seite 40: Laden Der Reagenzienkartusche
HINWEIS Lassen Sie die Tür des Reagenzienkühlers nicht für längere Zeit geöffnet. Halten Sie die Reagenzienkartusche an dem Ende mit dem Illumina-Etikett und schieben Sie sie bis zum Anschlag in den Reagenzienkühler. Verwenden Sie stets die Reagenzienkartusche, die zu dem Fließzellentyp passt, den Sie geladen haben. -
Seite 41: Starten Des Laufs
MiSeq-Systemhandbuch Falls die Software die RFID der Reagenzienkartusche nicht identifiziert, siehe Beheben von RFID- Lesefehlern auf Seite 49. Falls die Reagenzienkartusche nicht mit der Fließzelle kompatibel ist, wird eine Meldung angezeigt. Wählen Sie Back (Zurück), um eine kompatible Kartusche zu laden, oder Exit (Beenden), um zum Startbildschirm zurückzukehren. -
Seite 42: Wichtige Hinweise Vor Dem Starten Des Laufs
Lauf unterbrechen. Weitere Informationen finden Sie unter auf Seite 47. WARNUNG Schließen Sie alle Dateien auf dem MiSeq, bevor Sie einen Lauf starten, und öffnen Sie keine Dateien während des Laufs. Überwachen des Laufs Überwachen Sie während eines Laufs die Laufdetails mithilfe des Sequenzierungsbildschirms am Gerät. -
Seite 43: Matrizenbildung
Cluster Density (K/mm²) (Clusterdichte): Zeigt die Anzahl an Clustern pro Quadratmillimeter für den Lauf an. Clusters Passing Filter (%) (Cluster nach Filterung): Zeigt den Prozentsatz der Cluster an, die den Filter passieren, basierend auf dem Illumina-Reinheitsfilter, der die Bildqualität misst. Diese Daten werden erst nach Zyklus 25 angezeigt. HINWEIS Die Reinheit eines Base-Calls ist das Verhältnis der Intensität des größten Signals dividiert durch die... -
Seite 44: Ergebnisse Der Echtzeitanalyse (Rta)
Zyklus 26 bis Abschluss des Laufs MiSeq-Reagenzien-Kits, v2 Menge und Qualitäts-Scores MiSeq-Reagenzien-Kits, v1 Die MiSeq-Laufspezifikationen finden Sie auf der Seite „Specifications“ (Spezifikationen) für das MiSeq- System auf der Illumina-Website (www.illumina.com/systems/miseq/performance_specifications.ilmn). Ergebnisse der Echtzeitanalyse (RTA) Die Echtzeitanalyse-Ausgabe aus einem Sequenzierungslauf besteht aus mehreren hinsichtlich ihrer Qualität ausgewerteten Base-Call-Dateien (*.bcl-Dateien), die aus den Rohbilddateien generiert werden. - Seite 45 Verbrauchsmaterialien Tween 20 Wasser in Laborqualität NaOCl (für Nachwaschläufe mit Matrizenleitungswaschlauf) MiSeq-Röhrchen (Teile-Nr. MS-102-9999) (für Nachwaschläufe, die einen Matrizenleitungswaschlauf beinhalten) Verfahren Bereiten Sie eine frische Waschlösung mit Tween 20 und Wasser in Laborqualität vor: Fügen Sie 5 ml 100 % Tween 20 zu 45 ml Wasser in Laborqualität hinzu. Diese Volumina ergeben 10 % Tween 20.
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Seite 46: Verfahren Mit Matrizenleitungswaschlauf
Bereiten Sie eine frische NaOCl-Waschlösung mit Wasser in Laborqualität vor: Fügen Sie 36 µl 5%iges NaOCl zu 864 µl Wasser in Laborqualität hinzu. Diese Volumina ergeben eine im Verhältnis 1:25 verdünnte NaOCl-Lösung. b Geben Sie in ein MiSeq-Röhrchen (Teile-Nr. MS-102-9999) 50 µl der 1:25-NaOCl-Lösung zu 950 µl Wasser in Laborqualität. HINWEIS Die Verwendung der korrekten Konzentration von NaOCl ist sehr wichtig. - Seite 47 Abbildung 22 MiSeq-Röhrchen in Position 17 der Waschablage HINWEIS Stellen Sie sicher, dass Sie das MiSeq-Röhrchen mit NaOCl nur in Position 17 platzieren. Wenn Sie das Röhrchen an einer anderen Position einsetzen, schlägt die Clusterbildung in den nachfolgenden Läufen ggf. fehl und das Fluidiksystem des MiSeq-Geräts kann beschädigt werden.
- Seite 48 Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie im Sicherheitsdatenblatt (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. 12 Drücken Sie den Sipper-Griff langsam nach unten und stellen Sie dabei sicher, dass die Sipper in die Waschflasche und in die Abfallflasche eintauchen.
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Seite 49: Kapitel 4 Wartung
Kapitel 4 Wartung Wartungshäufigkeit Wartungshäufigkeit beim VeriSeq PGS-Workflow Durchführen eines Wartungswaschlaufs Durchführen eines Standbywaschlaufs Verwalten von Dateien Software-Updates Ausschalten des Geräts Wartungshäufigkeit Führen Sie die folgenden Wartungsverfahren in den empfohlenen Intervallen aus. HINWEIS Wenn Sie den VeriSeq PGS-Workflow durchführen, beachten Sie die Anweisungen für VeriSeq PGS zur Wartungshäufigkeit. -
Seite 50: Durchführen Eines Wartungswaschlaufs
MiSeq-Systemhandbuch Tabelle 5 Wartung während des Leerlaufmodus (≥ 7 Tage nicht verwendet) Aktivität Häufigkeit Standbywaschlauf Monatlich Ausschalten des Geräts Nach Bedarf Durchführen eines Wartungswaschlaufs Führen Sie alle 30 Tage einen Wartungswaschlauf durch, um eine optimale Leistung sicherzustellen. Der Wartungswaschlauf dauert ca. 90 Minuten. Der Waschlauf umfasst eine Reihe von drei Schritten, um das System gründlich durchzuspülen. - Seite 51 MiSeq-Systemhandbuch HINWEIS Entsorgen Sie die PR2-Flasche nach jedem Lauf. Verbleibendes PR2 darf nicht wiederverwendet werden. Entfernen Sie die Abfallflasche und entsorgen Sie den Inhalt ordnungsgemäß. Setzen Sie die Abfallflasche wieder in die Reagenzienkammer ein. b Drücken Sie den Sipper-Griff langsam nach unten und stellen Sie dabei sicher, dass die Sipper in die Waschflasche und in die Abfallflasche eintauchen.
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Seite 52: Nach Dem Waschlauf
MiSeq-Systemhandbuch Wenn der zweite Waschlauf abgeschlossen ist, entfernen Sie die Waschablage und die Waschflasche und entsorgen Sie die verbleibende Waschlösung. Füllen Sie die Waschlaufkomponenten erneut mit frischer Waschlösung: Füllen Sie in jeden Behälter der Waschablage 6 ml Waschlösung. b Füllen Sie 350 ml Waschlösung in die 500-ml-Waschflasche. - Seite 53 MiSeq-Systemhandbuch Wählen Sie im Bildschirm „Wash Options“ (Waschlaufoptionen) die Option Perform Standby Wash (Standbywaschlauf durchführen). Die Software hebt automatisch die Sipper im Reagenzienkühler an. Durchführen des ersten Waschlaufs Bereiten Sie eine frische Waschlösung mit Tween 20 und Wasser in Laborqualität vor: Fügen Sie 5 ml 100 % Tween 20 zu 45 ml Wasser in Laborqualität hinzu.
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Seite 54: Verwalten Von Dateien
MiSeq-Systemhandbuch Wenn der erste Waschlauf abgeschlossen ist, entfernen Sie die Waschablage und die Waschflasche und entsorgen Sie die verbleibende Waschlösung. Füllen Sie die Waschlaufkomponenten wie folgt erneut mit frischer Waschlösung: Füllen Sie in jeden Behälter der Waschablage 6 ml Waschlösung. b Füllen Sie 350 ml Waschlösung in die 500-ml-Waschflasche. -
Seite 55: Verschieben Von Laufordnern
Hochladen von Dateien Der Befehl „Upload“ (Hochladen) steht für Probenblätter, Manifestdateien, Genome und Rezepturen zur Verfügung. Wenn das MiSeq nicht mit einem Netzwerk verbunden ist, verwenden Sie diese Funktion, um Dateien von einem USB-Stick auf den Gerätecomputer hochzuladen. Wählen Sie auf einer Registerkarte des Bildschirms „Manage Files“ (Dateien verwalten) Browse (Durchsuchen), um zu den Dateien zu navigieren, auf die das Gerät zugreifen kann. -
Seite 56: Automatisches Aktualisieren Von Software
Wenn Software-Updates verfügbar sind, wird die Schaltfläche Update Available (Update verfügbar) im Startbildschirm angezeigt. Anderenfalls ist diese Schaltfläche nicht verfügbar. Vergewissern Sie sich, dass Ihr MiSeq mit einem Netzwerk mit Internetzugang verbunden ist, damit diese Option aktiviert wird. Wählen Sie im Startbildschirm Update Available (Update verfügbar). -
Seite 57: Anhang A Fehlerbehebung
Antworten auf häufig gestellte Fragen finden, oder melden Sie sich bei Ihrem MyIllumina-Konto an, um Zugang zu den Support-Bulletins zu erhalten. Wenden Sie sich bei Problemen mit der Laufqualität oder Leistung an den technischen Support von Illumina. Technische Unterstützung Weitere Informationen finden Sie unter auf Seite 61. - Seite 58 Wählen Sie Save (Speichern). Wenn das Bündeln der Dateien abgeschlossen ist, wird erneut die Registerkarte „Bundle Logs“ (Protokollbündel) geöffnet. Senden Sie die ZIP-Datei mit dem Bündel an den technischen Support von Illumina. Abbildung 23 Registerkarte „Bundle Logs“ (Protokollbündel) Dokument-Nr. 15027617 v04 DEU Material-Nr. 20024228...
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Seite 59: Durchführen Einer Systemprüfung
Wählen Sie Done (Fertig). Unterbrechen oder Stoppen eines Laufs Das MiSeq ist darauf ausgelegt, einen Lauf von Anfang bis Ende ohne Aktionen seitens des Benutzers auszuführen. Es ist jedoch möglich, einen Lauf über den Sequenzierungsbildschirm zu unterbrechen oder zu stoppen. -
Seite 60: Stoppen Eines Laufs
MiSeq-Systemhandbuch Abbildung 24 Sequenzierungsbildschirm eines unterbrochenen Laufs Stoppen eines Laufs Während des Sequenzierungsvorgangs können Sie mithilfe der Schaltfläche Stop im Sequenzierungsbildschirm einen Lauf stoppen, bevor er abgeschlossen ist. Sie können einen Lauf beispielsweise stoppen, wenn er falsch konfiguriert wurde, die Datenqualität schlecht ist oder ein Hardwarefehler auftritt. -
Seite 61: Beheben Von Laufkonfigurationsfehlern
Zyklen. Beheben von RFID-Lesefehlern Wenn das System die RFID von Verbrauchsmaterialien nicht lesen kann, können Sie auf der Illumina-Website einen temporären Bypass-Code anfordern. Ein temporärer Bypass-Code läuft nach sieben Tagen ab. Versuchen Sie immer, den RFID-Lesevorgang erneut auszuführen, bevor Sie fortfahren. Falls die RFID ein zweites Mal fehlschlägt, wählen Sie Enter Code (Code eingeben). -
Seite 62: Durchführen Eines Volumentests
MiSeq-Systemhandbuch Verbrauchsmaterial Position der Barcodenummer Fließzelle Über dem Barcode auf dem Etikett des Fließzellenbehälters. Fließzellen-Barcodenummern beginnen mit „A“ (Standard), „G“ (Mikro) oder „D“ (Nano). Beispiel: A0E61 PR2-Flasche Unter dem Barcode auf dem Etikett der PR2-Flasche. Beispiel: MS0011881-PR2 Reagenzienkartusche Unter dem Barcode auf dem Etikett der Reagenzienkartusche. -
Seite 63: Messen Erwarteter Volumina Während Des Waschlaufs
Temperatur des Reagenzienkühlers an. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Sensoranzeigen auf Seite 6. Wenn Sie eine Fehlermeldung erhalten, die besagt, dass sich der Kühler nicht im angegebenen Temperaturbereich befindet, wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. Weitere Informationen zum Reagenzienkühler finden Sie unter Reagenzienkammer auf Seite 4. -
Seite 64: Konfigurieren Von Ip- Und Dns-Einstellungen
MiSeq-Systemhandbuch Konfigurieren von IP- und DNS-Einstellungen Konfigurieren Sie IP- und DNS-Serveradressen, wenn dies aufgrund einer Netzwerkänderung oder eines Standortwechsels erforderlich ist. Wählen Sie im Startbildschirm Manage Instrument (Gerät verwalten). Wählen Sie System Settings (Systemeinstellungen). Wählen Sie Obtain an IP address automatically (IP-Adresse automatisch abrufen) bzw. Use the following IP address (Folgende IP-Adresse verwenden). -
Seite 65: Anhang B Ausgabedateien Und -Ordner
Inhalt des MiSeqOutput-Ordners RTA-Ordner und -Dateien Laufordner Bei jedem Lauf auf dem MiSeq-Gerät werden drei Laufordner erstellt, von denen jeder einen bestimmten Zweck erfüllt: D:\Illumina\MiSeqTemp: Wenn der Lauf beginnt, wird ein temporärer Laufordner auf das lokale Laufwerk des Gerätecomputers geschrieben und als Arbeitsbereich für die MCS und die Echtzeitanalyse verwendet. - Seite 66 MiSeq-Systemhandbuch Dateien Die folgenden Dateien werden in den Ausgabe- und den Analyseordner kopiert: SampleSheet.csv: Bietet Parameter für den Lauf und die nachfolgende Analyse. Zu Beginn des Laufs wird das Probenblatt in den Stammordner kopiert und in SampleSheet.csv umbenannt. Kopien werden in Data\Intensities and Data\Intensities\BaseCalls gespeichert.
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Seite 67: Rta-Ordner Und -Dateien
Fließzellen-Plattennummerierung auf Seite 56. Fließzellenplatten Während des Sequenzierungslaufs wird die einzelne Lane der Fließzelle in kleinen Bildgebungsbereichen aufgenommen, die als Platten bezeichnet werden. Alle MiSeq-Fließzellen haben eine einzelne Lane, die Anzahl der Platten variiert jedoch abhängig vom verwendeten Fließzellentyp. Gesamtanzahl der Fließzelle... -
Seite 68: Fließzellen-Plattennummerierung
MiSeq-Systemhandbuch Gesamtanzahl der Fließzelle MiSeq-Reagenzien-Kit Platten Bildgebungsoberfläche aufgenommenen Platten Standard-Fließzelle MiSeq-Reagenzien-Kits, v2 14 Platten Ober- und Unterseite 28 Platten insgesamt Mikro-Fließzelle MiSeq-Reagenzien- 4 Platten Ober- und Unterseite 8 Platten insgesamt Mikro-Kits, v2 Nano-Fließzelle MiSeq-Reagenzien- 2 Platten Nur obere 2 Platten insgesamt Nano-Kits, v2 Wenn die Platten während des Sequenzierungslaufs aufgenommen werden, wird für jede Platte eine... -
Seite 69: Index
Index Laufspezifische Dateien 45 RFID 49 Abfallflasche 4 Fließzelle Aktivitätsanzeigen 6 Buchstabenbezeichner 49 Aktualisieren der Software 44 Einzelne Lane 8 Analyse Farbe des Verschlusses 10 Optionen 7 Platten 55 Analyse-Workflow Plattennummerierung 56 Definition 4 Reinigen 24 Ausschalten des Geräts 44 Überblick 9 Fließzellen-Türsensor 6 Fließzellenkammer 2-3... - Seite 70 Richtlinien für Wasser in Laborqualität 16 RTAcomplete.txt 55 RunInfo.xml 54-55 Manifestdatei runParameters.xml 54 Auf Gerät kopieren 42 Definition 4 Matrizenbildung 8, 31 Matrizenleitungswaschlauf 32 MiSeq Self-Service 49 Schulungen 1 Sekundäranalyse 8 Sensoranzeigen 6 Sequenzierung 19 Sequenzierungsanalyse-Viewer 8, 30 Nachwaschlauf 32 Sequenzierungsbildschirm 30 Netzwerkeinstellungen 52...
- Seite 71 MiSeq-Systemhandbuch Überwachen des Laufs 30 Überwachungsdienst Illumina Proactive 14 Universal Copy Service 5 Unterbrechen eines Laufs 47 Verbrauchsmaterialien 15 Wasser in Laborqualität 16 VeriSeq PGS-Workflow Analyse lokal replizieren 13 Fließzelle 10 Sekundäranalyse 7 Wartungshäufigkeit 37 Verschieben von Dateien und Ordnern 42...
- Seite 72 MiSeq-Systemhandbuch Dokument-Nr. 15027617 v04 DEU Material-Nr. 20024228 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Seite 73: Technische Unterstützung
Die Produktdokumentation steht auf der Illumina-Website im PDF-Format zum Herunterladen zur Verfügung. Gehen Sie zu support.illumina.com, wählen Sie ein Produkt und wählen Sie anschließend Documentation & Literature (Dokumentation und Literatur). Dokument-Nr. 15027617 v04 DEU Material-Nr. 20024228 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. - Seite 74 MiSeq-Systemhandbuch Dokument-Nr. 15027617 v04 DEU Material-Nr. 20024228 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Seite 75: Dokument-Nr. 15027617 V04 Deu Material-Nr. 20024228
Dokument-Nr. 15027617 v04 DEU Material-Nr. 20024228 Illumina 5200 Illumina Way San Diego, Kalifornien 92122, USA +1.800.809.ILMN (4566) +1.858.202.4566 (außerhalb von Nordamerika) techsupport@illumina.com www.illumina.com Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. © 2018 Illumina, Inc. Alle Rechte vorbehalten.