illumina NextSeq 550Dx Referenzhandbuch
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Andere Handbücher für NextSeq 550Dx:
- Referenzhandbuch (80 Seiten) ,
- Handbuch (29 Seiten) ,
- Sicherheits- und compliancehandbuch (5 Seiten)
Verwandte Anleitungen für illumina NextSeq 550Dx
Inhaltszusammenfassung für illumina NextSeq 550Dx
- Seite 1 NextSeq 550Dx-Forschungsmodus Referenzhandbuch für das Gerät Dokument-Nr. 1000000041922 v03 DEU ILLUMINA – EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT Oktober 2021 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
- Seite 2 ILLUMINA ÜBERNIMMT KEINERLEI HAFTUNG FÜR SCHÄDEN, DIE AUS DER UNSACHGEMÄSSEN VERWENDUNG DER HIERIN BESCHRIEBENEN PRODUKTE (EINSCHLIESSLICH TEILEN HIERVON ODER DER SOFTWARE) ENTSTEHEN. © 2021 Illumina, Inc. Alle Rechte vorbehalten. Alle Marken sind Eigentum von Illumina, Inc. bzw. der jeweiligen Eigentümer. Spezifische Informationen zu Marken finden Sie unter www.illumina.com/company/legal.html. Dokument-Nr. 1000000041922 v03 DEU Nur für Forschungszwecke.
- Seite 3 Nr. 1000000041922 v02 2020 entsprechend den neuen Kartuschen für Reagenzienwaschlauf und Pufferwaschlauf geändert. Informationen zu weiteren Farben der Statusleiste hinzugefügt. Dokument- März 2018 Informationen zum Überwachungsdienst Illumina Proactive im Nr. 1000000041922 v01 Abschnitt „Konfigurieren der Systemeinstellungen“ hinzugefügt. Dokument- November Erste Version. Nr. 1000000041922 v00 2017 Dokument-Nr. 1000000041922 v03 DEU...
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Seite 4: Inhaltsverzeichnis
Inhaltsverzeichnis Kapitel 1 Überblick Über dieses Handbuch Einleitung Weitere Ressourcen Gerätekomponenten Überblick über das Reagenzien-Kit Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien – Überblick Kapitel 2 Erste Schritte Starten des Geräts Anpassen der Systemeinstellungen Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien und Ausstattung Kapitel 3 Sequenzierung Einleitung Sequenzierungsworkflow Vorbereiten der Reagenzienkartusche Vorbereiten der Fließzelle Vorbereiten von Bibliotheken für die Sequenzierung Konfigurieren eines Sequenzierungslaufs... - Seite 5 NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Workflow für die Rehybridisierung BeadChip- und Scan-Fehler Anwendungsspezifische Rezepte und Rezeptordner RAID-Fehlermeldung Konfigurieren der Systemeinstellungen Anhang B Real-Time Analysis Überblick über Real-Time Analysis Real-Time Analysis-Workflow Anhang C Ausgabedateien und -ordner Sequenzierungsausgabedateien Ordnerstruktur der Ausgabedaten Scan-Ausgabedateien Ordnerstruktur der ausgegebenen Scan-Daten Index Technische Unterstützung Dokument-Nr. 1000000041922 v03 DEU...
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Seite 6: Kapitel 1 Überblick
Über dieses Handbuch Einleitung Weitere Ressourcen Gerätekomponenten Überblick über das Reagenzien-Kit Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien – Überblick Über dieses Handbuch Dieses Gerätehandbuch enthält Anweisungen zur Verwendung des NextSeq 550Dx-Geräts im Forschungsmodus (RUO). Einleitung Sequenzierungsfunktionen ™ Hochdurchsatzsequenzierung: Das NextSeq 550Dx-Gerät ermöglicht die Sequenzierung von DNA- Bibliotheken. -
Seite 7: Gerätekomponenten
NextSeq 550Dx-Supportseiten der Illumina-Website können Sie auf Dokumentation, Software-Downloads, Online-Schulungen und häufig gestellte Fragen zugreifen. Gerätekomponenten Zum NextSeq 550Dx-Gerät gehören ein Touchscreen-Monitor, eine Statusleiste und vier Kammern. Abbildung 1 Gerätekomponenten Dokument-Nr. 1000000041922 v03 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. -
Seite 8: Reagenzien- Und Pufferkammer
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch A Bildgebungskammer: Enthält während eines Sequenzierungslaufs die Fließzelle. B Touchscreen-Monitor: Ermöglicht die Systemkonfiguration und -einrichtung am Gerät über die Benutzeroberfläche der Betriebssoftware. C Statusleiste: Gibt den Gerätestatus an, z. B. „In Arbeit“ (blau), „Überprüfung erforderlich“ (orange), „Bereit zur Sequenzierung“ (grün), „Initialisierung“ (abwechselnd blau/weiß), „Noch nicht initialisiert“ (weiß) oder dass in den nächsten 24 Stunden ein Waschlauf durchgeführt werden muss (gelb). -
Seite 9: Statussymbole
Konfigurieren eines Sequenzierungslaufs. Real-Time Analysis-Software (RTA): RTA führt die Bildanalyse und das Base-Calling während des Laufs durch. Das NextSeq 550Dx-Gerät verwendet RTA v2, eine Software die gegenüber vorherigen Versionen wichtige Unterschiede bei der Architektur und den Funktionen aufweist. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter... -
Seite 10: Wiederverwendbarer Beadchip-Adapter - Überblick
Sie werden in einem Kit für den Einmalgebrauch bereitgestellt. Jedes Kit enthält eine Fließzelle, eine Reagenzienkartusche, eine Pufferkartusche und einen Bibliotheksverdünnungspuffer. Weitere Informationen finden Sie in der Packungsbeilage zum NextSeq 550Dx High Output Reagent Kit v2 (300 Zyklen), NextSeq 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (300 Zyklen) oder NextSeq 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (75 Zyklen). -
Seite 11: Kennzeichnung Zur Kit-Kompatibilität
Kompatibilität verwendet. VORSICHT NextSeq 550Dx High Output Reagent v2.5-Kits erfordern NOS 1.3 oder höher, damit das Gerät die v2.5- Fließzellenkartusche akzeptiert. Führen Sie die Software-Updates durch, bevor Sie die Proben und Verbrauchsmaterialien vorbereiten, um zu verhindern, dass Reagenzien und/oder Proben verschwendet werden. -
Seite 12: Reagenzienkartusche - Überblick
Handschuhen und Laborkittel. Verbrauchte Reagenzien sind als chemische Abfälle zu behandeln. Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Dokument-Nr. 1000000041922 v03 DEU Nur für Forschungszwecke. -
Seite 13: Herausnehmbarer Behälter In Position
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Reservierte Behälter Abbildung 6 Nummerierte Behälter Position Beschreibung 7, 8 und 9 Reserviert für optionale anwendungsspezifische Primer Laden der Bibliotheken Herausnehmbarer Behälter in Position 6 Die vorgefüllte Reagenzienkartusche beinhaltet ein Denaturierungsreagenz in Position 6, das Formamid enthält. Um die sichere Entsorgung nicht verwendeter Reagenzien nach dem Sequenzierungslauf zu erleichtern, kann der Behälter in Position 6 entfernt werden. -
Seite 14: Kapitel 2 Erste Schritte
Kapitel 2 Erste Schritte Starten des Geräts Anpassen der Systemeinstellungen Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien und Ausstattung Starten des Geräts Bringen Sie den Hauptnetzschalter in die Position I (EIN). Abbildung 8 Netzschalter auf der Rückseite des Geräts Drücken Sie die Ein/Aus-Taste über der Reagenzienkammer. Die Ein/Aus-Taste schaltet das Gerät ein und startet den integrierten Gerätecomputer und die Software. -
Seite 15: Gerätemodusanzeigen
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Gerätemodusanzeigen Das NextSeq 550Dx-Gerät läuft standardmäßig im Diagnosemodus. Folgende Anzeigen auf dem NCS- Bildschirm geben den Modus des Geräts an. Modus Startbildschirm Ausrichtung des Farbleiste Statussymbols Diagnosemodus Welcome to NextSeqDx Blau Horizontal (Willkommen bei NextSeqDx) Forschungsmodus Welcome to NextSeq... -
Seite 16: Festlegen Von Laufkonfigurationsoptionen
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Bei der Geräte-Initialisierung Wenn ein Lauf gestartet wird Wenn bestimmte Fehler auftreten Wenn eine Benutzerinteraktion erforderlich ist Wenn ein Lauf beendet wurde Wählen Sie Save (Speichern), um die Einstellungen zu speichern und mit dem nächsten Bildschirm fortzufahren. Festlegen von Laufkonfigurationsoptionen Wählen Sie auf dem Bildschirm „Manage Instrument“... -
Seite 17: Verbrauchsmaterialien Für Die Sequenzierung
0,05 % Wasser, Laborqualität Allgemeiner Laborlieferant Waschen des Geräts (manueller Waschlauf) Luftfilter Illumina, Katalog- Reinigen der Luft, die das Gerät zur Kühlung aufnimmt Nr. 20022240 Richtlinien für Wasser in Laborqualität Bei Geräteverfahren sollte immer deionisiertes Wasser bzw. Wasser in Laborqualität verwendet werden. -
Seite 18: Kapitel 3 Sequenzierung
Automatische Nachwaschung Einleitung Um auf dem NextSeq 550Dx-Gerät einen Sequenzierungslauf durchzuführen, bereiten Sie die Reagenzienkartusche und die Fließzelle vor und befolgen Sie die Anweisungen der Software für das Konfigurieren und Starten des Laufs. Die Clusterbildung und die Sequenzierung werden im Gerät durchgeführt. -
Seite 19: Sequenzierungsworkflow
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Sequenzierungsworkflow Erstellen Sie einen Lauf im Softwaremodul „Local Run Manager“. Weitere Informationen finden Sie in der Analyse-Workflow-Anleitung für Ihr Modul. Bereiten Sie eine neue Reagenzienkartusche vor: auftauen und überprüfen. Bereiten Sie eine neue Fließzelle vor: auf Raumtemperatur bringen, auspacken und überprüfen. Denaturieren und verdünnen Sie die Bibliotheken. -
Seite 20: Vorbereiten Der Fließzelle
Anleitung zur Vorbereitung von Probenbibliotheken für die Sequenzierung, einschließlich der Verdünnung und des Poolings von Bibliotheken, finden Sie in der Gebrauchsanweisung im Abschnitt für das entsprechende Bibliotheksvorbereitungskit. Es ist erforderlich, die Clusterdichte auf dem NextSeq 550Dx zu optimieren. Dokument-Nr. 1000000041922 v03 DEU Nur für Forschungszwecke. -
Seite 21: Denaturieren Und Verdünnen Von Bibliotheken
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Denaturieren und Verdünnen von Bibliotheken Denaturieren und verdünnen Sie Ihre Bibliotheken auf ein Ladevolumen von 1,3 ml und eine Ladekonzentration von 1,8 pM. In der Praxis kann die Ladekonzentration je nach Bibliotheksvorbereitungs- und Quantifizierungsmethode variieren. Anweisungen hierzu finden Sie in der Packungsbeilage für die Bibliotheksvorbereitung. - Seite 22 NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Abbildung 11 Entnehmen der Fließzelle aus der Folienverpackung Öffnen Sie die transparente, aufklappbare Plastikverpackung und nehmen Sie die Fließzelle heraus. Abbildung 12 Herausnehmen aus der aufklappbaren Verpackung Reinigen Sie die Glasoberfläche der Fließzelle mit einem fusselfreien Alkoholtupfer. Trocknen Sie das Glas mit einem fusselfreien Labortuch.
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Seite 23: Leeren Des Behälters Für Verbrauchte Reagenzien
Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Schieben Sie den leeren Behälter für verbrauchte Reagenzien bis zum Anschlag in die Pufferkammer. -
Seite 24: Einsetzen Der Pufferkartusche
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Abbildung 15 Einsetzen des leeren Behälters für verbrauchte Reagenzien Einsetzen der Pufferkartusche Entfernen Sie die gebrauchte Pufferkartusche aus der oberen Kammer. Zum Anheben und Herausziehen der Pufferkartusche ist etwas Kraft erforderlich. Schieben Sie eine neue Pufferkartusche bis zum Anschlag in die Pufferkammer. Ein hörbares Klicken gibt an, dass die Kartusche positioniert ist. - Seite 25 Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. HINWEIS Um die sichere Entsorgung nicht verwendeter Reagenzien zu erleichtern, kann der Behälter in Position 6 entfernt werden. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Herausnehmen des Behälters für...
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Seite 26: Festlegen Von Laufparametern
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Abbildung 18 Entfernbarer Behälter in Position 6 A Gummiabdeckung B Position 6 Drücken Sie auf den durchsichtigen Plastikgriff und schieben Sie ihn nach links, um den Behälter zu entfernen. Entsorgen Sie den Behälter gemäß den geltenden Sicherheitsvorschriften. Festlegen von Laufparametern Die Schritte im Laufkonfigurationsbildschirm unterscheiden sich je nach Systemkonfiguration: BaseSpace or BaseSpace Onsite (BaseSpace oder BaseSpace Onsite): Im... -
Seite 27: Eingeben Der Laufparameter (Eigenständige Konfiguration)
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Purge consumables for this run (Verbrauchsmaterialien für diesen Lauf entsorgen): Ändern Sie die Einstellung, um nach dem aktuellen Lauf Verbrauchsmaterialien automatisch zu entsorgen. Wählen Sie Next (Weiter). Eingeben der Laufparameter (eigenständige Konfiguration) Geben Sie einen beliebigen Namen ein. [Optional] Geben Sie eine beliebige Bibliotheks-ID ein. -
Seite 28: Überprüfen Des Selbsttests
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Überprüfen des Selbsttests Die Software führt einen automatisierten Selbsttest des Systems durch. Während dieses Tests werden die folgenden Symbole auf dem Bildschirm angezeigt: Graues Häkchen : Der Selbsttest wurde noch nicht durchgeführt. Fortschrittssymbol : Der Selbsttest läuft. Grünes Häkchen : Der Selbsttest wurde bestanden. -
Seite 29: Datenübertragung
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Laufkennzahlen werden nach Zyklus 25 angezeigt und umfassen Clusterdichte, Cluster nach Filterung, Ergebnis und Qualitäts-Scores. Datenübertragung Status Local Run Manager Ausgabeordner Verbunden Verbunden und überträgt Daten Nicht verbunden Deaktiviert Falls während des Laufs die Datenübertragung unterbrochen wird, werden die Daten vorübergehend auf dem Gerätecomputer gespeichert. -
Seite 30: Automatische Nachwaschung
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Automatische Nachwaschung Nach Abschluss des Sequenzierungslaufs wird eine automatische Nachwaschung mit der Waschlösung in der Pufferkartusche und dem NaOCl in der Reagenzienkartusche initiiert. Die automatische Nachwaschung dauert etwa 90 Minuten. Nach Abschluss des Waschlaufs wird die Schaltfläche „Home“ (Startseite) wieder aktiviert. Während des Waschlaufs bleiben die Sequenzierungsergebnisse auf dem Bildschirm eingeblendet. - Seite 31 NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Dokument-Nr. 1000000041922 v03 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Seite 32: Kapitel 4 Scannen
Für jeden BeadChip muss die Software auf eine Manifest- und eine Clusterdatei zugreifen. Die Manifest- und Clusterdateien sind für jeden BeadChip-Typ eindeutig. Stellen Sie sicher, dass im Namen der von Ihnen verwendeten Clusterdateien „NS550“ vorkommt. Diese Dateien sind mit dem NextSeq 550Dx- System kompatibel. -
Seite 33: Scan-Workflow
System Configuration (Systemkonfiguration) und anschließend BeadChip Scan Configuration (BeadChip- Scan-Konfiguration). Beim Installieren des NextSeq 550Dx-Geräts lädt der Illumina-Mitarbeiter diese Dateien herunter und legt den Pfad in der Steuerungssoftware fest. Außer im Falle von Verlust oder der Verfügbarkeit einer neuen Version besteht keine Notwendigkeit, diese Dateien zu ersetzen. Weitere Informationen hierzu finden Sie... -
Seite 34: Zugriff Auf Den Dmap-Ordner Nach Beadchip
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch BeadChips by barcode (BeadChips nach Barcode) Geben Sie die erforderlichen Informationen ein. Wählen Sie den DMAP-Ordner aus, den Sie herunterladen möchten. Stellen Sie sicher, dass genügend freier Speicherplatz für den Ordner verfügbar ist. Laden Sie den Ordner herunter. Auf der Registerkarte „Download Status and Log“ (Download-Status und Protokoll) können Sie den Download-Status verfolgen. -
Seite 35: Konfigurieren Eines Scan-Vorgangs
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Abbildung 20 Einsetzen und Befestigen des BeadChips Lassen Sie die Halteklammer behutsam los, um den BeadChip zu befestigen. Prüfen Sie durch seitliches Betrachten, ob der BeadChip flach auf dem Adapter sitzt. Positionieren Sie ggf. den BeadChip neu. Abbildung 21 Überprüfen der korrekten Position des BeadChips A Richtige Position: Der BeadChip liegt flach auf dem Adapter, wenn die Klammer losgelassen wird. - Seite 36 Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Nehmen Sie die Fließzelle aus der Bildgebungskammer. Schließen Sie die Klappe der Reagenzien- und der Pufferkammer.
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Seite 37: Starten Des Scan-Vorgangs
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Output Location (Ausgabespeicherort): Der Speicherort der Ausgabedateien wird auf dem Bildschirm „BeadChip Scan Configuration“ (BeadChip-Scan-Konfiguration) angegeben. Wenn Sie nur den Speicherort des aktuellen Scan-Vorgangs ändern möchten, wählen Sie Browse (Durchsuchen) und navigieren Sie zum gewünschten Speicherort. Wählen Sie Next (Weiter). Überprüfen des Selbsttests Die Software führt einen automatisierten Selbsttest des Systems durch. - Seite 38 NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Abbildung 23 BeadChip-Bild: Gesamt- und Detailansicht HINWEIS Das Beenden eines Scan-Vorgangs ist endgültig. Falls Sie den Scan-Vorgang beenden, bevor er abgeschlossen ist, werden die Scan-Daten nicht gespeichert. Datenübertragung Daten werden für die Übertragung an den Scan-Ausgabeordner in die Warteschlange eingereiht, sobald der Scan-Vorgang abgeschlossen ist.
- Seite 39 NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Dokument-Nr. 1000000041922 v03 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Seite 40: Kapitel 5 Wartung
Gerät. Präventive Wartung Illumina empfiehlt, jährlich eine präventive Wartung durchführen zu lassen. Wenn Sie keinen Servicevertrag abgeschlossen haben, wenden Sie sich an den für Ihre Region zuständigen Kundenbetreuer oder an den technischen Support von Illumina, um einen Termin für eine kostenpflichtige präventive Wartung zu vereinbaren. -
Seite 41: Vorbereiten Einer Manuellen Nachwaschung
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Abbildung 24 Reagenzienkartusche für den Waschlauf und Pufferkartusche für den Waschlauf (ursprüngliche Ausführung) Abbildung 25 Reagenzienkartusche für den Waschlauf und Pufferkartusche für den Waschlauf (neue Ausführung) Vorbereiten einer manuellen Nachwaschung Entscheiden Sie sich entweder, wie unten beschrieben, für eine manuelle Nachwaschung oder bereiten Sie einen Schnellwaschlauf vor (nächster Abschnitt). -
Seite 42: Vorbereiten Eines Schnellwaschlaufs
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Invertieren Sie das Röhrchen zum Mischen. Geben Sie 1 ml 0,12%iges NaOCl in die Reagenzienkartusche für den Waschlauf. Der richtige Behälter entspricht Position 28 auf der vorgefüllten Kartusche. Abbildung 26 Einfüllen von NaOCl Mischen Sie folgende Volumina, um eine 0,05-%-Tween-20-Waschlösung zu erhalten: Pufferkartusche für den Waschlauf (usprüngliche Ausführung) 100 % Tween 20 (62 µl) Wasser in Laborqualität (125 ml) -
Seite 43: Austausch Des Luftfilters
Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Schieben Sie den leeren Behälter für verbrauchte Reagenzien bis zum Anschlag in die Pufferkammer. Entfernen Sie ggf. die gebrauchte Pufferkartusche des vorherigen Laufs. -
Seite 44: Software-Updates
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Setzen Sie den neuen Luftfilter in den Einsatz ein. HINWEIS Der Luftfilter funktioniert nicht ordnungsgemäß, wenn er falsch herum eingesetzt wird. Stellen Sie sicher, dass Sie beim Einlegen des Luftfilters in den Einsatz den grünen „Up“-Pfeil sehen und dass der Warnhinweis nicht sichtbar ist. -
Seite 45: Automatisches Software-Update
HINWEIS Wenn das Update ein Firmware-Update enthält, ist nach Abschluss des Firmware-Updates ein automatischer Neustart des Systems erforderlich. Manuelles Software-Update Laden Sie das Installationsprogramm für die System Suite von der Illumina-Website herunter und speichern Sie es an einem Netzwerkspeicherort. Alternativ können Sie die Softwareinstallationsdatei auf einem USB-Laufwerk speichern. -
Seite 46: Optionen Für Das Ausschalten Und Neustarten Des Geräts
Bewegen Sie das Gerät nicht an einen anderen Standort. Ein unsachgemäßes Bewegen des Geräts kann zur Beeinträchtigung der Justierung der optischen Elemente und der Datenintegrität führen. Falls Sie den Standort des Geräts ändern müssen, wenden Sie sich an Ihren Illumina-Vertreter. Dokument-Nr. 1000000041922 v03 DEU Nur für Forschungszwecke. -
Seite 47: Beenden Und Windows Aufrufen
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Beenden und Windows aufrufen Der Befehl „Exit to Windows“ (Beenden und Windows aufrufen) ermöglicht den Zugriff auf das Betriebssystem des Geräts und die Ordner auf dem Gerätecomputer. Durch den Befehl wird die Software ordnungsgemäß beendet und der Benutzer kehrt zu Windows zurück. Nur ein Administrator kann nach dem Beenden Windows aufrufen. -
Seite 48: Anhang A Fehlerbehebung
Support von Illumina. Siehe Technische Unterstützung auf Seite Dateien für die Fehlerbehebung Ein Mitarbeiter des technischen Supports von Illumina kann Kopien von lauf- oder scanspezifischen Dateien anfordern, um Fehler zu beheben. In der Regel werden die folgenden Dateien für die Fehlersuche verwendet. -
Seite 49: Dateien Für Die Fehlerbehebung Bei Array-Scan-Vorgängen
Diese Datei wird im Ordner RTALogs gespeichert. Wenn der Lauf erfolgreich durchgeführt wurde, ist die Datei nicht vorhanden. Fügen Sie das Fehlerprotokoll bei, wenn Sie sich wegen Problemen an den technischen Support von Illumina wenden. Dateien für die Fehlerbehebung bei Array-Scan-Vorgängen Schlüsseldatei... - Seite 50 NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Systemprüfungen Empfohlene Maßnahme Required software Wichtige Software-Komponenten fehlen. Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. (Software erforderlich) Instrument disk space Auf der Festplatte des Geräts ist nicht genügend Speicherplatz für die Durchführung eines (Speicherplatz auf dem Laufs verfügbar.
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Seite 51: Tests Für Array-Scans
Das BaseSpace-Konto oder der Netzwerkserver ist voll. (Netzwerkspeicherplatz) Bildgebungssystem Empfohlene Maßnahme Imaging limits Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. (Bildgebungsbeschränkungen) Z Steps-and-Settle (z-Tisch – Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. Schritt und Positionierung) Bit error rate (Bit-Fehlerrate) Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. -
Seite 52: Workflow Für Die Rehybridisierung
Fließzelle kann nicht für eine spätere Rehybridisierung gespeichert werden, wenn bereits die Paired- End-Resynthese gestartet wurde. Erforderliche Verbrauchsmaterialien Zur Durchführung eines Rehybridisierungslaufs sind eine neue NextSeq 550Dx-Reagenzienkartusche und -Pufferkartusche erforderlich, unabhängig davon, zu welchem Zeitpunkt der Lauf gestoppt wurde. Dokument-Nr. 1000000041922 v03 DEU Nur für Forschungszwecke. -
Seite 53: Konfigurieren Eines Neuen Laufs Auf Der Registerkarte "Basespace Prep" (Basespace-Vorbereitung)
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Beenden des aktuellen Laufs Wählen Sie End Run (Lauf beenden). Wenn Sie zum Bestätigen des Befehls aufgefordert werden, wählen Sie Yes (Ja). Wenn Sie zum Speichern der Fließzelle aufgefordert werden, wählen Sie Yes (Ja). Achten Sie auf das Ablaufdatum für die Rehybridisierung. -
Seite 54: Beadchip- Und Scan-Fehler
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Wählen Sie im Laufkonfigurationsbildschirm eine der folgenden Konfigurationsoptionen: BaseSpace or BaseSpace Onsite (BaseSpace oder BaseSpace Onsite): Wählen Sie den Lauf und bestätigen Sie die Laufparameter. Standalone (Eigenständig): Geben Sie den Namen des Laufs ein und legen Sie dieselben Parameter wie für den ursprünglichen Lauf fest. -
Seite 55: Ersetzen Von Manifest- Und Clusterdateien
Laden Sie die Dateien herunter, die ersetzt bzw. aktualisiert werden sollen, und kopieren Sie die Dateien an Ihren bevorzugten Netzwerkspeicherort. HINWEIS Stellen Sie sicher, dass Sie Manifest- und Clusterdateien auswählen, die mit dem NextSeq 550Dx- Gerätesystem kompatibel sind. Bei kompatiblen Dateien steht NS550 im Dateinamen. -
Seite 56: Raid-Fehlermeldung
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch RAID-Fehlermeldung Der NextSeq 550Dx-Computer hat vier Festplatten, zwei für den Diagnosemodus und zwei für den Forschungsmodus. Falls auf einer Festplatte Probleme auftreten und ein Ausfall droht, wird eine RAID- Fehlermeldung auf dem Gerät angezeigt, die empfiehlt, dass Sie den technischen Support von Illumina kontaktieren. -
Seite 57: Einrichten Der Analysekonfiguration
Wählen Sie eine der folgenden Optionen, um den Speicherort auszuwählen, an den die Daten für die spätere Analyse übertragen werden sollen. Wählen Sie BaseSpace, um die Sequenzierungsdaten an Illumina BaseSpace zu senden. [Optional] Aktivieren Sie das Kontrollkästchen Output Folder (Ausgabeordner), wählen Sie Browse (Durchsuchen) und navigieren Sie zu einem sekundären Netzwerkspeicherort, an dem neben dem... - Seite 58 Benutzeroberfläche der Software von dem in diesem Handbuch abweichen. Nach Aktivierung dieser Einstellung werden Leistungsdaten des Geräts an Illumina gesendet. Diese Daten helfen Illumina bei der Ermittlung und Behebung von Fehlern, was die Durchführung proaktiver Wartungsarbeiten ermöglicht und die Geräteverfügbarkeit maximiert. Weitere Informationen zu den Vorteilen dieses Dienstes finden Sie im technischen Hinweis zu Illumina Proactive (Dokument- Nr. 1000000052503).
- Seite 59 NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Dokument-Nr. 1000000041922 v03 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Seite 60: Anhang B Real-Time Analysis
Real-Time Analysis-Workflow Überblick über Real-Time Analysis Das NextSeq 550Dx-Gerät nutzt RTA2, eine Implementierung der Software Real-Time Analysis (RTA). RTA2 wird auf dem Gerätecomputer ausgeführt und extrahiert Intensitäten aus Bildern, führt das Base- Calling durch und weist dem Base-Call einen Qualitäts-Score zu. RTA2 und die Betriebssoftware kommunizieren über ein HTTP-Webinterface und gemeinsame Speicherbereiche. -
Seite 61: Real-Time Analysis-Workflow
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Wenn die Verarbeitung abgeschlossen ist, werden die folgenden Protokoll- und Fehlerdateien an das endgültige Ausgabeziel übertragen: *GlobalLog*.tsv enthält eine Zusammenfassung wichtiger Lauf-Ereignisse. *LaneNLog*.tsv listet die Verarbeitungsereignisse pro Lane auf. *Error*.tsv protokolliert während des Laufs aufgetretene Fehler. *WarningLog*.tsv führt während des Laufs aufgetretene Warnungen auf. Real-Time Analysis-Workflow Matrizenbildung Definiert die Clusterpositionen. -
Seite 62: Korrektur Der Phasierung
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Korrektur der Phasierung Während der Sequenzierungsreaktion erweitert sich jeder DNA-Strang in einem Cluster um eine Base pro Zyklus. Die Phasierung und Vorphasierung finden statt, wenn eine Phasenverschiebung eines Strangs mit dem aktuellen Inkorporationszyklus eintritt. Eine Phasierung tritt ein, wenn eine Base zurückfällt. Eine Vorphasierung tritt ein, wenn eine Base vorauseilt. -
Seite 63: Cluster Nach Filterung
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Tabelle 1 Base-Calls bei einer Zweikanal-Sequenzierung Base Roter Kanal Grüner Kanal Ergebnis 1 (ein) 1 (ein) Cluster, die Intensitäten sowohl im roten als auch im grünen Kanal aufweisen. 1 (ein) 0 (aus) Cluster, die Intensitäten nur im roten Kanal aufweisen. 0 (aus) 0 (aus) Cluster, die keine Intensitäten bei einer bekannten Clusterposition... - Seite 64 NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Die Qualitätsbewertung berechnet für jeden Base-Call mehrere Fehlerwahrscheinlichkeiten und ermittelt anhand der Prognosewerte den Q-Score aus einer Qualitätstabelle. Qualitätstabellen werden erstellt, um optimale Qualitätsprognosen für Läufe zu liefern, die auf spezifisch konfigurierten Sequenzierungsplattformen mit bestimmten Chemie-Versionen durchgeführt werden. Nachdem der Q-Score ermittelt wurde, werden die Ergebnisse in Base-Call-Dateien (*.bcl.bgzf) gespeichert.
- Seite 65 NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Dokument-Nr. 1000000041922 v03 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Seite 66: Anhang C Ausgabedateien Und -Ordner
Anhang C Ausgabedateien und -ordner Sequenzierungsausgabedateien Ordnerstruktur der Ausgabedaten Scan-Ausgabedateien Ordnerstruktur der ausgegebenen Scan-Daten Sequenzierungsausgabedateien Dateityp Dateibeschreibung, Speicherort und Name Base-Call-Dateien Jede analysierte Platte wird in eine für jede Lane und für jeden Zyklus zusammengefasste Base-Call-Datei aufgenommen. Die zusammengefasste Datei enthält den Base-Call und den codierten Qualitäts-Score für jeden Cluster dieser Lane. -
Seite 67: Lane-Nummerierung
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Tabelle 2 Fließzellenplatten Fließzellenkomponente Hochleistung Beschreibung Lanes Eine Lane ist ein physischer Kanal mit dedizierten Einlass- und Auslassöffnungen. Oberflächen Es werden zwei Oberflächen der Fließzelle aufgenommen: die obere und die untere Oberfläche. Zuerst wird die obere Oberfläche einer Platte und anschließend die untere Oberfläche derselben Platte aufgenommen, bevor mit der nächsten Platte fortgefahren wird. -
Seite 68: Kameranummerierung
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Kameranummerierung Das NextSeq 550Dx-System verwendet sechs Kameras, um die Fließzelle abzubilden. Die Kameras sind von 1 bis 6 nummeriert. Die Kameras 1–3 nehmen Lane 1 auf. Die Kameras 4–6 nehmen Lane 3 auf. Sobald die Lanes 1 und 3 aufgenommen wurden, bewegt sich das Bildmodul entlang der X- Achse, um die Lanes 2 und 4 aufzunehmen. -
Seite 69: Ordnerstruktur Der Ausgabedaten
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Ordnerstruktur der Ausgabedaten Die Betriebssoftware generiert den Namen des Ausgabeordners automatisch. Data Intensities BaseCalls L001: Base-Call-Dateien für Lane 1, zusammengefasst in einer Datei pro Zyklus. L002: Base-Call-Dateien für Lane 2, zusammengefasst in einer Datei pro Zyklus. L003: Base-Call-Dateien für Lane 3, zusammengefasst in einer Datei pro Zyklus. L004: Base-Call-Dateien für Lane 4, zusammengefasst in einer Datei pro Zyklus. -
Seite 70: Scan-Ausgabedateien
NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Scan-Ausgabedateien Dateityp Dateibeschreibung, Speicherort und Name GTC-Dateien Genotypaufrufdatei. Eine GTC-Datei wird für jede auf dem BeadChip gescannte Probe generiert. Der Dateiname besteht aus dem Barcode und dem Namen der gescannten Probe. [Barcode]_[Probe].gtc Bilddateien Die Namen der Bilddateien entsprechen dem gescannten Bereich auf dem BeadChip. Der Name besteht aus dem Barcode, dem Namen der Probe und dem Abschnitt auf dem BeadChip sowie dem Bildstreifen und dem Bildgebungskanal (rot oder grün). - Seite 71 NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Dokument-Nr. 1000000041922 v03 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Seite 72: Index
Index Adapter Datenübertragung BeadChip-Ausrichtung 29 allgemeiner Kopierdienst 24 BeadChip Laden 31 Scannen von Daten 33 Überblick 5 Decode File Client 27 Analyse Zugriff nach BeadChip 29 Ausgabedateien 61 Zugriff nach Konto 28 Analyse, primär DMAP-Ordner Signalreinheit 58 Decode File Client 27 Audio 10 Herunterladen 28 Ausgabedateien 61... - Seite 73 NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Plattennummerierung 63 Komponenten Rehybridisierung 47 Bildgebungskammer 3 Reinigen 15 Pufferkammer 3 Überblick 6 Reagenzienkammer 3 Verpackung 15 Statusleiste 3 Formamid, Position 6 20 Konfiguration 52 Konfigurationseinstellungen 51 Kundendienst 71 Gerät Ausschalten 41 Avatar 10 Lane-Nummerierung 62 Ein/Aus-Taste 4 Lane-Paare 62 Konfigurationseinstellungen 51 Laufdauer 13-14...
- Seite 74 Tastatur 10 Reagenzien Technische Unterstützung 71 Im Kit 5 ordnungsgemäße Entsorgung 19 Reagenzienkammer 3 Reagenzienkartusche Überwachungsdienst Illumina Proactive 52 Behälter in Position 28 36 Universal Copy Service (allgemeiner Behälter in Position 6 20 Kopierdienst) 24 Überblick 7 Update der Software 39...
- Seite 75 NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch BeadChip 31 Eigenständiger Modus 22 Erweiterte Ladeoption 11 Fließzelle 16 Fließzelle vorbereiten 15 Indizierungshinweise 58 Laufdauer 13-14 Laufkennzahlen 23 Natriumhypochlorit 36 Pufferkartusche 19 Reagenzienkartusche 19 Selbsttest 23, 32 Sequenzierung 56 Überblick 14, 28 Verbrauchte Reagenzien 18 Zyklen in einem Read 13 Dokument-Nr. 1000000041922 v03 DEU Nur für Forschungszwecke.
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Seite 76: Technische Unterstützung
Spanien +34 911899417 +34 800300143 Südkorea +82 80 234 5300 Taiwan, China 00806651752 Sicherheitsdatenblätter (SDS, Safety Data Sheets) sind auf der Illumina-Website unter support.illumina.com/sds.html verfügbar. Die Produktdokumentation steht unter support.illumina.com zum Herunterladen zur Verfügung. Dokument-Nr. 1000000041922 v03 DEU Nur für Forschungszwecke. - Seite 77 NextSeq 550Dx (Forschungsmodus) Referenzhandbuch Dokument-Nr. 1000000041922 v03 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Seite 78: Dokument-Nr. 1000000041922 V03 Deu
Dokument-Nr. 1000000041922 v03 DEU Illumina 5200 Illumina Way San Diego, Kalifornien 92122, USA +1.800.809.ILMN (4566) +1.858.202.4566 (außerhalb von Nordamerika) techsupport@illumina.com www.illumina.com Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. © 2021 Illumina, Inc. Alle Rechte vorbehalten.