Planen Eines Sequenzierungslaufs In Basespace Sequence Hub; Konfigurieren Eines Laufs - illumina NextSeq 2000 Handbuch

NextSeq 2000-Sequenziersystem Handbuch
Die minimale und maximale Zykluszahl beinhaltet einen zusätzlichen Zyklus. Fügen Sie immer einen
Zyklus zur gewünschten Read-Länge hinzu, um die Auswirkungen von Phasierung und Vorphasierung zu
korrigieren. Die Read-Länge ist die Anzahl der Sequenzierungs-Zyklen in Read 1 und Read 2. Nicht
berücksichtigt sind zusätzliche Zyklen und Indexzyklen.
Beispiel für eine Laufkonfiguration:
•
Für eine Read-Länge von 35 (Single-Read) geben Sie 36 in das Feld „Read 1" ein.
•
Für eine Read-Länge von 150 pro Read (Paired-End) geben Sie 151 in das Feld „Read 1" und 151 in
das Feld „Read 2" ein.

Planen eines Sequenzierungslaufs in BaseSpace Sequence Hub

Verwenden Sie die Option „Instrument Run Setup" (Gerätelaufkonfiguration) in BaseSpace Sequence
Hub, um Laufeinstellungen zu erstellen und zu konfigurieren.
Wenn Sie einen Lauf im Cloud- oder Hybrid-Modus konfigurieren, senden Sie die Laufkonfiguration an
die Liste geplanter Läufe in Ihrem BaseSpace Sequence Hub-Konto, wo sie zur Sequenzierung auf dem
NextSeq 2000-Sequenziersystem zur Verfügung steht.
Wenn Sie einen Lauf im Local-Modus konfigurieren, verwenden Sie die Option „Instrument Run Setup"
(Gerätelaufkonfiguration), um ein Probenblatt im Dateiformat Version 2 zu erstellen. Wahlweise finden
Sie unter Einstellungen für Probenblätter der Version 2 auf Seite 55
Probenblatts ohne BaseSpace Sequence Hub mithilfe einer bereitgestellten Vorlage.

Konfigurieren eines Laufs

1. Navigieren Sie zu BaseSpace Sequence Hub.
2. Geben Sie Ihre E-Mail-Adresse und Ihr BaseSpace Sequence Hub-Kennwort ein und wählen Sie
anschließend Sign in (Anmelden).
3. Wählen Sie die Registerkarte Run Planning (Laufplanung) und anschließend Instrument Run
Setup (Gerätelaufkonfiguration).
4. Wählen Sie NextSeq 1000/2000.
5. Geben Sie im Feld „Run Name" (Laufname) einen beliebigen eindeutigen Namen ein, um den
aktuellen Lauf zu identifizieren.
Der Laufname kann alphanumerische Zeichen, Leerzeichen, Bindestriche und Unterstriche enthalten.
6. Wählen Sie einen der folgenden Analysespeicherorte.
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BaseSpace Sequence Hub: Sequenzierungsdaten werden in der Cloud analysiert.
•
Local (Lokal): Sequenzierungsdaten werden im Gerät analysiert.
7. Wählen Sie einen Analysetyp und eine Analyseversion.
Weitere Informationen zur Sekundäranalyse finden Sie unter
42 oder in der Dokumentation zur BaseSpace Sequence Hub-App.
8. Wählen Sie folgende Geräteeinstellungen. Je nach Bibliotheksvorbereitungskit werden die
empfohlenen Optionen automatisch ausgewählt. Bestimmte Bibliotheksvorbereitungskits weisen eine
feste Anzahl von Index-Reads und Read-Typen auf, die nicht geändert werden können.
•
Illumina-Bibliotheksvorbereitungskit
•
Indexadapterkit
•
Anzahl der Index-Reads
•
Read-Typ
Dokument-Nr. 1000000109376 v00 DEU
Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
Informationen zum Erstellen eines
DRAGEN-Sekundäranalyse auf Seite
21