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illumina HiSeq 4000 Handbuch

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HiSeq
4000-Systemhandbuch
®
Nur für Forschungszwecke.
Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
ILLUMINA – EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT
Material-Nr. 20015630
Dokument-Nr. 15066496 v04 DEU
Januar 2017
Anpassen einer kurzen Ende-zu-Ende-Workflow-Anleitung mit dem Custom Protocol Selector
support.illumina.com/custom-protocol-selector.html

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Verwandte Anleitungen für illumina HiSeq 4000

Inhaltszusammenfassung für illumina HiSeq 4000

  • Seite 1 HiSeq 4000-Systemhandbuch ® Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. ILLUMINA – EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT Material-Nr. 20015630 Dokument-Nr. 15066496 v04 DEU Januar 2017 Anpassen einer kurzen Ende-zu-Ende-Workflow-Anleitung mit dem Custom Protocol Selector support.illumina.com/custom-protocol-selector.html...
  • Seite 2 Produkts (der hier beschriebenen Produkte) und für keinen anderen Bestimmungszweck ausgelegt. Dieses Handbuch und dessen Inhalt dürfen ohne schriftliches Einverständnis von Illumina nicht verwendet und zu keinem anderen Zweck verteilt bzw. anderweitig übermittelt, offengelegt oder auf irgendeine Weise reproduziert werden. Illumina überträgt mit diesem Dokument keine Lizenzen unter seinem Patent, Markenzeichen, Urheberrecht oder bürgerlichen Recht bzw.

  • Seite 3: Versionshistorie

    Versionshistorie Datum Dokument Beschreibung der Änderung Material-Nr. 20015630 Das Wartungswaschlaufverfahren wurde aktualisiert. Januar 2017 Dokument-Nr. 15066496 v04 Sigma-Aldrich Katalog-Nr. SRE0076 für SeqClin- Waschlösung wurde entfernt. Der Softwarename wurde in HiSeq Control Software HD v3.4 geändert. Material-Nr. 20013047 Custom Protocol Selector wurde zu „Weitere Ressourcen“  September hinzugefügt.
  • Seite 4 Folgendes wurde entfernt: • Selbststehende konische Röhrchen und Pipettenspitzen aus vom Benutzer bereitzustellenden Verbrauchsmaterialien. • Der Standard-Benutzername und das Standard-Kennwort für die Anmeldung beim Betriebssystem. Illumina empfiehlt die Verwendung standortspezifischer Anmeldeinformationen. • Die Katalognummer für dieses Handbuch. Folgendes wurde korrigiert: •...
  • Seite 5 Datum Dokument Beschreibung der Änderung Material-Nr. 20000063 Aktualisierte Software-Beschreibungen zu HiSeq Control August Software v3.3.52, wobei die folgenden Merkmale 2015 Dokument-Nr. 15066496 v01 hinzugefügt wurden: • Option zur Sequenzierung einer Single-Read-Fließzelle. • Option zum Verbinden mit BaseSpace Onsite. • Sensoranzeigen, die den Datenübertragungsstatus des Laufkopierdiensts und von BaseSpace anzeigen.
  • Seite 6 Material-Nr. 20015630 Dokument-Nr. 15066496 v04 DEU...

  • Seite 7: Inhaltsverzeichnis

    Anhang A Fehlerbehebung Protokolldatei Mögliche Probleme bei der Laufkonfiguration Durchführen einer Fluidikprüfung Unterbrechen bzw. Beenden eines Laufs auf dem HiSeq 4000-System Gestaffelte Läufe auf Fließzelle A und Fließzelle B Mögliche Primer-Rehybridisierung für Read 1 Anhang B Echtzeitanalyse Überblick über die Echtzeitanalyse Echtzeitanalyse-Workflow HiSeq 4000-Systemhandbuch...
  • Seite 8 Anhang C Ausgabedateien Sequenzierungsausgabedateien Ordnerstruktur der Ausgabedaten Plattennummerierung Index Technische Unterstützung viii Material-Nr. 20015630 Dokument-Nr. 15066496 v04 DEU...

  • Seite 9: Kapitel 1 Überblick

    Kapitel 1 Überblick Überblick Einleitung Weitere Ressourcen Gerätekomponenten Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien – Überblick HiSeq 4000-Systemhandbuch...

  • Seite 10: Einleitung

    Sequenzierungs-Clustern in einer geordneten Anordnung. Dies sorgt für mehr Ausgabe- Reads und generierte Daten. Zwei Fließzellen: Das HiSeq 4000 ist ein System für zwei Fließzellen, das die Durchführung von Sequenzierungen für eine oder beide Fließzellen gleichzeitig und mit unterschiedlichen Read-Längen ermöglicht.

  • Seite 11: Weitere Ressourcen

    HiSeq 4000- und HiSeq 3000- Bietet Informationen zu Gerätekennzeichnungen und System Sicherheits- und Compliance-Zertifizierungen sowie sicherheitsbezogene Compliance-Handbuch Informationen. (Dokument-Nr. 15066491) Auf der Supportseite für das HiSeq 4000-System auf der Illumina-Website können Sie auf Dokumentation, Software-Downloads, Online-Schulungen und häufig gestellte Fragen zugreifen. HiSeq 4000-Systemhandbuch...
  • Seite 12 Gerätekomponenten Das HiSeq 4000-System besteht aus dem Gerät, dem Bildschirm, dem Gerätesteuerungscomputer und Zubehör wie einer Tastatur, einer Maus und einem Barcodescanner. Das Gerät enthält vier Hauptkammern: das Optikmodul, die Fließzellenkammer, die Fluidikkammer und die Reagenzienkammer. Eine beleuchtete Statusleiste zeigt den Betriebszustand.

  • Seite 13: Fließzellenkammer

    Fließzellenkammer In der Fließzellenkammer sind der Fließzellentisch, die Heizelemente, das Vakuumsystem und die Fluidikanschlüsse für die einzelnen Fließzellen untergebracht. Abbildung 2 Fließzellentisch mit zwei Fließzellen Fließzelle A Fließzelle B Fließzellenregler A Fließzellenregler B Fließzelle A befindet sich auf der linken, Fließzelle B auf der rechten Seite. Jede Fließzelle befindet sich auf dem Fließzellentisch, der von der Steuerungssoftware in das optische Modul hineingefahren bzw.
  • Seite 14 Reagenzien-Rack für Indizierungs- und Paired-End-Reagenzien Reagenzien-Rack für SBS-Reagenzien für Fließzelle A Reagenzien-Rack für SBS-Reagenzien für Fließzelle B HiSeq 4000-Software Auf dem Gerätecomputer sind drei Software-Anwendungen installiert: HiSeq 4000-Steuerungssoftware: Die Benutzeroberfläche der HiSeq Control Software HD v3.4 führt Sie durch die Schritte für die Konfiguration eines Sequenzierungslaufs.

  • Seite 15: Statussymbole

    Statussymbole In der oberen rechten Ecke jedes Bildschirms befindet sich ein Statussymbol, das Sie über Änderungen der Bedingungen und über Fehler oder Warnungen informiert, die während der Laufkonfiguration und des Laufs auftreten. Statussymbol Statusname Beschreibung Status okay Keine Änderung. Das System funktioniert normal. Information Nur zur Information.
  • Seite 16 Zwei der Sensoranzeigen auf der Softwareoberfläche zeigen den Übertragungsstatus des Laufkopierdiensts und des BaseSpace Sequence Hub an. Laufkopierdienst Der Übertragungsstatus beeinflusst, ob Sie einen neuen Lauf starten oder das Ausgabelaufwerk sicher formatieren können. Statussymbol Beschreibung Daten werden übertragen. Formatieren Sie das Ausgabelaufwerk erst, nachdem die Übertragung abgeschlossen ist.

  • Seite 17: Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien - Überblick

    Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien – Überblick Zur Durchführung eines Laufs auf dem HiSeq 4000-System sind ein HiSeq 3000/4000 SBS- Kit und ein Cluster-Kit erforderlich. Cluster-Kits sind in den Versionen Paired-End (PE) und Single-Read (SR) verfügbar. Name des Kits Katalog-Nr. HiSeq 3000/4000-SBS-Kit (300 Zyklen) FC-410-1003 HiSeq 3000/4000-SBS-Kit (150 Zyklen)
  • Seite 18 Material-Nr. 20015630 Dokument-Nr. 15066496 v04 DEU...

  • Seite 19: Kapitel 2 Erste Schritte

    Kapitel 2 Erste Schritte Erste Schritte Starten des HiSeq 4000-Systems Anpassen der Systemeinstellungen Anzeigen und Senden von Gerätedaten Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien HiSeq 4000-Systemhandbuch...

  • Seite 20: Starten Des Hiseq 4000-Systems

    Starten des HiSeq 4000-Systems Starten Sie den Gerätesteuerungscomputer. Warten Sie, bis das System geladen ist, und melden Sie sich dann beim Betriebssystem an. Fragen Sie, falls erforderlich, den Administrator Ihres Unternehmens nach dem Benutzernamen und dem Kennwort. Schalten Sie den Netzschalter auf der linken Seite des Geräts in die Position „ON“  (EIN).

  • Seite 21: Anpassen Der Systemeinstellungen

    Läufe der Fließzelle B gespeichert werden. HINWEIS Illumina empfiehlt einen Speicherort im Netzwerk für die Ausgabeordner. Sollte sich der Speicherort vom Ordner „HiSeq Temp“ unterscheiden, können Sie auch einen Speicherort auf dem Laufwerk O:\ angeben. Verwenden Sie nicht die Laufwerke S:\ und C:\.

  • Seite 22: Konfigurieren Einer Domäne

    Wählen Sie OK, um Ihre Arbeit zu speichern und das Fenster „Menu Options“  (Menüoptionen) zu schließen. Wählen Sie Cancel (Abbrechen), wenn Sie das Fenster schließen möchten, ohne Ihre Arbeit zu speichern. Konfigurieren einer Domäne Wenn Sie BaseSpace Enterprise abonniert haben, gehen Sie folgendermaßen vor, um Ihre Domäne zu konfigurieren.

  • Seite 23: Anzeigen Und Senden Von Gerätedaten

    Hub sendet (empfohlen), wählen Sie Menu | Tools | Options (Menü | Extras | Optionen) aus und aktivieren Sie anschließend das Kontrollkästchen Send instrument health data to Illumina to help Illumina improve its products (Gerätezustandsdaten zwecks Verbesserung der Produkte an Illumina senden).

  • Seite 24: Vom Benutzer Bereitzustellende Verbrauchsmaterialien

    Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien Verbrauchsmaterial Anbieter Zweck Alkoholtupfer, VWR, Katalog-Nr. 95041-714 Reinigen der Fließzelle und 70 % Isopropyl des Fließzellentisches. Allgemeiner Laborlieferant oder Ethanol, 70 % Ballonflasche, Allgemeiner Laborlieferant Vorbereitung der Lösung Fassungsvermögen mindestens für den Wartungswaschlauf. 6 Liter 250-ml-Zentrifugenröhrchen Corning, Katalog-Nr. 430776 SBS-Reagenzien-Racks, Positionen mit PW1. Gerätewaschlauf.

  • Seite 25: Kapitel 3 Vorbereiten Von Reagenzien

    Kapitel 3 Vorbereiten von Reagenzien Vorbereiten von Reagenzien Einleitung Vorbereiten von SBS-Reagenzien Vorbereiten von Indizierungs- und Paired-End-Reagenzien HiSeq 4000-Systemhandbuch...

  • Seite 26: Einleitung

    Einleitung Bevor Sie den Lauf konfigurieren, bereiten Sie alle Reagenzien für die Sequenzierung vor: SBS-Reagenzien, Indizierungsreagenzien und Paired-End-Reagenzien. Alle Reagenzien werden geladen, wenn Sie von der Software während der Laufkonfiguration dazu aufgefordert werden. Sie müssen während des Laufs nicht zum Gerät zurückkehren, um Reagenzien nachzuladen.

  • Seite 27: Vorbereiten Von Sbs-Reagenzien

    Vorbereiten von SBS-Reagenzien SBS-Reagenzien werden zu Beginn des Laufs auf das Gerät geladen. Gehen Sie folgendermaßen vor, um HCM, HIM und HSM aufzutauen und zu überprüfen. Auftauen von SBS-Reagenzien Nehmen Sie HCM, HIM und HSM aus dem Lagerort mit einer Temperatur von -25 bis -15 °C.

  • Seite 28: Vorbereiten Von Indizierungs- Und Paired-End-Reagenzien

    Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Auftauen und Vorbereiten von Indizierungsreagenzien und Paired-End- Reagenzien Nehmen Sie die folgenden Reagenzien aus dem Lagerort mit einer Temperatur von -25 bis -15 °C heraus:...

  • Seite 29: Kapitel 4 Sequenzierung

    Kapitel 4 Sequenzierung Sequenzierung Einleitung Sequenzierungsworkflow Eingeben von Laufparametern Laden und Vorfüllen von Reagenzien Einsetzen der Sequenzierungsfließzelle Überwachen des Laufs Entladen von Reagenzien Durchführen eines Wasserwaschlaufs Schnellformatierung der Ausgabe- und Scratch-Laufwerke HiSeq 4000-Systemhandbuch...

  • Seite 30: Einleitung

    Einleitung Um auf dem HiSeq 4000 einen Lauf durchzuführen, bereiten Sie die Reagenzien für den Lauf vor und halten Sie sich an die Eingabeaufforderungen zum Konfigurieren des Laufs. Zu den Schritten für das Konfigurieren des Laufs gehören das Eingeben der Laufparameter, das Laden und Vorfüllen der Reagenzien, das Laden der Fließzelle und das Durchführen...

  • Seite 31: Sequenzierungsworkflow

    Sequenzierungsworkflow Bereiten Sie die Fließzelle und die Reagenzien für den Lauf vor. Geben Sie die Laufparameter gemäß den Anweisungen auf der Benutzeroberfläche der Steuerungssoftware ein. Laden Sie die SBS-Reagenzien für Read 1 und Read 2 sowie die Indizierungs- und Paired-End-Reagenzien, sofern zutreffend. Überprüfen Sie mit einer gebrauchten Fließzelle den ordnungsgemäßen Fluss.

  • Seite 32: Eingeben Von Laufparametern

    Eingeben von Laufparametern Starten Sie die Laufkonfiguration, indem Sie Laufparameter für eine Reihe von Bildschirmen auf der Registerkarte „Run Configuration“ (Laufkonfiguration) eingeben. Die Software führt Sie durch jeden Bildschirm, wenn Sie die BaseSpace Sequence Hub- Konnektivität angeben, Verbrauchsmaterial-IDs eintragen, Indizierungsoptionen auswählen und weitere Parameter für den Lauf angeben. Bildschirm „Storage“...
  • Seite 33 Bildschirm „Advanced“ (Erweitert) [Optional] Aktivieren Sie das Kontrollkästchen Confirm First Base (Erste Base bestätigen). Ein Bericht zur ersten Base wird automatisch für jeden Lauf nach Zyklus 2 generiert und im Stammverzeichnis des Laufordners gespeichert. Wenn Sie diese Option wählen, können Sie den Bericht zur ersten Base bestätigen, bevor Sie mit dem Lauf fortfahren.

  • Seite 34: Überprüfungsbildschirm

    [Optional] Aktivieren Sie das Kontrollkästchen Use Existing Recipe (Vorhandene Rezeptur verwenden), wenn Sie eine benutzerdefinierte Rezeptur verwenden möchten. Bildschirm „Sample Sheet“ (Probenblatt) Probenblätter sind optional, es sei denn, Sie verwenden den BaseSpace Sequence Hub, um eine Datenanalyse durchzuführen. Wählen Sie Browse (Durchsuchen), um das Probenblatt zu finden. Wählen Sie Next (Weiter).

  • Seite 35: Laden Und Vorfüllen Von Reagenzien

    Laden und Vorfüllen von Reagenzien Nach der Eingabe der Laufparameter sind die nächsten Schritte für die Laufkonfiguration das Laden der SBS-, Indizierungs- und Paired-End-Reagenzien sowie das Vorfüllen der Reagenzien durch das Fluidiksystem. Die Software führt Sie in mehreren Voreinstellungsbildschirmen durch diese Schritte. Laden von SBS-Reagenzien Invertieren Sie jede Flasche zum Mischen.

  • Seite 36: Laden Von Indizierungs- Und Paired-End-Reagenzien

    Laden von Indizierungs- und Paired-End-Reagenzien Invertieren Sie jede Flasche zum Mischen. Heben Sie die Sipper für den Paired-End-Reagenzien-Rack wie folgt an: Ziehen Sie den Griff zu sich hin und heben Sie ihn an. Schieben Sie den Griff in die Aussparung am oberen Ende der Schiene. Vergewissern Sie sich, dass der Griff fest in der Aussparung sitzt.

  • Seite 37: Vorfüllen Von Reagenzien

    Senken Sie die Sipper wie folgt in die Paired-End-Reagenzröhrchen ab: Ziehen Sie den Griff zu sich hin und senken Sie ihn ab. Inspizieren Sie die Sipper, um sicherzustellen, dass sie beim Eintauchen in die Röhrchen nicht verbogen werden. Schieben Sie den Griff in die Aussparung am unteren Ende der Schiene. Aktivieren Sie das Kontrollkästchen PW1 (25 ml) loaded in Position 2 (PW1 (25 ml) in Position 2 geladen) und wählen Sie anschließend Next (Weiter).
  • Seite 38 Nehmen Sie die Hand von der Fließzelle, um zu verhindern, dass im Laufe der Zeit eine Verschiebung der Ausrichtung auftritt. Bewegen Sie den Fließzellenregler langsam in Position 1. Dadurch wird das Vakuum aktiviert und die Fließzelle wird gesichert. Wenn der Fließzellenregler grün blinkt, ist das Vakuum aktiviert. Falls der Regler nicht grün leuchtet, lesen Sie Mögliche Probleme bei der Laufkonfiguration auf Seite Warten Sie etwa 5 Sekunden und bewegen Sie dann den Fließzellenregler langsam in...
  • Seite 39 Positionieren der Schläuche und Starten des Vorfüllvorgangs Entfernen Sie die acht Abfallröhrchen der entsprechenden Fließzelle vom Abfallbehälter. Abbildung 8 Positionieren der Schläuche Abfallröhrchen der Fließzelle für die Reagenzienpositionen 1 bis 8 Schlauch der Kondensatpumpe Platzieren Sie jedes Abfallröhrchen in einem separaten leeren 15-ml-Röhrchen. Der Abfall wird nach Abschluss des Vorfüllvorgangs gesammelt und gemessen.

  • Seite 40: Einsetzen Der Sequenzierungsfließzelle

    Einsetzen der Sequenzierungsfließzelle Zu den Schritten zum Einsetzen der Cluster-Fließzelle für die Sequenzierung gehören das Entfernen der zum Vorfüllen verwendeten Fließzelle, das Reinigen des Fließzellenhalters, das Einsetzen der Cluster-Fließzelle in das Gerät sowie das Verifizieren des ordnungsgemäßen Flusses. Entfernen der gebrauchten Fließzelle Bewegen Sie den Fließzellenregler langsam in Position 1, um die Manifolds zu lösen.
  • Seite 41 Abbildung 10 Fließzelle an oberem und rechten Führungsstiften ausgerichtet Oberer Führungsstift Rechte Führungsstifte Nehmen Sie die Hand von der Fließzelle, um zu verhindern, dass im Laufe der Zeit eine Verschiebung der Ausrichtung auftritt. Bewegen Sie den Fließzellenregler langsam in Position 1. Dadurch wird das Vakuum aktiviert und die Fließzelle wird gesichert.
  • Seite 42 Pumpen Sie weitere 250 µl in die Fließzelle. Wählen Sie Next (Weiter). Stellen Sie sicher, dass der Fließzellenregler grün leuchtet, und schließen Sie anschließend die Tür der Fließzellenkammer. Achten Sie darauf, dass die Kontrollkästchen Vacuum Engaged (Vakuum aktiviert) und Door Closed (Tür geschlossen) aktiviert sind, und wählen Sie Next (Weiter). Wählen Sie Start, um den Sequenzierungslauf zu starten.

  • Seite 43: Überwachen Des Laufs

    Überwachen des Laufs Sie können die Laufkennzahlen auf dem Laufübersichtsbildschirm überwachen. Abbildung 11 Laufübersichtsbildschirm Statusleiste: In der Statusleiste können Sie prüfen, wie viele Zyklen bereits abgeschlossen sind. Fließzellenbild: Im Fließzellenbild sehen Sie, welche Lanes bereits aufgenommen wurden. Fluidikdiagramm: Erweitern Sie den Fluidikabschnitt und überwachen Sie die chemischen Schritte.

  • Seite 44: Entladen Von Reagenzien

    Handschuhen und Laborkittel. Verbrauchte Reagenzien sind als chemische Abfälle zu behandeln. Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Material-Nr. 20015630 Dokument-Nr. 15066496 v04 DEU...

  • Seite 45: Durchführen Eines Wasserwaschlaufs

    Durchführen eines Wasserwaschlaufs Nach jedem Sequenzierungslauf ist ein Wasserwaschlauf erforderlich, um das System zu waschen und die Fluidik zu überprüfen. Ein Wartungswaschlauf ist eine optionale Alternative zu einem Wassernachwaschlauf. Anweisungen finden Sie unter Durchführen eines Wartungswaschlaufs auf Seite Wenn das Gerät einen Tag oder länger nicht verwendet wurde, führen Sie einen Wasserwaschlauf durch, bevor Sie einen neuen Sequenzierungslauf starten.

  • Seite 46: Schnellformatierung Der Ausgabe- Und Scratch-Laufwerke

    Schnellformatierung der Ausgabe- und Scratch- Laufwerke Führen Sie nach Abschluss der Datenübertragung eine Schnellformatierung des Ausgabelaufwerks (O:\) und des Scratch-Laufwerks (S:\) durch. Eine Schnellformatierung löscht das Laufwerk für den nachfolgenden Lauf, ohne wichtige System- oder Gerätewartungsdateien zu entfernen. Bevor ein Lauf beginnen kann, werden mindestens 2 TB für eine Lauflänge von 2 x 151 benötigt.

  • Seite 47: Kapitel 5 Wartung

    Kapitel 5 Wartung Wartung Einleitung Durchführen eines Wartungswaschlaufs Versetzen des Geräts in den Leerlauf Ausschalten des Geräts HiSeq 4000-Systemhandbuch...

  • Seite 48: Einleitung

    Fluidiksystem spülen sowie Salzansammlungen und eine Kreuzkontaminierung von Reagenzien verhindern. Präventive Wartung Illumina empfiehlt, jährlich eine präventive Wartung durchführen zu lassen. Wenn Sie keinen Servicevertrag abgeschlossen haben, wenden Sie sich an den für Ihre Region zuständigen Kundenbetreuer oder an den technischen Support von Illumina, um einen Termin für eine kostenpflichtige präventive Wartung zu vereinbaren.

  • Seite 49: Durchführen Eines Wartungswaschlaufs

    Durchführen eines Wartungswaschlaufs Führen Sie alle 10 Tage einen Wartungswaschlauf durch, wenn Sie von der Software dazu aufgefordert werden, oder optional nach einem Lauf. Ein Wartungswaschlauf dauert ungefähr 90 Minuten und folgt einem von zwei Workflows. Befolgen Sie das entsprechende Wartungswaschlaufprotokoll, abhängig davon, ob Sie ProClin 300 verwenden: Standardmäßiger Tween 20- und ProClin 300-Waschlauf: Spült das System mit einer vom Benutzer vorbereiteten Tween 20- und ProClin 300-Lösung.
  • Seite 50 Tween 20 und ProClin 300 Wählen Sie im Begrüßungsbildschirm die Option Wash | Maintenance (Waschlauf | Wartung). Wenn Sie eine frische Wartungswaschlauflösung verwenden, laden Sie das Gerät folgendermaßen mit der Lösung: Füllen Sie acht SBS-Flaschen mit 250 ml frischer Waschlösung. Füllen Sie 10 PE-Röhrchen mit 12 ml frischer Waschlösung. Weisen Sie jeder Flasche und jedem Röhrchen eine Position im Reagenzien-Rack zu.
  • Seite 51 Führen Sie eine Fluidikprüfung mit den Standardwerten für die Pumpe durch: Wählen Sie Lösung 2 aus der Dropdown-Liste aus. Wählen Sie Pump (Pumpe). Inspizieren Sie die Fließzelle auf Luftblasen, die die Lanes passieren, sowie auf Undichtigkeiten in der Nähe der Manifolds. Falls Sie einen kontinuierlichen Strom von Luftblasen feststellen, ersetzen Sie die Dichtung und wiederholen Sie die Fluidikprüfung.
  • Seite 52 Stellen Sie die Flasche auf eine Rührplatte und mischen Sie sie gründlich. Fügen Sie vier Liter Wasser in Laborqualität hinzu, sodass Sie eine Lösung aus ca. 0,5 % Tween 20 erhalten. Rühren Sie weiter, bis die Lösung gründlich gemischt ist. Fahren Sie umgehend mit dem Einrichten des Waschlaufs fort. Tween 20-Waschlauf Wählen Sie im Begrüßungsbildschirm die Option Wash | Maintenance (Waschlauf | Wartung).
  • Seite 53 Falls Sie einen kontinuierlichen Strom von Luftblasen feststellen, ersetzen Sie die Dichtung und wiederholen Sie die Fluidikprüfung. Entfernen Sie die Abfallröhrchen der entsprechenden Fließzelle vom Abfallbehälter. Bündeln Sie die acht Abfallröhrchen mit Parafilm. Achten Sie darauf, dass die Röhrchen nebeneinanderliegen. Platzieren Sie die gebündelten Enden der Abfallröhrchen in einer 250-ml-Flasche.

  • Seite 54: Versetzen Des Geräts In Den Leerlauf

    Versetzen des Geräts in den Leerlauf Gehen Sie wie nachfolgend beschrieben vor, wenn das Gerät bis zu 10 Tage im Leerlaufmodus bleiben soll. Falls das Gerät länger als 10 Tage nicht verwendet werden soll, schalten Sie es stattdessen aus. Führen Sie einen Wartungswaschlauf durch, um das System zu spülen. Lassen Sie die Fließzelle auf dem Fließzellentisch, wobei sich der Fließzellenregler in Position 2 befinden muss.

  • Seite 55: Ausschalten Des Geräts

    Ausschalten des Geräts Gehen Sie wie folgt vor, um die Fluidik sicher vorzubereiten und das System auszuschalten: Schalten Sie das Gerät nur aus, wenn es innerhalb der nächsten 10 Tage oder länger nicht benutzt werden soll. Wenn Sie das Gerät innerhalb der nächsten 10 Tage verwenden möchten, versetzen Sie es stattdessen in den Leerlauf.
  • Seite 56 Material-Nr. 20015630 Dokument-Nr. 15066496 v04 DEU...

  • Seite 57: Anhang A Fehlerbehebung

    Anhang A Fehlerbehebung Fehlerbehebung Protokolldatei Mögliche Probleme bei der Laufkonfiguration Durchführen einer Fluidikprüfung Unterbrechen bzw. Beenden eines Laufs auf dem HiSeq 4000-System Gestaffelte Läufe auf Fließzelle A und Fließzelle B Mögliche Primer-Rehybridisierung für Read 1 HiSeq 4000-Systemhandbuch...

  • Seite 58: Protokolldatei

    Protokolldatei In der Protokolldatei werden alle in der Steuerungssoftware aufgetretenen Fehler aufgeführt. Verwenden Sie diese Datei zu Fehlerbehebungszwecken. Wählen Sie im Begrüßungsbildschirm Menu | Tools | Show Log (Menü | Extras | Protokolldatei anzeigen). Material-Nr. 20015630 Dokument-Nr. 15066496 v04 DEU...

  • Seite 59: Mögliche Probleme Bei Der Laufkonfiguration

    Mögliche Probleme bei der Laufkonfiguration Problem Mögliche Ursache Aktion Die Software wurde Die Software konnte Schließen Sie die Fehlermeldung und starten Sie nicht initialisiert. interne anschließend die Gerätesoftware neu. Hardwaregeräte nicht Falls das Problem weiterhin besteht, starten Sie initialisieren. den Gerätecomputer neu. Wenn Sie den Computer neu starten möchten, schalten Sie das Gerät zuerst aus, um sicherzustellen, dass das „DoNotEject“-Laufwerk korrekt erkannt wird.

  • Seite 60: Durchführen Einer Fluidikprüfung

    Durchführen einer Fluidikprüfung Führen Sie während der Geräteinstallation und bei der Behebung von Fluidikproblemen eine Fluidikprüfung durch. Wählen Sie im Begrüßungsbildschirm die Option Check (Prüfung). Scannen Sie die Waschlauf-Fließzellen-ID (Barcodenummer) der Primer-Fließzelle ein oder geben Sie sie ein. Stellen Sie sicher, dass Sie eine gebrauchte Fließzelle verwenden. Setzen Sie die gebrauchte Fließzelle in das Gerät ein.

  • Seite 61: Unterbrechen Bzw. Beenden Eines Laufs Auf Dem Hiseq 4000-System

    Unterbrechen bzw. Beenden eines Laufs auf dem HiSeq 4000-System Beim Beenden eines Laufs gibt es keine Option, Daten zu speichern oder den Lauf wieder aufzunehmen. Das Unterbrechen eines Laufs ist ggf. erforderlich, um die Laufkomponenten zu überprüfen oder um einen Lauf auf der benachbarten Fließzelle zu konfigurieren.
  • Seite 62 HINWEIS Falls ein Lauf während Read 1 gestoppt wird, ist es möglich, eine Primer- Rehybridisierung auf dem cBot durchzuführen. Starten Sie nach der Primer- Rehybridisierung einen neuen Lauf auf dem HiSeq 4000, um die Fließzelle zu sequenzieren. Material-Nr. 20015630 Dokument-Nr. 15066496 v04 DEU...

  • Seite 63: Gestaffelte Läufe Auf Fließzelle A Und Fließzelle B

    Gestaffelte Läufe auf Fließzelle A und Fließzelle B Wählen Sie Pause | Normal Pause (Unterbrechen | Normale Unterbrechung) aus. Warten Sie, bis der aktuelle Chemie- oder Bildgebungsschritt abgeschlossen wurde. Das System wird automatisch in einen sicheren Zustand versetzt. Überprüfen Sie, ob der Lauf erfolgreich angehalten wurde. Wenn der Lauf angehalten wurde, wird die Schaltfläche „Resume“ (Fortsetzen) angezeigt.

  • Seite 64: Mögliche Primer-Rehybridisierung Für Read 1

    Read 1 durchführen, um die Fließzelle zu retten. Die Primer-Rehybridisierung für Read 1 wird auf dem cBot-System durchgeführt und beschädigt nicht die Cluster auf der Fließzelle. Zur Durchführung einer Primerhybridisierung für Read 1 auf einer strukturierten HiSeq 4000-Fließzelle benötigen Sie folgende Verbrauchsmaterialien von Illumina: HiSeq 3000/4000 cBot-Multi-Primer-Rehybridisierungs-Kit (Katalog-Nr. GD-305-2001) HiSeq-cBot-Manifold (Katalog-Nr. SY-401-2015) Weitere Informationen finden Sie in Read-1-Primer-Rehybridisierung auf einer HiSeq 3000/4000-Fließzelle (Dokument-Nr.

  • Seite 65: Anhang B Echtzeitanalyse

    Anhang B Echtzeitanalyse Echtzeitanalyse Überblick über die Echtzeitanalyse Echtzeitanalyse-Workflow HiSeq 4000-Systemhandbuch...

  • Seite 66: Überblick Über Die Echtzeitanalyse

    Konvertierungssoftware bcl2fastq können Sie die Demultiplexierung und die FASTQ- Konvertierung durchführen. Verwenden Sie bcl2fastq v2.16 oder höher zum Konvertieren von HiSeq 4000-Daten. Die aktuelle Softwareversion und Informationen zum Download finden Sie auf der HiSeq 4000-Supportseite der Illumina-Website. RTA2 liefert Echtzeitkennzahlen zur Laufqualität, die in InterOp-Dateien gespeichert werden.

  • Seite 67: Fehlerbehandlung

    Näheres zu den einzelnen Ausgabedateien finden Sie unter Sequenzierungsausgabedateien auf Seite Fehlerbehandlung RTA2 erstellt Protokolldateien und speichert sie im Ordner „RTALogs“. Fehler werden im *.tsv-Format in einer Fehlerdatei aufgezeichnet. Wenn die Verarbeitung abgeschlossen ist, werden die folgenden Protokoll- und Fehlerdateien an das endgültige Ausgabeziel übertragen: *GlobalLog*.tsv enthält eine Zusammenfassung wichtiger Lauf-Ereignisse.

  • Seite 68: Echtzeitanalyse-Workflow

    Echtzeitanalyse-Workflow Definiert die Clusterpositionen. Matrizenbildung Zeichnet die Position der einzelnen Cluster auf der strukturierten Registrierung und Fließzelle auf und ermittelt einen Intensitätswert für jeden Cluster. Intensitätsextraktion Korrigiert Crosstalk zwischen Kanälen. Farbmatrixkorrektur Korrigiert die Auswirkungen der Phasierung und Vorphasierung. Korrektur der empirischen Phasierung Legt für jeden Cluster einen Base-Call fest.

  • Seite 69: Korrektur Der Empirischen Phasierung

    Nachdem die Roh-Intensitäten für Crosstalk, Phasierung und Vorphasierung korrigiert wurden, ist der Farbkanal mit der hellsten Intensität der Base-Call für diesen Cluster in diesem Zyklus. Das Base-Calling beginnt auf einem HiSeq 4000, das RTA2 verwendet, nach Zyklus 3. Beim Base-Calling wird eine Base (A, C, G oder T) für jeden Cluster einer bestimmten Platte eines bestimmten Zyklus festgelegt.

  • Seite 70: Qualitätsbewertung

    Daher liefert ein geordnetes Array auf einer strukturierten Fließzelle einen relativ niedrigen Prozentsatz von Clustern nach Filterung. Abbildung 15 Leere und polyklonale Wells (in der Roh-Cluster-Anzahl enthalten) Abbildung 16 Wells mit Clustern, die nicht den Filter passieren (grau dargestellt) Qualitätsbewertung Ein Qualitäts-Score oder Q-Score ist eine Prognose über die Wahrscheinlichkeit eines fehlerhaften Base-Calls.

  • Seite 71: Q-Score-Gruppierung

    Genauigkeit und Leistung von nachgeschalteten Anwendungen zu beeinträchtigen. Die Q-Score-Gruppierung trägt zur Effizienz der Analyseverfahren und Datenübertragungsanforderungen bei, die mit dem hohen Durchsatz des HiSeq 4000 einhergehen. Die resultierende *.bcl-Datei ist kleiner, da die Komprimierungsalgorithmen die Datei besser komprimieren können. Es werden weniger Daten auf den Gerätecomputer geschrieben und auf einen Speicherort im Netzwerk übertragen, wodurch das Kopieren der...
  • Seite 72 Material-Nr. 20015630 Dokument-Nr. 15066496 v04 DEU...

  • Seite 73: Anhang C Ausgabedateien

    Anhang C Ausgabedateien Ausgabedateien Sequenzierungsausgabedateien Ordnerstruktur der Ausgabedaten Plattennummerierung HiSeq 4000-Systemhandbuch...

  • Seite 74: Sequenzierungsausgabedateien

    Sequenzierungsausgabedateien Dateityp Dateibeschreibung, Speicherort und Name Base-Call-Dateien Die Analyseergebnisse der einzelnen Platten werden in Base-Call- Dateien gespeichert. Sie enthalten den Base-Call und den kodierten Qualitäts-Score. Data\Intensities\BaseCalls\L00[X]: Die Dateien für jede Lane werden pro Zyklus in den jeweiligen Ordnern gespeichert. s_[Lane]_[Platte].bcl.gz, wobei „Lane“ der Platzhalter für die einstellige Nummer der Lane und „Platte“ der Platzhalter für die vierstellige Plattennummer ist.

  • Seite 75: Ordnerstruktur Der Ausgabedaten

    Ordnerstruktur der Ausgabedaten Config: Enthält Konfigurationsdateien für den Lauf. Data Intensities BaseCalls L00[X]: Base-Call-Dateien für jede Lane, zusammengefasst in einer Datei pro Zyklus. s.locs Images Focus L00[X]: Fokusbilder für jede Lane. InterOp: Vom Sequenzierungsanalyse-Viewer (SAV) verwendete Binärdateien. Logs: Protokolldateien, die betriebliche Ereignisse beschreiben. Recipe: Laufspezifische Rezepturdatei mit der Reagenzienkartuschen-ID als Name.

  • Seite 76: Plattennummerierung

    Plattennummerierung Die strukturierte Fließzelle des HiSeq 3000/4000-Systems wird für jeden Zyklus in 112 Platten auf jeder Lane oben und unten aufgenommen. Jede der acht Lanes hat zwei Bildstreifen mit je 28 Platten. Die Platten werden entsprechend ihrer Position nummeriert. HINWEIS Ein Bildstreifen ist eine Plattenreihe innerhalb einer Lane der Fließzelle. Der Plattenname ist eine vierstellige Zahl, die die Position der Fließzelle darstellt.

  • Seite 77: Index

    Abfallschläuche 31, 43, 45 Daten Abgegebene Volumina Komprimierung 63 Vorfüllen 31 Konvertieren 58 Wartungswaschläufe 43, 45 Senden an Illumina 15 Wasserwaschläufe 37 Datenübertragung 38, 59 Anschließen von USB-Kabeln 12 Datenübertragungsstatus Anwendungen, installiert 6 BaseSpace Sequence Hub 8 Anzahl an Zyklen Laufkopierdienst 8 Durchgeführt vs.
  • Seite 78 SBS 27 InterOp-Dateien 58, 66 Positionieren der Fließzellen 29, 32 Präventive Wartung 40 Probenblätter erforderlich 26 Protokolldateien 66 Kammern 4 Katalognummern Illumina-Rehybridisierungs-Kits 56 Manifolds 56 Q-Scores 62 Vom Benutzer bereitzustellende Qualitäts-Scores Verbrauchsmaterialien 16 Überwachen 35 Konfigurationsdatei 66 Konfigurieren einer Domäne 14...
  • Seite 79 Technische Unterstützung 73 Temperatur, Reagenzienkühler 6 Temporäre Ordner 67 Trichterverschlüsse 27 Undichtigkeiten 30, 33 USB-Kabel, Anschließen 12 Vakuumsystem 5 Verbrauchsmaterialien Illumina-Sequenzierungs-Kits 9 Vom Benutzer bereitzustellen 16 verfügbarer Speicherplatz 38 Verlust der Registrierung 51 Versuchsname 24 Vorbereiten des Vorfüllens 31 Vorfüllabfall 31 Vorfüllen Optionale Einstellung 26 Vorfüllen einer Fließzelle 29...
  • Seite 80 Material-Nr. 20015630 Dokument-Nr. 15066496 v04 DEU...

  • Seite 81: Technische Unterstützung

    1.800.812949 Andere Länder +44.1799.534000 Italien 800.874909 Sicherheitsdatenblätter (SDS, Safety Data Sheets) sind auf der Illumina-Website unter support.illumina.com/sds.html verfügbar. Die Produktdokumentation steht auf der Illumina-Website im PDF-Format zum Herunterladen zur Verfügung. Gehen Sie zu support.illumina.com, wählen Sie ein Produkt und wählen Sie anschließend Documentation & Literature (Dokumentation und Literatur).
  • Seite 82 Illumina 5200 Illumina Way San Diego, Kalifornien 92122, USA +1.800.809.ILMN (4566) +1.858.202.4566 (außerhalb von Nordamerika) techsupport@illumina.com www.illumina.com...

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