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Nur für Forschungszwecke.
Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
ILLUMINA – EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT
Material-Nr. 20014309
Dokument-Nr. 1000000002695 v01 DEU
Dezember 2016
Anpassen einer kurzen Ende-zu-Ende-Work ow-Anleitung mit dem Custom Protocol Selector
support.illumina.com/custom-protocol-selector.html
Systemhandbuch
™
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Fehlerbehebung
Verwandte Anleitungen für illumina MiniSeq
Inhaltszusammenfassung für illumina MiniSeq
- Seite 1 MiniSeq Systemhandbuch ™ Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. ILLUMINA – EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT Material-Nr. 20014309 Dokument-Nr. 1000000002695 v01 DEU Dezember 2016 Anpassen einer kurzen Ende-zu-Ende-Work ow-Anleitung mit dem Custom Protocol Selector support.illumina.com/custom-protocol-selector.html...
- Seite 2 Produkts (der hier beschriebenen Produkte) und für keinen anderen Bestimmungszweck ausgelegt. Dieses Handbuch und dessen Inhalt dürfen ohne schriftliches Einverständnis von Illumina nicht verwendet und zu keinem anderen Zweck verteilt bzw. anderweitig übermittelt, offengelegt oder auf irgendeine Weise reproduziert werden. Illumina überträgt mit diesem Dokument keine Lizenzen unter seinem Patent, Marken, Urheberrecht oder bürgerlicfhen Recht bzw.
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Seite 3: Versionshistorie
Versionshistorie Dokument Datum Beschreibung der Änderung Material-Nr. 20014309 Aktualisierte Software-Beschreibungen zu MiniSeq Control September Software v1.1.8, die den Demomodus enthält. 2016 Dokument-Nr. 1000000002695 v01 Aktualisierung der Dauer des automatischen Nachwaschlaufs auf 60 Minuten. Hinzufügen eines Serverkonfigurationsschritts zu den Anweisungen für die Auswahl von BaseSpace für die Analyse. - Seite 4 Material-Nr. 20014309 Dokument-Nr. 1000000002695 v01 DEU...
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Seite 5: Inhaltsverzeichnis
Anhang A Fehlerbehebung Dateien für die Fehlerbehebung Fehler beim automatischen Selbsttest RTA-Fehler Workflow für die Rehybridisierung Systemprüfung Netzwerkkonfigurationseinstellungen Anwendungsspezifische Genome Ausschalten des Geräts Anhang B Echtzeitanalyse Überblick über die Echtzeitanalyse Eingabe- und Ausgabedateien Echtzeitanalyse-Workflow Anhang C Ausgabedateien Sequenzierungsausgabedateien MiniSeq Systemhandbuch... - Seite 6 Ordnerstruktur der Sequenzierungsausgabedaten Für die Analyse erforderliche Eingabedateien Index Technische Unterstützung Material-Nr. 20014309 Dokument-Nr. 1000000002695 v01 DEU...
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Seite 7: Kapitel 1 Überblick
Kapitel 1 Überblick Überblick Einleitung Weitere Ressourcen Gerätekomponenten Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien – Überblick Vorinstallierte Datenbanken und Genome MiniSeq Systemhandbuch... -
Seite 8: Einleitung
Sequenzierung von kleinen Genomen und von Amplikonen sowie eine gezielte Anreicherung und RNA-Sequenzierung unter Verwendung geringer Bibliotheks- Volumina. MiniSeq-Systemsoftware: Im MiniSeq-System ist eine Software-Suite integriert, die die Vorgänge auf dem Gerät steuert, Bilder verarbeitet und Base-Calls generiert. Die Suite enthält zudem eine Software für die Datenanalyse im Gerät sowie Datenübertragungstools, die die Datenanalyse mit anderen Methoden, z. -
Seite 9: Weitere Ressourcen
Weitere Ressourcen Auf den MiniSeq-Supportseiten der Illumina-Website können Sie auf Dokumentation, Software-Downloads, Schulungsinformationen und Informationen zu kompatiblen Produkten von Illumina zugreifen. Die folgenden Dokumente stehen auf der Illumina-Website zur Verfügung. Ressource Beschreibung Custom Protocol Selector Ein Assistent zum Erstellen einer anwendungsspezifischen End-to-End-Dokumentation, die auf das für den... -
Seite 10: Gerätekomponenten
Gerätekomponenten Zum MiniSeq-System gehören ein Touchscreen-Monitor, eine Statusleiste, eine Fließzellen- und eine Reagenzienkammer. Abbildung 1 Gerätekomponenten Touchscreen-Monitor: Ermöglicht die Systemkonfiguration und -einrichtung am Gerät über die Benutzeroberfläche der Steuerungssoftware. Ein/Aus-Taste: Mit dieser Taste werden der integrierte Gerätecomputer eingeschaltet und das Betriebssystem aktiviert. -
Seite 11: Fließzellenkammer
Stellen Sie keine Gegenstände neben der Fließzellenkammer auf das Gerät. Reagenzienkammer Zum Konfigurieren eines Sequenzierungslaufs auf dem MiniSeq-System ist der Zugang zur Reagenzienkammer erforderlich, um die Verbrauchsmaterialien für den Lauf zu laden und die Flasche für verbrauchte Reagenzien zu leeren. - Seite 12 Abbildung 3 Reagenzienkammer Flasche für verbrauchte Reagenzien: Hat einen Schraubdeckel, um zu verhindern, dass die Flüssigkeit beim Transport der Flasche verschüttet wird. Reagenzienkartusche: Mit Reagenzien vorgefülltes Verbrauchsmaterial für den Einmalgebrauch. Tür der Reagenzienkammer: Bietet Zugang zur Reagenzienkammer. Die Tür der Reagenzienkammer lässt sich an den Scharnieren an der Unterseite des Geräts nach außen öffnen.
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Seite 13: Systemsoftware
Die Gerätesoftware-Suite umfasst integrierte Anwendungen für die Durchführung von Sequenzierungsläufen und die Geräteanalyse. MiniSeq Control Software: Die Steuerungssoftware führt Sie durch die Schritte zur Konfiguration eines Sequenzierungslaufs, steuert die Vorgänge auf dem Gerät und gibt während des Laufs einen Überblick über die Laufstatistik. -
Seite 14: Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien - Überblick
Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien – Überblick Zur Durchführung eines Sequenzierungslaufs auf dem MiniSeq-System ist ein MiniSeq-Kit für den Einmalgebrauch erforderlich. Jedes Kit enthält eine Fließzelle sowie die für den Sequenzierungslauf erforderlichen Reagenzien. Die Fließzelle und Reagenzienkartusche verwenden das RFID-Tracking (Radio Frequency Identification), um die Verbrauchsmaterialien genau nachzuverfolgen und die Kompatibilität mit den angegebenen Laufparametern sicherzustellen. -
Seite 15: Überblick Über Die Reagenzienkartusche
Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden Sicherheitsstandards Ihrer Region. Umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS) für dieses Kit unter support.illumina.com/sds.html. Lagern Sie die Reagenzienkartusche bis zu ihrem Gebrauch bei -25 °C bis -15 °C. Weitere... -
Seite 16: Herausnehmbarer Behälter In Position
Reservierte Behälter Abbildung 6 Nummerierte Behälter Position Beschreibung 13, 14 und 15 Reserviert für optionale anwendungsspezifische Primer Laden der Bibliotheken Herausnehmbarer Behälter in Position 9 Die vorgefüllte Reagenzienkartusche beinhaltet ein Denaturierungsreagenz in Position 9, das Formamid enthält. Um die sichere Entsorgung nicht verwendeter Reagenzien nach dem Sequenzierungslauf zu erleichtern, ist dieser Behälter herausnehmbar. -
Seite 17: Vorinstallierte Datenbanken Und Genome
• E. coli Stamm DH10B • Wanderratte (Rattus norvegicus) • E. coli Stamm MG1655 • Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 • Taufliegen (Drosophila • Backhefe (Saccharomyces cerevisiae melanogaster) S288C) • Mensch (Homo sapiens) Build hg19 • Staphylococcus aureus NCTC 8325 MiniSeq Systemhandbuch... - Seite 18 Material-Nr. 20014309 Dokument-Nr. 1000000002695 v01 DEU...
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Seite 19: Kapitel 2 Erste Schritte
Kapitel 2 Erste Schritte Erste Schritte Starten des Geräts Anpassen der Systemeinstellungen Konfigurieren der Analyseeinstellungen Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien und Geräte MiniSeq Systemhandbuch... -
Seite 20: Starten Des Geräts
Ein/Aus-Taste auf der Vorderseite des Geräts Warten Sie, bis das Betriebssystem vollständig geladen wurde. Die MiniSeq Control Software wird gestartet und initialisiert das System. Wenn die Initialisierung abgeschlossen ist, wird der Startbildschirm geöffnet. Melden Sie sich mit dem Standardbenutzernamen und dem Standardkennwort an:... -
Seite 21: Anpassen Der Systemeinstellungen
Durch die automatische Entsorgung von Verbrauchsmaterialien nimmt der Workflow mehr Zeit in Anspruch. Bei einem Lauf mit 300 Zyklen (2 × 151) dauert die Entsorgung von nicht verwendeten Reagenzien etwa 50 Minuten. Wählen Sie Save (Speichern), um die Einstellungen zu speichern und den Bildschirm zu schließen. MiniSeq Systemhandbuch... -
Seite 22: Auswahl Der Option Zum Automatischen Starten Des Laufs
Auswahl der Option zum automatischen Starten des Laufs Wählen Sie im Bildschirm „Manage Instrument“ (Gerät verwalten) die Option System Customization (Anpassung des Systems). Aktivieren Sie das Kontrollkästchen Skip pre-run check confirmation (Bestätigung des Selbsttests überspringen). Dadurch wird der Sequenzierungslauf automatisch gestartet, nachdem der automatische Selbsttest erfolgreich durchgeführt wurde. -
Seite 23: Aktivieren Des Demomodus
Ist dieses Feld leer, ist zum Beenden des Demomodus keine PIN erforderlich. Wählen Sie OK, um die Software im Demomodus neu zu starten. Nach dem Neustart ist die MiniSeq Control Software mit einem Spruchbanner mit der Aufschrift „Demonstration Only“ (Nur Demonstration) versehen. -
Seite 24: Konfigurieren Der Analyseeinstellungen
Konfigurieren der Analyseeinstellungen Die Steuerungssoftware bietet die folgenden Optionen für die Datenübertragung und die nachfolgende Analyse: BaseSpace: Die Daten werden zur Analyse auf BaseSpace an Illumina BaseSpace gesendet. BaseSpace Onsite: Die Daten werden an den BaseSpace Onsite LT-Server gesendet und auf dem Server analysiert. -
Seite 25: Auswählen Des Local Run Manager
Bei dieser Einstellung wird eine Kopie der Base-Call-Dateien (BCL) am angegebenen Speicherort gespeichert. [Optional] Wählen Sie Send instrument health information to Illumina (Gerätestatusinformationen an Illumina senden), um Protokolldateien an Illumina zu senden. Zur Durchführung dieser Option wird eine Internetverbindung benötigt. Wählen Sie Save (Speichern). Auswählen des Local Run Manager Wählen Sie im Bildschirm „Manage Instrument“ (Gerät verwalten) die Option System... -
Seite 26: Auswählen Von "Standalone" (Eigenständig)
Ausgabeordners. [Optional] Aktivieren Sie das Kontrollkästchen Send instrument health information to Illumina (Gerätestatusinformationen an Illumina senden), um Protokolldateien an Illumina zu senden. Zur Durchführung dieser Option wird eine Internetverbindung benötigt. Wählen Sie Save (Speichern). Material-Nr. 20014309 Dokument-Nr. 1000000002695 v01 DEU... -
Seite 27: Vom Benutzer Bereitzustellende Verbrauchsmaterialien Und Geräte
Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien und Geräte Die folgenden Verbrauchsmaterialien und Geräte werden auf dem MiniSeq-System verwendet. Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien für Sequenzierungsläufe Verbrauchsmaterial Anbieter Zweck 1 N NaOH Allgemeiner Laborlieferant Bibliotheksdenaturierung, (Natriumhydroxid) verdünnt auf 0,1 N 200 mM Tris-HCl, pH7 Allgemeiner Laborlieferant... -
Seite 28: Vom Benutzer Bereitzustellende Geräte
Vom Benutzer bereitzustellende Geräte Element Quelle Gefrierschrank, -25 °C bis -15 °C, frostfrei Allgemeiner Laborlieferant Eiskübel Allgemeiner Laborlieferant Kühlschrank, 2 °C bis 8 °C Allgemeiner Laborlieferant Material-Nr. 20014309 Dokument-Nr. 1000000002695 v01 DEU... -
Seite 29: Kapitel 3 Sequenzierung
Kapitel 3 Sequenzierung Sequenzierung Einleitung Sequenzierungsworkflow Vorbereiten der Verbrauchsmaterialien Vorbereiten von Bibliotheken für die Sequenzierung Konfigurieren eines Sequenzierungslaufs Überwachen des Lauffortschritts Automatischer Nachwaschlauf Herausnehmen des gebrauchten Behälters in Position 9 MiniSeq Systemhandbuch... -
Seite 30: Einleitung
Einleitung Um auf dem MiniSeq-System einen Sequenzierungslauf durchzuführen, bereiten Sie die Verbrauchsmaterialien für den Lauf vor und folgen Sie dann den Anweisungen der Software zur Konfiguration des Sequenzierungslaufs. Workflow-Überblick Clusterbildung Während der Clusterbildung werden einzelne DNA-Moleküle an der Oberfläche der Fließzelle gebunden und dann amplifiziert, um Cluster zu bilden. -
Seite 31: Sequenzierungsworkflow
Gerät konfigurieren, vergeben Sie einen Laufnamen und geben Sie die Laufparameter auf der Registerkarte „BaseSpace Prep“ (BaseSpace-Vorbereitung) oder mithilfe von Local Run Manager an. Wählen Sie nach dem Vorbereiten der Verbrauchsmaterialien den Laufnamen in der MiniSeq Control Software und laden Sie anschließend die Verbrauchsmaterialien für den Lauf. Workflow (Eigenständige Konfiguration) Bereiten Sie eine neue Reagenzienkartusche vor: auftauen und überprüfen. - Seite 32 Bereiten Sie eine neue Fließzelle vor: auf Raumtemperatur bringen, auspacken und inspizieren. Denaturieren und verdünnen Sie die Bibliotheken. Weitere Informationen hierzu finden Sie im Handbuch zum Denaturieren und Verdünnen von Bibliotheken für das MiniSeq-System (Dokument-Nr. 1000000002697). Geben Sie die Bibliothekslösung in Behälter Nr. 16 der Reagenzienkartusche.
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Seite 33: Vorbereiten Der Verbrauchsmaterialien
Invertieren Sie die Kartuschen fünf Mal, um die Reagenzien zu mischen. Inspizieren Sie die großen Behälter auf der Unterseite der Kartusche, um sicherzustellen, dass die Reagenzien aufgetaut und die Behälter frei von Eiskristallen sind. Klopfen Sie leicht auf den Tisch, um die Anzahl der Luftblasen zu verringern. MiniSeq Systemhandbuch... -
Seite 34: Vorbereiten Der Fließzelle
Vorbereiten der Fließzelle Nehmen Sie ein neues Fließzellenpaket aus dem Lagerort mit einer Temperatur von 2 °C bis 8 °C. Legen Sie das verschlossene Fließzellenpaket bei Raumtemperatur für 30 Minuten beiseite. HINWEIS Vermeiden Sie ein mehrmaliges Abkühlen und Erwärmen der Fließzelle. Nehmen Sie den Fließzellenbehälter aus der Folienverpackung. Ziehen Sie ein neues Paar ungepuderte Handschuhe an. -
Seite 35: Vorbereiten Von Bibliotheken Für Die Sequenzierung
Bevor Sie die Bibliotheken in die Reagenzienkartusche laden, müssen Sie sie denaturieren und verdünnen und optional eine PhiX-Kontrolle hinzugeben. Weitere Informationen finden Sie im Handbuch zum Denaturieren und Verdünnen von Bibliotheken für das MiniSeq- System (Dokument-Nr. 1000000002697). Das Ladevolumen für das MiniSeq-System beträgt 500 µl bei einer Ladekonzentration von 1,8 pM. -
Seite 36: Konfigurieren Eines Sequenzierungslaufs
Konfigurieren eines Sequenzierungslaufs Die Schritte für die Laufkonfiguration sind je nach Systemkonfiguration unterschiedlich: Eigenständige Konfiguration: Sie werden aufgefordert, die Laufparameter im Laufkonfigurationsbildschirm der Steuerungssoftware festzulegen. BaseSpace- oder Local Run Manager-Konfiguration: Sie werden aufgefordert, sich anzumelden und in BaseSpace oder Local Run Manager aus einer Liste mit vordefinierten Läufen auszuwählen. -
Seite 37: Laden Der Reagenzienkartusche
Behälter in Position 9 herausnehmen. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Herausnehmen des gebrauchten Behälters in Position 9 auf Seite 44. Schieben Sie die Reagenzienkartusche bis zum Anschlag in die Reagenzienkammer. Abbildung 14 Laden der Reagenzienkartusche MiniSeq Systemhandbuch... -
Seite 38: Leeren Der Flasche Für Verbrauchte Reagenzien
Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden Sicherheitsstandards Ihrer Region. Umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS) für dieses Kit unter support.illumina.com/sds.html. Schieben Sie die leere Flasche für verbrauchte Reagenzien ohne Schraubdeckel bis zum Anschlag in die Kammer. -
Seite 39: Eingeben Von Laufparametern
Recipe (Rezeptur): Wählen Sie eine anwendungsspezifische Rezeptur für den Lauf aus. Output folder (Speicherort des Ausgabeordners): Ändern Sie den Speicherort für den Ausgabeordner des aktuellen Laufs. Wählen Sie Browse (Durchsuchen) und navigieren Sie zum gewünschten Speicherort des Ordners. MiniSeq Systemhandbuch... -
Seite 40: Überprüfen Der Automatischen Systemprüfung
Wählen Sie Next (Weiter). HINWEIS Öffnen Sie nicht die Tür der Reagenzienkammer oder der Fließzellenkammer, während der automatische Selbsttest oder der Sequenzierungslauf durchgeführt wird. Überprüfen der automatischen Systemprüfung Prüfen Sie die Ergebnisse des automatischen Selbsttests. Um einen Test während seiner Durchführung zu stoppen, wählen Sie Cancel (Abbrechen). - Seite 41 Sie den Fließzellentisch mit einem Alkoholtupfer. Platzieren Sie die Fließzelle über die Ausrichtungsstifte auf dem Fließzellentisch. Abbildung 18 Fließzelle auf Tisch platzieren Schließen Sie den Fließzellenriegel, um die Fließzelle zu sichern. Abbildung 19 Geschlossener Fließzellenriegel Schließen Sie die Tür der Fließzellenkammer. MiniSeq Systemhandbuch...
- Seite 42 Laden der Reagenzienkartusche Öffnen Sie die Tür der Reagenzienkammer. Entfernen Sie ggf. die gebrauchte Reagenzienkartusche. HINWEIS Um die sichere Entsorgung nicht verwendeter Reagenzien, die Formamid enthalten, zu erleichtern, lässt sich der Behälter in Position 9 herausnehmen. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Herausnehmen des gebrauchten Behälters in Position 9 auf Seite 44.
- Seite 43 Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden Sicherheitsstandards Ihrer Region. Umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS) für dieses Kit unter support.illumina.com/sds.html. Schieben Sie die leere Flasche für verbrauchte Reagenzien ohne Schraubdeckel bis zum Anschlag in die Kammer.
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Seite 44: Prüfen Der Laufparameter
Prüfen der Laufparameter Prüfen Sie die Laufparameter. Die Steuerungssoftware prüft die Anzahl der angegebenen Zyklen anhand folgender Kriterien: Die Gesamtzahl der Zyklen überschreitet nicht die zulässige Maximalzahl der für den Lauf geladenen Reagenzienkartusche. Read 1 umfasst mehr Zyklen als die fünf Zyklen der Matrizenbildung. Die Anzahl der Index-Read-Zyklen ist nicht höher als die Anzahl der Read 1- und Read 2-Zyklen. - Seite 45 Durchführung des Selbsttests konfiguriert ist, wählen Sie Start (Starten). Ist das System für den automatischen Start konfiguriert, wird der Sequenzierungslauf automatisch gestartet. Sie müssen nicht anwesend sein. Falls jedoch beim Selbsttest Fehler auftreten, wird der Lauf nicht automatisch gestartet. MiniSeq Systemhandbuch...
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Seite 46: Überwachen Des Lauffortschritts
Überwachen des Lauffortschritts Sie können den Lauffortschritt, Intensitäten und Qualitäts-Scores überwachen, während auf dem Bildschirm Kennzahlen aufgeführt werden. Abbildung 23 Fortschritt und Kennzahlen eines Sequenzierungslaufs Run progress (Lauffortschritt): Zeigt den aktuellen Schritt und die Anzahl der durchgeführten Zyklen für jeden Read-Vorgang an. Die Fortschrittsanzeige steht nicht im Verhältnis zur Laufgeschwindigkeit der einzelnen Schritte. -
Seite 47: Zyklen Für Laufkennzahlen
Gegebenenfalls werden mehrere Symbole auf dem Bildschirm angezeigt. Bei der Übertragung der Laufdaten an BaseSpace und an einen zusätzlichen Speicherort des Ausgabeordners sind z. B. das BaseSpace-Symbol und das Symbol für eigenständige Geräte auf dem Bildschirm zu sehen. MiniSeq Systemhandbuch... -
Seite 48: Übertragung An Basespace
Laufkopierdienst Die MiniSeq System Software Suite enthält einen Laufkopierdienst. Der Laufkopierdienst kopiert die von der Echtzeitanalyse generierten Dateien in den angegebenen Ausgabeordner. Falls während des Laufs die Datenübertragung unterbrochen wird, werden die Daten vorübergehend auf dem Gerätecomputer gespeichert. Nach der Wiederherstellung der Verbindung während der Laufdurchführung wird die Datenübertragung automatisch... -
Seite 49: Automatischer Nachwaschlauf
Waschlaufs bleiben die Sequenzierungsergebnisse auf dem Bildschirm eingeblendet. Nach dem Waschlauf Nach dem Waschlauf bleiben die Sipper in der unteren Position, wodurch verhindert wird, dass Luft in das System eindringt. Belassen Sie die Kartusche bis zum nächsten Lauf in ihrer Position. MiniSeq Systemhandbuch... -
Seite 50: Herausnehmen Des Gebrauchten Behälters In Position
Herausnehmen des gebrauchten Behälters in Position 9 Der Behälter in Position 9 der Reagenzienkartusche enthält Formamid. Bevor Sie die gebrauchte Reagenzienkartusche entsorgen, können Sie den Behälter in Position 9 herausnehmen und getrennt entsorgen. Ziehen Sie Handschuhe an und drücken Sie den weißen abbrechbaren Bügel in Position 9 nach unten, um die drei Verbindungspunkte zu brechen. - Seite 51 Tragen Sie eine entsprechende Schutzausrüstung, einschließlich Schutzbrille, Handschuhen und Laborkittel. Verbrauchte Reagenzien sind als chemische Abfälle zu behandeln. Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden Sicherheitsstandards Ihrer Region. Umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS) für dieses Kit unter support.illumina.com/sds.html. MiniSeq Systemhandbuch...
- Seite 52 Material-Nr. 20014309 Dokument-Nr. 1000000002695 v01 DEU...
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Seite 53: Kapitel 4 Wartung
Kapitel 4 Wartung Wartung Einleitung Durchführen eines manuellen Gerätewaschlaufs Software-Updates MiniSeq Systemhandbuch... -
Seite 54: Einleitung
Software-Updates auf Seite 53. Präventive Wartung Illumina empfiehlt, jährlich eine präventive Wartung durchführen zu lassen. Wenn Sie keinen Servicevertrag abgeschlossen haben, wenden Sie sich an den für Ihre Region zuständigen Kundenbetreuer oder an den technischen Support von Illumina, um einen Termin für eine kostenpflichtige präventive Wartung zu vereinbaren. -
Seite 55: Durchführen Eines Manuellen Gerätewaschlaufs
Lösung bei 2 °C bis 8 °C für die Verwendung innerhalb der nächsten 24 Stunden. Entsorgen Sie anderenfalls die restliche NaOCl-Lösung. Zum Durchführen eines manuellen Gerätewaschlaufs werden die im Lieferumfang des Geräts enthaltene Waschlaufkartusche und Waschlauf-Fließzelle benötigt. Alternativ können Sie eine gebrauchte Fließzelle für den Waschlauf verwenden. Abbildung 26 Waschlaufkartusche MiniSeq Systemhandbuch... -
Seite 56: Vorbereiten Eines Manuellen Nachwaschlaufs
Vorbereiten eines manuellen Nachwaschlaufs Mischen Sie folgende Volumina, um eine 0,12-%-NaOCl-Lösung zu erhalten. 5 % NaOCl (31 µl) Wasser in Laborqualität (1.269 µl) Geben Sie 1,3 ml 0,12 % NaOCl in die Waschlaufkartusche. Der richtige Behälter entspricht Position 31 auf der vorgefüllten Reagenzienkartusche. Abbildung 27 Positionen für NaOCl und die Waschlösung 0,12 % NaOCl Waschlösung... -
Seite 57: Vorbereiten Eines Schnellwaschlaufs
Schutzausrüstung, einschließlich Schutzbrille, Handschuhen und Laborkittel. Verbrauchte Reagenzien sind als chemische Abfälle zu behandeln. Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden Sicherheitsstandards Ihrer Region. Umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS) für dieses Kit unter support.illumina.com/sds.html. MiniSeq Systemhandbuch... - Seite 58 Schieben Sie die leere Flasche für verbrauchte Reagenzien bis zum Anschlag in die Kammer. Schließen Sie die Tür der Reagenzienkammer. Wählen Sie Next (Weiter). Starten des Waschlaufs Wählen Sie nach Abschluss des Selbsttests die Option Start (Starten). Wählen Sie nach Abschluss des Waschlaufs Home (Startseite). Nach dem Waschlauf Nach dem Waschlauf bleiben die Sipper in der unteren Position, wodurch verhindert wird, dass Luft in das System eindringt.
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Seite 59: Software-Updates
Local Run Manager MiniSeq Service Software Sequenzierungsanalyse-Viewer BaseSpace Broker Versionshinweise zur Software finden Sie auf der Supportseite für das MiniSeq-System auf der Illumina-Website. Sie können Software-Updates automatisch über eine Internetverbindung installieren oder manuell über ein Netzwerk oder einen USB-Speicherort. Automatische Updates: Wenn Geräte mit einem Netzwerk mit Internetzugang verbunden sind, wird bei Verfügbarkeit eines Software-Updates ein entsprechendes... -
Seite 60: Automatisches Software-Update
Wenn das Update ein Firmware-Update enthält, ist nach Abschluss des Firmware-Updates ein automatischer Neustart des Systems erforderlich. Manuelles Software-Update Laden Sie das Installationsprogramm für die System Suite von der Illumina-Website herunter und speichern Sie es an einem Netzwerkspeicherort. Alternativ können Sie die Softwareinstallationsdatei auf einem USB-Laufwerk speichern. -
Seite 61: Anhang A Fehlerbehebung
Anhang A Fehlerbehebung Fehlerbehebung Dateien für die Fehlerbehebung Fehler beim automatischen Selbsttest RTA-Fehler Workflow für die Rehybridisierung Systemprüfung Netzwerkkonfigurationseinstellungen Anwendungsspezifische Genome Ausschalten des Geräts MiniSeq Systemhandbuch... -
Seite 62: Dateien Für Die Fehlerbehebung
Verarbeitungsereignisse protokolliert. Die Lane-Protokolldateien werden während des Laufs aktualisiert. Ressourcen für die Fehlerbehebung Falls Sie technische Fragen haben, besuchen Sie die Supportseiten für das MiniSeq-System auf der Illumina-Website. Die Supportseiten bieten Zugriff auf Dokumentation, Downloads und häufig gestellte Fragen. Material-Nr. 20014309... - Seite 63 Laufkopierdienst BaseSpace: Wenn BaseSpace für den Lauf verwendet wurde Ordner „Sequencing Archive“ (Sequenzierungsarchiv) Bei jedem Lauf auf dem Gerät speichert die MiniSeq Control Software Dateien zur Lauf- Zusammenfassung in folgendem Ordner auf dem Gerätecomputer: D:\Illumina\MiniSeq Sequencing Archive. In diesem Ordner wird bei jedem auf dem Gerät durchgeführten Lauf ein Unterordner mit den folgenden Dateien erstellt: RunCompletionStatus.xml: Enthält den Status nach Abschluss des Laufs, den...
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Seite 64: Fehler Beim Automatischen Selbsttest
Festplatte. Machen Sie Speicherplatz am angegebenen Speicherort des Ausgabeordners frei. Temperatur Empfohlene Aktion Temperature ramp Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. (Temperaturanstieg) Temperature sensors Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. (Temperatursensoren) Fans (Lüfter) Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. -
Seite 65: Speicherplatz Auf Der Festplatte
Bildgebungssystem Empfohlene Aktion Imaging limits Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. (Bildgebungsbeschränkungen) Z Step-and-Settle (z-Tisch – Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. Schritt und Positionseinnahme) Bit error rate (Bit-Fehlerrate) Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. -
Seite 66: Rta-Fehler
Wenn die Verarbeitung abgeschlossen ist, werden die folgenden Protokoll- und Fehlerdateien an das endgültige Ausgabeziel übertragen: *GlobalLog*.tsv enthält eine Zusammenfassung wichtiger Lauf-Ereignisse. *LaneNLog*.tsv listet die Verarbeitungsereignisse auf. Auf einer MiniSeq-Fließzelle ist N immer 1. *Error*.tsv protokolliert während des Laufs aufgetretene Fehler. -
Seite 67: Workflow Für Die Rehybridisierung
Read 1 oder Index 1 Read: Beenden Sie den Lauf, bevor die Paired-End-Resynthese beginnt. Die Fließzelle kann nicht für eine spätere Rehybridisierung gespeichert werden, wenn bereits die Paired-End-Resynthese gestartet wurde. Erforderliche Verbrauchsmaterialien Zum Durchführen eines Rehybridisierungslaufs ist eine neue MiniSeq-Reagenzienkartusche erforderlich, unabhängig davon, wann der Lauf angehalten wurde. MiniSeq Systemhandbuch... -
Seite 68: Durchführen Eines Manuellen Waschlaufs
Beenden des aktuellen Laufs Wählen Sie End Run (Lauf beenden). Wenn Sie zum Bestätigen des Befehls aufgefordert werden, wählen Sie Yes (Ja). Wenn Sie zum Speichern der Fließzelle aufgefordert werden, wählen Sie Yes (Ja). Achten Sie auf das Ablaufdatum für die Rehybridisierung. Entfernen Sie die gespeicherte Fließzelle und lagern Sie sie bei 2 °C bis 8 °C, bis Sie den Rehybridisierungslauf konfigurieren können. - Seite 69 Sie die Laufparameter. Standalone (Eigenständig): Geben Sie den Namen des Laufs ein und legen Sie dieselben Parameter wie für den ursprünglichen Lauf fest. Wählen Sie Next (Weiter), um mit dem Selbsttest fortzufahren und den Lauf zu starten. MiniSeq Systemhandbuch...
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Seite 70: Systemprüfung
Systemprüfung Eine Systemprüfung ist für den normalen Betrieb oder die Gerätewartung nicht erforderlich. Die Mitarbeiter des technischen Supports von Illumina bitten Sie jedoch möglicherweise zu Fehlerbehebungszwecken, eine Systemprüfung durchzuführen. HINWEIS Falls ein Gerätewaschlauf fällig ist, führen Sie zuerst den Waschlauf durch, bevor Sie die Systemprüfung starten. - Seite 71 Wählen Sie einen Netzwerkspeicherort für die Datei aus. Wählen Sie Exit (Beenden), wenn Sie fertig sind. Wenn Sie aufgefordert werden, die Servicesoftware zu schließen und die Steuerungssoftware neu zu starten, wählen Sie Yes (Ja). Die Steuerungssoftware wird automatisch neu gestartet. MiniSeq Systemhandbuch...
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Seite 72: Optik-Prüfung
Bewegungsprüfungen Systemprüfung Beschreibung FCLM und FAM Prüft den Ertrag und den Abstand des Fließzellenlademechanismus (Flow Cell Load Mechanism, FCLM) und des Fluidikautomatisierungsmoduls (Fluidics Automation Module, FAM), um sicherzustellen, dass die Module ordnungsgemäß funktionieren. Stage Tests (Tisch- Prüft die Bewegungsgrenzen und die Leistung des xy- und des z- Prüfungen) Tisches. -
Seite 73: Netzwerkkonfigurationseinstellungen
Servers, der zum Übersetzen von Domänennamen in IP-Adressen verwendet wird. Geben Sie die alternative DNS-Adresse ein. Die alternative Adresse wird verwendet, wenn der bevorzugte DNS-Server einen bestimmten Domänennamen nicht in eine IP-Adresse übersetzen kann. Wählen Sie Save (Speichern). MiniSeq Systemhandbuch... -
Seite 74: Konfigurieren Der Computerdomäne
Konfigurieren der Computerdomäne HINWEIS Der Name des Gerätecomputers wird dem Gerätecomputer bei seiner Herstellung zugeordnet. Änderungen dieses Computernamens können die Konnektivität beeinträchtigen und erfordern einen Netzwerkadministrator. Verbinden Sie den Gerätecomputer wie im Folgenden beschrieben mit einer Domäne oder Arbeitsgruppe. Bei Geräten, die mit dem Internet verbunden sind: Aktivieren Sie die Option Member of domain (Mitglied der Domäne) und geben Sie den Namen der Domäne ein, die der Internetverbindung Ihrer Einrichtung zugewiesen ist. -
Seite 75: Anwendungsspezifische Genome
Vergewissern Sie sich, dass der Name des Chromosoms nicht eines der folgenden Zeichen enthält: # - ? ( ) [ ] / \ = + < > : ; " ' , * ^ | & Verwenden Sie für Chromosomennamen nur alphanumerische Zeichen, um optimale Ergebnisse zu erzielen. MiniSeq Systemhandbuch... -
Seite 76: Ausschalten Des Geräts
Bewegen Sie das Gerät nicht an einen anderen Standort. Ein unsachgemäßes Bewegen des Geräts kann zur Beeinträchtigung der Ausrichtung der optischen Elemente und der Datenintegrität führen. Falls Sie den Standort des Geräts ändern müssen, wenden Sie sich an Ihren Illumina-Vertreter. Material-Nr. 20014309 Dokument-Nr. 1000000002695 v01 DEU... -
Seite 77: Anhang B Echtzeitanalyse
Anhang B Echtzeitanalyse Echtzeitanalyse Überblick über die Echtzeitanalyse Eingabe- und Ausgabedateien Echtzeitanalyse-Workflow MiniSeq Systemhandbuch... -
Seite 78: Überblick Über Die Echtzeitanalyse
Base-Calling Intensitäten aus Bildern und weist dann dem Base-Call einen Qualitäts-Score zu. Das MiniSeq-System nutzt eine Implementierung der Echtzeitanalyse-Software namens RTA2. Die Systemsteuerungssoftware und RTA2 kommunizieren über ein HTTP- Webinterface und gemeinsame Speicherbereiche. Wenn RTA2 beendet wird, wird die Verarbeitung nicht wieder aufgenommen und die Laufdaten werden nicht gespeichert. -
Seite 79: Eingabe- Und Ausgabedateien
Anzahl der Cluster für die Platte. RTA2 liefert Echtzeitkennzahlen zur Laufqualität, die in InterOp-Dateien gespeichert werden. InterOp-Dateien sind binäre Ausgabedateien mit Kennzahlen zu Platten, Zyklen und zur Read-Ebene. Sie werden benötigt, um Echtzeitkennzahlen in der Sequenzierungsanalyse-Viewer-Software ansehen zu können. MiniSeq Systemhandbuch... -
Seite 80: Echtzeitanalyse-Workflow
Echtzeitanalyse-Workflow Definiert die Clusterpositionen. Matrizenbildung Zeichnet die Position der einzelnen Cluster auf der Fließzelle auf Registrierung und und ermittelt einen Intensitätswert für jeden Cluster. Intensitätsextraktion Korrigiert die Auswirkungen der Phasierung und Vorphasierung. Korrektur der Phasierung Legt für jeden Cluster einen Base-Call fest. Base-Calling Weist jedem Base-Call einen Qualitäts-Score zu. - Seite 81 Base-Calling Beim Base-Calling wird eine Base (A, C, G oder T) für jeden Cluster einer bestimmten Platte eines bestimmten Zyklus festgelegt. Das MiniSeq-System verwendet die Zweikanal- Sequenzierung, die nur zwei Bilder benötigt, um die Daten für vier DNA-Basen zu kodieren: ein Bild aus dem roten Kanal und ein Bild aus dem grünen Kanal.
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Seite 82: Cluster Nach Filterung
Cluster nach Filterung Während des Laufs filtert RTA2 Rohdaten, um Cluster zu entfernen, die dem Schwellenwert für Datenqualität nicht genügen. Bei der Zweikanalanalyse verwendet RTA 2 ein populationsbasiertes System zum Feststellen der Reinheit eines Base-Calls. Cluster passieren Filter, wenn nicht mehr als ein Base-Call in den ersten 25 Zyklen einen inakzeptablen Reinheitswert aufweist. -
Seite 83: Anhang C Ausgabedateien
Anhang C Ausgabedateien Ausgabedateien Sequenzierungsausgabedateien Ordnerstruktur der Sequenzierungsausgabedaten Für die Analyse erforderliche Eingabedateien MiniSeq Systemhandbuch... -
Seite 84: Sequenzierungsausgabedateien
Sequenzierungsausgabedateien Dateityp Dateibeschreibung, Speicherort und Name Base-Call-Dateien Jede analysierte Platte wird in eine für jeden Zyklus zusammengefasste Base-Call-Datei aufgenommen. Die zusammengefasste Datei enthält den Base-Call und den kodierten Qualitäts-Score für jeden Cluster. Data\Intensities\BaseCalls\L001 [Zyklus].bcl.bgzf, wobei [Zyklus] die vierstellige Zyklusnummer ist. Die Base-Call-Dateien werden mit dem Block-gzip-Verfahren komprimiert. -
Seite 85: Ordnerstruktur Der Sequenzierungsausgabedaten
InterOp: Vom Sequenzierungsanalyse-Viewer (SAV) verwendete Binärdateien Logs: Protokolldateien, in denen die Betriebsschritte beschrieben sind Recipe: Laufspezifische Rezepturdatei mit der Reagenzienkartuschen-ID als Name RTALogs: Protokolldateien, in denen die Schritte der Analyse beschrieben sind RTAComplete.xml RTAConfiguration.xml RunInfo.xml RunNotes.xml RunParameters.xml MiniSeq Systemhandbuch... -
Seite 86: Für Die Analyse Erforderliche Eingabedateien
Für die Analyse erforderliche Eingabedateien Local Run Manager benötigt die folgenden Dateien, die während des Sequenzierungslaufs generiert werden, um eine Analyse durchzuführen oder die Analyse erneut in die Warteschlange zu stellen. Einige Analysemodule benötigen zur Durchführung der Analyse zusätzliche Eingabedateien. Detaillierte Informationen hierzu finden Sie in der Workflow- Anleitung für das entsprechende Analysemodul. - Seite 87 Base-Calling 75 Ergebnisse 78 Clusterdichtezyklen 41 Eigenständige Konfiguration 33 Intensitätszyklen 41 Ein/Aus-Taste 6, 14 Kompatibilität Empirische Phasierung 74 Fließzelle, Reagenzienkartusche 8 Entsorgen von RFID-Tracking 8-9 Verbrauchsmaterialien 15 Komponenten Erweiterte Ladeoption 16 Bildgebungskammer 4 Fließzellenkammer 5 Reagenzienkammer 4 Statusleiste 4 MiniSeq Systemhandbuch...
- Seite 88 Konfigurationseinstellungen 67 Überblick 72 Kundendienst 85 RTA2 Fehlerbehandlung 60 RunInfo.xml 56, 78 Laufdauer 24 Laufkennzahlen 40 Laufkonfiguration, erweiterte Option 16 Selbsttest 34, 39 Laufkopierdienst 42 Selbsttestfehler 58 Laufparameter Sequenzierungsanalyse-Viewer 24 BaseSpace-Modus 34 Sequenzierungsworkflow 74 Eigenständiger Modus 33 Software Parameter bearbeiten 34 Analyse 7 Local Run Manager 7 Automatisch aktualisieren 54...
- Seite 89 Eigenständiger Modus 33 Erweiterte Ladeoption 16 Indizierungshinweise 76 Laufdauer 24 Laufkennzahlen 40 Natriumhypochlorit 50 Reagenzienkartusche 27, 31, 36 Selbsttest 34, 39 Sequenzierung 74 Überblick 25-26 Verbrauchte Reagenzien 32, 37 Zweikanal-Bildgebung 75 Zyklen in einem Read 24 MiniSeq Systemhandbuch...
- Seite 90 Material-Nr. 20014309 Dokument-Nr. 1000000002695 v01 DEU...
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Seite 91: Technische Unterstützung
1.800.812949 Andere Länder +44.1799.534000 Italien 800.874909 Sicherheitsdatenblätter (SDS, Safety Data Sheets) sind auf der Illumina-Website unter support.illumina.com/sds.html verfügbar. Die Produktdokumentation steht auf der Illumina-Website im PDF-Format zum Herunterladen zur Verfügung. Gehen Sie zu support.illumina.com, wählen Sie ein Produkt aus und wählen Sie anschließend Documentation & Literature (Dokumentation und Literatur). - Seite 92 Illumina 5200 Illumina Way San Diego, Kalifornien 92122, USA +1.800.809.ILMN (4566) +1.858.202.4566 (außerhalb von Nordamerika) techsupport@illumina.com www.illumina.com...