Kapitel 3 Sequenzierung; Festlegen Des Speicherorts Für Den Ausgabeordner Best Practices; Einleitung; Clusterbildung - illumina iSeq 100 Handbuch
Sequenziersystem
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Kapitel 3 Sequenzierung
Festlegen des Speicherorts für den Ausgabeordner
Best Practices
Einleitung
Die Sequenzierung mit dem iSeq 100-Sequenziersystem umfasst die Bildung, Sequenzierung und Analyse
von Clustern. Die einzelnen Schritte werden während eines Sequenzierungslaufs automatisch ausgeführt. Je
nach Systemkonfiguration wird die weitere Analyse nach Abschluss des Laufs separat vom Gerät
durchgeführt.
Clusterbildung
Die Bibliothek wird automatisch in Einzelstränge denaturiert und im Gerät weiter verdünnt. Während der
Clusterbildung werden einzelne DNA-Moleküle an der Oberfläche der Fließzelle gebunden und amplifiziert,
um Cluster zu bilden.
Sequenzierung
Cluster werden unter Verwendung der Ein-Farbstoff-Chemie abgebildet, die eine Fluoreszenzmarkierung und
zwei Bildgebungszyklen verwendet, um die Daten für die vier Nukleotide zu codieren.
Im ersten Bildgebungszyklus werden Adenin (A) und Thymin (T) nachgewiesen. Ein chemischer Zyklus spaltet
dann den Farbstoff von A ab und fügt gleichzeitig dem Cytosin (C) einen ähnlichen Farbstoff hinzu. Der zweite
Bildgebungszyklus erkennt C und T. Nach dem zweiten Bildgebungszyklus führt die Real-Time Analysis-
Software das Base-Calling, die Filterung und eine Qualitätsbewertung durch. Dieser Vorgang wird für jeden
Sequenzierungszyklus wiederholt.
Weitere Informationen zur Ein-Farbstoff-Chemie finden Sie unter
Analyse
Während der Durchführung des Laufs überträgt die Steuerungssoftware automatisch Base-Call-Dateien
(*.bcl) zwecks Datenanalyse an den angegebenen Ausgabespeicherort. Die Datenanalysemethode ist
abhängig von Ihrer Anwendung und der Systemkonfiguration.
Festlegen des Speicherorts für den Ausgabeordner
Die Eingabe von mindestens 26 Zyklen und maximal 151 Zyklen pro Read hilft, die Datenqualität
sicherzustellen. Die genaue Anzahl der Zyklen hängt von Ihrem Versuch ab.
Die minimale und maximale Zykluszahl beinhaltet einen zusätzlichen Zyklus. Fügen Sie immer einen Zyklus zur
gewünschten Read-Länge hinzu, um die Auswirkungen von Phasierung und Vorphasierung zu korrigieren.
Die Read-Länge ist die Anzahl der Sequenzierungs -Zyklen in Read 1 und Read 2. Nicht berücksichtigt sind
zusätzliche Zyklen und Indexzyklen.
Dokument-Nr. 1000000036024 v04 DEU
Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
Base-Calling auf Seite
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