illumina NextSeq 550 Systemhandbuch
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Andere Handbücher für NextSeq 550:
- Systemhandbuch (98 Seiten) ,
- Handbuch zur standortvorbereitung (21 Seiten)
Verwandte Anleitungen für illumina NextSeq 550
Inhaltszusammenfassung für illumina NextSeq 550
- Seite 1 NextSeq 550 Systemhandbuch Dokument-Nr. 15069765 v06 DEU ILLUMINA – EIGENTUMSRECHTLICH GESCHÜTZT Juni 2019 Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
- Seite 2 Produkts (der hier beschriebenen Produkte) und für keinen anderen Bestimmungszweck ausgelegt. Dieses Handbuch und dessen Inhalt dürfen ohne schriftliches Einverständnis von Illumina nicht verwendet und zu keinem anderen Zweck verteilt bzw. anderweitig übermittelt, offengelegt oder auf irgendeine Weise reproduziert werden. Illumina überträgt mit diesem Dokument keine Lizenzen unter seinem Patent, Markenzeichen, Urheberrecht oder bürgerlichen...
- Seite 3 NextSeq 550 Systemhandbuch Versionshistorie Dokument Datum Beschreibung der Änderung Material-Nr. Juni 2019 Angaben zur Arbeitsgruppe für die Laufeinrichtung in BaseSpace 20006831 Sequence Hub hinzugefügt. Dokument- Angaben zum UNC-Pfad für den Ausgabeordner hinzugefügt. Angaben zur Fehlerbehebung bei Netzwerkspeicherorten hinzugefügt. Nr. 15069765 v06 Klargestellt, dass sich die Anweisungen zum Luftfilter auf Geräte mit von der Rückseite aus zugänglichem Luftfilter beziehen.
- Seite 4 Hinweis hinzugefügt, dass für Systemprüfungen Hochleistungsfließzellen verwendet werden. Material- März 2018 Der Standard-Benutzername und das Standard-Kennwort für die Nr. 20006831 Anmeldung beim Betriebssystem wurden entfernt. Illumina empfiehlt die Dokument- Verwendung standortspezifischer Anmeldeinformationen. Nr. 15069765 v03 Im Abschnitt „Auswählen der BaseSpace-Konfiguration“ wurden Informationen zum Überwachungsdienst Illumina Proactive hinzugefügt.
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Seite 5: Inhaltsverzeichnis
Inhaltsverzeichnis Kapitel 1 Überblick Einleitung Weitere Ressourcen NextSeq 550Dx im Forschungsmodus Gerätekomponenten Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien – Überblick Kapitel 2 Erste Schritte Starten des Geräts Anpassen der Systemeinstellungen Anpassen der Laufeinstellungen Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien und Geräte Kapitel 3 Sequenzierung Einleitung Erstellen eines Laufs mit der Local Run Manager-Software Erstellen eines Laufs mit NCS Vorbereiten der Reagenzienkartusche Vorbereiten der Fließzelle... - Seite 6 NextSeq 550 Systemhandbuch Dateien für die Fehlerbehebung Beheben von Fehlern der automatischen Prüfung Behälter für verbrauchte Reagenzien ist voll Workflow für die Rehybridisierung BeadChip- und Scan-Fehler Anwendungsspezifische Rezepturen und Rezepturordner Systemprüfung RAID-Fehlermeldung Netzwerkspeicherfehler Konfigurieren der Systemeinstellungen Anhang B Real-Time Analysis Überblick über Real-Time Analysis Real-Time Analysis-Workflow Anhang C Ausgabedateien und -ordner Sequenzierungsausgabedateien...
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Seite 7: Kapitel 1 Überblick
Cloudbasierte Analyse mit BaseSpace Sequence Hub: Der Sequenzierungsworkflow ist in BaseSpace Sequence Hub integriert, der Cloud-Computing-Umgebung von Illumina für die Laufüberwachung, Datenanalyse, Speicherung und Zusammenarbeit. Beim Durchführen des Laufs werden die Ausgabedateien in Echtzeit zur Analyse an BaseSpace Sequence Hub gestreamt. -
Seite 8: Weitere Ressourcen
NextSeq 550 Systemhandbuch Weitere Ressourcen Die folgenden Dokumente stehen auf der Illumina-Website zum Herunterladen zur Verfügung. Ressource Beschreibung NextSeq-System Handbuch zur Enthält Spezifikationen für den Laborplatz, die elektrischen Anforderungen Standortvorbereitung (Dokument-Nr. und die Umgebungsbedingungen. 15045113) NextSeq-System Sicherheits- und Bietet Informationen zur Betriebssicherheit, zu Compliance-Erklärungen Compliance-Handbuch (Dokument-Nr. -
Seite 9: Gerätekomponenten
NextSeq 550 Systemhandbuch Gerätekomponenten Zum NextSeq 550-System gehören ein Touchscreen-Monitor, eine Statusleiste und vier Kammern. Abbildung 1 Gerätekomponenten A Touchscreen-Monitor: Ermöglicht die Systemkonfiguration und -einrichtung am Gerät über die Benutzeroberfläche der Steuerungssoftware. B Statusleiste: Gibt den Gerätestatus an, z. B. „In Arbeit“ (blau), „Überprüfung erforderlich“ (orange), „Bereit zum Sequenzieren“... - Seite 10 NextSeq 550 Systemhandbuch Abbildung 2 Reagenzien- und Pufferkammer A Tür der Reagenzienkammer: Schließt die Reagenzienkammer durch eine Verriegelung unterhalb der unteren rechten Ecke der Tür. Die Reagenzienkammer enthält die Reagenzienkartusche. Reagenzien werden durch das Sipper- und Fluidiksystem und anschließend durch die Fließzelle gepumpt. B Reagenzienkartusche: Bei der Reagenzienkartusche handelt es sich um ein vorgefülltes Verbrauchsmaterial für den Einmalgebrauch.
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Seite 11: Statussymbole
NextSeq 550 Systemhandbuch Bietet ein Übersichtsdiagramm der Qualitätsstatistiken Local Run Manager-Software: Integrierte Softwarelösung zur Erstellung eines Laufs und zur Analyse der Ergebnisse (Sekundäranalyse). Außerdem bietet die Software eine Probenverfolgung und kann die Benutzerrechte steuern. Real-Time Analysis-Software (RTA): Bei Sequenzierungsläufen führt RTA eine Bildanalyse sowie Base- Calling während des Laufs durch. -
Seite 12: Anforderungen Bezüglich Des Windows-Kennworts
NextSeq 550 Systemhandbuch Ein/Aus-Taste Mit der Ein/Aus-Taste auf der Vorderseite des NextSeq-Systems werden das Gerät und der Gerätecomputer eingeschaltet. Die Ein/Aus-Taste des Geräts führt je nach Status der Gerätenetzspannung die folgenden Aktionen durch. Ein/Aus-Status Aktion Gerät ist ausgeschaltet Drücken Sie kurz die Ein/Aus-Taste, um das Gerät einzuschalten. Gerät ist eingeschaltet Drücken Sie kurz die Ein/Aus-Taste, um das Gerät auszuschalten. -
Seite 13: Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien - Überblick
NextSeq 550 Systemhandbuch Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien – Überblick Inhalt und Lagerung Die für den Betrieb des NextSeq-Geräts erforderlichen Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien sind separat erhältlich. Sie werden in einem Kit für den Einmalgebrauch bereitgestellt. Jedes Kit enthält eine Fließzelle, eine Reagenzienkartusche, eine Pufferkartusche und einen Bibliotheksverdünnungspuffer. Beachten Sie nach dem Erhalt des NextSeq 500/550-Kits Folgendes: Öffnen Sie die Folienverpackung der Fließzelle erst bei einer entsprechenden Anweisung. -
Seite 14: Fließzelle - Überblick
NextSeq 550 Systemhandbuch Kit-Typ Markierung auf Etikett Komponenten des Kits für hohe Leistung Komponenten des Kits für mittlere Leistung Bezüglich der Kompatibilität des NextSeq 550Dx-Geräts im Forschungsmodus sind weitere Erwägungen zu beachten. Siehe NextSeq 550Dx – Kompatibilität der Verbrauchsmaterialien auf Seite 70. Fließzelle – Überblick Abbildung 4 Fließzellenkartusche A Lane-Paar A: Lanes 1 und 3 B Lane-Paar B: Lanes 2 und 4... -
Seite 15: Reagenzienkartusche - Überblick
Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Dokument-Nr. 15069765 v06 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. -
Seite 16: Herausnehmbarer Behälter In Position
NextSeq 550 Systemhandbuch Reservierte Behälter Abbildung 6 Nummerierte Behälter Position Beschreibung 7, 8 und 9 Reserviert für optionale anwendungsspezifische Primer Laden der Bibliotheken Weitere Informationen zu anwendungsspezifischen Primern finden Sie im Benutzerhandbuch für anwendungsspezifische Primer (Dokument-Nr. 15057456). Herausnehmbarer Behälter in Position 6 Die vorgefüllte Reagenzienkartusche beinhaltet ein Denaturierungsreagenz in Position 6, das Formamid enthält. -
Seite 17: Kapitel 2 Erste Schritte
Kapitel 2 Erste Schritte Starten des Geräts Anpassen der Systemeinstellungen Anpassen der Laufeinstellungen Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien und Geräte Starten des Geräts Bringen Sie den Hauptnetzschalter in die Position I (EIN). Abbildung 8 Netzschalter auf der Rückseite des Geräts HINWEIS Informationen zum Starten des NextSeq 550Dx-Geräts im Forschungsmodus finden Sie unter Starten des NextSeq 550Dx-Geräts... -
Seite 18: Anpassen Der Systemeinstellungen
NextSeq 550 Systemhandbuch Anpassen der Systemeinstellungen In der Steuerungssoftware lassen sich Systemeinstellungen für Folgendes festlegen. Informationen zum Ändern der Netzwerkkonfigurationseinstellungen finden Sie unter Konfigurieren der Systemeinstellungen auf Seite 56. Ändern der Geräte-Identifikation (Avatar und Kurzname) Festlegen der Tastaturoption und Audio-Signale Festlegen der Option für anwendungsspezifische Rezepturen Festlegen der Prüfung auf Gerätesoftware-Updates in BaseSpace Sequence Hub Festlegen der Option zum Senden von Geräteperformancedaten Ändern des Avatarbilds und des Kurznamens des Geräts... -
Seite 19: Festlegen Der Prüfung Auf Gerätesoftware-Updates In Basespace
Wählen Sie auf dem Startbildschirm Manage Instrument (Gerät verwalten). Wählen Sie System Customization (Anpassung des Systems). Wählen Sie Send Instrument Performance Data to Illumina (Performance-Daten des Geräts an Illumina senden), um den Überwachungsdienst Illumina Proactive zu aktivieren. Je nach verwendeter NCS- Version kann der Name dieser Einstellung auf der Benutzeroberfläche der Software von dem in diesem... -
Seite 20: Festlegen Von Laufkonfigurationsoptionen
Durch die automatische Entsorgung von Verbrauchsmaterialien nimmt der Workflow mehr Zeit in Anspruch. Wählen Sie Save (Speichern), um die Einstellungen zu speichern und den Bildschirm zu schließen. Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien und Geräte Die folgenden Verbrauchsmaterialien und Geräte werden auf dem NextSeq 550-System verwendet. Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien für Sequenzierungsläufe... -
Seite 21: Vom Benutzer Bereitzustellende Verbrauchsmaterialien Für Die Gerätewartung
Abständen und Isopropylalkohol (99 %), 100-ml- Unterstützen der Flasche Objektivreinigungskartusche Luftfilter Illumina, Katalog-Nr. 20022240 Für Geräte mit über die Rückseite zugänglichem Luftfilter. Reinigen der Luft, die das Gerät zur Kühlung aufnimmt. Richtlinien für Wasser in Laborqualität Bei Geräteverfahren sollte immer deionisiertes Wasser bzw. Wasser in Laborqualität verwendet werden. -
Seite 22: Kapitel 3 Sequenzierung
(BCL) zur Sekundäranalyse an BaseSpace Sequence Hub, Local Run Manager oder einen anderen angegebenen Ausgabespeicherort. Je nach verwendeter Anwendung stehen verschiedene Analysemethoden zur Verfügung. Weitere Informationen finden Sie in der BaseSpace-Hilfe (help.basespace.illumina.com) oder im Softwarehandbuch zu Local Run Manager (Dokument-Nr. 1000000002702). Dokument-Nr. 15069765 v06 DEU... -
Seite 23: Dauer Eines Sequenzierungslaufs
Die erwartete Laufdauer und andere Systemspezifikationen finden Sie auf der Seite „Specifications for the NextSeq 550 System“ (Spezifikationen für das NextSeq 550-System) auf der Illumina-Website. Anzahl der Zyklen in einem Read Bei einem Sequenzierungslauf ist die Anzahl der in einem Read ausgeführten Zyklen um einen Zyklus höher als die Anzahl der analysierten Zyklen. -
Seite 24: Vorbereiten Der Fließzelle
Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Vorbereiten der Fließzelle Nehmen Sie ein neues Fließzellenpaket aus dem Lagerort mit einer Temperatur von 2 °C bis 8 °C. -
Seite 25: Vorbereiten Von Bibliotheken Für Die Sequenzierung
NextSeq 550 Systemhandbuch Abbildung 11 Herausnehmen aus der aufklappbaren Verpackung Reinigen Sie die Glasoberfläche der Fließzelle mit einem fusselfreien Alkoholtupfer. Trocknen Sie das Glas mit einem fusselfreien Labortuch. Vorbereiten von Bibliotheken für die Sequenzierung Das Bibliotheksvolumen und die Ladekonzentration sind je nach verwendeter NCS-Version unterschiedlich. Steuerungssoftware-Version: Bibliotheksvolumen Bibliothekskonzentration... -
Seite 26: Konfigurieren Eines Sequenzierungslaufs
NextSeq 550 Systemhandbuch Abbildung 12 Laden der Bibliotheken Konfigurieren eines Sequenzierungslaufs Wählen Sie auf dem Startbildschirm die Option Experiment (Versuch). Wählen Sie auf dem Bildschirm „Select Assay“ (Assay auswählen) die Option Sequence (Sequenzieren). Der „Sequence“-Befehl öffnet die Tür der Bildgebungskammer, gibt die Verbrauchsmaterialien aus dem vorherigen Lauf frei und öffnet eine Reihe von Bildschirmen für die Laufkonfiguration. -
Seite 27: Auswählen Von Laufmodus Und Basespace Sequence Hub
NextSeq 550 Systemhandbuch BaseSpace Sequence Hub (optional) Bei der Konfiguration eines Sequenzierungslaufs stehen folgende BaseSpace Sequence Hub-Optionen zur Auswahl. Option Beschreibung und Anforderungen Run Monitoring and Storage InterOp-Dateien, Protokolldateien und Laufdaten werden zwecks Remote- (Laufüberwachung und Überwachung und Analyse an BaseSpace Sequence Hub gesendet. Erfordert ein BaseSpace Sequence Hub-Konto, eine Internetverbindung und -speicherung) ein Probenblatt. -
Seite 28: Eingeben Der Lauf- Und Analyseparameter In Ncs (Manueller Laufmodus)
NextSeq 550 Systemhandbuch Custom primers (Anwendungsspezifische Primer): Ändern Sie die Einstellungen für anwendungsspezifische Primer. Weitere Informationen finden Sie im NextSeq-Benutzerhandbuch für anwendungsspezifische Primer (Dokument-Nr. 15057456). Purge consumables for this run (Verbrauchsmaterialien für diesen Lauf entsorgen): Ändern Sie die Einstellung, um nach dem aktuellen Lauf Verbrauchsmaterialien automatisch zu entsorgen. Wählen Sie Next (Weiter). -
Seite 29: Laden Der Fließzelle
NextSeq 550 Systemhandbuch Laden der Fließzelle Entfernen Sie die gebrauchte Fließzelle aus dem vorherigen Lauf. Richten Sie die Fließzelle über den Ausrichtungsstiften aus und legen Sie sie auf den Fließzellentisch. Abbildung 13 Laden der Fließzelle Wählen Sie Load (Laden). Die Tür wird automatisch geschlossen, die Fließzellen-ID wird angezeigt und die Sensoren sind markiert. Wählen Sie Next (Weiter). -
Seite 30: Einsetzen Der Pufferkartusche
Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Schieben Sie den leeren Behälter für verbrauchte Reagenzien bis zum Anschlag in die Pufferkammer. Ein hörbares Klicken gibt an, dass der Behälter positioniert ist. -
Seite 31: Laden Der Reagenzienkartusche
Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. HINWEIS Um die sichere Entsorgung nicht verwendeter Reagenzien zu erleichtern, kann der Behälter in Position 6 entfernt werden. -
Seite 32: Überprüfen Der Automatischen Systemprüfung
NextSeq 550 Systemhandbuch Abbildung 18 Entfernbare Position 6 A Gummiabdeckung B Position 6 Drücken Sie auf den durchsichtigen Plastikgriff und schieben Sie ihn nach links, um den Behälter zu entfernen. Entsorgen Sie den Behälter gemäß den geltenden Sicherheitsvorschriften. Überprüfen der automatischen Systemprüfung Die Software führt eine automatisierte Systemprüfung durch. -
Seite 33: Überwachen Des Lauffortschritts
NextSeq 550 Systemhandbuch Überwachen des Lauffortschritts Sie können den Lauffortschritt, Intensitäten und Qualitäts-Scores überwachen, während auf dem Bildschirm Kennzahlen aufgeführt werden. Abbildung 19 Fortschritt und Kennzahlen eines Sequenzierungslaufs A Run progress (Lauffortschritt): Zeigt den aktuellen Schritt und die Anzahl der durchgeführten Zyklen für jeden Read-Vorgang an. -
Seite 34: Datenübertragung
NextSeq 550 Systemhandbuch Datenübertragung Je nach ausgewählter Analysekonfiguration erscheint während des Laufs ein Symbol auf dem Bildschirm, das den Status der Datenübertragung anzeigt. Status Local Run Manager Ausgabeordner Illumina BaseSpace Sequence Hub Verbunden Verbunden und überträgt Daten Nicht verbunden Deaktiviert Falls während des Laufs die Datenübertragung unterbrochen wird, werden die Daten vorübergehend auf dem Gerätecomputer gespeichert. -
Seite 35: Nach Dem Waschlauf
NextSeq 550 Systemhandbuch Nach Abschluss des Sequenzierungslaufs wird ein automatischer Nachwaschlauf mit der Waschlösung in der Pufferkartusche und dem NaOCl in der Reagenzienkartusche initiiert. Der automatische Nachwaschlauf dauert etwa 90 Minuten. Nach Abschluss des Waschlaufs wird die Schaltfläche „Home“ (Startseite) wieder aktiviert. Während des Waschlaufs bleiben die Sequenzierungsergebnisse auf dem Bildschirm eingeblendet. -
Seite 36: Kapitel 4 Scannen
Manifestdatei: Manifestdateien beschreiben den SNP- (Einzelnukleotid-Polymorphismus) oder Sondeninhalt auf einem BeadChip. Das Dateiformat der Manifestdateien ist *.bpm. Clusterdateien: Clusterdateien beschreiben die Clusterpositionen für den Illumina-Genotypisierungsarray und werden beim Analysieren der Daten für den Genotypaufruf verwendet. Das Dateiformat der Clusterdateien ist *.egt. -
Seite 37: Herunterladen Des Dmap-Ordners
Configuration (Systemkonfiguration) und anschließend BeadChip Scan Configuration (BeadChip-Scan- Konfiguration). Beim Installieren des NextSeq 550-Geräts lädt der Illumina-Mitarbeiter diese Dateien herunter und legt den Pfad in der Steuerungssoftware fest. Außer im Falle von Verlust oder der Verfügbarkeit einer neuen Version besteht keine Notwendigkeit, diese Dateien zu ersetzen. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Ersetzen von Manifest- und Clusterdateien auf Seite 53. -
Seite 38: Einsetzen Des Beadchips In Den Adapter
NextSeq 550 Systemhandbuch Einsetzen des BeadChips in den Adapter Drücken Sie die Halteklammer des Adapters nach unten. Die Klammer kippt leicht nach hinten. Halten Sie den BeadChip an den Kanten fest, positionieren Sie ihn so, dass der Barcode zur Halteklammer weist, und setzen Sie den BeadChip in das Adapterfach ein. Abbildung 20 Einsetzen des BeadChips in den Adapter Verwenden Sie die seitlichen Öffnungen des BeadChips, um ihn sicher im Adapterfach zu platzieren. -
Seite 39: Entladen Der Sequenzierungs-Verbrauchsmaterialien
Entsorgen Sie sie daher gemäß den geltenden regionalen, nationalen und lokalen Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Schließen Sie die Tür der Reagenzien- und der Pufferkammer. -
Seite 40: Starten Des Scan-Vorgangs
NextSeq 550 Systemhandbuch Scan-Konfiguration Überprüfen Sie im Bildschirm „Scan Setup“ (Scan-Konfiguration) die folgenden Informationen: Barcode: Die Software liest den BeadChip-Barcode, wenn der BeadChip eingesetzt wird. Sofern der Barcode manuell eingegeben wurde, erscheint die Schaltfläche „Edit“ (Bearbeiten), um ggf. Änderungen vorzunehmen. Type (Typ): Die Angabe in diesem Feld wird automatisch eingetragen. Sie basiert auf dem BeadChip- Barcode. -
Seite 41: Überwachen Des Scan-Fortschritts
NextSeq 550 Systemhandbuch Überwachen des Scan-Fortschritts Sie überwachen den Scan-Fortschritt mithilfe des BeadChip-Bilds. Jede Farbe des Bilds gibt den Status des Scans an. Hellgrau: Nicht gescannt. Dunkelgrau: Gescannt, aber nicht registriert. Grün: Gescannt und erfolgreich registriert. Rot: Das Scannen und die Registrierung sind fehlgeschlagen. Falls die Registrierung fehlschlägt, können Sie die Proben mit fehlgeschlagenen Abschnitten erneut scannen. - Seite 42 NextSeq 550 Systemhandbuch Falls die Verbindung unterbrochen wird, wird die Datenübertragung automatisch fortgesetzt, sobald die Verbindung wiederhergestellt wurde. Dokument-Nr. 15069765 v06 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Seite 43: Kapitel 5 Wartung
Wechsel des Luftfilters die erforderliche Luftzirkulation im Gerät. Präventive Wartung Illumina empfiehlt, jährlich eine präventive Wartung durchführen zu lassen. Wenn Sie keinen Servicevertrag abgeschlossen haben, wenden Sie sich an den für Ihre Region zuständigen Kundenbetreuer oder an den technischen Support von Illumina, um einen Termin für eine kostenpflichtige präventive Wartung zu vereinbaren. -
Seite 44: Vorbereiten Eines Manuellen Nachwaschlaufs
NextSeq 550 Systemhandbuch Abbildung 25 Reagenzienkartusche für den Waschlauf und Pufferkartusche für den Waschlauf Vorbereiten eines manuellen Nachwaschlaufs Vom Benutzer bereitzustellende Volumen und Beschreibung Verbrauchsmaterialien • NaOCl 1 ml, verdünnt auf 0,12 % Wird in die Reagenzienkartusche für den Waschlauf gegeben (Position 28) • 100 % Tween 20 Wird verwendet, um 125 ml 0,05-%-Tween-20-Waschlösung zu •... -
Seite 45: Vorbereiten Eines Schnellwaschlaufs
Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie in den Sicherheitsdatenblättern (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Schieben Sie den leeren Behälter für verbrauchte Reagenzien bis zum Anschlag in die Pufferkammer. Entfernen Sie ggf. die gebrauchte Pufferkartusche des vorherigen Laufs. -
Seite 46: Austausch Des Luftfilters
NextSeq 550 Systemhandbuch Starten des Waschlaufs Wählen Sie Start. Wählen Sie nach Abschluss des Waschlaufs Home (Startseite). Nach dem Waschlauf Nach dem Waschlauf bleiben die Sipper in der unteren Position, wodurch verhindert wird, dass Luft in das System eindringt. Lassen Sie die Kartuschen bis zur nächsten Ausführung stehen. Austausch des Luftfilters Bei Geräten mit von der Rückseite aus zugänglichem Luftfilter gewährleistet der Luftfilter die Luftzirkulation innerhalb des Geräts. -
Seite 47: Software-Updates
NextSeq 550 Systemhandbuch Abbildung 27 Einsetzen des Luftfilters Software-Updates Software-Updates sind in einem Software-Paket, der sogenannten System Suite gebündelt, die aus der folgenden Software besteht: NextSeq Control Software (NCS) NextSeq-Rezepturen Local Run Manager-Software RTA2 NextSeq Service Software (NSS) Universal Copy Service Direct Memory Access (DMA)-Treiber Sie können Software-Updates automatisch über eine Internetverbindung installieren oder manuell über ein Netzwerk oder einen USB-Speicherort. -
Seite 48: Automatisches Software-Update
Wenn das Update ein Firmware-Update enthält, ist nach Abschluss des Firmware-Updates ein automatischer Neustart des Systems erforderlich. Manuelles Software-Update Laden Sie das Installationsprogramm für die System Suite von der Illumina-Website herunter und speichern Sie es an einem Netzwerkspeicherort. Alternativ können Sie die Softwareinstallationsdatei auf einem USB-Laufwerk speichern. -
Seite 49: Ausschalten Des Geräts
Bewegen Sie das Gerät nicht an einen anderen Standort. Ein unsachgemäßes Bewegen des Geräts kann zur Beeinträchtigung der Ausrichtung der optischen Elemente und der Datenintegrität führen. Falls Sie den Standort des Geräts ändern müssen, wenden Sie sich an Ihren Illumina-Vertreter. Dokument-Nr. 15069765 v06 DEU... -
Seite 50: Anhang A Fehlerbehebung
Dateien für die Fehlerbehebung Ein Mitarbeiter des technischen Supports von Illumina kann Kopien von lauf- oder scanspezifischen Dateien anfordern, um Fehler zu beheben. In der Regel werden die folgenden Dateien für die Fehlersuche verwendet. Dateien für die Fehlerbehebung bei Sequenzierungsläufen Schlüsseldatei... -
Seite 51: Dateien Für Die Fehlerbehebung Bei Array-Scan-Vorgängen
Datei wird im Ordner RTALogs gespeichert. Wenn der Lauf erfolgreich durchgeführt wurde, ist die Datei nicht vorhanden. Die Dateien befinden sich in laufspezifischen Ordnern im Ausgabeordner. Fügen Sie das Fehlerprotokoll bei, wenn Sie sich wegen Problemen an den technischen Support von Illumina wenden. Dateien für die Fehlerbehebung bei Array-Scan-Vorgängen Schlüsseldatei... -
Seite 52: Beheben Von Fehlern Der Automatischen Prüfung
NextSeq 550 Systemhandbuch Schlüsseldatei Unterordner Beschreibung Kennzahlendateien [Barcode] Kennzahlen gibt es als Probe- und Abschnittskennzahlen. [Barcode]_Probe_Kennzahlen.csv: Für jede Probe und jeden Kanal (rot und grün) werden folgende Kennzahlen aufgelistet: Percent Off Image, Percent Outliers, P05, P50, P95, Avg FWHM Avg, FWHM Stddev und Min Registration Score. -
Seite 53: Tests Für Sequenzierungsläufe
Das BaseSpace-Konto oder der Netzwerkserver ist voll. (Netzwerkspeicherplatz) Temperatur Empfohlene Aktion Temperature (Temperatur) Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. Temperature sensors Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. (Temperatursensoren) Fans (Lüfter) Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. -
Seite 54: Tests Für Array-Scans
Das BaseSpace-Konto oder der Netzwerkserver ist voll. (Netzwerkspeicherplatz) Temperatur Empfohlene Aktion Temperature (Temperatur) Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. Temperature sensors Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. (Temperatursensoren) Fans (Lüfter) Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. -
Seite 55: Behälter Für Verbrauchte Reagenzien Ist Voll
Das BaseSpace-Konto oder der Netzwerkserver ist voll. (Netzwerkspeicherplatz) Bildgebungssystem Empfohlene Aktion Imaging limits Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. (Bildgebungsbeschränkungen) Z Steps-and-Settle (Z-Tisch – Schritt Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. und Positionseinnahme) Bit Error Rate (Bit-Fehlerrate) Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina. -
Seite 56: Zeitpunkte Für Das Beenden Eines Laufs Für Die Rehybridisierung
NextSeq 550 Systemhandbuch HINWEIS Der Befehl zum Beenden eines Laufs ist endgültig. Der Lauf kann nicht wieder aufgenommen werden, die Verbrauchsmaterialien des Laufs können nicht wiederverwendet werden und die Sequenzierungsdaten des Laufs werden nicht gespeichert. Wenn Sie einen Lauf beenden, führt die Software die folgenden Schritte durch, bevor der Lauf beendet wird: Versetzt die Fließzelle in einen sicheren Zustand. -
Seite 57: Konfigurieren Eines Laufs Auf Dem Gerät
NextSeq 550 Systemhandbuch HINWEIS Sie können die Fließzelle bis zu sieben Tage bei 2 °C bis 8 °C in der aufklappbaren Schachtel aus Kunststoff ohne die feuchtigkeitsabsorbierende Verpackung aufbewahren. Um optimale Ergebnisse zu erzielen, sollten Sie die gespeicherte Fließzelle innerhalb von drei Tagen rehybridisieren. Durchführen eines manuellen Waschlaufs Wählen Sie auf dem Startbildschirm Perform Wash (Waschlauf durchführen). -
Seite 58: Fehlerhafter Beadchip-Scan-Vorgang
NextSeq 550 Systemhandbuch Wählen Sie Cancel (Abbrechen). Die Tür der Bildgebungskammer wird zum Entladen des BeadChip- Adapters geöffnet. Fehlerhafter BeadChip-Scan-Vorgang Bilder werden nach dem Scannen registriert. Die Registrierung identifiziert Beads durch Korrelieren von Positionen auf dem gescannten Bild mit den Informationen auf der Bead-Kartendatei oder im DMAP-Ordner. Alle Abschnitte, bei denen die Registrierung fehlschlagen ist, werden auf dem BeadChip-Bild rot dargestellt. -
Seite 59: Ersetzen Von Manifest- Und Clusterdateien
Wash: Enthält die Rezeptur für den manuellen Waschlauf. Systemprüfung Eine Systemprüfung ist für den normalen Betrieb oder die Gerätewartung nicht erforderlich. Die Mitarbeiter des technischen Supports von Illumina bitten Sie jedoch möglicherweise zu Fehlerbehebungszwecken, eine Systemprüfung durchzuführen. HINWEIS Falls ein Gerätewaschlauf fällig ist, führen Sie zuerst den Waschlauf durch, bevor Sie die Systemprüfung starten. -
Seite 60: Durchführen Einer Systemprüfung
Abbildung 29 Verfügbare Systemprüfungen Inaktive Kontrollkästchen im Bildschirm „Select“ (Auswahl) geben an, dass für die Durchführung der entsprechenden Tests die Unterstützung eines Illumina-Mitarbeiters benötigt wird. Durchführen einer Systemprüfung Wählen Sie im Bildschirm „Manage Instrument“ (Gerät verwalten) die Option System Check (Systemprüfung). -
Seite 61: Optik-Prüfung
Ausfall droht, wird eine RAID-Fehlermeldung auf dem Gerät angezeigt, die empfiehlt, dass Sie den technischen Support von Illumina kontaktieren. Oft muss die Festplatte ausgetauscht werden. Die Laufkonfiguration und der normale Betrieb sind weiterhin möglich. Zweck der Meldung ist, Sie im Voraus über erforderliche Servicemaßnahmen zu informieren, um Unterbrechungen im normalen Betrieb des Geräts... -
Seite 62: Netzwerkspeicherfehler
NextSeq 550 Systemhandbuch Netzwerkspeicherfehler Netzwerkspeicherfehler treten aus folgenden Gründen auf: Insufficient storage space for the output folder (Unzureichender Speicherplatz für den Ausgabeordner): Stellen Sie mehr Speicherplatz auf dem Speichergerät bereit oder verschieben Sie den Ausgabeordner an einen Ort mit ausreichend Speicherplatz. Cannot connect to network storage (Herstellen einer Verbindung zum Netzwerkspeicherort nicht möglich): Überprüfen Sie den Pfad zum Ausgabeordner. -
Seite 63: Festlegen Der Basespace Sequence Hub-Konfiguration
Wenn Sie über ein Enterprise-Abonnement verfügen, aktivieren Sie das Kontrollkästchen Private Domain (Private Domäne) und geben Sie den Domänennamen (URL) für Single Sign-on bei BaseSpace Sequence Hub ein. Beispiel: https://IhrLabor.basespace.illumina.com. Wählen Sie Save (Speichern). Dokument-Nr. 15069765 v06 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. -
Seite 64: Festlegen Des Speicherorts Für Den Ausgabeordner
NextSeq 550 Systemhandbuch Festlegen des Speicherorts für den Ausgabeordner Das NextSeq benötigt bei allen Läufen einen Ausgabeordner. Verwenden Sie den vollständigen Universal Naming Convention (UNC)-Pfad für den Ausgabeordner. Der UNC-Pfad umfasst Backslashes, den Servernamen und das Verzeichnis, aber keinen Buchstaben für ein zugeordnetes Netzwerklaufwerk. Pfade zum Ausgabeordner mit einer Ebene müssen mit einem Backslash beendet werden. -
Seite 65: Anhang B Real-Time Analysis
Anhang B Real-Time Analysis Überblick über Real-Time Analysis Real-Time Analysis-Workflow Überblick über Real-Time Analysis Das NextSeq 550-System nutzt eine Implementierung der Real-Time Analysis-Software namens RTA 2. RTA2 wird auf dem Gerätecomputer ausgeführt und extrahiert Intensitäten aus Bildern, führt das Base-Calling durch und weist dem Base-Call einen Qualitäts-Score zu. RTA2 und die Steuerungssoftware kommunizieren über ein HTTP-Webinterface und gemeinsame Speicherbereiche. -
Seite 66: Fehlerbehandlung
Für NextSeq-Dateien ist bcl2fastq v2.0 oder höher erforderlich. Die neueste Version von bcl2fastq finden Sie auf der NextSeq-Downloadseite der Illumina-Website. RTA v2 liefert Echtzeitkennzahlen zur Laufqualität, die in InterOp-Dateien gespeichert werden. InterOp- Dateien sind binäre Ausgabedateien mit Kennzahlen zu Platten, Zyklen und zur Read-Ebene. Sie werden benötigt, um Echtzeitkennzahlen im Sequenzierungsanalyse-Viewer (SAV) ansehen zu können. -
Seite 67: Registrierung Und Intensitätsextraktion
NextSeq 550 Systemhandbuch Registrierung und Intensitätsextraktion Die Registrierung und Intensitätsextraktion beginnen nach der Matrizenbildung. Bei der Registrierung werden Bilder, die bei jedem weiteren Zyklus der Bildgebung erzeugt werden, an der Matrize ausgerichtet. Die Intensitätsextraktion ermittelt für ein bestimmtes Bild einen Intensitätswert für jeden Cluster in der Matrize. -
Seite 68: Cluster Nach Filterung
NextSeq 550 Systemhandbuch Abbildung 31 Darstellung der Clusterintensitäten Tabelle 1 Base-Calls bei einer Zweikanal-Sequenzierung Roter Grüner Base Ergebnis Kanal Kanal 1 (ein) 1 (ein) Cluster, die Intensitäten sowohl im roten als auch im grünen Kanal aufweisen. 1 (ein) 0 (aus) Cluster, die Intensitäten nur im roten Kanal aufweisen. 0 (aus) 0 (aus) Cluster, die keine Intensitäten bei einer bekannten Clusterposition aufweisen. - Seite 69 NextSeq 550 Systemhandbuch Der Q-Score ist eine kompakte Möglichkeit, kleine Fehlerwahrscheinlichkeiten zu kommunizieren. Q(X) repräsentiert Qualitäts-Scores, wobei X für den Score steht. Die folgende Tabelle zeigt die Beziehung zwischen dem Qualitäts-Score und der Fehlerwahrscheinlichkeit. Q-Score Q(X) Fehlerwahrscheinlichkeit 0,0001 (1 von 10.000) 0,001 (1 von 1.000) 0,01 (1 von 100) 0,1 (1 von 10) HINWEIS...
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Seite 70: Anhang C Ausgabedateien Und -Ordner
Anhang C Ausgabedateien und -ordner Sequenzierungsausgabedateien Ordnerstruktur der Sequenzierungsausgabedaten Scan-Ausgabedateien Ordnerstruktur der ausgegebenen Scan-Daten Sequenzierungsausgabedateien Dateityp Dateibeschreibung, Speicherort und Name Base-Call-Dateien Jede analysierte Platte wird in eine für jede Lane und für jeden Zyklus zusammengefasste Base- Call-Datei aufgenommen. Die zusammengefasste Datei enthält den Base-Call und den codierten Qualitäts-Score für jeden Cluster dieser Lane. -
Seite 71: Lane-Nummerierung
NextSeq 550 Systemhandbuch Hochleistungsfließzellen verfügen über insgesamt 864 Platten. Fließzellen mit mittlerer Leistung verfügen über insgesamt 288 Platten. Tabelle 2 Fließzellenplatten Mittlere Fließzellenkomponente Hochleistung Beschreibung Leistung Lanes Eine Lane ist ein physischer Kanal mit dedizierten Einlass- und Auslassöffnungen. Oberflächen Zwei Oberflächen der Fließzelle werden aufgenommen: die obere und die untere. -
Seite 72: Kameranummerierung
NextSeq 550 Systemhandbuch Abbildung 33 Bildstreifennummerierung Kameranummerierung Das NextSeq 550-System verwendet sechs Kameras, um die Fließzelle abzubilden. Die Kameras sind von 1 bis 6 nummeriert. Die Kameras 1 bis 3 nehmen Lane 1 auf. Die Kameras 4 bis 6 nehmen Lane 3 auf. Nach Aufnahme der Lanes 1 und 3 wird das Bildmodul auf der X-Achse verschoben und nimmt die Lanes 2 und 4 auf. -
Seite 73: Plattennummerierung
NextSeq 550 Systemhandbuch Plattennummerierung Es gibt 12 Platten in jedem Bildstreifen eines Kamerasegments. Die Platten sind ungeachtet der Bildstreifennummer und des Kamerasegments mit 01–12 nummeriert und werden mit zwei Ziffern dargestellt. Abbildung 35 Plattennummerierung Die vollständige Plattennummer umfasst fünf Ziffern, um die Position wie folgt darzustellen: Oberfläche: 1 stellt die obere Oberfläche dar, 2 die untere Oberfläche Bildstreifen: 1, 2 oder 3 Kamera: 1, 2, 3, 4, 5 oder 6... -
Seite 74: Ordnerstruktur Der Sequenzierungsausgabedaten
NextSeq 550 Systemhandbuch Ordnerstruktur der Sequenzierungsausgabedaten Die Steuerungssoftware generiert den Namen des Ausgabeordners automatisch. Data Intensities BaseCalls L001: Base-Call-Dateien für Lane 1, zusammengefasst in einer Datei pro Zyklus. L002: Base-Call-Dateien für Lane 2, zusammengefasst in einer Datei pro Zyklus. L003: Base-Call-Dateien für Lane 3, zusammengefasst in einer Datei pro Zyklus. L004: Base-Call-Dateien für Lane 4, zusammengefasst in einer Datei pro Zyklus. -
Seite 75: Scan-Ausgabedateien
NextSeq 550 Systemhandbuch Scan-Ausgabedateien Dateityp Dateibeschreibung, Speicherort und Name GTC-Dateien Genotypaufrufdatei. Eine GTC-Datei wird für jede auf dem BeadChip gescannte Probe generiert. Der Dateiname besteht aus dem Barcode und dem Namen der gescannten Probe. [Barcode]_[Probe].gtc Bilddateien Die Namen der Bilddateien entsprechen dem gescannten Bereich auf dem BeadChip. Der Name besteht aus dem Barcode, dem Namen der Probe und dem Abschnitt auf dem BeadChip sowie dem Bildstreifen und dem Bildgebungskanal (rot oder grün). -
Seite 76: Anhang D Erwägungen Zum Nextseq 550Dx-Forschungsmodus
NextSeq 550Dx High Output Reagent Kit zum Einmalgebrauch erforderlich. Bei der Verwendung eines NextSeq 550Dx High Output Reagent Kit für einen Lauf im Forschungsmodus müssen sämtliche Komponenten aus derselben Kit-Charge stammen. Ein NextSeq 550/550 Kit kann nicht für einen Lauf im Diagnosemodus verwendet werden. -
Seite 77: Starten Des Nextseq 550Dx-Geräts
NextSeq 550 Systemhandbuch Starten des NextSeq 550Dx-Geräts Bringen Sie den Hauptnetzschalter in die Position I (EIN). Abbildung 36 Netzschalter auf der Rückseite des Geräts Drücken Sie die Ein/Aus-Taste über der Reagenzienkammer. Die Ein/Aus-Taste schaltet das Gerät ein und startet den integrierten Gerätecomputer und die Software. Das Gerät startet standardmäßig im Diagnosemodus. -
Seite 78: Nextseq 550Dx-Gerätemodusanzeigen
NextSeq 550 Systemhandbuch Warten Sie, bis das Betriebssystem vollständig geladen wurde. Die NCS wird gestartet und initialisiert das System automatisch. Wenn die Initialisierung abgeschlossen ist, wird der Startbildschirm geöffnet. Melden Sie sich mit dem Benutzernamen und dem Kennwort für den Standort bei Windows an, wenn das System so konfiguriert wurde, dass Anmeldeinformationen erforderlich sind. -
Seite 79: Neustart Im Forschungsmodus
Bewegen Sie das Gerät nicht an einen anderen Standort. Ein unsachgemäßes Bewegen des Geräts kann zur Beeinträchtigung der Ausrichtung der optischen Elemente und der Datenintegrität führen. Falls Sie den Standort des Geräts ändern müssen, wenden Sie sich an Ihren Illumina-Vertreter. Beim Beenden Windows aufrufen Der Befehl „Exit to Windows“... -
Seite 80: Index
Index Adapter Datenübertragung BeadChip-Ausrichtung 32 Aktivitätssymbole 28 BeadChip laden 33 allgemeiner Kopierdienst 28 Überblick 6 Scannen von Daten 35 Analyse Decode File Client 30 Ausgabedateien 64 Zugriff nach BeadChip 31 Optionen 20-21 Zugriff nach Konto 31 Analyse, primär DMAP-Ordner Signalreinheit 62 Decode File Client 30 Ausgabedateien 64 Herunterladen 31... - Seite 81 NextSeq 550 Systemhandbuch Bildgebung 66 Reagenzienkammer 3 Bildstreifennummer 65 Statusleiste 3 Lane-Nummerierung 65 Konfigurationseinstellungen 56 Lane-Paare 8 Kundendienst 78 Paketierung 18 Platten 64 Plattennummerierung 67 Rehybridisierung 49 Lane-Nummerierung 65 Reinigen 18 Lane-Paare 65 Typen 1 Laufdauer 17 Überblick 8 Läufe Fließzellenkammertür 20 Erstellen 17 Formamid, Position 6 25 Laufkennzahlen 27...
- Seite 82 Reagenzien Ordnungsgemäße Entsorgung 25 Technische Unterstützung 78 Reagenzienkammer 3 Reagenzienkartusche Behälter in Position 28 38 Überblick 9 Überwachungsdienst Illumina Proactive 13 Vorbereitung 17 Universal Copy Service (allgemeiner Real-Time Analysis-Software 1, 4 Kopierdienst) 28 Ergebnisse 64 Update der Software 41 Rehybridisierung, Read 1 49 Reinheitsfilter 62 Richtlinien für Wasser in Laborqualität 15...
- Seite 83 NextSeq 550 Systemhandbuch Sequenzierung 60 Verbrauchte Reagenzien 23 Verbrauchsmaterialien Fließzelle 8 Gerätewartung 15 Zyklen in einem Read 17 Pufferkartusche 10 Reagenzienkartusche 9 Sequenzierungsläufe 14 Waschlauf-Verbrauchsmaterialien 37-38 Wasser in Laborqualität 15 Verbrauchte Reagenzien Behälter voll 49 Entsorgung 23, 39 Verwalten des Geräts Ausschalten 43 Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien 14-15...
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Seite 84: Technische Unterstützung
Die Produktdokumentation steht auf der Illumina-Website im PDF-Format zum Herunterladen zur Verfügung. Gehen Sie zu support.illumina.com, wählen Sie ein Produkt und wählen Sie anschließend Documentation & Literature (Dokumentation und Literatur). Dokument-Nr. 15069765 v06 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. - Seite 85 Dokument-Nr. 15069765 v06 DEU Illumina 5200 Illumina Way San Diego, Kalifornien 92122, USA +1.800.809.ILMN (4566) +1.858.202.4566 (außerhalb von Nordamerika) techsupport@illumina.com www.illumina.com Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. © 2019 Illumina, Inc. Alle Rechte vorbehalten.