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• Nachweisgrenzen für alle Anwendungen
Berechnungen für Oligo-DNA- und Oligo-RNA-Messungen
Wie bei anderen Nukleinsäure-Anwendungen
verwenden die Oligo-Anwendungen die
Beer-Lambert-Gleichung, um die Extinktion mit der
Konzentration basierend auf dem
Extinktionskoeffizienten und der Weglänge der Probe zu
korrelieren. Weil Oligonukleotide kurze, einsträngige
Moleküle (oder längere Moleküle mit sich
wiederholenden Sequenzen) sind, hängen ihr Spektrum
ε
und Extinktionskoeffizient (
) eng von der
Basenzusammensetzung und der Sequenz ab.
(Die allgemein akzeptierten Extinktionskoeffizienten und
Faktoren für einsträngige DNA und RNA bieten eine
vernünftige Schätzung für natürliche, im Wesentlichen
zufällige Sequenzen, aber nicht für kurze, synthetische
Oligo-Sequenzen.) Um möglichst genaue Ergebnisse zu
gewährleisten, verwenden wir den genauen Wert der
ε
, um die Oligonukleotid-Konzentration zu berechnen.
260
Die NanoDrop-Software ermöglicht es Ihnen, die
Basensequenz eines Oligonukleotids vor der Messung
anzugeben. Für jede eingegebene Basensequenz
verwendet die Software die Gleichung auf der rechten
Seite, um den Extinktionskoeffizienten zu berechnen.
Tipp: Der Extinktionskoeffizient ist für jedes
Oligonukleotid von der Wellenlänge abhängig und kann
durch den Puffertyp, die Ionenstärke und den pH-Wert
beeinflusst werden.
Thermo Scientific
Hinweis Bei Messungen mit Küvetten mit einer Weglänge von 10 mm beträgt die obere
Extinktionsgrenze 1,5 AU, also etwa 75 ng/μl für dsDNA.
Extinktionskoeffizienten für Oligonukleotide
Die Software verwendet die Nächste-Nachbar-Methode und die folgende
Formel, um die molaren Extinktionskoeffizienten für bestimmte
Oligonucleotid-Basensequenzen zu berechnen:
ε 260
=
wobei:
ε
= molarer Extinktionskoeffizient in l/mol-cm
ε
ε
1 =
ε
ε
nächster Nachbar
2 =
ε
ε
individuelle Basen
3 =
Modifikationen, z, B. fluoreszierende Farbstoffe
Messen von Oligo-DNA oder RNA-Oligo-RNA
–
–
N 1
N 1
N
ε 1
–
ε 2
+
ε 3
1
2
1
NanoDrop One Bedienungsanleitung
57
- Quicklinks:
- Messen von Dsdna, Ssdna oder Rna
Quicklinks ausblenden:
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