Peqlab peqSTAR series Kurzanleitung Seite 23

Kurzanleitung peqSTAR Thermocycler Serie
05
Temp
06
Temp
07
Alternative Eingabe der Schritte 03 – 07:
03
Start Cycle
04
Temp
05
Temp
06
Temp
07
Close Loop Close Loop Close Loop Close Loop
08
Temp
09
Store Store
Store Store
PEQLAB_v1212D
Annealing-Temp. Von 65°C im 1. Zyklus für 30 Sekunden
'Touchdown'-PCR, durch Eingabe eines Temperatur-'Decrements'. Die Annealing-Temp. von
65 °C im 1. Zyklus verringert sich um 0.4 °C pro Zyklus. Dies bewirkt eine hohe Spezifität
in den anfänglichen Zyklen und eine hohe Amplifikationseffizienz in den späteren Zyklen.
Die Verringerung der Kühlrate (Ramp Rate) kann sowohl in Temperatur- also auch in
Gradienten-Schritten eingestellt werden. Sinnvoll ist sie z. B. für das quantitatives Annealing
komplementärer Oligonukleotide oder bei den Annealing-Schritten der anfänglichen Zyklen,
wenn aufgrund geringer Template-Mengen (z. B. nach cDNA-Synthese) die Primer-Bindung
besonders effizient ablaufen soll.
Elongation bei 72 °C für 1 Minute im 1. Zyklus
Durch Eingabe eines Zeit-'Increments' verlängert sich die Elongationszeit um 5 s pro Zyklus.
Die schrittweise Verlängerung der Elongationszeit ist bei hohen Zyklenzahlen (>30) sinnvoll,
wenn die Aktivität der Polymerase nachlässt.
Cycle-Funktion beenden mit 'Close Cycle'.
Öffnen einer Programmschleife – 30 Zyklen
Denaturierung bei 95 °C für 30 Sekunden
Annealing-Temp. Von 65°C im 1. Zyklus für 30 Sekunden
'Touchdown'-PCR, durch Eingabe eines Temperatur-'Decrements'. Die Annealing-Temp. von
65 °C im 1. Zyklus verringert sich um 0.4 °C pro Zyklus. Dies bewirkt eine hohe Spezifität
in den anfänglichen Zyklen und eine hohe Amplifikationseffizienz in den späteren Zyklen.
Die Verringerung der Kühlrate (Ramp Rate) kann sowohl in Temperatur- also auch in
Gradienten-Schritten eingestellt werden. Sinnvoll ist sie z. B. für das quantitatives Annealing
komplementärer Oligonukleotide oder bei den Annealing-Schritten der anfänglichen Zyklen,
wenn aufgrund geringer Template-Mengen (z. B. nach cDNA-Synthese) die Primer-Bindung
besonders effizient ablaufen soll.
Elongation bei 72 °C für 1 Minute im 1. Zyklus
Durch Eingabe eines Zeit-'Increments' verlängert sich die Elongationszeit um 5 s pro Zyklus.
Die schrittweise Verlängerung der Elongationszeit ist bei hohen Zyklenzahlen (>30) sinnvoll,
wenn die Aktivität der Polymerase nachlässt.
Schließen der Programmschleife mit 'Close Loop'.
Finale Elongation bei 72 °C für 5 Minuten
Die finale Elongation stellt die vollständige Synthese aller Amplifikate sicher.
8 °C bei abgeschalteter Deckelheizung für unbegrenzte Zeit
Im 'Store'-Schritt wird die Deckelheizung automatisch abgeschaltet. Dies verhindert ein
Gegeneinanderarbeiten von Deckelheizung und den Peltierelementen des Blocks, was vor
allem bei längeren Inkubationen bei niedrigen Temperaturen die Lebensdauer der
Peltierelemente erhöht und den Energieverbrauch verringert.
22