Inhaltsverzeichnis
Werbung
Kapitel 3 Sequenzierung
Einleitung
Das Sequenzierungsverfahren auf dem iSeq 100-Sequenzierungssystem umfasst die Clusterbildung, die
Sequenzierung und die Analyse. Die einzelnen Schritte werden während eines Sequenzierungslaufs
automatisch ausgeführt. Je nach Systemkonfiguration wird die weitere Analyse nach Abschluss des Laufs
separat vom Gerät durchgeführt.
Clusterbildung
Die Bibliothek wird automatisch in Einzelstränge denaturiert und im Gerät weiter verdünnt. Während der
Clusterbildung werden einzelne DNA-Moleküle an der Oberfläche der Fließzelle gebunden und amplifiziert,
um Cluster zu bilden.
Sequenzierung
Cluster werden unter Verwendung der Ein-Farbstoff-Chemie abgebildet, die eine Fluoreszenzmarkierung und
zwei Bildgebungszyklen verwendet, um die Daten für die vier Nukleotide zu codieren.
Im ersten Bildgebungszyklus werden Adenin (A) und Thymin (T) nachgewiesen. Ein chemischer Zyklus spaltet
dann den Farbstoff von A ab und fügt gleichzeitig dem Cytosin (C) einen ähnlichen Farbstoff hinzu. Der zweite
Bildgebungszyklus erkennt C und T. Nach dem zweiten Bildgebungszyklus führt die Echtzeitanalyse-
Software das Base-Calling, die Filterung und eine Qualitätsbewertung durch. Dieser Vorgang wird für jeden
Sequenzierungszyklus wiederholt.
Weitere Informationen zur Ein-Farbstoff-Chemie finden Sie unter
Analyse
Während der Durchführung des Laufs überträgt die Steuerungssoftware automatisch Base- Call-Dateien
(*.bcl) zwecks Datenanalyse an den angegebenen Ausgabespeicherort. Die Datenanalysemethode ist
abhängig von Ihrer Anwendung und der Systemkonfiguration.
Best Practices
Tragen Sie beim Umgang mit Reagenzien und anderen Chemikalien eine Schutzbrille, einen Laborkittel
u
und ungepuderte Handschuhe. Wechseln Sie die Handschuhe, wenn Sie dazu aufgefordert werden, um
Kreuzkontaminationen zu vermeiden.
Bevor Sie das Protokoll starten, stellen Sie sicher, dass Sie über die erforderlichen Verbrauchsmaterialien
u
und Geräte verfügen. Informationen hierzu finden Sie unter
Verbrauchsmaterialien und Geräte auf Seite
Gehen Sie gemäß den Protokollen in der angezeigten Reihenfolge vor. Halten Sie sich dabei an die
u
angegebenen Volumina, Temperaturen und Zeiten.
Dokument-Nr. 1000000036024 v00 DEU
Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
Base-Calling auf Seite
Vom Benutzer bereitzustellende
16.
19
19
20
20
22
25
28
60.
19
Werbung
Kapitel
Inhaltsverzeichnis
Fehlerbehebung
