Inhaltszusammenfassung für illumina iSeq-100
- Seite 1 Sequenzierungssystem Handbuch Dokument-Nr. 1000000036024 v00 DEU ILLUMINA – EIGENTUMSRECHTLICH Februar 2018 GESCHÜTZT Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
- Seite 2 HIERIN BESCHRIEBENEN PRODUKTE (EINSCHLIESSLICH TEILEN HIERVON ODER DER SOFTWARE) ENTSTEHEN. © 2018 Illumina, Inc. Alle Rechte vorbehalten. Alle Marken sind das Eigentum von Illumina, Inc. oder ihrer jeweiligen Inhaber. Weitere Informationen zu Marken finden Sie unter www.illumina.com/company/legal.html. Dokument-Nr. 1000000036024 v00 DEU...
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Seite 3: Inhaltsverzeichnis
Inhaltsverzeichnis Kapitel 1 Überblick Einleitung Weitere Ressourcen Von der Probe zur Analyse Gerätekomponenten iSeq 100 i1-Reagenzien Kapitel 2 Erste Schritte Erstmalige Konfiguration Konfigurieren von Laufeinstellungen Anpassen der Systemeinstellungen Anpassen der Netzwerkeinstellungen Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien und Geräte Kapitel 3 Sequenzierung Einleitung Best Practices Auftauen der im Folienbeutel verpackten Kartusche... - Seite 4 iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Anhang B Erweiterter Austausch Erhalt eines Ersatzgeräts Vorbereiten des Originalgeräts für die Rücksendung Rückgabe des Originalgeräts Anhang C Echtzeitanalyse Überblick über die Echtzeitanalyse Echtzeitanalyse-Workflow Index Technische Unterstützung Dokument-Nr. 1000000036024 v00 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren.
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Seite 5: Kapitel 1 Überblick
Lauf angegebenen Analysemodul. Die Software enthält verschiedene Analysemodule. Cloudbasierte Analyse: Der Sequenzierungsworkflow ist mit BaseSpace Sequence Hub integriert, der Cloud-Computing-Umgebung von Illumina für die Laufüberwachung, Datenanalyse, Speicherung und Zusammenarbeit. Die Ausgabedateien werden in Echtzeit an BaseSpace Sequence Hub für die Analyse übertragen. -
Seite 6: Von Der Probe Zur Analyse
Das folgende Diagramm veranschaulicht den kompletten Ablauf der Sequenzierung von der Probe bis zur Analyse. In jedem Schritt sind die zugehörigen Tools und Dokumentationen aufgeführt. Dieses Handbuch deckt den Sequenzierungsschritt ab. Weitere Dokumentationen finden Sie auf der Website support.illumina.com. Abbildung 1 Probe-zu-Analyse-Workflow Dokument-Nr. 1000000036024 v00 DEU... -
Seite 7: Gerätekomponenten
iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Gerätekomponenten Zum iSeq 100-Sequenzierungssystem gehören eine Ein/Aus-Taste, ein Monitor, eine Statusleiste, eine Verbrauchsmaterialienkammer und eine Auffangschale. Abbildung 2 Externe Komponenten A Ein/Aus-Taste: Steuert die Stromversorgung des Geräts und zeigt an, ob das System eingeschaltet (Taste leuchtet) oder ausgeschaltet (Taste ist dunkel) ist bzw. ob es ausgeschaltet und noch am Stromnetz angeschlossen ist (Taste pulsiert). - Seite 8 iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Abbildung 3 Komponenten auf der Rückseite A Ethernet-Anschluss: Für den optionalen Anschluss eines Ethernet-Kabels. B USB-Anschlüsse: Zwei Anschlüsse für den Anschluss von Zusatzkomponenten. C Kippschalter: Zum Ein- und Ausschalten des Geräts. D Wechselstromanschluss: Für das Anschließen des Netzkabels. Verbrauchsmaterialienkammer Die Verbrauchsmaterialienkammer enthält die Kartusche für den Sequenzierungslauf.
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Seite 9: Systemsoftware
Das System wird mit DNA Amplicon und Generate FASTQ sowie installierten Modulen ausgeliefert. Weitere Informationen zu dieser Software finden Sie auf den Supportseiten zu Local Run Manager der Website von Illumina. Echtzeitanalyse (RTA2): Führt während des Laufs Bildanalysen und das Base-Calling durch. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter... -
Seite 10: Informationen Zum System
A Die Laufkonfiguration betreffende Warnungen B Andere Benachrichtigungen Informationen zum System Das Menü der Steuerungssoftware bietet einen „About“-Bereich (Infobereich), in dem Sie die Kontaktinformationen von Illumina sowie die folgenden Systeminformationen einsehen können: Seriennummer Computername und IP-Adresse Version des Rezepturbestandteils Anzahl der Läufe Prozessmanagement Der Bildschirm „Process Management“... -
Seite 11: Status Von Basespace Sequence Hub
iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Complete (Abgeschlossen): Universal Copy Service hat alle Dateien erfolgreich in den Ausgabeordner kopiert. Status von BaseSpace Sequence Hub BaseSpace Sequence Hub zeigt den Upload-Status an: In Progress (In Verarbeitung): Die Steuerungssoftware lädt Dateien auf den BaseSpace Sequence Hub hoch. - Seite 12 iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Beide Verbrauchsmaterialien sind mit Identifikatoren zur Nachverfolgung und Sicherstellung der Kompatibilität versehen. Die Kartusche verwendet RFID (Radio Frequency Identification). Die Fließzelle verwendet eine elektrische Schnittstelle: EEPROM (Electrically Erasable Programmable Read-Only Memory). Kartusche Die Sequenzierungsreagenzienkartusche ist mit Cluster-, Sequenzierungs-, Paired-End- und Indizierungsreagenzien vorbefüllt.
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Seite 13: Unterstützte Anzahl Von Zyklen
iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Abbildung 8 Komponenten der Fließzelle A Griffpunkte B CMOS-Sensor (Oberseite) C Bildgebungsbereich D Dichtung (eine von zwei) E CMOS-Sensor (Unterseite) F Elektrische Schnittstelle Die Oberfläche der Fließzelle ist mit Millionen von Nanowells versehen. Es werden Cluster in den Nanowells gebildet, aus denen dann die Sequenzierungsreaktion durchgeführt wird. - Seite 14 Beschreibung Das Datum, an dem das Verbrauchsmaterial abläuft. Um optimale Ergebnisse zu erzielen, verwenden Sie das Verbrauchsmaterial vor diesem Datum. Gibt den Hersteller an (Illumina). Das Herstellungsdatum des Verbrauchsmaterials. Die Verwendung ist ausschließlich für Forschungszwecke (Research Use Only, RUO) vorgesehen.
- Seite 15 iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Symbol Beschreibung Lagerungstemperaturbereich in Grad Celsius. Lagern Sie das Verbrauchsmaterial bei Temperaturen innerhalb des angegebenen Bereichs.² ¹ REF identifiziert die einzelne Komponente, während LOT die Charge identifiziert, zu der die Komponente gehört. ² Die Lagerungstemperatur kann von der Transporttemperatur abweichen. Dokument-Nr. 1000000036024 v00 DEU Nur für Forschungszwecke.
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Seite 16: Kapitel 2 Erste Schritte
Kapitel 2 Erste Schritte Erstmalige Konfiguration Konfigurieren von Laufeinstellungen Anpassen der Systemeinstellungen Anpassen der Netzwerkeinstellungen Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien und Geräte Erstmalige Konfiguration Wenn Sie das System zum ersten Mal einschalten, wird die Steuerungssoftware gestartet. Mehrere Bildschirme werden nacheinander angezeigt und führen Sie durch die erstmalige Konfiguration. Bei der erstmaligen Konfiguration wird eine Systemprüfung durchgeführt, um die Geräteleistung zu überprüfen, die Laufeinstellungen festzulegen und die Systemeinstellungen anzupassen. -
Seite 17: Konfigurieren Von Laufeinstellungen
iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Konfigurieren von Laufeinstellungen Mit den Laufeinstellungen legen Sie den Laufkonfigurationsworkflow, die Analysemethode und die Datenausgabe fest. Konfigurieren des Laufmodus Der Laufmodus legt fest, wo die Laufparameter angegeben und wie die Daten ausgewertet werden: Laufmodus Laufparameter Datenanalyse Local Run Manager Die Laufparameter werden unter Die Daten werden im angegebenen Ausgabeordner Verwendung der Local Run Manager-... -
Seite 18: Konfigurieren Von Basespace Sequence Hub
Wenn eine beliebige Option außer „None“ (Keine) ausgewählt ist, werden die Betriebsdaten für jeden Lauf an den technischen Support von Illumina gesendet. Diese Daten erleichtern dem technischen Support von Illumina die Fehlerbehebung und das Erkennen möglicher Ausfälle. Mit ihrer Hilfe kann proaktiv gewartet und die Geräteverfügbarkeit maximiert werden. Weitere Informationen über die Vorteile dieser Option finden Sie im technischen Hinweis zu Illumina Proactive (Pub-Nr. -
Seite 19: Festlegen Des Ausgabeordners
iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Festlegen des Ausgabeordners Die Software speichert BCL-Dateien und andere Laufdaten im Ausgabeordner. Sofern BaseSpace Sequence Hub nicht für die Laufüberwachung und -speicherung konfiguriert ist, wird ein Ausgabeordner benötigt. Gehen Sie wie nachfolgend beschrieben vor, um den Standardspeicherort anzugeben. Der Speicherort kann für jeden Lauf während der Laufkonfiguration geändert werden. -
Seite 20: Anpassen Der Netzwerkeinstellungen
Gruppenrichtlinienobjekte (GPOs), Antivireneinstellungen und Berechtigungen die Systemfunktion beeinträchtigen. Eine unsachgemäße Funktion des Systems kann zum Fehlschlagen von Läufen und dem Verlust von Verbrauchsmaterialien führen. Siehe Sicherheitshandbuch mit den Best Practices von Illumina (Pub.-Nr. 970-2016-016). Schließen Sie die Windows-Einstellungen und maximieren Sie die Steuerungssoftware. Verbinden mit WLAN Die Standard-Netzwerkverbindung ist Ethernet, das im Hinblick auf die Datenübertragung zuverlässiger ist. -
Seite 21: Verbrauchsmaterialien Für Die Sequenzierung
Mikropipettenspitzen, 100 µl Allgemeiner Laborlieferant Verdünnen von Bibliotheken auf Ladekonzentration. Papierhandtücher Allgemeiner Laborlieferant Trocknen der Kartusche nach einem Wasserbad. Resuspension Buffer Illumina, im Lieferumfang von Verdünnen von Bibliotheken auf (Resuspensionspuffer, RSB) Bibliotheksvorbereitungs-Kits Ladekonzentration. enthalten [Optional] 10 mmol Tris-HCl, pH 8,5 Allgemeiner Laborlieferant Ersatz für RSB zum Verdünnen von... - Seite 22 Trocknen der Auffangschale. vergleichbar) Papierhandtücher Allgemeiner Laborlieferant Entfernen von Flüssigkeit rund um das Gerät. PhiX Control v3 (PhiX-Kontrolle v3) Illumina, Katalog-Nr. FC-110-3001 Durchführung eines PhiX- Fehlerbehebungslaufs. [Optional] Bleichlösung, 10 % VWR, Katalog-Nr. 16003-740 (1 l), Reinigung der Arbeitsflächen nach der 16003-742 (0,5 l) (oder vergleichbar) Dekontamination.
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Seite 23: Kapitel 3 Sequenzierung
Kapitel 3 Sequenzierung Einleitung Best Practices Auftauen der im Folienbeutel verpackten Kartusche Vorbereiten von Bibliotheken für die Sequenzierung Laden von Verbrauchsmaterialien in die Kartusche Konfigurieren eines Sequenzierungslaufs (Local Run Manager-Modus) Konfigurieren eines Sequenzierungslaufs (Manueller Modus) Einleitung Das Sequenzierungsverfahren auf dem iSeq 100-Sequenzierungssystem umfasst die Clusterbildung, die Sequenzierung und die Analyse. -
Seite 24: Auftauen Der Im Folienbeutel Verpackten Kartusche
Trocknen Sie die vom Wasserbad nasse Kartusche mit Papiertüchern ab. Vorbereiten von Bibliotheken für die Sequenzierung Das Ladevolumen beträgt 20 µl bei einer Konzentration von 50 pM für AmpliSeq für Illumina Library PLUS- Bibliotheken oder von 250 pM für Nextera™ DNA Flex-Bibliotheken. Vor dem Laden von Bibliotheken in die Kartusche verdünnen Sie diese auf die entsprechende Ladekonzentration und fügen Sie optional eine PhiX-... -
Seite 25: Verdünnen Der Bibliothek Auf 1 Nm
Volumen RSB Bibliothekstyp (pM) (µl) (µl) AmpliSeq für Illumina Library PLUS NexteraDNA Flex Die optimale Ladekonzentration variiert je nach Bibliothekstyp. Die Tabelle enthält Ladekonzentrationsbeispiele für ausgewählte Bibliotheken. Das iSeq 100-System ist mit allen Bibliotheksvorbereitungs-Kits von Illumina kompatibel. Mischen Sie kurz mit dem Vortexer und zentrifugieren Sie anschließend eine Minute lang bei 280 × g. -
Seite 26: Verdünnen Von 1-Nm-Phix Auf Ladekonzentration
iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Verdünnen von PhiX auf 1 nM Nehmen Sie die 10-nM-PhiX-Stocklösung aus dem -25 °C bis -15 °C kalten Lagerort. Lassen Sie die Reagenzien 10 Minuten lang bei Raumtemperatur auftauen. Mischen Sie die folgenden Volumina in einem Mikrozentrifugenröhrchen, um 20 µl 1-nM-PhiX vorzubereiten: 10-nM-PhiX (2 µl) RSB (18 µl) Mischen Sie kurz mit dem Vortexer und zentrifugieren Sie anschließend eine Minute lang bei 280 × g. -
Seite 27: Laden Der Bibliothek
iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Invertieren Sie die Kartusche fünfmal, um die Reagenzien zu mischen. Die internen Komponenten können beim Invertieren rasseln, was normal ist. Vergewissern Sie sich, dass das Etikett der Kartusche nach oben zeigt, und klopfen Sie mit der Kartusche fünfmal auf den Labortisch oder auf eine andere harte Oberfläche, um Luftblasen zu entfernen. - Seite 28 iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Gehen Sie wie folgt vor, wenn Sie den CMOS-Sensor oder das Glas versehentlich berühren: Reinigen Sie die betroffene Oberfläche mit einem Alkoholtuch. Trocknen Sie die Fließzelle mit einem fusselfreien Labortuch. Vergewissern Sie sich, dass sich keine Fusseln oder Fasern auf der Fließzelle befinden. Unter normalen Bedingungen muss die Fließzelle nicht gereinigt werden.
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Seite 29: Konfigurieren Eines Sequenzierungslaufs (Local Run Manager-Modus)
Um den aktuellen Lauf vom BaseSpace Sequence Hub zu trennen, wählen Sie Skip BaseSpace Sequence Hub Sign In (BaseSpace Sequence Hub-Anmeldung überspringen). Die Leistungsdaten werden dennoch an Illumina gesendet. Wenn die BaseSpace Sequence Hub-Verbindung für den aktuellen Lauf geändert werden soll, wählen Sie eine Option aus dem Menü... -
Seite 30: Auswählen Eines Laufs
iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Geben Sie Ihre E-Mail-Adresse und Ihr BaseSpace Sequence Hub -Kennwort ein und wählen Sie anschließend Sign In (Anmelden). Wenn die Liste „Available Workgroups“ (Verfügbare Arbeitsgruppen) angezeigt wird, wählen Sie die Arbeitsgruppe aus, in die Sie die Daten hochladen möchten. Diese Liste wird angezeigt, wenn Sie mehreren Arbeitsgruppen angehören. -
Seite 31: Überprüfen Der Selbsttests
iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Überprüfen der Selbsttests Selbsttests beinhalten eine Geräte- und eine Flussprüfung. Bei der Flussprüfung werden die Kartuschendichtungen durchstoßen und das Reagenz durch die Fließzelle geleitet. Daher können Verbrauchsmaterialien nach dem Start der Flussprüfung nicht wiederverwendet werden. Die Flussprüfung folgt auf die Geräteprüfung. Wenn eine Prüfung läuft, wird der Balken für diese Prüfung animiert. -
Seite 32: Konfigurieren Eines Sequenzierungslaufs (Manueller Modus)
Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie im Sicherheitsdatenblatt (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Wählen Sie Close Door (Klappe schließen), um zum Startbildschirm zurückzukehren. Die Software lädt den Träger automatisch neu und Sensoren bestätigen die Entnahme der Kartusche. -
Seite 33: Eingeben Von Laufparametern
Um den aktuellen Lauf vom BaseSpace Sequence Hub zu trennen, wählen Sie Skip BaseSpace Sequence Hub Sign In (BaseSpace Sequence Hub-Anmeldung überspringen). Die Leistungsdaten werden dennoch an Illumina gesendet. Wenn die BaseSpace Sequence Hub-Verbindung für den aktuellen Lauf geändert werden soll, wählen Sie eine Option aus dem Menü... - Seite 34 iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Geben Sie im Feld „Sample Sheet“ (Probenblatt) den Speicherort für das Probenblatt ein oder wählen Sie Browse (Durchsuchen) und navigieren Sie zum gewünschten Speicherort. Der Name des Probenblatts muss „SampleSheet.csv“ lauten. Wählen Sie Pre-Run Check (Selbsttest), um den Selbsttest zu starten. Anzahl der Zyklen in einem Read Die Eingabe von mindestens 26 Zyklen und maximal 151 Zyklen pro Read hilft, die Datenqualität sicherzustellen.
- Seite 35 Gesetzen und Vorschriften. Zusätzliche umwelt-, gesundheits- und sicherheitsbezogene Informationen finden Sie im Sicherheitsdatenblatt (SDS, Safety Data Sheet) unter support.illumina.com/sds.html. Wählen Sie Close Door (Klappe schließen), um zum Startbildschirm zurückzukehren. Die Software lädt den Träger automatisch neu und Sensoren bestätigen die Entnahme der Kartusche.
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Seite 36: Kapitel 4 Wartung
Richtlinien für Softwareeinschränkung Präventive Wartung Illumina empfiehlt, jährlich eine präventive Wartung durchführen zu lassen. Wenn Sie keinen Servicevertrag abgeschlossen haben, wenden Sie sich an den für Ihre Region zuständigen Kundenbetreuer oder an den technischen Support von Illumina, um einen kostenpflichtigen präventiven Wartungstermin zu vereinbaren. -
Seite 37: Installieren Eines Automatischen Software-Updates
Schließen Sie das USB-Laufwerk am USB-Anschluss auf der Rückseite des Geräts an. Kopieren Sie das Installationsprogramm nach C:\Illumina. Wählen Sie Exit Application (Anwendung beenden), um die Steuerungssoftware zu schließen. Navigieren Sie zu C:\ Illumina und öffnen Sie die Datei iSeqSuiteInstaller.exe. Wählen Sie im Installationsassistenten Install (Installieren). Dokument-Nr. 1000000036024 v00 DEU... -
Seite 38: Austausch Des Luftfilters
Er gewährleistet eine gute Kühlung und verhindert das Eindringen von Schmutz in das System. Im Lieferumfang des Geräts sind ein installierter und ein Ersatzfilter enthalten. Zusätzliche Ersatzteile sind im Lieferumfang der Garantie enthalten oder können bei Illumina erworben werden. Platzieren Sie das Gerät so, dass Sie leicht an die Rückseite gelangen. - Seite 39 iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Entfernen Sie den Schaumstoff-Luftfilter, der sich in der Mitte der Abdeckung befindet, und entsorgen Sie ihn. Legen Sie einen neuen Luftfilter in die Abdeckung ein und drücken Sie ihn hinein, um ihn zu befestigen. Stecken Sie die beiden Haken der Abdeckung in die passenden Löcher im Gerät und drücken Sie die Abdeckung in die richtige Position.
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Seite 40: Umstellen Des Geräts
iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Umstellen des Geräts Befolgen Sie die folgenden Anweisungen, um ein Gerät sicher umzustellen. Vergewissern Sie sich, dass der neue Standort den Anforderungen entspricht, die im iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch zur Standortvorbereitung (Dokument-Nr. 1000000035337) beschrieben sind. Wenn Sie ein Gerät zurückgeben, überspringen Sie diesen Abschnitt und lesen Sie unter Erweiterter Austausch auf Seite 50 weiter. -
Seite 41: Richtlinien Für Softwareeinschränkung
iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Abbildung 10 Position der Ein/Aus-Taste 13 Wenn das Betriebssystem geladen ist, melden Sie sich bei Windows an. Die Steuerungssoftware wird gestartet und initialisiert das System. Nach Abschluss der Initialisierung wird der Startbildschirm angezeigt. Richtlinien für Softwareeinschränkung Die Windows-Richtlinien für Softwareeinschränkung (Software Restriction Policies, SRP) nutzen Regeln, um die Ausführung nur von bestimmter Software zuzulassen. -
Seite 42: Hinzufügen Und Entfernen Von Srp-Regeln
Melden Sie sich über das Administratorkonto beim Betriebssystem an. Das Administratorkonto verfügt über die erforderlichen Berechtigungen für das Ändern der SRP-Regeln. Deaktivieren Sie SRP wie folgt: Navigieren Sie zum Verzeichnis C:\Illumina\Security. Doppelklicken Sie auf Disable.reg. Wählen Sie Yes (Ja), um die Änderungen zu bestätigen. - Seite 43 Schließen Sie das Dialogfeld „Local Security Policy“ (Lokale Sicherheitsrichtlinie). Führen Sie folgende Schritte aus, um SRP sofort wieder zu aktivieren: Navigieren Sie zum Verzeichnis C:\Illumina\Security. Doppelklicken Sie auf Enable.reg. 10 Wenn Sie die SRP-Regeln zum ersten Mal geändert haben, melden Sie sich ab und anschließend wieder an, damit die Regeln wirksam werden.
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Seite 44: Anhang A Fehlerbehebung
Anhang A Fehlerbehebung Beheben von Fehlermeldungen Abbrechen eines Laufs Aus- und Wiedereinschalten des Geräts Durchführen einer Systemprüfung Beseitigen von undichten Stellen PhiX-Fehlerbehebungslauf Wiederherstellen der Werkseinstellungen Beheben von Fehlermeldungen Das folgende Ablaufdiagramm veranschaulicht die Schritte zur Problembehandlung bei Fehlermeldungen, die während der Laufkonfiguration, Selbsttests oder der Sequenzierung auftreten und sich durch eine Wiederholung nicht beheben lassen. -
Seite 45: Abbrechen Eines Laufs
iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Status des Prozessmanagements So beheben Sie ein Statusproblem auf dem Bildschirm „Process Management“ (Prozessmanagement): Wenn der Lauf ausgeführt wird, schließen Sie den Bildschirm „Process Management“ (Prozessmanagement): Warten Sie etwa fünf Minuten und öffnen Sie den Bildschirm erneut. Wenn der Lauf nicht ausgeführt wird, schalten Sie das Gerät aus und wieder ein und öffnen Sie anschließend den Bildschirm „Process Management“... -
Seite 46: Durchführen Einer Systemprüfung
iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Abbildung 12 Position des Kippschalters Warten Sie 30 Sekunden. Die Ein/Aus-Taste kann nach dem Ausschalten des Geräts weiterhin pulsieren. Drücken Sie auf die „Ein“-Seite (I) des Kippschalters. Wenn die Ein/Aus-Taste pulsiert, drücken Sie sie. Abbildung 13 Position der Ein/Aus-Taste Wenn das Betriebssystem geladen ist, melden Sie sich bei Windows an. - Seite 47 iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Das Dialogfeld „System Check“ (Systemprüfung) wird mit den ausgewählten mechanischen, thermischen, optischen und Sensortests angezeigt. Wählen Sie Unload (Entladen), um die Klappe der Kartuschenkammer zu öffnen und den Träger auszufahren. Nehmen Sie ggf. die gebrauchte Kartusche vom Träger. Schieben Sie die wiederverwendbare Testfließzelle in die Aussparung auf der Vorderseite der wiederverwendbaren Testkartusche.
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Seite 48: Beseitigen Von Undichten Stellen
Wenn eine signifikante Flüssigkeitsmenge auf der Fließzelle, der Kartusche oder dem Gerät vorhanden ist, gehen Sie wie folgt vor, um das Gerät auszuschalten und vom Netz zu trennen, und wenden Sie sich anschließend an den technischen Support von Illumina. Wählen Sie im Menü Shut Down System (System ausschalten). -
Seite 49: Reinigen Des Geräts
iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Wenn die Ein/Aus-Taste pulsiert, drücken Sie auf die „Aus“-Seite (Ο) des Kippschalters auf der Rückseite des Geräts. Warten Sie 30 Sekunden. Ziehen Sie das Netzkabel aus der Wandsteckdose und dann aus dem Netzanschluss auf der Geräterückseite. Ziehen Sie ggf. das Ethernet-Kabel aus der Wandsteckdose und dann aus dem Ethernet-Anschluss auf der Geräterückseite. -
Seite 50: Phix-Fehlerbehebungslauf
Entsorgen Sie das Pad und andere Verbrauchsmaterialien gemäß den geltenden Vorschriften, die je nach Region variieren. Weitere Informationen finden Sie im Sicherheitsdatenblatt (Safety Data Sheet, SDS) unter support.illumina.com/sds.html. Legen Sie ein neues Pad in die Auffangschale. Schließen Sie die Auffangschale und anschließend die Auffangschalenklappe. -
Seite 51: Auftauen Der Verpackten Kartusche
iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Der Lauf ist wie ein typischer Sequenzierungslauf konfiguriert und verwendet die gleichen Verbrauchsmaterialien. Der einzige Unterschied besteht darin, dass die Bibliothek durch 60-pM-PhiX ersetzt wird. Auftauen der verpackten Kartusche Ziehen Sie ein neues Paar ungepuderter Handschuhe an. Nehmen Sie die Kartusche aus dem -25 °C bis -15 °C kalten Lagerort heraus. Falls erforderlich, nehmen Sie die Kartusche aus dem Karton. - Seite 52 iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Laden von Verbrauchsmaterialien in die Kartusche Reißen Sie die Kartuschenpackung an den Einkerbungen auf. Nehmen Sie die Kartusche heraus und entsorgen Sie die Verpackung. Achten Sie darauf, das Zugangsfenster auf der Oberseite der Kartusche nicht zu berühren. Invertieren Sie die Kartusche fünfmal, um die Reagenzien zu mischen.
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Seite 53: Konfigurieren Eines Nur-Phix-Laufs
Stellen Sie das System auf die Werkseinstellungen zurück, um ein Downgrade der Software durchzuführen, das System von einer unerwünschten Konfiguration wiederherzustellen oder Benutzerdaten zu löschen, bevor Sie das Gerät an Illumina zurückschicken. Das Wiederherstellen des Systems deinstalliert die Steuerungssoftware und löscht C:\. -
Seite 54: Anhang B Erweiterter Austausch
Das iSeq 100-System hat keine wartungsfähigen Teile außer dem Luftfilter und dem Auffangschalen-Pad. Daher nutzt Illumina den erweiterten Austausch, um Probleme zu beheben, die nicht aus der Ferne gelöst werden können. Im Rahmen des erweiterten Austauschprozesses wird ein beschädigtes oder defektes Gerät durch ein überholtes Gerät ersetzt. -
Seite 55: Dekontaminieren Des Geräts
Wählen Sie Unload (Entladen), um die Kartusche auszuwerfen. Nehmen Sie anschließend die Kartusche aus dem Träger. Falls das Auswerfen fehlschlägt, wenden Sie sich bitte an den technischen Support von Illumina, um weiterführende Anweisungen zu erhalten. Wählen Sie Load (Laden), damit der leere Träger eingezogen und die Klappe geschlossen wird. -
Seite 56: Dekontaminieren Mit Bleiche
Entsorgen Sie das Pad und andere Verbrauchsmaterialien gemäß den geltenden Vorschriften, die je nach Region variieren. Weitere Informationen finden Sie im Sicherheitsdatenblatt (Safety Data Sheet, SDS) unter support.illumina.com/sds.html. 10 Reinigen Sie die Auffangschale mit einem Bleichmitteltuch. Dokument-Nr. 1000000036024 v00 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. -
Seite 57: Neutralisieren Mit Alkohol
(Dekontaminationsbescheinigung und Informationsanfrage, Dokument-Nr. 15044860) aus und versehen Sie es mit Datum und Unterschrift. Senden Sie eine elektronische Kopie der Bescheinigung per E-Mail an den technischen Support von Illumina. Bewahren Sie das gedruckte Exemplar auf und legen Sie es der Rücksendung des Geräts bei. Rückgabe des Originalgeräts Bevor Sie alles für die Rücksendung verpacken, müssen Sie im Labor ausreichend Platz für das Gerät und... -
Seite 58: Verpacken Der Wiederverwendbaren Testkomponenten
iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Öffnen Sie die vordere Klappe des weißen Kartons. Stellen Sie das Gerät so in den weißen Karton, dass die Vorderseite des Geräts zu Ihnen zeigt. Legen Sie das quadratische Schaumstoffstück so auf das Gerät, dass die dünneren Seiten des Schaumstoffs auf der Vorder- und Rückseite des Geräts aufliegen. -
Seite 59: Vorbereiten Des Versandkartons
iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Vorbereiten des Versandkartons Falls sie entfernt wurde, legen Sie die schützende Schaumstoffunterlage wieder auf den Boden des Versandkartons. Heben Sie (empfehlenswerterweise mit zwei Personen) den weißen Karton an den Griffen an und stellen Sie ihn in den braunen Karton. Jede Ausrichtung ist zulässig. - Seite 60 Original-Versandaufkleber. [Internationaler Versand] Befestigen Sie die Handelsrechnung auf dem Versandkarton. Schicken Sie das Gerät per UPS zurück an Illumina. Wenn Ihr Labor täglich Lieferungen durch UPS ausführen lässt, übergeben Sie dem Fahrer den etikettierten Versandkarton. Wenn Ihr Labor nicht täglich mit UPS beliefert wird, benachrichtigen Sie den Kundenservice von Illumina, damit er den Rücktransport für Sie planen kann.
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Seite 61: Anhang C Echtzeitanalyse
Anhang C Echtzeitanalyse Überblick über die Echtzeitanalyse Echtzeitanalyse-Workflow Überblick über die Echtzeitanalyse Die Echtzeitanalyse-Software läuft auf dem Gerätesteuerungscomputer. Sie extrahiert Intensitäten aus Bildern, um das Base-Calling durchzuführen, und weist anschließend dem Base-Call einen Qualitäts-Score zu. Das iSeq 100-Sequenzierungssystem verwendet die RTA2-Implementation der Echtzeitanalyse. RTA2 und die Steuerungssoftware kommunizieren über ein HTTP-Webinterface und gemeinsame Speicherbereiche. -
Seite 62: Name Und Pfad Des Ausgabeordners
Konvertierungssoftware bcl2fastq. Um die neueste Version herunterzuladen, besuchen Sie die Supportseite für das iSeq 100-Sequenzierungssystem auf der Website von Illumina. Name und Pfad des Ausgabeordners Für jeden Lauf erzeugt die Steuerungssoftware automatisch einen Ausgabeordner und einen Laufordner. Greifen Sie auf die Laufdaten über den Ausgabeordner zu, der eine Kopie des Laufordners darstellt. -
Seite 63: Fehlerbehandlung
iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch RunParameters.xml RunInfo.xml CopyComplete.txt RunCompletionStatus.txt RTAComplete.txt RTAConfiguration.xml Data Intensities BaseCalls L001 s.locs InterOp Images SampleSheet.csv: Probenblatt oder Probenmanifest. RTALogs: Protokolldateien, die RTA2-Ereignisse beschreiben. Fehlerbehandlung RTA2 erstellt Protokolldateien und speichert sie im Ordner „RTALogs“. Fehler werden im TSV-Dateiformat in einer Fehlerdatei aufgezeichnet. -
Seite 64: Korrektur Der Phasierung
iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Korrektur der Phasierung Während der Sequenzierungsreaktion erweitert sich jeder DNA-Strang in einem Cluster um eine Base pro Zyklus. Die Phasierung und Vorphasierung finden statt, wenn eine Phasenverschiebung eines Strangs mit dem aktuellen Inkorporationszyklus eintritt. Eine Phasierung tritt ein, wenn eine Base zurückfällt. Eine Vorphasierung tritt ein, wenn eine Base vorauseilt. -
Seite 65: Cluster Nach Filterung
(vorzugsweise aber in beiden Bildern) Signale vorhanden sind. Das Plattenlayout und die Sequenzen im IDT for Illumina TruSeq UD Indexes (IDT für Illumina-TruSeq-UD-Indizes) sind für eine optimale Balance konzipiert. Weitere Informationen zur Indizierung finden Sie im Pooling-Handbuch für Indexadapter (Dokument- Nr. 1000000041074). - Seite 66 iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Q-Score Q(X) Fehlerwahrscheinlichkeit 0,01 (1 von 100) 0,1 (1 von 10) HINWEIS Die Qualitätsbewertung basiert auf einer geänderten Version des Phred-Algorithmus. Die Qualitätsbewertung berechnet für jeden Base-Call mehrere Fehlerwahrscheinlichkeiten und ermittelt anhand der Prognosewerte den Q-Score aus einer Qualitätstabelle. Qualitätstabellen werden erstellt, um optimale Qualitätsprognosen für Läufe zu liefern, die auf spezifisch konfigurierten Sequenzierungsplattformen mit bestimmten Chemie-Versionen durchgeführt werden.
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Seite 67: Index
Computername 6 Administratorkonto 12, 38 Gerätename 15 Alkoholtücher 17, 23, 48 Benutzerkonto 12 Amplifikation 19 Berechtigungen 38 AmpliSeq für Illumina Library PLUS 21 Bestehen der Systemprüfung 42 Analyse Betriebssystem 36, 42, 46 Methoden 5, 19 Bibliotheken 2, 8 Optionen 13 1 nM lagern 21 Separat vom Gerät 19... - Seite 68 Zurückschicken 55 Hilfe, technische 68 Hilfesymbol 25, 28 Hosting-Speicherort 14 FASTQ-Dateien 13, 57 Fehler 5, 41, 59 Meldungen 40 IDT für Illumina-TruSeq-UD-Indizes 61 Wahrscheinlichkeit 61 Index Fehlschlagen der Systemprüfung 42 Adapter 61 Festplatte 6, 32 Zyklen 9, 26, 30 Festplattenspeicher 32...
- Seite 69 iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Laufordner 32, 58 Laufparameter Bearbeiten 26 Kartusche Nur-PhiX-Läufe 49 Ausrichtung beim Laden 25, 28 Laufstatus 6, 27, 30 Entsorgen 27, 31 Leistungsdaten 14, 25, 29 Entsorgung 41 Leuchtbalken 3 im Gerät eingeklemmt 50 Local Run Manager 5 Lagerung 7, 41 Dokumentation 2, 13, 26 Verpackung 20, 22, 47-48...
- Seite 70 iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Rezepturbestandteile 6 Rezepturen 32 RFID 1, 7 Pads 17, 45, 52 RSB 17, 21 Paired-End 26, 29 Rückgabezeitraum 50 Phasierung, Vorphasierung 60 Rücksendeaufkleber 50, 56 PhiX 17 RunInfo.xml 57 60 nM lagern 47 Alignment 61 Auf 1 nM verdünnt lagern 22, 47 Ladekonzentration 22, 46-47 sbsadmin vs.
- Seite 71 iSeq 100-Sequenzierungssystem Handbuch Wartungsfähige Teile 50 Waschläufe 8 Wasserbad 20, 47 Tablet-Modus 50 Wechselstrom Tastaturen 3, 12 Anschluss 3 Technische Unterstützung 68 Steckdose 36, 45, 50 Testkit 5, 17 Weiße Liste, SRP 37 Ton 15 Weißer Gerätekarton 53, 55 Träger 4 Werkseinstellungen 49 Trennen 45 Wieder anschließen 46...
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Seite 72: Technische Unterstützung
Die Produktdokumentation steht auf der Illumina-Website im PDF-Format zum Herunterladen zur Verfügung. Gehen Sie zu support.illumina.com, wählen Sie ein Produkt und wählen Sie anschließend Documentation & Literature (Dokumentation und Literatur). Dokument-Nr. 1000000036024 v00 DEU Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. - Seite 73 Dokument-Nr. 1000000036024 v00 DEU Illumina 5200 Illumina Way San Diego, Kalifornien 92122, USA +1.800.809.ILMN (4566) +1.858.202.4566 (außerhalb von Nordamerika) techsupport@illumina.com www.illumina.com Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. © 2018 Illumina, Inc. Alle Rechte vorbehalten.