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Argus Y-MHQS Benutzerhandbuch

Das mentype argus y-mhqs pcr amplification kit ist eine multiplex-anwendung für die neun y-chromosomalen short tandem repeat (str) loci
®
Argus Y-MH
Mentype
Produktbeschreibung
Das Mentype
die neun Y-chromosomalen Short Tandem Repeat (STR) Loci, die dem Minimal
Haplotype (MH) Standard entsprechen. Die Primer von DYS19, DYS385, DYS389-I,
DYS389-II, DYS390, DYS391, DYS392 und DYS393 sind mit den
Fluoreszenzfarbstoffen 6-FAM oder HEX markiert.
Das Testkit wurde speziell für die schnelle und zuverlässige Erstellung von männlichen
DNA-Profilen aus Mischspuren mit weiblicher DNA entwickelt. In Gemischen kann
männliche DNA bis zu einem Verhältnis von 1:6000 (männliche DNA : weibliche DNA)
detektiert werden. Vorherige Separierung der Spermien von weiblichen Zellen oder
differenzielle Lyse sind nicht notwendig. Die Nachweisgrenze liegt bei 100 pg
männlicher DNA. Wir empfehlen den Einsatz von 0.1-1.0 ng männlicher
genomischer DNA.
Mentype
Kontrolle ausgestattet, die hilfreiche Informationen über die Effizienz der PCR sowie
über die Anwesenheit von PCR-Inhibitoren liefert.
Mentype
Forensic Y-User Group entwickelt. Das Konsortium hat ein Set an hochinformativen Y-
STR, den Minimal Haplotype, evaluiert. Der Minimal Haplotype wird für die Erstellung
von Gutachten empfohlen. Die Erstellung von DNA-Befunden mit dem
Mentype
Forensic Genetics (Gill et al., 2001 a und b, Gusmão et al., 2005a). Mit der
GenoProof
werden.
Die Validierung und Evaluierung des Testkits wurden am GeneAmp
Thermocycler, ABI PRISM
Genetic Analyzer durchgeführt.
Tabelle 1. Locus-spezifische Informationen für Mentype
Locus
DYS19
DYS385
DYS389-I
DYS389-II
DYS390
DYS391
DYS392
DYS393
Tabelle 1 zeigt die STR Loci mit ihren Repeatmotiven und Allelen. Die in der
europäischen Bevölkerung am häufigsten vorkommenden Allele liegen in der Allelleiter
vor. Der angegebene Allelbereich berücksichtigt die bekannten Allele nach YHRD
(http://www.yhrd.org, Stand 12/2008) sowie die aktuelle Literatur.
QS
®
QS
Argus Y-MH
®
QS
Argus Y-MH
wurde mit dem Quality Sensor (QS) als interne PCR-
®
QS
Argus Y-MH
wurde entsprechend den Empfehlungen der International
®
QS
Argus Y-MH
entspricht den Richtlinien der International Society for
®
Software können alle wichtigen populationsgenetischen Daten berechnet
®
310 Genetic Analyzer und ABI PRISM
®
GenBank
Repeatmotiv
Accession
des Referenzalleles
AC017019
[TAGA]
AC022486
[GAAA]
AC004617
[TCTG]
AC004617
[TCTG]
AC011289
[TCTG]
AC011302
[TCTA]
AC011745
[TAT]
AC006152
[AGAT]
PCR Amplification Kit
PCR Amplification Kit ist eine Multiplex-Anwendung für
TAGG [TAGA]
3
12
11
[TCTA]
3
9
[TCTA]
[TCTG]
[TCTA]
5
12
3
[TCTA]
[TCTG]
[TCTA]
8
11
1
11
13
12
®
9700
®
3100/3130
®
Argus Y-MH
Referenz
Allel-
Allel
Bereich
15
9-19
11
6-28
12
9-17
29
24-35
9
24
12, 17-29
4
11
5-16
13
4-20
12
7-18
QS
Inhaltsverzeichnis
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Inhaltszusammenfassung für Argus Y-MHQS

  • Seite 1 ® Argus Y-MH Mentype PCR Amplification Kit Produktbeschreibung ® Argus Y-MH Das Mentype PCR Amplification Kit ist eine Multiplex-Anwendung für die neun Y-chromosomalen Short Tandem Repeat (STR) Loci, die dem Minimal Haplotype (MH) Standard entsprechen. Die Primer von DYS19, DYS385, DYS389-I, DYS389-II, DYS390, DYS391, DYS392 und DYS393 sind mit den Fluoreszenzfarbstoffen 6-FAM oder HEX markiert.
  • Seite 2 Yq11.223 Yq11.23 Yq12 Abb. 1 Das Ideogramm des Y-Chromosoms beschreibt die physische Lokalisation der forensischen STRs, ® welche mit Mentype Argus Y-MH nachgewiesen werden. Entfernungen zum P-Telomer sind in Mb angegeben (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/human; Stand 08/2008). ® Mentype Argus Y-MH Juli 2010...
  • Seite 3: Bestellinformation

    ® Tabelle 2. Chromosomale Kartierung für Mentype Argus Y-MH Locus Chromosomale Kartierung DYS19 Yp11.2 DYS385 Yq11.222 DYS389-I Yq11.21 DYS389-II Yq11.21 DYS390 Yq11.221 DYS391 Yq11.21 DYS392 Yq11.222 DYS393 Yp11.31 Inhalt ® Argus Y-MH Mentype PCR Amplification Kit (100 Reaktionen) Nuklease-freies Wasser / Nuclease-free water 3.0 mL...
  • Seite 4: Zusätzliche Reagenzien

    Berührung mit Säure giftige Gase Bitte beachten Sie das Sicherheitsdatenblatt. ® Für Biotype Kitkomponenten sind die Sicherheitsdatenblätter bei uns erhältlich. Für Sicherheitsdatenblätter von Reagenzien, die nicht im Testkit enthalten sind, kontaktieren Sie bitte den jeweiligen Hersteller. ® Mentype Argus Y-MH Juli 2010...
  • Seite 5: Inhaltsverzeichnis

    3.3 Einstellung der GeneMapper™ ID Software..........17 3.4 Analyse Parameter / Analysis Method .............19 4. Auswertung ....................20 ® 4.1 Biotype Auswertevorlagen ..............22 4.2 Kontrollen....................23 4.3 Fragmentlängen und Allele ..............23 5. Interpretation der Ergebnisse ................28 6. Referenzen ....................30 ® Mentype Argus Y-MH Juli 2010...
  • Seite 6: Protokolle Für Die Amplifikation, Elektrophorese Und Auswertung

    Volumen. Pipettieren Sie die verdünnte Kontroll-DNA anstelle der Template-DNA in die Reaktionsgefäße mit dem vorgelegten PCR Master Mix. Negativkontrolle Als Negativkontrolle pipettieren Sie Nuklease-freies Wasser an Stelle der Template- DNA in die Reaktionsgefäße mit dem vorgelegten PCR Master Mix. ® Mentype Argus Y-MH Juli 2010...
  • Seite 7: Pcr Amplifikationsparameter

    Aufgrund zu geringer DNA-Mengen kann es zu statistischen Ausfällen (Allelic Dropouts) und unausgewogenen Peakhöhen kommen. Außerdem steigt die Wahrscheinlichkeit von unspezifischen Amplifikationsprodukten. Mit zunehmender Zyklenzahl können zudem Kreuzkontaminationen durch minimale Mengen an Fremd-DNA auftreten. ® Mentype Argus Y-MH Juli 2010...
  • Seite 8: 310 Genetic Analyzer

    Matrix Probe 4 Matrix Standard ROX 1.0 μL - 3 min denaturieren bei 95°C - abkühlen auf 4°C - gesamten Probenansatz zur Analyse auf Tray laden - Probenliste Sample Sheet erstellen und Proben bezeichnen ® Mentype Argus Y-MH Juli 2010...
  • Seite 9: Injektionsliste Für Die Matrixerstellung

    - Falls notwendig, injizieren Sie die Matrix Probe noch einmal - Notieren von Anfangs- und Endpunkten (Data Points) des Auswahlbereiches, z.B. Anfangswert 3400, Endwert 6400 - Differenzwert berechnen, z.B. 6400-3400 = 3000 Data Points ® Mentype Argus Y-MH Juli 2010...
  • Seite 10: Neue Matrix Erstellen

    - Sample → Install New Matrix (Matrix Ordner öffnen und neue Matrix auswählen) - Proben neu analysieren Mit der neuen Matrix sollten keine Überstrahlungen (Pull-up Peaks) zwischen den verschiedenen Farbpaneln (B, G, Y, R) auftreten. ® Mentype Argus Y-MH Juli 2010...
  • Seite 11: Probenvorbereitung

    Handelt es sich um Vergleichsproben mit sehr hohen Peakhöhen, so kann zur Vermeidung von Überstrahlungen eine kürzere Injektionszeit gewählt werden. Bei Spurenproben können bis zu 10 s notwendig sein. ® Argus Y-MH ** Abhängig von den Analysebedingungen ist die Run Time für Mentype angepasst worden, damit Fragmente bis zu einer Länge von 400 bp analysiert werden können.
  • Seite 12: Analyse Parameter

    Grundrauschen der Basislinie. ** Gelegentlich können Punktallele, d.h. Allele mit einem Abstand von mindestens 1 bp zum nächsten ganzzahligen Allel, nicht unterschieden werden. Falls notwendig kann die Peak Window Size noch weiter verringert werden. ® Mentype Argus Y-MH Juli 2010...
  • Seite 13: 3130/3130Xl Genetic Analyzer

    - Laden der Standards in die 96-Lochplatte (je Kapillare eine Probe) - Erstellung des Instrument Protocol zur Spektralkalibrierung (Protocol Manager) - Plattenzusammensetzung im Platteneditor festlegen (Plate Manager) - Durchführung des Laufs zur Spektralkalibrierung und prüfen der Matrix ® Mentype Argus Y-MH Juli 2010...
  • Seite 14: Durchführung Der Spektralkalibrierung

    Platteneditor zur Spektralkalibrierung (I) New Plate Dialog Einstellung Name z.B. Spectral_DS-30_Datum Application Spectral Calibration Plate Type 96-Well Owner Name / Operator Name … - OK wählen. Auf diese Weise öffnet sich automatisch eine neue Tabelle im Platteneditor ® Mentype Argus Y-MH Juli 2010...
  • Seite 15: Platteneditor Zur Spektralkalibrierung (Ii)

    Werten notwendig - Haben alle Kapillaren die Kalibrierung erfolgreich durchlaufen, wird die Kalibrierungs- datei für DyeSetD im Spectral Viewer automatisch aktiv gesetzt. Eine Umbenennung ist über Rename möglich (z.B. DS-30_Datum der Kalibrierung) ® Mentype Argus Y-MH Juli 2010...
  • Seite 16: Probenvorbereitung

    Gerätehersteller empfohlene Arbeitstemperatur eingehalten wird. Signalintensitäten Möglichkeiten zur Erhöhung der Signalintensitäten: - Reduzierung der Anteile am DNA Längenstandard 550 (ROX) auf Peakhöhen von ca. 500 relativen Fluoreszenzeinheiten (RFU) - Aufreinigung der PCR-Produkte vor der Analyse ® Mentype Argus Y-MH Juli 2010...
  • Seite 17: Einstellung Der Genemapper™ Id Software

    Injektionszeit gewählt werden. Bei Spurenproben können bis zu 20 s notwendig sein. ® ** Abhängig von den Analysebedingungen ist die Run Time für Mentype Argus Y-MH angepasst worden, damit Fragmente bis zu einer Länge von 400 bp analysiert werden können.
  • Seite 18 Fehlermeldungen (Error Status) erscheinen in Event Log - Die Daten des Probenlaufs werden unter Run History oder Cap/Array Viewer der Data Collection Software im Überblick dargestellt. Die Laufdaten der Proben werden im Run Folder der zuvor gewählten Results Group abgelegt ® Mentype Argus Y-MH Juli 2010...
  • Seite 19: Analyse Parameter / Analysis Method

    Grundrauschen der Basislinie. ** Gelegentlich können Punktallele, d.h. Allele mit einem Abstand von mindestens 1 bp zum nächsten ganzzahligen Allel, nicht unterschieden werden. Falls notwendig kann die Peak Window Size noch weiter verringert werden. ® Mentype Argus Y-MH Juli 2010...
  • Seite 20: Auswertung

    Abb. 6 Elektropherogramm des DNA-Längenstandard 550 (ROX), Fragmentlängen in bp Anmerkung: Die Grundvorlage des DNA-Längenstandards 550 (ROX) für ® Argus Y-MH GeneMapper™ ID Software muss für den Mentype auf 400 bp angepasst werden. Die neue Vorlage kann unter dem Namen SST-ROX_50-400bp gespeichert und für weitere Analysen verwendet werden.
  • Seite 21 Systeme ausfallen. Die Ursache hierfür sind Deletionen auf dem Y- Chromosom (Azoospermie), die bereits für DYS385 und DYS392 beobachtet wurden (Stein et al., 2005). Die Mutationsraten für seltene und intermediäre Allele der Y-STR Systeme des ® Argus Y-MH Mentype betragen zwischen 0,613×10 und 5,296×10 (Gusmão et al., 2005b).
  • Seite 22: Biotype ® Auswertevorlagen

    Die Allelzuordnungen der aufgetrennten PCR-Produkte (Genotyping) kann mit Hilfe ® geeigneter Auswertungssoftware erfolgen, z.B. mit GeneMapper™ ID oder Genotyper ® Software in Kombination mit Mentype Argus Y-MH Auswertevorlagen der Biotype. ® ® Mentype Auswertevorlagen (Template Files) für GeneMapper™ ID oder Genotyper Software finden Sie auf unserer Homepage (www.biotype.de) zum Download.
  • Seite 23: Kontrollen

    4.2 Kontrollen Die im Testkit enthaltene Kontroll-DNA XY1 sowie kommerziell erhältliche DNAs repräsentieren folgende Allele: ® Tabelle 3. Allelzuordnungen mit Mentype Argus Y-MH Kontroll-DNA Kontroll-DNA ATCC STR Locus K-562 9947 9948 3657 DYS19 DYS385 16 / 17 11 / 14...
  • Seite 24 DNA-Längenstandard 550 (ROX) ® Abb. 8 Elektropherogramm des Mentype Argus Y-MH unter Verwendung von 500 pg Kontroll-DNA XY1 (A) und 100 pg männlicher Kontroll-DNA XY1 gemischt mit 50 ng weiblicher Kontroll-DNA XX (B). Der Quality Sensors (QS) wird bei 81 bp ®...
  • Seite 25 Abbildung 9 ® Mentype Argus Y-MH Juli 2010...
  • Seite 26 ® Tabelle 4. Fragmentlängen der Allelleiter Mentype Argus Y-MH gemessen am ® ABI PRISM 310/3130 Genetic Analyzer (blauer Panel) Weitere Weitere Weitere Marker/Allel Größe [bp]* Marker/Allel Größe [bp]* Marker/Allel Größe [bp]* Allele** Allele** Allele** PCR control 6-FAM DYS390 6-FAM DYS385...
  • Seite 27 ® Tabelle 5. Fragmentlängen der Allelleiter Mentype Argus Y-MH gemessen am ® ABI PRISM 310/3130 Genetic Analyzer (grüner Panel) Weitere Weitere Weitere Marker/Allel Größe [bp]* Marker/Allel Größe [bp]* Marker/Allel Größe [bp]* Allele** Allele** Allele** DYS391 DYS389-I DYS389-II 6, 7 8, 9, 10, 10.2...
  • Seite 28: Interpretation Der Ergebnisse

    DNA-Mengen zu. Zur Bewertung der Peaks sollte jedes Analyselabor hierfür eigene Grenzwerte festlegen. Qualitätssensor zur Kontrolle der Polymerase-Kettenreaktion ® Argus Y-MH Mentype ist mit einer internen PCR-Kontrolle ausgestattet, die dem Anwender zusätzliche Informationen zur Analysierbarkeit der Proben liefert (Abb. 7). Ein Ausfall des Sensors ist bei vollständiger Inhibition der PCR oder Fehlern im Assay gegeben.
  • Seite 29 Die Raumtemperatur kann das Laufverhalten der PCR-Produkte an Kapillargeräten stark beeinflussen und bei zu geringer Temperatur zum Auftreten von Schultern oder Doppelpeaks (Split Peaks) führen. Sollten diese Effekte beobachten werden, empfehlen wir eine erneute Injektion der Proben. ® Mentype Argus Y-MH Juli 2010...
  • Seite 30: Referenzen

    Y chromosome explained by population history. Eur. J. Hum. Genet. 11(4): 304-14. Mulero JJ, Chang CW, Hennessy LK (2006) Characterization of the N+3 Stutter Product in the Trinucleotide Repeat Locus DYS392. J. Forensic Sci. 51(5): 1069-1073. ® Mentype Argus Y-MH Juli 2010...
  • Seite 31 Szibor R, Edelmann J, Hering S, Plate I, Wittig H, Roewer L, Wiegand P, Calì F, Romano V, Michael M (2003) Cell line DNA typing in forensic genetics – the necessity of reliable standards. Forensic Sci. Int. 138 37-43. ® Mentype Argus Y-MH Juli 2010...
  • Seite 32 Notizen ® Mentype Argus Y-MH Juli 2010...

Inhaltsverzeichnis